Metabolizm tlenowy i beztlenowy

tlenowce - zdolne do wykorzystywania tlenu jako końcowego akceptora elektronów (z

udziałem enzymów zwanych oksydazami)

beztlenowce - nie potrafią wykorzystywać tlenu

warunkowe (względne) tlenowce - wykorzystują tlen i dobrze rosną w jego obecności, ale
potrafią rosnąć też w warunkach beztlenowych (np. E. coli), w zależności od warunków
środowiska przestawiają swój metabolizm z tlenowego na beztlenowy.

mikroaerofile - optymalnie rosną w obecności tlenu, gdy jego ciśnienie cząstkowe jest
niższe, niż w powietrzu (H.pylori)

kapnofile - wymagają do wzrostu większej zawartości CO2 , niż w atmosferze

​

bezwzględne beztlenowce - nie potrafią wykorzystywać tlenu jako końcowego akceptora;

jest dla nich toksyczny, gdyż w jego obecności dochodzi do nagromadzenia reaktywnych
form tlenu (anionorodnik ponadtlenkowy O22 −; rodnik hydroksylowy OH *; nadtlenek
​

wodoru H2 O2 ) ​ ​

bakterie redukujące siarczany - charakteryzują się metabolizmem oddechowym, a

więc ATP uzyskują dzięki fosforylacji oksydacyjnej

bakterie homoacetogenne

klostridia - charakteryzują się metabolizmem fermentacyjnym, a więc ATP uzyskują

dzięki fosforylacji substratowej z wykorzystaniem endogennych akceptorów
elektronów

beztlenowce aerotolerancyjne - niewykorzystujące tlenu w swoim metabolizmie, ale

tolerujące jego obecność (niektóre klostridia)

Metabolizm tlenowy
sposoby wykorzystywania tlenu:

tlen jako końcowy akceptor elektronów w oddychaniu

tlen zużywany bezpośrednio w różnego rodzaju reakcjach

katabolicznych/anabolicznych

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 1

 np. niektóre chemoorganoheterotrofy - w tym metanotrofy - wykorzystują tlen do
aktywacji węglowodorów alifatycznych i aromatycznych z udziałem oksygenaz)

monoksygenazy - rozszczepiają cząsteczkę O2 , włączając jeden atom tlenu do

​

substratu, drugi redukując do wody

dioksygenazy - włączają oba atomy tlenu do substratu

alkohole powstające w wyniku hydroksylacji są następnie degradowane, służąc

bakteriom jako źródło węgla i energii

bakterie nitryfikacyjne (uzyskujące energię z utleniania amoniaku) - wykorzystują

monooksygenazę amoniakową, aby hydroksylować amoniak do hydroksyloaminy

tlen wykorzystywany w reakcjach biosyntez (ubichinonów, tetrapiroli, pirymidyn,

steroli, nienasyconych kwasów tłuszczowych)

tlen jako biorca elektronów do bezpośredniego utlenienia NADH lub innych związków,
bez zysku energetycznego (niektóre beztlenowce aerotolerancyjne)

Reaktywne formy tlenu

anionorodnik ponadtlenkowy O22 − ​

pojawia się zawsze, gdy tlen jest redukowany przez takie przenośniki elektronów,
jak flawoproteiny czy cytochromy,

może z niego powstawać nadtlenek wodoru, który jest mniej toksyczny, ale
bardziej stabilny

enzym dysmutazy ponadtlenkowej Sod (pozbawione są go bezwzględne

beztlenowce) przeprowadza reakcję:
2O22 − +2H + → H2 O2 + O2 
​ ​ ​ ​

rodnik hydroksylowy OH*

najgroźniejsza (i najbardziej krótkotrwała) z reaktywnych form tlenu

powstaje z nadtlenku wodoru

może reagować z większością związków organicznych, powodując ich zniszczenie

nadtlenek wodoru H2 O2  ​ ​

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 2

 unieszkodliwiany przez katalazę (u tlenowców):
H2 O2 + H2 O → 2H2 O + O2 
​ ​ ​ ​ ​

jeżeli bakteria dysponuje dysmutazą ponadtlenkową i katalazą:

4O22 − +4H + → 2H2 O + 3O2 
​ ​ ​

rozkładany przez peroksydazę (wymaga do działania jakiegoś reduktanta - zwykle

NADH):
H2 O2 + NADH + H + → 2H2 O + NAD+ 
​ ​ ​

Reaktywne formy tlenu mogą ulegać detoksykacji do H2 O w wyniku reakcji

​

enzymatycznych, np. z udziałem glutationu.

