Щоб провести свій власний експеримент CRISPR, все, що вам потрібно

знати, це як створити власну gРНК. gRNA збігається з геном, який потрібно

змінити, і вказує білку Cas9, де потрібно відрізати. Єдина вимога полягає в
тому, щоб ген мав два нуклеотиди гуаніну (G) або два нуклеотиди цитозину
(C) поруч один з одним. Це називається PAM або Protospacer Adjacent Motif і
позначається послідовністю NGG або CCN, де «N» означає будь-який
нуклеотид. На щастя, вам не потрібно робити це самостійно, оскільки є веб-
сайти, які можуть вибрати за вас!

Перейдіть на сторінку^

http://chopchop.cbu.uib.no/

Для In вибрали E. coli str. K12/MG1655

Для Target вибрали rpsL ген, модифікований у цьому експерименті

Що ви побачите, це рейтинг gРНК на основі того, наскільки вони унікальні

(тобто інші місця в геномі не були випадково вирізані), а також інші
властивості, які роблять хорошу гРНК

Наша послідовність гРНК у цьому експерименті –

GGAGTTCGGTTTTTTTAGGAG. Якщо ви шукаєте, він займає 14 місце.
Тож чому вибрати gРНК №14 у рейтингу? У нашому випадку ми вибрали цю
gРНК, оскільки вона настільки близька до позиції в гені, що ми хочемо
змінити ДНК. Це підвищує ймовірність того, що матрична ДНК буде
вставлена в геном. Якщо ви просто намагаєтеся нокаутувати ген, найкраще
вибрати найкращу gРНК, яка зустрічається в гені раніше. У цьому випадку
ми, ймовірно, виберемо №6 (найбільш ранній) або №1 (найкращий і все ще
ранній).

Ви можете використовувати ті самі методи для розробки gРНК для інших

організмів. Замість E. coli просто введіть назву організму та виберіть ген.
Наприклад, нокаут міостатину у тварин робить їх дуже м’язистими. Ви
можете знайти gРНК, яка буде націлена на ген MSTN або міостатину у людей.