Professional Documents
Culture Documents
Bagus Ansani Takwin - C1501221017 - Proposal Tesis Bakteriofage
Bagus Ansani Takwin - C1501221017 - Proposal Tesis Bakteriofage
ILMU AKUAKULTUR
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2023
PERNYATAAN MENGENAI PROPOSAL DAN SUMBER INFORMASI
SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa proposal penelitian dengan judul “potensi
bakteriofage untuk pengendalian penyakit akibat infeksi Vibrio
parahaemolyticus pada udang vaname” adalah karya saya dengan arahan dari
dosen pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan
tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir proposal ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
PROPOSAL PENELITIAN
Proposal Tesis
sebagai salah satu syarat melaksanakan penelitian magister
pada
Program Studi Ilmu Akuakultur
ILMU AKUAKULTUR
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2023
iii
Disetujui oleh
Pembimbing 1 :
Dr. Dinamella Wahjuningrum, S.Si., M.Si.
Pembimbing 2 :
Prof. Dr. Ir. Widanarni, M.Si.
Diketahui oleh
Ketua Program Studi:
Prof. Dr. Ir. Widanarni, M.Si
NIP 19670927 199403 2 001
an Dekan
Wakil Dekan Akademik dan Kemahasiswaan:
Sekolah Pascasarjana:
Prof. Dr. Ir. Agus Buono, M.Si. M.Kom
NIP 196607021993021001
DAFTAR ISI
I. PENDAHULUAN 5
1.1 Latar Belakang 5
1.2 Rumusan Masalah 9
1.3 Tujuan 9
1.4 Manfaat 9
1.5 Hipotesis 9
II. METODE 10
2.1 Waktu dan Tempat 10
2.2 Materi uji 11
2.3.1 Rancangan Percobaan Secara In-vitro 11
2.3.2. Rancangan Percobaan Secara In vivo 12
2.4 Prosedur Kerja 13
2.4.1 Persiapan Wadah dan Hewan uji 13
2.4.2 Persiapan Udang 13
2.4.3 Persiapan Bakteri uji 13
2.4.4 Isolasi Bakteriofage 13
2.4.5 Uji Plak 14
2.4.6 Purifikasi dan Penyimpanan Bacteriofage 14
2.4.7 Penentuan Nilai LC 50 (Lethal Concentration 50) 15
2.5 Parameter Pengamatan 15
2.5.1 Uji In vitro 15
2.5.2 Uji In vivo 16
2.6 Analisis Data 19
DAFTAR TABEL
v
I. PENDAHULUAN
multi komponen dari fage), dapat diterapkan untuk tujuan terapeutik atau
biosanitasi, fage ada di mana-mana, dianggap aman sebagai efek yang tidak
diinginkan dan relatif murah (Madhusudana Rao dan Lalitha 2015). Hasil
penelitian Alagappan et al. (2010) bahwa fage hanya mampu menginfeksi
bakteri secara spesifik. Oleh karena itu, fage hanya dapat membunuh bakteri
target tanpa mempengaruhi mikroflora normal lingkungan.
Penelitian fage pada bidang akuakultur telah dilakukan oleh beberapa
peneliti. Beberapa hasil penelitian dilaporkan bahwa udang windu yang
terinfeksi V. parahaemolyticus yang diberi makan dengan koktail fage
meningkatkan kelangsungan hidup 70% dibandingkan kontrol (Alagappan et al.,
2016). Kelangsungan hidup meningkat 80% pada larva udang windu yang diberi
fage dan diinfeksi V. harveyi dibandingkan kontrol (Vinod et al. 2006).
Penerapan bakteriofage pada udang vaname yang terinfeksi V. parahaemolyticus
mampu mengurangi kematian dan menghambat perkembangan infeksi (Lomelí-
Ortega dan Martínez-Díaz 2014), fage dapat mengurangi populasi V.
parahaemolyticus pada tiram yang terinfeksi (Rong et al. 2014). Pada perlakuan
abalon yang diberi fage mengalami peningkatan kelangsungan hidup 70%
dibandingkan kontrol positif yang terinfeksi V harveyi 0%. Penggunaan fage
dapat mengendalikan penyakit furunculosis disebabkan oleh Aeromonas
salmonicida dalam akuakultur (Duarte et al. 2018). Selain itu fage dapat
mencegah perkembangan biofilm V. parahaemolyticus (Yin et al. 2019).
