Model

 Building  Guide   NAME:  ________________________  HR:____  

BIOCHEMISTRY  
Models  will  be  used  to  visualize  carbohydrates,  lipids,  and  proteins.    
 
Materials  needed  per  group:  
  Atom-­‐  the  smallest  unit  of  all  matter.    
*  12  Black,  Carbon  atoms    
 
Element-­‐  pure  substance  containing  only  one  type  of  atom.  
 

                                                                                                             
  *  26  White,  Hydrogen  atoms  
                                                                                     
 
                                                                                                                    Molecule-­‐  two  or  more  atoms  chemically  combined,  or  bonded.  
  *  12  Red,  Oxygen  atoms  
                                     

                                                                                                                                       
  *  2  Blue,  Nitrogen  atoms      
The  formula  for  this  molecule  is  ____________.  
 
Compound-­‐  a  substance  made  of  two  or  more  elements  chemically  
                                                                                              bonded.  
  *  48  Short  tubes,  Electron  single  bonds  
   
  *  6  Long  tubes,  Electron  double  bonds  
 
   
  BONDING:  
Carbon  has  ____  valence  electrons  and  can  make  ____  single  bonds.   • There  are  _______________    and  ________________  bonds.  
  • Ionic  Bonds  
Hydrogen  has  ____  valence  electrons  and  can  make  ____  single  bonds.   o ____________________________________________  
 
• Covalent  Bonds  
Oxygen  has  ____  valence  electrons  and  can  make  _____  single  bonds.  
o ____________________________________________  
 
 
Nitrogen  has  ____  valence  electrons  and  can  make  ____  single  bonds.  
H                    O                    H  
 2   27  
The  Molecules  of  Life   UNIT  REFLECTION  
Name:  _________________________  
• The  most  common  elements  in  living  things  are  ________________,    
________________,  ________________,  and  __________________.   On  a  scale  of  1  to  5,  with  1  being  poor  and  5  being  excellent,  rate  your…  
• These  four  elements  constitute  about  ______%  of  your  body  weight.   1. Understanding  of  the  content.  
• _________________  chemistry  is  the  study  of  carbon  compounds.   1   2   3   4   5  
• Carbon  has  _____  electrons  so  it  can  form  _______________  bonds   2. Effort  to  participate  in  and  complete  classwork.  
by  sharing  these  electrons.   1   2   3   4   5  
• Carbon  can  also  bond  to  other  another  carbon  in  a  ______________,   3. Involvement  in  group  work.  
______________,  or  ___________________bond.   1   2   3   4   5  
• The  _______________  of  an  organic  molecule  determines  its    
function.   What  was  your  favorite  part  of  this  unit?  
• _______________  groups  give  different  properties  to  the  organic   ___________________________________________________________
compound  to  which  they  attach.   ___________________________________________________________    
• Write  the  formula  for  the  following  functional  groups:   What  was  your  least  favorite  part  of  this  unit?  
1. Hydroxyl   ___________________________________________________________
 
___________________________________________________________  
 
2. Carbonyl   How  would  you  improve  this  unit?  
 
___________________________________________________________
 
3. Carboxyl   ___________________________________________________________  
 
How  much  work  did  you  do  outside  of  class?  Be  honest!  
 
4. Amino     What  did  you  spend  the  most  time  on?  
 
___________________________________________________________
 
• Large  organic  molecules  are  called  _________________________.   ___________________________________________________________  
26   3  

• Polymers  are  built  from  smaller  subunits  called  _________________.  

o Mono-­‐  means  ____________  
• Dehydration  synthesis  links  small  molecules  or  monomers  together  
by  removing  molecules  of  ________________________.  
• _____________________  involves  removing  a  molecule  of  water  in  
order  to  break  bonds.  
 
The  Four  Biological  Macromolecules  
1. Carbohydrates  
What  are  they?  
 

Function(s)?  
 

2. Lipids  
What  are  they?  
 

Function(s)?  
 

3. Proteins  
What  are  they?  
 

Function(s)?  
 
