Professional Documents
Culture Documents
Notatki pt.1.1
Notatki pt.1.1
- metody izolacji DNA/RNA (stosowany podział metod izolacji), od czego może zależeć wybór metody
izolacji
Metody ekstrakcji totalnego DNA/RNA powinny zapewnić otrzymanie dużej ilości
wysokocząsteczkowego DNA lub RNA
Metody ekstrakcji mają na celu uzyskanie totalnego DNA/RNA:
1. z maksymalną wydajnością –duża ilość
2. dobrze oczyszczonego (z białek, lipidów, cukrów) –dobra czystość
3. niezdegradowanego (inaczej wysokocząsteczkowego, długie fragmenty) –dobra jakość
RNA
1. Wzrost roślin
2. Zbiór tkanki z roślin (liście, młode siewki, korzenie)
3. Materiał do izolacji RNA
->Świeżo zebrana tkanka
->Tkanka zabezpieczona i przechowywana:
-zamrożona w ciekłym azocie i przechowywanie w -80 C,
4. Homogenizacja tkanki (w ciekłym azocie/ w buforze do lizy)
- środki/ czynności służące do ochrony przed RNAzami (przed, w czasie i po izolacji)
Przed izolacją RNA/w trakcie izolacji RNA:
W laboratorium:
•wyprażanie moździerzy i szkła używanego do pracy z RNA
•używanie wolnych od RNaz końcówek do pipet i probówek
•używanie komercyjnych roztworów do usuwania RNaz ze stołów, pipet, statywów, wirówek itp.
•traktowanie wody i roztworów wodnych używanych w pracy z RNA za pomocą DEPC
(dietylopirowęglanu, ang. diethylpyrocarbonate)
•częste zmiany rękawiczek podczas pracy
Materiał do izolacji RNA:
•izolacja RNA natychmiast po zebraniu/pobraniu próbek lub
•natychmiastowe zabezpieczenie zebranych próbek poprzez ich zamrożenie w ciekłym azocie i
przechowywanie w -80oC
Po izolacji RNA:
•przechowywanie RNA w -80oC, jak najrzadsze rozmrażanie
•synteza cDNA na matrycy RNA
- ocena jakości i czystości oraz stopnia zdegradowania DNA/RNA (metody oceny, zakresy norm, kiedy
DNA/RNA spełniają normy)
DNA
-metoda spektrofotometryczna
1. Ilość DNA (koncentracja) :
Pomiar absorbancji przy długości fali 260 nm
2. Jakość DNA (czystość) :
Pomiary absorbancji przy długości fali 260 nm, 280 nm, 230 nm
DNA dobrej jakości:
proporcja A260/A280: 1.8 –2.0
proporcja A260/A230 : > 2.0 (najlepiej ok. 2.2)
Pomiary można wykonać nawet w objętości 1 ul próbki (w zakresie stężeń próbki 3 –3000 ng/ul)
- metoda elektroforetyczna (jakość)
3. Ocena stopnia zdegradowania DNA - elektroforeza agarozowa
RNA
- metoda spektrofotometryczna
1. Ilość RNA (koncentracja):
Pomiar absorbancji przy długości fali 260 nm
2. Jakość RNA (czystość) :
Pomiary absorbancji przy długości fali 260 nm, 280 nm, 230 nm
RNA dobrej jakości:
proporcja A260/A280: 1.8 –2.0
proporcja A260/A230 : ok. 2.2
Pomiary można wykonać nawet w objętości 1 ul próbki
Ocena integralności (jakości) RNA– elektroforeza w żelu agarozowowym
Enzymy restrykcyjne
- charakterystyka enzymów klasy II (rozpoznawane miejsca cięcia- tzw. miejsca restrykcyjne, sposób
cięcia, od czego zależy częstotliwość cięcia)
Każda endonukleaza restrykcyjna typu II:
•rozpoznaje w DNA specyficzną, kilkunukleotydową sekwencję czyli tzw. miejsce restrykcyjne
(będąca sekwencją palindromową)
•wiąże się z DNA specyficznie w każdym miejscu, które rozpoznaje
•przecina DNA specyficznie wewnątrz każdej sekwencji nukleotydowej, którą rozpoznaje
•efekt przecięcia DNA to fragmenty zakończone charakterystycznymi „lepkimi” lub „tępymi”
końcami (w zależności od enzymu)
•cięcie jest powtarzalne w 100%
->częstość zależy od długości sekwencji nukleotydowej, którą rozpoznaje dany enzym-> im większa
długość sekwencji tym rzadziej. Więcej miejsc mają enzymy rozpoznające krótsze fragmenty.
