BIOCHIMIE – BIOLOGIE

I. Bioénergétique

a. Mitochondries

Il y a 1,5 Ma, une endosymbiose d’une bactérie à eu lieu permettant aux cellules du
vivant d’avoir des Mitochondries.
Pour synthétiser ses protéines, la mitochondrie peut faire cette synthèse directement ou faire
la synthèse dans le cytoplasme. Il y a aussi une partie des gènes de la mitochondrie qui ont été
déplacé dans le noyau de la cellule, où la synthèse des protéines se fait normalement, et une
fois synthétisé ces protéines sont envoyés dans la mitochondrie.

Sur les membranes internes se trouve des

enzymes. Les mitochondries font leurs propres
mitoses.

L’ADN mitochondriale réplique un unique ARN

polycistronique qui permet de former de l’ARNt,
de l’ARNr petit comme grand. Les protéines des
ribosomes ont été majoritairement été transcrit
dans le noyau cellulaire. Seule, une
mitochondrie ne survit pas.

La matrice contient un environnement très

contrôlé, plein d’enzymes, qui oxyde le
pyruvate, il y a aussi des acides gras, de l’acide
citrique, etc… La membrane interne est très
imperméable aux ions, (d’où les canaux), il y a
toutes les protéines nécessaires pour la chaines
respiratoire, repliement en crête pour augmenter
la surface. L’externe est perméable, avec des
porines qui laissent passer de l’eau, des ions, et
des petits peptides.
Il existe des crêtes tubulaires, des crêtes en
cloques, des crêtes discoïdes, des crêtes plates,
etc…
Pour augmenter le rendement les mitochondries peuvent fusionner en long fuseau.

Les mitochondries utilisent le glucide, les acides gras et l’O2 de la cellule pour la convertir en
Energie.
La glycolyse transforme dans le cytosol du glucose en pyruvate avec comme bilan
énergétique :
(2*2 ATP) - 2ATP = 2ATP + 2NADHH+

Il existe deux types de métabolisme du

glucose :

AÉROBIQUE : acétyl Coa + O2 = H20+CO2

ANAÉROBIQUE (mécanisme de secours) :

acétyl CoA – 02 =
Soit lactate (fermentation lactique)
Soit éthanol (fermentation alcoolique)

Pour crée de l’acétyl CoA il faut prendre du

pyruvate à l’aide d’une protéine de transport,
un symport pyruvate/H+, et la matrice
mitochondriale crée l’acétyl CoA.

 Cycle de Krebs de l’acide citrique fournit

énergiquement : 3NADH, 1FADH2, 1GTP (+
2CO2) grâce à de l’eau et de l’acétyl CoA et
se fait dans la matrice mitochondriale.

Il y a pour la respiration des complexes protéiques comme le complexe NADH (le premier
donneur d’e-), le complexe cytochrome b-c (intermédiaire entre les deux autres complexe), et
le complexe cytochrome oxydase qui grâce à l’arrivé d’e- donne une Mo d’eau. Un complexe
est un assemblant de peptides et fer + souffre qui transporte les e-, le 3eme complexe ici à
2*11 peptides associés (il est double).

Ces complexes sont dans la

membrane interne de la
mitochondrie, qui est primordiale
pour l’activation de l’ATP
synthase.

[Les agents réducteurs vont être

oxydé pour donner des électrons et les agents oxydants sont réduit pour prendre l’e-].
PERMET LE TRANSFERT D’E-.

Si le potentiel redox est faible plus électeur, plus il sera au début de la chaine respiratoire, plus
le potentielle sont fort plus il sera à la fin de la chaine : ici NADH est au début, O2 à la fin.
ATP synthase est un gros complexe, un canal, qui tourne grâce aux échanges de H+ entre
matrice et l’espace intermembranaire. Il fonctionne à la force électro motrice.

Il fait rentrer le pyruvate, par un symport pyruvate-proton

Un ionofort permet de faire passer des ions alors que la membrane est imperméable. Dans la
mitochondrie il sert de gradient inverse, qui bloque la synthèse d’ATP.