4. Nucleic  Acid  
What  are  they?  
 

Function(s)?  
 
4   25  

CARBOHYDRATES   CONCEPT  MAP  

• Carbohydrates  are  made  from  the  following  atoms:  

• Carbohydrate  names  end  in  -­‐__________.  
• The  primary  function  of  carbohydrates  in  the  body:  __________  
MONOSACCHARIDES  
• Simple  sugars.  What  does  mono-­‐  mean?  __________________  
 

1.  _____________________________________  
         Chemical  formula:  ______________  Where?  fruits  
2.  _____________________________________  
         Chemical  formula:  ______________  Where?  plants  
3.  _____________________________________  
         Chemical  formula:  ______________  Where?  milk  
 

• Monosaccharides  are  called  hexose  sugars  because  they  

contain  6  ____________________.  
DISACCHARIDES  
• Double  sugar.  What  does  di-­‐  mean?  _____________________  
• How  are  disaccharides  formed?  _________________________  
1.  Sucrose  
       Made  of:  _____________________  +  _____________________  
2.  Maltose  
       Made  of:  _____________________  +  _____________________  
3.  Lactose  
       Made  of:  _____________________  +  _____________________  
24   5  

END  OF  UNIT  REVIEW   POLYSACCHARIDES  

• Complex  carbohydrates  are  called  _____________________&  
are  made  of  chains  of  ___________________________.  
• Plants  store  carbohydrate  energy  as  ____________________.  
o Name  a  few  starchy  foods.  ______________________  
________________________________________________  
• Animals  store  their  carbohydrate  energy  as  _______________.  
• The  energy  from  carbohydrates  comes  from  the  breaking  of  
the  bond  between  ______________  and  _________________.  
o Why  does  starch  give  off  more  energy  than  other,  
smaller  carbohydrates?  
____________________________________________.  
 
 
 6   23  
GROUP  PROJECT  NOTES  PAGE  
CARBOHYDRATES  

TESTING  FOR  CARBOHYDRATES  

A. Chemical  Test  for  Known  Carbohydrates  

BENEDICT’S  TEST  
12. Fill  a  beaker  half  full  of  water.  Bring  the  water  to  boil  on  a  
hot  plate.  CAUTION:  HOT  WATER!!!  
13. Number  three  clean  test  tubes  using  a  sharpie:  1,  2,  3.  
a. Tube  1:  Add  20  drops  of  monosaccharide  solution.  
b. Tube  2:  Add  20  drops  of  disaccharide  solution.  
c. Tube  3:  Add  20  drops  of  polysaccharide  solution.  
14. Add  10  drops  of  Benedict’s  solution  to  each  tube.    
CAUTION:  TELL  THE  TEACHER  IF  YOU  SPILL  BENEDICT’S!  
15. Place  the  three  test  tubes  in  the  hot  water  bath  for  5  min.  
16. Use  a  test  tube  clamp  to  remove  the  tubes  from  the  water.  
17. Observe  any  color  changes  in  the  solution.  Record.  
COLOR   Blue   Green   Yellow   Orange   Red  
RESULT?   -­‐   +   +   +   +  
18. Clean  your  test  tubes  with  soapy  water.  
             IODINE  TEST  
19. Add  20  drops  of  carbohydrate  solution  to  each  test  tube.  
a. Tube  1:  Add  20  drops  of  monosaccharide  solution.  
b. Tube  2:  Add  20  drops  of  disaccharide  solution.  
c. Tube  3:  Add  20  drops  of  polysaccharide  solution.  
20. Add  4  drops  of  iodine  solution.  CAUTION:  TELL  THE  TEACHER  IF  
YOU  SPILL  IODINE!  
21. Mix  the  contents  gently  by  swirling.  
22. Record  the  color  change.  
COLOR   Rust   Deep  Blue-­‐Black  
RESULT?   -­‐   +  
23. Clean  your  test  tubes  with  soapy  water.  
 