- co to są mapy restrykcyjne
Tworzenie map restrykcyjnych polega na ustalaniu w cząsteczce DNA (lub fragmencie DNA) pozycji
miejsc restrykcyjnych dla różnych enzymów restrykcyjnych.
Metoda jest stosowana tylko dla małych cząsteczek DNA, mniejszych niż 50kb (czyli 50000 bp).
Tworzone są dla:
•genomów wirusowych, organelli komórkowych,
•sklonowanego fragmentu DNA bakteryjnego lub organizmu wyższego
•wektora plazmidowego
Hybrydyzacja typu: Southern, Northern, Western
Southern blotting
- wykrywanie określonego fragmentu DNA wśród fragmentów uzyskanych po cięciu genomowego
DNA enzymem restrykcyjnym, poprzez hybrydyzację do tego fragmentu komplementarnej sondy
•Hybrydyzacja przeprowadzana jest po rozdziale fragmentów DNA (uzyskanych po resktrykcji) w żelu
agarozowym i ich przeniesieniu na membranę (po blottingu)
•Metoda wykorzystuje zdolność jednoniciowego DNA do hybrydyzacji z sekwencją DNA do niego
komplementarną
• Nazwa techniki od nazwiska twórcy-Edwarda Southerna
Northern blotting
-wykrywanie cząsteczki mRNA jakiegoś genu wśród wszystkich cząsteczek RNA wyizolowanych z
określonego materiału
Western blotting
•Wykrywanie określonego białka wśród innych białek, po ich izolacji i rozdziale w żelu
poliakryloamidowym
•Białka wykrywa się z użyciem specyficznych przeciwciał
Przygotowywanie sondy
-Klonowanie fragmentu DNA , który ma być sondą (celem zapewnienia ogromnej liczby jego kopii)
-Radioaktywne znakowanie sondy DNA
*metoda ‘nick-translation’
*metoda ‘random priming’
-Nieradioaktywne znakowanie sondy DNA
*za pomocą digoksygeniny (systemDigoxygeniny)
->Detekcja sondy znakowanej digoksygeniną (DIG-system)
Northern blotting
1.Izolacja totalnego RNA lub mRNA z określonej tkanki
Northern blotting
- metoda pozwala stwierdzić czy określony gen jest transkrybowany w badanej tkance lub w
określonych warunkach środowiska lub na określonym etapie rozwoju organizmu
Western blotting
Metoda pozwala stwierdzić:
•czy z genu powstaje produkt białkowy i jakiego rodzaju
•w jakiej tkance i/lub w jakich warunkach środowiska lub na jakim etapie rozwoju organizmu
powstaje produkt białkowy genu
Klonowanie
- wyjaśnienie terminów związanych z klonowaniem (wektor, rekombinowany DNA, polinker, itp)
->wektor-cząsteczka DNA zdolna do autonomicznej replikacji w komórce tzw. gospodarza i
przez to nadaje się do namnażania (zreplikowania) wstawionego w nią fragmentu z innego DNA
->rekombinowana cząsteczka DNA- jest to każda sztucznie powstała cząsteczka DNA,
zawierająca DNA nie występujące w naturze razem, czyli pochodzące z różnych biologicznych źródeł,
np.: cząsteczka wektora z wstawionym insertem (wstawionym fragmentem DNA)
->ligacja - reakcja enzymatycznego łączenia fragmentów DNA, przeprowadzana przez