Lors de forte consommation d’ATP, les gradients s’affaiblissent et donc la vitesse du cycle de
Krebs et de la glycolyse.

b. Chloroplastes

L’endosymbiose d’un chloroplaste a permis à des cellules hétérotrophes de devenir

autotrophe. Un chloroplaste fait 5 à 10 m. Seules les cellules végétales contiennent des
chloroplastes, elles possèdent aussi des mitochondries.
Un chloroplaste à deux membranes (externes et interne). A l’intérieur des chloroplastes on
peut trouver des thylakoïdes contenants eux même des grana. Son ADN est circulaire, et il y a
des stocks de sucres sous formes d’amidon.
UN chloroplaste est beaucoup plus gros qu’une mitochondrie. La matrice d’un chloroplaste
s’appelle stroma. Le génome du chloroplaste est dégradé, il est donc codé par le noyau, puis
ramené le produit crée au chloroplaste. Avant d’avoir un chloroplaste, il y a un proplaste, qui
peut soit se transformer en chromoplastes, en chloroplastes, en amyloplastes, en leucoplasies
et en étioplaste. Ces plastes peuvent se dédifférencier, se redifférencier en différents plastes.
Un fruit non-mur est plein de chloroplastes (vert) puis devient mur, plein d’amyloplaste
(rouge).

Les ATP synthases d’un chloroplaste sont sur les membranes des thylakoïdes.

Il y a deux phases : une phase lumineuse / une phase sombre.

Le chloroplaste fonctionne grâce aux mitochondries, qui envoie le produit de leurs respiration
(CO2 + H2O), et le chloroplaste en échange donne le produit de sa photosynthèse (02 + H20).

Lorsqu’une chlorophylle se trouve excité, elle passe de l’état stable à l’état instable. Pour
redevenir stable, elle à 3 possibilités :
- Extinction par émission de lumière et de chaleur : elle émet de la chaleur et / ou lumi.
- Extinction par transfert d’E par résonance : elle fait passer l’état instable au voisin.
- Extinction par transfert successif d’e- : la chlorophylle entourée de donneur et
d’accepteurs d’e- va s’arranger pour stabiliser l’ensemble.
Lorsqu’elles utilisent la résonance, il va s’en suivre une cascade de transfert d’e- jusqu’à que
l’e- arrive dans le couple particulier de chlorophylle au centre réactionnel où ce couple va
utiliser le transfert successif d’e- (3) pour augmenter l’E de l’e- puis une fois augmenté, il est
éloigné des mo de chlorophylles pour être convertit en formes utiles.

Au niveau du couple particulier il y a voir capture d’e- d’H2O, qui va donc libérer de l’O2 + 4
e-, les e- vont ^être récupéré par la phéophytine (quinone).
 C’est le photosystème II.

Ceci entraine une cascade d’oxydo-réduction. B6-f permet de pomper des protons dans
l’espace intrathylakoïde. Puis la plastocyanine va transférer l’e- (un peu affaiblit) au complexe
de photosynthèse I, qui va réaugmenter l’E de l’e- pour que la cascade ne s’arrête pas en
chemin. La cascade se finit par l’arrivé du e- dans l’NADP réductase qui à l’arrivée de l’e- va
faire venir un H+ pour transformer un NADP+ en NADPH. Puis le gradient de H+ fait
ressortir tout H+ qui a pu rentrer dans l’espace intrathylakoïde, ce qui va permet la production
d’ATP par l’ATP synthase adjacente.

Dans le photosystème I, la plastocyanine sert de donneur d’e- au couple particulier qui va

ensuite le donner à l’accepteur, ici, la ferrédoxine.

En tout le niveau d’E de l’e- au cours de la cascade

représente un Z.

Jusqu’ici, c’est la phase lumineuse de la

photosynthèse.
Dans la phase
sombre on retrouve :

Au niveau du stroma, un C
provenant de CO2 va se coupler
avec un glucide C5 appelé le
ribulose pour crée un intermédiaire à
C6 qui, avec de l’H20, donne deux
C3 « phosphoglycérate ». cette
réaction ne peut que se faire avec
présence de l’enzyme Rubisco, une
enzyme paresseuse. La réaction ne
requiert pas d’e-.
Cette enzyme doit être constamment présent dans le stroma donc il est recyclé.

3 CO2 finissent par donner donc 1 glycéraldéhyde et 5 Rubiscos. Ce sont des réactions TRES
couteuse en E, d’où l’importance de la mitochondrie.