B. Chemical  Test  for  Unknown  Carbohydrates  
 You  are  now  ready  to  test  unknown  carbohydrates  to  classify  them  
as  monosaccharides,  disaccharides,  or  polysaccharides.  
22   7  

Conclusions:   B. Chemical  Test  for  Known  Carbohydrates  

_____________________________________________________ 1. Number  three  clean  test  tubes  using  a  sharpie:  1,  2,  3.  
_____________________________________________________ a. Tube  1:  Add  10  drops  of  table  sugar  solution.  
_____________________________________________________ b. Tube  2:  Add  10  drops  of  apple  juice  solution.  
_____________________________________________________ c. Tube  3:  Add  10  drops  of  oats  solution.  
_____________________________________________________ 2. Add  10  drops  of  Benedict’s  solution  to  each  tube.    
_____________________________________________________ 3. Place  the  three  test  tubes  in  the  hot  water  bath  for  5  min.  
_____________________________________________________ 4. Use  a  test  tube  clamp  to  remove  the  tubes  from  the  water.  
____________________________________________________.   5. Observe  any  color  changes  in  the  solution.  Record.  
  6. Clean  your  test  tubes  with  soapy  water.  
  7. Add  10  drops  of  carbohydrate  solution  to  each  test  tube.  
How  will  your  group  be  presenting  their  findings  to  the  class?   a. Tube  1:  Add  10  drops  of  table  sugar  solution.  
_____________________________________________________   b. Tube  2:  Add  10  drops  of  apple  juice  solution.  
  c. Tube  3:  Add  10  drops  of  oats  solution.  
  8. Add  4  drops  of  iodine  solution.  
What  information  will  you  include  about  the  following  topics?   9. Mix  the  contents  gently  by  swirling.  
  10. Record  the  color  change.  
1. Atomic  Structure   11. Clean  your  test  tubes  with  soapy  water.  
2. Bonding    
3. Biological  Macromolecules   CARBOHYDRATE  TESTING    
a. Carbohydrates   Simple  Sugar   Complex  Sugar    
i. What  they  are   Substance  
ii. What  they  look  like   Benedict   Sugar   Iodine   Starches  
iii. What  they  are  for   Color   Present   Color   Present  
(Orange?)   (✓)   (Black?)   (✓)  
b. Lipids  
i. What  they  are   Monosaccharide    
ii. What  they  look  like   (Glucose)                  
iii. What  they  are  for   Disaccharide  
c. Proteins   (Sucrose)                  
i. What  they  are   Polysaccharide  
ii. What  they  look  like   (Corn  Starch)                  
iii. What  they  are  for  
4. Your  experimental  results   Table  Sugar                  
a. What  you  tested  
b. What  you  found   Apple  Juice                  
c. Your  conclusions  
Oats                  
  
8   21  
CARBOHYDRATE  TESTING  
CARBOHYDRATE  MODEL  CONSTRUCTION  
Substance   Simple  Sugar   Complex  Sugar  
Benedict   Sugar   Iodine   Starches  
1. Making  glucose.   Color   Present   Color   Present  
a. Draw  the  glucose  molecule  as  it  appears  on  the  board.   (blue?)   (✓)   (black?)   (✓)  
     
Monosaccharide    
  (Glucose)                
     
  Polysaccharide      
  (Corn  Starch)                
     
 
b. Make  two  glucose  molecules  with  your  model  kit.  
                 
 
2. Combining  monosaccharides  to  make  maltose.  
a. Draw  the  maltose  molecule  as  it  appears  on  the  board.            
 
         
 
LIPID  TESTING  
  Sudan  III  
  Substance   Lipid   Lipid  
Grease   (How  much  
  Spot   Present   has  been   Present  
  (Y  or  N)   (✓)   stained?)   (✓)  
b. Join  the  two  glucose  molecules  to  create  maltose.      
 
c. What  pieces  are  left  over  from  the  bonding  of  the  two  
Lipid  KNOWN                
glucose  molecules?  Can  these  pieces  bond  together?      
   
