MAKALAH

SCL MIKROBIOLOGI INDUSTRI

“Metabolic products of microorganisms”

Dosen Pengampu: Yoga Dwi Jatmiko, S.Si., M.App.Sc., PhD

Disusun oleh:

Kelompok 6

Cucun Cunayah 205090101111023

Ni Putu Alira Kinanti Febrina Putri 205090101111018

Aneila Maritza Larasati 205090101111033

Faridhotul Amal Kawulusan 205090100111057

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2023
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikroorganisme dapat dimanipulasi untuk menghasilkan produk-produk yang dapat

dikomersilkan dengan bantuan manipulasi di bidang industri. Produk-produk ini memiliki nilai
ekonomi yang tinggi sehingga membutuhkan pengetahuan terkait pembuatannya dari fisiologi
organismenya. Contoh proses yang umum digunakan adalah pada sel ragi (yeast cell). Ketika sel
ragi berada dalam kondisi dengan keadaan adanya glukosa dan garam amonium maka sel
tersebut akan menghasilkan gas karbon dioksida, hal ini terjadi karena terdapatnya reaksi kimia
pada dalam sel ragi dengan adanya penyerapan glukosa dan menghasilkan beberapa protein
untuk pembuatan enzim. Enzim merupakan senyawa yang penting untuk segala proses
katabolisme di dalam sel dari pembuatan protein, vitamin, karbohidrat, lipid dan koenzim
lainnya (Okafor & Okeke, 2018)

Metabolit merupakan produk antara (intermediate) yang dihasilkan selama proses

metabolisme seluler. Metabolit dapat diproduksi oleh tanaman, manusia dan mikroba. Metabolit
mikroba menjadi bahasan utama sebagai produk industri dari mikroorganisme. Metabolit
mikroba dibedakan menjadi metabolit primer dan metabolit sekunder. Metabolisme primer
adalah metabolisme yang mayoritas dialami oleh organisme dengan memanfaatkan energi
melalui proses biosintesis komponen seluler untuk keperluan pertumbuhannya. Beberapa produk
hasil dari metabolisme primer seperti alkohol, asam amino, asam organik, nukleotida, enzim, dan
juga biomassa (microbial cell). Sementara metabolisme sekunder adalah jalur metabolisme yang
tidak digunakan ketika organisme sedang dalam masa pertumbuhan yang cepat. Hasil dari
metabolisme sekunder adalah alkaloid, antibiotik, toksin, dan pigmen lainnya (Waites dkk.,
2013). Berdasarkan latar belakang di atas maka makalah ini disusun dengan pembahasan
mendetail mengenai tipe dan proses sintesis dari metabolit primer dan metabolit sekunder pada
mikroorganisme.

1.2 Tujuan
Tujuan dari penulisan makalah dengan judul “ Metabolic products of microorganisms”
adalah :
1. Memahami jenis metabolisme primer dan sekunder
2. Memahami sintesis (regulation pathway) dari metabolit primer dan sekunder

1.3 Manfaat
Manfaat penulisan makalah dengan judul “ Metabolic products of microorganisms”
adalah sebagai pengembangan ilmu pengetahuan, khususnya bidang mikrobiologi dan
diharapkan memberikan pemahaman dan gambaran mengenai produk metabolit dan sintesis
metabolit dari mikroba, Selain itu, dapat dijadikan sebagai acuan penelitian di masa mendatang
terkait pengembangan produk metabolit khususnya dibidang industri.
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Metabolit mikroba

2.1.1 Metabolit primer

Metabolit primer atau dikenal dengan istilah metabolit sentral merupakan senyawa kimia
yang dihasilkan oleh mikroba serta dibutuhkan selama proses pertumbuhan oleh mikroba
tersebut. Metabolit primer dihasilkan sejak awal pertumbuhan mikroba atau fase log, fase ini
disebut disebut dengan trophophase. Metabolit primer pada dasarnya sama untuk seluruh
makhluk hidup yakni berkaitan dengan proses pelepasan energi dan sintesis makromolekul
seperti protein, asam nukleat, dan lain sebagainya. Mikroba yang dapat hidup pada kondisi
produksi metabolit primer yang berlebih sangat berpotensi dikembangkan sebagai galur dengan
produktivitas yang tinggi. Ketika mikroorganisme tumbuh di lingkungan dimana semua nutrisi
tercukupi, mikroba tersebut akan mengubahnya menjadi senyawa yang merupakan produk akhir
dari metabolisme energi dan senyawa yang diperlukan untuk reproduksi. Kedua kategori
senyawa yang dibutuhkan untuk pertumbuhan ini disebut dengan metabolit primer (Saifudin,
2014; Nurika dkk., 2022)

Mikroba dapat menghasilkan beberapa produk atau metabolit selama proses fermentasi.
Jenis metabolit yang dihasilkan bergantung dari jenis mikroba yang digunakan. Mikroba
melakukan metabolisme dan menghasilkan zat zat metabolit. Menurut Istianah dkk. (2018)
metabolit primer hasil fermentasi banyak diproduksi dan memiliki nilai ekonomis. Beberapa
senyawa yang telah diproduksi dalam jumlah besar hasil metabolit primer diantaranya etanol,
asam sitrat, dan lain sebagainya (Tabel 1.).

