22 • MİKROBİYAL SİMBİYOZLAR

Mikroorganizmalar Arasında Simbiyozlar

 Pek çok mikrobiyal tür—hem prokaryotlar hem de
ökaryotlar— diğer mikrobiyal türlerle yakın ve faydasal
ilişkiler kurarlar.
 Doğal örneklerin doğrudan mikroskopik incelemeleri pek
çok mikroorganizmanın yalnız bireyler olmadığını ama diğer
mikroorganizmalarla yüzey ilişkileri kurduklarını veya
hücre grupları şeklinde toplandıklarını göstermiştir.
 Likenler
 Likenler çıplak kayalarda sıklıkla bulunan örtülü mikrobiyal,
simbiyozlar veya ağaç gövdelerinde, evlerin çatılarında, —diğer
organizmaların tipik olarak bulunamadığı yüzeylerin çıplak
topraklardaki kolaylıkla görülebilen yapraksı yapılardır.
 Liken iki mikroorganizma arasındaki mutualistik ilişkidir, bir
fungus ve bir alg veya siyanobakteri.
 Alg ve siyanobakteri fototrofik ortaktır ve organik madde
üretir ve sonra fungusu besler.Fungus fotosentez yapamaz,
fototrofik ortağına sağlam bir yer sağlar, yağmur ve rüzgar
erozyonuna karşı korur. Fototrofun hücreleri farklı
katmanlalar veya fungus hücreleri arasında yığınlar halindedir.
 Likenler
 Bir likenin morfolojisi temelde fungus tarafından belirlenir ve
pek çok fungus liken oluşturabilir.
 Likende ortak olan pek çok bakteri azot fikse eden türlerdir,
bunlar Anobaena ve Nostoc türleri olabilir.
 Liken simbiyozunda fungus açıkca faydalanmaktadır, fakat
fototrof nasıl faydalanır?
 Likenler
 Liken asitleri, fungus tarafından salgılanan karmaşık organik
bileşiklerdir. Fototrof tarafından ihtiyaç duyulan inorganik
besinlerin kaya ve diğer yüzeylerden çözünmesini ve şelat
oluşturmasını teşvik ederler.
 Fungusun diğer bir işlevi fototrofu kurumaktan korumaktır.
Likenlerin yaşadığı çoğu habitat kurudur ve funguslar,
genelde, kuru şartları fototroflardan daha iyi tolere ederler.
Fungus su alınımını kontrol eder ve bir kısmını fototrofa verir
 Tipik olarak likenler yavaş büyür. Liken büyümesi yılda 1mm
ile 3 cm arasında değişebilir, bu simbiyontları oluşturan
türlere, yağmur ve ışık miktarına bağlıdır.
Multi-colored lichen
“Chlorochromatium aggregatuni’’

 Tatlısu çevrelerinde konsorsia adı verilen mutualizmler

vardır. Yaygın bir konsorsiyum hareketsiz, fototrofk, yeşil
kükürt bakterisi, yeşil veya kahverengi olabilir, ve
hareketli, fototrofk olmayan bakteri arasında gerçekleşir.
 Bu konsorsiyumlar dünya genelinde doymuş tatlı su
göllerinde bulunabilir, ve göllerde yeşil kükürt
bakterilerinin 90%’ı ve neredeyse bakteriyel biyomasın
70%’ini oluşturur. Konsorsiyumlardaki bu mutualizmin
temeli organik maddenin yeşil kükürt bakterisi ve hareketli
ortadaki ile gerçekleştirdiği fototrofk üretimdir.
“Chlorochromatium aggregatuni’’

 Her bir konsorsiyuma bir cins ve tür ismi verilir. Fakat bu

isimler gerçek türleri yansıtmadığından (çünkü tek bir
organizma değildirler) isimler tırnak işareti ile verilmiştir.
Konsorsiyumun Doğası

