BỘ Y TẾ CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI TƯ Độc lập - Tự do - Hạnh phúc

Số: /NĐTW
Hà Nội, ngày 15 tháng 01 năm 2021
V/v Phúc đáp về các ý kiến của Hội đồng
đạo đức quốc gia sau buổi họp xét duyệt đề
cương nghiên cứu SARS-CoV-2

Kính gửi:
- Cục Khoa Học Công Nghệ và Đào Tạo: Bộ Y Tế
- Hội Đồng Y Đức Trong Nghiên Cứu Y Sinh Học Quốc Gia

Họ và Tên Chủ Nhiệm Đề Tài: PGS. BS. Phạm Ngọc Thạch

Họ và Tên Đồng Chủ Nhiệm Đề Tài: TS. Cao Anh Tuấn
Đơn vị chủ trì đề tài: Bệnh Viện Nhiệt Đới Trung Ương
Địa chỉ cơ quan: Thôn Bầu, xã Kim Chung, huyện Đông Anh, thành phố Hà Nội.
Các đơn vị thực hiện: Genetica® Research Foundation, 1011, đường số 23, San Francisco, CA,
94107, Hoa Kỳ

Genetica® Research Foundation, đại diện các bệnh viện tham gia nghiên cứu, xin trân trọng cảm
ơn Hội Đồng Y Đức Trong Nghiên Cứu Y Sinh Học Quốc Gia đã tiến hành thẩm định, cho ý
kiến phản biện và góp ý cho dự án nghiên cứu “​ĐÁNH GIÁ NGUY CƠ NHIỄM SARS-CoV-2
DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA NGƯỜI VIỆT NAM” ​trong phiên họp thẩm
định ngày 23/11/2020 và 06/12/2020.

Tiếp thu ý kiến của hội đồng, chúng tôi xin được phúc đáp lại các ý kiến trong biên bản họp “​Hội
đồng đạo đức trong nghiên cứu y sinh học Quốc Gia xét duyệt đề cương nghiên cứu thử
nghiệm lâm sàng theo quy trình rút gọn” vào ngày 23/11/2020 và 06/12/2020 như sau:
1. Đề nghị bổ sung văn bản về sự liên hệ giữa Genetica ® và Gene Friend. Trong Biên bản
ghi nhớ giữa Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới và Trung tâm nghiên cứu Genetica ® có đoạn”
“Trung tâm nghiên cứu Genetica hoạt động dưới sự quản lý của công ty Gene Friend Way
Inc., công ty công nghệ sinh học trụ sở ở Mỹ” nhưng không có văn bản chứng minh điều
này.
Trả lời:
Genetica đã bổ sung văn bản thể hiện mối liên hệ giữa Genetica® và Gene Friend vào hồ
sơ gửi kèm.
2. Đề nghị bổ sung văn bản chứng minh năng lực thực hiện nghiên cứu. Giấy chứng nhận
tình trạng (certificate of status) từ Bộ ngoại giao (department of state) của tiểu bang
California chỉ chứng thực công ty Gene Friend đã có kinh doanh thực tế tại tiểu bang này.
Chứng minh năng lực thực hiện nghiên cứu để đảm bảo công ty thực sự làm nghiên cứu
chứ không chỉ làm trung gian giao dịch cho các mẫu sinh phẩm cho một công ty ẩn danh
phía sau. Năng lực nghiên cứu cũng nhằm để đảm bảo kết quả nghiên cứu là có giá trị để
có thể ứng dụng trên người Việt Nam.
Trả lời:
Genetica đã bổ sung văn bản chứng minh năng lực thực hiện nghiên cứu vào hồ sơ gửi
kèm.
3. Nếu một bên tham gia nghiên cứu là một đơn vị quốc tế (trong trường hợp này là Genetica
® Research Foundation) thì phải có đề cương nghiên cứu bằng tiếng Anh, mẫu phiếu đồng
ý tham gia nghiên cứu bằng tiếng Anh để đảm bảo đơn vị này hiểu rõ trách nhiệm của
mình (nếu chỉ có bản tiếng Việt nhưng nếu có kiện cáo thì đơn vị quốc tế này sẽ trốn trách
nhiệm và nói rằng họ không hiểu văn bản tiếng Việt).
Trả lời:
Genetica đã bổ sung đề cương nghiên cứu bằng tiếng Anh và phiếu đồng ý tham gia
nghiên cứu bằng tiếng Anh.
4. Đề nghị bổ sung biểu mẫu ghi nhận thông tin cho nghiên cứu (CRF) để biết được nghiên
cứu này sẽ thu nhận những thông tin gì và có phục vụ cho mục đích nghiên cứu hay cho
mục đích khác.
Trả lời:
 Genetica đã bổ sung biểu mẫu ghi nhận thông tin cho nghiên cứu (CRF).
5. Mục tiêu tổng quát ghi là “Nghiên cứu này sẽ là một trong những nghiên cứu mang tính
nền tảng....” là chưa rõ vai trò của nghiên cứu này. Thực sự nghiên cứu này cũng chỉ tìm
các yếu tố liên quan đến nguy cơ nhiễm SARS-CoV-2 chứ không xác định được nguy cơ
nhiễm.
Trả lời:
- Genetica đã điều chỉnh lại mục tiêu tổng quát trong mục 12 của đề cương nghiên cứu cụ
thể như sau:
Mục tiêu tổng quát
Nghiên cứu này xác định các biến thể di truyền liên quan đến tăng nguy cơ nhiễm
SARS-CoV-2 tại Việt Nam cũng như Châu Á.