Alternatywny system chroniący przed stresem oksydacyjnym u bezwzględnych

beztlenowców:

reduktaza ponadtlenowa Sor

rubrerytryna - ma aktywność reduktazy H2 O2 zależnej od NADH

​ ​

Enzymy te rozkładają odpowiednio ponadtlenek i nadtlenek wodoru do wody bez wytwarzania

tlenu, co jest ważne dla beztlenowców.

Oddychanie
proces kataboliczny, w którym utlenianie związków organicznych/nieorganicznych jest
sprzężone z syntezą ATP w procesie fosforylacji oksydacyjnej

końcowymi akceptorami elektronów są związki egzogenne

energia zawarta w substracie oddechowym jest stopniowo uwalniana w serii sprzężonych

reakcji redox, którym towarzyszy transport elektronów w łańcuchu oddechowym,
wykorzystywany do wypompowywania protonów na zewnątrz błony cytoplazmatycznej

błona nie jest przepuszczalna dla protonów, więc powoduje to powstanie siły
protonomotorycznej, która jest wykorzystywana do syntezy ATP z udziałem syntazy ATP
(ATP-azy)

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 3

 Łańcuch oddechowy
skład: m.in. dwa kompleksy enzymatyczne umiejscowione w błonie komórkowej -
dehydrogenaza i końcowa oksydoreduktaza

sprzęga utlenianie zredukowanego donora elektronów

(NADH → NAD + + e− ) z redukcją utlenionego końcowego akceptora elektronów
(w oddychaniu tlenowym tlen, w beztlenowym inne pierwiastki lub związki - nieorganiczne
lub organiczne):

Zalety oddychania tlenowego:

największy zysk energetyczny, bo tlen charakteryzuje się wysokim potencjałem redox

w obecności tlenu związki organiczne (np. glukoza) są utleniane do CO2 , H2 O 

​ ​

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 4

 w innych typach oddychania utlenianie może nie być całkowite, więc i wydajność ATP staje
się mniejsza

Warunki tlenowe - E. coli:

Jeśli w środowisku występują różne akceptory elektronów, to będą one wykorzystywane w

kolejności najbardziej korzystnej energetycznie:

tlen > azotan > DMSO > TMAO > fumaran

Warunki beztlenowe - E.coli:

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 5

 Oddychanie beztlenowe
różne egzogenne akceptory elektronów: azotany, azotyny, tlenki azotu, siarczany, siarka
pierwiastkowa, Fe (III), Mn (IV), nadchlorany i chlorany, arseniany, CO2 , fumaran i inne
​

Oddychanie azotanowe
bakterie te są w większości warunkowymi tlenowcami (tlen jest preferowanym przez nie
akceptorem elektronów)

bez tlenu: reduktaza azotanowa zamiast oksydazy cytochromowej w łańcuchu transportu

elektronów; przenosi elektrony z cytochromu na azotan, redukując go do azotynu =
redukcja dysymilacyjna azotanu

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 6

 reduktaza azotanowa dysymilacyjna:
NO3 − +2e− + 2H + → NO2 − +H2 O 
​ ​ ​

z pośród wszystkich w.w. akceptorów elektronów, tylko azotyn jest w stanie przyjąć 1e,
pozostałe przyjmują 2

denitryfikacja - oddychanie azotanowe, w którym powstają produkty gazowe (N2 O , N2 );

​ ​

jej wynikiem jest zubożenie środowiska w związki azotu; proces czteroetapowy - cztery
różne reduktazy - przenoszenie elektronów na 4 różne akceptory elektronowe

najlepiej poznana bakteria denitryfikacyjna - P. denitrificans (względny tlenowiec)

amonifikacja - dysymilacyjna redukcja azotanów do amoniaku - katalizowana przez

reduktazę, która wykorzystuje NADH lub NADPH jako dawcę elektronów; reduktaza
zawiera cytochrom c jako grupę prostetyczną i katalizuje sześcioelektronową redukcję
azotynu do jonu amonowego:

NO2− + 3NADP H + 5H + → NH4+ + 3NADP + 2H2 O 

​ ​ ​

dysymilacyjna redukcja azotanów do amoniaku może dostarczać energii niektórym

bakteriom

Oddychanie siarczanowe
siarczany jako ostateczne akceptory elektronów - bakterie redukujące siarczany (BRS) -
na ogół bezwzględne beztlenowce

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 7

 BRS utleniają proste związki organiczne (mleczan, propionian, octan, etanol, mrówczan) lub
wodór, redukując siarczany do siarkowodoru

pozostałe akceptory elektronów: siarczyny, tiosiarczany i tetrationiany

wszystkie końcowe reduktazy są enzymami cytoplazmatycznymi - nie mogą uczestniczyć

w tworzeniu gradientu protonów w poprzek błony

wodór - wytwarzany w cytoplazmie w czasie utleniania związków organicznych (może być

jedynym źródłem energii dla wielu bakterii); dyfunduje do peryplazmy i tam jest utleniany,

przenoszenie elektronów przez błonę na siarczan, protony pozostają w peryplazmie -

powstaje PMF i może być syntetyzowany ATP

cytochrom c - główny przenośnik elektronów (peryplazma); odbiera elektrony od

peryplazmatycznej hydrogenazy i przenosi je na błonowy kompleks Hcm

dwa etapy dysymilacyjnej redukcji siarczanów:

redukcja siarczanu do siarczynu

redukcja siarczynu do siarczku

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 8

 aktywacja siarczanu - silnie ujemny potencjał redox pary siarczan/siarczyn sprawia, że
siarczan nie może być bezpośrednio akceptorem elektronów - aktywacja z udziałem ATP i
sulfurylazy ATP:

SO42 − +ATP → APS + P Pi 

​ ​

reduktaza APS - katalizuje właściwą reakcję redukcji:

APS + 2H → AMP + SO32 − ​

Oddychanie siarkowe
siarka pierwiastkowa S 0 jako końcowy akceptor elektronów,

niektóre bezwzględne beztlenowce, niezdolne do oddychania siarczanowego (np.

Desulfuromonas - utlenianie octanu/etanolu, jednoczesna redukcja siarki do siarkowodoru)

Geobacter sulfurreducens - wykorzystuje siarkę, Fe (III) i fumaran

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 9

 niektóre warunkowe tlenowce - zdolność do redukcji siarki pierwiastkowej, a także
związków siarki (siarczan, siarczyn, DMSO) np. Salmonella - nie potrafią jednak redukować
siarczanów

Wykorzystanie CO2 jako akceptora elektronów

​

redukcja CO2 , utlenianie H2 :

​ ​

metanogenne archeony

bakterie homoacetogenne )

sposób redukcji CO2 - szlak acetylo-CoA:

​

4H2 + H + + 2HCO3− → CH3 COO − + 4H2 O 

​ ​ ​ ​

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 10

 katalizacja wytworzenia acetylo-CoA z grup -CO i -CH3 - hydrogenaza tlenku
​

węgla/syntaza acetylo-CoA

Oddychanie fumaranowe
powszechne u względnych tlenowców

egzogenny fumaran - końcowy akceptor elektronów (E. coli, Shewanella)

E. coli - oddychanie fumaranowe w warunkach beztlenowych w obecności

niefermentowanych źródeł węgla (np. glicerol) i fumaranu; redukcja fumaranu do
bursztynianu i wydalanie go do środowiska

łańcuch oddechowy: dehydrogenaza, menachinon (MQ) i reduktaza fumaranowa

reduktaza fumaranowa:

związana z cytoplazmatyczną stroną błony komórkowej;

nie wydaje się, by była pompą protonową - więc synteza ATP w oddychaniu
fumaranowym musi zachodzić z udziałem oksydoreduktazy NADH:ubichinol, która w
czasie utleniania NADH przenosi protony przez błonę - pompa protonowa

Wykorzystanie DMSO i TMAO w oddychaniu

DMSO i TMAO - końcowe akceptory elektronów (Wolinella)