Yeşil kükürt konsorsiyomunun morfolojisi tür bileşenlerine bağ-

lıdır. Konsorsiyum genellikle 13-69 yeşil kükürt bakterisi, epibiyontlar
denilen, merkezi, renksiz, flagellalı, çubuk şekilli bakteriyi
çevreler. Birkaç farklı hareketli fototrofk konsorsiyum rengine,
morfolojisine, ve epibiyontlarının gaz veziküllerine sahip olup
olmamasına göre tanımlanmıştır.
Örnek olarak ‘’Chlorochromatium aggregatum’’ ‘da merkez bakteri
çubuk şekilli yeşil bakteriler tarafından çevrelenmiştir.
‘’Pelechromatium roseum’’da epibiyont kahverengidir.
 Mikrobiyal Habitatlar Olarak Bitkiler
Legümen-Kök Nodülü Simbiyozu
 İnsanlara büyük önem arzeden bir bitki-bakteri mutualizmi legümen
bitkiler ve azot fikse eden bakteriler arasındadır. Legümenler
tohumlarını kapsüllerin içinde taşıyan bitkilerdir.
 Bu çiçekli bitkilerin üçüncü büyük ailesi soya fasülyesi, yonca, alfalfa,
fasulye, ve bezelye gibi tarımsal öneme sahip bitkileri içerir.
 Bu bitkiler gıda ve tarım endüstrisinde ana ticaret ürünleridir ve
legümenlerin azot gübreleri olmadan yetişebilmesi çiftçileri yıllık
milyonlarca dolar masraftan kurtarmaktadır ve gübrelerin kirletici etkisi
azalmaktadır.
 Legümen-Kök Nodülü Simbiyozu

 Simbiyozdaki ortaklar Simbiyontlar olarak adlandırılır ve bitkilerin azot

fikse eden çoğu simbiyontları rhizobiya olarak adlandırılır. Bu isim
Rhizobium’dan türemiştir. Rhizobiya türleri Alpha ve
betaproteobacteria’dır.
 Toprakta veya enfekte legümen bitkilerde büyüyebilirler ve simbiyotik
ilişkiler kurabilirler. Hatta aynı tür hem rhizobial hem de rhizobial
olmayan suşları içerebilirler.
 Legüm bitkilerinin köklerinin rhizobiya tarafından enfeksiyonu kök
nodülü oluşumuna yol açar ve burada bakteri azotu bağlayabilir. Kök
nodüllerinde azot fiksasyonu dünyada fikse edilen azotun 1/4’üne
karşılık gelir.
Şekil 22.7 Soya fasulyesi kök nodülleri. Nodüller Bradyrhizobium
japonicum enfeksiyonu ile oluşmuştur. Bu soya fasülyesinin gerçek
çapı yaklaşık 0.5 cm’dir.
 Leghemoglobin

 Bakteriyel simbiyontun eksikliğinde, legümen N2 fikse edemez.

Rhizobiya, diğer yandan mikroaerofilik şartlarda saf kültürde
bile azot fikse edebilir (nitrojenaz oksijenle inaktive
olduğundan düşük O2’li çevre).
 Nodülde, O2 seviyeleri O2 bağlayan protein leghemoglobin ile
kontrol edilir. Sağlıklı N2 fikse eden nodüllerde bu demir
içeren proteinin üretimi bitki ve bakterinin ilişkisi ile başlar.
Leghemoglobin ‘’oksijen tamponu’’ olarak okside (Fe+3) ve
indirgenmiş (Fe+2) formları arasında O2 tutarak görev yapar.
Kök nodülünde oksijen bağlı ve serbest leghemoglobin
arasındaki oran, böylelikle 10.000:1’de tutulmuş olur.
 Leghemoglobin

