BIOKEMIJA USMENI by Nives Kerner, updatea Ivan Škojo(2022-23)

1. Nadph-metabolizam i oksidacijski stres

Nikotinamid adenin dinukleotid fosfat je koenzim koji je u stanici favoriziran u reduciranom
obliku, a u stanicama se koristi za redukcijske biosinteze, redukciju H2O2, citokrom
mooksigenirani sustav, fagocitozu, sintezu NO
Glavni izvor napdh u stanici je put pentoza fosfata, koji je glavni izvor nadph stanicama koje
nemaju mitohondrije ili ih imaju malo(eritrociti, leukcoiti, srž bubrega, mišićne stanice
tijekom intenzivne fizičke aktivnosti, leća,rožnica oka, mrežnica). Koriste ga enzimi kao
naprimjer: NADP+ vezana izocitrat DH, NADH kinaza, malat DH, aldoza reduktaza, 2,4 dienoil-
CoA reduktaza, beta-ketoacil reduktaza
Reakcije biosinteze: redukcija glukoze u sorbitol ili galaktoze u galaktitol, nukleotidi, sinteza
MK, kolesterol, neurotansmiteri…
Redukcija H202: reaktivne kisikove vrste predstavljaju slobodni radikali (molekula sa 1 ili više
nesparenih elektrona u vanjskoj orbitali: superoksidni, hidroksidni radikal) i vodikov peroksid
Oni mogu izazvati oksidacijsko oštećenje lipida, proteina ili DNA (oksidacijski stres)
Kako bi se to spriječilo značajnu ulogu ima GLUTATION- jedan od najvažnijih staničnih
reducensa, tiolni antioksidans. To je tripeptid čija je uloga zaštita membrana od slobodnih
radikala. Osim održavanja željeza u Fe2+ obliku u Hb, održavanja cisteinskih ostataka u Hb u
reduciranom obliku i normalne strukture eritrocitne membrane najbitnije je održavanje
visokog omjera GSH/GSSG u eritrocitima. Eritrociti su jako osjetljivi na oksidacijsko-
redukcijske promjene. Pošto eritrociti nemaju mitohondrije niti jezgru gdje bi se proteini
mogli sintetizirati de novo ne mogu sintetizirati novi glutation, mora se stalno regenerirati.
Glutation u reduciranom obliku GSH pomoću glutation peroksidaze štetni H202 pretvara i
H20 i 02 i pri tome sebe oksidira u neaktivni oblik GSSG tj. Glutation disulfid. Stanica ga
regenerira pomoću glutation reduktaze koja kao koenzim koristi NADPH. ključno mjesto
stvaranja NAPDH je pri pretvorbi G6P u 6-fosfoglukono-delta-lakton gdje sudjeluje enzim
G6PDH. Njezina inaktivnost uzrokuje hemolitičku anemiju. Put pentoza fosfata je najaktivniji
u masnom tkivu, mliječnim žlijezdama i jetri, manje u mišićima.

2. ZASTO NADH DAJE VISE ENERGIJE NEGO FADH2?

NADH ima veci redukcijski potencijal od FADH2.

3. DENATURACIJA JE REVERZIBILAN PROCES, PRIMJER RIBONUKLEAZE

β merkaptoetanol reverzibilno reducira disulfidne veze, a urea(ili gvanidinijev klorid) kida nekovalentne
veze. Lanci koji nemaju unakrsnih veza zauzmu konformaciju nasumicnog klupka. Dijalizom mozemo
ukloniti β merkaptoetanol; reducirana ribonukleaza ce se postepeno reoksidirati uz ureu. Dijalizom
uklonimo i ureu, a reoksidirana ribonukleaza imati ce samo 1% enzimske aktivnosti nativnog proteina. Ako
vodenoj otopini reoksidiranog proteina dodamo tragove β merkaptoetanola koji katalizira pregradnju
disulfidnih parova uspostaviti ce se potpuno aktivna nativna struktura.Kada bismo u isto vrijeme uklonili
oba denaturirajuca sredstva ribonukleaza bi se spontano nabrala u kataliticki aktivan oblik. Znaci da slijed
AK tj.primarna struktura ima sve podatke za nabiranje u tercijarnu strukturu.

4. ARHITEKTURA PROTEINA, CIME SU STRUKTURE STABILIZIRANE

Osnovna gradevna jedinica proteina su AK koje imaju asimetricni α-C-atom na koji su vezani amino sk,
karboksilna skupina, H i R-ogranak. Aminokiseline povezane su peptidnim vezama (α-COO- jedne AK s α-
NH3+ druge AK uz eliminaciju vode te utrosak energije). Ima svojstva djelomicne dvostruke veze, najcesce u
trans konformaciji.
Primarna struktura: slijed AK
Sekundarna struktura: medsobi polozaj ogranaka bliskih AK;
α-uzvojnica – polipeptidna okosnica i R ogranci prema van u uzvojitom rasporedu, vecinom
desne
- Stabilizirana intramolekularnim H-vezama, 4 ostatka dalje linearno
β-nabrana ploca – istegnuti lanac; paralelna i antiparalelna
- Stablizirana H-vezama
Tercijarna struktura: medusobni polozaj ogranaka udaljenih AK
- Stabilizirana hidrofobnim, elektrostatskim i VDW interakcijama, vodikovim i
kovalentnim vezama
Kvarterna struktura: medusobni odnos podjedinica

5. enzimski kompleksi u respiratornom lancu

kompleks I- NADH-Q-oksidoreduktaza sa prostetskim skupinama FMN, Fe-S i uključuje NADH
iQ
kompleks II- sukcinat-Q-reduktaza sa prostetskim skupinama FAD i Fe-S, uključuje sukcinat i
Q
kompleks III- Q-citokrom c oksidoreduktaza sa prostetskim skupinama hem bl, hem bh, hem
c1, Fe-S i uključuje Q i citokrom c
kompleks IV- citokrom c oksidaza sa prostetskim skupinama hem a i hem a3, bakrovi centri A
i B, uključuje citokrom c
slijed elektrona u respiracijskom lancu: NADH predaje na kompleks 1 i pretvara se u NAD+, a
FMN sa K1 prelazi u FMNH2, on dalje predaje na Fe-S centre koji se reduciraju, prenose
elektrone na Q koji iz ubikinona prihvaćanjem elektrona postaje ubikinol (reducirani odlik).
Drugi način ulaska elektrona je preko K2 kada se redukcijom sukcinata u fumarat FAD
pretvara u FADH2 i dalje predaje elektrone na Fe-S centre K2, a oni na Q. nakon što prođe Q-
ciklus, ubikinol predaje elektrone na FE-S cetre K3, oni na citokrom c1, pa zatim na citokrom c
koji služi kao drugi mobilni nosač i ide do citokroma a na K4, zatim idu na bakrove centre, pa
na citokrom a3 i konačno je kisik akceptor elektrona pri čemu se reducira u vodu.

6. MMP-ovi. Način razgradnje izvanstaničnog matriksa i kako se aktiviraju MMPovi i način

njihove regulacije.

MMP su metaloproteinaze matriksa, odnosno proteolitički enzimi ovisni o cinku. Glavna

funkcija im je razgradnja i uklananje molekula izvan staničnog matriksa, ali i nekih drugih
komponetata. To omogućava migraciju stanica, ili modificiranje aktivnosti neke stanice.
Neki mehanizmi su kidanje adhezijskih molekula, oslobađanje faktora rasta sa membrane
ili njihova mobilizacija iz izvanstaničnog matriksa, kidanje receptora s membrane,
degradacija vezujućih faktora faktora rasta pa ih na taj način aktiviraju, degradacija
bazalne membrane, što omogućuje tumoru ulazak u stanicu i inficiranje krvnih žila. To su
većinom izvan stanični proteini, a dijele se na 6 skupina: kolagenaze, želatinaze,
stromelizini, matrilizini, membranski MMP-ovi, ostali MMP-ovi. Zajedničke strukturne
karakteristike svih MMP-ova su: pro-domena (ima cisteinski ostatak koji se poveže se
Zn2+), katalitička domena (ima 3 histidinska ostatka koja su u koordinaciji sa Zn2+). Neki
sadrže jos zglobno područje i hemopeksinske domene. MMP-ovi se sintetiziraju kao pre-
proenzimi čiji se signalni slijed uklanja tijekom translacije i nastaje proMMP. Takvi se
izlučuju iz stanice i aktiviraju različitim proteinazama ili drugim MMP-ovima. Važan korak
u regulaciji aktivacije MMP-a je aktivacija zimogena odnosno pro-MMP-a. to se odvija
 tako da se ukloni prodomena kidanjem veze između SH kraja cisteina i zinka koji je
povezan sa tri His. Inače je koncentracija MMP-ova u tkivima niska, ali se brzo
sintetiziraju i otpuste po potrebi. Glavni način regulacije je na razini transkripcije, ali
može se regulirati i modulacija poluživota mRNA, izlučivanje. Lokalizacija, aktivacija i
inhibicija proteolitičke aktivnosti. Humani alfa2-makroglobulin je glikoprotein u plazmi
koji je opći inhibitor endoopeptidaza, među njima inhibira i MMP-ove. Tkivni inhibotori
MMP-ova su TIMP-ovi. Domena na N-kraju se nabire kao neovisna jedinica i
nekovalentno se veže na aktivno mjesto MMP-ova te tako inhibira MMP.
Imaju 4 porodice TIMP-ova. MMP-ovi potiču širenje tumora degradacijom ISM ako dođe
do neuravnoteženosti aktivnosti TIMPova i MMP.

7. Kontrola ciklusa limunske kiseline i anaplerotske reakcije

Kontrola ciklusa se odvija regulacijom 3 ključna enzima: citrat-sintaze, izocitrat DH i
komplelsa alfa-ketoglutarat DH.
Citrat-sintaza: dostupnost supstrata acetil-CoA i oksaloacetat
Inhibiraju je ATP (alostretički) , NADH i sukcinilCoA, citrat
Izocitrat DH: inhibiraju je produkti- ATP i NADH
Alosterički aktivator ADP
Kompleks alfa-ketoglutarat DH: inhibiraju produkti- NADH i sukcinilCoA i ATP
Aktivira ju Ca2+, nije reglirana fosforilacijom

Općenito je CLK usporen kada ima energije u stanici i važna je opskrba s NAD+ i FAD i iako
kisik ne sudjeluje direktno, može se odvijati samo u aerobnim uvijetima.
ANAPLEROTSKE REAKCIJE: reakcije koje održavaju konstantnu količinu međuprodukata CLK
koji su utrošeni u biosintezi. Izravno povezuju CLK sa metabolizmom UH, AK i masti. Primjeri
anaplerotskih reakcija: pretvorba piruvata u oksaloacetat(sinteza MK), PEP u oksaloacetat,
piruvat u malat, L-metilmalonil CoA u sukcinil CoA(iz propionil CoA iz razgradnja neparnih
MK), razgradnja arginosukcinata u fumarat i arginin(urea ciklus)

8. KOJI ENZIM U CLK IMA MEHANIZAM KAO DEKARBOKSILACIJA PIRUVATA

α-ketoglutarat dehidrogenaza: isti koenzimi i prostetske skupine

9. Razlike između kolagena i elastina i faze sinteze kolagena

KOLAGEN: vlaknasti protein koji čini 30% proteina sisavaca. Vlakna su mu netopljiva u vodi
i otporna prema istezanju. Nalazi se u raznim tkivima, većinski u koži i hrskavicama., krvnim
žilama.Sudjeluje u organizaciji tkiva i ima strukturnu ulogu u zrelom tkivu. Ima ponavljajući
slijed od 3 AK: Gly-Pro-Hyp. Sastoji se od 3 polipeptidna lanca. Specifično ga razgrađuju
kolagenaze. Zreli kolagen nije topljiv u vodi, a nezreli je. Tm ovisi o količini Hyp.
ELASTIN: vlaknasti potein građen od 1 polipeptidnog lanca. Glavni sastojak elastičnih vlakana
koje odlikuje sposobnost da se istegnu za nekoliko vlastitih duljina i zatim vrate u prvobitni
položaj. Uz kolagen se nalazi u stijenkama krvnih žila i ligamentima. Specifično ga razgrađuju
elastinaze. Trećinu AK predstavlja Gly, sadrži puno Pro i nepolarnih alifatskih AK, ali ne sadrži
hidroskilizin i manje hidroksiprolina je pa se ne može glikolizirati. Zreli elastin nije topljiv u
vodi, a nezreli. Sintetizira se iz topljivog tropoelsatina u netopljivi polimer. Nakon izlučivanja
tropoelastina u izvanstanični matriks veže se na EBP i zatim sa glikoproteinskim
mikrovlaknima. Nastaje elastinsko vlakno u kojem se pomoću lizil.oksidaze stvaraju unakrsne
veze. To su aldolne veze između sa lizinska ostatka koja se prvo deaminiraju, zatim povežu u
 LIZINORLEUCIN. Ako se povežu 3 alizina sa 1 lizinskim ostatkom nastaje dezomozin koji se
nalazi samo u elastinu i omogućuje mu istezanje.