enzymy ligazy
->ligazy - enzymy katalizujące tworzenie wiązania fosfodiestrowego w obecności ATP
pomiędzy dwoma fragmentami dwuniciowego DNA (bakteriofagowa T4 DNA ligaza, E. coli ligaza lub
bakteriofagowa T4 RNA ligaza) lub pomiędzy dwoma jednoniciowymi oligonukleotydami
hybrydyzującymi do komplementarnej matrycy DNA (TaqDNA ligaza)
->polinker -tzw. miejsce wielokrotnego klonowania, (inaczej MCS, od multiple cloning site) –
odcinek w wektorze zawierający zestaw unikalnych miejsc restrykcyjnych dla wielu enzymów
restrykcyjnych
->insert - fragment DNA
->klon - grupa komórek zawierających jednakowe cząsteczki zrekombinowanego DNA
->transformacja - uzyskanie przez komórkę nowych genów wskutek pobrania nagiego DNA
->klonowanie fragmentu DNA - Proces produkcji ogromnej liczby kopii określonego
fragmentu DNA dla różnych celów
- etapy klonowania
- rola ligaz
Rodzaje wektorów:
•pochodne plazmidów E. coli
->miejsce ori z plazmidu pMB1 -pozwala na replikację tylko w k. jednego gat. gospodarza (w
E.coli)
->można wstawić inserty wielkości do 10 kb
->dobra stabilność wektora
->po replikacji występuje w 20-30 kopiach na k. gospodarza w warunkach normalnych
->posiada geny oporności na ampicylinę i tetracyklinę
->posiada pojedyncze miejsca restrykcyjne dla ponad 40 enzymów restrykcyjnych
->Wektor plazmidowy pBR322- jeden z pierwszych, najlepiej poznanych i często
wykorzystywanych wektorów bakteryjnych, skonstruowany przez Bolivara i Rodrigueza w 1976 r.
zalety:
Klonowanie dostarcza ‘czystej’ (nie zanieczyszczonej innym DNA) próbki fragmentu DNA -
Każda kolonia bakteryjna zawiera liczne kopie tylko jednej rekombinowanej cząsteczki DNA (wektor
+ insert)
wady:
->
- biblioteki genomowego DNA i cDNA (co to jest, cechy charakterystyczne, do czego służą, jak się je
przygotowuje)
Biblioteka cDNA
->To kolekcja wektorów, z których każdy zawiera cząsteczkę cDNA dla jakiegoś mRNA,
(wyizolowanego z określonej tkanki w określonym czasie)
->Powstaje wskutek umieszczenia w każdym wektorze jednej cząsteczki cDNA
zsyntetyzowanego dla jakiegoś mRNA (wyizolowanego z okręślonej tkanki w określonym czasie), i
następnie transformowania tymi wektorami bakterii
->Odzwierciedla to, jakie geny były aktywne w określonej tkance w określonym czasie ( bo
ich RNA zamieniono na cDNA i wstawiono do wektorów)
->przechowywanie cząsteczek cDNA
PCR
- co to jest PCR, cel reakcji, produkt reakcji
W PCR zachodzi teoretycznie wykładniczy przyrost ilości produktu, ponieważ w każdym cyklu PCR
ilość nici DNA zostaje podwojona, jednak w rzeczywistości dopiero w 3 cyklu powstają produkty DNA
o pożądanej długości.
teoretyczny wzór: 2n rzeczywisty wzór: 2n-2.
- jaka jest długość produktów uzyskiwanych w pierwszych cyklach? Skąd taki efekt?
