Opdrachten: Dag 2-1 Biomolecules

Groepsopdrachten

Maak de onderstaande opdrachten met je groepje.

21-1 Vul voor elk van de volgende zinnen de lege plekken in met het beste woord of het beste
zinsdeel uit de onderstaande lijst. Niet alle woorden of zinsdelen worden gebruikt; elk
woord of elke zinsdeel mag slechts één keer worden gebruikt.

“Eiwitten zijn ______________ opgebouwd uit aminozuren, die elk een aminogroep en
een _____________ groep hebben die zijn gebonden aan de/het centrale
_______________. Er zijn twintig mogelijke _______________ die van structuur
verschillen en in het algemeen "R." worden genoemd. Bij neutrale pH zi jn aminozuren
_______________, met zowel een positieve als een negatieve lading. Wanneer een eiwit
wordt gemaakt, worden aminozuren aan elkaar gekoppeld door middel van
_______________. Die worden gevormd door condensatiereacties tussen het
carboxyluiteinde van het laatste aminozuur en het ___________________ uiteinde van
het volgende aminozuur dat aan de groeiende keten wordt toegevoegd.”

amino ionized polypeptides

α-carbon length protein
carbon noncovalent R group
carboxyl peptide bonds side chains
hydroxide

21-2 Geef aan of een molecuul organisch of anorganisch is.

A. glucose
B. ethanol
C. sodium chloride
D. water
E. cholesterol
F. adenosine
G. calcium
H. glycine
I. oxygen
J. iron
K. phospholipid

21-3 Geef aan of de volgende uitspraken waar of onwaar zijn. Als een bewering onwaar is, leg
dan uit waarom.

A. Een disacharide bestaat uit een suiker die covalent is gekoppeld aan een ander
molecuul zoals een aminozuur of een nucleotide.
B. De hydroxylgroepen op monosacchariden zijn reactie-hotspots en kunnen worden
vervangen door andere functionele groepen om derivaten te vormen van het
oorspronkelijke suiker.

1
 C. De aanwezigheid van dubbele bindingen in de koolwaterstofstaart van een vetzuur
heeft geen grote invloed op de structuur ervan.

21-4 Label in het fosfolipide molecuul van figuur 1 elk genummerd lijntje met de juiste term uit
de lijst

Figuur 1.
A. Phosphate
B. Nonpolar head group
C. Glycerol
D. Polar head group
E. Saturated fatty acid
F. Acetic acid
G. Sugar
H. Hydrophobic region
I. Hydrophilic region
J. Unsaturated fatty acid

21-5 Wat wordt bedoeld met de "polarity" van een polypeptideketen en met de "polarity" van
een chemische binding? Hoe verschillen deze betekenissen van elkaar?

21-6 Waarom zouden covalente bindingen niet kunnen worden gebruikt in plaats van niet-
covalente bindingen om interacties van macromoleculen tot stand te brengen?

21-7 Schrijf de chemische formule voor een condensatiereactie van twee aminozuren om een
peptidebinding te vormen uit. Schrijf ook de formule voor de hydrolyse reactie uit.

21-8 De aminozuren glutamine en glutaminezuur worden in figuur 2 weergegeven. Ze

verschillen alleen in de structuur van hun zijketens (omcirkeld). Bij pH 7 kan
glutaminezuur moleculaire interacties aangaan die niet mogelijk zijn voor glutamine.

