Professional Documents
Culture Documents
1 3 Feherjek Szerves III Perczel Andras 2019
1 3 Feherjek Szerves III Perczel Andras 2019
1) Bevezető
2) A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosav sorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
4) A fehérjék belső mozgékonysága
5) Bevezetés az enzimek világába
- oxidoreduktázok (az alkohol-dehidrogenáz)
- transzferázok
- hidrolázok (a szerinproteázok, a lizozim)
- liázok
- izomerázok
- ligázok
6) Érdekes fehérjék
https://www.youtube.com/watch?v=wvTv8TqWC48
1) Bevezető
- az élő rendszerekben a víz után a fehérje a legelterjedtebb molekulatípus,
- a fehérjék lokális koncentrációja igen magas,
- sokrétű feladatot látnak el: motorfehérjék, enzimek, antitestek, hormonok, szállítanak, etc.
- a sejtben előforduló szinte összes kémiai átalakítást fehérjék végzik
Az amidkötés adatai:
H-Thr--His--Ile--Ser--Ser--Ile-Met-Pro-Leu-Glu-OH
http://www.youtube.com/watch?feature=endscreen&v=Q7dxi4ob2O4&NR=1
A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosavsorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
A szabályos (periodikus és aperiodikus) valamint szabálytalannak (fokozott
belső mozgásúnak leírt, rendezetlennek) mondott fehérjerészek együttese.
Elsőként Linus Pauling javasolta az a-hélix és a b-redőzött rétegek megjelölést.
E két fajta, valamint a többi tipikus konformációs építőelem a Ramachandran-
felület jellegzetes régióiban azonosítható. Meghatározásukhoz gyakran
ismétlődő alapalkatok (foldamer) és mintázatok (pl. H-híd) felismerése vezet.
a-hélix
b-redő
-kanyar
periodikus, aperiodikus,
homo-konformerek hetero-konformerek
jobbmenetes balmenetes
a-hélix a-hélix
N-terminális
memo: Jobbkezesek a
fehérjékben található
tehát ez egy jobbmenetes csavar a-hélixek,a DNS A és
A jobbkéz B formái, stb.
szabály:
tehát ez egy jobbmenetes a-hélix
Animáció → http://www.youtube.com/watch?v=eUS6CEn4GSA
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.
Animáció→ http://www.youtube.com/watch?v=wM2LWCTWlrE
N N
A parallel redőzött réteg térszerkezet: Ca
Ca
O C O C
N H N H
Ca Ca
C O C O
H N H N
Ca Ca
O C O C
N H N H
jellemzői:
feszes lánc — nem nyújtható
hajlékony — rétegek elcsúszhatnak
selyemfény — rétegek fénytörése
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.
i i+3
A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosavsorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
A biomolekulák harmadlagos
szerkezetének kialakítása során
a gyenge kötések
(kölcsönhatások) összessége
igen jelentős.
3
Van der Waals- V/ek r0= 2.58 Å
(hidrofób) potenciál 2,5
2
- „túl távol” aszimmetrikusan
polarizált elektronfelhők 1,5
vonzása (r0/r)-12
1
- „túl közel” elektronfelhők
egymásba hatolása taszítást 0,5 (r0/r)-12 - (r0/r)-6
okoz
0
r
2 2,5 3 3,5 4 4,5 5
-0,5
ideális (van der Waals)
-1 távolság
-(r0/r)-6
-1,5
-2
Johannes Diderik
van der Waals
(1837 - 1923)
Aktin:
mikrofilament
monomer egysége
Miozin
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
b-redő topológiák
N C
aszpartát transzkarbamoiláz enzim
C
bab-motívumok
N
flavodoxin (redox fehérje)
C N
plasztocianin (elektrontranszporter)
tripszin (vágva)
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
A bab-motívum: C
N
részlet az alkohol
dehidrogenáz enzim
szerkezetéből
(szalagmodell)
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
kitekeredett
(unfolded) feltekeredési mag
fehérje (folding nucleus)
A ribonukleáz redukciója és denaturálódása
Chrisian B. Anfinsen
1972 Nobel-díj
Ribonukleáz feltekeredése
A ribonukleáz renaturálódása
feltekeredés
“folding”
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
Fehérjék denaturálásához használt reagensek: kaotróp molekulák
DG = DH-TDS = 68 - 64 = 4 kcal.mol-1
A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosavsorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
A fehérjék negyedleges szerkezetének kialakulása során több, akár eltérő,
akár azonos polipeptidlánc vagy fehérje kapcsolódik össze, s alkot
funkcionális egységet. A keletkező dimerek, trimerek, tetramerek stb.