Ce glycéraldéhyde soit servi pour faire la synthèse d’amidon (chaine branchée de glucose qui
sert de stockage), qui se fera dans le stroma, soit pour faire du saccarose qui se fera dans le
cytosol, dans la majorité des cas il sert à la création de saccarases.

 Ces réactions se font au niveau des feuilles.

Une partie de l’O2 crée est utilisé par la plante, le surplus de d’O2 est émis.
Le phloème conduit la sève élaborée qui est remplis de saccarose crée par les feuilles au
préalable pour fournir la plante en nourriture.
La sève brute remonte dans les feuilles, elle est constituée d’eau qui interagit avec le phloème
au moment de récolter le saccarose, eau qui passe donc de xylème à phloème pour ainsi
descendre distribuer la sève maintenant élaboré aux organes. Une fois livrée l’eau de la sève
repasse dans le xylème pour remonter. Tout ça se fait grâce à l’osmose. L’évapotranspiration
permet de faire monter l’eau dans le xylème, régule la vitesse de monté pour ne pas perdre
trop d’eau.

 Finalement le chloroplaste sert aussi de producteur de tous les acides gras et certains
acides aminés. Le pouvoir réducteur des électrons actives par les photons favorise la
réduction du nitrite (NO2-) en ammoniaque (NH3) qui fournit l’azote nécessaire à la
synthèse d’acides aminés et de nucléotides.

II. Cytosquelette

Introduction

Le cytosquelette est constitué de microfilaments d’actine, de microtubules de tubulines, et de

filaments intermédiaires.

- Les microfilaments d’actine (8 nm) : Polymérisation d’une protéine globulaire liant

l’ATP. Permet les différentes morphologies. La cellule est remplie d’unité solitaire
(subunits) qui en fonction de l’action ou du mouvement voulue va se rassembler en un
point en large filaments.

- Les microtubules de tubuline (25 nm) : Polymérisation d’une protéine globulaire

hétérodimérique liant le GTP. Filament les plus épais, légèrement variable en fonction
des protofilaments (pour un microtubule il faut 13 protofilaments). Sert à organiser
 l’espace intracellulaire et faire du transport. Ils gèrent une grosse partie du transport
(transport à longue distance). L’extrémité - toujours du côté du centrosome. Deux
types de transports : dynéine et kinésine.

- Les filaments intermédiaires (10 nm) : assemblage de protéines fibreuses. Le type de

filaments change en fonction du type de cellule. Ils ne sont pas dynamiques (ils ne
bougent pas). appelés ainsi car ils ont un diamètre intermédiaire. Il y a différentes
protéines qui peuvent les faire. Dans les cellules épithéliales ce sont des kératines
(protéine constitutrice) mais dans les neurones ont aura des neurofilaments qui vont
constituer les filaments intermédiaires. Ce sont des protéines fibreuses elles ne
peuvent lier l’ATP ou le GTP. Pas de transport mais assure un rôle de résistance
mécanique aux structures.

Le cytosquelette est responsable de la morphologie cellulaire. Il y a des interactions possibles

entre les 3 filaments grâce à des protéines.
La variation contrôlée de l’état de polymérisation du cytosquelette est responsable des
changements dynamiques de morphologie cellulaire. Les microfilaments d'actine sont très
dynamiques, ils peuvent polymériser et dépolymériser rapidement. Polymérisation :
associations non covalentes (association de bcp de liaisons covalentes très faible) de n unités
protéiques. Les actines et les microtubules sont très dynamiques dans la cellule. Pour les
microfilaments d’actines, leur polymérisation en + va permettre de pousser la membrane de la
cellule en ajoutant des briques (petits points : unité globulaire).

Protéines du cytosquelette & contraction musculaire

Une fibre musculaire est une cellule multinucléée (syncytium) organisée en myofibrilles
(dizaine). So unité contractile est le sarcomère. Les noyaux de ces fibres sont en périphéries,
s’il y a dans noyaux à l’intérieur c’est que la libre a été endommagé et se répare.

On appelle les cellules qui sont un peu en

dehors, une cellule satellite, c’est une cellule de
secours. Elle est là pour réparer la fibre, elles vont se multiplier et fusionner avec la fibre et
réparer les myofibrilles. Ce sont des cellules souches adultes.