Tabel 1. Produk metabolit primer dari mikroba dan manfaatnya

Metabolit primer Manfaat

Etanol Beverage, bahan bakar

Asam sitrat Industri pangan

Lisin Feed supplements

Nukleotida Flavor enhancer

Fenilalanin Pemanis

Polisakarida Berbagai aplikasi di industri pangan

Vitamin Feed supplements

2.1.2 Metabolit sekunder
Metabolit sekunder dihasilkan oleh mikroba dalam fase stasioner atau idiofase. Produk
yang dihasilkan dapat terakumulasi pada medium kultur dan berupa produk akhir dari
metabolisme primer. Metabolit sekunder tidak memiliki fungsi yang esensial dalam suatu
organisme, oleh karena itu organisme tersebut menghasilkan metabolit sekunder dalam jumlah
yang sedikit. Walaupun tidak memiliki fungsi yang esensial pada organisme yang menghasilkan,
tetapi memiliki potensi manfaat yang banyak untuk manusia dan hewan. Metabolisme sekunder
hanya terjadi pada beberapa spesies tanaman, hewan dan mikroorganisme saja, dan proses
pembentukannya terjadi sebagai respon terhadap nutrisi dimana ketika mengalami kekurangan
nutrisi maka akan dapat menghasilkan sinyal untuk metabolisme sekunder. Mikroorganisme
dapat mengalami strain degeneration, dimana terjadinya hilangnya kemampuan mikroorganisme
untuk mensintesis metabolit sekunder. Hal ini dapat terjadi karena terdapatnya paparan tinggi
terhadap suhu yang tinggi, pemberian pewarna acridine serta hilangnya plasmid bakteri (Singh
dkk, 2019; Okafor & Okeke, 2018)
Tabel 2. Produk Metabolit Sekunder
Jenis Produk Produk Organisme Kegunaan

Antibiotik Penicillin Penicillium Pemakaian Medis

chrysogenum

Antibiotik Streptomycin Streptomyces griseus Pemakaian Medis

Immunosuppressant Cyclosporine A Mycale hentscheli, Pemakaian Medis

Fusarium
neocosmosporiellum

Toksin Aflatoxin Aspergillus flavus Racun Makanan

Toksin Amanitine Amanita sp. Racun Makanan

Agen anti tumor Actinomyin Streptomyces Pemakaian Medis

antibioticus

2.2 Sintesis Metabolit Primer dan Sekunder

2.2.1 Biosintesis Metabolit Primer
Kemampuan yang dimiliki oleh mikroorganisme yaitu mengubah karbon dan nitrogen
untuk menjadi metabolit primer seperti asam amino, nukleotida, asam organik, dan vitamin.
Metabolit primer yang paling penting dan diperlukan oleh mikroorganisme yaitu asam amino,
nukleotida, asam organik, dan vitamin (Allman dkk., 2018). Jalur katabolisme dari
mikroorganisme dibagi menjadi dua, yaitu katabolisme karbohidrat dan katabolisme hidrokarbon
(Okafor & Okeke, 2018). Mikroorganisme seperti bakteri, actinomycetes, dan jamur (termasuk
ragi) mempunyai empat jalur katabolisme karbohidrat seperti embden-meyerhof-parnas
pathways (EM), pentose phosphate pathways (PP), entner-duadoroff pathways (ED),
phosphoketolase pathways (Okafor & Okeke, 2018).
1. Embden-Meyerhof-Parnas Pathways (EMP), merupakan jalur yang digunakan untuk
mereduksi glukosa (C6) menjadi piruvat (C3). Jalur ini umumnya terjadi dalam
kondisi aerobik dan anaerobik. Biasanya EMP dalam kondisi aerobik berfungsi dengan
siklus asam trikarboksilat yang mampu untuk mengoksidasi piruvat untuk menjadi
karbondioksida (CO2) dan oksigen (O2). EMP ini menjadi salah satu jalur utama yang
digunakan oleh mikroorganisme dalam proses katabolisme karbohidrat. Sementara,
pada kondisi anaerob piruvat ini akan difermentasikan menjadi berbagai macam
produk fermentasi. EMP akan mengkatabolisme kan glukosa sekitar 30%. S. cerevisiae
dalam kondisi aerobik akan menggunakan jalur EMP.
Tabel 3. Produk Fermentasi Piruvat oleh Berbagai Mikroorganisme
No Mikroorganisme Produk

