Professional Documents
Culture Documents
מבוא למיקרוביולוגיה - קובי
מבוא למיקרוביולוגיה - קובי
תוכן
מבוא 3 ............................................................................................................................................... :
מה המקור של מיקרואורגניזמים?3 ...................................................................................................................
רוברט כוך4 ................................................................................................................................................
השפעת המיקרואורגניזמים על חיינו6 .............................................................................................................. :
המיקרו אורגניזמים והחקלאות7 ......................................................................................................................
המיקרואורגניזמים ותעשיית המזון7 ................................................................................................................ :
המיקרואורגניזמים ותעשיית הביוטוכנולוגיה7 ................................................................................................... :
המיקרואורגניזמים ואקולוגיה7 ...................................................................................................................... :
אבולוציה – מבנה תא פרוקריוט ותא איאוקריוט 7 .........................................................................................
התיאוריה האנדו סימביוטית9 ..........................................................................................................................
חשיבות מיקרואורגניזמים9 ............................................................................................................................
תאים פרוקריוטים ואיאורקיוטים10 ..................................................................................................................
מורפולוגיה של חיידקים11 .............................................................................................................................
מבנים בתאי חיידקים 13 .........................................................................................................................
צביעת 13 .................................................................................................................................. GRAM STAIN
צביעת זיהל נילסן16 .................................................................................................................................... :
מבנה הדופן של החיידקים16 ......................................................................................................................... :
ממברנת התא21 ..........................................................................................................................................
מעבר חומרים דרך ממברנת התא23 .................................................................................................................
מבנים בתאי חיידקים 27 .........................................................................................................................
נבגים אנדוספורות27 ....................................................................................................................................
אברונים על פני שטח החיידק29 ......................................................................................................................
תנועה בחיידקים34 ......................................................................................................................................
גופיפים תוך תאיים38 ...................................................................................................................................
תזונת חיידקים – 38 ........................................................................................... BACTERIAL NUTRITION
מטבוליזם 38 ...............................................................................................................................................
מצעים לגידול חיידקים במעבדה – 42 ................................................................................................................
גידול חיידקים בתרבית 43 ...................................................................................................................... :
גידול לוגריתמי של חיידקים43 ........................................................................................................................
שיטות לקביעת כמות החיידקים45 ...................................................................................................................
כמוסטט תרבית המשכית47 ............................................................................................................................
השפעת טמפרטורה על גידול חיידקים49 ............................................................................................................
חלוקת המיקרואורגניזמים ל 4 -קבוצות על פי הטמפרטורה האופטימלית לגידולם50 ....................................................
גידול חיידקים בתנאי PHשונים51 ...................................................................................................................
זמינות מים לגידול מיקרואורגניזמים52 .............................................................................................................
חלוקת המיקרואורגניזמים לקבוצות על פי הצורך והסבילות לחמצן53 ......................................................................
תרבית העשרה55 ........................................................................................................................................
תרגילים55 ................................................................................................................................................ :
מטבוליזם 56 ........................................................................................................................................
ביואנרגטיקה – אנזימים 56 .............................................................................................................................
אגירת אנרגיה בתא 59 ...................................................................................................................................
נשאי האלקטרונים בתא במהלך תהליכי חמצון חיזור 59 .........................................................................................
מטבוליזם – תסיסה 60 ............................................................................................................................
מטבוליזם של גלוקוז 61 .................................................................................................................................
קטבוליזם של גלוקוז 62 .................................................................................................................................
גליקוליזה 63 .............................................................................................................................................. :
] [1
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [2
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מבוא:
תורה ‐Micro = small, Bio=living, logy
הראשון שגילה את האורגניזמים היה אנטוני ון לוון הוק – לוון הוק אסף נוזלים מכל מני מקומות
ובחן את האורגניזמים על ידי משחקים עם עדשות ,שהיו התחביב שלו.
פולרנס נייטינגל – הראשונה שהבינה כי מחלות מועברות מאדם לאדם – המשמעות הסטטיסטית
של מחלות זיהומיות.
לואי פסטר – תהליך התסיסה הספיציפיות של פעילות מיקרוביאלית .אבי המיקרוביולוגיה
והאימונולוגיה) .פיתח את החיסון נגד כלבת( .לואי פסטר בתחילת הדרך היה כימאי .הוא נקרא
להציל את תעשיית היין בצרפת .היין בהגדרתו הוא תסיסה של מיץ ענבים ,כאשר ביתר תסיסה
או עקב התפתחות חיידקים היין הופך לחומץ .לואי פסטר גילה שיין מקולקל מכיל חיידקים שהם
הובילו להפיכתו לחומץ .עוד גילה פסטר שבחימום היין מונעים את הפיכתו לחומץ על ידי הריגת
החיידקים .ניתן לסכם שלואי פסטר גילה את הקשר בין חיידקים לקלקול מזון.
מה המקור של מיקרואורגניזמים?
תאוריית הבריאה הספונטנית:
על פי תיאוריית הבריאה הספונטנית ,החיידקים נוצרים יש מאין באופן ספונטני .במאה ה17 -
החלו לשלול את התיאוריה הזו .אנשים חשבו שבבשר מתפתחות רימות ,כאשר הן נוצרות באופן
ספונטני .מה שגילה פרנצ'סקו רדי שרק בחתיכות בשר שהיו חשופות התפתחו רימות .על חתיכות
מסויימות שם גזה על הבשר ובהסירה גילה שהרימות התפתחו דווקא על הגזה ולא על הבשר.
כלומר מקור הרימות לא היה בבשר ,ולא בצורה ספונטנית.
מדען נוסף שנסה לשלול את תאוריית הבריאה הספונטנית הוא ספאציליאני – מרק חשוף לאוויר
התקלקל ,בתוך סיר ,חימם ומצא שלא התפתחו חיידקים.
לואי פסטר טען שחיידקים נמצאים בכל מקום אלא אם כן אנו מרחיקים אותם מהמקום ,זו
התאוריה הגורפת כיום )חיטוי/סטריליזציה( .טענו כנגדו שהחימום גמר את החמצן ולכן
החיידקים לא שרדו .באמצעות ניסוי צוואר הבקבוק הוכיח את דבריו.
ניסוי צוואר בקבוק
בניסוי זה לואי פסטר שלל את תיאוריית הבריאה הספונטנית .פסטר הוכיח שהחיידקים מגיעים
מהאוויר .קודם לביצוע הניסוי פסטר ידע שחיידקים יקלקלו את המזון ,וחימום מרחיק/הורג את
החיידקים .לואי לקח כלי עם פיה צרה שלתוכו הכניס מצע גידול לא סטרילי )להווצרות
חיידקים( .הוא כופף את צוואר הבקבוק וחימם את הנוזל .החיידקים מתו והחומר נשאר סטרילי.
פסטר השאיר את הפיה פתוחה כדי שיתקיים אוויר במערכת )כדי להוכיח שלא העדר האוויר הוא
שמנע את גידול החיידקים.
לואי פסטר עוד גילה שבצוואר הבקבוק הצטבר אבק ולכלוך וכל עוד הנוזל לא בא עמו במגע הוא
נשאר סטרילי ,ברגע שבא במגע עמו גילה שהופיעו חיידקים בנוזל .כלומר החיידקים שבאו
מבחוץ ,שקעו באופן מכאני )כוח המשיכה( לא הצליחו לעלות למעלה ולהגיע לנוזל .ניתן לומר
שהחיידקים הגיעו מהאוויר.
כאשר לואי פסטר קטם לבקבוקים את הפיה מלמעלה החיידקים הצליחו לחדור לבקבוק
ולהתקיים בנוזל.
] [3
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
רוברט כוך
הראשון להוכיח את הקשר בין חיידקים למחלות.
עבד על חידק האנטרקס ,גילה את החיידק של מחלת השחפת )פרס נובל(.
בתקופה שהוא פעל אחד מכל משבעה אנשים שנפטרו ממחלה זיהומית נפטרו כתוצאה משחפת.
רוברט כוך פעל בכפר גרמני,ועבד עם בקר שנפגע מהאנטרקס .הוא לקח דם מכבש שחלה
באנטרקס והדביק ארנבת .הארנבת מתה ,הוא לקח את הדם שלה והדביק ארנבת נוספת וגם היא
מתה .מה שרוברט כוך הראה זה שניתן להעביר את המחלה מפרט בריא לפרט חולה .אך הוא לא
הוכיח עדיין את הקשר בין החיידק למחלה )שכן העביר את הדם ולא בהכרח את החיידק( לרוברט
חסר הקישור בין החיידק למחלה.
באותה תקופה עוד לא ידעו לגדל חיידקים במעבדה ,רוברט כוך הצליח לגדל את החיידקים של
האנטרקס.
הפוסטולטים של כוך
פוסטולט -עקרון
אנו רואים באיור עכבר חולה ובריא ,הטענה של רוברט כוך היא שניתן לבודד את גורם המחלה
מהעכבר החולה ,אך הוא לא ימצא בעכבר הבריא .כלומר ניתן להבחין בין פרט חולה לבריא על
ידי כך שהחולה נושא את החיידק והבריא לא נושא את החיידק.
דבר שני ,רוברט הוכיח שניתן לבודד את החיידק ולגדלו ללא גורמים הנוספים )בניגוד לניסוי
הקודם בו העביר את הדם(.
בשלב השלישי לקח רק את החיידקים והדביק את העכבר הבריא ,והוכח שהתקבל אותה מחלה.
לאחר מכן לבודד את החיידקים מהפרט שחלה ולהצליח לגדל אותם בתרבית טהורה.
] [4
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [5
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
ננסח את כל הפוסטולטים:
.1מיקרואורגניזם יהיה בפרט חולה ולא בפרט בריא .
.2נצליח לבודד מיקרואורגניזם מפרט חולה ולא מפרט בריא – חיידקים מבודדים ללא
חיידק/מיקרואורגניזם נוסף
.3במיקרואורגניזם המבודד נדביק פרט בריא באותה מחלה .
.4לבודד את אותו מיקרואורגניזם מהפרט שהודבק .
בעבודה עם חיידק השחפת הייתה בעייתיות כיוון שרק 1מ 10-שנדבקים חולה במחלה .ולכן היה
לו קשה לעבוד עם הפוסטולטים לבידוד חיידק השחפת.
כלומר רוברט כוך גם הבין את חשיבות השיטה וגם את המגבלות.
אחת הבעיות בהן נתקל היא שלא היה דרך לגדל חיידקים ,בנוזל אנו לא רואים חיידקים בודדים
אלא "מרק" עכור .ולרוברט כוך היה צורך לקבל את החיידקים ללא גורמים נוספים .לגדלם
בצורה מבודדת .רוברט כוך ניסה לגדל אותם על מצע מוצק כאשר התנאים לצורך גידולם הם
אספקה של מזון ,וסטריליות ,כדי שלא יהיו חיידקים נוספים .בתחילה רוברט כוך גידל את
החיידקים על חתיכות של תפו"א כיוון שפירות וירקות סטרילים מבפנים .לא כל החיידקים
אוהבים תפוחי אדמה ויש צורך למצוא גם דברים אחרים.
רוברט כוך עבד בשיתוף פעולה עם ריכארד פטרי שעדיין לא פיתח את המצע המוצק.
פטרי פיתח את הצלחת – התנאים הסטרלים .הזוג הס פיתח את המצע המוצק על ידי חומר
הקרוי אגר )מופק מאצות( שממצק את הנוזל )כעין ג'לטין( .עד היום משתמשים גם בצלחות פטרי
וגם במצע המוצק של הס .וזו הדרך היחידה לקבל מושבות בודדות המופרדות מחיידקים אחרים.
קצת סדר –
כוך – נוזל לא טוב לא מופרד.
פטרי/הס – סטריליזציה/מצע מוצק.
השפעת המיקרואורגניזמים על חיינו:
התחלנו בשיח על נושא המחלות ,אך רק אחד אחוז מהחיידקים הם גורמי מחלות.
אנו נמצא את החיידקים בתחומי עניין
רבים ב:
חקלאות
תעשיית המזון
ייצור אנרגיה
איכות הסביבה
אספקטים ביוטכנולוגיים
] [6
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
באיאוקריוט אנו יכולים להבדיל בין המינים על ידי נושא של רבייה )כלב עם כלב סוס עם סוס
וכו'(.
] [7
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הבסיס למיון המודרני הוא ה .DNA -כאשר התחילו את המחקר הביולוגיה הרבה קודם ,אז המיון
התבסס על נושא הרבייה.
כיום מיון עולם החי מתבסס על הגנטיקה ,ביוכימה ,מורפולוגיה .בעת העתיקה על מורפולוגיה
בלבד.
כאשר התחילו את הסיווג של עולם החי ביססו אותו בתחילה רק על מורפולוגיה ורבייה.
איאוקריוטים מבצעים רבייה מינית.
] [8
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בתחילה עולם החי היה מסודר ל 2 -ממלכות צמחים ובע"ח .לינאוס הוא הראשון שקטלג .את
החיידקים הכניסו בתחילה תחת הצמחים) .על סמך מורפולוגיה ורבייה( כאשר עם החיידקים יש
בעיה בסיווג של רבייה כיוון שהרבייה אינה רבייה מינית )חלוקה(.
המורפולוגיה נותנת לנו סיווג חלקי.
מאז גילוי ה DNA -נוספו למיון שני אספקטים מאוד משמעותיים:
גנטיקה – – DNAהומולוגיה .
אנליזות ביוכימיות
בעבר לפני שהיו טכנולוגיות של גנטיקה וביוכימיה מינו על סמך הסתכלות ,כאשר החלוקה כיום
הרבה יותר מפורטת למינים השונים.
ככל שההומולוגיה יותר גבוהה יהיו היצורים מאותו מין או ממינים קרובים .ככל שההומולוגיה
נמוכה יותר מדובר במינים שונים יותר )הפרדה לממלכות(.
השילוב בין שלושת האנליזות ,גנטיקה מורפולוגיה וביוכימיה הפרידו את הארכיאה לקבוצה
שונה.
התיאוריה האנדו סימביוטית
לפי התאוריה הנ"ל החיים
מבוססים על אב קדמון.
תא פרוקריוטי שממנו התפתחו
שלושת הממלכות )חיידקים,
איאוקריוטים וארכיאה(.
על פי התיאוריה היה לנו תא
פרוקריוטי קדום ,אותו תא בלע
חיידקים. לתוכו
המיטוכונדריות התפקיד בתא
האיאוקריוטי הפקת אנרגיה
ונשימה .מה שחושבים זה
שמוצא המיטוכונדריות הוא
בחיידקים המבצעים נשימה
אירובית )אווירנית(.
בעולם הצמחים מתקיים
כלורופלסט ,כאשר חושבים
שמוצאו מחיידקים היודעים
לבצע פוטוסינתזה.
ההוכחות להשערה הזו על פי
התכונות שפירטנו) ,מורפולוגיה
גנטיקה וביוכימיה( ניתן למצוא
דמיון מבני בין האברונים
לצורתו של חיידק )מורפולוגי(.
לאחר מכן מה שאפשר לבסס
את התיאוריה הוא ה.DNA -
מה שמאפיין הוא שה DNA -של
המיטוכונדריה שונה מהDNA -
של התא האיאוקריוטי ,מופרד
ממנו .ויש לו הומולוגיה גבוהה
לחיידקים אירוביים .בנוסף
מבחינה ביכוכימית הממברנות
של המיטוכונדריה בעלות דמיון
לממברנות של חיידקים.
לגבי הכלורופלסט – ה DNA -הוא מופרד מהתא הצמחי ,והוא הומולוגי לחיידקים המבצעים
פוטוסינתזה.
תפקיד חשוב נוסף של החיידקים באבולוציה הוא הפיכת האטמוספרה לאטמוספרה מחמצנת .עם
הווצרות כדור הארץ היו בו תנאים מחוזרים .הנשימה האווירנית של החיידקים פלטה חמצן
לאטמוספירה ,דבר שאפשר את קיום החיים כמו שאנו מכירים אותם היום.
חשיבות מיקרואורגניזמים
צורת החיים הקדומה על פני כדור הארץ •
] [9
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
עולם החי מקורו באב קדמון משותף ,דבר המתבטא באחידות השונה.
אחידות בחלבונים ,חומצות גרעין ,שומנים,רב-סוכרים.
בנוסף ישנה שונות בארגון המקרומולקולות.
תאים פרוקריוטים ואיאורקיוטים
בתאים איאוקריוטים אנו רואים מדורים.