 Simbiyoz kurabilen legüm ve rhizobiyum arasında bir

spesifiklik vardır. Belirli rhizobiyal türler bazı türleri enfekte
ederken diğerlerini edemez. Belirli bir rhizobiyal türle enfekte
edilebilen akraba legümenler çapraz inokulasyon grubu olarak
adlandırılır.
 Örneğin, Bir yonca grubu, bir fasulye grubu gibi.
Şekil 22.8 Nodülasyonun bitki büyümesi üzerine etkisi.
Nodüllenmemeiş (sol) ve Nodüllenmiş (sağ) azot fakiri toprakta
yetişen soya fasülyesi bitkisinin tarlası. Sarı renk klorozisin tiik
belirtisidir, azot eksikliğinden kaynaklanır.
 Kök Nodül Oluşumundaki Aşamalar

1. Doğru ortağın bakteri ve bitki tarafından tanınması ve

bakterinin kök tüylerine tutunması
2. Oligosakkarit sinyal moleküllerinin (Nod faktörleri)
bakteri tarafından salgılanması
3. Kök tüylerinin bakteriyel enfeksiyonu
4. Bakterinin enfeksyon ağı yardımıyla ana köke hareketi
5. Modifiye bakteri hücrelerinin (bakterioid) bitki hücresi
içinde oluşumu ve N2-fikse eden aşamanın gelişimi
6. Devam eden bitki ve bakteri hücre bölünmesi, olgun kök
nodülünün oluşumu
 Tutunma ve Enfeksiyon
 Legümen bitkilerin kökleri çeşitli mikrobiyal rizosfer
komünitelerinin büyümesini teşvik eden organik bileşikler
salgılar. Eğer doğru rizobiya çapraz inokulasyon grubu
toprakta ise, büyük populasyonlar oluştururlar ve eninde
sonunda bitki köklerinden çıkan kök tüylerine tutunurlar.
 Bir adhezyon protein olan rikadesin rizobiya hücre
yüzeylerinde mevcuttur. Diğer maddeler, karbohidrat
içeren protein lektinler ve bitki sitoplazmik membranındaki
spesifik reseptörler gibi, ayrıca bitki bakteri tutunmasında
rol oynar.
 Tutunma ve Enfeksiyon
 Tutunmadan sonra, rhizobiyal hücre kök tüyüne nüfuz eder
ve bakteri tarafından salgılanan maddelere cevap olarak
kıvrılır. Bakteri daha sonra kök tüylerine kadar yayılan
enfeksiyon ipliği adındaki selülotik tüpün bitki tarafından
oluşumu başlar. Kök tüylerine komşu kök hücreleri
rhizobiya tarafından enfekte edilir ve bitki hücreleri
bölünür.. Devam eden bitki hücre bölünmesi tümör benzeri
nodüller oluşturur.
Şekil 22.11 The infection thread and formation of root nodules. (a) An infection thread
induced by cells of Rhizobium leguminosarum biovar trifolii in a root hair of white clover (Trifolium
repens). The infection thread consists of a cellulosic tube through which bacteria move to root cells. (b–d)
Nodules from alfalfa roots infected with cells of Sinorhizobium meliloti shown at different stages of
development. Cells of both R. leguminosarum biovar trifolii and S. meliloti are about 2 mm long. The time
course of nodulation events from infection to effective nodule is about 1 month
 Bakteroidler
 Rhizobiya bitki hücresi içinde hızlıca çoğalır bakteroid denilen
şişkin, şekilsiz dallanmış hücreli forma dönüşür. Bakteroidin
bir mikro kolonisi simbiyozom adı verilen bitki stoplazmik
membranının uzantıları ile çevrilir ve yalnızca simbiyozom
oluştuktan sonra N2 fiksasyonu başlar.
 Bitki öldüğünde, nodül bozulur, bakteroidleri toprağa salar.
Bakteroidlerin bölünme yeteneği olmasa da, bir kısım dormant
rizobiyal hücre her zaman nodül içinde bulunur. Bunlar
çürüyen nodül ürünlerinin bir kısmını besin olarak kullanarak
çoğalır. Bakteri bir sonraki büyüme mevsimi sezonunda
enfekte edebilir veya toprakta serbest yaşam formunda
bulunabilir.
Nodül Oluşumu:Nod Genleri, Nod Proteinleri
ve Nod Faktörleri
 Bir legümenin nodülasyonunu yönlendiren rizobiyal genler nod
genleri olarak adlandırılır. Nodül oluşturma yeteneğinin nod ve
nif genlerin yatay gen transferiyle plazmitlere veya
kromozomal DNA’nın aktarılabilir genleriyle bağımsız olarak
birleşebilmesi olduğu düşünülmektedir.
 Rhizobium leguminosarum biovar viciae’de, bezelyeleri nodüle
eden 10 tane nod geni tanımlanmıştır. nodABC genleri Nod
faktörleri denen oligosakkarit proteinleri kodlar. Bunlar kök
saçı kıvrılmasını ve bezelye bitkisinde hücre bölünmesini
başlatarak nodül oluşumuna yol açar.
 İndükleyici
İnhibitör

