Sveučilište u Splitu

Prirodoslovno-matematički fakultet

BIOKEMIJA II
BIOKEMIJA - METABOLIZAM

doc. dr. sc. Viljemka Bučević Popović

viljemka@pmfst.hr
Sadržaj kolegija:
• Osnovna svojstva metabolizma
• Glikoliza
• Glukoneogeneza
• Oksidacijska fosforilacija
• Put pentoza-fosfata
• Metabolizam glikogena
Preporučena literatura:
Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer, BIOKEMIJA, 2013.
• Razgradnja masti
• Sinteza masnih kiselina
• Kolesterol
• Metabolizam aminokiselina
• Metabolizam purina i pirimidina
• Integracija metabolizma
Organizacija nastave:
• Predavanja (2 sata tjedno/ 45 min)

• Seminari (1 sat tjedno/ 45 min):

• Vježbe
- Biokemija – Metabolizam
voditelj praktikuma: doc. dr. sc. M. Šprung
(2 sata tjedno)
- Praktikum iz biokemije
voditelji praktikuma: doc. dr. sc. B. Soldo i doc. dr. sc. M. Šprung
(4 sata tjedno)
• Kolokviji
- 1. parcijalni kolokvij - u tjednu od 20.–24.04.2020.
- 2. parcijalni kolokvij – u tjednu od 8.-12.06.2020.

• Konzultacije
- B2-38, petkom, od 10:30-11:30 sati
 Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet

OSNOVE METABOLIZMA

doc. dr. sc. Viljemka Bučević Popović

viljemka@pmfst.hr
Sadržaj BIOKEMIJE II:

Kako živi organizmi crpe energiju iz svoje

okoline?

Kako živi organizmi sintetiziraju građevne

jedinice za izgradnju svojih makromolekula,
kako sintetiziraju makromolekule?

Kako kemijske reakcije podržavaju ŽIVOT?

 Metabolizam - skup međusobno
povezanih kemijskih reakcija koje se
odvijaju u živim organizmima

Metabolička
karta
 Živim je bićima potreban stalan dotok slobodne energije

slobodna energija dolazi iz okoline:

Fototrofi
- ‘zarobljavaju’ svjetlosnu energiju (sunca)
Kemotrofi
- dobivaju energiju oksidacijom hranjivih tvari
koju su proizveli fototrofi

Energija se koristi za:

• Pokretanje
• Aktivni prijenos molekula i iona
• Sintezu biomolekula
 Metaboličke reakcije organizirane su u međusobno
ovisne i usklađene metaboličke puteve
Katabolički putevi = KATABOLIZAM
Molekule goriva Sintetizirane
(hrane) biomolekule
• razgradne reakcije, oksidacije molekula
goriva – organski spojevi iz hrane
• prevode energiju goriva u biološki
korisne oblike energije

Anabolički putevi = ANABOLIZAM KORISNI

OBLICI
KATABOLIČKI ENERGIJE ANABOLIČKI
• putevi sinteze složenih organskih spojeva PUTEVI PUTEVI
iz njihovih jednostavnih preteča TOPLINA

• trebaju energiju da bi mogli teći, energija

se osigurava sprezanjem s
termodinamički povoljnom reakcijom
 Energija se dobiva oksidacijom ugljika
▪ kod aerobnih organizama oksidacija
ugljika se odvija uz pomoć O2, a
krajnji produkt oksidacije je CO2

▪ što je ugljik na početku reduciraniji,

više se slobodne energije oslobodi
njegovim oksidacijom

▪ masti su energetski bogatije od KALORIJSKI SADRŽAJ

ugljikohidrata jer sadrže većinom METABOLIČKIH GORIVA
reducirani ugljik Ugljikohidrati 4 kcal/g
Masti 9 kcal/g
Proteini 4 kcal/g
10
 Energija se iz hrane ekstrahira u trima koracima
1. Korak: 1.

velike molekule iz hrana se cijepanju na manje, ne

nastaje korisna energija – faza probave i apsorpcije 2.