Selain mengurangi jumlah bakteri, bakteriofage juga dapat dijadikan
sebagai immunostimulan. Hasil penelitian Yun et al., (2019) menunjukkan
bahwa fage mampu menginduksi respons imun yang kuat dibandingkan
penggunaan vaksin pada ikan mas yang terinfeksi A. hydrophila dan Hasil
penelitian Schulz et al., (2019) menunjukkan fage dapat menstimulasi parameter
imunitas seluler dan humoral dan mengurangi kematian belut Eropa setelah di uji
tantang.
Oleh karena itu, penelitian terkait pengendalian bakteri V.
parahaemolyticus dan respon imun udang vaname menggunakan fage belum
pernah dilakukan, sehingga perlu dianalisis secara langsung baik secara in vitro
maupun in vivo skala laboratorium.
diisolasi dan diperbanyak karena dapat bereplikasi sendiri, fage mudah dan aman
diaplikasikan, dan relatif tidak mahal.
1.3 Tujuan
Penelitian ini bertujuan mengevaluasi potensi bakteriofage untuk
pengendalian penyakit akibat infeksi Vibrio parahaemolyticus pada udang
vaname.
1.4 Manfaat
Penelitian ini diharapkan dijadikan sebagai referensi dalam budidaya
udang vaname dalam mengendalikan bakteri Vibrio parahaemolyticus pada
budidaya udang vaname.
1.5 Hipotesis
Hipotesis dari penelitian ini adalah bahwa fage akan menghambat atau
menurunkan pertumbuhan bakteri Vibrio parahaemolyticus dan menginduksi
respons imun udang vaname.
4
II. METODE
Isolasi fage
Hewan uji yang digunakan adalah bibit unggul yang dinyatakan terbebas dari
vibriosis. Air yang digunakan adalah air laut yang terlebih dahulu dikaporit
sehingga terbebas dari berbagai mikroorganisme atau air steril. Masing-masing
akuarium diisi 10 liter air laut.
2.4.2 Persiapan Udang
900 ekor udang vaname (Litopenaeus vannamei) yang digunakan harus
dinyatakan bebas vibriosis dan diaklimatisasi di laboratorium selama 7 hari
sebelum memulai percobaan. Selama masa aklimatisasi, udang diberi pakan dua
kali sehari dengan pakan pelet komersial. Sebelum dilakukan penginfeksian
melalui perendaman, semua udang percobaan diperiksa secara morfologis untuk
tanda-tanda infeksi (kemerahan udang, busuk antena, dan bintik-bintik di
karapas, pewarnaan insang, luka dan cangkang lepas) dan udang yang sehat
dipilih untuk percobaan. Selama percobaan, suhu air, pH, dan salinitas
dipertahankan masing-masing sekitar 26°–28 °C, 7,8–8,0 pH, dan 22–24 ppt.
Masing-masing akuarium diisi dengan 20 ekor udang.
2.4.3 Persiapan Bakteri Uji
Bakteri V. parahaemolyticus didapatkan dari media selektif thiosulfat
citrate bile sucrose (TCBS) dan diinkubasi 28 oC selama 24 jam. Hasil tersebut
dilakukan isolasi beberapa kali agar menghasilkan isolat murni. Isolat murni
diidentifikasi menggunakan kit API 20 E dan dikultur sebagai stok pada media
sea water complete (SWC) broth dan nutrient broth (NB) (Ngo et al. 2020).
2.4.4 Isolasi Bakteriofage
Isolasi bakteriofage mengacu pada Wang et al. (2017) dan Hoang et al.
