DEEPLABCUT

TUTORIAL
1.ADIM: Arama bölümüne Anaconda Promt yazarak arayüz açılmalıdır.

2.ADIM: Arayüz ekranına ilk olarak “activate deeplabcut” yazıp “enter” tuşuna basılır.
Ardından “python -m deeplabcut” yazılıp “enter tuşuna bastıktan sonra programın açılması
beklenir.
3.ADIM: Program açılınca böyle bir ekran çıkacak. Daha sonra sol üst köşede bulunan
“Manage Project” bölümüne tıklanır.

4.ADIM: a. Açılan sayfadaki “Name of the Project:” bölümüne yapacağınız projenin ismini
(örneğin, zebrafish_experiment), “Name of the Experimenter:” bölümüne de kendi isminizin
baş haflerini yazılır (örneğin SIS).
b. Ardından “Load Videos” bölümüne tıklanarak yapılmış olunan deneyin analize koymak için
şeçilen videoları seçilir.
5.ADIM: Deney videoları “Local Disk(D:)” klasöründe bulunan “NeuroLab” klasörünün
içindeki ilgili klasörde bulunmaktadır.

6.ADIM: İlgili deney klasöründe, deney videolarından seçim yapılmalıdır ve bu seçim

kullanılan her frekanstan 1’er video şeklinde yapılmalıdır.
7.ADIM: a.Video seçimi yapıldıktan sonra “Select the directory where Project will be
created” kutucuğu işaretlenerek oluşturulan klasörün kayıt yeri seçilmelidir. Klasörlerin
desktopa kaydedilmesi kolaylık sağlar.
b.Kayıt yeri seçildikten sonra sağ alt taraftaki ok tuşuna basılmalıdır.

8.ADIM: “Ok” tuşuna bastıktan sonra hemen alt tarafındaki “Edit config file” bölümüne
tıklanmalıdır.
9.ADIM: “Edit config file” tuşuna bastıktan sonra resimdeki gibi bir ekran açılacak. Bu
ekranda:
a. “bodyparts” bölümündeki “bodypart1, bodypart2, bodypart3, objectA” kısımlar silinerek
işaretlenmek istenilen kısımların isimleri yazılır. (örneğin zebrabalığı deneyleri için “fish” ve
“tube” yazılmaktadır.)
b. Daha sonra “numframes2pick” bölümünde deney videosunda kaç frame işaretlenmek
istiyorsa o sayı ile değiştirilir. Genel olarak yaptığımız deneylerde ideal sayı 50’dir.
c. Son olarak “dotsize” kısmından işaretleme yapılırken koyulan noktanın boyutu belirlenir.
İdeal boyutlar 3-6 arasıdır.

Değiştirme işlemleri yapıldıktan sonra sol üst köşede bulunan “File” bölümüne tıklanır ve
açılan pencerede “Save” bölümüne tıklanarak yapılan işlem kaydedilir.
10.ADIM: Kayıt işemi bittikten sonra, “Extract frames” aşamasına geçilir ve hiçbir değişiklik
yapılmadan “ok” tuşuna basılarak “Label frames” aşamasına geçilir.

*** Bu aşamaları gerçekleştirirken aynı zamanda “Anaconda Promt” ekranından yapılan

işlemler bakabilir ve işlem aşamalarının nerede olduğunu takip edebiliriz.
11.ADIM: “Label frames” aşamasında sol tarafta bulunan “Label Frames” tuşuna tıklanarak
videolar işaretlenmeye başlanır.

