PBF 1.

INTRODUCCIÓ A LES BASES DE DADES

Les bases de dades contenen informació rellevant, actualitzada, precisa, contrastada i d’elevada
qualitat procedent de recopilacions de publicacions de contingut científic-tècnic, com són articles
de revistes, llibres, tesis o congressos. Tenen com a objectiu reunir tota la producció bibliogràfica
possible sobre un àrea de coneixement i existeix com a mínim una base de dades específica per a
un àrea científica o com a mínim alguna de multidisciplinar.

OBJECTIUS:

1. Conèixer algunes de les bases de dades existents per l’estudi de proteïnes i el genoma.
2. Navegar per aquestes bases de dades mitjançant alguns exemples.

BASES DE DADES DE PROTEÏNES

Per definició una proteïna és una seqüència d’aminoàcids de longitud variable. Aquestes seqüències
deriven de la seqüència de DNA, la qual es transcriu en ARNm, i en última instància es sintetitza la
seqüència proteica.

Pel que fa a les proteïnes és especialment important conèixer no només les seves seqüències sinó
les seves estructures tridimensionals, sent això últim especialment rellevant de cara a la gran varietat
i diversitat funcional de les proteïnes. Conèixer aquestes estructures ens permet tenir un
coneixement aproximat del rang d’interaccions que pot arribar a tenir una proteïna determinada i
com canvis en la seqüència poden condicionar tant l’estructura nativa com la funcionalitat de la
proteïna analitzada. Aquest últim fet és important considerant que poden generar-se mutacions al

Figura 1. Interacció de l’oxigen amb el grup hemo de la mioglobina. La imatge de l’esquerra mostra els residus
d’aminoàcids propers al grup hemo a nivell molecular. La imatge de la dreta mostra la modelització tridimensional de
la mioglobina i la seva interacció amb l’oxigen.
genoma que puguin provocar canvis a la seqüència d’aminoàcids en certes posicions clau per la
funcionalitat de certes proteïnes.

En aquesta pràctica separem en dues parts segons si tractem bases de dades de proteòmica o
genòmica per simplificar l’anàlisi però cal considerar que ambdues són vasos comunicants. Per poder
fer anàlisis complets i precisos a nivell metabòlic cal considerar no només un dels camps. Aquí és on
entren en joc les “òmiques”, ciències que analitzen els diferents metabòlits que intervenen al
metabolisme. Aquestes poden ser les ja mencionades proteòmica, genòmica, però també lipidòmica,
glicòmica o metabolòmica. Aquestes disciplines són especialment importants en estudis de
metabolisme ja que el fet de poder combinar aquesta interdisciplinarietat permet poder obtenir una
visió àmplia i precisa del paisatge molecular i metabòlic que s’estigui analitzant. Donada la gran
amplitud de dades que es consideren són especialment importants les bases de dades utilitzades en
aquesta pràctica ja que permeten integrar informació específica relativa a les diferents “òmiques” i
simplificar l’anàlisi.

- Exploració de la base de dades UNIPROT: https://www.uniprot.org

- Exploració de la base de dades REACTOME: https://reactome.org/
- Exploració de la base de dades RCSB: https://www.rcsb.org/search
- Exploració de la base de dades EXPASY: https://www.expasy.org

ALTRES BASES DE DADES

- Models moleculars tridimensionals: http://biomodel.uah.es/en/model1/inicio.htm

- Animacions explicatives sobre processos biològics i tècniques experimentals (CSHL):
https://www.cshl.edu
BASES DE DADES DE NUCLEÒTIDS

Un nucleòtid està format per una molècula de sucre (ribosa en ARN o desoxiribosa en ADN) unit a
un grup fosfat i una base nitrogenada. Els nucleòtids són l’element essencial dels àcids nucleics.
D’aquesta manera, l’ARN i l’ADN són polímers formats per llargues cadenes de nucleòtids.

Les bases de dades de nucleòtids

son molt importants dins l’àmbit de
la bioquímica. Qualsevol revista
científica que vulgui publicar un
article on es descrigui una
seqüència de nucleòtids, no ho pot
fer si abans no ha estat dipositada
en una de les principals bases de
dades internacionals. D’aquesta
manera, s’assegura la disponibilitat
de les seqüències nucleotídiques
als investigadors i, fins i tot, al
conjunt del públic general.

Concretament, degut al gran

nombre de genomes seqüenciats
durant els últims anys i a causa del
creixent interès en el seu estudi Figura 2. Exemple de les interaccions que hi pot haver entre nucleòtids
d’una molècula de DNA bicatenari.
existeixen bases de dades
genòmiques com les següents:

- Exploració de la base de dades NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

- Exploració de la base de dades GENECARDS: https://www.genecards.org/
- Exploració de la base de dades KEGG: https://www.genome.jp/kegg/
- Exploració de la base de dades EBI: http://www.ebi.ac.uk/genomes/index.html
- Exploració de la base de dades ENSEMBL: http://www.ensembl.org/index.html