Universidad Internacional del Ecuador

Facultad de Ciencias Médicas, de la Salud y la Vida

Escuela de Enfermería

Biología Celular y Molecular II

Laboratorios

Samantha Rios – Johanna Porozo

Santiago Javier Guerrero, PhD.

Quito – junio – 2023

 Laboratorio de Biología PCR: diseño de primers
Fecha: 01 – Junio - 2023
PRIMERA PRÁCTICA
 DISEÑO DE PRIMERS
Gen K-RAS
Nucleotide NM_033360.3
Primer I
Sequence (5'->3') Template Lengt Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand h complementarity complementarity
Forward AGGAGTATGTGCTGTGAAGTGA Plus 22 5334 5355 59.1 45.45 2.00 1.00
primer 0
Reverse TCCATTTCGGGGCAAACAGT Minus 20 5482 5463 60.1 50.00 3.00 3.00
primer 8
Product 149
length

Primer II
 Sequence (5'->3') Template Length Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand complementarity complementarity
Forward ACTGTTTGCCCCGAAATGGA Plus 20 5463 548 60.18 50.00 3.00 0.00
primer 2
Reverse AAGTTTAAGCAAACACGCCTT Minus 21 5609 558 57.21 38.10 4.00 2.00
primer 9
Product 147
length

Primer III
Sequence (5'->3') Template Lengt Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand h complementarity complementarity
Forward GGAGTATGTGCTGTGAAGTGA Plus 21 5335 535 57.68 47.62 2.00 1.00
primer 5
Reverse TCCATATCCATTTCGGGGCA Minus 20 55488 546 58.86 50.00 4.00 0.00
primer 9
Product 154
length

Gen EGFR
Primer I
Sequence (5'->3') Template Length Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand complementarity complementarity
Forward GTGCAGAAAATGCCGTGGTT Plus 20 809 828 59.97 50.00 4.00 0.00
primer
Reverse ATCCCATCGAGAACCCTCCA Minus 20 936 917 60.03 55.00 4.00 2.00
primer
Product 128
length

Primer II
Sequence (5'->3') Template Length Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand complementarity complementarity
Forward CAGGAAGCCACCTGCAAAAC Plus 20 301 320 59.97 55.00 6.00 0.00
primer
Reverse ATTTAGACGCCTTGGGTGGG Minus 20 459 440 60.03 55.00 4.00 0.00
primer
Product 159
length

Primer III
 Sequence (5'->3') Template Length Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand complementarity complementarity
Forward CCCACCCAAGGCGTCTAAAT Plus 20 440 459 60.03 55.00 4.00 2.00
primer
Reverse TCTGAACTGCAAGACCGACC Minus 20 602 583 59.97 55.00 4.00 0.00
primer
Product 163
length

Gen MSH2
Primer I
Sequence (5'->3') Template Length Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand complementarity complementarity
Forward TGGGTGCTTGTAATGCGCTA Plus 20 785 804 60.04 50.00 4.00 2.00
primer
Reverse TGCTTTGATCGCTGAGGAGT Minus 20 912 893 59.39 50.00 4.00 1.00
primer
Product 128
length
Primer II
Sequence (5'->3') Template Length Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand complementarity complementarity
Forward ACTCCTCAGCGATCAAAGCA Plus 20 893 912 59.93 50.00 4.00 0.00
primer
Reverse GCAACCTTTGTGCCACCATT Minus 20 998 979 59.89 50.00 5.00 1.00
primer
Product 106
length

Primer III
Sequence (5'->3') Template Length Start Stop Tm GC% Self Self 3'
strand complementarity complementarity
Forward GATAGGTGTGGTTCGGTGGT Plus 20 652 671 59.39 55.00 2.00 0.00
primer
Reverse CGCATTACAAGCACCCAAGG Minus 20 801 782 59.83 55.00 2.00 2.00
primer
Product 150
length
 SEGUNDA PRÁCTICA
Práctica Inmunohistoquímica
Gen MSH2
 Clases de cáncer en la proteína
Cancer-related genes
Disease-related genes
Human disease-related genes
Plasma proteins
 Expresión y Localización
Ubiquitous nuclear expresión (Expresión nuclear ubicua)
Localized to the Nucleoplasm. In addition, localized to the Vesicles (Localizado en el Nucleoplasma - Vesículas)
  ¿En dónde se expresa la proteína?
En el núcleo
Expresión del ARN.
 ¿En qué tejido se expresa más?
Corteza cerebral y nasofaringe
Expresión cáncer
 ¿En qué cáncer se expresa más?
Se expresa más en cáncer de testículo
 ¿Cuáles son las líneas celulares que se analizaron en referencia al tipo de cáncer en donde más se expresa la proteína de interés?
  Estructura del tejido. ¿En donde más se expresa?
Tejido testicular
Se expresa más en células de Leydig y células de los conductos seminíferos
 Laboratorio- Informe
Fecha: 08 – Junio – 2023
 PCR: METODOLOGÍA
Técnica cuyo objetivo es obtener una gran cantidad de copias de un fragmento
de ADN de interés partiendo de una muestra pequeña, permite amplificar una
secuencia específica de ADN en grandes cantidades. Esta técnica ha tenido un
impacto significativo en la investigación científica, la medicina y otras
disciplinas relacionadas.