1. Lactic Acid Bacteria Lakta

2. Clostridium propinicum Akrilat

3. Yeasts, Acetobacter, dan Zymomonas Etanol

4. Enterobacteriaceae Asam format, H2, CO2, dan Etanol

5. Clostridia H2, CO2, dan Etanol

6. Aerobacter Acetoin, 2-3 Butanadiol

7. Bakteri Asam Propionat Propionat

(Okafor & Okeke, 2018)
2. Pentose Phosphate Pathway (PP) atau Hexose Monophosphate Pathway (HMP), pada
jalur PP tidak terdapat produk akhir, akan tetapi menyediakan kumpulan dari triosa
(C3), pentosa (C5), heksosa (C6), dan heptose (C7). Selain itu, tujuan dari jalur PP
adalah untuk menghasilkan energi dalam bentuk NADPH2 dalam proses biosintetik dan
pentosa fosfat yang digunakan dalam proses sintesis nukleotida. Jalur PP ini akan
melakukan katabolisme sekitar 66% dari glukosa. Mikroorganisme yang menggunakan
jalur PP adalah Penicillium chrysogenum dan bakteri asam asetat (Acetobacter).
3. Entner-Duodroff Pathway (ED), digunakan secara terbatas oleh bakteri terutama bakteri
Pseudomonas dan pada beberapa jamur dalam proses pemecahan glukosa secara
anaerobik. Jalur ini digunakan terutama oleh Pseudomonas.
4. Phosphoketolase Pathway, digunakan oleh bakteri seperti Leuconostoc mesenteroides
untuk mengubah pentosa menjadi produk berupa asam laktat dan asam asetat.
Organisme yang menggunakan katabolisme hidrokarbon diketahui relatif lebih sedikit
apabila dibandingkan dengan yang menggunakan katabolisme karbohidrat. Katabolisme
hidrokarbon ini digunakan dalam produksi protein sel tunggal dan dalam produksi asam amino
seperti alkana dan alkena. Produk industri yang diperoleh dari metabolisme primer dikategorikan
menjadi dua kelompok yaitu produk katabolik dan produk anabolik (Okafor & Okeke, 2018).
➢ Produk Katabolik.
Merupakan produk industri yang terbentuk dari hasil fermentasi karbohidrat dengan
menggunakan asam piruvat yang nantinya akan diubah melalui jalur EMP, PP, ataupun
ED. Contoh dari produknya adalah etanol, asam asetat, 2,3-butanediol, butanol, aseton,
dan asam laktat (Okafor & Okeke, 2018),
➢ Produk Anabolik
Berbagai produk anabolik ini banyak dimanfaatkan untuk industri yang meliputi asam
amino, enzim, sitrat, asam, dan asam nukleat (Okafor & Okeke, 2018).
2.2.2 Biosintesis Metabolit Sekunder
Jalur sintesis yang dilewati hingga menghasilkan metabolit sekunder hampir sama dengan
yang dimiliki oleh metabolit primer. Terdapat beberapa produk dari metabolit sekunder serta
jalur biosintesisnya masing-masing.
1. Nonribosomal Peptide (NRP)
NRP atau yang merupakan kepanjangan dari Nonribosomal Peptide adalah hasil akhir
dari produk yang dihasilkan oleh enzim NRPS. Umumnya, ribosom akan menghasilkan
protein dari proses transkripsi, tetapi ada beberapa peptida seperti antibiotik (yang
merupakan metabolit sekunder) yang memiliki mekanisme independen dimana proses
tersebut tidak dilakukan dalam ribosom dengan mRNA. Proses ini dikenal dengan nama
Nonribosomal Peptide Synthesis (NRPS) yang dalam prosesnya pasti dibantu dengan
enzim tertentu. Peran yang dimiliki oleh enzim tersebut mirip dengan mRNA, yaitu
sebagai template bagi sintesis peptida. Salah satu mikroba penghasil molekul NRP yaitu
Streptomyces sp. yang produknya disebut dengan daptomycin sebagai antibiotik untuk
mengobati penyakit kulit (Süssmuth, 2017; Gokulan dkk., 2014).
2. Shikimate-Chorismate (Shikimate pathway)
Jalur biosintesis Shikimate-Chorismate inilah yang menghasilkan bau aromatik pada
kelompok bakteri dan jamur actinomycetes. Mekanismenya yaitu Shikimic acid akan
diubah menjadi chorismic acid yang mana merupakan bahan utama dalam formasi
produk asam amino aromatik seperti fenilalanin, terosin, dan triptofan. Proses Shikimate
pathway ini melibatkan 7 enzim katalis (Nunes dkk., 2020). Contoh bakterinya yaitu
Pseudomonas dan Streptomyces yang menghasilkan produk metabolit sekunder berupa
Phenazine (Gokulan dkk., 2014).
3. Polyketide
Peristiwa yang terjadi pada jalur biosintesis ini yaitu glukosa yang berasal dari jalur EMP
akan menghasilkan Triosa (c3) yang diubah menjadi asam asetat. Kemudian asetat akan
bereaksi dengan malonat dan melepaskan CO2. Proses biosintesis tersebut mirip dengan
sintesis asam lemak (Okafor & Okeke, 2018). Beberapa enzim yang dilibatkan dalam
Polyketide synthesis pathway disebut dengan polyketide synthase (PKS) enzyme yang
dibedakan menjadi PKS tipe I, PKS tipe II, dan PKS tipe III. Jalur penghasil metabolit
 sekunder ini banyak ditemukan pada sintesis tetrasilin oleh Streptomuces griseus
(Cummings dkk., 2014).
4. Terpen dan Steroid
Melalui asam mevalonik, jalur ini melanjutkan sintesisnya dari biosintesis asetat yang
kemudian menjadi terpen dan steroid. Senyawa yang dihasilkan dari fungi dan bakteria
seperti terpen, steroid, karotenoid, dan lain-lainnya mengikuti “isoprene rule”. Ketentuan
ini menghasilkan nilai utama berupa senyawa seperti terpen, steroid, dan lain-lain yang
merupakan perkembangan dari salah satu lima komponen karbon isoprene (Okafor &
Okeke, 2018).
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Mikroorganisme dapat dimanipulasikan proses metabolismenya untuk dimanfaatkan