2. Korak:
razgradnja malih molekula do jednostavnih jedinica
sa središnjom ulogom u metabolizmu
3.
acetilna jedinica (acetil-CoA)

3. Korak:
potpuna oksidacija acetilne jedinice i nastanak
najveće količine ATP-a
11
 Niz reakcija koje čine metabolički put mora biti
termodinamički povoljan (Δ G < 0)

Termodinamički nepovoljnu reakciju može pokrenuti sprega s

termodinamički povoljnijom reakcijom

(1) A B+C G1o = +21 kJ/mol

(2) B D G2o = -34 kJ/mol

(3) A C+D G3o = G1o + G2o = -13 kJ/mol

sprega s termodinamički povoljnijom reakcijom, primjerice hidrolizom

ATP-a, može promijeniti ravnotežni omjer produkata i reaktanata u
vezanoj reakciji za 108
12
 ATP je univerzalna ‘valuta’ slobodne energije u biološkim
sustavima
Ciklus ATP-ADP:
▪ energija oslobođena razgradnjom hranjivih osnovni način izmjene energije u
tvari (egzergoni proces) ne predaje se izravno biološkim sustavima
endergonim metaboličkim procesima, već se
upotrebljava za sintezu molekula prenositelja

▪ ATP je lako dostupni, neposredni izvor

slobodne energije u mnogim procesima katabolizam anabolizam

Hidroliza ATP je egzergona reakcija:

Go´ hidrolize ATP = - 30,5 kJ/mol
G´ hidrolize ATP  - 50 kJ/mol, pri uvjetima u stanici
13
 ATP je univerzalna ‘valuta’ slobodne energije u biološkim
sustavima
fosfoesterska
veza ▪ ATP nije skladišni izvor energije:
fosfoanhidridne veze - jednom stvoren, tipično se potroši unutar 1 min
- za dva sata trčanja potroši se 60 kg molekula ATP
- u mirovanju se potroši 40 kg ATP u 24h

adenozin ▪ u nekim biosintetskim reakcijama kao prenositelji

energije koriste se nukleotidi analogni ATP-u:
GTP (gvanozin-trifosfat)
UTP (uridin-trifosfat)
CTP (citidin-trifosfat)
- energetski su ekvivalentni ATP-u
14
 U metabolizmu sudjeluju i drugi aktivirani prenositelji

različiti metabolički putevi imaju neke zajedničke obrasce, pa su njihovom

provođenju sudjeluju slične ‘pomoćne’ molekule

Aktivirani
prenositelj
ATP Fosforilna skupina
NAD+ Elektroni
FAD
NADPH Elektroni
Koenzim A Jedinice od 2 C-atoma

15
 Nikotinamid-adenin-dinukleotid (NAD+)
reaktivno mjesto
nikotinamid ▪ aktivirani prenositelj elektrona pri oksidaciji
molekula goriva – prima 2 elektrona i 1 vodikov
ion (hidridni ion)
▪ derivat vitamina niacina (nikotinske kiseline; B3)
▪ krajnji primatelj elektrona u oksidaciji goriva je
molekularni kisik, O2, ali oni se na njega ne
prenose direktno nego putem prenositelja

Primjer oksidacijske reakcije u kojoj sudjeluje NAD+:

adenin
NAD+ NADH

16
 Flavin-adenin-dinukleotid (FAD)
izoaloksazinski prsten

reaktivna mjesta ▪ aktivirani prenositelj elektrona pri

oksidaciji molekula goriva – prima 2
elektrona i vodikova atoma
▪ derivat vitamina B2 (riboflavin)

Primjer oksidacijske reakcije u kojoj sudjeluje FAD:

adenin
FAD

17
 Flavin-adenin-dinukleotid (FAD)

▪ aktivirani prenositelj elektrona pri

oksidaciji molekula goriva – prima
2 elektrona i 2 vodikova atoma
▪ derivat vitamina B2 (riboflavin)
oksidirani oblik reducirani oblik ▪ izoaloksazinski prsten je dio
molekule koji prenosi elektrone i
FAD FADH2 protone