3. Making  a  polysaccharide.                    
a. Select  another  lab  group  to  work  with,  and  place  your  
disaccharides  together.  Follow  a  procedure  similar  to  step            
two  and  combine  your  two  disaccharides.          
PROTEIN  TESTING      
b. Draw  the  sketch  of  the  polysaccharide  on  the  board.   Substance   Protein      
  Bradford’s   Present  
Solution   (✓)  
     
 
Protein  KNOWN        
     
 
     
       
20   9  

GROUP  PROJECT   CARBOHYDRATE  REVIEW  QUESTIONS  

1. Carbohydrates  are  used  in  the  body  for  __________________.  

What  is  in  the  food  you  eat?  
  2. The  ratio  of  atoms  in  carbohydrates  is  
Group  Members:  __________________________________________  
_____  C    _____  H  ______  O  (____:____:____)  
  ___________________________________________________  
3. Which  indicator  tests  for  simple  sugars  (monosaccharides)?  
Food  Choice:  _____________________________________  
4. Which  indicator  tests  for  complex  sugars  (polysaccharides)?  
  Who  is  in  charge  of  bringing  the  food?  ____________________  
 
Background  Research:  
Research  the  nutritional  value  of  the  food  item.   5. Simple  sugars  are  called  ________________________.  Cut  out  
a. Calories   a  simple  sugar  and  tape  it  in  below.  
b. Fat  Content  (Total  Fat)  
i. Saturated  Fat    
 
 
ii. Trans  Fat  
   
c. Cholesterol  
d. Sodium   6. Double  sugars  are  called  _______________________.  Cut  out  
e. Carbohydrate  
two  simple  sugars,  fit  them  together  and  tape  it  below.  
i. Dietary  Fiber  
ii. Sugars    
 
f. Protein    
   
Hypothesis:  _______________________________________________  
7. Complex  sugars  are  called  ______________________.    Cut  out  
_________________________________________________________  
four  simple  sugars,  fit  them  together  and  tape  it  below.  
_________________________________________________________.  
 
 
What  part  of  the  food  do  you  think  the  carbohydrates  (if  present)  will    
come  from?  _______________________________________________    
Lipids?  _____________________________________________    
Proteins?  ___________________________________________   8. What  had  to  be  removed  to  fit  the  sugars  together?  
 
10   19  

LIPIDS   PROTEIN  REVIEW  QUESTIONS  

• Lipids  are  made  from  the  following  atoms:   1. Give  three  functions  for  proteins  in  the  body.  

• The  ratio  of  atoms  in  lipids  is    

 

_____  C    _____  H  ______  O  (____:____:______)   2. __________________  are  the  monomers  that  make  up  proteins.  
• Lipids  are  _____________,  meaning  they  ___________  water.   3. The  twenty  amino  acids  are  made  of  the  following  atoms:  
FUNCTION   ______,  _______,  _______,  _______,  _______  
• The  primary  function  of  lipids  in  the  body:  _______________   4. Amino  Acids  are  central  carbons  bonded  to  four  different  
• Do  lipids  store  more  or  less  energy  than  carbohydrates?  Why?   groups.  Fill  in  the  following  image.  
 
• What  are  some  other  functions  of  lipids?  
____________________________________________________  
STRUCTURE  
• Lipids  are  composed  of  two  types  of  subunits  
1. Glycerols                                
a. Glycerols  are  the  _______________  of  the  lipid.   5. Amino  acid  chains  are  amino  acids  linked  together  with  
b. Other  parts  of  the  lipid  branch  off  these  carbons.   ______________________  bonds.  When  two  amino  acids  are  
2. Fatty  Acids   linked,  ___________  is  removed.  This  is  called  dehydration  
a. A  long  chain  of  _____________  and  __________,   synthesis.  
called  a  _______________________  chain.   6. When  two  amino  acids  are  linked,  the  molecule  is  called  a  

• The  monomers  (building  blocks)  that  make  up  lipids  are  called   ______peptide.  ______-­‐  means  two.  