(2019) dengan modifikasi. Untuk mengisolasi bakteriofage, 50 mL sampel air
dan 1-2 mL air dimasukkan kedalam microtube, kemudian disentrifugasi pada
10.000 rpm selama 10 menit pada suhu 4 oC dan supernatan disaring
menggunakan filter 0,45 µm. Filtrat yang disaring dimasukkan kedalam tabung
eppendorf dan didapatkan filtrat bakteriofage. Filtrat bakteriofage diambil
sebanyak 10 ml dan dimasukkan pada media labu erlenmeyer yang sebelumnya
sudah diisi dengan 40 ml SWC broth dan 1 ml isolat cair V. parahaemolyticus
dan dishaker selama 24 jam dengan kecepatan 160 rpm (Stalin dan Srinivasan
2016). Hasil tersebut dimasukkan kedalam microtube 1,5 ml dan disentrifugasi
dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit dengan suhu 4 oC. Setelah selesai
supernatan dari hasil sentrifugasi diambil dan disaring kembali menggunakan
syringe filter 0.22 μm. Filtrasi ini untuk memisahkan bakteri dengan
bakteriofage.
2.4.5 Uji Plak
Sampel filtrat bakteriofage diencerkan hingga pengenceran 10-4.
Pengeceran menggunakan larutan SM buffer. 100 μL dari tiap pengeceran
ditambahkan 200 μL isolat bakteri V. parahaemolyticus dengan kepadatan 107
CFU/ml yang telah dikultur pada media SWC broth selama 12 jam. Campuran
filtrat bakteriofage dan bakteri V. parahaemolyticus ditambahkan 3 mL top agar
steril (SWC broth + 0.7% agarosa), selanjutnya dituangkan ke atas media agar
padat SWC (sebagai bottom agar). Media tersebut digoyangkan dengan
membentuk angka delapan secara perlahan dengan tujuan agar top agar merata.
7
Media yang telah padat diinkubasi dengan suhu 37 oC pada inkubator dengan
posisi wadah terbalik selama 48 jam, selanjutnya dilakukan pengamatan
pembentukan plak bakteriofage. Terbentuknya bakteriofage dapat diamati setiap
24 jam sekali. Jumlah plak (zona lisis) terhadap bakteri V. parahaemolyticus
dianalisis dengan metode double layer agar (Vieira et al. 2012).
Plak yang terbentuk pada media dihitung menggunakan rumus (Damayanti
et al. 2016). Jumlah yang terbentuk dinyatakan dengan satuan plaque forming
units (PFU/ml).
Jumlah plak(PFU )
Bakteriofage (P FU mL−1)=
pengenceran x volume inokulum
DAFTAR PUSTAKA
imun seluler udang windu (Penaeus monodon Fab.). J Exp Life Sci.
2(1):20–28. doi:10.21776/ub.jels.2012.002.01.04.
Elmahdi S, DaSilva L V., Parveen S. 2016. Antibiotic resistance of Vibrio
parahaemolyticus and Vibrio vulnificus in various countries: A review. Food
Microbiol. 57:128–134. doi:10.1016/j.fm.2016.02.008.
Ermantianingrum A., Sari R, Prayitno S. 2013. The potency of Chlorella sp. as
immunostimulant to prevent white spot syndrome virus on black tiger
shrimp (Penaeus monodon). J Aquac Manag Technol. 1(1):206–221.
http://ejournal-s1.undip.ac.id/index.php/jfpik.
Flegel TW. 2019. A future vision for disease control in shrimp aquaculture. J
World Aquac Soc. 50(2):249–266. doi:https://doi.org/10.1111/jwas.12589.
Fuandila NN, Widanarni W, Yuhana M. 2019. Growth performance and immune
response of prebiotic honey fed pacific white shrimp litopenaeus vannamei
to Vibrio parahaemolyticus infection. J Appl Aquac., siap terbit.
Gxalo O, Digban TO, Igere BE, Olapade OA, Okoh AI, Nwodo UU. 2021.