Mục tiêu cụ thể

Dựa trên việc giải mã 100 mẫu gen của người dương tính (F0) với SARS-Cov2 và 100
mẫu gen của người đã tiếp xúc với F0 nhưng không lây nhiễm (F1):

○ Xác định các biến thể di truyền ở người Việt có liên quan đến nguy cơ gia tăng
nhiễm SARS-CoV-2.
○ Xác định các biến thể di truyền ở người Việt nhiễm SARS-CoV-2 (F0) làm tăng
nguy cơ xuất hiện các biến chứng nguy hiểm như hội chứng suy giảm hô hấp cấp
tính (ARDS).
○ Xác định các biến thể di truyền ở người Việt có liên quan đến việc bảo vệ khỏi
nguy cơ lây nhiễm SARS-CoV-2.

6. Phần về phương pháp chuẩn bị mẫu, giải mã trình tự gen, phân tích dữ liệu còn chưa cụ
thể. Nội dung này chỉ nêu các bước tương tự như trong sách giáo khoa mà chưa nêu cụ thể
(thí dụ ngay cả thiết bị nào để giải mã trình tự gen vẫn chưa có).
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh lại phương pháp nghiên cứu trong mục 16.3 của đề cương nghiên cứu
cụ thể như sau:
Nước bọt được thu thập bằng cách sử dụng Bộ thu mẫu DNA nước bọt GeneFiXTM, có thể
bảo quản chất lượng DNA trong nước bọt được thu thập trong ít nhất 6 tháng ở nhiệt độ
phòng. Bộ thu mẫu DNA nước bọt GeneFiXTM được phát triển, sản xuất và giám sát theo
Hệ thống quản lý chất lượng dựa trên ISO 9001: 2015 và ISO 13485: 2016.

Từ mẫu nước bọt thu được, DNA sẽ được tách chiết bằng hệ thống Chemagic PrimeTM
Robot. Quá trình này hoàn toàn tự động, sử dụng công nghệ độc quyền chemagen M-PVA
Magnetic Bead cho quá trình tinh lọc DNA và RNA cùng với việc xử lý chất lỏng, để phân
lập tự động thông lượng cao của axit nucleic siêu tinh khiết. Quá trình này được giám sát
theo tiêu chuẩn Kiểm soát chất lượng của ISO/IEC 17025.

