1

Genetika Molekularra
5. gaia. Material genetikoaren erreplikazioa

5.1. Erreplikazioaren izaera erdikontserbakorraren

froga esperimentalak
5.2. DNAren sintesia E. colin: erreplikazio-jatorria,
sardexka eta erreplikazio-unitateak
5.3. DNAren sintesia eukariotoetan
5.4. Telomerasaren funtzioa eta telomeroen
erreplikazioa

Begoña Jugo irakaslea

Genetika arloa
 2

Erreplikaziorako eredu posibleak

Erreplikazioa: DNA kopiatzeko prozesua, transmititu ahal izateko.
Aukera teorikoak:
Kontserbakorra Erdikontserbakorra Sakabanatzailea
 3

5.1. Erreplikazio erdikontserbakorraren froga esperimentala

Meselson eta Stahlen esperimentua (1958)

Prozedura
-Markaketa erradiosotopo batekin
-Gradente dentsitateko zentrifugazioa:
Molekulak orekan euren dentsitatea medioaren
berdina denean.
 4

5.1. Erreplikazio erdikontserbakorraren froga esperimentala

Meselson eta Stahlen esperimentua E. colin-Emaitzak

Ondorioa: erreplikazioa erdikontserbakorra da.

 5

Erreplikazio-motak:
1) Theta erreplikazioa- DNA molekula zirkularretan
bakterioetan ematen dena. E. coli adibide gisa

2) Zirkulu birakoien bidezkoa- DNA molekula zirkularretan

Birus batzutan

3) Erreplikazio lineala
Eukariotoetan ematen dena
 6

5.2 DNAren erreplikazioa E. colin

Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 7

*Erreplikazioaren hasiera

 Erreplikazio-jatorria E.
colin: oriC (origin of
Chromosomal replication)

 oriC-n 3 sekuentzia-
motek garrantzi
funtzionala dute:
 AT-rich eskualdeak

 DnaA kutxak

 GATC metilazioarako

lekuak
Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 8

*Erreplikazioaren hasiera

 DNA replication is initiated by the binding of

 Other proteins such as HU and
DnaA proteins to the DnaA box sequences
IHF also bind.
 This binding stimulates the cooperative
 This causes the region to wrap
binding of an additional 20 to 40 DnaA
around the DnaA proteins and
proteins to form a large complex
separates the AT-rich region

Figure 11.6
 9

*Erreplikazioaren hasiera
Composed of six subunits
Travels along the DNA in
the 5’ to 3’ direction
Uses energy from ATP

Figure 11.6 Erreplikazio bidirekzionala!

 10

DNAren erreplikaziorako entzimak: Girasak (topoisomerasak)

 11

DNAren erreplikaziorako entzimak:Helikasak; SSBP proteinak; DNA girasak

 12

DNAren erreplikaziorako entzimak: Polimerasak

•DNA sintetizatzen (erreplikatzen) duten entzimak:

•E. colin
•I DNA polimerasa (hutsuneak bete eta konpondu)
•II eta III DNA polimerasak
(azken honek du funtzio nagusia sintesian)
•5’ → 3’ norabidean baseak gehitu katea bietan
•3’ OH finala behar du

•Eukariotoak
•Zenbait polimerasa nagusi
•α eta β nagusi erreplikazioan
•δ, ε eta γ exonukleasak
•Proba-zuzenketa: 3’ → 5’ aktibitate exonukleotidikoa. Desegoki
parekatutako baseen (10-5) egokiengatik ordezpena (10-7);
•konponketa-mekanismo gehigarriek gutxitu egiten dute 10-10
 13

DNA polimerasaren erreakzioa

 DNA polimerasak fosfodiester lotura katalizatzen du:
 Sartzen den deoxinukleotido trifosfatoaren barruko talde fosfatoa eta

 Aurreko deoxinukleotidoaren azukrearen 3’-OH artean

 Prozesuan, sartzen den bi azken fosfatoak askatzen dira, Pirofosfato

moduan(PPi)
 14

DNA polimerasaren
erreakzioa

Innermost
phosphate

Figure 11.10
 15

Bakterioen DNA polimerasen ezaugarriak

Table 11-2 Copyright © 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.