Virulence and antibiotic resistance characteristics of vibrio isolates from
rustic environmental freshwaters. Front Cell Infect Microbiol. 11 August:1–
12. doi:10.3389/fcimb.2021.732001.
Hampton LMT, Jeffries MKS, Venables BJ. 2020. A practical guide for assessing
respiratory burst and phagocytic cell activity in the fathead minnow, an
emerging model for immunotoxicity. MethodsX. 7 April:100992.
doi:10.1016/j.mex.2020.100992.
Hoang HA, Xuan TTT, Nga LP, Oanh DTH. 2019. Selection of phages to control
Aeromonas hydrophila-an infectious agent in striped catfish. Biocontrol Sci.
24(1):23–28. doi:10.4265/bio.24.23.
Jannah M, Junaidi M, Setyowati DN, Azhar F. 2018. Pengaruh pemberian
Lactobacillus sp. dengan dosis yang berbeda terhadap sistem imun udang
vaname (Litopenaeus vannamei) yang diinfeksi bakteri Vibrio
parahaemolyticus. J Kelaut Indones J Mar Sci Technol. 11(2):140.
doi:10.21107/jk.v11i2.3980.
Jatmiko YD, Purwanto AP, Ardyati T. 2018. Uji aktivitas bakteriofage litik dari
limbah rumah tangga terhadap Salmonella Typhi. J Biodjati. 3(2):36–49.
doi:10.15575/biodjati.v3i2.3471.
Jeong H, Hyen J, Oh M, Young S, Kim D, Noh J, Kim M, Sik B. 2021. Tackling
Vibrio parahaemolyticus in ready-to-eat raw fish flesh slices using lytic
phage VPT02 isolated from market oyster. Food Res Int. 150 PA:110779.
doi:10.1016/j.foodres.2021.110779.
Khimmakthong U, Sukkarun P. 2017. The spread of Vibrio parahaemolyticus in
tissues of the pacific white shrimp Litopenaeus vannamei analyzed by PCR
and histopathology. Microb Pathog. 113:107–112.
doi:10.1016/j.micpath.2017.10.028.
KKP. 2022. Produksi budi daya udang di indonesia.
Kortright KE, Chan BK, Koff JL, Turner P. 2019. Phage therapy: A renewed
approach to combat antibiotic-resistant bacteria. Cell Host Microbe.
25(2):219–232. doi:10.1016/j.chom.2019.01.014.
Kumar V, Roy S, Behera BK, Bossier P, Das BK. 2021. Acute hepatopancreatic
necrosis disease (AHPND): Virulence, pathogenesis and mitigation
strategies in Shrimp aquaculture. Toxins (Basel). 13(8):1–28.
14
doi:10.3390/toxins13080524.
Letchumanan V, Chan KG, Pusparajah P, Saokaew S, Duangjai A, Goh BH, Ab
Mutalib NS, Lee LH. 2016. Insights into bacteriophage application in
controlling vibrio species. Front Microbiol. 7 JUL.
doi:10.3389/fmicb.2016.01114.
Lightner D V., Redman RM, Pantoja CR, Tang KFJ, Noble BL, Schofield P,
Mohney LL, Nunan LM, Navarro SA. 2012. Historic emergence, impact
and current status of shrimp pathogens in the Americas. J Invertebr Pathol.
110(2):174–183. doi:10.1016/j.jip.2012.03.006.
Lomelí-Ortega CO, Martínez-Díaz SF. 2014. Phage therapy against Vibrio
parahaemolyticus infection in the whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei)
larvae. Aquaculture. 434:208–211. doi:10.1016/j.aquaculture.2014.08.018.
Madhusudana Rao B, Lalitha K V. 2015. Bacteriophages for aquaculture: Are
they beneficial or inimical. Aquaculture. 437(2015):146–154.
doi:10.1016/j.aquaculture.2014.11.039.
Mateus L, Costa L, Silva YJ, Pereira C, Cunha A, Almeida A. 2014. Efficiency
of phage cocktails in the inactivation of Vibrio in aquaculture. Aquaculture.
424–425:167–173. doi:10.1016/j.aquaculture.2014.01.001.