12.ADIM: “Label Frames” tuşuna tık landığında şekildeki gibi bir pencere açılmaktadır.
Pencerenin sol alt köşesinde bulunan “Load frames” tuşuna tıklanarak işaretleme yapılacak
video seçilir.
13.ADIM: Video seçme ekranında işlem yapılacak video seçildikten sonra sağ alt kısımdaki
”Select Folder” tuşuna tıklanır.
14.ADIM: İşaretleme ekranına gelindiğinde sağ tarafta bulunan “Select a bodypart to label”
kısmında “Edit config file” aşamasında işaretlemek için belirlenen “bodyparts” kısımları
bulunmaktadır.
*İşaretleme yapmak için görselde ilgili kısma gelindikten sonra mouseun sağ tuşuna
tıklanarak işaretleme işlemi yapılır, sol tuşuna tıklanarak da koyulan işaretin yeri
sürüklenerek değiştirilebilir. Eğer koyulan işaret silinmek isteniyorsa mouseun orta kısmında
bulunan tekerleğe tıklanarak silme işlemi gerçekleştirilir.
*Bir sonraki framede işaretleme yapmak için ekranın altında bulunan “Next>>” tuşuna
basılır. Bir önceki framee geçmek için ise “<<Previous” tuşuna basılır.
*Eğer işaretlenecek bölge büyütülmek isteniyorsa “Zoom” tuşuna basılarak büyütme işlemi
gerçekleştirilir. Ekranı eski boyutuna getirmek için ise “Home” tuşuna basılır.
*Ekran büyütüldükten sonra tüm işaretleme ekranlarının büyüklüğü ayarlanan biçimde
kalınması isteniyorsa “Lock View” kutucuğu işaretlenebilir.

*İşaretlemeler bittikten sonra “Save” tuşuna basılmalıdır. Ardından “Quit” tuşuna basılır.
“Quit” tuşuna basıldıktan sonra aşağıdaki gibi bir uyarı çıkacaktır. Eğer başka bir videoda
işaretleme yapılacak ise “Yes” tuşuna basılarak sonraki video seçilmelidir. Başka işaretleme
yapılmayacak ise “No” tuşuna basılarak bir sonraki aşamaya geçilmelidir.
15.ADIM: Labellama bittikten sonra “Check Labels”a tıklanarak programa labellar kontrol
ettirilir. Daha sonra “Create training dataset” aşamasına geçilir.

16.ADIM: “Create training dataset” aşamasında “Ok” tuşuna basarak “Train network”
aşamasına geçilir.
17.ADIM: “Train network” aşamasında iteration yapılarak programın yapılan labellama
işlemini öğrenmesi amaçlanmaktadır. Burada “Save iteration” kısmına “2000”, “Maximum
iterations” kısmına ise “50000” yazılmalıdır ve daha donra “Ok” tuşuna basılarak yaklaşık
olarak 2 saat programın öğrenmesi beklenir.

18.ADIM: Daha sonra “Evaluate network” aşamasında program hata yapıp yapmadığını
kontrol etmektedir. Bu aşamada sadece “RUN: Evaluate Network” bölümüne tıklanır.
19.ADIM: “Analyze videos” aşamasında tüm deney videolarında öğrenme işlemi
gerçekleştiriliyor. “Select videos to analyze” bölümüne tıklanarak deney videoları seçilir.

20.ADIM: Video seçimini deney videolarının olduğu “Local Disk(D:)” bölümünden deney
klasörü açılır ve tüm deney videolarının hepsi seçilerek “Open” tuşuna basılır.
!!! 20.Adım tamamlandıktan ve videolar yüklendikten sonra yapılması gereken en önemli
aşama ekranın sol kısmında bulunan “Want to save result(s) as csv?” kısmın “Yes” olarak
işaretlenmesidir. !!!

Bu işlemler tamamlandıktan sonra 19.Adımda bulunan görselde işaretlenmiş olan “Step 1:

Analyze Videos” bölümüne tıklanarak bu aşama tamamlanır. Her bir video 40 saniyelik bir
analiz aşamasından geçtiği için bir süre bu aşamada beklenmektedir.
21.ADIM: Son olarak “Create videos” aşamasında “Select videos” bölümüne tıklanarak bir
önceki aşamada seçilen videoların hepsi (“Local Disk(D:)” bölümünden ) tekrar aynı
klasörden seçilir ve “RUN” bölümüne tıklanarak işlem tamamlanır. Diğer aşamalara geçmeye
gerek yoktur bu aşama tamamlandıktan sonra “Anaconda Promt” ekranından işlemin bitip
bitmediği kontrol edildikten sonra program kapatılabilir.

*** Server bilgisayarın masaüstünde ve https://drive.google.com/drive/u/2/folders/1-

0TrOrnVWtDOvp_TLNyww7teQorUgq__ drive adresinde (Server bilgisayardaki Local
Disk(D:)’de NeuroLab klasörüne tıklanarak ulaşılabilir) bulunan “DLC_tutorial” videosu
izlenerek de adımlar takip edilebilir.