DMS - produkt degradacji dimetylopropionianu - osmoregulatora roślin morskich

DMSO - donor elektronów dla bakterii chemolitotroficznych i fototroficznych

TMAO - wytwarzany przez ryby morskie, które pozbywają się w ten sposób nadmiaru azotu

Redukcja DMSO zachodzi z udziałem dwóch elektronów:

CH3 − SO − CH3 + 2H + + 2e− → CH3 − S − CH3 + H2 O 

​ ​ ​ ​ ​

Redukcja TMAO zachodzi z udziałem dwóch elektronów:

(CH3 )3 N − O − + 2H + + 2e− → (CH5 )3 N + H2 O 

​ ​ ​ ​ ​

Dysymilacyjna redukcja Fe(III) i Mn(IV)

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 11

 Fe(III) - najobficiej występujący akceptor elektronów w wielu beztlenowych osadach
dennych (Geobacter, Shewanella)

elektrony przechodzą na łańcuch transportu elektronów, który kończy się kompleksem

reduktazy Fe(III)

pilusy - nanodruty u Geobacter - charakteryzują się bardzo dobrym przewodnictwem

elektrycznym

Bakterie (np. Shewanella) wytwarzają chelatory, solubilizujące Fe(III), który jest

nierozpuszczalny w wodzie, i uwalniają związki (być może chinony), które przenoszą
elektrony z powierzchni komórek na powierzchnię tlenków Fe(III)

redukcja Mn(IV) - Shewanella

Inne typy oddychania beztlenowego

wykorzystywanie oksyanionów pewnych pierwiastków (w tym selenu, teluru i arsenu) jako
końcowych akceptorów

utlenianie substratów organicznych/wodoru, redukcja arsenianów AsO42 −/selenianów

​

SeO42 − ​

reduktazy arsenianiowe/selenianiowe - enzymy peryplazmatyczne i błonowe -

wszystkie zawierają molibden

nadchlorany (ClO4− )i chlorany (ClO3− )jako końcowy akceptor elektronów - względne
​ ​

tlenowce lub mikroaerofile

wykorzystywanie nadchloranów dzięki enzymom - reduktazie nadchloranowej i

dysmutazie chlorynowej:

reduktaza nadchloranowa - heterodimer, zawierający żelazo, molibden i selen,

redukuje nadchloran i chloran (ClO3− )do chlorynu
​

dysmutaza chlorynowa - homotetramer zawierający żelazo, występuje w błonie

zewnętrznej i jest negatywnie regulowana przez tlen i azoten, katalizuje reakcję
dysmutacji chlorynu do chlorku i tlenu, który może zostać wykorzystany jako
akceptor

nadchloran → chloryn → chlorek + O2  ​

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 12

 bakterie wykorzystujące w oddychaniu beztlenowym nadchlorany i chlorany
przyczyniają się do usuwania toksycznych form chloru, które człowiek wprowadza do
środowiska

Inne sposoby uzyskiwania ATP

energia wykorzystywana w metabolizmie bakterii występuje w postaci ATP lub gradientów
jonów H + /Na+ , które napędzają procesy endoergiczne

te dwie formy energii mogą ulegać wzajemnym przemianom dzięki aktywności błonowej
ATP-azy, która sprzęga translokację H + (Na+ )z hydrolizą/syntezą ATP

gradient protonów we wcześniejszych procesach posuwał się dzięki pompom protonowym

występującym w łańcuchach transportu elektronów

niektóre bakterie mogą wytwarzać Δpbez udziału łańcucha oddechowego:

podczas metabolizmu fermentacyjnego wydalanie z komórki kwasów karboksylowych

(powstających w czasie fermentacji) jest połączone z symportem protonów; następnie
powrót protonów do cytoplazmy, zachodzący z udziałem ATPazy prowadzi do syntezy
ATP (bakterie mlekowe - eksport mleczanu zachodzi z jednoczesnym transportem 2
protonów na zewnątrz błony cytoplazmatycznej - siła protonomotoryczna, która
napędza syntezę ATP)

proces wymiany substratu/produktu z towarzyszącą alkalizacją wnętrza komórki -

powstanie siły protonomotorycznej - powstanie gradientu pH

Metabolizm tlenowy i beztlenowy 13