בתא הפרוקריוטי הציטופלסמה מוקפת בדופן וממברנה .ה DNA -מפוזר בציטופלסמה במבנה
דמוי גרעין נוקלאודי .בנוסף הריבוזומים מפוזרים בציטופלסמה.
] [10
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בחיידקים אין את הממברנה המקיפה את הגרעין ותהליך השעתוק שחלוף יכול להיות מצומד
)כלומר החלבון נוצר כבר בהעתקה( באיאוקריוטי ה mRNA -יוצא מהגרעין אל הציטופלסמה ואז
מתחיל התרגום.
חלוקת תא – בחיידקים בינארי ,מתא אם מקבלים תאי בת זהים .כאשר באיאוקריוטים בעיקר
יש מיוזה של תאי רבייה להשגת רב גוניות.
בתא פרוקריוט בחיידקים )לא בארכאה( מכילים דופן אחידה המורכבת מחומר פפטידוגליקאן.
בתא האיאוקריוט יש דופן רק לצמחים אצות ופטריות .לבע"ח אין.
הארכיאה סולקו למחלקה נפרדת לאחר שהיה אפשר לבצע מיון על סמך ידע גנטי וביוכימי .מצאו
שבחלק מהתכונות הם דומים לחיידקים וחלק לאיאוקריוטים .אדום דמיון בין ארכיאה
לחיידקים .כחול דמיון בין ארכיאה לאיאו .שחור או שיש דמיון בכולם או שאין דמיון כלל.
הממברנה של הארכיאה יותר יציבה ,בעלת חד שכבה פוספוליפידית.
פלסמידים – DNAמעגלי ,קטן מה DNA -של התא ,והוא בלתי תלוי בשכפול ובשעתוק ותרגום.
כלומר הוא DNAשהוא נוסף ל DNA הכרומוזומלי DNA) .חוץ כרומוזומלי .השכפול שלו לא תלוי
בשכפול המתבצע לצורך חלוקת התא( .כלומר יכולים להווצר מפלסמיד אחד מס' עותקים בתוך
כל תא .בנוסף הפלסמיד נושא תכונות לא חיוניות – תכונות אלו יכולות לתת לחיידק עמידות
לאנטיביוטיקה .ישנם תכונות נוספות של מותאמות לסביבה ,הנמצאות על גבי פלסמידים .חסרון
הפלסמיד – לוקח מהתא אנרגיה.
] [11
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [12
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
צביעת gram stain
באיור אנו רואים את הנקודות הקטנות הבודדות ,כאשר מדובר בחיידקי קוקים.
כאשר הרקמה שרואים היא רקמת ריאה .ניתן לראות ריאה הלוקה בדלקת ריאות חיידקית
.Strptococcus pneumonia
גרם חיפש דרך פשוטה באמצעותה יוכל להבחין בחיידקים .לשם כך הוא נסה לפתח צביעה בה
הוא יראה את החיידק בצבע אחד ,ואת הרקמה של האדם הוא יראה בצבע אחר .לצביעה זו אנו
קוראים צביעה התחלתית או צביעה דיפרנציאלית – הפרדה בין החידק הגורם לדלקת ריאות
)צבע סגול( ובין הרקמה של הריאות )אדם( צבע אדום.
גרם מצא שישנם שני אוכלוסיות חיידקים )הוא לא הבין מדוע( אוכלוסייה אחת קרוייה גרם +
והשנייה גרם .-
גרם +בעל דופן פפטידוגליקאן עבה
גרם – בעל דופן פפטידוגליקאן דקה
לסכם את הנושא של צביעה של גרם מהשקפים של המצגת .מדובר בצביעה אבחנתית כאשר הבדל
הצבע מושפע מהדופן התא או העבה(.
אופן צביעה גרם:
בתחילה החיידקים מקובעים לזכוכית ,מבצעים צביעה בקריסטל ויולט .בשני המקרים החיידקים
נצבעים בסגול )גם גרם +וגם גרם .(-
] [13
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
לאחר מכן מבצעים קיבוע של הצבע בתמיסה באמצעות שימוש ביוד ליצירת קומפלקס .הדבר
משפיע באופן זהה בשתי משפחות החיידקים.
השלב הבא הוא שטיפת הצבע באמצעות אתנול .כתוצאה מכך ממברנות התא נשטפות בשתי סוגי
החיידקים.
בחיידקי גרם מינוס הדופן דקה ולכן הצבע נשטף .לעומת זאת בחיידקי גרם +בעלות דופן עבה
הצבע הסגול לא נשטף ונשאר במקומו.
השלב האחרון הוא ביצוע צביעה נגדית עם ספרנין או פוקסין .בחיידקי גרם – בעלי הדופן הדקה
הצבע חודר ולכן אנו מקבלים חיידקים הצבועים באדום ,לעומת זאת בחיידקי גרם +הצבע לא
חודר את הדופן העבה ועל כן החיידקים נשארים צבועים בצבע סגול.
] [14
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
משמעות הסיווג בעולם החיידקים מאוד גדולה ,הדבר מאפיין תכונות שונות של חיידקים
שיובהרו בהמשך .הדבר מאוד חשוב במיקרוביולוגיה רפואית .הטיפול האנטיביוטי יקבע על פי
סוג החיידק ).(+,-
עד היום משתמשים בשיטה זו ברפואה ,כאשר מגיעה דוגמה למעבדה מבצעים צביעת גרם כיוון
שזה מאפשר לראות תוצאה מאוד מהירה .למשל בדיקור מותני להוצאת נוזל חוט השדרה,
צובעים בצביעת גרם ,אם נראה שם חיידקים הדבר יעיד על זיהום חיידקי ועל הצורך לטפל
באנטיביוטיקה.
חיידקים גרם –
המעטפת החיצונית מורכבת מחמישה מרכיבים – ממברנה ציטופלסמטית )כמו בגרם (+יש את
הפריפלסמה,דופן דקה ,פריפלסמה נוספת וממברנה נוספת הנקראת ממברנה חיצונית Outer
.Membrane – OM
] [15
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
צביעת הגרם אפיינה שתי קבוצות מרכזיות של חיידקים .ישנם גם מיקרואורגניזמים שלא נצבעים
בצביעת גרם ,כיוון שיש להם דופן שונה או שאין דופן כלל.
.1ארכיאה – לא נצבעים כי יש להם דופן שונה
.2חיידקים אמיתיים
.aמיקופלסמה – אחד הדברים המאפיינים את התא הוא שריכוז החומרים בתוך
התא יותר גבוה מהריכוז בחוץ .שאיפת המים תהיה לחדור פנימה להשוואת
ריכוזים ,התא יכול להתפוצץ בום לא נעים .הדופן מהווה מחסום מכאני
ששומרת על התא – Turgur) .לחץ המופעל מפנים התא החוצה( .למיקופלסמה
אין דופן והן מצליחות להתגונן מפני הלחצים האוסמוטיים .
.bחיידקי המיקרובקטריה – כאשר חיידקים אלו בעלי דופן המורכבת
מפפטידוגליקן .בנוסף לפפטידוגליקן ישנו מרכיב ייחודי הנקרא חומצה מיקולית.
החומצה המיקולית יוצרת סביב הדופן קרום דמוי שעווה המונע את חדירת
הצבעים .צביעה ייחודית פותחה על ידי .ziehl neelsen
אחד החיידקים המפורסמים הוא המיקרובקטריום טוברקולוזיס) .שחפת( במעבדה לוקח ארבעה
שבועות גידול עד שמצליחים לראותו .זמן זה קריטי במחלות זיהומיות .לכן מבצעים צביעה כזו
כדי לראות אם יש לו את החיידק או לא) .אין צורך לקחת דגימה ולגדל את החיידק במשך מספר
שבועות לצורך העניין(.
מבנה הדופן של החיידקים:
דופן פפטידוגליקן – מצוי אך ורק בחיידקים .מדובר במבנה מאוד מסודר ולכן קוראים לו אריג.
)מזכיר שתי וערב(.
הרקמה בנוייה מ 2 -סוכרים ,כאשר אחד הסוכרים מכיל קבוצה אמינית ,ואחד הסוכרים מכיל
בנוסף גם את הפפטיד .לרוב מדובר בפפטיד המורכב מארבעה חומצות אמיניות ולכן הוא קרוי
טטרה פפטיד.
] [16
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מטרתו של הטטרה פפטיד ,לחבר בין השרשראות השונות – דבר זה מאפשר את יצירת האריג.
)חיבור בין השרשראות( .הקשר מבוצע בין פפטיד בשורה אחת בסוכר אחד לפפטיד של הסוכר
המקביל בשורה השנייה.
] [17
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
החיבור בין הטטרה פפטידים קרוי .Interbridgeההבדלים הכי גדולים בין המינים השונים של
החיידקים נמצאים בגשר .הגשרים נבדלים ברצף חומצות האמיניות וגם באורך .הם דומים
במיקום הקשר .הקשר בין הפפטידים מתקיים תמיד בין חומצה אמינית בעמדה 3לחומצה
אמינית בעמדה .4
חומצות אמיניות שעד היום לא נמצאו בגשר הן חומצות אמיניות ארומטיות ,חומצות אמיניות
מסועפות וחומצות אמיניות המכילות גופרית.
בחיידקי גרם +ישנם עד 40שכבות של סוכרים המצויים במבנה אריג ,דבר המקנה את הדופן
העבה .כאשר בגרם -יש עד 5שכבות.
] [18
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הLPS -
ה LPS -גורם לתופעה הנקראת – septic shockתגובה חיסונית של הגוף ביתר .מצב שיכול לגרום
לקריסת מערכות .מכאן ניתן לומר שחיידקי גרם שלילי בעלי פוטנציאל טוקסי.
ה LPS -בנוי משלושה חלקים
ה – Core -ליבה – יחסית בעלת מבנה קבוע ,מורכבת סוכרים סוכרים .בנוי מסוכרים יחודיים
שמוצאים אותם רק בחיידקי גרם – )לא מצוי בבע"ח ולא בגרם (KDO)Keto‐deoxyoctulonate .(+
, heptose
– O‐antigenגם הוא מבנה הבנוי מסוכרים ,כאשר בין המינים השונים והזנים השונים של
החיידקים המבנה שלו יהיה שונה) .ווריאבליות גבוה(.משתמשים בו לצורך אפיון מעבדתי של
מינים וזנים.
ה Lipid A -מעוגן בחלק הפוספוליפידי ,טוקסי יכול לגרום – ל .Toxic shock -הליפיד קושר מרכיב
מסויים ממערכת החיסון דבר הגורם לה לפעול ביתר.
] [19
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הפורינים:
הפורין מאפשר חדירה של חומרים על פי גודל .כלומר הוא לא ממיין את החומרים לפי האופי
הכימי .המיון הוא לפי גודל בין .600‐700 daltonדלתון הבין שלבסיסים השונים בטבע יש גודל
שונה .דלתון זה – 1/12של אטום פחמן.
] [20
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
ממברנת התא
אנו רואים את התא האנימלי והצמחי )זוהה על פי הכלורופלסט( .בנוסף אנו רואים תא חיידק.
אנו נרחיב על ממברנת
התא באיאוקריוטים
)צמחים ובע"ח( וכמו
כן נדבר על חיידקים.
אנו נשים את הדגש על
אחידות ושונות בעולם
החי .
מבנה ממברנת התא – פוספוליפיד
ממברנת התא בנוייה משני שכבות ומאופיינת בשני איזורים .איזור הידרופיבי ואיזור הידרופילי.
יש לנו איזור שהוא פונה למים שזה האיזור ההידרופילי ואיזור מרכזי ליפידי שהוא האיזור
ההידרופובי) .לא פונה למים(.
יש לנו שתי סביבות מימיות ,הציטופלסמה
בתוך התא ,וסביבה מימית בחוץ התא .ואנו
רואים שיש הפרדה בין הנוזלים התוך
תאיים לנוזלים החוץ תאיים .חומר מסיס
במים לא יכול לעבור את האיזור השומני.
חלבון למשל לא יוכל לעבור מאיזור לאיזור
בדיפוזיה דרך הממברנה ,ולכן תקרא טווח
בררני.
] [21
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
אנו רואים שהליפידים המורכבים מורכבים משייר פוספט או סוכר ,גליצרול ,וחומצות שומן *.2
כאשר יש שייר של פוספט זה נקרא פוספוליפיד ,כאשר יש שייר סוכרי זה ייקרא גליקוליפיד.
ממברנה בארכיאה )מוצג מטה( .שונה מהממברנה של האיאוקריוטים והחיידקים .היא בנוייה
מחד שכבה כאשר עדיין גם בממברנה של הארכיאה יש את המצב של הפרדה בין שני איזורים.
האיזור השומני של שרשרות חומצות השומן ואת הראשים ההידרופילים של הגליצרול עם השייר.
] [22
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
שני גליצרולים שמחוברים אליהם שני שרשראות שומן .חד שכבה .הקשר במקרה זה בין
הגליצרול לחומצת השומן הוא קשר אתרי.
הקשר האתרי יציב יותר מהקשר האסטרי ומקנה לארכיאה יתרון בתנאים קיצוניים.
בארכיאה קשר אתרי ובחיידקים קשר אסטרי.
] [23
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
:Simple Transporters
יכולים להופיע באחת משלוש דרכים
.1יוניפורט
.2סימפורט
.3אנטיפורט
] [24
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מפל פרוטונים – מפל הפרוטונים נובע מהפרש בפוטנציאל החשמלי בין שני צידי הממברנה כאשר
אנו רואים )האיור בראש הדף( שבחלק החיצוני הממברנה טעונה במטען חיובי ואילו בחלק
הפנימי שלילי .כתוצאה מכך יש מעבר של פרוטונים מהצד החיצוני לצד הפנימי .תהליך זה מפיק
את האנרגיה הדרושה לצורך העברה דרך הטרנספורטים.
Group Translocation
מדובר בקבוצה של חלבונים האחראיים על העברת החומר אל התא .הטרנספורטרים מבצעים
מודיפיקציה בחומר הנכנס.
החומר שנכנס מוכנס על ידי קבוצה של חלבונים והוא עובר שינוי עם הכניסה לתא .נדגים על
טרנספורטר שמחדיר את הגלוקוז המערכת קרויה פוספוטרנספרז .אנו רואים שנכנס חומר אחד
בלבד לכן מדובר ב .uni -אנו רואים שמעורבים חמישה חלבונים .אחד הוא חלבון ממברנלי ,אחד
בא במגע עם הממברנה ושלושה הם ציטופלסמטים.
] [25
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
המודיפיקציה שמולקולת הגלוקוז עברה היא הוספת פוספט לפחמן מספר .6להוספת הפוספט
נכנסים לפעולה החלבונים הנוספים .מולקולת PEP – Phospho Enole Pyrovate -מספקת מפנים
התא את הפוספט כאשר האנזים הראשון יפרק את הפוספט מהמולקולה הנ"ל .האנזים השני
מבצע דה פוספורילציה ופוספורילציה לקשירת הפוספט והעברתו לאנזים הבא וכך הלאה ,עד ש
האנזים הממברנלי קושר את הפוספט אל הגלוקוז.
הגיון בתהליך זה הוא שאנו מקבלים מולקולה שיכולה מיד להכנס למסלולים מטבוליים עיקריים
בתא) ,למשל תהליך הגליקוליזה(.
ABC System
– ATP Binding Cassetteהאנרגיה לתהליך מגיע מפירוק מולקולת ATPל Phospat + ADP -לא
אורגני .מה שמאפיין את המערכות האלו היא שהן בעלות אפיניות מאוד גבוהה )בריכוז בחוץ של
1*10‐6עדיין יכנס החומר( לחומרים שהם נושאים .ולכן הם בעצם יכולות להחדיר חומרים כאשר
הריכוז החיצוני הוא מאוד מאוד נמוך .אם אנחנו נחזור לגרף אותו הצגנו לעיל ,דיברנו על זה
שאחד המאפיינים של העברה אקטיבית זה היכולת להחדיר חומר בריכוז גבוה גם כאשר הריכוז
החיצוני נמוך ,לטרנספורטים מסוג ABCיש יכולת לקשור את החומר בריכוז חיצוני נמוך
ולהחדירו לתוך התא תוך כדי פירוק של מולקולת .ATPכאשר ההחדרה מתבצעת לרוב על ידי
שיתוף פעולה בין שלושה חלבונים .חלבון אחד נמצא בפריפלסמה – קושר את החומר שרוצים
להכניס.והחומר יועבר דרך התעלה )שגם היא חלבונית( .החלבון השלישי הוא החלבון אשר מבצע
את ההידרוליזה של ה.ATP -
נבגים אנדוספורות
ספורות הנם תאים של חיידקים במצב של כעין "קפאון" העומדים בתנאים קיצוניים .בעלי יכולת
להיות יציבות להרבה מאוד שנים .ספורות נמצאו בחפירות באנגליה מעל 2000שנה והצליחו
להמיר אותם לחיידקים.