____________________________.  Mono-­‐  means  __________.   7. When  many  amino  acids  are  linked,  the  molecule  is  called  a  

• The  most  commonly  occurring  lipids,  called  _______________,   ______________________.  ________-­‐  means  many.  

have  ______  fatty  acids  bonded  to  a  lone  glycerol  molecule.   8. What  is  the  test  can  we  can  use  to  find  out  whether  or  not  

• These  subunits  are  joined  together  by  removing  ___________.   proteins  are  present?  
18   11  

TESTING  FOR  PROTEINS   LIPID  MODEL  CONSTRUCTION  

A. Chemical  Test  for  Known  and  Unknown  Proteins  

SATURATION  
 
BRADFORD’S  TEST   • Saturation  refers  to  the  number  of  ______________  bonds.  
1. Number  three  clean  test  tubes  using  a  sharpie:  1,  2,  3.  
d. Tube  1:  Add  10ml  of  the  known  protein.   • A  molecule  with  no  double  bonds  is  a  __________________  fat.  
e. Tube  2:  Add  10-­‐20  drops  of  the  first  unknown.   These  are  usually  _____________  at  room  temperature.  
f. Tube  3:  Add  10-­‐20  drops  of  the  second  unknown.  
  • A  molecule  with  double  bonds  (or  “kinks”)  is  an  
2. Tell  the  teacher  you  are  ready  for  the  Bradford’s  solution.   __________________  fat.  These  are  usually  _________________  
CAUTION:  Bradford’s  solution  can  be  dangerous  if  it  comes  
into  contact  with  your  skin  or  is  inhaled.   at  room  temperature.  
  MODELING  LIPIDS  
3. Return  to  your  seat  and  wait  5  minutes  for  the  reaction  to  
take  place.   1. Construct  a  glycerol  from  the  directions  on  the  board.  Draw.  
   
4. Observe  any  color  changes  in  the  solution.  Record.  
   
COLOR   Blue   Red  or  Reddish    
Brown  
2. Construct  a  fatty  acid  from  the  directions  on  the  board.  Draw.  
Protein  
RESULT?   -­‐   +    
 
 
 
PROTEIN  TESTING    

Substance   Protein   3. Construct  a  triglyceride  from  the  directions  on  the  board.  Draw.  
Bradford  Color   Present  
(Red  or  Blue?)   (✓)  
1. Protein  KNOWN  
         
2.  
         
3.    
         
12   17  
SHOWING  PROTEIN  FOLDING  
LIPIDS  

PAPER  TOWEL  TEST  

1. Draw  four  equal  squares  on  a  brown  paper  bag.  Label  the  
boxes  1,  2,  3,  and  control.  
2. Use  a  cotton  swab  to  put  samples  of  the  three  lipids  in  
boxes  1,  2,  and  3.  Use  a  cotton  swab  to  put  water  in  the  
control  box.  
3. Wipe  off  excess  oil/fat  and  let  sit  until  dry.  Once  dry,  the  
fats  will  leave  a  translucent  spot.  You  can  tell  by  holding  the  
paper  up  to  a  light  source.  
LIPID  TESTING  
Substance  
Grease  Spot?   Lipid  Present?  
Control  (Water)          
1          
2          
3          
SUDAN  III  (SUDAN  RED)  TEST  
1. Number  two  clean  test  tubes  using  a  sharpie:  1,  2,  and  3.  
a. Tube  1:  Add  20  drops  of  skim  milk,  then  20  drops  of  
water.  
b. Tube  2:  Add  20  drops  of  whole  milk,  then  20  drops  
of  water.  
c. Tube  3:  Add  40  drops  of  water.  
2. Add  2-­‐5  drops  of  Sudan  solution  to  each  tube.  Swirl  gently.  
CAUTION:  SUDAN  RED  WILL  STAIN  YOUR  CLOTHES  
3. Measure  (in  cm!)  the  amount  of  red  in  the  solution.  
4. Clean  your  test  tubes  with  soapy  water.  
LIPID  TESTING  
Substance   Amount  of  
Sudan  Red  (cm)   Lipid  Present?  
Control  (Water)          
Skim  Milk          
Whole  Milk          
16   13  
PROTEINS  
LIPID  REVIEW  QUESTIONS  
BUILDING  AMINO  ACID  MODELS  
1. Obtain  one  carbon  atom.  This  will  be  your  central  carbon  atom.  
1. Give  three  functions  for  lipids  in  the  body.  
2. Follow  the  steps  on  the  board  to  add  a  hydrogen,  an  amine,  a  
carboxylic  acid  group,  and  an  R  group  to  your  central  carbon.    
3. This  is  the  base  structure  for  every  amino  acid  found  in  nature.  
2. If  the  bonds  between  carbons  in  a  fatty  acid  are  single  bonds,  
The  only  thing  that  will  change  between  the  amino  acids  is  the  
“R”  or  radical  group.   the  fatty  acid  is  ________________________.  If  there  are  
Glycine:  The  simplest  amino  acid.  
double  bonds,  the  fatty  acid  is  _________________________.  
1. To  construct  glycine,  add  a  hydrogen  atom  to  the  remaining  
 