Produkty amplifikacji powstałe w cyklach nr 1-2 są dłuższe niż finalnie oczekiwanych produktów i
dopiero w cyklu nr 3 uzyskuje się dwuniciowe produkty o pożądanej długości. Wynika to z tego, że w
1 cyklu produktami są 2 długie nici DNA, w drugim cyklu produktami są 2 długie nici DNA identyczne
z produktami 1 cyklu oraz 2 nici DNA stworzone z całkowicie nowego DNA. W 3 cyklu powstają krótki
produkty będące kopiami nowozsyntetyzowanego DNA.
- zależność między wydajnością a czasem jej trwania – skąd zmiany w wydajności reakcji w czasie jej
trwania
RT-PCR
-cDNA jest znacznie stabilniejszy niż RNA i nie jest wrażliwy na pocięcie przez RNazy
-cDNA może być amplifikowany za pomocą PCR i wykorzystany do badań z użyciem tej techniki
-cDNA może być wykorzystywany w różnych badaniach dotyczących ekspresji genów
Sekwencjonowanie DNA
->przebieg reakcji
Próbkę DNA, która ma zostać sekwencjonowana, miesza się w probówce ze starterem, polimerazą
DNA i nukleotydami DNA (dATP, dTTP, dGTP i dCTP). Dodaje się także cztery wyznakowane
barwnikiem, terminujące dideoksynukleotydy, ale w znacznie mniejszych ilościach niż zwykłe
nukleotydy.
Mieszaninę najpierw ogrzewa się w celu denaturacji matrycowego DNA (rozdzielenia nici), a
następnie chłodzi, tak aby starter mógł związać się z jednoniciową matrycą. Po związaniu startera
temperatura jest ponownie podnoszona, umożliwiając polimerazie DNA syntezę nowego DNA
zaczynając od startera. Polimeraza DNA będzie kontynuować dodawanie nukleotydów do łańcucha,
aż zdarzy jej się dodać dideoksy nukleotyd zamiast normalnego. W tym momencie nie jest już
możliwe dodawanie żadnych nukleotydów, więc nić zakończy się dideoksy nukleotydem.
Proces ten powtarza się w kilku cyklach. Do czasu zakończenia cykli jest praktycznie gwarantowane,
że dideoksynukleotyd zostanie włączony w każdą pozycję docelowego DNA w co najmniej jednej
reakcji. Oznacza to, że probówka będzie zawierać fragmenty o różnych długościach, kończące się w
każdej pozycji nukleotydowej w oryginalnym DNA (patrz rysunek poniżej). Końce fragmentów
zostaną wyznakowane barwnikami wskazującymi ich końcowy nukleotyd.
Po zakończeniu reakcji fragmenty przepuszcza się przez długą, cienką rurkę zawierającą matrycę
żelową w procesie zwanym kapilarną elektroforezą żelową. Krótkie fragmenty poruszają się szybko
przez pory żelu, a długie fragmenty poruszają się wolniej. Gdy każdy fragment przecina „linię mety”
na końcu rurki, jest oświetlany laserem, umożliwiając wykrycie dołączonego barwnika.
Najmniejszy fragment (kończący się tylko jednym nukleotydem za starterem) przecina linię mety jako
pierwszy, a następnie kolejny najmniejszy fragment (kończący się dwoma nukleotydami za
starterem) i tak dalej. Zatem na podstawie zarejestrowanych barwników w detektorze, sekwencja
oryginalnego fragmentu DNA może być zbudowana jeden nukleotyd po drugim. Dane
zarejestrowane przez detektor składają się z szeregu pików o danej intensywności fluorescencji, jak
pokazano na chromatogramie powyżej. Sekwencja DNA jest odczytywana z pików na
chromatogramie.