akkor nevezzük homo-dimernek, homo-trimernek stb. ha a felépítő
egységek azonosak. Ha eltérőek, akkor a hetero- előtagot használjuk.
http://www.youtube.com/watch?v=FJ4N0iSeR8U
Fehérjék: tartalomjegyzék
1) Bevezető
2) A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosav sorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
4) A fehérjék belső mozgékonysága
5) Bevezetés az enzimek világába
- oxidoreduktázok (az alkohol-dehidrogenáz)
- transzferázok
- hidrolázok (a szerinproteázok, a lizozim)
- liázok
- izomerázok
- ligázok
6) Érdekes fehérjék
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
Fehérjék analitika és térszerkezet-vizsgálati módszerei:
Fehérje röntgen-
krisztallográfia:
kémiai Nobel-díj, 1962
Max Perutz, John Kendrew
Fehérje NMR:
kémiai Nobel-díj, 2002
Kurt Wüthrich
szerkezeti sokaság
4) A fehérjék belső mozgékonysága
A makroszkopikus mozgás mikroszkopikus háttere: „ a táncrend”
10 0,1
cm mm
szervezet sejtek
1 0,1
nm m
fehérjemolekulák sejtalkotók
A fehérjék belső mozgékonysága
Minden fehérje határozott, belsőleg kódolt
mozgékonysággal rendelkezik:
másodlagos szerkezeti
elemek 10ns ↔ 1ms
H/D Rex
feltekeredés Rot. Dif.
1ms ↔ 1h korrel. idő
1ns<tc< 10ns
gerinc dinamika
1ps ↔ 10ns
tlokális
1) Bevezető
2) A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosav sorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
4) A fehérjék belső mozgékonysága
5) Bevezetés az enzimek világába
- oxidoreduktázok (az alkohol-dehidrogenáz)
- transzferázok
- hidrolázok (a szerinproteázok, a lizozim)
- liázok
- izomerázok
- ligázok
6) Érdekes fehérjék https://www.youtube.com/watch?v=UVeoXYJlBtI
https://www.youtube.com/watch?v=yk14dOOvwMk
5) Bevezetés az enzimek világába
a sejtben előforduló szinte összes kémiai átalakítást
biológiai katalizátorok, az enzimek végzik!
- a legtöbb enzim fehérje
- az átalakítás sebessége akár 106 -1012 szeres
lehet a biokatalízis hatására.
- így lehetséges, hogy a reakciók végbemennek már 37oC-on és neutrális pH-n.
energia
Ea
(E. Fischer kulcs-zár modell növekvő Ea
megalkotása.)
reakció koordináta
Tipikus enzimreakció:
Keeler 138 T(K)
C OH
(S)-(+)-2-fluorhexánsav
F
>69% enantiomer túlsúly
H O Et
magyarázat: - a lipáz aktív zsebébe nem fér be az (R)-enantiomer,
ezért az visszamarad és a hidrolízis során 99%-ig dúsul,
- míg az (S)-(-)-sav éppen 69%-ban keletkezik.