5,7,3′,4′-Tetrahydroxyflavone 5,7,4′-Trihydroxyisoflavone
 Gövdeyi Nodülleştiren Rhizobiumlar
 Çoğu legüm bitkisi köklerinde N2 fikse eden nodüller
geliştirse de, bazı legüm türlerinin gövdelerinde de nodüller
görülür. Gövdesi nodülleşmiş legüm bitkileri biyolojik
aktivitenin çokluğundan dolayı azot eksik toprakların
bulunduğu tropik bölgelerde yaygındır.
 Gövde nodülleri doğal olarak gövdenin suya batan kısımlarında
ya da su seviyesinin hemen üzerinde kalan kısımlarında olur.
Sesbania rostrata
Legüm Olmayan N2-Fiksasyon Simbiyozları:Azolla-
Anabaena ve Alnus-Frankia

 Rhizobianın dışındaki mikroorganizmaların karıştığı azot fikse

eden ortak yaşamlar, legüm olmayan bitkilerde de oluşur.
Eğrelti otu Azolla bitkilerin yapraklarında küçük proların
içerisinde Anabaea azollae olarak bilinen, heterokist
bulunduran N2-fikse eden siyanobakterilerin bir türünü içerir.
Azolla çeltik yetiştiriciliğinde yıllardır kullanılmaktadır. Çeltik
dikilmeden önce, çiftçiler çeltik tohumunun üzerini Azolla ile
kaplarlar. Çeltik büyüdükçe pirinç bitkileri Azollayı baskılar ve
eğrelti otlarının ölümüne ve azotun salınmasınna yol açar.
Çiftçi azot gübrelemesine ihtiyaç olmadan verimli pirinç alır.
Legüm Olmayan N2-Fiksasyon Simbiyozları:Azolla-
Anabaena ve Alnus-Frankia