1. Chromosom/chromosomy bakterii
-w połączeniu z białkami tworzą NUKLEOID (DNA bakteryjny + białka)
-wielkość genomu na ogół 0,2-13 Mb (a nawet 30 Mb)
2. Plazmidy
-autonomiczne cząsteczki DNA koegzystujące z chrom. bakterii
-wielkość (na ogół ) kilka -kilkaset kb
->zwarta budowa genomu prokariotycznego pod względem ułożenia genów (niewielka ilość
sekwencji niekodujących, przestrzenie międzygenowe niewielkie, brak intronów, obecność
operonów)
Geny Archeonów mają czasem budowę nieciągłą i zawierają introny
Geny prokariotyczne są KRÓTSZE niż eukariotyczne Śr. długość genu bakteryjnego to 2/3 genu
eukariotycznego po usunięciu intronów
Geny Archeonów są nieco krótsze niż geny bakteryjne
U Prokariota ta sama sekwencja DNA może wchodzić w skład różnych genów –geny zachodzące
U większości Prokaryota w operonach znajdują się geny kodujące enzymy jednego szlaku
metabolicznego np.: wykorzystanie cukru jako źródła energii lub synteza aminokwasu
Wyjątek -W genomach Aquifex aeolicusi Methanocaldococcus janaschii operony zawierają geny z
różnych szlaków metabolicznych
->Plazmidy:
-niezależne, autonomiczne cząsteczki DNA w k. prokariotycznych, koliste lub liniowe,
-zdolne do autonomicznej replikacji,
-wielkość NA OGÓŁ : kilka -kilkaset kb (ALE: są i dużo większe np.: u Rhizobium)
-koegzystują w k. z głównym chromosomem bakteryjnym,
-zwykle przenoszą geny nie występujące w chromosomie i które nie są niezbędne,
ALE: Gatunek blisko spokrewniony -Treponema pallidum –ma genom w postaci pojedynczej kolistej
cząsteczki DNA (1138 kbp), zawiera 1041 genów i nie zawiera żadnego z genów obecnych na
plazmidach Borrelia
->Niektóre Prokaryota mają genomy wielochromosomowe – podzielone na 2 i więcej
cząsteczek
Vibrio cholera
Genom to 2 cząsteczki DNA, 3885 genów:
-Chromosom główny -71% genów
-Megaplazmid– zawiera INTEGROM, zestaw genów i innych sekwencji DNA do „porywania” genów z
bakteriofagów i innych plazmidów
1. Genom mitochondrialny
-wiele kopii cząsteczek DNA w jednym organellum
-koliste lub liniowe
-wielkość: 6 kb-2500 kb
2. Genom chloroplastowy
-20-40 kopii kolistych cząsteczek DNA w jednym organellum
-wielkość 120-200 kb
W każdym organellum występuje kilkanaście -kilkadziesiąt kopii cząsteczki DNA, W każdej komórce
kilkadziesiąt organellów
Genomy organellów mają część genów związanych z syntezą białek (geny dla rRNA, tRNA) oraz
pełnionymi przez nie funkcjami, pozostałe białka kodowane są jądrowo
W organellach odbywa się transkrypcja i translacja
Najczęstsza forma mtDNA -forma KOLISTA, ALE występuje też forma LINIOWA JEDNOLITA (orzęski,
niektóre glony, drożdże)
U wielu Eukaryota występują obie formy mtDNA
->geny kodujące niektóre białka związane z łańcuchem oddechowym, geny kodujące niektóre rRNA
->Większe genomy mtDNA–zawierają też geny dla tRNA, białek rybosomowych i białek biorących
udział w transkrypcji, translacji i transporcie innych białek do mitochondrium z cytoplazmy
->Ssaki -13 genów białek związanych z fosforylacją oksydacyjną:
cytochromu b
3 podjednostki oksydazy cytochromowej
2 podjednostki ATPazy
7 podjednostek dehydrogenazy NADH