Geometriai specificitás megadja, hogy mennyire szigorúan csak egyetlen szubsztrátot fogad el az enzim:
pl: 1) Karboxipeptidáz A a polipeptidlánc C-terminálisáról lehasít egy aminosavat, ha az nem Arg, Lys, Pro és
a megelőző aminosav nem Pro. O
2) kimotripszin: észtert is, amidot is hidrolizál. R'
O
kimotripszin
O R N + H2O + HO R'
O R OH
R' kimotripszin
H
R N + H2O + H3N+ R' észter
R O
H
peptid
Inhibitor: molekula, amely az enzimműködésre negatívan hat, azt gátolja.
Kompetitív inhibitor: amelyik a szubsztráttal versenyez az aktív helyért
vagy annak bekötését oda gátolja.
Kofaktor: nem-fehérje jellegű, de az enzimhez ideiglenesen kötött
molekula/ion, olyan amelyik a katalízist segíti
(apoenzim [fehérje] + kofaktor = holoenzim)
Koenzim: (spec. kofaktor): olyan segédmolekula, mely Fe2+
nincs permanensen az enzimhez kötve pl. NAD
Prosztetikus csoport: (spec. kofaktor): olyan molekula, amely
permanensen az enzimhez van kötve pl. Fe-S centrum, hem, stb.
memo: sok vízoldható vitamin koenzim prekurzor:
nikotinsav → NAD, pantoténsav → CoA
O
Koenzim A
OH
N
niacin
Szerinproteázok (sok egymással nem - feltétlenül - rokon fehérje)
A fehérjék lebontó enzimek (proteázok): pl. kimotripszin, tripszin és elasztáz
(Azért szerinproteáz, mert van benne egy a katalízis szempontjából döntő fontosságú Ser.)
A Kimotripszin:
specificitása: főleg Trp, Tyr, Phe, de Leu, Met után is hasítja az amidkötést
memo: észtereket is hidrolizál
memo: a tripszin más specificitású: Arg vagy Lys után hasít.
Az inaktív kimotripszinogénből (245 as.) két dipeptid kihasadása és egy „refolding”
során képződik az enzim. A konformációs átrendeződés eredményeként sztérikusan
közel kerül a katalitikus triád 3 eleme.
ez a peptidkötés
oxianion üreg
fog elhasadni
szubsztrátkötő
zseb
His
57
Asp
102
O CH2
Ser
H2C C 195
O H N
N CH2
memo: észter hidrolízise, AdNu
H O acilezett
szerin
O C O
RNH2
H R
His
57
Asp
102 CH2
O
Ser
H 2C C 195
O H N
N CH2 tetraéderes
H O intermedier
O
O C
H R
His
57
Asp
102 CH2
O
Ser
H 2C C 195
O H N
A kimotripszin irreverzibilis
inhibitora: pl. DIPF
Lizozim: egy tipikus enzimműködés
(Lysozyme:= lyse: felold + enzyme)
A Lizozim feloldja (kilukasztja) a baktériumok
sejtfalát: katalizálja a sejtfal poliszacharid egy
adott részének hidrolízisét.
Alexander Fleming
Nag-Nam-Nag-Nam-Nag-Nam 1922-ben „megfázott”
R2 R1 R2 R1 R2 R1
HO O O O O O
OH A OR3 B OH C OR3 D OH E OR3 F
O O O O O O OH
1 2 1 2 1
R R R R R R2
HOCH2 CH3
O OH R: H
OR COOH
HO
NHCOCH3
b-D-N-acetil-muraminsav
(Nam)
A Lizozim biokatalizált glikozidkötés
hidrolízisének molekuláris háttere:
1) A D-E glükopiranóz gyűrűk elhidrolizálása:
David Chilton
Phillips
1924-99
memo: a természetes
védekezésünk fontos enzimje
tehát a Lizozim, amely patogének
(pl. Salmonella, E.coli vagy
Pseudomonas) ellen nyújt
védelmet.