Les lignes noires et blanches correspondent au strie des fibres musculaires. Le sarcomère est
la sous-unité fonctionnelle contractile du muscle. Les petites bulles représentent le RE, car
REL stock le calcium et ce qui permet de déclencher la contraction, c’est la libération de
calcium dans le muscle, son nom spécifique est le RE sarcoplasmique. On a aussi des
mitochondries pour apporter de l’énergie.
Les disques Z (appelé ainsi car les protéines sont en zigzag et a une structure cylindrique)
démarquent les sarcomères les uns des autres. Les bandes sombres (denses aux électrons)
indiquent la présence des filaments épais de myosine (Les bandes claires ne comportent que
des filaments fins d’actine qui viennent s’assembler sur le disque Z). La ligne M est la ligne
médiane de notre sarcomère. [Myosine : moteur moléculaire]. On ne parle pas de
microfilament d’actine dans le muscle on parle de filaments fins d’actine.
La contraction du sarcomère : on tire sur les filaments fins d’actine et on rapproche les
disques Z, on raccourcit les sarcomères.

Toutes les unités dans l’actine vont se lier les unes aux autres ce
qui va donner les extrémités plus et moins (RIEN À VOIR AVEC DES
CHARGES).
Ce microfilament est très dynamique, mais dans les
microvillosités il n’y a pas de mouvement. Pour que le
sarcomère est une longueur constante certaine protéines
viennent stabiliser le filament d’actine à ses 2 extrémités.

Pour faire les sarcomères ont aura de la myosine. La structure de la Myosine II (myosine
musculaire mais pas seulement) :

Des dizaines de molécules de myosine

viennent coller leur queue pour avoir des têtes de myosines de part et d’autre et former
le filament épais. Il y a des têtes de myosines qui dépassent et qui peuvent venir
s'emboîter avec les filaments d'actine.
On raccourcit le sarcomère en tirant vers la droite et vers la gauche. Pour rallonger le
sarcomère et le ramener à sa longueur initiale on a des protéines appelée « titine » en
ressort (jaune).
Grâ ce au super enroulement de leurs queues, les molécules de myosine s’organisent en
filaments tête-bêche. Les têtes actives de myosine vont travailler dans deux directions
opposées sur deux populations de filaments d’actine de polarité inverse causant leur
rapprochement (contraction).
La myosine II est une ATPase (molécule capable d’hydrolyser l’ATP).
Pour démarrer le cycle de contraction il faut de l’ATP. Il vient se fixer au niveau de la tête
motrice. On hydrolyse l’ATP mais on conserve ADP et Pi, ce qui va changer la
conformation de la myosine, la tête contractée se déplies. Après avoir relâ ché le Pi on
peut se raccrocher à l’actine = progression sur le filament d’actine.

Microtubules

La sous unités  peut hydrolyser le

GTP. On forme un tube majoritairement creux.
C’est donc un espace pas vide mais pas
complètement dense non plus.
Le centrosome est aussi le centre organisateur des microtubules. Un centrosome c’est deux
centrioles, l'une sera centriole mère et l’autre centriole fille. Un centrosome c’est aussi une
matrice péricentriolaire et des microtubules. Les microtubules sont accrochés dans la matrice
péricentriolaire et non sur les centrioles.
On polymérise à la surface car on a des complexes gamature (gamma-tubuline) pour
polymériser les microtubules. Fabriquer un petit noyau d’actine ou de tubuline pour créer un
filament est très compliqué.
Ce n’est pas le noyau qui décide ou la cellule va mais ce sont les microtubules. Selon une
expérience on a remarqué que l’ajout de tubuline à une préparation purifiée de centrosomes
conduit à la polymérisation orientée de microtubule.
Pour les microtubules ont à deux grands types de moteurs moléculaires :
- La Dynéine va de + vers -, elle est utilisée par le noyau.
- La Kinésine va de - vers +, elle utilisé par le golgi et s’occupe de la sécrétion.

Ce sont des protéines motrices polaires, elles vont dans une orientation précise. Mais il y a des
exceptions, il y a des dynéines qui vont dans le sens inverse, idem pour les kinésines.