bonding  site  on  the  central  carbon.  
2. Draw  the  structure  of  glycine.   3. ___________________  are  the  monomers  that  make  up  lipids.  
   

  4. Triglycerides  are  made  of  an  alcohol  called  ____________  and  

  _______  fatty  acid  chains.  
   
 
5. What  process  links  the  3  fatty  acid  chains  to  the  glycerol  in  
 
lipids?  
 

 
Alanine:  The  second  simplest  amino  acid    
1. To  construct  alanine,  add  a  carbon  atom  to  the  remaining  
6. What  are  the  two  tests  we  can  use  to  find  out  whether  or  not  
bonding  site  on  the  central  atom.  
2. Finish  the  amino  acid  by  filling  the  empty  carbon  bonding  sites   lipids  are  present?  
with  three  hydrogens.  
 
3. Draw  the  structure  of  alanine.  
  *******************EXTRA*******************  
 
  1. Lipids  called  ______________  are  made  of  four,  fused  rings  of  
 
carbon.  
 
  2. Name  3  steroids  found  in  organisms.  
 
a.  
The  Peptide  Bond  
4. Model  the  peptide  bond  by  joining  the  glycine  and  alanine   b.  
together  through  dehydration  synthesis.  Follow  the  directions  on  
c.  
the  board.  
  14   15  

• As  always,  ____________________  determines  function.  

PROTEINS  
• There  are  levels  of  protein  structure  
• Proteins  are  made  from  the  following  atoms:  
1. Linear  sequence  of  amino  acids  (chain)  
• The  ratio  of  atoms  in  carbohydrates  is  NOT  THERE!  
__________________________  
• Proteins  are  made  up  of  monomers  called  _________________.  
2. When  amino  acid  chains  are  folded  
FUNCTION  
__________________________  
• Proteins  have  three  jobs  within  the  cell.  
3. The  3-­‐D  shape  of  the  protein  
1.    
2.     __________________________  
3.    
4. Two  or  more  separate  proteins  interacting  
STRUCTURE  
__________________________  
• An  amino  acid  is  a  central  carbon  bonded  to  four  different  
• Denaturing  a  protein  involves  changing  its  _______________  
functional  groups  
so  it  no  longer  works.  
1. Hydrogen  
  ENZYMES  
2. Amino  Group  
 
• Many  proteins  act  as  ______________,  or  biological  
3. Carboxyl  Group   catalysts.  
 

4. “  R  “  Group   • Enzymes  in  cells  may  ________________  chemical  bonds  

  and  _________________  the  amount  of  activation  energy  
 
needed  for  the  reaction.  
 
Sketch  an  enzyme:  
 
 
 
   
• There  are  ______  amino  acids.  The  difference  is  in  the  _____    

 
group!  
 
• Amino  acids  are  linked  together  by  ________________  
• Substrates  attach  to  an  enzyme  at  its  ______________  site.  
synthesis  and  held  together  by  ______________  bonds.