5.1. Enzims de ZN (JJFA)

You might also like

Download as pdf or txt
Download as pdf or txt
You are on page 1of 17

Zinc 4s2 3d10

Abundància natural, extracció i utilització


En l'escorça terrestre relativament poc abundant Minerals:
blenda (wurtzita): ZnS
smithsonita: ZnCO3
willemita: Zn2SiO4
cincita: ZnO
Element essencial en sistemes biològics (traça 2,3 g) per home de 70Kg. Moltes
metal·loenzims de Zn (200).
Extracció: Q C
ZnS ZnO Zn + CO

Aplicacions: Aliatges amb molts de metalls (P.e. amb Cu: llautó). Galvanitzat. ZnO
blanc (pintures, fàrmacs,...). Pila seca (ànode de Zn, càtode de C. També tenen
MnO2 i NH4Cl)

Zn recobert de Cr acer recobert de Zn pila seca

Propietats generals, estats d'oxidació


Zn metall maleable (100-150ºC), conductor d'electricitat. Metall Reductor.
Zn metall molt més reactiu que el Cu

2Zn + O2
Q
2ZnO Zn(II)(aq.) + 2e- Zn Eº= -0,76v

Es dissol en àcids no oxidants (despren H2): Zn + 2HCl Zn(II)aq. (ZnCl2) + H2


Es dissol en àcids oxidants: Zn + 4HNO3 2Zn(NO3)2 + 2NO2 + 2H2O
Q
Zn + 2H2SO4 conc. ZnSO4 + SO2 + H2O
Estat d'oxidació: Zn(II) [d10]
Composts de Zn(II) (d10) amb caràcter covalent Similitud amb els de Mg(II).
Química del Zn(II) d10:

En solució aquosa: [Zn(H2O)6]2+ que experimenta hidròlisi perdent H+:

Zn(aq.), [Zn(H2O)6]2+ [Zn(H2O)5(OH)]+

H+ OH-

O2 NH3 conc.
Zn Q
ZnO Zn(OH)2 [Zn(NH3)4]2+ [Zn(NH3)6]2+
H2O
color blanc OH- caràcter amfòter:
molt estable
caràcter amfòter OH- OH 2
estructura wurtzita
[Zn(OH)4]2- Zn
OH
HO
OH

Halurs binaris:
HF / Q
Zn ZnF2 caràcter més iònic. PF majors. Menor solubilitat. Estructura del TiO2
HCl / Q
Zn ZnCl2
Zn Br2 ZnBr2
caràcter més covalent (Estructures en capa), Més solubles
(formació d'halurs complexos P.e. ZnCl42-)
I2
Zn ZnI2
Cl 2

ZnS (blenda i wurtzita) Zn


Cl
Cl
ZnSO4·7H2O Cl

ZnCO3·2Zn(OH)2·xH2O

Zn(NO3)2·6H2O (presència de Zn(H2O)2+ a


l'estructura sòlida)

Complexos: No tenen EECC. L'estereoquímica dels composts està determinada per


factors de grandària, interaccions electrostàtiques, forces covalents,..

Td [Zn(CN)4]2- [Zn(NH3)2Cl2]
Piràmidal Quadrada Zn(acac)2·H2O
Oh [Zn(NH3)6]2+
Zn(II) Grup 12:
Zn [Ar] 3d104s2
Cd
Hg

Característiques generals i úniques del Zn(II):

*Zn(II) radi iònic petit (0.69A)


*Només un sol EO Zn(II): [Eº(Zn(II)/Znº) = -0.7619v]. No participa en R. Redox
*Relació q / r alta : bon àcid de Lewis (Ic baixos: 4, 5 augmenten l'acidesa)
*d10 EECC=0 Flexibilitat de coordinació (adopta geometries 4, 5 i 6)
*En solució geometria octaèdrica més important. Amb N (imidazol) geometria tetraèdrica típica
*àcid frontera (HSAB): unió a bases dures i blanes (N, O, S, X,...)
*L'espècie [Zn(H2O)6]2+ presenta acidesa moderada i genera [Zn(H2O)5(OH)]+ (pka=8.95)
*L'espècie [Zn(H2O)6]2+ presenta labilitat per a l'intercanvi de molècules H2O (vm=10-7 s)
*catió incolor d10 i diamagnètic: Dificultat per a la caraterització de l'entorn del Zn(II)