Les granules
pigmentaires sont des petites vésicules qui ont des pigments, chez les poissons par
exemple, il y a des vésicules qui contienne de la mélanine, si le poisson apparait noir
c’est qu’il y a des vésicules dans les cellules. Si le poisson est stressé, l’adrénaline active
les dynéines qui von ramener les vésicules vers le plus, on verra le poisson blanc.
III. Cycle et division cellulaire
 1- Progression et régulation du cycle cellulaire

ANIMAL

Le cycle cellulaire comprend la mitose et l’interphase (G1, S, G2)

Les phases G1 et G2sont des phases de croissances, de vérification externe et interne. La
phase S réplique les chromosomes, la quantité d’ADN double (1n2n)

Le fuseau crée en début de mitose permet les déplacement des chromosomes. Ces
microtubules ont une dynamique 20x aux microtubules normaux.

Vers la fin de la mitose, mise en place d’un rayon contractile qui permet la séparation des
deux cellules filles. Les cellules en mitose ne sont plus accrochées dans leurs milieux, les cell
en interphase si. L’actine et la myosine constitue les filaments contractiles. La fusion de la
membrane se fait en fin de cytokinèse.
Les extrémités + des microtubules se chevauchent au niveau du rayon.

Le point de restriction, point Staps : la cellule a fabriqué tout ceux dont elle a besoin,
l’environnement est favorable et commence donc la phase S de réplication.

Le cycle cellulaire ne se fait que dans un sens (unidirectionnelle). Il existe plusieurs

checkpoints pour vérifier l’état de l’ADN, cette vérification arrête le cycle lors d’un défaut
pour le réparer. Checkpoint en S, en G2 et le checkpoint de la métaphase (SAC). Le dernier
vérifie qu’on peut bel et bien passer en anaphase, si la correction est impossible la cellule
meurt pour ne pas donner naissance à des cellules problématiques. Une CDK ne fonctionne
pas toute seule, il lui faut le plus souvent une cycline. Elles phosphorisent tout un tas de
substrats. Une cycline peut s’associer à plusieurs CDK et inversement.

Le complexe MPF est le facteur qui promeut la maturation, il est constitué d’une M-cycline et
une CDK. CDK ne se dégrade pas contrairement à la cycline à la fin de la phase.
 La phase G1  :
Si la cellule, après la phase M, se met en quiescence elle rentre alors en G0. Elles peuvent
aussi sortir du cycle cellulaire après la phase M pour se différencier, elle ne se divisera plus.
En quiescence elle peut revenir en G1, si elle sort elle ne peut pas re-rentrer dans le cycle
cellulaire.
La phase G1 peut être très longue comme très courte, voire inexistante si la cellule n’a pas le
temps de grossir. En moyenne la phase G1 reste la plus longue des phases.

 La phase S  :
C’est la phase de réplication. Cette phase s’arrête quand tout l’ADN a été doublé.
Les cellules suivent tout le même type de cycle, il dure 20h, mais elles l’ont toute commencé
à un moment différent, les cycles sont asynchrones.

Pour savoir dans quelle phase est quelle cellule, on peut utiliser le trieur de cellule
fluorescente. Si la cellule est à une certaine fluorescente, qui correspond à un moment du
cycle, on peut les séparer du reste. (2n = G1 ou G0).

Pour savoir la % de cellule dans tel ou tel phase, il faut mesurer la (surface du pic
correspondant) / (surface totale du graphe) = généralement il y a 70% de cellule en G1 (cette
phase prend 70% du cycle), la quantité de cellule en une phase est proportionnel à la durée de
la phase.

 La phase G2  :
LA G2 vérifie que tout s’est bien passé précédemment puis prépare à la mitose, elle condense
l’ADN, accumuler le complexe cycline-CDK (sans l’activer), Il faut pour faire la mitose
correctement 2 centrioles.

1 centrioles est en deux partie, pour crée un deuxième centriole ont séparé les deux parties
pour recrée deux nouvelles parties à ces anciennes parties.

Les microtubules en formes d’étoiles sont des asters. Il existe des

populations de microtubules. 3 grand familles :

- Le microtubule kinétochorien 

- Le microtubule Interpolaire/chevauchant : relie un pôle à l’autre, et les

extrémités + se chevauchent lors de la fin de mitose

- Les microtubules austro : gère l’orientation du fuseau, ils sont accrochés à

la membrane et se déplace à l’aide de dynéine.

