Elektroforeza SDS-PAGE (sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis) to
technika separacji białek w żelu poliakryloamidowym oparta na różnicach w masie
cząsteczkowej białek. Proces ten polega na użyciu siarczanu dodecylu sodu (SDS), który denaturuje białka i nadaje im ładunek ujemny proporcjonalny do masy cząsteczkowej.
Podczas elektroforezy białka migrują przez żel poliakryloamidowy w odpowiedzi na przyłożone
napięcie elektryczne. Białka o niższej masie cząsteczkowej przemieszczają się szybciej przez żel niż białka o większej masie cząsteczkowej. Po zakończeniu elektroforezy białka można wybarwić, aby uwidocznić i analizować ich rozmieszczenie w żelu. SDS-PAGE jest szeroko stosowane w biochemii, biologii i genetyce molekularnej do badania struktury białek, analizy czystości i identyfikacji białek.
Przygotowanie próbek białek: Białka są denaturowane, czyli rozkładane do postaci
liniowej, przez dodanie środka denaturującego, jakim jest siarczan dodecylu sodu (SDS). SDS wiąże się z białkami, nadając im ładunek ujemny, który jest proporcjonalny do masy cząsteczkowej białka. Przygotowanie żelu poliakryloamidowego: Żel poliakryloamidowy (PAGE) to macierz, przez którą będą przemieszczać się białka. Stężenie żelu może być dostosowane w zależności od rozmiarów rozdzielanych białek. Nałożenie próbek na żel: Próbki białek umieszcza się w studzienkach na górze żelu. Dodaje się również marker mas cząsteczkowych, który pozwala na oszacowanie mas białek na podstawie ich pozycji na żelu po zakończeniu elektroforezy. Elektroforeza: Żel jest umieszczany w aparaturze elektroforetycznej wypełnionej buforem prowadzącym prąd. Nałożenie napięcia elektrycznego powoduje, że białka o ładunku ujemnym zaczynają przemieszczać się w kierunku anody (elektrody dodatniej). Białka o mniejszej masie cząsteczkowej przemieszczają się szybciej niż te o większej masie, ponieważ łatwiej przechodzą przez macierz żelu. Wybarwianie i analiza: Po zakończeniu elektroforezy żel jest zabarwiany, aby uwidocznić oddzielone białka. Najczęściej stosuje się barwnik Coomassie, który łączy się z białkami i pozwala na ich wizualizację. Analiza żelu polega na porównaniu pozycji białek próbki względem markera mas cząsteczkowych, co pozwala na oszacowanie ich mas cząsteczkowych.