Građa i sinteza kolagena: osnovna gradivna jedinica kolagena je tropokolagen koji se sastoji od 3
polipeptidna lanca u heliksnoj strukturi. Tri uzvojnice lijeve ruke čine desni heliks. Zbog velike količine
glicina unutrašnjost uzvojnice je jako zbijena, a stabilizirana je steričkim odbijanjem pirolidinskih
prstena Pro i Hyp te vodikovim vezama među lancima koje su okomite na os štapa. Dodatno je
stabilizirana vodikom vezama koje Hyp tvori s H20 s vanjske strane uzvojnice. Nakon sinteze prolazi
modifikacije kao što su hidroksilacija prolina na C4 i lizina na C5 pomoću enzima prolil/lizil-
hidroksilaza za čiju je aktivnost potrebam Fe2+ i vitamin C i alfaketoglutarat. Hidroksilizin se dalje
može glikozilirati. Tek se onda spajaju u tropokolagen. Termička stabilnost (s time i Tm)
tropokolagenske strukture ovisi o sadržaju iminokiselina, poprečnih vodikovih i WDV interakcija i
hidroksilaciji prolina. Toplinsko djelovanje denaturira uzvojnicu kolagena (kooperativno) i pretvara ju
u želatinu. Sinteza započinje transkpripcijom gena na mRNA za 3 pro-alfa polipeptidna lanca koji se
zatim translatiraju na hrapavom endoplazmatskom retikulumu u preprokolagen. Zatim se sa N kraja
uklanja signalni slijed i dobiva se propeptid. On prolazi proces hidroksilacije na lizinu na C5 i prolinu
na C4 uz enzime lizil/prolil-hidroksilaze (treba Fe2+, vitamin C i alfa-ketoglutarat), a poslije dolazi i do
glikolazacije na hidroksilizinu gdje se dodaje glukoza ili galaktoza. Od takvog propeptida se sastavlja
se trostuka uzvojnica koja je kompaktna u sredini, a na C i N krajevima ima drukčiji slijed AK i
disulfidne veze, odnosno dolazi do stvaranja prokolagena. Odlazi u GA na daljnu obradu i izlučuje se u
izvanstanični matriks. Kolagen peptidaze u matriksu režu C i N krajeve i stvara se tropokolagen.
Tropokolagen se povezuje na specifičan način tako da dolazi do djelomičnih preklapanja 2 lanca što
ostavlja mjesto za djelovanje lizil-oksidaze (metaloprotein, treba Cu2+). Ona na područjima krajeva
Lys stvara kovelntne veze između 2 tropokolagena i time učvršćuje kolagenska vlakna. To mogu biti i
veze unutar istog vlakna tropokolagena. Nastaje aldolna veza između alizina kojima može biti dodan i
histidin. Unakrsne veze su aldolna veza i lizinorleucin. Razgradnja kolagena je bitna zbog
remodeliranja ISM. Kidaju ga kolagenaze koji su metaloproteini i kida se fragmente različitih duljina
na ¼ i ¾ koje dalje stanične proteaze kidaju na određene aminokiseline.

10. Mehanizam petog kompleksa kod oksidacijske fosforilacije.(ATP sintaza)

ATP sintaza se sastoji od F0 i F1 podjedinice. Na F0 podjedinici se nalazi kanal za prijenos
H+ jer sadrži a i c podjedinice. F1 se sastoji od 3alfa, 3 beta, gama, delta i epsilon
podjedinica i ono ima katalitičku aktivnost. Mobilne jedinice su c-prsten, gama i epsilon.
Mehanizam stvaranja ATPa se temelji na protoku H+ kroz c-prsten. Pošto je kon H+ visoka
u međumembranskom prostoru H+ će ulaziti u polukanal a podjedinice sa
međumembranske strane i putovati do mjesta gdje se na c podjedinici nalazi asparaginska
kiselina koja svojim negativnim nabojem privuče pozitivni H+ i postane neutralna odnosno
hidrofobna. Želi se presmjestiti van kanala i pokreće rotaciju cijelog prstena u smjeru
kazaljke na satu dok ne dođe do asparaginske kiseline na sljedećoj c podjedinci i predaje joj
H+. sada se taj H+ nalazi na početku polkanala na a podjedinici koji ide u unutrašnjost
mitohondrija i H+ se otpušta u matriks. Rotacija c-prstena uzrokuje rotaciju gama
podjedinice koja uzrokuje konformacijske promjene u beta podjedinici F1 dijela. Tri beta
podjedinice se nalaze u tri različita stanja. Mogu biti u T stanju kada se odvija sinteza ATP-
a, u L stanju kada su ADP i Pi vezani, ali nisu dovoljno blizu da se sintetizirali, i O stanje kada
se ATP može otpustiti. Uvijek je po 1 beta podjedinica u 1 stanju. Iz L stanja rotacijom
kontra od kazaljke na satu ta podjedinica prelazi u T i zatim u O stanje. ATP se otpusti i
ostane prazno mjesto za dolazak novog ADP i Pi i sintezu nove ATP molekule. Pri rotaciji od
360 stupnjeva pošto postoje 3 beta podjedinice može se sintetizirati 3ATPa. Kapacitet c-
prstena je 10-14 H+ pri jednom okretu što znači da je za sintezu 1ATPa potrebno otp 4H+.
 Zašto neko želi uzimat nitrofenol? Myb jer djeluje kao antifungicid.

11. Put pentoza fosfata, međuprodukti u oksidacijskom putu i čemu služe.

Put pentoza fosfata se odvija u citosolu pri čemu se ATP izravno ne stvara niti troši.
Možemo ga podijeliti na oksidacijsku u kojoj se odvija sinteza NADPH i RIBOZA5P i
neoksidacijsku fazu gdje se odvija međusobna pretvorba šećernih fosfata.
OKSIDACIJSKA FAZA: G6P koja se dobije fosforilacijom glukoze može ići u glikolizu ili ako
stanica ima dovoljno energije u PPP. Ključno regulacijsko mjesto ovog puta je oksidacija
G6P u 6-fosfoglukono-delta-lakton uz enzim G6PDH pri čemu se stvara NADPH. zatim
slijedi hidroliza laktona u 6-fosfofglukonat uz laktonazu i utrošak molekule H20. zadnja
reakcija je nastajanje RIBULOZE5P uz stvaranje još jednog NADPH i enzim 6Pglukonat DH.
Otpušta se CO2. ribuloza 5P se izomerizira u aldehidni oblik RIBOZA5P uz ribulozu5P
izomerazu.
Stehiometrija: G6P+2NADP+H20R5P+2NADPH+2H+C02.
NADPH je iznimno važan za aktivnost glutationa i sve biosinteze.

12. Proteoglikani, građa i funkcija.

Proteoglikani su specijalne strukture koje čine ugljikohodratni dio izvanstaničnog

matriksa. Njihova funkcija je da služe kao lubrikanti zglobova, strukturne komponente
tkiva, povezuju stanice sa izvanstaničnim matriksom i omogućuju kretanje stanica kroz
matriks. Sastoje se od sržnog proteina i kovalentno vezanih, dugih, nerazgranatih lanaca
polisaharida glikozaminoglikana. Preduvjet za klasifikaiju kao PG je da ima sljedove
ponavljajućih disaharida koji su vezani O ili N vezom. GAG se sastoji od amino-šećera (N-
acetilglukozamina) i uronske kiseline (D-glukuronska ili L-iduronska). GAG imaju puno
karboksilnih i sulfatnih skupina na svojim šećernim podjedinicama što im daje negativan
naboj koji privlači pozitivne ione (Na+). Time se povećava osmotski pritisak i privlačenje
molekula H20 pa su jako hidratizirani (UH gelovi). Sinteza proteoglikana se odvija u ER
translacijom sržnog proteina i N-vezanog oligosaharidnog prekursora, zatim se premješta
u GA gdje se N-vezani oligosahardiri modificiraju, a sintetiziraju O-vezani. Dolazi do
sinteze i modifikacije GAG-a. PG se razgrađuju u 3 koraka: Proteaze kataliziraju protelitičku
razgradnju sržnog proteina, otkidaju se pojedinačni lanci glikozaminoglikana koji su bili
vezani za sržni protein, endoglikozidaze kidaju lance glikozaminoglikane na manje jedinice. .
Endoglikozidaze kidaju glikozaminglikan na još manje jedinice. U lizosomima se te
podjedinice nekadašnjeg glikozaminoglikana razgrade do slobodnih šećera i sulfata
(egzoglikozidaze, sulfataze, N-acetiltransferaze/deacetilaze)
PG su uklopljeni u izvanstanični matriks koji nisu fizički povezani sa stanicom: hijalektani od kojih je
najvažniji agrekan(ima jos versikan). On čini kompleks sa hijalurananom preko n kraja proteina.
Proteoglikan koji je fizički vezan za staničnu površinu: sindekan(transmembranski) i glipikan.
Vezanjem na PG se regulira aktivnost proteina (imobilizacija, sterička inaktivacija, pohrana, zaštita od
metaboličke razgradnje, olakšano vezanje za receptore na površini stanice).

13. Beri-beri je nedostatak tiamina, na koje metaboličke procese utječe?

Beri-beri je bolest koja se javlja kao posljedica nedostatka vitamina B1. Tiamin je derivat vit
B1 i manjlom tiamina se javljaju neurološki i kardiovaskularni poremećaji. Tiamin je
prekursor za TPP koji služi kao prostetska skupina piruvat dekarboksilaza, piruvat DH, alfa-
ketoglutarat DH, transketolazu. To znači da će manjkom tiamina biti oštećeni anaerobna
 glikoliza (piruvat u acetaldehid), CLK (piruvat u acetilCoA i alfa-ketoglutarat u sukcinilCoA) i
neoksidacijska faza PPP (reakcije prijenosa 2C).

14. PRIJENOS ACETILNE SKUPINE PREKO MITOHONDRIJSKE MEMBRANE

Citrat je prijenosni oblik acetilne skupine preko membrane mitohondrija. U citoplazmi se citrat razgraduje i
ponovno nastaje AcCoA. Citrat je izvor AcCoA za citosolnu sintezu MK te aktivira kljucan enzim u sintezi:
AcCoA karboksilazu. Citrat inhibira kljucan enzim u glikolizi: FFK1.

15. Koja svojstva Hb određuju transport kisika i CO2?(pH, pCO2, bohrov efekt, 2,3-bpg), objasnit
grafove, kooperativnost, kako se šta veže na Hb.
Kisik se za Hb veže na 6. koordinativno mjesto i takav oblik se naziva oksihemoglobin.
Vezanje prve molekule potiče vezanje druge molekule i tako dalje…to ukazuje na
kooperativnost i krivulja zasićenosti hemoglobina kisikom u ovisnosti i parcijalnom tlaku
kisika je sigmoidalna. Vezanjem kisika Hb se iz tense state prebacuje u relax state. Zbog
kooperativnosti procesa dolazi do prijenosa promjene konfomacije između podjedinica, ne
samo na 1 dimeru. Konformacija se događa jer se vezanjem kisika kidaju elektrostatske
veze koje drže deoksiHb u napetom stanju. T oblik ima 300x manji afinitet za kisik od R
oblika. Kooperativnost procesa vrijedi i za otpuštanje kisika. Kooperativnim vezanjem
kisikom se povećava prijenos kisika. Na vezanje kisika utječe nekoliko faktora.
a) pH i koncentracija H+: snižen pH, odnosno povećana koncentracija H+ označava da se
tijelo nalazi u stanju acidoze i da mora doći do povećane isporuke kisika. Zato se
smanjuje afinitet za kisik i dolazi do lakše isporuke. Krivulja se pomiče udesno
hemoglobin djeluje kao pufer jer prima višak H+ na sebe (na His, Cys i terminalnu
amino-skupinu) što uzrokuje prelazak u T stanje (koje ima manji afinitet za kisik).
Ukrućivanje je posljedica protoniranja histidina koji stvara H vezu a Asp u beta lancu.
b) CO2: veže se na terminalne amino skupine Hb, što smanjuje afinitet Hb za kisik(nastaje
karbaminohemoglobin). Može se vezati za deoksiHb velikim, ili oksiHb malim
afinitetom. CO2 se prenosi u obliku karbamata. U toj pretvorbi se oslobodi H+ koji se
opet pomoću Hb puferski uklanja. Krivulja se pomiče udesno.
c) BPG: veže se za beta podjedinice deoksiHb i time ukrućuje njegovu strukturu, dolazi do
smanjenja afiniteta za kisik. Jako je negativan i veže se za pozitivna mjesta kao npr. Lys,
Hys i NH4+. fetalni hemoglobin nema beta lance pa slabije veže 2,3-BPG. Takoder
pomiče krivulju udesno.
Utjecaj BPG na pH: ako ima malo 2,3-BPG u eritrocitima dolazi do acidoze, ako ima
puno javlja se alkaloza.
d) Fetalni Hb ima visok afinitet za O2 i dolazi do prijenosa O2 s majke na dijete. Krivulja se
pomiče ulijevo
e) Hb ima veći afinitet za CO nego O2 što znači jače veže CO. On se veže ukoso zbog
steričkih smetnji distalnog His. kaboksiHb ne može otpustiti O2 tkivima, krivulja se
pomiče ulijevo.