DNA tách chiết được sau đó được làm giàu ở các vùng mục tiêu bằng cách sử dụng quy trình
dựa trên quy trình lai và được giải mã bởi chip giải mã gen độc quyền Genetica® V3. Chip
giải mã gen Genetica® V3 bao gồm 800.000 đa hình nucleotide đơn (SNPs), chèn hoặc mất
(Indels) và các số lượng bản sao biến thể (CNV). Genetica® sử dụng công cụ trí tuệ nhân tạo
độc quyền để trích xuất SNP, Indels và CNV từ hơn 435.000 bài báo khoa học được công bố.
Công cụ trí tuệ nhân tạo phân loại các biến thể/ đột biến theo tầm quan trọng của chúng và
trích xuất 800.000 biến thể/đột biến quan trọng nhất đối với người châu Á. Tất cả các biến
thể gây bệnh và có khả năng gây bệnh được xác định bằng cơ sở dữ liệu Clinvar và ACMG.
Quy trình làm việc của Genetica là sử dụng nền tảng Thermo Fisher GeneTitan and Illumina
Hiseq 2000 (600 GB trong một lần). Tất cả các mẫu được xử lý trong phòng thí nghiệm
RUCDR Infinite Biologics Clinical Genomics, đây là phòng thí nghiệm có chứng nhận CLIA
và được công nhận bởi CAP (CLIA Number: 31D2077913, CAP Number: 8981166).

Đối tượng nghiên cứu sẽ thuộc nhóm người dương tính (F0) với SARS-CoV2 và người đã
tiếp xúc với F0 nhưng không lây nhiễm (F1) tại Bệnh Viện Nhiệt Đới Trung Ương. (tiêu chí
lựa chọn các 2 nhóm đối tượng đã được trình bày cụ thể ở đối tượng nghiên cứu).

Nhóm đối tượng trường hợp 1 (N >= 100) là những người dương tính (F0) với SARS-CoV2.
Nhóm đối chứng 1 (N >= 100) là những người đã tiếp xúc với F0 nhưng không lây nhiễm
(F1).
Chúng tôi sẽ thực hiện giải mã gen cho những người tham gia nghiên cứu tại Bệnh Viện
Nhiệt Đới Trung Ương cung cấp mẫu nước bọt và ký nhận trên phiếu cam kết.

Quy trình giải mã gen được thực hiện như sau:

1- Thu thập mẫu (từ đối tượng nghiên cứu):

Đối với nhóm đối tượng F0 và F1 (tại nhà của đối tượng nghiên cứu): Genetica® chịu trách
nhiệm toàn bộ cho các quy trình:

- Gửi bộ thu mẫu nước bọt (có chứa sẵn chất bảo quản DNA và có thể bảo quản ở điều
kiện nhiệt độ phòng trong 6 tháng) đến tận nhà của đối tượng nghiên cứu.
- Sau khi lấy mẫu nước bọt xong, đối tượng nghiên cứu sẽ gửi mẫu về trung tâm tiếp
nhận mẫu của Genetica® tại HN (tầng 4, số 1 Thái Hà, tòa nhà Thái Bình Group, quận Đống
Đa) và Genetica® sẽ chịu trách nhiệm chi phí vận chuyển.

Đối với nhóm đối tượng F0 đang điều trị tại bệnh viện:

- Genetica® sẽ gửi bộ dụng cụ thu mẫu đến Bệnh viện với số lượng cụ thể.

-BS của bệnh viện sẽ hỗ trợ thu mẫu nước bọt của đối tượng nghiên cứu.

-Sau khi lấy mẫu xong, BS sẽ liên hệ Genetica® đến thu lại mẫu.

*** Những đối tượng tham gia nghiên cứu đều được giải thích:

Rõ ràng mục tiêu nghiên cứu (Bệnh viện chịu trách nhiệm giải thích với đối tượng nghiên
cứu).