 16

Bakterioen III DNA polimerasaren osagaiak

Table 11-3 Copyright © 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.

 17
Erreplikazio-jatorria: oriC
Theta (ϑ) erreplikazioa Erreplikazio-sardexka; erreplikazio-burbuila

Erreplikona=erreplikazio-unitatea
 18

Theta (ϑ) erreplikazioa Leading strand:

Harizpi gidaria edo
aurreratua
Lagging strand: harizpi
jarraitzaile edo atzeratua
 19

Erreplikazioaren
amaiera-Molekulen
askapena: DNA
Catenanes
topoisomerasak

Catalyzed by
DNA topoisomerases

Figure 11.12
Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 20

Konpondu beharreko arazoak DNAren

erreplikazioan

(a) Helizea desbiribilkatzeko eta horrela mantentzeko

mekanismoa

(b) Hasle bat izatea, III DNA polimerasak polimerizazioa has

dezan

( c)DNAren sintesia bi kateatan ematea

(d) Zuzenketa-mekanismo bat akatsen zuzenketarako

 21

Keep the parental

Breaks the hydrogen strands apart
bonds between the
two strands (a) Helizea desbiribilkatuta

Alleviates
supercoiling

Synthesizes an
RNA primer

Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 22

DNA polymerases cannot

initiate DNA synthesis
(b) Hasle bat
III DNA
Problem is overcome by polimerasarako
the RNA primers
synthesized by primase

Problem is overcome by
synthesizing the 3’ to 5’
strands in small fragments

DNA polymerases can

attach nucleotides only in
the 5’ to 3’ direction

Figure 11.9 Unusual features of DNA polymerase function

 23

(b) Hasle bat III DNA polimerasarako

• RNA primasa
• I DNA polimerasa
 24

DNAren erreplikazioa(2)
•Jarraia (katea aurreratua, haslea hasieran soilik) eta
ez-jarraia (katea atzeratua)

•Ez-jarraia
•Haslea (RNA txikia primasa entzimak gehituta
•Okazaki zatia III DNA pol (1500 bp
prokarioetan; 150 eukariotoetan)
• I DNA Pol entzimak haslea kendu eta
hutsuneak betetzen ditu
•Ligazioa (DNA ligasa, fosfodiester lotura)
 25

(c) DNAren sintesia bi kateatan

 26

DNAren sintesi
jarraia eta ez-jarraia
 27

DNAren sintesi
jarraia eta ez-jarraia

• Katea
antiparaleloetan
aurreratua
(leading) eta
atzeratua (lagging)
harizpiak daude.
 28

DNA ligasak
I DNA polimerasak
hutsitako hutsunea
ligatzen du.
 29

DNA ligasaren ekintza

Fig. 3.7 Action of DNA ligase in sealing the gap between adjacent DNA fragments to
form a longer, covalently continuous chain

Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
 30

DNAren erreplikazioa (3): Erreplikazio-konplexuak

 DNA helikasa eta primasa bata besteari loturik daude, primosoma izeneko
konplexua eratzeko
 Norabidea markatzen du erreplikazio sardexkan

 Primosoma DNA polimerasa holoentzimarekin asoziatzen da erreplisoma

osatzeko.

Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 31

DNAren aldibereko sintesia katea bietan

Harizpi aurreratu eta atzeratuan DNAren sintesia aldiberekoa da.