Veći afinitiet je na krivulji iskazan tako da je pri istom zasićenju parcijalni tlak kisika veći.

16. Kako smanjena aktivnost piruvat kinaze i heksokinaze djeluju na afinitet hemoglobina za
kisik (2,3-bpg ključan)?
Smanjena aktivnost piruvat kinaze onemogućuje posljednji korak glikolize (pretvorba PEP-a
u piruvat). Dolazi do gomilanja međuprodukata do tog koraka, među njima je i 2,3_BPG.
 Povećanja konc 2,3-BPG smanjuje afinitet Hb za kisik. Smanjena aktivnost heksokinaze
smanjuje mogućnost zadržavanje glukoze u stanici i procesa glikolize. Smanjuju se
međuprodukti i među njima je 2,3-BPG, pa se time povećava afinitet za O2.

17. Struktura ATP-a i objasnit veze i reakcije.

Adenozin trifosfat je energijom bogati spoj čija energija se oslobađa hidrolizom fosfata.
Struktura se sastoji od purinske baze adenina, šećera riboze i tri fosfata. Prvi fosfat koji je
najbliži ribozi je alfa fosfat, on je vezan esterskom vezom i hidroliza te veze oslobađa
najmanje energije. Onda idu 2 fosfata, beta i gama vezani anhidridnim vezama. Hidroliza
krajnjeg fosfata ima najveću energiju. Hidroliza 1 fosfatne skupine oslobađa anorganski
ortofosfat, a dvije anorganski pirofosfat. ATP je supstrat u reakcijama prijenosa signala
djelovanjem kinaza koje fosforiliraju proteine i lipide. Ta veza je bogata energijom zato što
je zbog jako negativnog naboja olakšana hidroliza, dolazi do povećanja entropije, zbog
jakog elektrostatskog odbijanja molekula je stabilnija nakon hidrolize. Reakcije u kojim ATP
sudjeluje:
a) Hidroksilna skupina alkohola napada gamaP, nastaje ester fosfatne kiseline
b) Hidroksilna sk napada betaP, nastaje ester difosfatne kiseline
c) Hidroksilna skupina alkohola napada alfaP, nastaje diester fosfatne kis i oslobađa se
pirofosfat (PPi)
d) Karboksilna skupina napada alfaP i nastaje miješani anhidrih karboksilne kiseline i
adenilna kiselina
e) S iz metionina napada C5 adenozilnog dijela, nastaje S-adenozil-metionin i oslobađa se
PPi i Pi

18. Struktura hema

Hemoglobin se sastoji od 4 polipeptidna lanca. Svaki lanac nosi po jednu molekulu hema
što znači da može vezati jedan kisik. Cijeli Hb znači može vezati 4 molekule O2. podvrste
hemoglobina su HbA1 ili adultni koji se sastoji od 2alfa2beta, HbA2-2alfa2delta, fetalni Hb-
2alfa-2gama. Mjesto i način sinteze različitih lanaca je različit. Prije rođenja se u
žumanjčanoj vreći, potom u jetri i slezeni stvara najviše alfa i gama podjedinica. Sinteza
beta podjedinica je umjerena. Nakon rođenja razina sinteze alfa lanaca ostaje ista, beta se
povećava, gama smanjuje, a počinje sinteza delta lanaca koja je poprilično niska. Sinteza se
poslije rođenja odvija u koštanoj srži. Hemoglobin nalazimo isključivo u eritrocitima i služe
za prijenos O2 iz pluća do metabolički aktivnih tkiva. Hb ima kvarternu strukturu.
Hem se sastoji od tetrapirolnog prstena povezanog metenskim mostovima, sa 4metilnom,
2vinilnom i 2pripionatnom skupinom. Jedina razlika hema i protoporfirina IX je atom Fe
koji je vezan za proksimalni His (F8) na 5. koordinacijskom mjestu(njega ima hem). Vezno
mjesto za kisik je na suprotnoj stani za distalni His (E7). ovisno o zaouzetosti 6. mjesta
razlikujemo oksiHb, deoksiHb i metHb. Osim u Hb i Mb hem se nalazi i u kompleksima
respiracijskog lanca: Q-citokrom c oksidoreduktaza ima hem bl i bh i hem c1, a citokrom c
oksidaza ima hem a i a3.

19. Nabiranje proteina in vivo i in vitro i hidrofobni efekt.(pitat da se objasni malo)

• Nabiranje proteina je definirano zakonima termodinamike. Polipeptidni lanac se u

vodenoj otopini nabire spontano na način da su u njegovoj unutrašnjosti gusto složeni
 isključivo nepolarni ogranci, a polarni i nabijeni ogranci su na površini. Tako se dobije
termodinamički stabliniji sustav i dođe do smanjenja entropije. Nabiranje je kooperativan
proces i osigurava da se ne nakupljaju djelomično nabrane strukture. Nabiranje počinje
nakon sinteze. Proteini se SPORIJE nabiru (renatururaju) in vitro nego in vivo jer u
nabiranju sudjeluju razni proteinski pomagači. Nabiranje se odvija stvaranjem
interdisulfidnih veza kojih nema u nativnim proteinima, onda se te veze pomoću proteina
disulfid izomeraze premjeste na odgovarajuće mjesto. Reducirani oblik proteina je
aktivan. On se veže za ne nativnu S-S vezu, nastane miješani disulfid sa slobodnom SH
skupinom koja će narušiti neku drugu S-S vezu i tako stvoriti nativnu vezu. Oslobađa se
slijedeća SH skupina proteina i tako u krug dok PDI ne napusti protein u regeneriranom
reduciranom obliku. Šaperoni su također mali proteini koji pomažu u namatanju
proteina. In vivo pomaže protein peptidil-proli-izomeraza. Još jedni od pomagača su
Hsp70 (veže se za polipeptidni lanac interakcijom s hidrofobnim aminokiselinama i sprječava
prerano ili nepravilno strukturiranje protein
Hidrofobni efekt je pojava da se nepolarne molekule u vodi agregiraju tako da oslobađaju molekule
vode sa svoje površine. Smanjenje ukupne površine nepolarne molekule uzrokuje povećanje
entropije H20 (zbog većeg broja slobodnih molekula).

20. Usporedba proteoglikana i glikoproteina(pitat jel ima jos kaj)

Glikoproteini imaju UH(1-60%) u obliku kratkih, razgranatih kovalentno vezanih
oligosaharidnih lanaca, imaju različite šećerne komponente, više proteina. PG (UH je vise
od 95%) ima duge, nerazgranati,polisaharidni lanci GAG, negativno su nabijeni.

21. 4 mogućnosti u putu pentoza fosfata s obzirom na potrebe organizma

a) Potrebno je jednako NADPH i R5P: prevladavaju reakcije oksidacijskog ogranka PPP
gdje iz G6P nastaju R5P i 2NADPH.
b) Potrebno više R5P od NAPDH: glikolizom se većina G6P se prevede u F6P i G3P.
Odvijaju se neoksidacijske reakcije PPP, ali obrnutim putem tako da se iz F6P i G3P
dobije R5P.
c) Kada treba više NADPH od R5P: prvo se oksidacijskim reakcijama stvore 2 NAPDH i
R5P koja se prevodi u F6P i G3P uz transaldolazu i transketolazu. Sva nastala riboza 5
fosfat se pretvara u frukotozu 6 fosfat. Zatim se GNG stvara iz F6P i G3P G6P.
d) Kada treba NADPH i ATP: iz oksidacijskih reakcija se stvore 2NADPH. iz R5P se
neoksidacijskim reakcijama stvore F6P i G3P i oni se uključuju u reakcije glikolize gdje
usporedno nastaju ATP i NADPH (G3P se pretvara u piruvat).

22. Aerobna i anaerobna glikoliza, regulacija.

Osnovna uloga glikolize u organizmu je opskrba energijom i međuproduktima za različite
biosinteze.
Aerobna glikoliza se odvija u pristunosti kisika i iz molekule glukoze se dobije 2 mol
piruvata, 2 NADH i 2ATP-a. pošto se troši NAD+ on se mora regenerirati. Jedan od načina
regeneracije je anaerobna glikoliza koja se odvija bez prisustva kisika ili u tkivima u kojima
nema mitohondrija. To su naprimjer mitohondriji, oko, srž bubrega…također i mišićne
stanice tijekom inteznivne aktivnosti kada je potreba za energijom veća od dostave kisika.
U anaerobnoj glikolizi se dobija ili etanol preko acetalaledhida, ili laktat.
Regulacija glikolize: 3 ključna enzima koja kataliziraju ireverzibilne reakcije u glukozi
 a) Heksokinaza: inhibirana je produktom reakcije G6P, a njezin izoenzim koji se nalazi u
jetri GK ima puno manji afinitet za glukozu i nije inhibiran konc G6P. on je reguliran
pomoću regulacijskog proteina GK. Aktivnost GK se pojačava povećanim konc Glc i F1P,
a inhibira ju mala konc F6P. povećanjem konc Glc u krvi povisi se razina inzulina u krvi
što uzrokuje da se pojačava transkipcija gena za GK i količina enzima u krvi što dovodi
do jačeg pretvaranja Glc u G6P i smanjenja Glc u krvi što znači da je to inducibilan
enzim.
b) Fosfo-frutokinaza 1: alosterički je regulirana aktivatorima: AMP, F-2,6-BP koji
označavaju nisko energetsko stanje, a inhibiranju je ATP, citrat, H+, odnosno aciodoza
koja nastaje kada se stvara previše laktata. Najbitniji regulator je ATP koji smanjuje
afinitet enzima za F-1,6-BP (sigmoidalna krivulja). Ostali efektori pojačavaju ili koče
inhibirajući efekt ATP-a. F-2,6-BP ima izravan učinak tako da sigmoidalnu krivulju
pretvara u hiperboličnu i neizravni tako da smanjuje inhibicijsko djelovanje ATP-a. FFK1
ima različito regulacijsko i aktivno mjesto pa ATP iako je potreban za sinteu F-2,6-BP
može biti alosterički inhibitor jer se veže na regulacijsko mjesto enzima. ako je FF1
inhibirana onda je i HK inhibirana jer raste konc F6P, s time i G6P. izoenzim FFK2 svojim
djelovanjem daje produkt F-2,6-BP.
c) Piruvat kinaza: alosterički je aktiviran F-1,6-BP, a inhibiran ATPom, alaninom i
acetilCoA. Kovelntno je reguliran fosforilacijom. Postoje 2 izoenzima, L tip u jetri i M tip
u mišićima. Samo je L tip podložan fosforilaciji koja ga inaktivira. Fosforilacija se odvija
kada je razina glukoze u krvi niska, on se time inaktivira i omogućuje da druga tkiva
prvo dobiju Glc. Reguliran je na hormonskoj razini (inducibilan) jer se povećanjem Glc u
krvi poveća razina inzulina.
Hipoksija je stanje u kojem je pojačana sinteza sva tri enzima.

23. Prijenos NADH kroz mitohondrijsku membranu.

Membrana mitohondrija je nepropusna za NADH i NAD+, a pošto se NAD+ koji se troši u
glikolizi mora regenerirati postoje 2 načina koja to omogućuju. Osnovna ideja je da se
prenesu reducirajući ekvivalenti pomoću drugih molekula iz citosola u matriks.
a) U skeletnim mišićima se koristi G3P prijenosni sustav. Kada se NADH nađe u citoplazmi
izoenzim sa te strane, citosolna G3P DH pomoću NADH DHAP reducira u G3P
prebacujući 2H+ sa NADH koji postaje NAD+. G3P može proći membranu mitohondija i
ulazi u matriks. Tamo ga drugi izoenzim, mitohondrijska G3P DH oksidira natrag u
DHAP, a 2H+ predaje na FAD koji postaje FADH2. tok protona je dalje na ubikinon koji
postaje ubikinol i dalje na K3 u respiracijskom lancu. Iz tog prijenosa se ispumpa 6H+
što je ekvivalentno 1,5 ATP-a.
b) U srcu i jetri imamo aspartat-malat prijenosni sustav. Prijenos započinje tako da se
pomoću NADH iz cioplazme oksaloacetat koji ne može prolaziti kroz membranu
mitohondrija reducira u malat uz izoenzim citosolna malat DH. 2H+ iz NADH su sada na
malatu i on prolazi kroz membranu i ulazi u matriks uz kontrasport alfa-ketoglutarata
koji izlazi u citosol. Malat se u matriksu opet oksidira u oksaloacetat uz mitohondrijsku
malat DH i 2H+ se predaje na NAD+ pri čemu nastaje NADH u matriksu. Oksaloacetat
kako bi prošao kroz membranu se mora pretvoriti u aspartat, a to se odvija uz
mitohondrijsku aspartat-aminotranferazu koja prebacuje amino skupinu sa glutamata
na oksaloacetat. Deaminirani glutamat je sada alfa-ketoglutarat. Aspartat se vraća u
citosol antiportom sa glutamatom i kada se nađe u citosolu uz citosolnu aspartat-
aminotransferazu predaje amino skupinu a alfta-ketoglutarat koji postaje glutamat, a
on se deaminira u oksaloacetat i spreman je za sljedeći krug. Kako se NADH stvoren u
 mitohondriju prenose na K1 i dalje u respiracijskom lancu dobije se 10H+ što je
ekvivalentno 2.5 ATPa.
24. Usporedba glukokinaze u jetri i heksokinaze u mozgu.
To su izoenzimi koji služe za fosforilaciju glukoze i na taj način ju zadržavaju u stanici. Pošto
mozak koristi glukozu kao primarni izvor energije heksokinaza ima nizak Km za glukozu i
jako visok afinitet za glukozu, ali i druge heksoze. S druge strane glukokinaza u jetri je
sprecifična za glukozu i ima puno veći Km za nju, što znači da ju veže manjim afinitetom.
Kada je niska razina glukoze u krvi ona će prije otići u mozak, tj na heksokinazu, tek kada su
dovoljne količine će glukokinaza preuzeti dio glukoze i unijeti ju u jetru. Heksokinaza je
inhibirana visokim koncentracijama G6P, odnosno produktom reakcije, a na glukokinazu ne
utječe G6P nego visoka konc Glc koja ju aktivira kao znak da su se ostala tkiva podmirila i
jetra može uzeti Glc sebi. HK ima hiperpobličnu, a GK ima sigmoidalnu krivulju. GK je
inducibilan enzim čija je transkripcija gena regulirana koncentracijom inzulina u krvi. GK
aktiviraju visoka konc glukoze i fruktoza 1 fosfat, a inhibiraju fruktoza 6 fosfat.