 Akçaağaç (Alnus) köklerinde N2-fikse eden nodüller

bulundurur. Bunlar filamentöz N2 fikse eden Frankia cinsinin
aktinomisetlerdir. Hücre ekstraktlarında çalışıldığı zaman
Frankia ‘nın nitrogenazı O2’ye hassastır fakat Frankia
hücreleri N2’yi oksijenli ortamda bile fikse eder. Bunun sebebi
Frankia hücrelerinin nitrogenazı O2’den enzimi veziküllerin
içine koyarak korur. Veziküller O2 difüzyonunu engelleyen
kalın duvarlar içerirler böylece veziküllerin içindeki O2
seviyesini nitrojenazın tolere edebileceği şekilde tutar.
Alnus’da Frankia (Frankia is an actinomycete bacteria)
nodülleri
Agrobacterium ve Taç Tümörü Hastalığı
 Bazı mikroorganizmalar bitki hastalıklarına neden olan bitki
patojenleridir. Agrobacterium cinsi çeşitli bitkilerde tümör
oluşumuna yol açar. En çok çalışılan 2 Agrobacterium türü:
Agrobacterium tumefacienes , taç tümörü hastalığına
 Agrobacterium rhizogenes, kıllı kök hastalığına sebep olur.
An extreme case odf crown gall.
Ti Plazmidi
 Her ne kadar yarralı bitkiler kallus denilen yumuşak yapılar
oluştursa da, taç tümörü hastalığında büyüme kontrol
edilemeyen büyüme olarak farklıdır, hayvan tümörlerine
benzer. A. tumefaciens hücreleri yalnızca Ti plazmidi
içeriyorsa tümör oluşturabilir. A. rhizogenes’de Ri plazmidi
benzer şekilde kıllı kök hastalığı için gereklidir.
 Enfeksiyonu takiben, Ti plazmidinin transferred DNA (T-
DNA) adı verilen kısmı bitki genomuna monte edilir. DNA
tümör oluşumu ve opin sentezi için gerekli genleri taşır.
Oktopin ve nopalin iki yaygın opindir. Opinler T-DNA ile
transforme olan bitki hücreleri tarafından üretilir ve karbon,
azot ve bazen parazitik A. tumefaciens için fosfat kaynağıdır.
Tanınma ve T-DNA Transferi
 Tümör durumunu başlatmak için A. tumefaciens hücreleri
bitkinin yaralı bölgesine tutunur. Bitki dokusu tarafından
Agrobacterium’un tanınması, bitki ve bakteri hücrelerinin
yüzeyinde tamamlayıcı reseptör molekülleri ile gerçekleşir.
Bitki reseptör molekülünün bir pektin türü, bakteriyal
reseptör molekülünün ise hücre duvarı lipopolisakkariti içinde
bulunan β-glukanları içeren bir tip polisakkarit olduğu
düşünülmektedir.
 Tutunmayı takiben, bakteri tarafından yaralı bölgeye
tutunmayı sağlayan selüloz fibrilleri sentezlenir ve bakteri
grupları bitki yüzeyinde oluşmaya başlar.
Tanınma ve T-DNA Transferi
 Ti plazmitin sadece küçük bir parçası enfeksiyon için gerekli
olmasına rağmen, T-DNA bitkiye transfer edilir. T-DNA
tümör oluşumunu teşvik eden genleri içerir. Ti plazmidinin
üzerinde bulunan vir genleri T-DNA transferi için gerekli olan
proteinleri kodlamaktadır. Yaralı bitki dokularından
sentezlenen metabolitler vir transkripsiyonunu başlatır. Bu
başlatıcı fenolik bileşikler asetosiringon ve ferulattır. Ti
plazmitinin üzerindeki genlerin iletilebilirliği bir bakteriden
diğerine konjugasyonla iletimini sağlar.
 Tanınma ve T-DNA Transferi
 DNA transferinde anahtar vir genleridir. VirA geni inducer
molekül olarak iş gören protein kinazı kodlar ve daha sonra virG
geninin ürününü fosforile eder. VirG fosforilasyonla aktifleşir ve
diğer vir genelerini aktive eder. VirD geninin ürünü (VirD)
endonukleaz aktivitesine sahiptir ve Ti plazmitindeki T-DNA ile
ilgili DNA bölgesini keser. VirE geninin ürünü bitki hücresinde
tek iplikli T-DNA’nın nükleazlarla parçalanmasından koruyan bir
DNA bağlanma proteinidir. (VirE geninin ürünü, endonukleaz
aktivitesi sonucunda oluşmuş tek zincirli DNA’yı bağlayan bir
DNA-bağlayan proteindir ve bu küçük DNA parçasını bitki
hücresine nakleder. VirB, bitki ile bakteri arasında DNA tek
ipliğinin transferinde aracılık yapar.
 Tanınma ve T-DNA Transferi
 Bir kez bitki hücresine girdiğinde, T-DNA bitki genomuna dahil
olur. Ti plazmitindeki tümöregenezis genleri opin biyosentezi için
en az bir anahtar enzim ve bitki hormonu üretimi için enzimleri
kodlar. Bu genlerin ifadesi tümör oluşumuna ve opin üretimine yol
açar.