Alkohollebontás (oxido-
redukció, aromatizáció):
3) A hidridion redukálja az
acetaldehidet, majd a képződő alkoholát
anion protonálódik. A cink mint Lewis-
sav fokozza a karbonil-szén pozitív
polározottságát, s így annak elektrofil
jellegét.
feladatuk:
NH2
O H - egyensúlyt tartani az alkoholok aldehidek
és ketonok között.
N H2N
N
O O
- méregtelenítés (emlősben): a toxikus
N N O P O P O N alkoholból aldehidet csinál
O O
OH O H
H H
H - fermentálás (baci és élesztő): aldehidből
OH OH OH OH alkoholt készít (redukció)
A NAD+ (Nikotinsavamid-adenin-dinukleotid)
(az élő sejt egyik oxidáló vagy dehidrogénező szere)
A ”kulcs & zár”
modell
(Emil Fischer)
An army of emergency doctors cares for the health of the proteins in each cell
One of the most severe dangers for a cell is the loss of the 3-dimensional structure and
function of its proteins. This so-called denaturation can be caused by various influences,
among them aging or heat. Denaturation is also the reason why egg white becomes turbid
when cooked. Special proteins, the chaperones, rescue denatured proteins by re-folding them.
Chaperones thus are the molecular emergency doctors of the cell.
Érdekes fehérjék
Legend: Cadherin
Our body consists of trillions of cells that all work together to keep us alive. Between the
cells there is a complex network of molecular cables and connection proteins that keep the
cells together. They prevent our body from falling apart. Cadherin is one of these connection
proteins. It is a long protein that staples together the membranes of two adjacent cells.
Érdekes fehérjék
A molecular drill
P22 tailspike protein. The semi-transparent surface shows the global shape of
the protein.
Viruses can infect not only higher organisms, such as birds or humans, but also bacteria.
Viruses of this type are called bacteriophages, or phages for short. The bacteriophage
P22 infects salmonella that cause, e.g., typhus. In order to infect bacteria, phages have
a special injection machine that drills through the membrane of the bacterium. These are
the so-called “tailspike” proteins.
Érdekes fehérjék
In the past years, alarming news about antibiotics-resistant bacteria repeatedly appeared in
the media. The enzyme beta-lactamase is one of the main defense mechanisms of bacteria
against the class of beta-lactam antibiotics such as the well-known penicillin. These
antibiotics have a chemical ring structure called beta-lactam. Beta-lactamase cleaves this ring
and hence deactivates the anti-bacterial activity of antibiotics.
Érdekes fehérjék
How is oxygen transported from the lungs to the cells and why is blood
red?
Alcohol dehydrogenase is responsible for the degradation of alcohol in our liver. Each
molecule of alcohol that we drink ends up in the liver, where it is broken down to
acetaldehyde by this protein. The degradation product is, however, even more toxic than
alcohol itself, and it causes headaches and digestion problems. Fortunately our liver also has
a protein that degrades the toxic acetaldehyde. This protein, however, works slower than its
colleague alcohol dehydrogenase, providing one of the limits to our drinking capabilities.
Érdekes fehérjék
szarin
Érdekes fehérjék
In our blood, cholesterol is transported in so-called LDL particles. LDL particles contain
several lipids (fats) as well as a lipid membrane. They are kept together by apolipoprotein
B100, one of the largest proteins known. The lipids, as well as apoB, are very sensitive to
oxidation. When oxidized, LDL particles can stick together and deposit on the interior walls
of the blood vessels. The result is one of the most frequent causes of death in the western
world: arteriosclerosis.
Kinesin (a motor protein) pulling some kind
of vesicle along some kind of cytoskeletal
filament
A DNS-töl a fehérjéig:
https://www.youtube.com/watch?v=gG7uCskUOrA
Fehérje lebontás:
https://www.youtube.com/watch?v=hvNJ3yWZQbE
Sejtalkotók, működésük:
https://www.youtube.com/watch?v=URUJD5NEXC8