 La mitose  :
En début de mitose la cellule s’arrondie et les microtubules se rétracte, ce qui double sa
hauteur. La taille du noyau augmente et la chromatine se condense.
Il existe une prométaphase qui prépare à la métaphase, elle vérifie que le bon chromosome
soit du bon côté. Si l’un des chromosomes est du mauvais côté un microtubule va venir
ramener vers l’autres côtés et il y a donc un tri. Plus le checkpoint vérifie que les microtubules
sont du bon côté aussi, et séparer d’une cellule fille à l’autre. Une fois vérifie, l’anaphase peut
commencer.
 PROPHASE :

C’est la condensation des chromosomes (en X), le centrosome va se dupliquer avec un de

chaque côté, puis une fois els microtubules installer, le noyau se cassent et le contenue (ADN)
est attrapé par les microtubules des centrosomes.

Les deux centrosomes se chevauchent au niveau des extrémités +, et plus la cellule se

séparent plus les filaments qui se chevauchent s’allongent. Une ‘kinésine 5’ (à 2 têtes)
s’intercale entre les 2 microtubules qui se chevauchent pour les tenir et les fait s’allonger.

 MÉTAPHASE :

Les chromosomes sont aux centres accrochés au kinétochores par le

centromère.

DAM-1 s’accroche autour du microtubule mais laissent l’extrémités +

libre pour polariser/dépolariser.

 ANAPHASE :

Les microtubules accrochant les chromatides se raccourcissent, chaque chromatide d’un

chromosome va d’un côté.

Anaphase An Anaphase B

 TÉLOPHASE :

Débute par la fin de la caryocinèse (fin anaphase). Décondense la chromatine &

reforme l’enveloppe nucléaire puis Dépolymérisation du fuseau
Se termine par la cytocinèse (séparation du cytoplasme).
Mise en place de l’anneau contractile pour séparer les deux cellules.

Le tunnel former à partir de la contraction va casser d’un bord ou à un autre, une cellule va
donc garder le reste de l’anneau.

VÉGÉTALE
Pour les végétaux, pas d’anneau contractile mais un phragmoplaste. La division cellulaire ne
requiert pas de centrioles, mais d’autres structures typiquement végétales comme la bande
préprophasique (un réseau ordonné de microtubules qui s’organise là où sera déposée la
couche de paroi qui séparera les deux cellules filles).

Il existe des variations dans la régulation du cycle cellulaire Selon l’espèce, l’organe, le stade
de développement...
• Une mitose peut se produire sans cytocinèse
• Dans l’embryon de drosophile => 13 premières divisions se déroulent sans cytocinèse
Mitoses synchrones en absence de cytodiérèse
dans l’embryon de drosophile
formation d’un syncytium puis individualisation (= cellularisation)
Lors du développement d’un organisme, certaines cellules mères se divisent de façon
asymétrique pour produire 2 cellules filles au devenir diffèrent
=> Cellules filles de tailles différentes, au contenu cytoplasmique diffèrent => ségrégation de
composants appelés déterminants de destin cellulaire
Le centrosome et les centrioles sont essentiels pour le fuseau mitotique.
Importance de la régulation de la duplication du centrosome.
Un nombre anormal de centrosomes provoque généralement une aneuploïdie et est souvent
observée dans les cellules tumorales
Amplification des centrosomes dans une tumeur du colon
Regroupement des centrosomes aux pôles du fuseau dans une cellule de neuroblastome en
mitose

L’activité́ des complexes CDK/cyclines au cours du cycle cellulaire

se fait sous surveillance : les points de contrôle (checkpoints)
Il existe des points de contrôle qui permettent le maintien de l’intégrité́ de la cellule : point
start et checkpoints
L’activité́ des complexes CDK/cyclines est sous le contrôle d’inhibiteurs
Rôle des inhibiteurs de CDk, CKI => arrêt du cycle cellulaire
Deux familles dans les cellules animales
-> Famille KIP/CIP
Exemples : p21, p27
[p27] enlevée en G0
Responsable inhibition de contact Complexes hétérotrimériques Inhibiteurs Cdk en phase
G1/S et S
Cln Cdk
-> Famille INK4
Liaison à Cdk4 ou Cdk6 (Cdk actifs en G1), Protéine p16 (mélanomes familiaux)