25. ENERGETSKE RAZLIKE GLUKONEOGENEZE I GLIKOLIZE

Glikolizom nastaju 4ATP (PG kinaza, piruvat kinaza), 2 se trose (heksokinaza, FFK1) = +2ATP
Glukoneogenezom se trose 4ATP (piruvat karboksilaza,PG kinaza), 2 GTP(PEP karboksikinaza)=-6ATP

26. Laktat koji nastaje u mišićima se u jetri pretvara u glukozu. Je li to dobro?

Iz mišića prelazi u krv i prenosi se u jetru. Tamo se oksidira u piruvat uz laktat DH i GNG
ponovno pretvara u Glc. Tu glukozu jetra otpušta u krv i preuzimaju ju mišići kako bi
koristili kao izvor energije. Taj proces se naziva Corijev ciklus i jako je koristan jer se dobije
više nego je uloženo.

27. Sudbina laktata.

Laktat je krajnji produkt anaeorbne glikolize. Primarno se stvara u eritorcitima i tkivima u
kojima je brzina glikoliza veća od brzine CLK i respiracijskog lanca. Bitno je da postoji i
alternativan put stvaranja energije kada ponestane O2 (hipoksija) jer se NAD+ mora
nekako regenerirati. On dalje može ići različitim putevima. Iz mišića i eritrocita se otpušta u
krv i ulazi u jetrucorijev ciklus. Drugi put je ulazak u srčane mišiće koji uvijek imaju
dovoljno kisika pa se u njima nikada ne odvija anaerobna glikoliza. Taj laktat pretvore u
piruvat i zatim dalje CLK i respiracijski lanac što oslobađa energiju.

28. Glikogen sinteza razgradnja i regulacija.

Sinteza: Glikogen služi kao spremište glukoze u jetri ili mišićima. Kada glukoza uđe u stanicu
bude fosforilirana na C6. pomoću enzima fosfoglukomutaze bude pretvorena u G1P, ali je
energija esterske veze premala da bi išla i daljnje reakcije. Mora se aktivirati pomoću UTPa.
Uz enzim UDP-glukoza pirofosforilaza se sa UTPa prebacuje uridinmonofosfat i stvara se
UDP-glukoza koja sada ima visoku energiju esterske veze. Pri tome se oslobađa PPi i upravo
njegova hidroliza je ono što preteže ravnotežu u smjeru stvaranja UDP-glukoze. Hidrolizira se
pomoću anorganske pirofosfataze. Za sintezu glikogena je potrebna klica koju stvara
glikogenin jer ima svojstvo samoglukozilacije.
UDP-glukoza donira glukozu koja se veže za glikogenin. Dodana glukoza se na reducirajućem
kraju svojim C1 atomom povezuje s OH skupinom tirozinskog ostatka u svakoj od dvije
podjedinice glikogenina (C1-O Tyr). Dalje se iduća glukoza povezuje preko svog C1 atoma na
reducirajućem kraju s C4 atomom na nereducirajućem kraju prvog glukoznog ostatka koji je
povezan za glikogenin . Na taj način se formira oligosaharidni lanac s 8-10 glukoznih ostataka
povezanih α-1,4-vezom u linearni lanac koji predstavlja supstrat za enzim glikogen-sintazu (to je
klica!) .Tek nakon formiranja klice, tj. polisaharidnog lanca od barem 8 glukoznih ostataka koji
predstavlja supstrat za glikogen-sintazu, dolazi do reakcije koju katalizira glikogen-sintaza, a radi
se upravo o prijenosu glukoze s UDP-glukoze na tu klicu (na nereducirajući kraj) uz stvaranje α-
1,4-veze čime se glikogenski linearni lanac produžuje za jedan glukozni ostatak.
premješta se skupina od 6-8 glukoznih ostataka koja mora sadržavati nereducirajući kraj i mora
potjecati od glikogenskog linearnog lanca dugog bar 11 glukoznih ostataka . skupina od 6-8
glukoznih ostataka se premješta na drugi linearni lanac uz stvaranje α-1,6-veze čime nastaje
novo mjesto grananja. Novonastalo mjesto grananja mora biti bar 4 glukozna ostatka udaljeno
od nekog drugog mjesta grananja (između 2 mjesta grananja trebaju biti 3 glukozna ostatka.
Kako bi regenerirali UTP koji je potreban za aktivaciju glukoze koristimo ATP i nastali UDP uz enzim
nukleozid difosfat kinazu.

Razgradnja: enzim glikogenska fosforilaza katalizira odstranjivanje pojedinih molekula

glukoza sa nereducirajućeg kraja lanca koristeći ortofosfat. Kida se veza C1-O i oslobađa se
G1P. tu je prednost fosforilitičkog kidanja jer se ne troši ATP za zadržavanje Glc u stanici.
Pošto ovaj enzim ima mogućnost kidanja samo alfa 1,4 veze, mora postojati jos jedan enzim.
On je bifukcionalan što znači da ima dva aktivna mjesta. Bočni ogranci se kidaju na način da
nakon što preostanu 3 glukozna ogranka prije α-1,6-veze (prije mjesta grananja) koja se nalaze
na nereducirajućem kraju jednog linearnog lanca glikogena se prenose na nereducirajući kraj
drugog linearnog lanca glikogena i povezuju α-1,4-vezom. Uvijek se prenose glukozni ostatci s
nekadašnjeg kraćeg linearnog lanca na duži lanac(SRŽ).Nakon prijenosa, na tom kraćem
linearnom lancu ostane 1 glukozni ostatak koji je povezan α-1,6-vezom s glukoznim ostatkom
dužeg, sada produženog linearnog lanca .Potom se uključuje glukozidazna aktivnost koja kida
alfa 1,6 vezu, ali pošto je to hidrolitičko kidanje mora se utrošiti ATP za fosforilizaciju Glc uz
HK. Sada stvoreni linearni polimer glikogenska fosforilaza opet može kidati sve dok ne dođe
do mjesta grananja.
Regulacija: alosterička regulacija glikogenske fosforilaze. Imamo jetrenu koja nije osjetljiva na konc
AMP, ATP ili G6P, ali ju aktivira visoka konc Glc. Mišićna je osjetljiva na konc AMP koji je aktivator, a
ATP i G6P su inhibitori. Mišićna je b i obično u T stanju, jetrena a u R stanju. Kada je glikogen
fosforilaza fosforilirana, onda je aktivna. Fosforilaciju obavlja fosforilazna kinaza tako da zamijeni OH
sk na Ser sa P skupinom. I sama fosforilazna kinaza se aktivira fosforilacijom alfa i beta podjedinica, ali
i vezanjem Ca2+ na delta podjedinicu (to obavlja protein kinaza A). Glikogenska sintaza je alosterički
regulirana samo G6P, koji je aktivator za fosforilirani b oblik. Drugi način regulacije je fosforilacijom
što ju inaktivira. Fosforilaciju obavlja PK ili kinaza glikogenske sintaze. Kad je efektor inzulin, on se
veze na receptor na membrani što uzrokuje autofosforilaciju IRSa. On je sada aktivan i potiče protein
kinazu da fosforilira kinazu glikogenske sintaze. Fosforiliranjem ona postane inaktivna i ne fosforilira
glikogensku sintazu. Pošto je glikogenska sintaza još uvijek u neaktivnom obliku treba na PP1
(proteinska fosfataza 1) koja ce defosforilirati glikogensku sintazu i aktivirati ju. To se odvija u
slučajevima kada su visoke koncentracije Glc u krvi, poveća se konc inzulina i sintetizira se glikogen. U
slučajevima kada su niske koncentracije glukoze u krvi hormoni glukagon (jetra) i adrenalin (mišići)
pokreću kaskadne reakcije vezanjem za svoje receptore na stanici. Vezanje hormona izaziva
konformacijske promjene koje se odražavaju na alfa podjedinicu G-proteina koja na sebe ima vezan
GDP. Disocira od beta i alfa podjedinici i GDP se mijenja sa GTP. Alfa i GTP na njoj se povezuju sa
 adenilat-ciklazom koja katalizira pretvorbu ATPa u cAMP koji služi kao drugi glasnik u stanici.
Oslobode se 2 otrofosfata. Ova reakcija se može i poništiti odnosno isključiti signal cAMPa uz
fosfodiesterazu koja hidrolizira specifičnu foafodiestersku vezu i prevodi cAMP u AMP. Kako bi se G-
protein regeneriorao dolazi do hidrolize GTPa sa alfa podjedinice u GDP i ona se vraća na beta i gama
podjedinicu na G-protein. cAMP se sada veže na regulacijske podjedinice protein kinaze što uzrokuje
disocijaciju od katalitičkih podjedinica i aktivaciju. Protein kinaza ima jako puno učinaka. Prvo
fosforilira fosforilaznu kinazu i tako ju aktivira da ona može fosforiliriati glikogensku fosforilazu i
aktivirati nju i u konačnici izazvati cijepanje glikogena. Drugi učinak je inhibicija proteinske fosfataze 1
koja bi aktivirala glikogensku sintazu. Proteinska kinaza se hvata za regulatornu podjedinicu i urokuje
disocijaciju PP1 koja je katalitička podjedinica .od nje koja je tada manje aktivna. Zatim fosforilacijom
inhibitora za PP1 ga aktivira i on se veže na PP1 i do kraja ju inaktivira.

Glikogen je kao spremište energije jako efektivan zbog mogućnosti fosforolitičkog kidanja
glukoze pri čemu se ne mora trošiti ATP da ju se zadrži u stanici. Uspješnost skladištenja je
97% zbog toga što se ATP troši samo na mjestima grananja, a to je na svakih 10 mol Glc.
Ako iz jedne Glc dobijemo 36 ATPa, a utrošak je 1/10 ATPa po glukozi.

29. KOENZIMI OKSIDOREDUKCIJSKIH REAKCIJA, KOJI PRIPADAJU KATABOLICKIM, KOJI

ANABOLICKIM
NAD+ je prenositelj elektrona u oksidacijskim reakcijama, reducirani oblik nosaca je NADH. NADH se
formira glikolizom (2ATP), dekarboksilacijom piruvata (3ATP) i u CLK (3ATP). Oksidira se u lancu
prijenosa elektrona, dolazi do protonskog gradijenta H+ iona koji se koristi za sintezu ATP-a.
NADPH je prenositelj elektrona tijekom reduktivnih biosintetskih procesa
FAD je prenositelj elektrona tijekom oksidacije molekula hrane. FADH2 stvara se direktno na
respiratornom lancu za vrijeme CLK.
Reć da su kataboličke reakcije s NAD+ i FAD, a anaboličke s NADPH

30. METABOLIZAM PIRUVATA KOD COVJEKA

Oksidacijska dekarboksilacija piruvata i CLK
Oksidacijskom dekarboksilacijom piruvata C-atomi iz glukoze usmjeravaju se prema oksidaciji do CO2 u CLK i
ugradnji u lipide. Kompleks piruvat dehidrogenaze kazalizira nastajanje AcCoA (akt. acetilna skupina koja
omogucuje oksidaciju C do CO2).
Kompleks piruvat-dehidrogenaze (PDH) u matriksu mitohondrija cine tri enzima:
 Piruvat dehidrogenaza (E1) – oksidacijska dekarboksilacija piruvata, TPP je prostetska skupina
 Dihidrolipoil-transacetilaza (E2) – oksidacija i prijenos hidroksietilne skupine, lipoamid
 Dihidrolipoil-dehidrogenaza (E3) – regeneracija lipoamida, FAD je prosetska skupina

Može se i reducirati u acetaldehid i onda u glicerol ili pretvorit u laktat u anaerobnoj glikolizi. Može se
pretvorit u oksaloacetat za GNG.