Primjer oksidacijske reakcije u kojoj sudjeluje FAD:

18
 Nikotin-adenin-dinukleotid-fosfat (NADP)
reaktivno mjesto
nikotinamid
▪ aktivirani prenositelj elektrona za
reduktivnu biosintezu gdje služi kao donor
elektrona
▪ razlikuje se od NAD+ samo u jednom
dodatnom fosfatu

FAD FADH2

Primjer redukcijske reakcije u kojoj sudjeluje NADP:

adenin
mjesto dodatnog fosfata
NADP NADPH 19
 reaktivna skupina
– mjesto vezanja acilne skupine

Koenzim A (CoA)

merkaptoetanolaminska pantotenatna jedinica

jedinica

▪ aktivirani prenositelj acilnih skupina – pri oksidaciji goriva ili pri biosintezi
▪ prekursor je pantotenska kiselina (vitamin B5)
▪ acilna skupina koja je često vezana za CoA je acetilna
acetil-CoA

Aktivirani prenositelji su katalitički stabilne (u odsustvu specifičnih katalizatora)

molekule usprkos velikoj termodinamičkoj pogonskoj sili za reakciju
20
Metabolizam je sačinjen od malog broja tipova kemijskih reakcija

▪ šest osnovnih skupina kemijskih reakcija

1. Oksidacijsko-redukcije reakcije 2. Ligacijske reakcije - nastaje

kovalentna veza, uz ulaganje
energije hidrolizom ATP

O O ATP ADP O O
C C
C O H C OH
CH3 CH2
piruvat laktat CO2 Pi
C
O O
piruvat oksaloacetat
21
Metabolizam je sačinjen od malog broja tipova kemijskih reakcija

3. Izomerizacijske reakcije 4. Reakcije prijenosa skupina

– prerazmještaj atoma unutar
molekule

glukoza glukoza-6-fosfat

citrat izocitrat

22
Metabolizam je sačinjen od malog broja tipova kemijskih reakcija

5. Hidrolitičke reakcije – 6. Adicija na dvostruku vezu ili

cijepanje veza uz pomoć vode uklanjanje skupina uz nastanak
dvostruke veze

peptid aminokiselina 2-fosfoglicerat fosfoenolpiruvat

23
 Metabolički su procesi regulirani i prilagodljivi promjenama
▪ Metabolički su procesi katalizirani
enzimima, te se reguliraju svim onim ATP + ½ ADP
načinima kojima se modificira enzimska Energijski naboj = __________________________
aktivnost (koji bi to bili?) ATP + ADP + AMP

▪ Mnoge reakcije u organizmu

U fiziološkim uvjetima zbroj ATP + ADP +
kontrolirane su energijskim stanjem AMP je konstantan
stanice
Vrijednost energijskog naboja:
0 (samo AMP) - 1 (samo ATP)
Relativna brzina

Put koji
stvara ATP

Put koji Energijski naboj većine stanica je između

troši ATP
0,80 i 0,95 pri čemu su brzine puteva koji
stvaraju i troše ATP podjednake
24
Energijski naboj
 Metabolizam se sastoji od spregnutih, međusobno povezanih
reakcija – kataboličkih i anaboličkih

Oksidacija ugljikovih goriva izvor je stanične energije

Reakcija se odvija spontano samo ako je ukupna promjena

Sažetak slobodne energije negativna

ATP je glavna univerzalna ‘valuta’ za energetska plaćanja u živim

sustavima

Osim ATP, postoje i druge univerzalne metaboličke molekule

koje služe za prijenos elektrona ili reakcijskih skupina

Metabolički procesu su strogo regulirani i prilagodljivi

promjenjivim uvjetima okoliša
25