ספורות תא שעבר התמיינות בעל עמידות גבוהה לתנאי סביבה קשים )נבג( – למשל יובש קיצוני,
טמפ' גבוהות ,קרינת .UV
הספורה מקיימת מטבוליזם מאוד איטי .ניתן לומר שהתא הוא תא רדום .עדיין תא חי אך רדום.
מה שיגרום לו להתעורר זה היציאה מהתנאים הקיצוניים )עקה( .התא הפעיל ,רגיל ,לא ספורה
נקרא תא וגטטיבי.
לא כל החיידקים מסוגלים לייצר ספורות .רק קבוצה מצומצמת מסוגלת )מתגים – צורה מוארכת
– גרם .(+
מבנה האנדוספורה:
נציג צילום במקרוסקופ אלקטרוני .האנדו ספורה מכילה
חומר גנטי ,כאשר החומר הגנטי עטוף במספר שכבות.
כמו כן המעטפת החיצונית היא רב שכבתית.
הספורה מוגנת מפני תנאי עקה בשל המבנה המאוד
מסויים שלהם.
שכבה חיצונית – – Exosporiumמבנה חלבוני עבה -
ייחודי לספורה
– Spore coatשכבה כהה בצילום .קבוצה של חלבונים– .
ייחודי לספורה
– Cortexדופן תא – דופן המורכב מפפטידוגליקן– .
קיים גם בתא וגטטיבי
דופן תא – –Core wallממברנת התא – קיים גם בתא וגטטיבי
‐ Coreליבה בה נמצא ה ,DNA -מכילה ריבוזומים ,מכילה ציטופלסמה ומרכיבים תאיים נוספים
החיוניים לקיום התא.
אנו יודעים ש DNA -באופן כללי רגיש לנזקי קרינה ,ולכן חשוב לעמוד על האופן בו הספורה מגינה
על התא מנזקי קרינה.
ה DNA -של הספורות וה DNA -של התא הוגטטיבי ממנו הופקו הספורות זהה .אך ישנם גנים
שמבוטאים בספורה ולא בתא הוגטטיבי.
] [27
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
תהליך ספורולציה
תהליך יצירת ספורות.
התא עצמו ממצב וגטטיבי הופך לספורה .סיגנלים חיצוניים
מדווחים על תנאי עקה וגורמים לחיידק להעביר סיגנל
הגורם להפעלה של כ 200-גנים הפועלים ליצירת הספורה.
הגנים הנ"ל לא פועלים כאשר התנאים הם תנאים רגילים.
] [28
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
יצירת DPAו SASPs -כלומר ה DNA -מתחיל להיות מוגן על ידי המרכיבים המגינים שלו
שלב חמישי – יצירת החלבונים העוטפים – 2השכבות החיצוניות.
שלב שישי – ) Lysis מוות( של התא הוגטטיבי והבשלה של הספורה
התהליך הנ"ל לוקח כ 8 -שעות )מאוד איטי( לצורך השוואה ,חלוקת תא חיידק לוקחת מספר
דקות.
תהליך נביטת הספורה germination
תהליך זה מושפע גם הוא מסיגנל .תהליך זה מאוד מהיר ולוקח בערך 8דקות .כאשר מדובר על
מעבר מספורה לתא וגטטיבי – כאשר יוצאים מתנאי ה.Stress -
בתחילה מתבצע חדירה של מים לתוך התא .הקומפלקסים המגינים על ה DNA -יתפרקו.
מתבצעת סינטזה של ) RNAיצירת חלבונים שישמשו את התא הוגטטיבי(.
] [29
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
תפקידי הקפסולה:
הישרדות במאכסן – הגנה מפני פאגוציטוזה )תאים בולעניים( .
היצמדות למשטחים מוצקים )בפתוגנים תאים ורקמות(
הגנה מפני התייבשות
מאגר סוכרים – אם החיידק מגיע למצב של מחסור בניוטריינטים יכול לפרק חלק
ממרכיבי הקפסולה ולקבל אנרגיה .
יצירת .biofilm
חיידקים פתוגנים – חיידקים גורמי מחלות
ההיבט הקליני של הקפסולה
גריפיט צפה בתופעה שלסטרפטוקוקוס פנמוניה יש שני פנוטיפים .אחד חלק ואחד מחוספס.
הפנוטיפ של ה Smooth -פתוגני )גורם למחלה( והמחוספס לא .הניסוי שבצע היה כדלהלן:
הוא לקח עכברים ,הזריק להם את החידק הלא פתוגני Rואז הזריק חיידקים מתים של Sוראה
שהחיידקים Rנהפכו ל S -כלומר הם רכשו תכונה.
חיידקי ה S -הם בעלי קפסולה ,ואילו חיידקי ה R -הם חסרי קפסולה .התכונה שנרכשה היא
הקפסולה .מכאן חשיבות הקפסולה כגורם אלימות .מה שקרה זה שחיידקי ה R -רכשו DNA
מחיידקי ה S -המתים .לתהליך זה נקרא טרנספורמציה.
הקפסולה גורם אלימות – המתבטא בכך שהקפסולה מוגנת מפני מערכת החיסון – מוגנת מפני
בלענים ,וכן הגוף לא מסוגל לייצר נוגדנים יעילים .למרות זאת הצליחו ליצור נגד חלק מהפתוגנים
חיסונים .למשל החיסון המחומש – אחד מהמרכיבים שלו הוא חיסון של חיידק הגורם לדלקת
קרום המוח .לחיידק זה יש קפסולה רב סוכרית.
הקפסולה בנוייה מסוכר ,וסוכר לא משרה תגובה חיסונית ,כלומר לא משרה יצירת נוגדנים.
לעומת זאת חלבונים כן משרים תגובה חיסונית יעילה .ואז עשו חשיבה איך לנסות לגרום יצירת
תגובה חיסונית .אחרי הרבה שנים של חשיבה ,הצליחו ליצור מערכת בה לקחו את הסוכר של
החיידק הנ"ל ,וחיברו אותו לחלבון יחד ,דבר זה יצר הגברה של התגובה החיסונית .החלבון שנוסף
יקרא – adjuvantשם כללי לחומר המגביר תגובה חיסונית) .חיברו את הסוכר של הקפסולה,
וחלבון המעורר תגובה של מערכת החיסונית ,וכך כשהגוף מזהה את זה הוא מסוגל לייצר
נוגדנים( .החיידק נקרא .H. influenzaאת הסוכר מפיקים מהחידק וכך אם יכנס החיידק לגוף אז
הגוף כבר יצר נגדו נוגדנים.
יצירת biofilm
הביופילם הוא מצב ספציפי התלוי בקפסולה .ביופילם זו צורה בה החיידקים חיים במושבה
)בעיקר חיידקים עם קפסולה( .ומנהלים חיי שיתוף.
תא בודד – תא פלנטוני) .למשל שכבה על השיניים שקמים בבוקר ,שכבה מגעילה על החמוצים
ועוד( .ביופילם יכול להתפתח במסתמי הלב ,על ציוד רפואי המושתל.
] [30
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
ייתרונות של ביופילם:
אגירת מזון.
השארות במקום מסויים – שמירה על נישה אקולוגית טובה.
ייתרון בתחרות )למיקרו אורגניזמים אחרים יהיה קשה להתיישב באותו מקום(
עמידות גבוהה לאנטיביוטיקה ולחומרי חיטוי ,רב האנטיביוטיות כיום לא יכולות לחדור בצורה
יעילה את הפוליסכריד מטריקס.
– CFבחולי CFיש פגם גנטי בגן שמקודד לתעלת כלוריד ‐ .Clהפגם הזה בעצם מונע הפרשה של
מים מתוך הריאות כאשר בריאות של אדם נורמלי דרך התעלות מופרש מים דבר ששומר על
הריאות סטריליות .כאשר התעלת כלור פגומה ,אין הפרשת מים ואז יש הצטברות של ליחה,
הליחה היא מצע גידול מאוד עשיר לחיידקים .אחת המחלות הכי נפוצות בחולי CFזה דלקת
ריאות .מה שגילו זה שבחולי CFצעירים יש דלקת ריאות והם מגיבים לטיפול אנטיביוטי .אך
בחולי CFמבוגרים יותר יש דלקת ריאות אך הם לא מגיבים לאנטיביוטיקה .עובדה זו העלתה את
השאלה האם יכול להיות שחיידק שונה גורם לכל אחת מהמחלות )בצעירים ובמבוגרים( אך בעת
בידוד החיידקים גילו שמדובר באותו חיידק – .pseudomonas earoginosaגילו שבצעירים
החיידקים הנ"ל לא יוצרים ביופילם ,ומאידך במבוגרים המושבות יוצרות ביופילם .עדיין לא
יודעים לענות למה.
] [31
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [32
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
שעריות מין
הרבייה של החיידקים היא רבייה בינארית .גילו שישנם מינים של חיידקים המעבירים DNA
ביניהם שערית המין יוצרת גשר בין שני החיידקים המאפשר העברת DNAביניהם .הDNA -
המועבר בד"כ הוא ה) .plasmid -חוץ כרומוזומלי(.
] [33
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
תנועה בחיידקים
ייתרון בתנועה – כאשר יש מחסור במזון ,צפיפות ,תנאי עקה ,נוכחות של רעל.
קיימים מספר מנגנוני תנועה )לא לכל החיידקים יש אפשרות תנועה(.
תנועה סבילה – פאסיבית – מונעת על ידי גורמים חיצוניים לחיידק )אפצ'י על חבר ,מים זרמים
וכו'(.
תנועה פעילה – מונעת על ידי החיידק עצמו באמצעות:
שוטונים
החלקה – glidingכאן בחלק מהמקרים יש שימוש בשערות הסומטיות .
ציפה – floating
חיידקים שנעים בתנועה פעילה – ספירלים כמעט כולם בעלי תנועה .מתגים כ 50% -בעלי תנועה,
קוקים – חסרי תנועה )לרוב(.
שוטונים
מאפשרים תנועה בסביבה נוזלית .מאורגנים במספר מבנים.
ארגון פריטריש – השוטונים מסודרים מסביב לתא
ארגון פולארי – ארגון רק בקצה אחד של התא )יכול להיות מונוטריקוס אחד או לופוטריקוס כמה
שוטונים( צורתו נראת כמו גל .והמרווח בין גל לגל זהה )כמו גל סינוס( .השוטון יכול לשמש גם
כאמצעי לארגן ולמיין חיידקים.
] [34
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
השוטונים בנויים מחלבון שמור )לאורך האבולוציה – לא השתנה( .השוטון בנוי מתת יחידות
חוזרות של הפלגלין הפלגלין מעוגן לאורך כל המעטפת החיצונית של החיידק .דרך איזור הנקרא
בסיס השוטון ,או הגופיף הבזאלי.
את השוטון מייצבות שתי טבעות – L‐Ringנמצא ב Outer membrane -ב . LPS -ו – P‐ring -נמצא
בפפטידוגליקן .בגבול בין המימברנה הציטופלסמטית לפרי פלסמה נמצאים טבעות .S‐Mבנוסף
קיים איזור ה"מנוע" Mot Proteinהמניע את השוטון .וחלבון הנקרא Fli הקובע את הכיווניות.
כשדיברנו על הממברנה הציטופלסמטית דיברנו על מפל פוטנציאלים .הממברנה טעונה מצידה
החיצוני במטען חיובי ובפנים מטען שלילי .התנועה של השוטון מתאפשרת בעקבות כניסה של
פרוטונים ,שגורמים בסופו של דבר לאספקת אנרגיה לתנועת השוטון.
בחיידקים גרם +אין LPSבפפטידוגליקן ומכאן יש רק את טבעות ה .SM -ייצוב השוטון נעשה על
ידי השכבה העבה של הפפטידוגליקאן.
] [35
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
במידה ולחיידקים לא היה אפשרות תזוזה היינו רואים בכל המבחנות את המצב של ללא חומר.
הניסוי מאפשר לנו לבחון עמידות חיידקים לחומרים מסויימים .אם חיידקים מזהים את החומר
כרעל הם ינועו ויתרחקו ממנו.
גם לארכאה יש שוטון )יכולת תנועה( .קיים שוני בין השוטון של הארכיאה והחיידק .לשניהם
תפקיד זהה .עדיין לא ברור אם תנועת הארכיאה בכל הקשור לכמוטקסיס זהה לתנועת החיידק.
] [36
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [37
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מטבוליזם
ותהליכים קטבוליים מורכב מתהליכים
אנאבולים.
התהליכים הקטבולים תפקידם הפקת אנרגיה.
ATPומפל שני דרכים לאגירת אנרגייה:
פרוטונים.
התהליכים האנבוליים תהליכים הצורכים
אנרגיה .מבוצע תהליך הפוך מהמולקולות
הפשוטות נבנות המולקולות המורכבות הבונות
את התא) .למשל בניית הדופן נעשת מאבני בנייה
פשוטות ליצירת מקרו מולוקלה(.
] [38
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
)פפטידוגליקן ,DNA ,חלבונים ,ריבוזומים( הניוטריינטים נכנסים מבחוץ ומשמשים לבנייה של
המקרומולקולות.
התהליכים הקטבוליים הנם תהליכים באמצעותם מופק אנרגיה ,כאשר מקור האנרגיה יכול
להיות מקור כימי ,או אור )בחיידקים המבצעים פוטוסינטזה( .האנרגיה תשמש למספר דברים.
חלק מהאנרגיה מועבר לתהליכים האנגוליים של בניית המקרומולקולות .בנוסף אנרגייה תשמש
לתהליכי נשימה ,תנועה ,העברת מולקולות בממברנה .בנוסף האנרגיה תשמש גם לצורך הוצאה
של פסולת
] [39
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
חלוקה נוספת
הטרוטרופי – ניצול תרכובות אורגניות )אחת או כמה( הכמואורגנוטרופי הם הטרו טרופיים
אוטוטרופי – CO2מקור פחמן )יצרן ראשוני( הפוטוטרופיים תמיד אטוטרופי כיוון שהם מסוגלים
להפיק מהפחמן החד חמצני סוכר בתהליך הפוטוסינתזה .הכמוליטוטרופיים הם בד"כ
אוטוטרופיים.
יצרן ראשוני – יכולת לקחת מולקולה אנאורגני )כגון (CO2ולבנות ממנה מולקולה אורגנית
חומרים הנצרכים בכמויות גדולות יקראו מאקרונוטריינטים )פחמן ,חנקן ,זרחן ,גופרית ,אשלגן,
מגנזיום ,סידן ,נתרן ,ברזל( ואילו חומרים הנצרכים בכמויות קטנות הם מיקרונוטריינטים
)קובלט ,עופרת ,אבץ ,סלניום ,ניקל – כולם מתכות.כאשר לשניהם חשיבות רבה..
פאקטורי גידול – נדרשים בכמויות קטנות על ידי חיידקים מסויימים – ויטמינים ,חומצות,
אמינו ,פורינים ,פירמידינים.
ויטמין – חומר אותו הגוף צורך בכמויות קטנות ,אך אינו מסוגל לייצרו לבד .ויטמין לחיידק
ולאדם זה לא בדיוק אותו דבר .הויטמינים שייכים למשפחה מאוד רחבה של חומרים ,והם
מוגדרים לפי התפקוד )לא על פי סוג החומר(.
] [40
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
כשאנו מגדלים את החיידקים במעבדה אנחנו חייבים לספק להם את הנוטריינטים לכן יש צורך
להשתמש במצע עשיר בנוטרינטים כפי שמתואר בטבלה מעלה.
] [41
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מצע העשרה – כשרוצים לגדל חיידקים ספציפיים ,למשל חיידקים הרגישים לריכוז מלח גבוהה,
נעשיר את המצע בריכוזי המלח.
מצע סלקטיבי – למשל מצע המאפשר רק לחיידקי גרם שלילי – לגדול ולא גרם חיובי
מצעים דיפרנציאליים – אבחנתיים – משנים צבע כאשר גדלה עליהם אוכלוסייה מסויימת של
חיידקים.
כל המצעים הללו מחולקים לשני קבוצות – מצע מוגדר ומצע לא מוגדר.