22-25 geny kodujące tRNA
2 geny rRNA(12S i 16S)
->Człowiek -13 genów białek związanych z fosforylacją oksydacyjną:
cytochromu b
3 podjednostki oksydazy cytochromowej
2 podjednostki ATPazy,
7 podjednostek dehydrogenazy NADH
22 geny kodujące tRNA
2 geny rRNA(12S i 16S)
1. NUKLEOSOM
-podstawowa jednostka budowy chromatyny (kompleks: nić DNA + histony ) u Eukaryota
•jednostka strukturalna chromatyny
•odcinek DNA o dł. 140-150 bp nawinięty na 8 histonów rdzeniowych = OKTAMER RDZENIOWY (po 2
histony: H2A, H2B, H3 i H4)
•Nukleosomy są oddzielone odcinkiem DNA o dł. 50-70 bp
•Nukleosom stabilizowany przez histon łącznikowy H1 (lub H1a-e, H10, H1t, H5) –tworząc
CHROMATOSOM (solenoid) -> oddziaływania pomiędzy ogonami N-końcowymi histonów
•Histony rdzeniowe mają podobny plan budowy
•HISTONY:
->bogate w lizynę lub argininę
->wysoce konserwowane białka
•nukleosomy odgrywają aktywną rolę w transkrypcji, reperacji DNA, mitozie, „wyciszania genu”
Histony rdzeniowe łączą się z DNA za pomocą ok. 140 wiązań wodorowych między aminokwasami a
atomami tlenu w szkielecie fosforanowo-cukrowym
➔ Heterochromatyna
◆ Heterochromatyna konstytutywna (DNA centromerów i telomerów,inne obszary
DNA bez genów)
◆ Heterochromatyna fakultatywna (Geny nieaktywne w pewnych komórkach i w
pewnych etapach rozwoju)
➔ Euchromatyna (Obszary DNA zawierające aktywne geny)
BRAK KORELACJI-> np. jedwabnik ma więcej chromosomów (56) niż człowiek (46) mimo, że jest
mniej złożonym organizmem
Wielkość genomów Eukaryota a liczba chromosomów –BRAK KORELACJI
wielkość genomu jądrowego różna w zależności od gatunku, jednak nie jest skorelowana ze
złożonością organizmu.
Minimalna wielkość genomu zwiększa się w każdej gromadzie
Genom jądrowy człowieka ma wielkość 3200 Mb i zawiera 24 elementy, których długość waha się od
50-263 Mb
mniej zwarte genomy ->więcej sekwencji powtarzalnych w DNA pozagenowymi intronów w genach
NIE - > S. cerevisiae – genom 12 Mb (0,004 genomu człowieka = 3 200Mb) -ok. 6000 genów z
porównania do genomu człowieka –powinno być mniej niż 140
Eukaryota różnią się wielkością genomów i liczbą genów
Wzrost liczby genówu organizmów o wyższej złożoności
Liczba genów u organizmów, których genomy zsekwencjonowano, waha się od 470 do > 45 000
Typowy gen Eukaryota ma podzieloną budowę, czyli zawierają egzony i introny. Podzielona budowa
GENU dominuje u wyższych Eukaryota.
Egzony można identyfikować na podstawie sekwencji je flankujących oraz ORF (open reading
frame=otwarta ramka odczytu; każda sekwencją DNA lub RNA, która potencjalnie może ulec
translacji na białko. ORF mieści się w genie między kodonem 'START' a kodonem 'STOP'.)
Zgodne sekwencje na granicy egzonów i intronów w prekursorowym mRNA, umożliwiające
precyzyjne wycięcie intronu -> np. Fragment mRNA genu eukariotycznego zawierający intron typu
5’GU -AG 3’
Geny kodujące białka zawierają tzw.otwarte ramki odczytu (ORF), składające się z serii kodonów
wyznaczających sekwencje aminokwasów w białku
ORF zaczyna się od kodonu start inicjującego translację (zazwyczaj ATG), a kończy jednym z kodonów
stop (TAA, TAG, TGA).