Objetivos. -
1. Comprender el fundamento científico de la amplificación de ADN, utilizando
la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
2. Estandarizar las condiciones de amplificación de un gen de interés.
Materiales
1. Muestra de ADN
2. Primer Forward
3. Primer Reverse
4. PCR MasterMix

Ciclo de la PCR:
Desnaturalización: Se separan las dos hebras de ADN por el aumento de
temperatura que son 95°C.
Annealing: El primer se une a su cadena complementaria. La temperatura es de
55°-65°C.
Elongación: Se genera una cadena complementaria por el ADN polimerasa. La
temperatura es de 72°C.
Procedimiento
 Anexos/Fotos
 Paso 1. - Colocar las concentraciones de los componentes de reacción.
  Paso 2. - Ensamblar (mezclar) los componentes de la reacción.
 Paso 3. - Colocar los tubos de reacción en el termociclador y programar el
siguiente programa de amplificación en el termociclador.

Resultados:
Mediante esta práctica conocimos el fundamento de la extracción de ADN y la
reacción en cadena de la polimerasa, además se realizó el calculo de las
concentraciones de los componentes de reacción. Se tomó en cuenta la
temperatura, ciclos de la muestra en el termociclador. La técnica de PCR
desempeña un papel fundamental en el campo de la biología molecular debido a su
capacidad para amplificar de manera eficiente secuencias de ADN de interés a
partir de cantidades mínimas de muestra.

Laboratorio- Informe

Fecha: 15 – Junio – 2023

 ELECTROFORESIS
Técnica de biología molecular utilizada para separar y analizar moléculas cargadas,
permitiendo obtener información sobre su tamaño, cantidad en base a la migración
en un gel o matriz a través de un campo eléctrico aplicado.

Objetivos. –
1. Comprender el fundamento científico de la electroforesis.
2. Realizar electroforesis horizontal en gel de agarosa para visualizar un
fragmento de ADN de interés.
Insumos y equipos. –

Materiales. –
1. Tris Borato EDTA / Tris Acetato EDTA 10 100ml
2. Marcador de peso molecular 1Kb 5 ul
3. ADN de interés 1 ul
4. Buffer de carga (Blue Juice 10X) 5 ul
5. Sybr Safe
6. Agua purificada tipo I: grado biología molecular

Procedimiento. -
Preparación de la solución de agarosa al 0.8%
 Realizar los cálculos necesarios para preparar 50 mL de un gel de agarosa al
0.8% concentrado.
 Mezclar 50 mL de TBE/TAE 1X con la agarosa pesada en un matraz de
Erlenmeyer.
 Calentar la solución durante 1 minuto en el microondas hasta que se
obtenga una solución homogénea.
 Añadir 4 μL de Sybr Safe y remover hasta que se disuelva
 Ensamblar la cámara de solidificación y verter el gel en su interior.
 Mezclar 10 μL de muestra de ADN amplificado y sin amplificar, con el buffer
de carga y configurar el programa de corrida a 100 V durante 30 minutos.
  Apagar la cámara y revelar la corrida con ayuda del transiluminador.
Procedimiento
 Anexos/Foto
Resultados
La electroforesis en gel de agarosa permite separar moléculas, se llevaron a cabo
todos los pasos descritos en el método para realizar la electroforesis de agarosa.
Sin embargo, al momento de apagar la cámara y revelar la corrida con ayuda del
transiluminador, no fue posible observar los resultados finales debido a un
problema técnico.

Conclusiones:

Aunque no se pudo observar los resultados finales de la electroforesis de agarosa,

se siguió el procedimiento correctamente, se observó la separación y migración de
los fragmentos de ADN. En próximos experimentos, es importante seguir
correctamente los pasos y saber el funcionamiento del transiluminador para
visualizar la corrida de los fragmentos. La electroforesis de agarosa es una técnica
valiosa en biología molecular para separar y analizar fragmentos de ADN con
precisión.