El Zn en els essers vius:


*Element essencial per al creixement i desenvolupament de totes formes de vida
*Component essencial de moltes (200) proteïnes/enzims (estabilitat i funció)
* 2-3g de Zn en el cos humà (70Kg) Després del Fe, el segon metall traça més
*Ingesta diària: 10-20mg abundant en el cos humà

*Absorbit a l'intestí prim per mecanismes de difussió pasiva i proteïnes transportadores


*Un cop a la sang: L'albúmina enllaça les 2/3 parts del Zn total i la α2-Macroglobulina 1/3 del Zn
*En el suero: La transferrina enllaça al Zn(II)
*Després passa a l'interior de la cèl·lula (99%): [Zn]=ó< 10-9M citoplasma ; [Zn]=ó >10-3M
vesícules
La [Zn] lliure en el citosol despreciable i regulada per 2 proteïnes: ZUR i ZntR
El Zn atravessa la membrana mitjançant proteines transportadores específiques P1: Per entrar en
el citosol: ZIP (ZRT1 i ZRT2) i per sortir del citosol: CDF.
Un cop en el citoplasma la [Zn] regulada per proteïnes que enllaçen el Zn(II):
MT (Metalotioneïnes) [amagatzament, homeostasi i destoxificació]
Proteïnes Px
*Còm la proteïna Px discrimina al Zn(II) dels altres metalls presents?
Sèrie Irwing-Williams: Cu(II)>Zn(II)>=Ni(II)>Fe(II)>Mn(II)
El Cu(II) s'uneix més fort a la MT; El Ni(II) sol adoptar coordinació octaèdrica; El Fe(II) s'elimina
amb el citrat i la ferritina; El Mn(II) és bombejat fora de la cèl·lula juntament amb el Ca(II).
*El complex [ZnMT] és més estable que el [ZnPx]. Per què és forma el [ZnPx]? MT comportament
reductor amb probable formació de -S-S- i alliberament de Zn(II) que és coordinat per Px.
*Gran varietat d'enzims de Zn [ZnPx] i sistemes de regulació de l'expressió genètica.
Zn(II) d10: incolor, no dona bandes al visible. Problemes per a la
caracterizació de l’entorn del Zn(II)

Catió ideal substitut del Zn(II)


que tengui transicions d—> d ?

* Còm extreim el Zn(II) de la proteina?


Amb lligands quelats tipus: 1,10-Phen ò 2,6-dipicolinat

OOC N COO
N N

* A la Apoproteina s’afegeix el catió seleccionat. Quín?

Zn(II) d10 0,69Å Td, Oh,…

Cu(II) d9 0,72Å Td(dist), Pla. Qua.,Piram. Qua., Oh,… radi


Ni(II) d8 0,68Å Pla. Qua., Oh,… similar

Co(II) d7 0,82Å Td(AE), Piram. Qua., Oh,…


Fe(II) d6 0,92Å Td, Oh,…

Aspecte important: Cu(II) i Ni(II) Millors àcids de


Zn(II) EECC=0 Lewis, Kestab complex Oh major
(catió esfèric) PERO Cu(II) té comp. REDOX
Ni(II) compl. Td no tan estables
Co(II) d7 Es comporta
com esfèric en Compl. Per Complexos Td Zn(II) més
Td (AE) estables estables

Per què la natura ha seleccionat el Zn(II) com a catió àcid?


*
Incorporació, transport i utilització del Zn(II):

cèl·lula mitocondries

aparell de Golgi

Zn-MT: Metalotioneina
proteines P6
nucli
Complex Zn-GSH proteines P2
[Zn] lliure molt baixa: proteines P3
Control per :
proteines ZUR i ZntR
proteines P4
citosol (als ribosomes) transportador proteines P1 (ZIP, CDF)

Zn(II)
sèrum
Zn(II)-α2-Macroglobulina
Complexos de Zn(II)-Albúmina Zn(II)-Transferrina
sang

intestí
difussió pasiva / proteïnes transportadores

Zn(II) absorbit desde el tracte intestinal


Zn(II)

Funcions biològiques del Zn(II):

*Paper Catalític / cocatalític en enzims: polarització d'enllaços amb el substrate (CPA, ...)
*Estabilitzador estructural (SOD, Insulina,...)
*Paper de regulador i control cel·lular en metaloproteines especials (Zn fingers)
*Homeostasi (ZUR, Metal·lotioneïnes,...)