במצע מוגדר – יודעים את ההרכב
בצורה מדוייקת .במצע מוגדר מקור
הפחמן יהיה סוכר.
מצע לא מוגדר – הרכב לא מוגדר באופן
מלא למשל – אגר אנו יודעים שיש בו
5%דם כבש ,אך אנו לא יודעים בדיוק
מה מכיל הדם )מאיזו כבש הוצאנו,
תזונה שלה וכו'( .למשל מצעים
המכילים תמצית שמרים ,השמרים לא
זהות בכל פעם שנשמש בהם וכו' .מקור
הפחמן הוא מגוון ולא קבוע.
] [42
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [43
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
– nמספר זמני הדור )למשל זמן הדור הוא חצי שעה אז בשעתיים יהיו 4זמני דור(.
– Nnמספר חיידקים לאחר מס' זמני הדור.
בגרף העליון בצד שמאל יש סקאלה לוגריתמית – הכפלה ב 10 -לצורך הצגה גרפית נוחה .בתצורה
הלוגריתמית אנו מקבלים קו ליניארי ,כאשר שיפוע הקו הליניארי מאפשר לחלץ מתוך הגרף את
זמן הדור.
בדרך כלל הנתונים שיהיו ברשותינו הוא מספר החיידקים בזמן התחלתי N0ומספר החיידקים
בזמן .Nt .t
t * log 2
g ונקבל את המשוואה:
log N t log N o
– gזמן הדור
– tזמן
Ntמס' חיידקים סופי
N0מס' חיידקים התחלתי.
עד כה התייחסנו למצב בו החיידקים מכפילים את עצמם .בפועל בגידול חיידקים בתרבית,
החיידקים לא מכפילים את עצמם בצורה תמידית .לאוכלוסיית החיידקים ישנם שלבי גידול
שונים
.1שלב ההמתנה – – lag phaseאין גידול
.2שלב גידול לוגריתמי – – logarithmic phase בכל זמן דור האוכלוסייה מכפילה את עצמה
.3שלב סטטיונרי – – Stationary phase גודל אוכלוסיה קבוע – Stationary phase
.4שלב תמותה – – Death לוגריתמי
.5שלב long term stationary phase
] [44
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
שלב זה נקרא השלב הלוגריתמי המאוחר .כשנגמרים הנוטריינטים ,או שהצפיפות גדלה נעבור
לשלב הסטטיונרי
שלב התמותה
משמעות גדולה לקצב התמותה היא כאשר בוחנים תרופות או חומרי חיטוי ,מעוניינים שתהליך
המוות יהיה יותר מהיר .תהליך המוות גם הוא לוגריתמי.
שאלת חשיבה – מגדלים חיידק על מצע אחד בו שני מקורות פחמן שונים כאשר מקור אחד יותר
זמין מהשני .כיצד תראה העקומה:
נראה שלב לוגריתמי תלול יחסית ,לאחריו שלב המתנה )לאחר שנגמר מקור הפחמן הראשון(.
לאחר שלב המתנה נראה עוד שלב גידול לוגריתמי אך מתון יותר )ניצול מקור הפחמן השני( .אם
נתרגם את זה לזמן דור ,בשלב השני השיפוע יותר קטן ,מכאן שזמן הדור יותר ארוך) .שיופוע
מתון זמן דור ארוך ,שיפוע תלול ,זמן דור קצר(.
שלב long term stationary phase
בגרף אנו רואים תרבית של חיידק e‐coliשגודל 4שנים .בעבר הניחו שהחיידקים מתים ובזה
מסתיים התהליך .במחקרים שבוצעו התגלה כי התרבית לא מתה.
.Growth Advantage at SPקצב החלוקה שווה לקצב התמותה .בסך הכל גודל האוכלוסיה נשאר
קבוע.
בשלב זה החיידקים ניזונים מעצמם )אין הוספת נוטריינטים( יש שינוי בסביבה החיידקים עוברים
לשלב קניבליזם .השינוי בסביבה משרה שינוי בביטוי גנים .הגנים המתבטאים הם:
גנים של סינתזה של מרכיבים שונים .
חלבונים המגנים מפני נזקי DNA
שיטות לקביעת כמות החיידקים
קיימות שיטות לספירה ישירה ושיטות לספירה עקיפה של חיידקים.
] [45
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
נדגים:
108 בארלנמייר ישנם
למיליליטר. חיידקים
זורעים 100מיקרו ליטר
חיידקים בצלחת פטרי.
כמה מושבות יהיו? יהיו
.CFU 107דבר שמאוד קשה
לספור .לצורך העניין נבצע
מיהולים.
מיהולים
לוקחים מבחנה בה נכין
9mLשל מצע ומהכלי
נעביר .1mlאם נזרע
חיידקים יהיו 107חיידקים
ל .mL -מבצעים מיהול
] [46
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
נוסף לוקחים 1 mLמתוך המבחנה הראשונה ,וכעת יש פחות בסדר גודל וכן הלאה.
לאחר מכן אנחנו יכולים לספור את כמות ה CFU -ולהכפיל בסדר הגודל שמהלנו.
למושבות לוקח בערך 24שעות לגדול .אנו מעוניינים לקבל תוצאה מיידית .ולכן משתמשים
בספירה עקיפה.
ספירה עקיפה באמצעות ספקטרופוטומטר:
מתאימים את אורך הגל לתמיסה בה נמצא החיידק.
מכניסים לספרטקופוטומטר ומודדים את הבליעה .על פי עומצת הבליעה ניתן לקבוע את כמות
החיידקים .הייתרון הגדול בשיטה זו היא המהירות של הבדיקה.
] [47
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בהוצאת המצע הישן אנו נפטרים מפסולת אך גם מוציאים חיידקים .אם נחפש קשר בין זמן
ההכפלה לקצב המיהול אנו נראה שזמן ההכפלה יורד וזאת בשל הוצאת החיידקים .החיידקים
לא מספיקים להכפיל את עצמם מספיק מהר לפני שאנו מוציאים אותם.
כמו כן אנו רואים שבריכוז החיידקים ישנה עלייה ככל שהמיהול עולה עד שיווי משקל ,בסופו של
דבר יתקיים שיווי משקל .המצב האופטימלי יהיה בנקודת המפגש העלינוה משני הגרפים – מחד
החיידקים עדיין בשלב לוגריתמי ומצד שני המסה שלהם מספיק גדולה) .כאשר אנו מעוניינים
לייצר משהו אנו מעדיפים אוכלוסיית חייידקים פעילה ,מאשר תאים בשלב סטוציונרי
שהמטבוליזם שלהם יותר איטי ,הם מתחלקים פחות והרבה פחות פעילים(.
כאשר זמן ההכפלה קצר יותר הדבר אומר שהחיידקים מתרבים יותר מהר .ככל שאנו מזרימים
יותר יש יותר חיידקים עד ההגעה לשיווי משקל ,אך עדיין אנו לא מעוניינים להגיע לשיא של
האוכלוסיה )כדי שתהיה אוכלוסייה פעילה.
כשרוצים לווסת את גודל האוכלוסייה אנו מעוניינים לוודא שהחיידקים יהיו במצב פעיל.
] [48
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
pH
לחות
חמצן
נוטריינטים
משוואת אהרניוס:
] [49
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
אנו רואים 5גרפים שונים ,כאשר ציר ה Y -מייצג את קצב גידול וציר ה X-את הטמפרטורה
מהגרף אנו לומדים על 5אוכלוסיות שונות של חיידקים:
פסיכרופילים – אוהבי קור – טמפ' האופטימום 15מעלות
מזופילים – ביניים – טמפ' האופטימום בין 35ל 37 -מעלות -אוכלוסיית החיידקים
הנחקרת ביותר ,כיוון שאליה שייכים החיידקים הפתוגנים .אלו אמורים להיות מסוגלים
לחיות ולהתרבות בגוף האדם .ואנו באמת רואים שטמפ' גוף האדם נמצאת באיזור
האופטימום בעבור חיידקים אלו .
תרמופילים -האופטימום בערך באיזור 60מעלות .
היפרתרמופילים – אנו רואים 2אוכלוסיות כאלו – אוכלוסיה אחת באופטימום סביב 80
ואוכלוסיה שניה סביב 100-110מעלות
פסיכוטולרנטים – אוכלוסיה שהיא באופייה בד"כ מזופילית ,אך הטמפ' הנמוכות לא
הורגות אותם .ליסטריה למשל )הוא מזו( בנוסף הליסטריה אמידה מעט בפני חום .
האוכלוסיה התרמו פילית מאוד מעניינת את בני האדם .אנו מגלים באוכלוסיה זו אנזימים
העמידים לחום .לכן נוסיף למשל אנזימים אלו באבקות כביסה ,לצורך פירוק שומנים .שימושים
ביולוגים למשל – PCRמכשיר המכפיל polymerase chain reaction -DNAלצורך הכפלת הDNA -
יש צורך לבצע דהנטורציה בחימום של 95מעלות לצורך הפרדה בין שני גדילי ה DNA -לצורך
ההכפלה .ההכפלה מחולקת לשני שלבים .שלב annealingושל האלונגציה .בחימום של 95מעלות
אנזימים ימותו ולכן עלינו להשתמש בטרמופילים .בשלב ה Anealing -הטמפ' יורדת ל50-60 -
מעלות .אנו נוסיף חתיכה קטנה שתעתיק מגדיל ה .DNA -המקטע הנ"ל יקרא .PrimerהPrimer -
יקשר לגדיל אחד של ה .DNA -בשלב האלונגציה נעלה את הטמפ' בשנית ל 75-80 -מעלות .מה
שמתבצע בשלב זה הוא הארכה של ה DNA -על ידי אנזים taq‐polymeraseשבודד מחיידיקים
טרמופילים .לצורך התהליך עלינו בתחילה להכניס למבחנה תבנית DNAלשכפול) Primer ,תחל(,
,Taq polymeraseנוקליאוטידים חופשיים .ויש לקבוע את מספר המחזורים שנבצע.
דיאגנוסטיקה מולקולארית של מחלות – במעבדה מה שמבצעים מריצים על PCRואז ניתן לגלות
נוכחות של וירוסים )על ידי בדיקת ה ,DNA -במידה ויש DNAשל הוירוס אזי הדם נגוע(.
הממברנה משפיעה על המותאמות לסביבה שונה .בקור צמיגות הממברנה גבוה יותר .חיידקים
החיים בחום צמיגות נמוכה יותר .ולכן לחיידקים החיים בקור חומצות השומן יהיה לא רוויות
וזאת כדי לעמוד בפני הצמיגות .בחום חומצות שומן יהיו רוויות.
פסיכרופילים:
ישנה בעייתיות בקירור .כשמגיעים ל 0 -מעלות מגיעים לקפאון גבישי הקרח יכולים לגרום לנזק
לתא .המנגנון להתמודדות עם קור הוא העלאת את ריכוז המומסים בתוך התא בציטופלסמה,
ריכוז המממסים גבוה יותר – מלח לצורך מניעת קפאון התא.
בחיידקים כאלה אנו נגלה שהממברנה תהיה שונה.
בחיידקים החיים בסביבת קור נגלה בממברנה אחוז גבוה של חומצות שומן לא רוויות.
ובחיידקים החיים בחום יש אחוז גבוה של חומצות שומן רוויות .דבר זה נועד לאפשר את שלמות
הממברנה ,וכמו כן לאפשר מעבר חומרים.
] [50
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בקור הממברנה צמיגה מדי ולא מתאפשר מעבר חומרים דרכה ,עלייה בחומצות השומן הלא
רוויות אופיין הוא שכדי להפוך צמיגות הטמפרטורה צריכה להיות גבוהה יותר .בחימום חומצות
שומן לא רוויות יפגעו ולכן מעל 25מעלות חיידקים פסיכרופילים לא מתקיימים.
בקיבה הוא 2.5החיידק צריך להתמודד עם כניסת היונים H+ו .Cl‐ -כאשר ריכוז ה— HClגבוה יש
כניסת HClפנימה .בתוך התא ישנה משאבה המוציאה את יוני ה Cl‐ -החוצה.
ההתמודדות עם ה H+ -מתבצעת על ידי אנזים .Acid Resistance AR2הגלוטמט קושר עם הפרוטון
תוך הוצאת CO2ויוצר מולקולה הקרויה AR3 .GABAקושר את הפרוטון לארגינין ומתקבלת
מולקולה הקרויה אגמניט.
] [51
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הפרוטונים נקשרים על ידי AR3לחומצה האמינית ארגינין לתת אגמנטין האגמנטין מוצא
ובמקומו מוכנסת חומצה אמינית ארגינין )על ידי משחלף( לצורך קשירה עם יוני פרוטון נוספים.
תהליך דומה מתרחש גם עם הגלוטמט.
ה CO2 -יוצא בדיפוזיה.
זמינות מים לגידול מיקרואורגניזמים
awתהליך המתייחס ליחסים בלחץ המים .בודקים את לחץ האידוי של התמיסה ,בהשוואה ללחץ
האידוי של מים טהורים )ללא ממסים(.
היחס הגדול ביותר הוא – 1מים טהורים .חיידקים גדלים בד"כ בטווח של .0.91-0.99
מיקרואורגניזמים )חיידקים פטריות וארכיאה( גדלים בטווח .0.7‐0.99
כאן נתייחס לשלוש סביבות:
סביבה איזוטונית – ריכוז המומסים בתוך התא שווה לריכוז חוץ תאי – שוו"מ בין כניסה
ויציאה .
היפרטוני – ריכוז מומסים חוץ תאי גבוה מתוך תאי – כאן יש יציאה של מים .
] [52
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
היפוטוני – ריכוז מומסים חוץ תאי נמוף מתוך תאי – מים נכנסים
חיידקים החיים בסביבות בהן ריכוז המלחים גבוה אוגרים חומרים שיעזרו להם להתמודד.
)חומצות אמיניות ,כהלים ,סוכרים ,יוני אשלגן( דבר זה מאפשר השוואה של ריכוזים ביחס לריכוז
הגבוה של המומסים בסביבה ,מה שימנע את ההתייבשות של התא בשל שוני בלחצים
אוסמוטיים.
] [53
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
רעילות החמצן נובעת מהמטבוליטים )תוצרי הביניים( של המטבוליזם של החמצן .כדוגמת מי
החמצן O2‐ ,H2O2פראוקסיד .חיידקים המקיימים מטבוליזם אירובי בעלי מנגנונים להתמודד עם
הרעילות של המטבוליטים של החמצן.
חיידקים ארובים אובליגטורים – חייבים לחיות בסביבה של חמצן ויש להם יכולת
להתמודד עם תוצריו הרעילים .
אנארובים אובליגטורים – חמצן רעיל עבורם
אורבים/אנארובים פרולטטיבים – יכולים לחיות בשתי הסביבות) .העדפה לסביבה
הרשומה אך יכלים לחיות גם בשניה( .
מיקרואארופילים – צריכים חמצן אבל בריכוז נמוך מהריכוז האטמוספרי .
אנארובים ארוטולרנטים – מעדיפים אנארובים אבל יסבלו גם סביבת חמצן .
ארובים בחיידקים
אנו אובליגטורים
רואים שהחיידקים
חיים למעלה כמה
שיותר קרוב לחמצן
כיוון האטמוספרי
חמצן. שחייבים
האנארובים
אובליגטורים החמצן
ולכן להם רעיל
צריכים סביבה בעלת
לחץ אטמוספרי נמוך
של חמצן ולכן נמצא
בתחתית אותם
המבחנה .בארובים
הפקולטטיבים
מעדיפים חמצן אך
הם יכולים לחיות גם
בתנאים ללא חמצן ,לכן אנו מוצאים את רוב החיידקים בחלק העליון ,אך נמצא חיידקים
מפוזרים במבחנה גם באיזורים עם פחות חמצן .חיידקים מיקרוארופילים צריכים חמצן אך
בריכוז נמוך יותר מהאטמוספרי ,נמצא אותם למעלה אבל לא הכי למעלה.וזאת כדי לקבל ריכוז
נמוףך יותר מהריכוז האטמוספרי .הארוטולרנטים מעדיפים תנאים אנארובים אך הם יכולים
לסבול מידה מסויימת של חמצן
ולכן הם יכולים להתפזר בכל
המבחנה.
] [54
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
תרבית העשרה
תרבית המאפשרת להעשיר אוכלוסיית מיקרואורגניזמים ספציפית מתוך אוכלוסייה מעורבת.