Quy trình thực hiện bao gồm điền thông tin vào phiếu chấp thuận tham gia nghiên cứu, tài
liệu hướng dẫn lấy mẫu và vận chuyển mẫu. Tất cả quy trình này đều được tuân theo nguyên
tắc bảo mật của Genetica® được trình bày cụ thể ở phần đạo đức nghiên cứu (Genetica®
chịu trách nhiệm cho phần này).

2- Vận chuyển mẫu: Genetica® tiến hành đóng gói DNA thô của đối tượng tham gia nghiên
cứu (DNA được tách chiết bằng Chemagic PrimeTM Robot) và gửi đến phòng thí nghiệm
của chúng tôi tại phòng thí nghiệm tại Trường Đại Học San Francisco, Hoa Kỳ (mỗi mẫu
DNA thô của đối tượng đều được mã hóa và chúng tôi chỉ quản lý mẫu dựa trên những mã
đó, tất cả các thông tin cá nhân đều được bảo mật theo tiêu chuẩn HIPAA).
3- Chuẩn bị mẫu: Đội ngũ kỹ thuật viên của Genetica® chịu trách nhiệm cho quá trình này ở
phòng thí nghiệm của chúng tôi tại Hoa Kỳ. Quy trình này bao gồm: tách chiết DNA từ mẫu
của người tham gia, có thể dùng các kỹ thuật khuếch đại để tập trung vào một nhóm gen cụ
thể.

4- Giải mã trình tự gen: Đội ngũ nghiên cứu viên của Genetica® chịu trách nhiệm cho quá
trình này ở phòng thí nghiệm của chúng tôi tại Hoa Kỳ. Quy trình này bao gồm: chúng tôi
thực hiện GWAS dựa vào thông tin nghiên cứu của các đột biến đã được tìm thấy ở các đại
dịch trước như MERS, SARS). Quá trình giải mã tình tự gen của Genetica® được thực hiện
bằng phương pháp genotyping. Chi tiết cụ thể như sau:
Tạo thư viện gen: Tạo các mảnh DNA bất kỳ có kích thước nhỏ (100-500 cặp bazơ) được
gắn cạnh bởi các adapter nền. Thông thường, các mảnh này sẽ được khuếch đại PCR và làm
sạch bằng gel.
Quét mã: Xác định các mẫu khác nhau bằng cách giải mã phức hợp. Cụ thể, tất cả các mảnh
DNA trên nếu cùng thuộc một mẫu thử thì sẽ có chung mã vạch.
Khuếch đại mục tiêu: Khuếch đại vùng gen cần xem xét thành các cụm đặc trưng và giống
hệt nhau. Bước này trong quy trình được thực hiện bằng các phương pháp lai
oligonucleotide.
Giải mã: Thực hiện hàng loạt các phản ứng hóa học cùng lúc để xác định các bazơ đơ gắn
vào chuỗi DNA mẫu.
5- Phân tích dữ liệu: Đội ngũ nghiên cứu của Genetica® chịu trách nhiệm cho quá trình này
ở phòng thí nghiệm của chúng tôi tại Hoa Kỳ. Quy trình này bao gồm 4 bước dưới:

- Định danh bazơ: Xác định các nucleotit cụ thể ở từng vị trí khi giải mã đơn.
- Xác định trình tự: Đối chiếu chuỗi DNA ngắn đã được giải mã với hệ gen mẫu.
- Định danh biến thể: Xác định các biến thể trong quá trình giải mã dựa vào hệ gen
mẫu trên.
- Chú thích biến thể: Bổ sung chú thích cho từng biến thể xác định được. Thông
thường, chú thích sẽ có các thông tin hỗ trợ cho quá trình xác định vai trò lâm sàng của biến
thể.
- Dữ liệu cuối cùng từ quá trình nghiên cứu sẽ được thảo luận bởi 2 bên: các BS tham
gia nghiên cứu này tại bệnh viện và các chuyên gia di truyền học và khoa học máy tính của
Genetica® Research Foundation.
7. Tiêu chuẩn chọn nghiên cứu còn chưa rõ ràng ở nhóm có tiếp xúc nhưng không lây bệnh
(F1) là chưa rõ chưa cụ thể bởi vì ở nhóm đối tượng này có thể là: (1) Đã có nhiễm
SARS-CoV-2 (được xác định qua xét nghiệm kháng thể) nhưng chưa có bệnh hoặc (2) Đã
có nhiễm SARS-CoV-2 (được xác định qua xét nghiệm RT-PCR dùng sinh phẩm ở vùng
tỵ hầu và họng) nhưng chưa có bệnh hoặc (3) Không bị lây nhiễm.
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh lại tiêu chí chọn bệnh trong mục 16.4 của đề cương nghiên cứu, cụ
thể như sau:

Tiêu chuẩn lựa chọn người tham gia nghiên cứu:

a. Nhóm tham gia nghiên cứu (100 người nhiễm SARS-CoV-2 hay F0):

Tiêu chuẩn lựa chọn:

● Bệnh nhân được chẩn đoán dương tính với SARS-CoV2 (​ từ kết quả xét nghiệm
RT-PCR, được giải thích cụ thể ở mục 16.4.1)

● Đang cư trú tại Hà Nội và các tỉnh thành lân cận

● Người từ 5 tuổi trở lên.

● Dương tính đã lành bệnh và về nhà hoặc/ và dương tính đang điều trị tại bệnh viện
Nhiệt Đới Trung Ương

Tiêu chuẩn loại trừ:

Không nằm trong tiêu chuẩn lựa chọn.

b. Nhóm đối chứng- 100 người không lây nhiễm (F1) nhưng đã tiếp xúc với F0

Tiêu chuẩn lựa chọn:

- Toàn bộ những người đã có tiếp xúc với ca bệnh chỉ điểm trong phạm vi 2 mét trong
bất kỳ khoảng thời gian nào; hoặc đã từng ở trong cùng một phòng với ca chỉ điểm trong
vòng 3 ngày trở lên trong giai đoạn lây nhiễm của ca bệnh.

- Người từ 5 tuổi trở lên.

- Đang cư trú tại HN và các tỉnh thành lân cận

 - Đã và đang điều trị tại bệnh viện Nhiệt Đới Trung Ương

Tiêu chuẩn loại trừ:

Không nằm trong tiêu chuẩn lựa chọn.

8. Đề nghị làm rõ cách tính cỡ mẫu nghiên cứu.

Trả lời:
Genetica đã thêm cách tính cỡ mẫu nghiên cứu trong mục 16.4.2 của đề cương nghiên cứu,
cụ thể như sau:
Cỡ mẫu cho nghiên cứu (200 mẫu) được tính toán dựa trên tần số nhỏ nhất của biến thể gien
được nghiên cứu. Để hệ số đa gen có ý nghĩa thống kê, chúng tôi đã chạy một môi trường giả
lập, dựa vào tần số minor allele (minor allele frequencies) của các cỡ quần thể từ 50-80-100
đến 1000. Tổng hợp với minor allele frequencies của 200 biến thể được sử dụng trong nghiên
cứu này. Cỡ mẫu từ 90 người sử dụng statin trở lên có thể đạt ý nghĩa thống kê.