Tipus d'enzims (General):

Classe I: Oxidoreductasses (catalitzen R.Redox) P.e. ADH, SOD,...


Classe II: Transferasses (catalitzen R. Transferència de grups)
Classe III: Hidrolasses (catalitzen R. d'hidròlisi) P.e. CPA, FA,...
Classe IV: Liasses (catalitzen R. d'addició de grups a dobles enllaços C=X (X=C,O,N i S) ò
formació de dobles enllaços C=X per eliminació de grups) P.e. AC,...
Classe V: Isomerasses (transferència intermolecular de grups per generar isòmers)
Classe VI: Ligasses (formació d'enllaços C-C, C-O, C-N i C-S per condensació amb consum
d'ATP),

Tipus de coordinació del Zn(II) a les proteïnes:


OH OH2 OH2 N
2

Zn Zn Zn Zn
O N S S
N N N N
N N S S

CARBOXIPEPTIDASA (CPA): enzim que catalitza la hidròlisi de l'enllaç peptídic terminal


(carboxil) especialment si l'aminoàcid terminal té un grup
aromàtic.
CARBOXIPEPTIDASA [CPA]: enzim que catalitza la hidròlisi de l'enllaç peptídic terminal
(carboxil) especialment si l'aminoàcid terminal té un grup aromàtic.
CH2Ph
O
centre actiu: N(His 69)
H2O + H2O
(Td irregular) R C NH CH COO
Zn
N(His 196) CH2Ph
O
O(Glu 72)
[COO mono ó bi coordinat] R C OH H2N CH COO

*Varies formes conegudes(RX) en humans, bovines i rates.


*CPA bovina (Bos taurus PDB: 5CPA).
Massa Molecular 34500 Daltons, 1 Zn i cadena de 307 Aminoàcids.
*El Zn(II) es pot substituir per Co(II) i altres cations (l'activitat de l'enzim es modifica però la unió del
substrate és similar)

PDB: 5CPA
Mecanisme proposat:

H2C
Glu 270
H2C Glu 270 O
O CH2 Tyr 248 C CH2
Tyr 248 C O O
O O H H δ+
H H δ H H R
- cadena peptídica
H R cadena peptídica CH2 N O
C C NH
substrat
CH2 N CH
C C NH
substrat
CH C H
C O
O O O
O O N
N Zn His 69
Zn His 69 H H
H H HN NH O
HN NH O N Glu 72
N
Arg 145 CH
Glu 72
Arg 145 CH His 196
His 196 NH
NH

H2C Glu 270


O
Tyr 248 C CH2
O O
H H R cadena peptídica
H substrat
CH2
CH
NH OH C C NH
C O
O O
N
Zn His 69
H H O
HN NH N Glu 72
Arg 145 CH His 196
NH

1. Reconeixement del grup COO terminal del pèptid i coordinació del CO


peptídic amb el Zn(II)

2.Polarització del C δ+ = O δ- peptídic i atac al Cδ+ d'una H2 O

3.Es protona el COO (Glu 270); El grup OH de la Tyr 248 interacciona amb
el NH peptídic transferint un protó (formació de R-NH2(+)-C); L'hidroxil
ataca al C peptídic.

4.Es trenca l'enllaç peptídic, surten els productes d'hidròlisi i entra una H2O
que es coordina al Zn(II)
ANHIDRASA CARBÒNICA [AC]: enzim que catalitza la hidratació reversible del CO2.

