Nükleobazlardan Bilgi

Depolama, DNA, Kromatin

Dr. Naz DİZECİ

 Öğrenim Hedefleri;

 DNA'nın bilgi depolama işlevinden yola çıkarak, genetik biliminin tarihsel gelişimini
anlatır ve kalıtımın temel mekanizmalarını sıralar.
 1928'de Frederick Griffith tarafından yapılan ve sonucunda transformasyonun
keşfedilmesine yol açan deneyi açıklar.
 Avery-MacLeod-McCarty tarafından 1944'te yapılan ve hücrenin genetik materyali
olarak DNA'nın keşfedilmesine yol açan deneyi açıklar.
 Hershey ve Chase tarafından 1952'de yapılan ve DNA'nın hücrenin genetik materyali
olduğu sonucuna varan deneyi açıklar.
 Pürinleri, pirimidinleri, nükleositleri ve nükleotidleri tanımlar.
 DNA ve RNA'yı yapılarına ve işlevlerine göre karşılaştırır (tRNA, mRNA, rRNA, miRNA,
siRNA, lncRNA shRNA).
 Chargaff'ın Kuralını Açıklar
 DNA yapısının Watson ve Crick modelini açıklar.
 Meselson ve Stahl tarafından yapılan ve DNA replikasyonunun yarı koruyucu olduğu
sonucuna varan deneyi açıklar.
 Gen, genom, kromozom, kromatin, kromatidi tanımlar.
 Histonları tanımlar ve nükleozomlar ve kromatin içindeki işlevlerini açıklar.
 Ökromatin ve heterokromatini tanımlar.
 İnsan genomunun büyüklüğünü söyler.
Hücresel Bilginin Yapısal Temeli: DNA, Kromozomlar ve Çekirdek

Genetik Materyal Araştırması:

• T.H.Morgans ve grubu, genlerin kromozomlarda bulunduğunu gösterdiklerinden

sonra, kromozomların iki bileşeni genetik materyal için aday oldu.

 DNA
 Protein

• Genetik materyali incelemesinde ana faktör, uygun deneysel organizmaları

seçmektir.

• DNA'nın kalıtımdaki rolü, ilk olarak bakterileri ve onları enfekte eden virüsleri
inceleyerek keşfedildi.

Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
 DNA'nın Bakterileri Dönüştürebileceğine Dair Kanıt

• 1910'dan 1940'lara kadar çoğu bilim insanı,

genlerin DNA'dan ziyade proteinden yapıldığına
inanıyordu.

• DNA'nın genetik rolünün keşfi, 1928'de Frederick

Griffith'in araştırmasıyla başladı.

• Griffith, biri patojenik diğeri zararsız olmak üzere

iki bakteri suşu ile çalıştı.

• Patojenik suşun ısı ile öldürülmüş kalıntılarını

zararsız suşun canlı hücreleriyle karıştırdığında,
bazı canlı hücreler patojenik hale geldi.

• Griffith gösterdi ki, bu maddenin kimliği

bilinmemekle birlikte, ölü patojenik hücrelerin
bazı kimyasal bileşenleri bu kalıtsal değişime
neden olmuştur.

• Griffith bu fenomeni transformasyon olarak

adlandırdı. Bugün bu olay bir hücre tarafından
dış ortamda bulunan DNA'nın içeri alınmasıyla
genotip ve fenotipteki bir değişim olarak
tanımlanmaktadır.
Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
 Avery-MacLeod-McCarty Deneyi - Hücrenin Genetik Malzemesi Olarak DNA

• 1944'te Oswald Avery, Maclyn McCarty ve Colin

MacLeod, transformasyona neden olan etkenin
DNA olduğunu gösterdiler.

• Elde ettikleri sonuç, zararsız bakterileri patojenik

bakterilere dönüştürmede yalnızca DNA'nın
çalıştığına dair deneysel kanıtlara dayanıyordu.

• DNA hakkında çok az bilgiye sahip olduklarından

dolayı, pek çok biyolog bu sonuçlara şüpheci kaldı.

Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
 Hershey ve Chase Deneyi

Jeff Hardin, Gregory Bertoni, Lewis J. Kleinsmith, Becker's World Of The Cell 8th Ed. Chapter: 18. Pearson Education, Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings
Nükleik asitler (Purinler ve pirimidinler)

Hücre Moleküler Yaklaşım, G.M. Cooper (51-53)

 Nükleik asitler

• Nükleik asitlerin bileşenleri Nükleik asitler, fosforlanmış şekerlere bağlı pürin ve pirimidin bazları içerir.
Tek başına bir şekere bağlı bir nükleik asit bazı, bir nükleosittir. Nükleotidler ayrıca bir veya daha fazla
fosfat grubu içerir.
Hücre Moleküler Yaklaşım, G.M. Cooper (51-53)
 Nükleik asitler

• Nükleik asit bazları arasında tamamlayıcı eşleşme

DNA'nın karşıt dizilerindeki bazlar arasında hidrojen bağlarının oluşumu,
sitozin (C) ile guanin (G) ve timinin (T) adenin (A) ile özel eşleşmesine yol açar.

Hücre Moleküler Yaklaşım, G.M. Cooper (51-53)

 Chargaff kuralları

• Erwin Chargaff ve meslektaşları 1940'ların sonlarında. DNA'nın dört

nükleotid bazının, farklı organizmaların DNA'larında farklı oranlarda meydana
geldiğini ve belirli bazların miktarlarının yakından ilişkili olduğunu buldular.

 DNA’yı meydana getiren baz birleşimi genelde türden türe

değişiklik gösterir.

 Aynı türün değişik dokularından saflaştırılan örnekler aynı baz

bftleşimine sahiptir.

 Türe ait baz bileşimi organizmanın yaşı, beslenme durumu veya

çevre değişimiyle değişmez.

 Tür dikkate alınmaksızın tüm hücre DNA’larında adenozin bazı

sayısı, timidin bazı sayısına (A = T ) ve guanozin bazı sayısı ise sitidin
bazı sayısına (G=C) eşittir. Bu eşitliklerden yola çıkıldığında pürin
sayısının, timidin sayısına eşit olduğu anlaşılır, A + G = T+ C’dir.

Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
 DNA, Genetik Bilgiyi Depolayan Çift Sarmaldır

 Rosalind Franklin ve Maurice Wilkins, DNA ipçiklerinin analiz

etmek için güçlü X-ışını kırınımı yöntemini kullandılar.

 DNA molekülünün heliks yapıda olduğu ve uzun ekseni

boyunca düzenli tekrarlanan iki yapı gösterdiğidir. Bunlardan
biıi 3,4 A°, diğeri ise 34 A° uzunluğundadır.

 O zaman sorun, yalnızca x-ışını kırınım verilerini değil, aynı

zamanda Chargaff tarafından keşfedilen spesifik A = T ve G =
C baz eşdeğerlerini ve diğer kimyasal özellikleri de hesaba
katabilecek üç boyutlu bir DNA molekülü modelini formüle
etmekti.
 DNA Double Helix

• Franklin’in X-ışını kristalografisi ile elde ettiği DNA

görüntüleri, Watson'ın DNA'nın sarmal olduğunu
anlamasını sağladı.

• X-ışını görüntüleri ayrıca Watson'ın sarmalın

genişliğini ve nitrojenli bazların aralığını
belirlemesini sağladı.

• Fotoğraftaki model, DNA molekülünün çift sarmal

oluşturan iki sarmaldan oluştuğunu gösteriyor.

• Watson ve Crick, X ışınlarına ve DNA'nın kimyasına

uyması için çift sarmal modellerini oluşturdu.

• Franklin, iki dış şeker-fosfat omurgası olduğu ve

azotlu bazların, molekülün iç kısmında eşleşmiş
olduğu sonucuna varmıştı.

• Watson, omurgaların antiparalel olduğu (alt birimlerin

zıt yönlerde çalıştığı) bir model oluşturdu.

Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
 Watson-Crick modeli Chargaff'ın kurallarını açıklıyor

• İlk başta, Watson ve Crick bazların benzer (A ile A, vb.) ile eşleştiğini
düşündüler, ancak bu tür eşleşmeler tek tip bir genişlikle sonuçlanmadı

• Bunun yerine, bir pürinin bir pirimidin ile eşleştirilmesi, X-ışını verileriyle
tutarlı tek tip bir genişlikle sonuçlandı

• Watson ve Crick, eşleştirmenin daha spesifik olduğunu ve temel yapılar

tarafından dikte edildiğini düşündü.

• Adenin (A) 'nın sadece timin (T) ve guaninin (G) sadece sitozin (C) ile
eşleştiğini belirlediler

• Watson-Crick modeli, Chargaff'ın kurallarını açıklar: herhangi bir

organizmada A = T miktarı ve G = C miktarı
Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
Nükleik asitler ve DNA
yapısı
 Temel İlke: Şablon Dizisine Baz Eşleştirme

• İki DNA ipliği tamamlayıcı olduğundan, her iplikçik, replikasyonda

yeni bir iplik oluşturmak için bir şablon görevi yapar.

• DNA replikasyonunda, ana molekül denatüre olup ve iki yeni

kardeş iplik, baz eşleştirme kurallarına göre oluşturulur

• Watson ve Crick’in semikonservatif çoğaltma modele göre, Bu

model iki zincirli sarmal DNA’nın her bir ipliğinin kalıp görevi
yaparak kendine yeni bir eş DNA ipliği oluşturması işlemidir.

• Rakip modeler

 Koruyucu (conservative) model (iki ana iplik yeniden

birleşir)
 Dağıtıcı model (dispersive) (her iplikçik, eski ve yeninin bir
karışımıdır)

Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
 Semikonservatif Model

• Matthew Meselson ve Franklin Stahl tarafından yapılan

deneyler Semikonservatif modeli destekledi

• Bu çalışmada, onlar eski ipliklerin nükleotidlerini ağır bir

nitrojen izotopu ile etiketlerken yeni nükleotidler ise daha
hafif bir izotopla etiketlendi.

• İlk replikasyon, konservatif modeli ortadan kaldıran bir

hibrit DNA bandı üretti

• İkinci bir replikasyon, hem hafif hem de hibrit DNA üretti

ve bu şekilde bu sonuç dağıtıcı modeli ortadan kaldırdı
ve semikonservatif modeli destekledi

Reece, J. B., & Campbell, N. A. (11th – Global Edition). Campbell biology. Chapter: 16 Boston: Benjamin Cummings / Pearson.
Ökaryotik Genlerin Yapısı

Hücre Moleküler Yaklaşım, G.M. Cooper , 6. Bölüm, (179-205)

 Ökaryotik Genlerin Yapısı ve Büyüklüğü

• Ökaryotik genlerin protein kodlayan dizileri

(ekzonlar) kodlamayan dizilerce (intronlar)
kesintiye uğratılır.
 İntronlar ve ekzonlar

• Adenovirüs mRNA'sındaki intronların belirlenmesi

İntronların rolleri-1
İntronların rolleri-2
İntronların rolleri-3
 Kodlamayan RNA

• miRNA’lar
miRNA genleri transkripsiyona uğrayarak saç tokası yapıları barındıran
birincil transkriptleri oluştururlar. Pri-mRNA’lar sırasıyla Drosha ve Dicer
adlı nukleazlar tarafından kesilerek yaklaşık 22 nükleotidlik çift iplikli
olgun miRNA’ları oluştururlar. miRNA’lar RISC kompleksi ile bir araya
gelir ve miRNA’nın iki ipliği birbirinden ayrılır. Daha sonra miRNA,
RISC’i hedef mRNA’nın 3’ translasyona uğramayan bölgesine (UTR)
yönlendirir, böylece translasyonun baskılanmasına ve mRNA yıkımına
neden olur.
Kodlamayan RNA

• X kromozomu inaktivasyonu

Aktif olmayan X kromozomu, lncRNA Xist (kırmızı) tarafından

kaplanır ve etkisiz hale getirilir. Kromozomlar, DNA'yı
bağlayan bir boya ile boyanır.
Genel Bilgi
Kromatin

• Ökaryotik DNA ve histonlar kompleks

oluşturarak kromatini oluşturur.
Kromatin
Sentromer
Sentromer
Telomer