31. GLUTATION - nacrtati

Glutation je jedan od najvaznijih stanicnih reducensa – tiolni antioksidans.
Slobodni radikal – molekula ili atom sa 1 ili vise nesparenih elektrona u vanjskoj orbitali.
Pri redukciji O2 neizbjezno nastaju male kolicine superoksidnog iona O2- i H2O2.
Superoksid, H2O2 i molekulske vrste koje iz njih nastaju (hidroksilni radikal HO-) nazivaju se reaktivnim
kisikovim vrstama, ROS. Mogu izazvati ostecenje lipida, proteina ili DNA (oksidacijski stres). Glutation stiti
eritrocite od ostecenja izazvanih oksidacijom. Kruzi izmedu reduciranog tiolnog oblika (GSH) i oksidiranog
oblika (GSSG). Reducirani glutation reducira H2O2 u H2O pomocu glutation peroksidaze (Se u aktivnom
mjestu) pri cemu se oksidira u GSSG. Glutation reduktaza reducira GSSG pri cemu je NADPH izvor elektrona.
2O2- +2H+ SUPEROKSID
↔
DISMUTAZA O2 + H2O2

H2O2 KATALAZA
→
O2 + H2O

H2O2 GLUTATION PEROKSIDAZA

→
H2O

Funkcije u eritrocitima: odrzavanje Cys ostataka u Hb i dr.proteinima u reduciranom stanju, odrzavanje

zeljeza u Fe2+ obliku u Hb, odrzavanje normalne strukture eritrocitne membrane, visok omjer GSH/GSSG u
eritrocitima.

32. Metabolizam galaktoze i kako dolazi do katarakte?

Galaktoza je epimer glukoze na C4 atomu koja je prisutna u glikoproteinima i glikolipidima.
Glavni izvor galaktoze iz hrane je disaharid laktoza odnosno mliječni šećer. Enzim laktaza
katalizira hidrolizu laktoze na glukozu i galaktozu. Manjak enzima laktaze se manifestira
nepodnošenjem mlijeka. galaktoza da bi se zadržala u stanici mora se fosforilizirati a to
katalizira enzim galaktokinaza. fosforilira se C1. Uz enzim galaktoza-1-fosfat uridil
transferaza galaktoza-1-fosfat prelazi u glukozu-1-fosfat, a UDP-glukoza postaje UDP-
galaktoza. Dođe do zamjene šećera na UDPu. Zatim se dobivena UDP-galaktoza epimerizira
u oks/red reakciji na C4 pomoću enzima UDP-galaktoza epimeraza u UDP-glukozu te je
ona spremna za sljedeći ciklus. Iz dobivene glukoza-1-fosfata se lako dobije glukoza-6-
fosfat uz enzim fosfoglukomutazu i na taj način se galaktoza pretvorena u glukozu dalje
uključuje u njezin metabolizam (ulazno mjesto je G6P). u metabolizmu galaktoze postoje
dvije bolesti uzrokovane deficitom enzima. U obje bolesti višak galaktoze bude reduciran u
galaktitol čije nakupljanje uzrokuje kataraktu. Prva je galaktozemija uzrokovana deficitom
enzima galaktokinaze. Galaktoza se nakuplja u krvi i tkivima, a u leći oka se reducira u
galaktitol uz aldoza-reduktazu koji ne može izaći iz stanice(jer je polarna). Osmotski učinak
šećernog alkohola uzrokuje nastanak katarakte. Druga vrsta je klasična galaktozemija
uzrokovana deficitom galaktoza-1-fosfat-uridil-transferaze. Uz galaktozu, nakuplja se i
galaktoza-1-fosfat. Također se reduciraju u galaktitol čije nakupljanje uzrokuje kataraktu.
Uz kataraktu ova vrsta galaktozemije uzrokuje i mentalne retardacije i cirozu jetre zbog
nakupljanja Gal-1-P u živčanom tkivu i stanicama jetre.

33. Glavni izvor E spermija, reakcija nastajanja fruktoze, u kojim još tkivima imamo
metabolizam fruktoze i razlike?
Fruktoza se u organizam unosi kao monosaharid ili u obliku disaharida saharoze kojeg
enzim saharaza cijepa na glukozu i fruktozu. U mišićima i masnom tkivu se pomoću
heksokinaze pretvara u fruktozu-6-P i dalje uključuje u metabolizam glukoze. U jetri i
bubrezima fruktoza koja uđe u stanicu se fosforilira u F1P pomoću fruktokinaze koji ima
visoki afinitet za fruktozu. Zatim se uz enzim fruktoza-1-fosfat aldolazu B cijepa na DHAP i
gliceraldehid koji se trioza kinazom fosforilira u G3P. zatim G3P i DHAP idu u glikolizu. Ovim
načinom preko frukotza-1-P aldolaze B i trioza kinaze se zaobilazi reakcija koja uključuje
FFK1, a pošto je to regulatorni enzim preskakajne ovog koraka ubrzava reakciju.
Gliceraldehid nastao u jetri se ne mora pretvoriti u G3P. može se i reducirati u glicerol uz
alkoholnu DH ili oksidirati u glicerat uz aldehid DH.
Bolesti u metabolizmu fruktoze: ako je prekomjerna brzina razgradnje fruktoze jer nema
regulatornog enzima FFK1 razvija se acidoza. Deficit aldolaze B označava nepodnošljivost
 prema fruktozi. Zbog povećanja F1P se aktivira GK u jetri i pojačana je glikoliza koja razvija
acidozu i koja troši Pi i dolazi do poremećaja u metabolizmu ATPa (smanji se konc). Ako je
deficit fruktokinaze javlja se esencijalna fruktozorija jer fruktozu nije moguće zadržati u
stanici.
Glavni izvor energije za spermije je fruktoza, ona nastaje iz glukoze u sjemenim
mjehurićima. Ali na membrani spermija se nalazi GLUT5 koji je prvenstveno prijenosnik za
fruktozu i oni ju mogu metabolizirati do CO2 i 36ATPa. Metabolizam se razlikuje od onog u
jetri i naziva se sorbitolni put. Prvo uz aldoza reduktazu glukoza prelazi u sorbitol, zatim uz
sorbitol DH u fruktozu. Neka tkiva kao npr. Leća i mrežnica oka ili živčane stanice nemaju
sorbitol DH i dolazi do nakupljanja sorbitola koji zbog promjenje osmotskih uvijeta navlači
H2O i uzrokuje kataraktu i druge problemešećerna bolest.(aldolza reduktaza ima mali
afinitet za glukozu)

34. Alosterička regulacija i to na primjeru FFK1

Alostericki enzimi ne pokoravaju se kinetici po modelu MM. Sastoje se od vise
podjedinica te mogu postojati u dva oblika T(napet, nizak afinitet za supstrat) i R
(relaksiran, visok afinitet za supstrat).Preduvijet da bi enzim mogao biti alosterički
reguliran je da ima odvojeno katalitičko i regulacijsko mjesto. Kada se efektor veže na
regulacijsko mjesto on može aktivirati ili inhibirati taj enzim stoga imamo aktivatore i
inhibitore. Visoka koncentracija ATP-a inhibira FFK1 jer smanjuje afinitet enzima za
F6P (ATP se veze u regulacijsko mjesto). Citrat i H+ ioni povecavaju inhibicijsko
djelovanje ATP-a. AMP (signal za nisko energetsko stanje) i F-2,6-BP smanjuju
inh.dj. ATP-a. Uz F-2,6-BP ovisnost brzine o koncentraciji supstrata prelazi iz
sigmoidalne u hiperbolicnu.

35. Glukoneogeneza.
Kada razina Glc u krvi padne održavanje normoglikemije ovisi o procesu de novo sinteze
Glc iz ne UH izvora koji se zove glukoneogeneza. To je tkivno specifičan proces koji se
najviše odvija u jetri, ali i u korteksu bubrega i tankom crijevu. Najvažniji izvori za sintezu
glukoze su laktat, glicerol, fruktoza, većina AK (osm Lys i Leu)propionil CoA, a glavne ulazne
točke su piruvat, oksaloacetat, DHAP. To nije izravni obrat glikolize što je logično jer se ne
mogu istodobno odvijati 2 procesa u stanici. One reakcije koje su u glikolizi ireverzibilne su
zamijenjene. Obrat reakcije katalizirane piruvat kinazom se odvija u 2 koraka. Prvo je
karboksilacija piruvata u oksaloacetat uz enzim piruvat karboksilaza koja kao prostetsku
skupinu ima biotin. Karboksibiotin djeluje kao aktivni prijenosnik CO2. zatim slijedi
simultana dekarboksilacija i fosforilacija koju katalizira enzim fosfoenolpiruvat-
karboskikinaza i dobije se PEP. Energiju za sintezu osigurava GTP. Ovo je mjesto gdje se
GNG koja je započeta u mth nastavlja u citosolu. Imamo 3 moguće opcije za prijenos
oksaloacetata preko membrane mth. Najčešći je u obliku malata. U matriksu se uz enzim
NADP-vezana malat DH pretvori u malat, prijeđe kroz membranu i u citolu se malat uz
enzin NAD+ vezani malat DH vrati u oksaloacetat. Može se aminirati u aspartat koji ima
svoj prijenosnik u membrani, a te promjene se odvijaju uz aspartat amiotransferazu.
Zadnja opcija prijelaza je da se pretvori u PEP u matriksu jer PEP jer
fosfoenolpiruvat.karboksikinaza postoji i u citosolu i u mth i PEP prolazi kroz membranu
pomoću svojih prijenosnika. Obrat reakcije katalizirane FFK1 se odvija djelovanjem
fruktoza-1,6-bisfosfataze koja hidrolitički skida Pi. Obrat reakcije koju katalizira
heksokinaza je takoder u hidrolitički enzim glukoza-6-fosfataza koja oslobađa glukozu i Pi.
 Ovaj enzim je jako tkivno specifičan i ne nalazi se u mišićima i mozgu nego samo u jetri,
bubrezima i crijevima. Ta reakcija se ne odvija u citoslou nego na membreni ER, a aktivno
mjesto enzima je na luminalnoj strane ER. Sastoji se od više proteina i mehanizam
prijenosa je da SP protein odgovoran za stabilizaciju aktivnosti glukoza-6-fosfataze, a
ovisan je o Ca2+. T1 je prijenosnik za G6P koji ju ubacuje u lumen gdje se ona uz molekulu
vode cijepa, T2 za Pi, a T3 za Glc koji ta 2 produkta vraćaju u citosol. Za GNG i 2 mol
piruvata su potrebna 2ATPa za karboksilaciju piruvata u oksaloacetat, 2GTPa za
fosforilaciju u oksaloacetata u PEP, 2ATPa za fosforilaciju G3P i 1,3-BPG.
Regulacija GNG: ona je recipročna regulaciji glikolize. Piruvat-kinaza je regulirana
alosterički acetilomCoA koji je pri visokoj konc aktivator i signal da je stvaranje
oksaloacetata potrebno. Ovisno o količini ATP-a stvoreni oksaloacetat će ići ili u GNG ako je
puno ATPa ili u CLK ako je malo ATPa. Osim piruvata kinaze alosterički mogu biti regulirana
i F-1,6bisP koju aktiviraju ATP i citrat ili inhibiraju AMP i F-2,6-BP. Intenzitet GNG ovisi o
raspoloživosti supstratima, alosteričkoj aktivaciji ili hormonima. Oni mogu mijenjati
količinu sinteze enzima ili aktivnost enzima. Glukagon općenito potiče GNG jer se izlučuje
kada je konc Glc u krvi niska i potrebno ju je nadomjestiti, a inzulin ju inhibira jer se luči u
stanjima visoke konc Glc u krvi i želi se unijeti u tkiva.

36. RAZGRADNJA PROTEINA

Ubikvitin je mali protein koji obiljezava proteine za unistenje. Ubikvitin se aktivira uz ATP pri cemu se
oslobada PPi, a AMP se veze za ubikvitin. E1 aktivirajuci enzim prenosi ubikvitin na jedan od svojih Cys
ostataka. Ubikvitin se zatim prenosi na Cys ostatak na ubikvitin konjugirajucem enzimu E2. Ubikvitin protein
ligaza E3 premjesta ubikvitin+E2 na ciljani protein te se E2 i E3 otpustaju, dobivamo protein obiljezen za
razgradnju u proteasomima. Dobiivene slobodne AK koriste se za sintezu proteina, nukleotida, kao pretece
drugih spojeva. Proteasom ima katalitičku i regulatornu jedinicu. katalitička podjedinica se sastoji od 2 α
podjedinice između kojih su 2 β podjedinice . U prisustvu ATP-a se na katalitičku podjedinicu vežu 2
regulatorne podjedinice koje reguliraju ulazak ubikvitiranog proteina u proteasom gdje djeluje
katalitička podjedinica i dolazi do kidanja proteina na manje jedinice. Mogu se razgraditi i u
lizosomima(oko 50 enzima, idealan pH 5), razgradnja nije selektivna, u gladovanju se razgrađuje
pentapeptid KFERQ.

