- Rào cản về nhận thức vào ứng dụng : Rất nhiều doanh nghiệp khẳng định đã nhận thức

rõ về việc ứng dụng CNTT, song thực tế chỉ có số ít hiểu được đầy đủ điều này. “Đầy đủ”
nghĩa là phải trả lời được cả 3 câu hỏi: Tại sao phải ứng dụng; ứng dụng cái gì cho phù
hợp với đặc thù củamình; ứng dụng như thế nào. Đa phần doanh nghiệp mới trả lời được
câu hỏi thứ nhất, dẫn đến tình trạng đầu tư chưa đúng hướng hoặc còn hạn chế
- phần lớn chiphí dành cho trang thiết bị, cơ sở hạ tầng chứ chưa chú trọng tới giải pháp,
đào tạo.
- Chi phí phần mềm lớn : Chi phí mà doanh nghiệp cần phải chi trả khi áp dụng hệ thống
thông tin có thể là một thách thức đối với một số doanh nghiệp nhỏ và vừa chưa phát
triển hoặc hoạt động kinh doanh không ổn định. Ngoài những chi phí cho tư vấn, triển
khai phần mềm thì doanh nghiệp còn phải trả khoản tiền bản quyền tương đối lớn cho
nhà sản xuất ra phần mềm hệ thống thông tin đó, ước chừng thêm số tiền bằng số tiền cho
nhà tư vấn triển khai phần mềm. Vì vậy tổng chi phí bỏ ra của doanh nghiệp cho dự án
triển khai sản phẩm phần mềm hệ thống thông tin lên rất cao. Còn đối với những doanh
nghiệp lớn hơn thì việc áp dụng phần mềm hệ thống thông tin không chính xác thì sẽ
khiến cho doanh nghiệp tổn thất khá lớn gây ngưng trệ, giảm lợi nhuận của doanh nghiệp.
- Mất thời gian để triển khai hệ thống: Việc áp dụng một phương thức làm việc hoàn toàn
mới sẽ tốn khá nhiềuthời gian để hoạt động doanh nghiệp nghiệp và đơn vị triển khai
phần mềm hệ thống thông tin không thống nhất
- Khó khăn trong việc triển khai phần mềm:Trong quá trình triển khai phần mềm hệ
thống thông tin, sẽ có nhiều vấn đề phát sinh, doanh nghiệp cũng có những thay đổi, và
những điều này cần được hai bên thông báo chính xác và kịp thời cho nhau, để đảm bảo
cả hai bên đều biết họ đã, đang, và sẽ làm gì. Bởi nếu như nhà cung cấp phần mềm hệ
thống thông tinkhông thực sự hiểu được khách hàng cần gì thì sẽ dẫn đến việc thiết kế
cấu hìnhcho phần mềm không phù hợp với mô hình doanh nghiệp. Cũng có thể do
nhàlãnh đạo doanh nghiệp không hoàn toàn tin tưởng nhà cung cấp, không muốn tiết lộ
những “bí quyết kinh doanh”, dẫn tới đưa ra không đầy đủ thông tin về mô hình hoạt
động của doanh nghiệp. Điều này cũng gây ra tình trạng phần mềm hệ thống thông tin
làm ra không hoàn chỉnh và tương thích đi vào ổn định lại. Không phải chỉ mua phần
mềm, cài đặt phần mềm là xong mà còn phải chuyển đổi dữ liệu cũ lên phần mềm và cần
có thời gian ban đầu để làm quen với thao tác phần mềm nữa
+ Phần mềm không có đầy đủ tính năng doanh nghiệp cần. Bởi vì hiện nay chủ
yếu các đơn vị cung cấp một phần mềm hệ thống thông tin trọn gói mà mỗi doanh nghiệp
lại có một các thức hoạt động khác nhau nên không thể áp dụng một phần mềm giống hệt
cho tất cả các doanh nghiệp được.
+ Khó khăn khi triển khai, thay đổi văn hóa làm việc truyền thống. Bởi không chỉ
một cá nhân cần thay đổi cách thức làm việc mà là cả doanh nghiệp. Khi mọi người đã
quen với cách thức làm việc truyền thống, việc chuyển đổi sang một cách thức mới chính
là thách thức mà không phải ai cũng nhanh chóng thích ứng được.
- Gây gia tăng rủi ro trong quá trình sản xuất, kinh doanh: Việc đơn giản hoá dòng dữ liệu
trên một hệ thống duy nhất sẽ rất thuận lợi khiphần mềm hệ thống thông tin hoạt động
trơn tru. Tuy nhiên, chỉ cần phát sinh một vấn đề trong khâu bất kỳ, một công đoạn làm
việc sẽ bị tắc nghẽn, kéo theo sự đìnhtrệ của toàn bộ quy trình phía sau. Cũng phải hiểu
rằng việc triển khai phần mềmhệ thống thông tin không chỉ ảnh hưởng đến một phần nhất
định của doanhnghiệp mà là tất cả các bộ phận, hoạt động. Nhà quản trị doanh nghiệp
không đượcphép liều mình với phần mềm hệ thống thông tin, bởi cái giá phải trả nếu giải
phápnày không phù hợp là quá lớn: doanh nghiệp bị “chết” trong suốt quãng thời gian
dài.
- Hiệu quả thấp: Hiệu quả công việc ở một số bộ phận hay toàn bộ hệ thống không đáp
ứng đượcyêu cầu phát triển của doanh nghiệp (phương pháp xử lý không chặt chẽ, giấy
tờ,tài liệu trình bày kém, sự ùn tắc, quá tải...)