Nakai T, Park SC. 2002. Bacteriophage therapy of infectious diseases in
aquaculture. Res Microbiol. 153(1):13–18. doi:10.1016/S0923-
2508(01)01280-3.
Ngo HVT, Huang HT, Lee PT, Liao ZH, Chen HY, Nan FH. 2020. Effects of
Phyllanthus amarus extract on nonspecific immune responses, growth, and
resistance to Vibrio alginolyticus in white shrimp Litopenaeus vannamei.
Fish Shellfish Immunol. 107:1–8. doi:10.1016/j.fsi.2020.09.016.
Nguyen T V., Alfaro A, Arroyo BB, Leon JAR, Sonnenholzner S. 2021.
Metabolic responses of penaeid shrimp to acute hepatopancreatic necrosis
disease caused by Vibrio parahaemolyticus. Aquaculture. 533 October
2020:736174. doi:10.1016/j.aquaculture.2020.736174.
Okeke ES, Chukwudozie KI, Nyaruaba R, Ita RE, Oladipo A, Ejeromedoghene
O, Atakpa EO, Agu CV, Okoye CO. 2022. Antibiotic resistance in
aquaculture and aquatic organisms: a review of current nanotechnology
applications for sustainable management. Environ Sci Pollut Res.
29:69241–69274. doi:10.1007/s11356-022-22319-y
Payne RJH, Jansen VAA. 2000. Phage therapy: The peculiar kinetics of self-
replicating pharmaceuticals. Clin Pharmacol Ther. 68(3):225–230.
doi:10.1067/mcp.2000.109520.
Prescott H. 2002. Laboratory Exercises in Microbiology (Exercise 48: Isolation
of Escherichia coli Bacteriophages from Sewage and Determining
Bacteriophage Titers). Fifth Edit. USA: The McGrawHill Companies.
Quiroz-Guzmán E, Peña-Rodriguez A, Vázquez-Juárez R, Barajas-Sandoval DR,
Balcázar JL, Martínez-Díaz SF. 2018. Bacteriophage cocktails as an
environmentally-friendly approach to prevent Vibrio parahaemolyticus and
Vibrio harveyi infections in brine shrimp (Artemia franciscana) production.
Aquaculture. 492 November 2017:273–279.
doi:10.1016/j.aquaculture.2018.04.025.
Ramos-Vivas J, Superio J, Galindo-Villegas J, Acosta F. 2021. Phage therapy as
a focused management strategy in aquaculture. Int J Mol Sci. 22(19).
15
doi:10.3390/ijms221910436.
Romano N, Koh CB, Ng WK. 2015. Dietary microencapsulated organic acids
blend enhances growth, phosphorus utilization, immune response,
hepatopancreatic integrity and resistance against Vibrio harveyi in white
shrimp, Litopenaeus vannamei. Aquaculture. 435:228–236.
doi:10.1016/j.aquaculture.2014.09.037.
Rong R, Lin H, Wang J, Khan MN, Li M. 2014. Reductions of Vibrio
parahaemolyticus in oysters after bacteriophage application during
depuration. Aquaculture. 418–419:171–176.
doi:10.1016/j.aquaculture.2013.09.028.
Schofield PJ, Noble BL, Caro LFA, Mai HN, Padilla TJ, Millabas J, Dhar AK.
2021. Pathogenicity of Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease (AHPND)
on the freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii, and Pacific White
Shrimp, Penaeus vannamei, at various salinities. Aquac Res. 52(4):1480–
1489. doi:10.1111/are.15001.
Schulz P, Robak S, Dastych J, Siwicki AK. 2019. Influence of bacteriophages
cocktail on European eel (Anguilla anguilla) immunity and survival after
experimental challenge. Fish Shellfish Immunol. 84 July 2018:28–37.
doi:10.1016/j.fsi.2018.09.056.