CO2 + H2O HCO3 + H

centre actiu: HN HN β-AC (dímer)


(Td irregular)
N N
S(Cisteina)
α-AC N(His 96) N(His 96) H O(Aspàrtic)
γ-AC H2O OH
Zn
Zn Zn S(Cisteina)
N(His 119) N(His 119) N(Histidina)
N(His 94) N(His 94)

forma inactiva forma activa

*Es troba en plantes, animals (home


ACH), PDB: 1AC2 i microorganismes
*ACH 30.000 Da en el citosol,
membrana o saliva.
*La substitució del Zn(II) per Co(II)
manten el 100% d'activitat enzimàtica.
*Estudis IR indican que el CO2 no es
coordina al metal.
*En el cicle catalític de α-AC i γ-AC sembla
clar que la molècula H2O coordinada té fàcil
desprotonació (gràcies a un imidazol de
histidina propera) formant l'hidroxil coordinat
que presenta encara marcada nucleofilia (pH
fisiològic)

δ+
Mecanisme proposat: O C O
CO2 N(His 96) δ-
O H
I.Bertini (1982) H O
Zn H
N(His 96) N(His 119)
O H N(His 94)
H O EOH...H2O (CO2)
Zn H
N(His 119)
N(His 94)

EOH...H2O
O
H C O
regeneració N(His 96) H
O
H O
H2O Zn H
N(His 96) N(His 119)
H N(His 94)
Zn O reestructuració
N(His 94) H
O
N(His 119)
C O
N(His 96) H
E H2O O H
Zn O
O eliminació Ic=5
C N(His 94) H
O
H N(His 119)
O
E (HCO3-) H2O
ANHIDRASA CARBÒNICA [AC]: enzim que catalitza la hidratació reversible del CO2.

CO2 + H2O HCO3 + H

β-AC (dímer)
S(Cisteina)
O(Aspàrtic)
Zn
S(Cisteina)
N(Histidina)

Mecanisme proposat: En el cas de la forma β-AC (dímerica) el centre actiu no presenta


H2O i el mecanisme és diferent. El grup hidroxil coordinat es pot
generar per l'aproximació d'una H2O i intervenció del grup
aspartat. La resta del cicle seria similar amb atac del Zn-OH al
CO2, formació del HCO3 coordinat al Zn, reestructuració,
eliminació i regeneració de l'Aspartat coordinat per desprotonació
previa.
H H δ+
O O C O
O S(Cys) δ- H
Asp O
H O
(Cys) S O Zn H
S(Cys)
Zn N(His)

N(His) S(Cys)

O
H H2O C O
regeneració S(Cys)
O H
HAsp H O
Zn H
S(Cys)
N(His)
reestructuració

O eliminació O
C O
H C O
O S(cys) H
O H
Zn O
Ic=5
N(His) H
S(Cys)
ALCOHOL DESHIDROGENASA[ADH]: enzim que catalitza l'oxidació d'alcohols primaris
(etanol) a aldèhids. Requereix la participació del NAD / NADH (coenzim).

R-CH2-OH + NAD+ R-CHO + NADH + H+. S(Cys)


S(Cys)
2 tipos de Zn: Zn
S(Cys 46) S(Cys)
H2O S(Cys)
centre actiu:
(Td irregular) Zn funció estructural
N(His 67)
S(Cys 174)

funció catalítica
PDB:1QLH

*Es troba com a dímer en els


mamífers.(PDB:1QLH)
*Cada subunitat (40.000 Da) té 2
zones importants: On s'enllaça el
substrat [domini catalític amb 2 ions
Zn(II)] i on s'uneix el coenzim.

*La funció del Zn(II) catalític del


centre actiu és la d'enllaçar el substrat
(etanol) i desprotonarlo generant
l'etanolat.
Mecanisme proposat: *El NAD+ és reconegut via enllaços febles amb Asp 223, Arg47,
Arg 369 i Lys 229. quan s'uneix canvia la conformació de l'enzim.

Asp223 Lys228 *El NAD+ és el que realitza l'oxidació:


NAD+ + 2e- + H+ ---> NADH
O O NH2
H H H H Arg47
O O H2N N

O NH
O H
N N O P H Arg369
N N O O H HN
N
NH2 P O H2N
O O
S(Cys46)
Ile269 HO O Zn S(Cys174)
C O HO H2C O
N H
HN CH3 N(His67)
NAD+
O
NH2
S(Cys46)
Zn S(Cys174)
HC O
N N(His67)
NADH CH3
O H
H
H2N
FOSFATASA ALCALINA [FA]: enzim que catalitza la hidròlisi de monoèsters
fosfat d'alcohols primaris i secundaris, de fenols i mononucleòtids (ATP, AMP,...) a
pH bàsic.
O
*Ampliament distribuïda en animals
O2N O P O + H2O
(humans), bactèries. (pro i eucariotes)
*Massa Molecular 94.000 Daltons O