Gero proba-irakurketa ematen da.
 32

(d) Zuzenketa-mekanismo bat akatsen zuzenketarako

 DNA polimerasaren proba-zuzenketa funtzioa

 DNA polimerasek gaizki parekatutako (mismatched)

nukleotido bat identifikatu dezakete eta harizpi berritik
kendu
 Horretarako, entzimak 3’ - 5’ exonukleasa aktibitatea
erabiltzen du.
 Orduan norabidea aldatzen du eta DNA sintesiarekin
jarraitu 5´-3´norabidean.
 33

DNA polimerasaren
proba-zuzenketa
funtzioa

Site where DNA

backbone is cut

Figure 11.14 A schematic drawing of

proofreading
Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 34

Erreplikazio,
gene askoz
kontrolatuta
dago
 35

DNAren erreplikazioaren beste eredu bat

molekula zirkularretan: zirkulu birakoia

Plasmidoetan, bakteriofagoetan,
DNA eta RNA birus batzutan
 36

DNAren erreplikazioaren beste eredu bat

molekula zirkularretan: zirkulu birakoia
 37

5.3. Erreplikazioa eukariotoetan

Prokariotoen antzekoa baina
konplexuagoa

• Erreplikazio-jatorri anitzak
• DNA Polimerasa desberdinak
• Telomeroen erreplikazioa
• Nukleosoma berrien osaketa
 38

Bidrectional
DNA synthesis

Replication
forks will
merge

Figure 11.20
Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 39

Eukariotoen DNA
nuklearrean erreplikazio-
jatorri asko daude.
Erreplikazio-unitate
bakoitza erreplikon bat da.
Erreplikazioa
bidirekzionala da.
 40

Leading strand: harizpi gidaria

Lagging strand: harizpi jarraitzailea
41
 42

Eukariotoek zenbait DNA polimerasa dituzte

 Ugaztunen zeluletan dozena bat DNA polimerasa-

mota baino gehiago daude.

 Lauk: alpha (α), delta (δ), epsilon (ε) and gamma (γ)
DNAren erreplikazioan funtzio nagusia dute.
 α, δ and ε  DNA nuklearra
 γ  DNA mitokondriala

Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 43

Eukariotoek zenbait DNA polimerasa dituzte

Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
 44

Eukariotoek zenbait DNA polimerasa dituzte

• zenbait DNA polimerasa eukariotikoen

ezaugarriak
 45

Azken pausua eukariotoetan: Nukleosoma berrien sintesia

Newly made
histone
proteins
 46

5.4. Telomeroen erreplikazioa

 DNA polimerasak bi ezaugarri berezi ditu:
 1. DNAren sintesia 5´-3´norabidean egiten du

 2. Ezin du berez DNAren sintesia hasi.

 Ezaugarri hauek arazo bat sortzen dute kromosoma

linearren 3´muturrean.

Copyright ©The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display
47
 48

Telomeroen erreplikazioa

 Arazo hau konpontzen ez bada, kromosoma linearrak gero eta

laburragoak dira, DNAren erreplikazio-erronda bakoitzean.
 Zelulek arazo hau DNA sekuentziak telomeroen muturrera gehituz
konpontzen dute.
 Honek mekanismo espezializatu bat behar du telomerasa entzimak
katalizatutakoa
 Telomerasak proteinaz eta RNAz daude osotuta.
 RNA errepika telomerikoaren DNA sekuentziarekiko osagarria

da.
 Honek telomerasa 3’ harizpi askera lotzea baimentzen du.

Helduetan, telomerasa jarraian zatitzen diren zeluletan: adierazten da

bakarrik: esperma-zeluletan, epidermi zeluletan, T eta B linfozitoetan eta
zenbait stem zeluletan. Zelula somatikoen gehiengoan telomerasa ez da
adierazten.
 49

Telomeroen
erreplikazioa

Step 1 = Binding

The binding-
polymerization- Step 2 = Polymerization
translocation cycle can
occurs many times

This greatly lengthens

one of the strands
Step 3 = Translocation

The complementary
strand is made by primase,
DNA polymerase and ligase

http://www.lifelength.com

RNA primer
 50

Erlazionaturiko gaixotasunak
 51

3. praktika: Kromosoma arlekinatuak eta

kromatida ahizpen arteko trukea (Sister Chromatide
Exchange, SCE).
 52

3. praktika: Kromosoma arlekinatuak

Telomerase prevents telomere shortening

3'
5'
DNA Replication
Telomere shortening:

•telomeric chromosome fusions

DNA Replication •chromosome instability
•replicative senescence
•cell death

Telomerase

DNA Polymerase Telomere length maintenance:

•essential for replicative immortality