2
Figuur 2.

Welke soorten interacties zijn dit? Kies uit onderstaande mogelijkheden.

a) ionic bonds
b) hydrogen bonds
c) van der Waals interactions
d) covalent bonds

21-9 Welk van de onderstaande moleculen zijn isomeren van elkaar?

a) glucose & galactose
b) alanine & glycine
c) adenine & guanine
d) glycogen & cellulose

21-10 Je probeert een synthetische kopie van een eiwit te maken, maar hebt per ongeluk de
aminozuren in precies de omgekeerde volgorde gelinkt. Een van je klasgenoten zegt dat
de twee eiwitten toch identiek moeten zijn, en zet € 20 in dat je synthetische eiwit precies
dezelfde biologische activiteit zal hebben als het origineel. Nadat je hoofdstuk 2 van
"Essential Cell Biology" hebt gelezen, aarzel je niet om je € 20 in te zetten op het
tegendeel.
- Welk bijzonder kenmerk van een polypeptideketen zorgt ervoor dat je € 20 veilig is en
dat het project moet worden overgedaan.

21-11 Welk van de onderstaande uitspraken is juist? Leg uit.

A. Eiwitten zijn zo ontzettend divers omdat ieder eiwit gemaakt is van een uniek mengsel
van aminozuren, die in willekeurige volgorde aan elkaar zijn gekoppeld.
B. Lipid bilayers zijn macromoleculen die voornamelijk bestaan uit fosfolipide subunits
C. Nucleïnezuren bevatten suikergroepen
D. Veel aminozuren hebben hydrofobe zijketens
E. .De hydrophobic tails van fosfolipidemoleculen worden afgestoten door water.
F. DNA bevat de vier basen A, G, U en C.

21-12 Van vetzuren wordt gezegd dat ze "amphipathic" zijn.

3
 - Wat wordt bedoeld met deze term?
- Hoe gedraagt een amphipathic molecule zich in water?
- Laat dit gedrag zien in een tekening.

21-13 Elk nucleotide in DNA en RNA heeft een aromatic base.

- Welk van onderstaande krachten is de belangrijkste kracht die ervoor zorgt dat de
basen in een polymeer niet in contact komen met water?

a) hydrophobic interactions
b) hydrogen bonds
c) covalent bonds
d) van der Waals interactions

21-14 Een eiwitketen vouwt zich in zijn stabiele en unieke driedimensionale structuur, door veel
niet-covalente bindingen te maken tussen verschillende delen van de keten. Deze niet-
covalente bindingen zijn ook cruciaal voor interacties met eiwitten en andere moleculen in
de cel.
- Kies bij onderstaande interacties uit één van de genoemde klassen van aminozuren
diegene die het belangrijkst is.

Klassen: acidic, basic, nonpolar en uncharged polar

A. vorming van ionische bindingen met negatief geladen DNA

B. vorming van waterstofbruggen om de oplosbaarheid in water te bevorderen
C. binding aan een ander water-soluble eiwit
D. lokaliseren van een "integral membrane" -eiwit dat een lipid bilayer overspant
E. het stevig inpakken van de hydrophobic interior core van een globulair eiwit

21-15 Deze rekenvraag is bedoeld om je een indruk te geven van het gigantische aantal
verschillende eiwitmoleculen dat gemaakt kan worden uit de 20 natuurlijk voorkomende
aminozuren.

- Hoeveel verschillende moleculen bestaande uit (a) twee, (b) drie en (c) vier
aminozuren, aan elkaar gekoppeld door peptidebindingen, kunnen worden gemaakt?

Een biochemicus van een onderzoeksinstituut stuurt jou een eiwitmengsel dat bestaat uit
precies één molecuul van elk van alle mogelijke sequenties die een eiwit met een
molecuulgewicht van 4800 Dalton kan hebben. Het gemiddelde molecuulgewicht van een
aminozuur is 120 Dalton (1 Dalton = 1 g/mol en 1 mol = 6·1023 moleculen).

- Hoeveel zou het totale eiwitmonster dan wegen?

- Wat is je mening over de biochemicus die je toegezegd heeft dit mengsel op te sturen?

Het gemiddelde molecuulgewicht van eiwitten op aarde is ongeveer 30.000 Dalton.

- Wat zegt bovenstaande berekening over de fractie van mogelijke eiwitten die momenteel
worden gebruikt door alle levende organismen op de aarde?