דבר זה ניתן להשיג על ידי מתן תנאים מועדפים לאותה אוכלוסייה ועל ידי עיכוב של
המיקרואורגניזמים האחרים.
תרגילים:
.1בגרף המוצג יש גידול של חיידק בשלושה ריכוזים
שונים של מלח .החיידק גודל בריכוזים של , 0.009%
מלח. של 0.3% ו- 0.015%
הריכוז האופטימלי בו הוא גדל זה 0.009%איזה
מהגרפים מייצג כל אחד מריכוזי המלח ,ולאיזו
החיידק. שייך קבוצה
תשובה:
השיפוע מייצג את זמן הדור ,ככל שהשיפוע יותר
גדול זמן הדור יותר קצר A .מייצג את הריכוז
האופטימלי B .0.009 .מייצג את 0.015ו C -מייצג את .0.3ניתן לומר על החיידק שהוא
ממשיך לגדול גם בריכוזי מלח גבוהים אך ריכוז המלח מאט את הצמיחה שלו .הוא יכול
לסבול מלח ,הוא לא הפסיק לגדול .חיידק זה הוא .halotolerant
– תשובה
בחיידקים Bברגע שעברנו לתנאים אנארובים ללא חמצן אנו רואים שהאוכלוסיה יורדת
.3מכאן שהחיידקים הנ"ל חייבים חמצן ולכן אלו חיידקים ארוביים אובליגטוריים
חיידקי Bהם חיידקים שגדלו בסביבה אירובית ,ברגע המעבר לסביבה האנארובית
חוזרים לשלב ה lag -ומתחילים לגדול בשנית .מכאן ניתן לומר שהם ארובים
פקולטטיבים – כלומר מעדיפים תנאי חמצן אבל מסתגלים גם ללא ,כיוון שהשיפוע יותר
מתון בחלק האנארובי ניתן לומר שהם מעדיפים את הסביבה האירובית
] [55
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
גידלנו את החיידקים ואנו רואים של A -הסבסיבה יותר נוחה .אנו מעוניינים רק בחיידקי .A
נעביר חלק מהתרבית שנוצרה לכלי חדש ,ושוב נפעיל את אותה תרבית.
אם נגדל אותם עוד 6שעות היחס בין Aך B -יגדל .כעבור 6שעות נחזור על התהליך .ככל
שנבצע זאת יותר פעמים Bיעלם והכמות היחסית שלו תהיה יותר קטנה עד ש A -ישתלט על
התהליך.
מטבוליזם
מטבוליזם מתבצע בעזרת אנזימים.
ביואנרגטיקה – אנזימים
אנזימים הם זרזים המזרזים ריאקציות ביולוגיות פי 1017-108הזירוז מתבצע על ידי הורדת
אנרגיית השפעול) .ראה ביוכימיה של התא וכימיה פיזיקלית( .האנזימים הם ספציפים
לסובסטרט .כמו כן האנזים אינו תוצר ואינו סובסטרט ,לפיכך הוא יוצא כפי שנכנס ועובר מחזור.
פעילות האנזים לרוב היא הפיכה .הקישור לסובסטרט הוא לא קשר קוולנטי .בד"כ מדובר על
מולקולה גדולה יותר מהסובסטרט.
אנו רואים אנזים המתפקד בגליקוליזה .חלק זה של הגליקוליזה הוא חלק אנארובי .בסופו של
דבר אנו רואים שהתוצר משתחרר מהאנזים והאנזים יכול לחזור על התהליך .לפיכך מעט
מולקולות של אנזים יכולות לפעול על הרבה מולקולות של סובסטרט .התא צריך לסנתז מעט
מולקולות יחסית על מנת לטפל בהמון מולרקולות של הסובסטרט.
תהליך הפקת האנרגיה הנה שרשרת של תהליכי חמצון חיזור .מולקולה העוברת חמצון מאבדת
אלקטרון .חיזור קבלת אלקטרון .מי שעובר חמצון הוא מחזר .ומי שמקבל אלקטרון ועובר חיזור
הוא מחמצן.
] [56
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מגדל האלקטרונים
סכמה המתארת הפרשים של פוטנציאל חיזור של מולקולות שונות בתא .הציר בצד ימין מתאר
את פוטנציאל החיזור ובצד שמאל אנו רואים את ההפרשים בין ריאקציות הנוצרות בתא בין מימן
וחומר נוסף .ככל שהפרש הפוטנציאלים בין שני מולקולות גדול יותר האנרגיה המשתחררת היא
גדולה יותר.
מולקולה שטווח החיזור שלה נמוך יותר תתרום את האלקטרונים לזו עם הפוטנציל חיזור הגבוה
יותר
] [57
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
אם נתמקד באיזור הפעיל אנו נראה שכאשר יש קישור של 2מולקולות מימן .מתקבל קישור בשני
מקומות שונים על המולקולה )הנקודות האדמומות מייצגות קישור של האלקטרונים .בנוסף
משתחרר בריאקציה
פרוטון( .המולקולה עוברת
חיזור היא מקבלת 2
אלקטרונים .מולקולת ה-
NADעוברת בצורה תמידית
בין מצב בו הוא מחומצן
למצב בו הוא מחוזר
בריאקציות ),(NADH
שונות .הוא משמש כנשא
אלקטרונים בריאקציות
שונות .דיברנו על מפל
פרוטונים להפקת אנרגיה.
זו דרך אחת להפיק
פרוטונים למטרה זו.
] [58
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
אנו רואים שה) NAD -מחומצן ללא אלקטרונים .קיבל אלקטרונים הוא מחוזר( וה) NADH -לאחר
שקיבל את האלקטרונים ( נכנסות יחד עם הסובסטרט )בשני המקרים שבאיור( אל האנזים.
ובעצם מלווה את הראקציה לכן יקרא קואנזים .קואנזים הוא מרכיב החיוני לפעילות האנזים.
ההבדל בין קואנזים לאנזים הוא שקואנזים בד"כ משתתף בהרבה ריאקציות )פועל עם הרבה
אנזימים( ולא בריאקציה ספציפית כמו האנזים.
אגירת אנרגיה בתא
אגירת אנרגיה בתא מחולקת לשני סוגים:
.1אגירה ארוכת טווח – על ידי מקרומולקולות
.2אגירה קצרת טווח – על ידי NAD, NADHומולקולת .ATP
מולקולה נוספת המספקת אנרגיה היא מולקולת ה .Acetyl‐coEnzyme‐A -גם כאן ישנו קשר עתיר
אנרגיה והוא קשר עם גופרית ולא עם פוספט .מדובר במטבוליט שנכנס למעגל קרבס.
] [59
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
אנו רואים את תהליך קבלת ה .ATP -מה שתורם ליצירת הATP -הוא הפרוטונים .ראינו שבתהליך
יצירת ה NAD -מוצא פרוטון .הוצאת הפרוטונים מחוץ לתא יוצרת את מפל הפרוטונים בין שני
צידי התא .הצטברות זו של המטענים החיוביים מחוץ לממברנה מובילה ליצירת ה .ATP -על גבי
הממברנה הציטופלסמטית נמצאים הנשאים של האלקטרונים ,שהם ברובם חלבונים .הNAD -
משמש כמעביר אלקטרונים בין נשאי האלקטרונים .על נשאי האלקטרונים מתרחשת שרשרת
ריאקציות חמצון חיזור ,בהן האלקטרונים מועברים ביניהם עד למקבל האלקטרונים הסופי –
שבנשימה אירובית הוא החמצן.
תהליך שני שמתרחש הנו הוצאת הפרוטונים אל הפרי פלסמה .הפרוטונים הללו תורמים ליצירת
הפרש הפוטנציאלים בין חוץ התא לבין פנים התא .הצטברות זו גם היא תורמת ליצירת ה.ATP -
מטבוליזם – תסיסה
בתא ישנם מס' צורות לאגירת אנרגיה – ארוכה וקצרת טווח.
התהליך הקטבולי )תהליך להפקת אנרגייה( בתא מורכב ממספר תהליכים .ישנם חיידקים
המסוגלים להפיק את האנרגיה שלהם ממולקולות אורגניות )הטרוטרופים – אורגנו טרופים(
ישנם קבוצה של חיידקים המסוגלים להפיק אנרגיה ממולקולת לא אורגניות ,וכאלו שמסוגלים
להפיק אנרגיה מהשמש )פוטוטרופיים(.
] [60
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מטבוליזם של גלוקוז
הגלוקוז מומר למולקולת פירובט שיכולה לעבור למסלול של תסיסה )בנשימה אנארובית
בחיידקים( או לתהליך של נשימה אירובית )מעגל קרבס – TCA ,מאפיין גם את הייצורים
האיאוקריוטיים(.
בני האדם לא מסוגלים להתקיים אך ורק על תסיסה ולכן לא מבצעים תסיסה.
] [61
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
קטבוליזם של גלוקוז
בנשימה אירובית החמצן הוא מקבל האלקטרונים הסופי והוא מוגדר בתור מקבל אלקטרונים
חיצוני .הוא צריך להקלט מהאוויר ,והאלקטרונים שמועברים מועברים אליו .בתהליך זה הפקת
ה ATP -נקרא זרחון חמצוני )קישור של פוספט בנוחכות חמצן( .בנוסף מתקיים פירוק מלא של
המולקולות הפחמניות ל CO2 -ולמים.
בתסיסה אין מקבל אלקטרונים חיצוני .החמצון חיזור הוא שיווי משקל שמתבצע ברמת
הסובסטרט .כלומר בסופו של דבר האלקטרונים ישארו על מולקולה שנגזרת מהסובסטרט.
הפוספורילציה מתרחשת על הסובסטרט ,ודבר זה יוצר את ה .ATP -התוצרים הם תרכובות
אורגניות .אין פירוק מלא של הסובסטרט .בנוסף מתקבלת פליטה של מימן ו.CO2 -
כל ריאקציה כימית היא בעלת שיווי משקל האלקטרונים שנפלטים חייבים להקלט במקום אחר
ובמקרה של תסיסה יקלטו בסובסטרט.
] [62
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
גליקוליזה :
מולקולת הגלוקוז תעבור סדרה של שלבים בה נקבל שתי מולקולות של פירובט .נהוג לחלק את
הגליקוליזה לשני שלבים.
.1שלב התגובות המכינות – בשלב זה מתקבלים ממולקולת הגלוקוז שתי מולקולות של
שלושה פחמימנים) .גליצר אלדהיד 3פוספט(
.2חמצון חיזור – יצירת 2מולוקולות פירובט .
בתהליך הגליקוליזה מתקבלת אנרגיה ,בשלב השני ישנה הווצרות של 4מולקולות .ATPאם נשים
לב בשלב הראשוני ישנה השקעה של 2מולקולות .ATPסה"כ קיבלנו 2מולקולות .ATPבנוסף אנו
רואים את היציאה של מולקולות ,NADHכלומר בתהליך NADהופך לNADH -
] [63
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הגליקוליזה הנו תהליך המשותף לתסיסה ולנשימה .תוצרי הגליקוליזה הם 2מולקולות 2 ATP
מולקולות 2מולקולות NADHו 2מולקולות .Pyruvateהתא צריך להתמודד עם ה) NADH -מחזור(
ועם הצטברות של חומצה פירוויט .החומצה הפירוויט יכולה להיות טוקסית לתא .תוצרי
התסיסה במסלולים ביוכימיים שונים הופכים לתערובות אורגניות שונות .במהלך יצירת
התוצרים של התסיסה ה NADH -חוזר להיות NADוכך מתבצע המחזור .תחת הקו המקווקו
מדברים רק על התסיסה ,מעליו זה משותף גם לגליקוליזה וגם לתסיסה .בתסיסה מתקיימת
פוספורילציה ברמת הסובסטרט אנו רואים בשלב הראשון במהלך הנשימה פוספט שנקשר מה-
ATPאל הגלוקוז )הגלוקוז עובר פוספורוליציה בגליקוליזה הסובסטרט הוא הגלוקוז(.
גם בנשימה וגם בתסיסה מדובר בשרשרת של ריאקציות חמצון חיזור למשל ריאקציית הפיכת
גליצר אלדהיד 3פוספט )שמתקבל בסיום שלב התגובות המכינות( ל 1,3‐Bisphosphoglycerate
] [64
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [65
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בנוסף נוצרים פרופיונט ,אצטט ופחמן דו חמצני .הפרופיונט נותן את הטעם ,ה CO2 -יוצרים את
החורים.
ככל שעובר יותר זמן מתחילה ירידה בריכוז החומצה הלקטית עד שכולה נעלמת .ה CO2 -בתחילה
עולה – החומצה הלקטית מתפרקת ונוצר ה .CO2 -החומצה הלקטית נגמרת בשלב מסויים ולכן
אין מי שיצור .CO2מקבלים הפסקה של התהליך החורים מפסיקים להווצר.
] [66
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
תרגילון
נציג טבלה המייצגת את יעילות ייצור
החומצה הלקטית על ידי חיידקים
שונים )כאשר החיידקים גודלים בכמוסטט( .הסובסטרט בניסוי זה הוא מולסה
הפרטמר של Productivityמשלב בין הזמן לכמות הנוצרת ודבר זה בעצם מעיד על יעילות .ניתן
לומר שהזן הראשון והזן השלישי מציגים נתונים דומים באופן כללי .הזן הראשון משתמש בכמות
סובסטרט יחסית קטנה Yield ,גבוה ,אבל ה Productivity שלו נמוכה יותר מהשלישי .לפיכך הזן
השלישי יעיל יותר אך ניתן לומר שההבדל ביניהם זניח.
] [67
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
יעילה .דבר זה מסביר מדוע קצב ההמרה נמוך יותר בהשוואה לסוכרים הפשוטים יותר .הגלוקוז
הוא חד סוכר ,הסוכרוז הוא רב סוכר כמו כן הוא נקי יותר מהשאר ולכן ניתן להפיק ממנו יותר
חומצה לקטית.
השימוש במולסה בניסוי הראשון נובע מהעלות הנמוכה של המולסה .המולסה הבנגס וקני הסוכר
הם תוצר הביניים של ייצור סוכר לבן ולכן הם יותר זולים מאשר הסוכרוז והגלוקוז ,ולכן שואפים
להשתמש בהם .לכן קיימים מחקרים רבים שמטרתם לנצל את תוצרי הביניים של תעשיית
הסוכר.
בארץ מעדיפים לעבוד עם סוכר כיוון שהוא מסובסד.
הגרף הבא מציג השוואה בין ייצור החומצה הלקטית על ידי גידול החיידקים בכמוסטט לעומת
כמוסטט כפול.
אנו רואים שהעלייה הרבה יותר תלולה של כמוסטט כפול .ייצור החומצה הלקטית מעיד על גידול
החיידקים .כאשר הגרף תלול יותר הייצור גדול יותר ליחי' זמן .בכמוסט כפול ישנו גידול
מקסימלי.
יש לציין שבסופו של דבר בכמוסטט כפול מצליחים לשמור על קצב גידול מקסימלי קבוע.
מטבוליזם :נשימה
כשתארנו את המטבוליזם של גלוקוז הזכרנו 3מסלולים שונים .המסלול שהרחבנו עד כה הוא
גליקוליזה .בסיום התהליך מקבלים 2מולקולות של פירווט .הפירווט יכול לעבור שני מסלולים
)תסיסה ,או נשימה במעגל קרבס(.
נשימה אירובית
החמצן מתפקד כמקבל אלקטרונים חיצוני .התוצרים של נשימה אירובית הם CO2ומים .הגלוקוז
עובר פירוק מלא .תהליך פירוק הגלוקוז מתרחש לאחר הגליקוליזה במעגל קרבס – בגליקוליזה
יתפרק הגלוקוז ל 2 -מולקולות פירווט ובמעגל קרבס אלו יפורקו לגמריי.
] [68
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [69
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
תוצרי הביניים במעגל קרבס חשובים לתהליכים רבים ונוספים בתא ,ומהווים אבני בניין
למרכיבים חיוניים של התא ,כפי שניתן לראות באיור .הציטרט למשל מהווה אבן בניין ליצירה של
חומצות השומן והסטרוליים )סטרולים משפיעים על קשיחות הממברנה של התא( .הα‐ -
ketoglutarateהוא אבן בניין לחומצות גרעין וחומצות גרעין כך גם ה.Oxaloacetate -
] [70
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
המשתתפים הנשאים
בשרשרת העברת האלקטרונים הם:
NADH Dehydrogenases
Flavoproteons
) Quinonesלא חלבונים – מולקולות שומניות הידרופוביות(
Iron Sulfur proteins
.Cytochromes
באיאוקריוטים המולקולות הנ"ל קבועות ,לעומת זאת בחיידקים
ישנו מגוון של המולקלות הנ"ל בןי המינים השונים.