Rozmiary GENÓW rosną wraz z wzrostem podzielonej budowy genu ->wskutek większej liczby,
dłuższych INTRONÓW
Egzony–śr. długość 100-200 bp Introny –różna długość
W przeciętnym genie człowieka tylko 4% to sekwencje kodujące
➔ RODZINY ZŁOŻONE
Zgrupowania ludzkich genów α- i β-globinowych
Sekwencje najbardziej zróżnicowanych genów z grupy β-globin tj. genów β i ε -globiny
wykazują 79% identyczności
Pseudogen θ jest transkrybowany, lecz produkuje niefunkcjonalne białko, pozostałe
pseudogeny nie są transkrybowane
Geny α- i β-globin mają podobną budowę
U wyższych Eukaryota zwiększa się liczba genów lecz nie liczba samych RODZIN GENÓW
Procent unikalnych genów maleje wraz z wielkością genomów, a procent genów należących do
RODZIN WIELOGENOWYCH wzrasta.
Funkcje genów:
->większość genów człowieka koduje białka
-Przekazywanie sygnału (21,1%)
-Ekspresja, replikacja i utrzymywanie genomu (23,2%)
-Procesy transportu biochemicznego; fałdowanie białek; procesy immunologiczne;białka
strukturalne (38,2%)
-Ogólne biochemiczne funkcje komórki (17,5%)
->ok. 2500 genów koduje funkcjonalne RNA
->Powstawanie zmian w liczbie kopii sekwencji powtarzalnej w wyniku poślizgu polimerazy podczas
replikacji
-> Powstawanie zmian w liczbie kopii sekwencji powtarzalnej w wyniku nierównomiernego c/o w
mejozie
- powstawanie nowych genów u Eukariota (przez duplikacje: od fragmentu DNA po cały genom),
przykłady poliploidów
Poliploidalność - posiadanie przez organizm więcej niż dwóch kompletnych zestawów chromosomów
➔ Autopoliploidalność (euploidalność)
- zduplikowanie całego zestawu chromosomów
-nie są zdolne do krzyżowania się z organizmami posiadającymi pełną liczbę chromosomów
Mechanizm:
•nieprawidłowy przebieg mejozy (powstanie niezredukowanych gamet)
•endoploidyzacja w komórkach linii płciowej
Skutki:
•Szybkie powstawanie nowych gatunków
•BEZPOŚREDNIO nie prowadzi do zwiększenia liczby genów
•dodatkowe kopie chromosomów posiadają DODATKOWE kopie genów
•Kopie genów -możliwość podlegania MUTACJOM bez zakłócania żywotności organizmu
•Zdarzała się dość często w ewolucji niektórych grup
->powstanie gamet o niezdredukowanej liczbie chromosomów, jeśli połączą się 2 takie same
gamety to powstanie eutatetraploid, bariera w krzyżowaniu się z organizmem produkującym
gamety o prawidłowej liczbie chromosomów ( nieprawidłowość parowania się
chromosomów w dalszej mejozie)
Autopoliploidy - przykłady:
Autopoliploidalność dość częsta u roślin:
Przykład: Gatunek wiesiołka -Oenothera gigas–to tetraploid ,pochodzący z gatunku
diploidalnego wiesiołka Oenothera lamarckiana
Autopoliploidalność rzadka u zwierząt:
Zwłaszcza mających dwie odrębne płci (bo pojawia się problem więcej niż jednej pary
chromosomów płci)
Przykład: Gryzoń z rodzaju wiskacza w Argentynie -tetraploid
➔ Allopoliploidalność
Mechanizm:
•krzyżowanie międzygatunkowe ("poziome" przekazywanie genów) a następnie powstanie u
mieszańca niezredukowanych gamet
•połączenie gamet z dwóch najczęściej blisko spokrewnionych gatunków, tworzy się
mieszaniec międzygatunkowy (nie jest allopoliploidem) jeśli powstaną u mieszańca
niezredukowane gamety zawierające pełne zestawy chromosomów z obu gatunków.