37. Biokemija hormona

KORTIZOL: To je steroidni hormon. On izaziva kaskadu reakcija što znači da se količina
proizvedenih hormona povećava na svakoj razini, a isto tako se produljuje i poluživot
hormona. Reguliran je mehanizmom negativne povratne sprege. Hipotalamus luči
kortikotropni oslobađajući hormon koji potiče hipofizu na lučenje kortikotropnog
hormona, koji konačno potiče koru nadbubrežne žlijezde na lučenje kortizola. Isto tako u
obrnutom smijeru djeluje inhibicija. Kortizol se većinom prenosi vezan za globulin, manje
za albumin i jako malo u slobodnom obliku. On je hidrofoban što znači da ima mogućnost
prijelaza kroz membranu. Njegovi receptori se zato nalaze ili u jezgri ili u citolazmi. Kako
receptori žele ući u jezgru sami, na njih je vezan heat schock protein koji to spriječava.
Vezanjem hormona na receptor on se otpušta i kompleks hormon receptor ulazi u jezgru.
Tamo prepoznaje specifičan slijed DNA i započinje de novo sintezu određenog proteina.
Kortizol ima djelovanje slično adrenalinu što znači da potiče GNG u jetri, razgradnju
proteina(mišići) i lipolizu u masnom tkivu, protuupalno djelovanje.

INZULIN: inzulin je proteinski hormon. On se izlučuje iz beta stanica langerhansovih otočića

gušterače. GLUT2 djeluje kao prijenosnik Glc u stanicu u stanjima kada je razina Glc u krvi
visoka. Nakon ulaska u L.otočić glikolizom se razgrađuje u piruvat, a to oslobađa ATP. Kalijevi
kanali osjetljivi na ATP se zatvaraju, K+ ne izlazi iz stanice i dolazi do depolarizacije. To osjete
kalcijevi kanali osjetljivi na napon, oni se otvaraju i kalcij ulazi u stanicu što potiče vezikule
napunjene inzulinom na izlučivanje egzocitozom. Mehanizam djelovanja inzulina: Inzulin se
veže na specifične inzulinske receptore što je signal za egzocitozu vezikula s GLUT4
prijenosnikom . Vezikule se spajaju sa staničnom membranom pa se GLUT4 prijenosnik
privremeno nalazi na staničnoj membrani – vezanjem glukoze dolazi do konformacijske
promjene, glukoza se ubacuje u stanicu pa se prijenosnik vraća u početno stanje – na taj način se
smanjuje koncentracija glukoze u krvi . Kad se normalizira koncentracija glukoze u krvi, inzulin se
otpušta s receptora što je signal za endocitozu – GLUT4 prijenosnici se uvlače u stanicu, više se
ne nalaze na staničnoj membrani, već na membrani vezikula unutar stanice. Učinci inzulina su
aktivacije protein kinaze B koja fosforilira kinazu glikogenske sintaze i time ju aktivira,
aktivacija fosfodiesteraze koja pretvara cAMP u AMP i time se inaktivira protein kinaza A,
aktivacija PP1 koji defosforilira glikogen sintazu i time ju aktivira i defosforilacija piruvat
kinaze što ju inaktivira. Stimulira unos Glc u tkiva mišića, srca i masna tkiva preko GLUT4
prijenosnika kojeg potiče da izađe na površinu stanice. Spriječava fosforilaciju FFK2 koja
stvara F-2,6-BP koja je pozitivni alosterički aktivator glikolize. Konačni cilj inzulina je unos Glc
u tkiva, glikoliza i sinteza glikogena. Potiče sintezu triglicerida i proteina, glikogenzu, a
inhibira GNG,ketogenezu, lipolizu, glikogenolizu.
ADRENALIN: potječe od AK i luči ga srž nadbubrežne žlijezde. veže se na beta adrenergijske
receptore, pretežito u mišićima. Ti receptori na sebi imaju G-protein. Vezanjem se dogodi
konformacijska promjena, alfa podjedinica disocira i zamjeni se GDP za GTP, odlazi do ciljne stanice
odnosno adenilat ciklaze. Kada se spoji na nju hidroliza GTPa u GDP ju vraća natrag. Adenilat ciklaza
stvara cAMP koji se veže na regulacijske podjedinice protein kinaze i uzrokuje disocijaciju i aktivaciju
katalitičkih podjedinica. One djeluju tako da aktiviraju fosforilizacijom fosforilaznu kinazu koja
fosforilira glikogensku fosforilazu koja razgrađuje glikogen. Također fosforilacijom deaktiviraju
glikogen sintazu. Protein kinaza djeluje i na PP1 kojemu fosforilira regulacijsku podjedinicu i ona
disocira. Da bi ga do kraja inaktivirao fosforilira inhibitor PP1 koji se spoji na katalitičku podjedinicu
PP1. konačni učinak adrenalina je sličan glukagonu koji djeluje u jetri, a to je poticanje GNG, i
razrgradnje glikogena. Potiče lipolizu u masnom tkivu, glikogenolizu u mišićima

38. Kompeticijski i nekompeticijski inhibitor.

to su vrste reverzibilne inhibicije. Kompetitivni se natječe za isto mjesto na enzimu kao i
supstrat. Vmax ostaje isti, a Km se poveća, odnosno 1/Kmi je manji broj od 1/Km. Veće
količine supstrata mogu izbaciti inhibitor. Kod nekompeticijske inhibicije se inhibitor veže
na drugo mjesto enzima što uzrokuje konformacijsku promjenu enzima i smanjuje se broj
produkata koje enzim proizvede što uzrokuje smanjenje Vmaxa, a Km ostaje isti. 1/Vmi je
veći broj(odsječak na osi Y). U oba slučaja je pravac strmiji.

39. Michaelis-Menten, interakcije izmedu E i S, graf.

Interakcije koje tvori kompleks E-S su slabe nekovalentne interakcije koje mogu biti
elektrostatske interakcije (ovise o naboju ionizirajućih skupina na molekulama enzima i
supstrata), H veze, VDW (posljedica su asimetričnosti elektronskog oblaka oko jednog
atoma koji inducira asimetričnost oko susjednog atoma), hidrofobne. Uvijeti za ustaljeno
stanje: [ES]=konst, [S]=konst>>>[E], [P]=0. graf je paraboličan. Kada je brzina jednaka
polovici maksimalne brzine onda je Km=[S]. vmax iskazuje najveću brzinu kojom enzim
može prevoditi supstrat u produkt, a Km iskazuje afinitet vezanja supstrata za enzim.
Alosterički enzimi se ne pokoravaju MM. Znat jednadzbu MM i Lineweaver Burke. Sta ako
je S puno veci od Km, obrnuto i kad su jednaki.
40. Sinteza i razgradnja MK.
Procesi sinteze i razgradnje se razlikuju u nekim bitnim stvarima. Razgradnja MK se odvija
u matriku uz CoA kao nosač acilne skupine, koriste se pojedinačni enzimi, a kao oksidans
NAD+ i FAD, aktivirana jedinica je acetil CoA. Sinteza se odvija u citoslu pomoću
enzimatskog kompleksa koji koristi ACP kao nosač acilne skupine, aktiviriana jedinica je
malonil-CoA. Kao reducens se koristi NADPH. ključno regulacijsko mjesto sinteze MK je
acetil-CoA karboksilaza koja aktivira malonil CoA. On je aktiviran citratom, a inhibiran
palmitoliom-CoA. Aktivna je u defosforiliranom stanju za što je zadužen inzulin, a
fosforiliacijom je deaktivirana i za to su adernalin i glukagon koji potiču razgradnju MK
fosforilacijom lipaza i perilipna (preko cAMP i PKA). Malonil CoA djeluje kao inhibitor
karinitin-acil transferaze i time koči unos acetil CoA u matriks mitohondrijal i njegovu
razgradnju. Karnitin služi kao prijenosnik acilne skupine iz citosola u matriks mth, a citrat
kao prijenosnik iz matriksa u citosol jer se njegovim cijepanjem uz citrat liazu koja uz
utrošak ATPa oslobađa acetil CoA za sintezu MK i oksaloacetat. NADPH za sintezu MK se
dobija iz PPP i pretvorbom malata u piruvat oksidacijskom dekarboksilacijom uz malatni
enzim. Općenito se sinteza MK odvija u stanju kada je u tijelo puno ATPa što znači da ima
puno energije.

41. Ketonska tijela

Kada ponestane Glc u stanici koju neka tkiva, prvenstveno mozak preferira, masti nisu
dobar izvor energije zbog ne mogućnosti njihovog prijelaska moždano.krvne barijere.
Stavaranju se ketonska tijela koja mozak, srce, korteks bubrega i mišići može koristiti zbog
posjedovanja enzina CoA transferaze koju jetra nema. Znači ketonska tijela se stvaraju u
jetri, ali ona ih ne koristi. Ketonska tijela nastaju u nedostatku oksaloacetata ili kada je
brzina stavaranja acetil CoA brža od CLK. Stvaraju se u matriksu mth uz enzime tiolazu,
hidroksimetilglutarilCoA sintetazu i liazu i konačno se dobije prvo ketonsko tijelo
acetoacetat. Spontanom dekarboskilacijom prelazi u aceton ili uz D-beta-hidroksibutiril
dehidrogenazu u hidroksibutiril. Kao izvor energije se koriste tako da se D-beta-
hidroksibutiril vrati u acetoacetat pri čemu se oslobađa NADH, zatim u CoA transferazu ide
u acetoacetilCoA, na utrošak jednog ATPa jer se CoA prebacuje sa sukcinil CoA i stvara se
sukcinat. Cijepanijem uz tiolaze se dobijaju 2 acetil CoA koji idu u CLK. Dobije se 26ATPa.

42. Razgradnja mono i poli zasićenih i neparnih MK.

Kada imamo mononezasićene masne kiseline dodatni enzim je cis-omega3-enoil
izomeraza koji prebacuje cis dvostruku vezu sa C3-C4 na C2-C3. U tom slučaju ne sudjeluje
acil CoA dehidrogenaza pa se ne stvara FADH2 te se kod računanja ukupno nastalog ATP-a
mora oduzet 2 atp. kod polinezasićenih kiselina jos imamo i 2,4-dienoilCoA reduktazu
koja koristi NADPH. MK sa neparnim brojem C atoma se razgrađuju do acetil CoA i
propionil CoA. Iz propionila CoA se pretvorbom do sukcinil Coa mora utrošiti ATP. Zatim ide
u CLK do malata gdje se oslobodi FADH2 i GTP. Malat se uz malatni enzim pretvara do
piruvata i u prijetvorbi piruvata do acetil CoA se oslobodi NADH. Ukupno 17ATPa.

43. Može li iz MK nastati glukoza?

Ne može. MK se razgrađuju na acetil CoA, a životnije nemaju enzim koji bi pretvorio acetil
CoA u piruvat, odnosno reakcija koju piruvat dehidrogenaza kompleks katalizira je
ireverzibilna.
 44. Elongacija MK i stvaranje dvostrukih veza.
Uvođenje dvostrukih veza se odvija nakon sinteze masnih kiselina pomoću tri enzima
desaturaze. On je uklopljen u membranu ER i potreban mu je acil-CoA, NADH/NADPH i O2
kao krajnji akceptor elektrona jer se radi o prijenosu elektrona. NADH/NADPH reducira
citokrom b5 reduktazu koja sadrži FAD kao prostetsku skupinu. Elektroni sa FADH2 idu na
hemsko Fe od citokroma b5 i reduciraju ga, a zatim na nehemsko Fe od deasturaze i
reducira se. Konačno dolazi acil-CoA i O2 i kisik se reducira u vodu, a u acil-CoA se uvodi
dvostruka veza. Sisavci nemaju enzim koji uvodi dvostruke veze nakon C9 pa ne mogu
sintetizirati MK koje nazivamo esencijalnima kao linolna i alfa-linolenska. Produljivanje
MK se može odvijati u ER gdje se uz enzim elongazu koji fukcionira skoro isto kao i pri
sintezi MK koristi malonil-CoA za produljivanje za 2C i najčešće se elongira palmiotoleil-
CoA, nosač elektrona je NADPH ili u mitohondriju što je majne bitno, a ide kao obrat beta-
oks, osim što je razlika u zadnjem koraku i koristi se acetil-CoA. Zadnji korak katalizira
enoli-CoA reduktaza uz NADPH/NADH i ide se u krug, a služi za produljivanje kraćih MK.

49. USPOREDBA GLIKOGENA I TRIGLICERIDA KAO GORIVA

Trigliceridi su jako koncentrirane rezerve energije, reducirani su i ne vezu vodu. Katabolizmom masti moze se
dobiti 6,75 puta vise energije nego iz 1g hidratiziranog glikogena (1g glikogena veze 2g vode).
Zalihe energije pohranjene kao glikogen i glukoza dovoljne su za odrzavanje fizioloskih funkcija tijekom
narednih 24 sata, dok su zalihe pohranjene u obliku triglicerida dovoljne za prezivljavanje u narednih nekoliko
tjedana.