המולקולות הנ"ל יכולות לעבור ממצב מחומצן למחוזר ,דבר מאפשר
את העברת האלקטרונים .חלק מנשאי האלקטרונים קושרים את
האלקטרונים יחד עם המימן ,וחלק מהנשאים קושרים אלקטרונים
בלבד .העברת האלקטרון נקבעת על פי פוטנציאל החיזור של הנשא.
)העברת האלקטרונים מהסובסטרט למולקולת ה ,NADH -ממנו ל-
,Flavoproteinחלבוני הברזל והגופרית ,אל הקינונים ,ואז לסדרה של
ציטוכרומים ולבסוף אל החמצן(.
] [71
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [72
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
דוגמה לקינונים:
אנו רואים דוגמה של קואנזים .Qהקינונים אינם חלבונים ,אלא מולקולות שומן הידרופוביות
הנמצאות בממברנה .יש להם יכולת לקלוט את האלקטרונים עם המימנים .המולקולה יכולה
לקשור אלקטרונים בשני אתרים.
באופן כללי הקינונים קושרים עם המימנים ,באיור הימני מטה מוצגת דוגמה לקינון אחד.
התאוריה הכמואוסמוטית
האלקטרונים העברת
של להוצאה מובילה
הפרוטונים מחוץ לממברנת
התא ,הדבר גורר הפרש
ריכוזים בין פנים וחוץ
התא ,הפרש מטענים )בחוץ
חיובי בפנים שלילי( ,הפרש
ב .pH -חוץ הממברנה
מפנים יותר חומצי
המברנה ,הדבר גורם
לפרוטונים לשאוף להכנס
לתוך התא .ההפרשים הנל
מהווים את הפרוטון
מוטור .force
הממברנה מהווה תווך בררני ,הפרוטונים יחדרו לתוך התא דרך חלבון הקרוי F1F0ATP Synthase
המעביר את הפרוטונים תוך כדי הפיכה של ADP +Pל.ATP -
] [73
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מפל הפרוטונים מנוצל לקבלת .ATPובנוסף להפקת אנרגיה ישירה לצורך תנועת השוטון,
ולהכנסה של חומרים שונים דרך התא ב Symporter, Antiporter -כפי שניתן לראות באיור מטה.
סינתזת ATPעל ידי מולקולה הנקראת .ATP sintaseהחלבון מורכב מ 12 -איזורים הבונים תעלה
דרכה יוחדרו הפרוטונים .החלק של F1מבצע את הפעולה של סינתזת ה ATP -תוך שימוש
בהכנסת הפרוטונים בחלק ה .F0 -החלבון יכול גם להוציא פרוטונים ולפרק ) .ATPהפיך( חלבון זה
נמצא גם במיטוכונדרייה גם בכלורופלסטים וגם בממברנות של חיידקים .דבר זה מחזק את
התאוריה האנדוסימביוטית.
] [74
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
סיכום אנרגטי
התהליך העיקרי של הפקת האנרגיה מתרחש בשרשרת העברת האלקטרונים.
בתהליך הגליקוליזה מופקות שתי מולקולות פירווט ממולקולה של גלוקוז 2 .מולקלות פירווט
יכנסו למעגל קרבס ,ויומרו לשני מולקולות אצטיל קואיי .בשלב הראשון של הגליקוליזה מייצרים
2מולקולות .ATPבמעגל קרבס יש הפקה של 2מולקולות GTPאשר שווה ערך ל .ATP -בגליגוליזה
נוצרים 2מולקולות ,NADHבהפיכת חומצה פירוויט לאצטיל קו איי עוד 2מולקולות .NADH
במעגל קרבס נפלטות 6מולוקלות NADHו .FADH 2 -כל NADHגורם לסינטזה של 3מולקולות
.ATPסה"כ יש לנו NADH 10כלומר סינטזה של .ATP 30מולקולת FADHמובילה ל 2 -מולקולות
של .ATP
ובסך הכל בתהליך נשימה אירובית מופקים 38מולקולות של ATPממולקולה אחת של גלוקוז.
] [75
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
ג'אובקטר ,חיידק שגילו לא מזמן ,מקבל האלקטרונים הסופי שלו הוא הברזל .כמות האנרגיה
שמיוצרת במושבה של חיידקים כאלו על גבי חוטי ברזל ניתן מספקת להפעלת שעון יד.
שימוש בניטראט כקולט אלקטרונים בנשימה אנאירובית
ישנם חיידקים שמקבל האלקטרונים שלהם הוא הניטרט .הניטרט הנו המרכיב העיקרי בביוב.
במערכות טיהור משתמשים בחיידקים אלו לפרק את הניטרט.
השלבים של פירוק הניטרט מבוצעים על ידי חיידקים שונים .היבט שלילי הורדה של נוטריינטים
בקרקע בחקלאות )בזבל האורגני יש ניטראט והחיידקים מפרקים אותו( היבט שלילי נוסף –
במהלך התהליך של פירוק הניטראט נוצרים גזים המזהמים את הסביבה.
השוואה בין נשימה אירובית לנשימה אנאירובית
החיידק E‐coliיכול לקיים גם תסיסה ,גם נשימה אירובית וגם נשימה אנאירובית.
בנשימה אירובית מקבל האלקטרונים הוא החמצן .נפלטים 4פרוטונים .בנשימה אנאירובית
נפלטים רק 3פרוטונים .ב E‐coli -מקבל האלקטרונים האחרון הוא ה Nitrat reductaze -ומעביר
את האלקטרונים לקבלת ניטריט) .רווח אנרגטי נמוך יותר בנשימה האנאירובית( .בשתי המערכות
ישנו דמיון רב ההבדל הוא בחלק מהנשאים .הדבר מאוד יעיל מבחינת המותאמות של החיידק.
בשינוי תנאים סביבתיים אין צורך לסנתז את כל המרכיבים מהתחלה ,אלא רק את מקבל
האלקטרונים הסופי.
] [76
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הגעתי לכאן
] [77
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
החיידקים הפוטוטרופיים .בתחתית האגם יחיו חיידקים אנאירובים ,כיוון שאין שם חמצן.
לתחתית האגם מגיע פסולת של כל החיידקים שמתים ,האצות והדגים שמתים וכו' .מה שישמש
כנוטריינטים לחיידקים שיחיו בתחתית .הפסולת האורגנית צריכה להיות מנוצלת בתנאים
אנאירוביים .אחד התהליכים בהם חומרים אורגניים יכולים להיות מפורקים זה תהליך של
תסיסה .כלומר בחלק זה של האגם יחיו חיידקים שמבצעים תסיסה וגם חיידקים שמבצעים
נשימה אנאירובית.
מחזור הפחמן
בעלי החיים והצמחים שמתים עוברים פירוק המתרחש על ידי המיקרו אורגניזמים .בתהליך
הפירוק המולקולות האורגניות
מפורקות ל .CO2 -תהליך נוסף הנו
הנשימה .היצורים החיים השונים
הנושמים בנשימה אירובית פולטים
.CO2
תהליכים שנוספו על ידי האדם
מפרים את שיווי המשקל וגורמים
לעלייה באחוז הפחמן האטמוספרי.
תעשייתיים )תהליכים
כתוצאה קצב המתרחשים(.
הפליטה של ה CO2 -עולה על קצב
הקליטה ,דבר המשבש את המאגר.
אחד התהליכים שעובר הCO2 -
הוא אגירתו בסלעים )הטמעה
בקרום כדור הארץ( כמו כן ה 2CO -
מוטמע בייצורים בים וביבשה
)נשימה אנאורבית(.
בצמחים קיים חומר הקרוי ליגנין
] [78
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
)בונה את תא הדופן בתא הצמח – יחודי לצמחים( .החיידקים הם היחידים המסוגלים לפרק את
הליגנין )חומר מוצא ל .(humusהפירוק של החומוס על ידי המיקרואורגניזמים מאפשר כניסה של
החומרים האורגנים הנוצרים לחזור חזרה לשימוש בע"ח.
CO2נקלט בעיקר על ידי צמחים .הצמחים ממירים אותו לחומר אורגני אותו קולטים הצרכנים
השניוניים )הטרו טרופים( היצורים ההטרו טרופים פולטים חזרה את ה .CO2 -בנוסף ליצירת
החומר האורגני על ידי הצמחים ,הם יוצרים את חומר הליגנין ,אשר רק החיידקים מסוגלים
לפרקו .בהצטברות של ליגנין בצמחים הוא הופך לחומר הקרוי .Humusפירוק ה Humus -מאפשר
קליטת החומר האורגני על ידי בעלי החיים .בתנאים מסויימים תוצרי הפירוק של צמחים ובעלי
חיים מוביל ליצירת נפט.
מצב החמצון:
העליון החלק
התרחשות בתנאים
אירובים ,חלק תחתון
תנאים אנאירובים.
הייצורים
הפוטוסינטתיים
)אווירני – על ידי
ואצות( צמחים
מתמירים את הCO2 -
אורגני. לחומר
בנשימה הייצורים
אירובית מפרקים את
החומר האורגני ל-
) .CO2החלק העליון(.
בנוסף CO2מסוגל
להפוך לחומר אורגני
אל בפוטוסינתזה
אווירנית ) (anoxicמתרחש בעיקר על ידי חיידקים .הקבוצה המבצעת את הפוטוסינתזה האל
אווירנית קרוייה .Green or Purule sulfur bacteriaבגידולם נראה פיגמנט ירוק או סגול )ומכאן
שמם( . במצב זה בתהליכי תסיסה ונשימה אנאירובית החומר האורגני יתפרק ל.Co2 -
תהליך נוסף בו מעורב ה CO2 -הוא מתאנוגנזה
המתאן ) (CH4יכול להתקבל מ CO2 -וגם בתהליכים אנאירובים ממולקולות אורגניות אחרות.
המתאן מפורק ל CO2 -כאשר תהליך פירוק המתאן מתרחש בתנאים אירובים )מתנוטרופי(
] [79
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
קצת סדר
יצירת חומר אורגני מCO2 -
– Oxic .1פוטוסינתזה אווירנית צמחים ואצות
– Anoxic .2פוטוסינתזה אל אווירנית על ידי חיידקים green or purple sulfur bacteria
פירוק חומר אורגני ל- CO2 -
– Oxic .1ייצורים בנשימה אווירנית יפרקו את החומר האורגני חזרה ל .CO2 -
– Anoxic .2בתהליכי תסיסה ונשימה אנארובית החומר האורגני יפורק ל.CO2 -
פליטת CO2דרך מתאן CH4
מתאנוגנזה – יצירת מתאן מחומר אורגני – תהליך ,Anoxicאנאירובי
מתאנוטרופי – פירוק מתאן ל – CO2 -תהליך אירובי – .Oxic
מתאנוגנזה
תהליך הפקת מתאן – תהליך רב שלבי המתרחש בסינתרופיה )שיתוף פעולה( של כמה מיני
חיידקים.
.1פולימרים מורכבים – צלולוז ,עמילן ,חלבונים .פירוק ראשוני על ידי קב' מסויימת של
מיקרו אורגניזמים
.2קבלה של מונומרים – פירוק על ידי מיקרואורגניזמים
.3מונומרים בתהליכי תסיסה על ידי מיקרואורגניזמים הופך לאצטט H2 CO2
.4אצטט בתהליכים שונים על ידי ארכיאה יומר ל .CH4 -
הצטברות אצטט רעילה לאורגניזמים השונים .עלייה בריכוז האצטט תגרום לרעילות יתר ,כך
שהארכאה שניזונה מתוצר הפסולת של החיידקים מעלה יכולה להקל על הסביבה.
] [80
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
– NH3 ‐3אמוניה
N2O +1
NO +2
NO3‐ ‐ Nitrit +5
אנו רואים שישנם 8צורות בהם יכול להופיע החנקן.
קיבוע חנקן מלאכוני – תהליך האבר – חנקן משמש לדשנים .בתהליך הקיבוע מקבלים אמוניה
מהחנקן .החנקן יומר לאמוניה על ידי חיידקים מקבעי חנקן .האמוניה יכולה להקלט על ידי
חיידקים וצמחים שימירו את האמוניה לחומר אורגני .שמשמש נוטריינטים לבעלי החיים .בעלי
החיים פולטים את החנקן )אוריאה( שעוברות בשנית פירוק על ידי חיידקים במספר תהליכים.
העברה של החנקן האטמוספרי למולקולות אורגניות דורש הרבה אנרגיה .החנקן האטמוספרי
מהווה 79%מהגזים באטמוספירה .החנקן הופך לאמוניה ונקלט על ידי הצמחים .האמוניה
מומרת לניטריט ,שהופך בסופו של דבר חזרה ל .N2 -החנקן האטמוספרי עובר תהליך הנקרא
קיבוע )על ידי חיידקים( לאחר הקיבוע של החנקן הוא הופך לאמוניה .ולאחר מכן יכול להקלט על
ידי היצרנים הראשונים
וחיידקים( )צמחים
מהיצרנים הראשונים אנו
מקבלים את החומצות
וחלבונים. אמיניות
מהצמחים זה מועבר לבעלי
החיים .בעלי החיים מפרקים
את חומצות האמיניות
החיידקים לאוריאה
מחזירים את האוראה
האמוניה לאמוניה.
ממוחזרת חלקה יכולה
להקלט על ידי הצמחים,
וחלקה מומר חזרה לחנקן
)דרך ניטריט( באמצעות
חיידקים.
] [81
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [82
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
על מנת שהאמוניה תהפוך חזרה לחנקן היא עוברת תהליך הקרוי ניטריפיקציה.
הפיכת ה NH3 -ל ניטריט מתבצעת על ידי חיידקים הקרויים ניטרוזומונז והניטריט הופך לניטרט
על ידי קבוצת חיידקי הניטרובקטר.
NO2מתחרה בקישור החמצן להמוגלובין ועל כך הוא טוקסי .גורם לתופעה הנקראת Blue Baby
הנפוצה באיזורים חקלאיים בארה"ב שמשתמשים בדשנים שונים ה NO2 -חודר למי השתיה.
התינוקות מכחילים כיוון שה NO2 -שחודר למים מתחרה על ה Heme -ולכן אין העברת חמצן
בגופם.
החיידקים המבצעים תהליך זה ,אלו חיידקים המבצעים נשימה אנאירובית ,כאשר ה NO3‐ -הוא
מקבל האלקטרונים הסופי שלהם.
טהור שפכים:
הביוב הביתי מכיל ביעקרו חומרים אורגנים .הביוב הגולמי עובר סינון )מקלות ,בע"ח ,ניירות
טואלט( הפסולת הנ"ל נתמנת .לאחר מכן משקיעים את המוצקים האורגנים .חלקם יכולים
לשמש בתור דשן )לאחר חיטוי עקב נוחכות של חייקדים מעיים( .את הנוזלים הללו מעבירים
תהליך שניוני בו משמרים את התנאים האירוביים) .יש לשמור על אוורור רב של המיכל( לאחר
מכן הנוזלים מועברים למיכל אחר לצורך שקיעה נוספת .בסופו של דבר המים עוברים חיטוי
ומשתמשים במים אלו בתעשייה ובחקלאות.
] [83
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
יש חשיבות ליחס בין אוכלוסיות המיקרואורגניזמים השונים המתפתחים במיכל ,שכן יש
תרכובות אורגניות שונות ,ויש צורך בגיוון בחיידקים שיפרקו את התרכובות האורגניות .יש צורך
למנוע את גידול האצות.
חיידקים בעלי גנום גדול יותר יש להם מותאמות למס' מסלולים מטבוליים שיאפשרו להם לחיות
במספר סביבות .חיידקים אוטוטרופיים יהיו בעל גנום גדול יותר )כיוון שיש צורך ביותר גנים
לסינתזה של חלבונים חומצות אמינו חומצות גרעין( .ככל שהגנום יותר קטן האורגניזם ניזון על
חשבון המארח שלו .המיקופלסמה גניטליום הוא בעל הגנום הקטן ביותר .הוא ללא דופן ולכן
הוא צריך לגנוב כולסטרול מהמארח כדי להקשיח את ממברנת התא.