Skutki:
•Powstawanie nowych gatunków (specjacja)
Przykłady:
Pochodzenie pszenicy twardej (Triticum durum) i pszenicy uprawnej (Triticum aestivum) -
heksaallopoliploid
➔ Kopie zduplikowanych genów zyskują nowe funkcje (presja selekcyjna na jeden gen)
- akumulacja mutacji - powstanie mutacji korzystnej dla organizmu
- geny ułożone jeden za drugim - u przodka nastąpiła duplikacja
- geny funkcjonują u dorosłych (bardzo podobne) i geny funkcjonujące w życiu
zarodkowym ( prawdopodobnie jedna z kopii oryginalnej genu, która zyskała nowe
funkcje i zmieniła okres aktywności )
- mechanizmy duplikacji fragmentów sekwencji DNA (duplikacje fragmentów genów, duplikacje
genów, duplikacje grup genów)
1.1. Model duplikacji genów poprzez nierówny c/o w obrębie sekwencji powtarzalnych
(el. transpozonowych) między homologicznymi chromosomami na przykładzie
rodziny genów globin
3. Duplikacja egzonów
3.1. Powstawanie nowych genów przez duplikację odcinków genu kodujących domeny,
czyli duplikacja domen –rearanżacje istniejących genów
-często każdy egzon daje konkretną strukturę (alfa / beta-kartka) duplikacja często
skutkuje dodaniem kolejnej domeny w białku, co może być korzystne
3.2. Powstanie duplikacji egzonu w wyniku nierównego c/o w obrębie sekwencji
powtarzalnych
- w przypadku gdy na dwóch chromosomach homologicznych w intronach
między egzonami oraz za egzonami występują identyczne elementy
transpozonowe w mejozie chromosomy mogą ustawić się nieprawidłowo i
chromosomy będą się parować z przesunięciem, w wyniku czego w trakcie
c / o wymianie ulegną nierówne fragmenty (nierówny c /o) w efekcie
fragment, w którym nastąpi ta rekombinacja na jednym chromosomie
pojawi się w sposób zduplikowany, a na drugim będzie go mniej o ten
element. Efektem dla tego genu będzie to, że na jednym chromosomie
homologicznym zyska dodatkowy fragment, o który nastąpiło przesunięcie ,
który został objęty rekombinacją, natomiast na drugim chromosomie brak
będzie tego genu, więc na drugim chromosomie brak będzie tej domeny
tego egzonu. Być może będzie dalej funkcjonował ale w zmieniony sposób
lub straci swoją funkcję, bo produkt białkowy będzie niefunkcjonalny,
natomiast gen, który zyskał dodatkowy egzon wskutek nierównomiernego
c /o może stać się genem, który zyska nowe, lepsze funkcje.
gen składa się z kilku domen strukturalnych, egzonów; na zasadzie podobieństwa tych sekwencji
kodujących stwierdzono, że prawdopodobnie pierwszy egzon, pierwsza domena tego genu pochodzi
z jakiegoś genu dla fibronektyny, genu który miał zdolność do wiązania z fibryną i w efekcie teraz
białku które powstaje ( aktywatora plazminogenu) daje zdolność do wiązania się z fibryną, która jest
w skrzepie, jest to gen, którego produkt reguluje krzepnięcie krwi.
Druga domena pochodzi z innego genu ( naskórkowego czynnika wzrostu), prawdopodobnie teraz w
genie aktywatora plazminogenu stymuluje podziały komórkowe, co jest dla tego genu korzystne bo
ma on regulować krzepnięcie krwi.
Kolejne 2 domeny pochodzą prawdopodobnie jeszcze z innego genu, z genu dla plazminogenu, który
także pomaga wiązać się ze skrzepem fibrynogenu.
W efekcie powstała hybryda - gen dla aktywatora plazminogenu, którego produkt białkowy to
połączenie domen z 3 innych domen genów, co zapewnia produktowi lepsze funkcjonowanie, bo ma
możliwość bardziej efektywnego wiązania się z fibryną w skrzepie, ma zdolność stymulacji podziałów
komórkowych.