Soto-Rodriguez SA, Gomez-Gil B, Lozano-Olvera R, Betancourt-Lozano M,
Morales-Covarrubias MS. 2015. Field and experimental evidence of Vibrio
parahaemolyticus as the causative agent of acute hepatopancreatic necrosis
disease of cultured shrimp (Litopenaeus vannamei) in northwestern Mexico.
Appl Environ Microbiol. 81(5):1689–1699. doi:10.1128/AEM.03610-14.
Stalin N, Srinivasan P. 2016. Characterization of Vibrio parahaemolyticus and its
specific phage from shrimp pond in Palk Strait, South East coast of India.
Biologicals. 44(6):526–533. doi:10.1016/j.biologicals.2016.08.003.
Subramanian K, Balaraman D, Balachandran D., Thirunavukarasu R, Gopal S,
Renuka P., Kumarappan A. 2014. Immune response of shrimp (Penaeus
monodon) against V. furnissii pathogen. J Coast Life Med. 2(4):281–286.
doi:10.12980/jclm.2.201414j14.
Tran L, Nunan L, Redman RM, Mohney LL, Pantoja CR, Fitzsimmons K,
Lightner D V. 2013. Determination of the infectious nature of the agent of
acute hepatopancreatic necrosis syndrome affecting penaeid shrimp. Dis
Aquat Organ. 105(1):45–55. doi:10.3354/dao02621.
Valente C, Wan AHL. 2021. Vibrio and Major Commercially Important Vibriosis
Diseases in Decapod Crustaceans. J Invertebr Pathol. 181 May
2020:107527. doi:10.1016/j.jip.2020.107527.
Vieira A, Silva YJ, Cunha Â, Gomes NCM, Ackermann HW, Almeida A. 2012.
Phage therapy to control multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa skin
infections: In vitro and ex vivo experiments. Eur J Clin Microbiol Infect
Dis. 31(11):3241–3249. doi:10.1007/s10096-012-1691-x.
Vinod MG, Shivu MM, Umesha KR, Rajeeva BC, Krohne G, Karunasagar
Indrani, Karunasagar Iddya. 2006. Isolation of Vibrio harveyi bacteriophage
with a potential for biocontrol of luminous vibriosis in hatchery
environments. Aquaculture. 255(1–4):117–124.
doi:10.1016/j.aquaculture.2005.12.003.
Wahjuningrum D, Astrini R, Setiawati M. 2013. Pencegahan Aeromonas
16
hydrophila pada benih ikan lele menggunakan bawang putih dan meniran. J
Akuakultur Indones. 12(1):86–94.
Wang FI, Chen JC. 2006. Effect of salinity on the immune response of tiger
shrimp Penaeus monodon and its susceptibility to Photobacterium
damselae subsp. damselae. Fish Shellfish Immunol. 20(5):671–681.
doi:10.1016/j.fsi.2005.08.003.
Wang Y, Barton M, Elliott L, Li X, Abraham S, Dea MO, Munro J. 2017.
Bacteriophage therapy for the control of Vibrio harveyi in greenlip abalone
( Haliotis laevigata ). Aquaculture. 473:251–258.
doi:10.1016/j.aquaculture.2017.01.003.
Yin XL, Li ZJ, Yang K, Lin HZ, Guo ZX. 2014. Effect of guava leaves on
growth and the non-specific immune response of Penaeus monodon. Fish
Shellfish Immunol. 40(1):190–196. doi:10.1016/j.fsi.2014.07.001.
Yin Y, Ni P, Liu D, Yang S, Almeida A, Guo Q, Zhang Z, Deng L, Wang D.
2019. Bacteriophage potential against Vibrio parahaemolyticus biofilms.
Food Control. 98 November 2018:156–163.
doi:10.1016/j.foodcont.2018.11.034.
Yun S, Jun JW, Giri SS, Kim HJ, Chi C, Kim SG, Kim SW, Kang JW, Han SJ,
Kwon J, et al. 2019. Immunostimulation of Cyprinus carpio using phage
lysate of Aeromonas hydrophila. Fish Shellfish Immunol. 86 December
2018:680–687. doi:10.1016/j.fsi.2018.11.076.