50. IZVORI NADPH ZA SINTEZU MK

Glavni izvor NADPH je put pentoza fosfata, ox. dekarboksilacija malata (malat u piruvat uz malatni enzim)
Gdje se jos koristi NADPH? Sinteza kolesterola, aldoza reduktaza koja precodi glukozu u sorbitol te galaktozu
u galaktitol, razgradnja piorimidina, sinteza MK

51. Esencijalne MK.

Linolna- C18:2 i duple veze na 9 i 12(omega 6)
Linolenska- C18:3 i duple veze na 9, 12 i 15(toe alfa linolenska i omega 3),
Duple veze na 6, 9, 12(toe gama linolenska i omega 6)
Arahidonska- C20:4 duple veze na omega 9,12,15 i 18

52. Oksidacijska deaminacija glutamata.

Način eliminacije NH4+ koji je toksičan. Alfa-keto glutarat služi kao keto kiselina koja je
akceptor aminoskupine i time se pretvara u glutamat. Zatim uz glutamat
dehidrogenazu(alosterički inhib s GTP i NADH, a aktiviran s NAD+ i ADP) se oslobađa NH4+
koja ide u urea proces koji se odvija u jetri, a alfa-ketoglutarat se ponovno koristi za CLK ili
kao akceptor sljedeće aminokiseline. U prevelikoj koncentraciji NH4+ glutamat neće
otpustiti NH4+ nego će primiti još jedan i uz enzim glutamin sintetazu postati
glutamin.Visoka konc glutamina može izazvati edem mozga promjenom osmotskih uvjeta.
Glutamin se uz glutaminazu vraća u glutamat i to je način rješavanja NH4+ u mozgu koji
nema urea ciklus. Toksičnost NH4+ je u tome što se za sintezu glutamina troši alfa-
ketoglutarat koji je potreban za CLK i nema stvaranja ATPa.
 53. Urea ciklus.
Započinje u mth u jetri gdje se uz 2ATPa i bikarbonat i NH3 iz glutamata stvara uz enzim
karbamoilfosfat sintetazu karbamoilfosfat. Uz ornitin koji služi kao nosač C i N u ciklusu se
stvara citrulin uz ornitin transkarbamoliazu. Aktivno mjesto sljedećeg enzima je u
citoplazmi pa citrulin prelazi tamo i spaja se s aspartatom uz argininosukcinat sintetazu u
argininosukcinat. Za to je potreban ATP i oslobađa se PPi. Uz arginosukcinazu se cijepa na
fumarat i arginin koji je direktna preteča uree. Uz arginazu (metaloenzim koji treba Mn2+) i
H20 se regenerira ornitin i dobija urea. N su iz NH3 i aspartata, a C iz CO2.

54. Alaninski ciklus u mišićima.(nauci i glutaminski ciklus)

Tokom rada u mišićima glukoza se pretvara u piruvat, a transaminacijom se oslobađa NH4+
iz AK. Taj višak AK preuzima alfa-ketoglutarat i prelazi u glutamat. Glutamat daje NH4+
piruvatu i stvara se alanin koji odlazi u krv, a alfa-ketoglutarat se regenerira. Alanin
dospjeva u jetru gdje se deaminira u piruvat, tako da predaje aminoskupinu alfa-
ketoglutaratu stvarajući glutamat koji procesom oksidacijske deaminacije prosljeđuje NH4+
u urea ciklus. Piruvat se GNG prevodi u Glc koja se kroz krv vraća u mišiće i služi kao izvor
energije.

55. BIOSINTEZA PURINSKIH I PIRIMIDINSKIH BAZA

Nukleotidi se sintetiziraju de novo ili iz metaboličkih otpada.Prevelikom sintezom može doći do gihta.
Pirimidini: prvo se sintetizira okosnica pirmidinske baze, a onda se ona spaja s ribozom
Purini: dijelovi okosnice se povezuju s ribozom i onda se okosnica sintetizira

56. GENETSKI KOD I ODNOS GENA I PROTEINA

Genetski kod oznacava odnos slijeda baza u DNA (ili transkriptu RNA) i slijeda AK u proteinima.
Svaku AK kodira skupina od triju baza, kodon. Kod se ne prekriva i nema interpunkcija.
Genetski kod je degeneriran, vecinu AK kodira vise od jednog kodona. 43=64 moguca tripleta baza, 61 od 64
kodira AK, a ostala tri su stop kodoni koji oznacavu zavrsetak translacije. Samo su Trp i Met kodirani jednim
tripletom, ostalih 18AK imaju po dva ili vise

57. Replikacija DNA. Pitat da objasni

Replikacija se odvija uz enzime koji se zovu DNA polimeraze na replikacijskim rašljama
procesom koji je semikonzervativan i diskontinuiran. Replikacija se odvija tako da se novi
lanac sintetizira u 5'3' smjeru jer se kalup po kojemu se radi nova DNA kreće u 3'5'
smjeru. Inicijacija replikacije kreće pomoću replisoma, odnosno muliproteinska čestica koja
sadrži sve potrebno za replikaciju na replikonu, odnosno dijelu DNA koji služi za replikaciju.

Prokarioti:
Replikacija kod prokariota započinje na specifičnom mjestu(origim of
replication).Djelovanjem DNA helikaze DNA se odmotava do 180 stupnjeva od mjesta
ishodišta(DnA prokariota je kružna) i stavaraju se 2 replikacijske rašlje. Vezanje SSB(ss DNA
vezni proteini) spriječava ponovno spajanje lanaca. Zatim se veže primaza koja sintetizira
RNA klicu duljine oko 8 nukleotida. Glavi enzim replikacije je DNA polimeraza III koja
dodaje nukletide na 3' kraj klice. DNA pol III sadrži protein koji se zove stezaljka i služi za
učvršćivanje kako se nebi nakon dodavanja svakog nukleotida odspojila. Sinteza vodećeg
lanca se odvija kontiunuirano dodavanjem nukleotida u 5'3' smjeru. Zbog
antiparalelnosti lanaca drugi lanac(tromi) se sintetizira diskontinuirano u Okazzakijevim
 fragmentima.DNA Ligaza spaja Okazakijeve fragmente(aktivira se NAD+om) Za početak
svakog segmenta se ukloni DNA polimeraza i napravi nova klica pomoću primaze, a to je
otprilike svakih 1000 nukleotida. Na taj način se dodaju nukleotidi u 5'3' smjeru jer je to
jedina polimerazna aktivnosti koju DNA polimeraza III ima. DNA polimeraza I nakon
uklanjanja RNA klica popunjava šupljine, a DNA ligaza spaja krajeve. To je moguće jer
jedino DNA polimeraza I ima 5'3' egzonuklearnu aktivnost (uz 3'5' egzonuklearnu
aktivnost koja služi za popravljanje pogrešaka nastalih tokom replikacija).
Eukarioti: eukariotska replikacija je slična, ali je razlika u tome što postoji više izvorišta
replikacije, tj. oriC. DNA helikaza razdvaja lance DNA i to bidirekcijski dok replikacijske
rašlje ne dođu do kraja kromosoma. DNA polimeraza alfa započinje replikaciju te ima
sposobnost primaze,tj. Sinteze klice. Nakon dodatka tog određenog broja nukleotida,
njezina aktivnost se zaustavlja, a kompleksu se pridružuje klizna stezaljka koja ostvaruje
interakciju s DNA te privlači DNA pol delta koja ima ulogu DNA polimeraze III. No ona
nema sposobnost skidanja klica, to rade ribonukleaze, a zadnju klicu na 5' kraju skine flap
endonukleaza. Šupljine koje nastaju uklanjanjem klice (jedna klica u vodećem i više klica za
svaki Okazakijev fragment u tromom lancu) popunjavaju se polimeraznom aktivnošću DNA-
polimeraze δ. Nakon popunjavanja šupljina u tromom lancu, na red dolazi DNA-ligaza koja
povezuje Okazakijeve fragmente.

58. Transkripcija.
Transkripcija je proces prepisivanja molekule DNA na mRNA.
Prokarioti: potreban je enzim koji se zove RNA polimeraza i on je holoenzim koji je
sastavljen od srži enzima i sigma podjedinice. Sigma podjedinica je odgovorna za
pronalazak i vezanje za promotorske regije DNA, odnosno slijed TATAAT koji se nalazi 10
mjesta nizvodno od početka transkripcije(ili na -35 TTGACA). RNA polimeraza se veže na
lanac DNA koji je kalup lanac i odmotava ga. Taj lanac ide od 3'5' smjeru kako bi se
mRNA mogla sintetizirati po principu komplementa u 5'3' smjeru. Transkript je
istovjetan kodirajućem lancu uz preinaku da se umjesto T nalazi U. početkom dodavanja
nukleotida sigma podjedinica disocira. Započinje elongacija u kojoj RNA polimeraza dodaje
nukletide na 3' kraj lanca. Terminacija se može odviti na 2 načina. Pomoću Rho faktora koji
pretražuje transkripit u 5'3'smjeru tražeći područja bogata sa C i siromašna G i na taj
način istisne RNA polimerazu da 3' kraja i uzrokuje disocijaciju mRNA lanca. Može biti i
samoinicirajuća kada RNA polimeraza naiđe na formaciju DNA ukosnice bogate G-C
područjima iza čega slijed A.T područje.
Eukarioti: sadrže 3 RNA polimeraze. Razlikuju se po vrsti RNA koje sintetiziraju i njihovom
smještaju. U jezgrici je RNA pol I koja sint rRNA(18, 5,8 i 28 S), a RNA pol II (mRNA,snRNA,
mikroRNA) i pol III (tRNA) su u nukleoplazmi. RNA pol II obavlja većinu transkripcije. RNA
polimeraze kod eukariota ne prepoznaju promotorske sljedove (TATA) nego to rade
transkripcijski faktori. TFIID se veže na TATA slijed. Na sebi ima TBP koji pomaže vezanju.
Zatim se veže TFIIB koji zapravo veže RNA polimerazu II. Uz TFIIF i druge faktore se veži i
TFIIH i TFIIE koji ima kinaznu aktivost i fosforiliranje C podjedinice RNA polomeraze počinje
inicijacija. Cijeli ovaj proces zahtijeva ATP. Elongacija se odvija dodavanje
deoksiribonukleotida po principu komplementa na 3' kraj transkripta. Proces se odvija dok
se ne dođe do terminaicijskog slijeda.
 59. Aminoacil-tRNA.

Proces translacije mora započeti aktivacijom AK. Enzim koji to omogućuje je aminoacil tRNA
sintetaza. Za točnu translaciju mora biti ispunjena 2 uvijeta, a to je da se ispravna AK pokupi i
bude sparena sa svojom tRNA, i zatim da se točnom kodon-antikodon interakcijom ugradi u
polipeptidni lanac. Jedini odlučujući faktor je kodon-antikodon interakcija, ako se kriva AK
poveže ili se kasnijom mutacijom pretvori u neku drugu AK krivo će se ugraditi. Najprije se AK
poveže sa ATPom pri čemu se oslobađa PPi i nastane aminoacil-adenilat. Vezani su preko
COO- sk AK i posfata na C5 riboze. Zatim dolazi tRNA i veže AK na OH sk. Na 3 crtica kraju(ima
slijed CCA). aatRNA sintetaza čita antikodonski slijed tRNA i zna koja AK treba biti sparena, a
ima editing site koje provjerava tu točnost. Teorija o kolebljivoj bazi: prva 2 para kodon-
antikodon para sparuju po principu komplementarnosti, a treći par je kolebljiv . Za prva 2 para
kodon-antikodon postoji provjera komplementarnosti na ribosomu, a za treci ne.