produk metabolitnya. Produk yang dihasilkan dapat berupa metabolit primer dan sekunder.
Metabolit primer merupakan produk hasil metabolisme yang dihasilkan selama proses
pertumbuhan dan perkembangan. Contoh dari metabolit primer adalah etanol, alkohol, asam
sitrat dan lainnya. Metabolit sekunder merupakan hasil produk metabolisme yang dihasilkan
ketika sedang berada dalam fase stasioner dan terjadi ketika terdapat kekurangan nutrisi. Contoh
produk metabolit sekunder yang umum dikenal adalah antibiotik, steroid, aflatoksin dan lainnya.
Dalam pembuatannya produk metabolitnya melibatkan sintesis metabolit primer dan sekunder.
Sintesis metabolit primer terjadi karena mikroorganisme dapat mengolah sumber karbon dan
nitrogen menjadi produk hasil metabolisme primer, dan sintesis ini terjadi pada jalur katabolisme
karbohidrat dan hidrokarbon. Metabolit sekunder dihasilkan melalui jalur metabolisme seperti
Secondary products derived from the intact glucose skeleton, Secondary Products Related to
Nucleosides, Produk sekunder yang diturunkan melalui Pathway & Senyawa
Shikimate-Chorismate yang berasal dari asam amino, Polyketide pathway, serta Terpens dan
steroid.
 DAFTAR PUSTAKA
Allman, T., E. El-Mansi, J. Nielsen, D. Mousdale & R. Carlson. 2018. Fermentation
Microbiology and Biotechnology. CRC Press. New York.
Cummings, M., Breitling, R., & Takano, E. 2014. Steps towards the synthetic biology of
polyketide biosynthesis. FEMS microbiology letters, 351(2), 116-125.
Gokulan, K., S. Khare & C. Cerniglia. 2014. Encyclopedia of Food Microbiology, vol.2.
Elsevier. Amsterdam.
Istianah, N., Wardani, A. K., & Sriherfyna, F. H. 2018. Teknologi Bioproses. Universitas
Brawijaya Press.
Nunes, J. E., Duque, M. A., de Freitas, T. F., Galina, L., Timmers, L. F., Bizarro, C. V., ... &
Ducati, R. G. 2020. Mycobacterium tuberculosis shikimate pathway enzymes as targets
for the rational design of anti-tuberculosis drugs. Molecules, 25(6), 1259.
Nurika, I., Hidayat, N., Anggarini, S., & Azizah, N. 2022. Rekayasa Bioproses. Universitas
Brawijaya Press.
Saifudin, A. 2014. Senyawa alam metabolit sekunder teori, konsep, dan teknik pemurnian.
Deepublish. Yogyakarta
Singh, B. P., Rateb, M. E., Rodriguez-Couto, S., Polizeli, M. D. L. T. D. M., & Li, W. J. 2019.
Microbial secondary metabolites: recent developments and technological challenges.
Frontiers in microbiology, 10, 914.
Süssmuth, R. D., & Mainz, A. 2017. Nonribosomal peptide synthesis—principles and prospects.
Angewandte Chemie International Edition, 56(14), 3770-3821.
Okafor, N. & B. C. Okeke. 2018. Microbiology and Biotechnology. 2nd Ed. CRC Press. New
York