(RX) (Apoenzim de E. Coli que R


O
consta de 2 subunitats ). PDB:
1ALK O2N OH HO P O
* 4 Zn per mol ( 2Zn i 1Mg en O
cada subunitat). 2Zn per a
l'activitat enzimàtica i 2Zn per a centre actiu: amb fosfat
mantenir l'estructura quaternària. N(His 331)
subunitat
*No catalitza la hidròlisi de (si no hi ha fosfat Zn1
N(His 412)
fosfodièsters i és més activa a pH=8. (Enzim en repòs)
O O O
*Aplicació de l'activitat de la FA hi ha 1 o 2H2O) O
P
O (Asp 327)
en sèrum humà diagnòstic de O
malalties OH2 H2O
Zn2 N (His 370)
*La substitució del Zn(II) per Co(II) OH2 Mg
O
O
disminueix l'activitat enzimàtica (Asp 51) O(Asp 369)
(155 Thr)O
O (Glu 322)

PDB:1ALK
PDB:1ALK
Mg

Zn2

Zn1

Arg166

Ser102
Mecanisme proposat:
E E-ROP

Zn1 R Zn1
Arg 166 Arg 166
H HN H H H O O
ROP HN
N C N C P
NH NH O O
H H
Zn2 H Zn2
HO O
CH2 CH2
Cα Cα
Ser 102 Ser 102

Pi Pi +H2O
RO
E-Pi E-P
H
Zn1 O Zn1
Arg 166 Arg 166 H
O
H HN H O H HN H O
N C O
N C P P
N H O O NH O
H H
H Zn2 O Zn2
O
CH2
CH2
Cα Ser 102 Cα
Ser 102

1. El substrat ROP s'enllaça amb el Zn1 mitjançant l'oxigen i interaccionant


debilment amb el Zn2. El fosfat es reconegut per el grup guanidini de Arg 166.

2. Interacció del OH de la Ser 102 amb el Zn2.

3. Desprotonació del OH de la Ser 102 i atac del SerO- al P. Sortida del RO-.

4. Formació de l'intermedi E-P (Serina 102 fosforilada). Una H2O es coordina al


Zn1.

5. Formació del grup Zn1-OH- que ataca al P hidrolitzant l'enllaç SerO-P per a
formar E-Pi.
ZINC FINGERS

Elements estructurals constituïts per cadenes relativament curtes d'aminoàcids plegades


i unides mitjançant un Zn(II) formant una especie de dit. Aquests sistemes formen part
de les proteïnes que reconèixen determinades sequències de bases en el DNA i que per
tant són fonamentals per a l'activació i regulació de l'activitat genètica.

X
X X P.e. El TFIIIA (factor de transcripció IIIA) és una
X X proteïna que s'uneix especificament a uns 45
parells de bases del DNA.
Phe Leu
X X
Si s'elimina el Zn(II) amb EDTA, es perd la capacitat
X X d'unió al DNA. Si s'adiciona el metall (també amb
X altres conc. de Co(II), Ni(II), Fe(II) o Mn(II))
X Cys His X l'activitat apareix novament.

X Zn(II)
X
Cys His El Zn(II) s'uneix de 10 3 a 10 5 vegades més fort
X X
Tyr X : aminoàcid variable X El plegament forma una hèlix curta:
entorn tetraèdric del Zn(II)

Aquests elements estructurals s'uneixen entre si formant


sequències de 2 (Proteina Yeast ADR1), 3(Mouse His
Zif268), 5(Human GLI), 9(Xenopus TFIIIA) Zn fingers: Cys

Cys His

També es coneixen sistemes similars en els que el Zn(II) es coordina de forma diferent

proteïnes receptores d'esteroìds proteïna reguladora GAL4


proteïna nucleocapsid
Cys
Cys Cys retroviral
Cys His
Cys
Cys
Cys Cys Cys Cys
Cys
Cys Cys

You might also like