60. Ribosomi.
To je mjesto na kojemu se proteini sintetiziraju. Oni su građeni od proteina i rRNA.
Razlikujemo eukariotske od prokariotskih. Ekuariotski zajedno čine 80S od 40S (18rRNA) i 60S
(5rRNA, 5,8 rRNA, 28 rRNA), a prokarioti 70S od 30S (16 rRNA) i 50S (5 rRNA, 23 rRNA). U
posttranskripcijskoj modifikaciji rRNA razlikuje se to što se kod prokariota oni sintetiziraju kao
1 transkripit, zatim oslobode i posebno modificiraju. Kod eukariota se 3 od 4 sintetiziraju
zajedno, preuređuju i postepeno otpuštaju uređeni transkripti.
Imaju speficična mjesta za vezanje trna:

• A mjesto – veže se aminoacil tRNA

• P mjesto – veže se tRNA s polipeptidnim lancem
• E mjesto – izlazno mjesto za tRNA koja je predala svoju aminokiselinu

61. Translacija odnosno sinteza proteina.

Inicijacija troši 3 ATPa, elongacija 4, a terminacija 2.
Prokarioti:
Translacija je proces prevođenja mRNA u polipeptidni lanac. Odvija se na ribosomima. Proces
započinje tako da se 30S pojedinica ribosoma spoji sa tri inicijacijska faktora. IF1 koji pomaže u
vezanju IF3, dolazi IF2 koji je kompleksiran sa GTP, a na sebi nosi inicijacijsku tRNA i još se uz
to veže mRNA. Spajanjem IF2 na 30S IF3 se otpušta i nastaje 30S inicijacijski kompleks.
Vezanje 50S podjedinice uzrokuje hidrolizu GTPa i otpuštaju se IF1 i IF2. IF3 također služi kako
se mala i velika podjedinica nebi prerano povezale, odnosno kako prvo nastane 30S
inicijacijski kompleks, a tek onda aktivni ribosom. Dobivena struktura se nazva 70S inicijacijski
kompleks i nalazi se na P mjestu ribosoma. Završava inicijacija i započinje elongacija.
Elongacijski faktor EF-Tu koji je kompleksiran sa GTP se veže na aa-tRNA. Takav kompleks se
veže na A mjesto ribosoma. Prilikom vezanja GTP se hidrolizira, a EF-Tu se otpušta i reciklira
za sljedeću aa-tRNA. Dolazi do stvaranja peptidne veze između AK na P i A mjestu uz enzim
peptidil transferazu. Nakon stvaranja veze ostaje tRNA na P mjestu i peptidil-tRNA na A
mjestu. Ribosom se pomiče za tri mjesta po mRNA u smjeru 5'3' uz pomoć EF-G i molekule
GTPa čija hidroliza pokreće taj proces. Oni se otpuštaju, slobodna tRNA se pomiče na E mjesto
i disocira, a peptidil-tRNA na P mjesto. A mjesto ostaje slobodno za sljedeću aa-tRNA.
Elongacija se nastavlja sve dok ribosom ne naiđe na jedan od tri stop kodona. Oni nisu šifra
niti za jednu AK, stoga nema tRNA koja bi se sparila na to mjesto. Stop kodoni se prepoznaju
uz pomoć terminacijskih faktora. RF1 prepoznaju UAA i UAG, a RF2 prepoznaje UAA i UGA.
RF3 ne prepoznaje kodone, ali ali stimulira oslobađanje RF1 i RF2. vezanje ili RF1 ili RF2 na A
 mjesto uzrokuje kidanje veze peptidnog lanca i tRNA na P mjestu uz peptidil-transferazu. Opet
dolazi do pomicanja ribosoma i RRF i EF-G koji se kompleksiran sa GTP se vežu na A mjesto.
Hidroliza GTP sa kao i u proces elongacije uzrokuje pomicanje RRFa u P mjesto i tRNA sa P i E
mjesta se otpuštaju, a zatim i EF-G i RRF, mRNA i podjedice ribosoma disociraju.

Eukarioti:
Inicijacija faktori 3, 1, i 1A se vežu na 40S. nakon toga se veže mRNA kompleksirana sa svojim
faktorima i Met-tRNA nošena IF2 koji je kompleksiran sa GTPom. Ribosom pretražuje mRNA
kako bi našao AUG za što koristi hidrolizu ATPa kao izvor energije. Od linearne mRNA se
napravi kružna i takvo traženje odnosno klizanje po mRNA je jako energetski zahtjevno. Kada
je AUG identificiran IF5 urokuje hirolizu GTPa i disocijaciju faktora, a 60S se združuje.
Elongacija je ista kao kod prokatiota uz drukčije nazive faktora alfa, betagama i 2. A kod
terminacije je jedina razlika što eRF1 prepoznaje sva tri stop kodona.

62. Razgradnja AK.

Alanin, cistein, glicin, serin i treonin se razgrađuju do piruvata.
Aspartat i asparagin do oksaloacetata.
Arginin, glutamat, glutamin, histidin i prolin do alfa-ketoglutarata.
Izoleucin, metionin i valin do sukcinil CoA.
Leucin i lizin do acetilCoA ili/i acetoacetata.
Fenilalanin i tirozin do fumarata i acetoacetata.
KETOGENE AK se razgrađiki do ketonskih tijela(acetoacetat)- Leu,Lys
GLUKOGENE AK se razgrađuju do spojeva koji su prekursori za sintezu glukoze(piruvat, alfa
ketoglutarat, fumarat, sukcinil CoA)- Ala, Arg, Asn, Asp, Cys, Gly, Gln, Glu, His, Met, Pro, Ser,
Val
KETOGENE I GLUKOGENE AK se razgrađuju do ketonskih tijela i prekursora za sintezu glukoze-
Phe, Ile, Tyr,Thr, Trp
Bolesti u metabolzmu razgradnje AK:
a) Bolest javorovog sirupa, bolest u metabolizmu valina ,metionina i izoleucina jer je enzim
koji oksdiacijski deaminira keto-kiseline je nefukcionalan i dolazi do nakupljanja tih
kiselina što u mokraći daje miris po javorovom sirupu.
b) Fenilketonurija je nedostatak fenilalanin hidroksilaze i zbog toga se Phe ne može prevesti
u Tyr, dolazi do njegovog nakupljanja u organizmu.On se transaminira u fenilpiruvat koji
se može prevesti u fenillaktat i fenilacetat i svi produkti se izluče urinom. Genski nasljedno
c) Alkaptonurija je nedostatak homogenistat oksidaze što uzrokuje gomilanje
homogenistata.

Uključuje procese transaminacije i oksidacijske deaminacije(malo pogledaj to).

63. Sinteza AK.

Sinteza adrenalina započinje iz fenilalanina koji se pretvara u tirozin, zatim u L-DOPA, pa u
dopamin, u noraderalin i onda u adrenalin.
Alanin se dobije transaminacijom iz piruvata
Neesencijalne kiseline nastaju transaminacijom keto-kiselina u jetri, imamo produktnu
inhibiciju
Imamo esencijalne i neesencijalne.

Oksaloacetat:>aspartat>asparagin, metionin, treonin, lizin

3-fosfoglicerat> serin> cistein, glicin

PEP+E4P(AROMATSKA)> fenilalanin> tirozin, triptofan

Alfa-ketoglutarat> glutamat,>glutamin, prolin, arginin

Piruvat> valin>alanin, leucin

R5P> histidin

64. LAC operon.

Služi kao mehanizam kontrole transkripcije gena kod prokariota. On regluira ekspresiju beta
galaktozidaze koji laktozu kida na glukozu i galaktozu. Sadrži kontrolno mjesto se sastoji od
promotorskog i operatorskog mjesta. Promotorsko (inicijacijsko) mjesto prepoznaje σ
podjedinica holoenzima RNA polimeraze, a na operatorsko mjesto se može vezati protein koji
stimulira ili ometa ekspresiju strukturnih gena. Sadrži i strukturne gene za galaktozidazu,
permaeazu(unosi laktozu i jos neke spojeve koje treba detoksiCIRATI) i
transacetilazu(detoksicira spojeve unesene s permeazom). CAP je pozitivni regulator, a
laktoza represor je negativni regulator lac operona. Laktoza represor se mozže vezati za
operatorsko mjesto i inhibirati djelovanje RNA polimeraze i sintezu strukturnih gena. cAMP
se može vezati na CAP ili CRP koji svojom dimerizacijom može aktivirati RNA polimerazu i time
stimulirati transkripciju u odsutnosti represora.

65. Feritin i transferin.

Feritin služi za pohranu FE, a transferin za transport. Akonitaza je protein koji se veže na
specifični IRE(iron responsive element) slijed na mRNA koji je osjetljiv na količinu Fe u krvi.
Kada je normalna količina Fe, akonitaza se veže na Fe i time IRE transferina na 3' kraju ostaje
nezaštićen i nukleozidaze ga mogu razgraditi jer dostava Fe nije potrebna u nekoj većoj
količini, ali kada je malo Fe, akonitaza se veže na IRE i time ju štiti i osigurava stalan kalup za
translaciju. Kada je dovoljno željeza, responzivni proteini su vezani na Fe, a ništa nije vezano
na IRE i feritin se stvara. Ako nema dovoljno Fe, responzivni proteini se vežu na IRE na 5 crtica
kraj i ne sintetizira se feritin.

47.a atenuacija kod prokariota.

Trp operon koji može biti regluliran na dva načina. Ali poznatiji je ovaj. Trp operon se sastoji
od regulatornih i strukturnih gena. Promotorska regija regulira razinu transkripcije, a 5 strukturnih
gena se transkribira kao jednistvena mRNA. Između promotora i strukturnih gena se nalaze 4
domene koje se mogu složiti u 3 različite petlje. Sparivanje domene 1 i 2 uzrokuje pauzu, 2 i 3
označava antiterminaciju koja dozvoljava transkripciji da se nastavi i 3 i 4 koja zaustavlja
transpkripciju. Pošto su kod prokariota transkripcija i translacija istovremeni procesi, položaj
ribosoma u translaciji je bitan za transkripciju. Nakon transkripcije 1 i 2 stvori se petlja koja zaustavi
daljnu transkripciju i omogućuje ribosomu da ju dostigne. U niskoj razini triptofana ta petlja se ukloni,
ribosom dođe na domenu 1 čija je translacija spora i sada se domena 2 i 3 stvore u petlju koja je
antiterminacijska što znači da se translacija može nastaviti. Ako ima dovoljno triptofana, Trp se može
vezati na Trp represor pa ce mu se konformacija promijeniti pa se moze vezati za operator. onda se
ribosom brzom translacijom prođe domenu 1 jer nema kodona za triptofan, zaustavlja na domeni 2, a
3 i 4 tvore petlju koja je terminacijska i zaustavlja se transkripcija.
 66. BER

Base excision repair, popravak oštećene baze DNA. Započinje na način da se ukloni oštečena
baza. DNA glikozilaze kidaju glikozidnu vezu kojom je oštećena baza vezana na deoksiribozu-
nastaje abazično mjesto (apurinsko ili apirimidinsko, AP) = mjesto bez baze (postoji šećer). AP
mjesta mogu nastati i spontanom hidrolizom glikozidne veze.AP endonukleaza prepoznaje
abazična mjesta i uklanja deoksiribozu te nekoliko okolnih ostataka . Nastala šupljina se
popunjava neoštećenim nukleotidima pomoću DNA polimeraze I (prisutna kod prokariota)
krajeve popunjene šupljine povezuje DNA ligaza
67. NER

Nucleotide excision repair ili popravak oštećenja nukleotida. Kod čovjeka najvažniji
mehanizam popravka oštećenih nukleotida oštećenih UV zračenjem ili dimom duhana.Način
rješavanja timidilat dimera (UV zračenje).Nekoliko proteina prepoznaje oštećeno mjesto i
dolazi do izrezivanja nukleotida na mjestu oštećenja. Kod prokariota (E. coli) ti su proteini UvrA,
UvrB i UvrC . nastala šupljina se popunjava neoštećenim nukleotidima pomoću DNA polimeraze
I. Krajeve popunjene šupljine povezuje DNA ligaza
kseroderma pigmentozum = nasljedna bolest uzrokovana genetski defektnim NER-om
• javlja se nesposobnost kožnih stanica da poprave oštećenja uzrokovana UV zračenjem
osobe su osjetljive na dnevno svjetlo (UV zračenje)
• u djetinjstvu: suha koža, pjegavost i keratoza (vrsta tumora kože)
• kasnije: česta pojava tumora s fatalnim ishodom

68. Mismatch

MMR ispravlja bilo koje pogrešno sparivanje baza nastalo tijekom replikacije. Može popraviti i
oštećenja poput insercije i delecije do četiri nukleotida .Defekti u MMR-u rezultiraju visokom
pojavnošću raka. Kod E. coli MMR uključuje tri proteina: Mut S, MutL i MutH. MutS i MutL su
važni za prepoznavanje pogrešno sparenog nukleotidnog para. MutL se veže na MutS(prvi se
veže na oštećenu bazu) i nastaje kompleks MutS2-MutL2. Kompleks MutS-MutL aktivira protein
MutH (endonukleaza). Protein MutH kida fosfodiestersku vezu u nemetiliranom lancu u kojem
se nalazi pogreška čime se uklanja niz nukleotida prije i nakon mjesta pogreške. Može razlikovati
dva lanca DNA i vršiti popravak na nemetiliranom novosintetiziranom lancu
. Ovo je moguće kod prokariota jer novoreplicirana DNA nije metlirana, a roditeljska je. Kod
eukariota to prepoznavanje nije moguće.

69. Aptameri i riboswitch.

Riboswitch je mjesto na mRNA za koje se aptamer veže jer konformacijski odgovara takvom
metabolitu i kada je ono prazno transkripcija se normalno odvija.
Aptameri su metaboliti koji kada se vežu na mRNA inhibiraju transkripciju vlastitih gena
promjenom konformacije mRNA.
Npr vezanje TPP na mRNA

70. Što znači da je genski kod univerzalan?

Univerzalnost genetskog koda znači da je skoro identičan u svim organizmima, od
bakterija do ljudi. Na primer, kodon AUG kodira aminokiselinu metionin u većini
organizama. To znači da se genetski kod može čitati na isti način u različitim
organizmima.

Postojanje univerzalnog genetskog koda ukazuje na zajedničko poreklo svih živih bića
na Zemlji. To implicira da su se svi organizmi razvili iz zajedničkog pretka i da je
genetski kod nastao pre mnogo miliona godina kao osnovni mehanizam prenosa
nasleđa. Iako postoje neke varijacije i izuzeci u genetskom kodu, osnovna struktura i
principi ostaju univerzalni za sve organizme.

SINAN SRIJEDA ^_^