] [84
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
חיידק ה deinococcus radiodurans -חיידק העמיד ליובש ,חום ,קור והעדר נוטריינטים .כמו כן
עמיד לרמות קרינה של – 1.5מליון ראד .החיידק התגלה לאחר שניסו לשמר חיידק באמצעות
קרינת גאמא .החיידק היה על הבשר ,והבשר התקלקל ,מכאן שהחיידק לא מת .לאחר מכן בודדו
את החיידק ובמחקר התגלה שהחיידק נושא ארבעה עותקים של הכרומוזום ,וכאשר הקרינה
פוגעת ב DNA -ויוצרת את השברים ,החיידק מסוגל לבנות את הכרומוזום מחדש .שאלת המחקר
כרגע הוא מדוע שהחיידק יצטרך אמידות לרמות קרינה שאפילו גבוהות יותר מרמות הקרינה
שבאטמוספירה .תשובה אפשרית אחת היא שעצם העמידות לקרינה ,מספקת גם את העמידות
ליובש חום קור והעדר נוטריינטים.
מעבר המידע הגנטי מגן לחלבון:
אחידות גבוה בעולם החי בשלבים הראשונים של התהליך.
הגן מקודד ליצירה של חלבון .לצורך יצירת החלבון יש פתיחה של הסליל הכפול .עותק אחד של
הסליל משועתק למולקולת ,mRNAשיתורגם לחלבון עצמו )בריבוזום( – מתורגם לרצף של
חומצות אמיניות .כל שלושה בסיסים ב DNA -הם מצומדים לשלושה בסיסים משלימים ב-
,mRNAשלושה בסיסים ב mRNA -הם קודון ,כאשר כל קודון מאפיין חומצה אמינית מסויימת.
ההבדל בין הפרוקריוטים לאיאוקריוטים בא לידי ביטוי במאפיינים הבאים:
בתא האיאוקריוטי ה mRNA -נוצר בגרעין )שעתוק( ,יוצא מהגרעין ,ותהליך התרגום מתבצע
בציטופלסמת התא .כמו כן באיאוקריוטים מתווספים האנטונים והאקסונים אל הmRNA -
)בתהליך השעתוק( .ה RNA -ששועתק ארוך יותר מה RNA -שתורגם בסופו של דבר .הmRNA -
עובר תהליך שנקרא splicingלאחר התהליך ה mRNA -יכיל רק את האקסונים .ולבסוף יתורגם
לחלבון) .האקסון הוא החלק שמתורגם לחלבון( .האינטרונים הם חלק מה DNA -הלא מקודד.
האינטרון מוצא בתהליך השעתוק ,והוא מוסיף לגודל של הגנום האיאוקריוטי.
בחיידקים השיעתוק והתרגום מתרחשים באותו מקום ,בציטופלסמה ,כאשר השעתוק והתרגום
מצומדים – תוך כדי השעתוק יכול להתחיל התרגום )כפי שלמדנו בביוכימיה של התא(.
] [85
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
התרגום של ה mRNA -לחלבון ,מתבצע בריבוזום .אל הריבוזום יגיע ה tRNA -שקושר את
החומצות האמיניות ,ועל פי הקודונים שנמצאים ב mRNA -יקשר לחלבון שנוצר החומצה
האמינית המתאימה .הריבוזום בנוי משתי תתי יחידות) .גדולה וקטנה( ההבדל בין האיאוקריוט
לפרוקריוט הוא בגודל של שתי היחידות והרכבן .הריבוזום החיידקי בגודל ,70Sואלו
באיאוקריוט בגודל .80Sבמידה ונפרק את שתי תת היחידות נגלה שתת היחידה הגדולה
בחיידקים היא 50Sוהקטנה היא ,20Sובאיאוקריוטים תת היחידה הגדולה היא 60S והקטנה
היא .40S
תת היחידה הקטנה נקראת ) ribosomal RNAגודל שונה בין החיידקים לאיאקריוטי(.
מבנה הריבוזום:
חיידקים – 70S
oתת יחידה קטנה 30S
rRNA 16S
21 חלבונים
oתת יחידה גדולה – 50S
23S+5S – rRNA
31 חלבונים
איאוקריוטים 80S–
oתת יחידה קטנה – 40S
18S – rRNA
32 חלבונים
oתת יחידה גדולה – 60S
rRNA 28S+5S
50 חלבונים
קבוע Sמתאר שקיעה במבחנה.
במבחנה ניצור גרדיינט )על ידי מכשיר מיוחד( תמיסה בריכוזים משתנים ,בחלק הגבוה נמצא
הריכוז הנמוך ובחלק התחתון נמצא הריכוז הגבוה) .מדרג( אל המבחנה נכניס את הריבוזום,
ונבצע צנטרפוגה ,כתוצאה כל אחד מהמרכיבים ימצא במקום אחר במבחנה על פי הצפיפויות
השונות .ומכאן מחשבים את הצפיפות של הריבוזום ביחס לגרדיינט )מכאן חישבו את הערכים
השונים המצויינים לעיל.
] [86
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
ארכיאה –
בדומה לפרוקריוטים ,גם לארכיאה יש אופרנים .מתחלקים בחלוקה בינארית ,חסרי גרעין ,אך
מוצאים גם דמיון לאיאוקריוטים – אריזת ה ,DNA -החלבון המסתנתז RNAהוא זהה לחלבון של
האיאוקריוטים .הריבוזומים של הארכיאה דומים במקדמי השקיעה לאיאוקריוטים.
פול ארליך ניסה לצפות בחיידקים על ידי צביעתם בתרכובות אורגניות .ארליך גילה שבצביעת
החיידקים בחומרים שהתשמש החיידקים מתו ,והרקמה לא מתה ,הוא עלה על הרעילות
הבררנית .באותה תקופה הדעה הרווחת היתה
שפגיעה בחיידקים תגרור פגיעה ברקמה האנושית.
לאחר סריקה של 660מולקולות מצא מולקולה
שפגעה בחיידקי הסיפליס.
הדרכים לפגיעה בתא חיידק:
אנטיביוטיקה בקטריוסטטית – בגרף ניתן לראות
את הגידול של החיידקים בשלב המעריכי .בנק'
המוצבעת בחץ הוסיפו את האנטיביוטיקה ,ורואים
שאין יותר גידול של חיידקים .תאי החיידקים
מפסיקים לגדל אך הם עדיין חיים
] [87
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [88
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
סוגי אנטיביוטיות
אנטי-מטבוליטים
מטבוליטים של חומצה פולית – בני האדם לא מסוגלים לייצר חומצה פולית )הטרותרופי לחומצה
פולית( .חומצה פולית חשובה להתפתחות מערכת העצבים אצל העובר ולכן מנחים נשים בהריון
לצרוך חומצה פולית.
חיידקים הם אוטותרופיים לחומצה פולית ,כמו כן החיידקים חסרי מערכת transportלחומצה
פולית ,כלומר הם לא מסוגלים להוביל אותה לתוך התא ,כלומר אם הם מסיבה כלשהי לא יוכלו
לייצר את החומצה הפולית ,הם לא יוכלו לקלוט אותה ממקור חיצוני) .כאן יכנס תפקיד
האנטיביוטיקה(.
של המולקולה
האנטיביוטיקה היא אנטי מטבולית ,כיוון שהיא מחכה את המטבוליט אך היא אינה המטבוליט.
הרעילות הסלקטיבית כאן מושגת על ידי פגיעה במסלול ייחודי לחיידקים )ייצור החומצה
הפולית( שלא מתרחש אצל האדם .עקב החסר בחומצה הפולית הדבר גורם למות תא החיידק.
האנטי מטבוליט משמש כאנלוג למטבוליט.
פניצילין
אלכסנדר פלמין גילה את פטריה שמעכבת את גידול החיידקים .הוא הבין את המשמעות אבל
הוא לא הצליח להפיק את החומר שהפרישה הפטרייה .בשנת H. florey 1940ו E. chain -הפיקו
את הפניצילין מהפיטריה והצליחו לרפא בן אדם מזיהום כפול של סטרפטוקוק וסטפילוקוק ,הם
הצליחו לגרום לו להחלמה.
] [89
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
אבני הבניין של דופן התא הן הסוכרים NAGו .NAN -אל ה NAM -מתחבר טטרה פפטיד שקושר
שרשרת נוספת של סוכרים כנ"ל .טרנספפטידציה )מבוצע על ידי האנזים טראנספפטידאז( –
במקור הפפטיד מסונתז עם 5חומצות אמיניות .בקצה 2החומצות האחרונות יהיו .D‐alaבמהלך
הטרנספפטידציה מתבצעת הסרה של החומצה האמינית החמישית ליצירת טטרה פפטיד,
והחומצה האמינית הרביעית נקשרת לחומצה האחמינית השלישית לחומצה אמינית 3של NAM
של השרשרת הבאה.
בשל האמידות של החיידקים לפניצלין ,כדוגמת סטפילוקוקוס ארוס .פותחה אנטיביוטיקה נוספת
– וונקומיצין ,שגם היא מונעת מהטרנספפטידז להקשר לסובסטרט ומפריעה לסינתזת הדופן.
] [90
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הוונקומייצין ייקשר אל הסובסטרט דבר שיפריע לאנזים להקשר אליו .הפניצילין תקשר אל
האנזים וכך תמנע ממנו להקשר לסובסטרט.
סטרפטומיצין
פוגעת בסינתזת חלבונים .שייכת לקבוצת הבקטריוצידיות – )הורגות את החיידקים אך לא
מפרקות אותם .שייכת למשפחת האמינו גליקוזידים .הופקה מפטריה סטרפטומייציס .בריכוז
גבוה נקשרות לתת יחידה 30Sשל הריבוזום ,ומונעת את יצירת קומפלקס האיניציאציה
)קומפללקס של הריבוזום עם ה mRNA -וה tRNA -הראשון(.
בריכוז נמוך האנטיביוטיקה הנ"ל תקשר לתת יחידה 16Sהדבר יגרום לטעויות בקריאת ה-
,mRNAדבר שיצור פפטידים מקולקלים.
הסטרפטומיצין בעלת רעילות לאדם .ברמות גבוהות יכולה לגרום לנזק כליתי בעיות שמיעה
ושיווי משקל ,בלתי הפיך!
טטרציקלין
מורכב מארבע טבעות .תרופה בקטריוסטטית .מונעת קישור של aa‐tRNAלתת יחידה 30Sשל
הריבוזום .מונע את ההתארכות של הפפטיד.
רעילות בררנית – בילדים גורם לפס צהוב על השיניים .כמו כן מצטבר בעצמות וגורם לנזקים.
] [91
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בטטרציקלינים ישנה בעיית עמידות .העמידות הנפוצה הנה משאבות הנמצאות על גבי ממברנת
התא ומוציאות את הטטרה ציקלין החוצה מתא החיידק.
כלורמפניקול
תרופה בקטריוסטטית .הפגיעה מתבצעת בתת היחידה הגדולה – .50S
הכלורמפניקול נקשר באתר אליו אמור להקשר האנזים פפטידילטרנספרז היוצר את הקשר
הפפטידי.
הערה – דלקת גרון עוברת מעצמה כשלוש עד ארבע ימים ,הסיבה שלוקחים אנטיביוטיקה ל10-
ימים היא למנוע סיבוכים ארוכי טווח כמו דלקת מפרקים או אוטם שריר הלב .החיידק יכול
להתיישב במסתם של הלב.
דרישות מאנטיביוטיקה
רעילות בררנית . .1
שרידות בגוף האדם . .2
יכולת הגעה לאתר הזיהום בגוף בו נמצא החיידק )למשל בדלקת קרום המוח יש בעיה .3
לאנטיביוטיקה להגיע לאיזור בשל ה .BBB – Blood Brain Barrier -
עלויות יצור נמוכות . .4
שיטות למציאת חומרים אנטיביוטיים
חיפוש וסריקה אחר מיקרואורגניזמים יוצרי אנטיביוטיקות . .1
– Combinatorial Chemistryיצירת ספריות כימיות. .2
Rational drug designתכנון מושכל של מעכבים לאתר מטרה בחיידק. .3
שימוש במידע גנומי לזהות ולשנות גנים המעורבים ביצירת אנטיביוטיקות. .4
] [92
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
Combinatorial Chemistry
ביצוע נגזרות כימיות של מולקולות ידועות .למשל אם מכירים מולוקלולה שיש לה תכונה של
עיכוב גידול חיידקים ,נבצע מודיפיקציה למולקולה )לצורך הגברת יציבות/יעילות(.
Rational Drug Design
לוקחים את הפתוגן – החיידק גורם המחלה – מעוניינים לאתר גורם בפתוגן שפגיעה בו תוריד את
יכולת גרימת המחלה )אתר המטרה( .כיום אחת הדרכים הנפוצות לביצוע תהליך זה הוא שימוש
במידע הגנומי.
עמידות לאנטיביוטיקות
מנגנוני עמידות לאנטיביוטיקה:
.1העדר או שינוי אתר המטרה .
.2מודיפיקציה של האנטיביוטיקה הפוגעת בפעילותה.
.3שינוי או עקיפת המסלול המטבולי אותו מעכבת האנטיביוטיקה.
.4מניעת חדירת האנטיביוטיקה לתא.
.5הוצאה פעילה של האנטיביוטיקה מהתא.
] [93
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הגרף מציג את עמידות החיידק סטרפטוקוקוס פנמוניה .רואים שעד שנות ה 80 -החיידק לא היה
עמיד כלל ,אך עם הזמן פיתח עמידות לאנטיביוטיקה.
במחקר שבוצע על החיידק הנ"ל המטרה היתה לאתר גן שמסוגל להיות אתר מטרה כלומר
שפגיעה בו תפגע ביכולת גרימת המחלה.
מצאו שלחיידק ישנו חלבון Cholin binding protein – CbPA -והוא חשוד שהוא מסוגל לקשור
את הכולין הנמצא על גבי הרבה מאוד תאים בגוף האדם .חלבון זה חשוב ליכולת החיידק להקשר
לתאי אפיתל דרכי הנשימה .חלבון זה נמצא במאגרים הממוחשבים )בצעו מחקר על הגנום(.
כעת יש לבדוק האם החשד נכון.
כעת יש לבדוק האם החשד מבוסס – הדבר יתבצע על ידי פגיעה ב – CbPA -כלומר יוצרים חיידק
מוטנט של החיידק פגוע ב .CbPA -כעת מזריקים ל – 2חיות שונות אחת את החיידק ללא הCbPA -
ושניה את זן הבר )עם ה .(CbPA -ומוודאים שהחיות שהודבקו במוטנט לא נדבקו במחלה )ללא
הקישור לתאי מאחסן אין מחלה(.
)עד כה איתרנו את הגן ,ראינו שהוא חשוב לגרימת המחלה ,יכול להוות תא מטרה
לאנטיביוטיקה( .כיום מחפשים אנזים שיודע לפרק באופן ספציפי את cbPA
] [94
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
רמות בקרה:
.1שינוי רצפי DNA
.2בקרת שיעתוק
.3בקרה ברמת ייצוב mRNA
.4בקרת תרגום
.5בקרה לאחר תרגום – הבקרה המהירה יותר ,מאפשרת הדלקה וכיבוי של חלבון ,אך
תהליך זה דורש אנרגייה .מתאים לתהליכים בהם החיידק צריך לתת מענה מידי )למשל
בתהליך הנשימה(.
העברת סיגנל כתגובה לתנאים חיצוניים
חישת הסביבה מתבצעת על ידי רצפטורים
המצויים על פני שטח התא .כאשר הם
מעבירים סיגנל המגיע לכרומוזום .הסיגנל
ישפיע על קצב השעתוק והתרגום .אל הרצפטור
יקשר סיגנל חיצוני .יכול להיות נוטריינט או
למשל אנטיביוטיקה .הרצפטור יודע לקשור את
הסיגנל ,לאחר קישורו הרצפטור עובר
אוטופוספורילציה )מזרחן את עצמו( הזרחון
הנ"ל מפעיל רגולטור הנמצא בתא )על ידי זרחון
שמבצע עליו הרצפטור( זרחון הרגולטור
מאפשר לו להקשר לאתר הבקרה ב.DNA -
הרגולטור יכול להיות רפרסור ואז הוא יקשר
לאופרטור ולא נקבל שיעתוק .או לחילופין
הרגולטור יכול להיות Activetorשיקשר לאתר
ה Activator -ב ,DNA -דבר שיגרום להפעלת
הגן.
השינוי שחל בחלבונים )הרגולטור והרצפטור(
קרוי שינוי אלוסטרי .הדוגמה שהוצגה כאן הנה
בקרה ברמת שעתוק.
בקרת שיעתוק יכולה להתבצע גם על ידי
פוספורילציה כפי שהוצג לעיל ,וגם על ידי קישור ליגנד – אפקרטור אלוסטרי .קישור הליגנד
יגרום לשינוי מרחבי של החלבון דבר שיגרום לו להקשר לאופרטור או לאקטיב טור )בהתאם לסוג
החלבון(.
] [95
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הגרף מתאר דוגמה לדיכוי .הקו האדום מתאר את מספר התאים ,הקו השחור מתאר את סה"כ
החלבון ,והקו הכחול מתאר את הסינטזה של החומצה אמינית ארגינין .כל עוד אין תוספת
ארגינין חיצונית ,רואים הקבלה בין הגדלת החלבון ,הגדלת מס' התאים וסינטזת הארגינין.
בנקודה בה רואים את החץ הוסיפו ארגינין [,וכתוצאה סינטזת הארגינין היא נעצרה.
בגרף משמאל רואים דוגמה של הפעלה .כאשר אין לקטוז האנזים ביתא גלקטוזידז לא מסונתז
אך ברגע שמוסיפים לקטוז יש סינתזה) .מטרת הביתא גלקטולידז לפרק את הלקטוז(.
] [96
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בקרה חיובית – בהעדר ליגנד יש הרפרסור לא קשור ואז יש ביטוי גנים .בכוספת ליגנד הרפרסור
נעשה פעיל ,קושר ,DNAוהוא מדכא את ביטוי הגנים )הפסקת שיעתוק ותרגום(
אופרון הלקטוז – הוא האופרון הראשון שאופיין ,בשנת .1961על ידי שלושה מדענים ג'ייקוב
מונוד ולווף .הם גילו את האופרון עוד לפני ה .DNA -הם גילו שחיידק ה E‐coli -הוא אחד
החיידקים הנחקרים ביותר ,הוא מבטא את החלבון המפרק לקטוז רק כשיש לקטוז במצע אם אין
לקטוז אז הוא לא עושה את זה.
האופרון מורכב מ:
אזורי בקרה
Promoter קושר את ה RNA Polymerase -
Operator קושר את הרפרסור
גנים
– LacZביתא גלקטוזיאד מפרק את הלקטוז לגלוקוז וגלקטוזץ
– Pemease – LacYנשא ממברנלי שמחדיר לקטוז לתא
– LACAלא ידוע תפקידו עד כתיבת שורות אלו
מדובר בבקרה שלילית ,כאשר לקטוז נוכח בתא הוא נקשר לרפרסור ואז הוא לא קשור ל.DNA -
בנוחכות הלקטז מבנה הרפרסור משתנה הוא לא קושר את האופרטור ואז יכול להתבצע שעתוק
ותרגום.
הלקטוז לא יכול לחדור את הממברנה אלא רק בצורה אקטיבית .לפיכך לכל אורך הזמן יש דליפה
של שעתוק ותרגום ליצירת מולקולות של LAC Primaseשיסתדרו על גבי ממברנת התא .על גבי
הממברנה של התא יש 10מולקולות של LAC Primaseוהם יחדירו את הלקטוז פנימה כדי שיקשר
לרפרסור.
] [97
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הסוכר היעיל שהתא צריך להשקיע הכי פחות אנרגיה כדי לנצלו הוא הגלוקוז .מכאן נשאלת
השאלה ,מה קורה לחיידק ה E‐coli -אם יש גלוקוז ולקטוז יחד במצע) .שכן פירוק הלקטוז יוצר
גלוקוז( .ולכן בעודף גלוקוז במצע החיידק ינצל קודם את כל הגלוקוז .ורק כשיגמר הגלוקוז
ישתמש בלקטוז.
כפי שרואים בגרף .בתחילה החיידקים גדלים על חשבון הגלוקוז .בעת הזו אין את אנזים הביתא
גלקטוזידאז )כי אין לקטוז לפירוק( .רק כאשר נגמר הגלוקוז החיידק יצרוך את הלקטוז ואז יהיה
על החיידים לייצר את האנזים לפירוק הלקטוז לצורך שימוש בגלוקוז )שפורק מהלקטוז(.
בתהליך הגליקוליזה .נשים לב לעקום הגידול ונראה שה E‐coli -גדל מהר יותר בגלוקוז כיוון
שהוא יכול להכנס מיד למסלול המטבולי .בין שלב הגידול בגלוקוז לגידול בלקטוז ישנו שלב lag
בו החיידק מסתגל לתנאים החדשים.
מכאן ניתן לומר שהגלוקוז מדכא ביטוי גנים של אופרון הלקטוז .למצב הדיכוי נקרא רפרסיה
קטבולית.
כיצד הגלוקוז מדכא את ביטוי הגנים של הגלקטוזידאז?
בתהליך הגליקלויזה מתקבלים .ATPבעליית גלוקוז יש עלייה של ה .ATP -כאשר הגלוקוז יורד ה-
ATPמתפרק ל .ADP -וכאשר יורד יותר מתפרק ל .(Di, Mono) AMP -כאשר הגלוקוז נמוך לצורך
הפקת אנרגיה מפרק את ה ATP -ל ADP -עם עדיין צריך אנרגייה ה ADP -יפורק ל .AMP -הAMP -
עובר תהליך ציקליזציה ומתקבלת מולקולה הקרוייה ציקליק .(cAMP) AMPתהליך הציקליזציה
מזורז במעורבות אנזים אדנילטציקלז.
במקרה של האופרון של לקטוז המבנה יוצא מן הכלל ,כיוון שהוא מכיל גם אקטיבטור )לפני
הפרומוטור( וגם אופרטור .אל האקטיבטור יקשר חלבון הקרוי .CRPה CRP -מסוגל לקשור אל
] [98
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
כאשר יש חוסר בגלוקוז נוצר מולקולת ה cAMP -שקושרת עם ה CRP -וגורמת לו להקשר
לאקטיבטור ,כתוצאה מכך מתחיל ייצור של גלקטולזידז )כיוון שכעת על החיידק לקלוט לקטוז
ולהפיק ממנו גלוקוז לצורך אנרגיה(.
נוחכות הלקטוז מעקבת את הסינתזה של המרכיבים של אופרון הלקטוז – סוג כזה של בקרה
נקרא רפרסייה קטבולית
כאשר אין גלוקוז ואין לקטוז ,גם הרפרסור יהיה קשור )וזאת כי אין צורך לייצר את
הגלקטוזידאז שאמור לפרק לקטוז(.
כאשר יש גלוקוז ואין לקטוז יש רפרסיה כפולה .גם ה CRP -וגם הרפרסור לא קשור.
כאשר יש גם וגם ,ה CRP -לא קשור ולכן אין ייצור למרות שה Reprsoor -שאמור לעקב לא קשור.
)לכאורה היינו מצפים שיהיה ביטוי של הגנים ,אך כיוון שה CRP -לא קשור אין ביטוי של הגנים(.
] [99
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
רגולון המלטוז
רגולון – קבוצה של אופרנים הנמצאים תחת בקרה משותפת .בקרה חיובית.
ה inducer -הוא גורם לקישור של Activator ומעודד את קישור ה .RNA Polymerase -הבקרה
היא חיובית ,כי הקישור של הליגנד גורם להתחלת הביטוי של הגנים.
בקטריופאג'
וירוס – חלקיק לא תאי שהתרבותו אפשרית רק בתא מאכסן .מכיל חומצת גרעין שהיא יכולה
להיות או DNAאו ,RNAומכיל צורה חוץ תאית יציבה .אמנם הוא מתרבה רק בתוך תא מאחסן,
אך יכול להתקים באופן יציב מחוץ לתא המאכסן .המאכסן יכול להיות צמח ,בע"ח או חיידק.
בקטריופאג' זוהי קבוצת הוירוסים המדבירים חיידקים בלבד .וירוסים המדביקים חיידקים הם
ספציפים לחיידקים ,ורוב הבקטריופאג'ים ספציפיים לסוג החיידק.
וירוסים הם קטנים יותר גם מחיידקים וגם מתאים איאוקריוטים.
כאמור הוירוס מכיל חומצת גרעין אחת DNAאו ,RNAוהוירוסים מסווגים לפי קבוצות
מכילים DNAבלבד
SS (single) DNA o
DS (double) DNA o
מכילים RNA
SS RNA o
] [100
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בקטריופאג' .4T
הוא ,DS DNAמדביק את החיידק .E‐coliבעל מבנה
מורכב .האיזור הראש קרוי קפסיד .הזנב זה החלק
הירוק .הרגליים שלו קרויות סיבי זנב .בין הקפסיד
לזנב מצוי הצוואר .בתחתית קיים בסיס הזנב .בתוך
הזנב ישנו צינור .הדבקת ה E‐coli -נעשת באמצעות
סיבי הזנב .סיבי הזנב קושרים חלבון הקרוי .Ompc
חלבון זה מצוי על גבי הממברנה החיצונית של הE‐ -
) .coliחייב להיות קישור ספציפי(.
שלבי הקישור – בשלשב הראשון הוירס מתיישב על
החיידק – סיבי הזנב נקשרים לחלבון .Ompc
בשלב השני בסיס הזנב נקשר .דבבר זה גורם
להתקצרות הזנב )בשלב השלישי( .בשלב הרביעי
הצינור הפנימי עובר את הפפטידוגליקן וחודר לתוך
הציטופלסמה .השלב האחרון הנו הזרקת ה DNA -אל הציטופלסמה של החיידק.
] [101
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
בקטריופאג' - λמתונים
DS‐DNA
נצמד לתא החיידק ,מחדיר את ה.DNA -
ה DNA -של הבקטריופאג' יעבור אינטגרציה עם DNAשל החיידק .מתקיים שילוב .בעת חלוקת
התא ישוכפל גם החלק של ה DNA -של הפאג' .שלב זה נקרא שלב ליזוגני .הפאג' לא מפריע לתא
החיידק להתרבות ולכן קוראים לו פאג' מתון .בשלב זה נקרא לפאג' בשם פרופאג'.
אותו פאג' λיכול גם לגרום לליזיס של התא )מחזור ליטי( .ואז מקבלים את הפאג'ים השלמים.
כפי שניתן לראות בסכמה.
] [102
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
מתקיימת אפשרות למעבר ממצב של פרופאג' לשלב הליטי ,דבר זה מושפע מסיגנל סביבתי,
בתנאי עקה – ,Stressלמשל קרינת .UVאם אנו מדביקים את חיידק ה E‐coli -בפאג' נקבל בדרך
כלל מצב ליזוגני .אם נקרין את התאים בקרינת UVאנו נראה שהתאים עוברים ליזיס ולתמיסה
נפלטים וירוסים שלמים.
ייתרונות השלב הליזוגני – שמירה ,הגנה מהסביבה ,מאפשר לו להתרבות .כאשר החיידק בסכנה
הוא יתחיל לייצר את עצמו ,מכונת הכפלה
] [103
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
הייתרון הגבוה של הבקטריופאג'ים זה הספציפיות הגבוהה מאוד לחיידקים ,מה שמבטיח שלא
תהיה פגיעה במאחסן .בנוסף לכך הם מאוד יעילים בהדבקה של חיידקים .בקטריופאג'ים
מסוגלים לחדור את הביופילם )בניגוד לאנטיביוטיקה(.
] [104
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
] [105
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
– .1טרנספורמציה
העברת DNAמתא
תורם לתא מקבל
ללא מגע בין התאים
וללא מתווך
.2קוניוגציה – העברת
DNAבין תא תורם
מקבל לתא
מגע באמצעות
גשר ויצירת
ציטופלסמטי .בד"כ
עוברים פלסמידים .
– .3טרנסדוקציה
העברה של DNAבין
תא תורם לתא מקבל
באמצעות
בקטריופאג' .
נדגיש כי העברת ה DNA -לא
מתרחשת בהכפלה .מדובר
כאן על תאים חיים
שמעבירים רק את הDNA -
לא מדובר על הכפלה של כל
התא ויצירה של תא חדש על
סמך ה DNA -של התא האם .
טרנספורמציה
ניסוי של גריפיט :הניסוי נעשה בשנת .1928גריפיט לא ידע על .DNAגריפיט חקר את
הסטרפטוקוס פנמוניה )גורם נפוץ לדלקת ריאות במבוגרים( .כאשר מגדלים את החיידקים
במעבדה ניתן לקבל 2צורות גידול -מחוספסים או חלקים .כאשר הזריקו חיידקים ) Sחלקים(
לעכברים ,העכברים מתים .בהזרקת חיידקי Rהחיידק נשאר בריא .חיידק Rלא גורם מחלה.
גריפיט ביצע שלבים נוספים בניסוי – הרג את החיידקים מטיפוס Sוהזריק אותם מתים ,כאשר
יש Sמתים מוזרקים העכבר נשאר בריא .בשלב הבא ,לקח חיידקים Rחיים ו S -מומתים והזריק
אותם יחד .חיידקי ה R -רכשו כתוצאה גנים אלימים .העכבר מת .כשגריפיט בדק לאחר מכן אילו
חיידקים היו לעכבר המת ,הוא גילה שהיה להם חיידקי ) Sכלומר החיידקים עברו טרנספורמציה
מ S -ל.(R -
] [106
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
חיידקי R חסרי קפסולה וה S -בעלי קפסולה – הקפסולה היא הגורם הפתוגני .חיידקי הR -
במקרה זה רכשו קפסולה והפכו ל.S -
בניסוי זה ה DNA -שנקלט הוא ה DNA -שפורק מהחיידקים המתים .רב ה DNA -שנקלט מתפרק
והולך לאיבוד .חלק ממנו הופך ל SS DNA -והוא מוחדר לתוך התא )שלב (2לאחר הכניסה לתא
החיידק ,הוא יכול לעבור אינטגרציה לתוך הגנום של החיידק) .שלב ) (3מנגנון דומה לפאג' למדה(
ניתן לבצע טרנספורמציה מלאכותית על ידי טיפול כימי ב CaCl2 -לצורך שינוי תכונות הממברנה
לאפשור החדרה של ה DNA -הזר ,או באמצעות אלקטרופורציה.
קוניוגציה
העברת DNAהדורשת מגע באמצעות
יצירת גשר ציטופלסמטי.
באיור אנו רואים 2זנים Aו .B -זן A
הוא בעל יכולת לייצר טריונין,
ליאוצין וטימין ,אך לא יודע לייצר
מטיונין וביוטין .זן Bבדיוק הפוך.
את החיידקים הנ"ל הניחו לגידול
בצלחות שלא מכילות אף אחד
מהמרכיבים הנ"ל .כלומר חיידק
ששמים במצע זה חייב לדעת לייצר
את חמשת המרכיבים הנ"ל .כששמו
את זן Aבלבד לא היה גידול ,כששמו
את זן Bלבד גם לא גדל .כאשר שמו
את שני החיידקים הנ"ל באותה
צלחת ראו שיש גידול .מכאן ניתן
להניח שהם לימדו אחד את השני.
בשלב השני רצו לבדוק האם דרוש מגע בין החיידקים .דיוויס שם פילטר שמונע מהחיידקים
לעבור ,דבר זה הראה שכאשר אין מגע בין התאים אין גידול ,לעומת זאת כשעשו חור בפילטר גילו
] [107
מבוא למיקרוביולוגיה– שנה א' סמסטר ב'
שאכן מתקיים גידול – דבר זה הוכיח את הצורך במגע ישיר בין החיידקים על מנת להעביר את ה-
.DNA
טרנסדוקציה
שימוש בבקטריופאג'.
פאג' ליטי מפרק את ה DNA -של החיידק על ידי הפעלת נוקליאזות .הכרומוזום החיידק מסומן
באדום ,בהדבקה בפאג' ליטי יש פירוק של הכרומוזום .הפאג' הליטי משכפל את מרכיביו ,ולבסוף
אסמבלי )יצירת פאג'ים חדשים( .ב 1*108 -הפאג' הורס בטעות את אחד ממרכיבי החיידק
המקורי.
הפאג' מדביק ביעילות מאוד גבוהה חיידק .כאשר בקטריופאג' מדביק את התא ב DNA -של
החיידק )זה שנארז בטעות( .חלק זה ישתלב ב DNA -של החיידק.
בחיידקים רבים פקטורי האלימות הועברו באמצעות בקטריופאג'ים .מעטפת הפאג' מגנה על ה-
DNAמהסביבה ומונעת את פירוקו .בפועל נמצא שהטרנסדוקציה היא השיטה היעילה ביטותר
בכדי להעביר פאקטורי אלימות.
] [108