9. Trong phiếu này cần nêu rõ thêm:

- Những bất lợi và nguy cơ khi tham gia nghiên cứu: Nếu không có bất lợi và nguy cơ cũng
phải nêu rõ.
- Cần có cam kết về bảo mật thông tin của đơn vị lấy mẫu và đơn vị nghiên cứu. Trong phiếu
cam kết phải nêu rõ đơn vị chủ trì nghiên cứu là bệnh viện Bệnh nhiệt đới trung ương chứ
không phải là Genetica ® Research foundation.
- Cần phải nêu rõ nghiên cứu này không đem lại lợi ích về y tế cho bệnh nhân.
- Cần nêu rõ là khi tham gia nghiên cứu thì người tham gia được chi trả bao nhiêu tiền.
- Ở điều 1 của phiếu chấp nhận có ghi “Tôi hoàn toàn chịu trách nhiệm về pháp lý – chấp nhận
bồi thường cho bất kì tổn thất hay thiệt hại mà Genetica ® Research Foundation phải chịu
khi các mẫu cung cấp không hợp pháp” là không rõ ràng, không minh bạch và đẩy trách
nhiệm về phía người tham gia.
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh lại nội dung này trong mục 16.7 của đề cương nghiên cứu. Và điều
chỉnh thêm trong phiếu ICF (tài liệu đính kèm bổ sung)
10. Cần điều chỉnh thời gian tham gia nghiên cứu trong đề cương theo đúng thực tế.
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh lại thời gian nghiên cứu trong mục II, như sau:
(01/01/2021 đến tháng 30/03/2021)

11. Làm rõ một số định nghĩa còn chưa cụ thể (ví dụ như không rõ biến thể bảo vệ là gì,
biến thể nguy hiểm là gì?).
Trả lời:
Genetica đã thêm nội dung này trong mục 14.3, cụ thể như sau:
Theo American College of Medical Genetics (ACMG)
(​https://www.acmg.net/docs/Standards_Guidelines_for_the_Interpretation_of_Sequence_Va
riants)​
Đột biến: được định nghĩa là sự thay đổi vĩnh viễn trong trình tự nucleotide với tần số dưới
1%.
Đa hình (polymorphism)​: được định nghĩa là một dạng biến thể có tần số trên 1%.
Biến thể: ​Các thuật ngữ "đột biến" và "đa hình" được sử dụng rộng rãi, tuy nhiên thường
dẫn đến nhầm lẫn vì các giả định không chính xác về tác động gây bệnh và lành tính. Do đó,
chúng tôi khuyến nghị rằng cả hai thuật ngữ được thay thế bằng thuật ngữ "biến thể" với sự
phân loại như sau:
​ ây bệnh: Biến thể chắc chắn ảnh hưởng đến chức năng gen hoặc gây bệnh
(i) G

​ ó khả năng gây bệnh:

(ii) C
● Tính lặn (recessive): Biến thể làm giảm chức năng gen, nhưng điều đó chỉ gây ra bất
thường về mặt sinh hóa hoặc bệnh tật - nếu ​in trans ​chuyển thành alen mất chức năng (LoF -
Loss of Function).
● Tính trội (dominant): có khả năng là LoF hoặc biến thể của hệ quả quan trọng về mặt
chức năng.
(iii) ​Không chắc chắn: biến thể hiếm có thể ảnh hưởng đến chức năng gen, tức là một biến
thể có ý nghĩa sinh học tiềm năng.
(iv) Có thể lành tính: biến thể tần số thấp hơn so với lành tính mà không có lý do gì để nghi
ngờ là gen lặn hoặc vai trò siêu hình, hoặc có thể trung tính sau các nghiên cứu về chức
năng / gia đình.
(v) ​Lành tính: ​biến thể tần số cao hơn so với có thể lành tính mà không có lý do gì để nghi
ngờ là gen lặn hoặc vai trò siêu hình, hoặc có thể trung tính sau các nghiên cứu về chức
năng / gia đình.

Biến thể bảo vệ: biến thể được biết là có khả năng bảo vệ, tức là cản trở một kiểu hình nhất
định
Hội chứng suy hô hấp cấp tính​: là một quá trình viêm phổi cấp tính và dữ dội do các tổn
thương ở phổi hoặc toàn thân, thường bắt đầu bởi viêm phổi, nhiễm trùng huyết hoặc chấn
thương ​(Acute respiratory distress syndrome: the Berlin Definition.
ARDS Definition Task Force., Ranieri VM, Rubenfeld GD, Thompson BT, Ferguson ND,
Caldwell E, Fan E, Camporota L, Slutsky AS JAMA. 2012 Jun 20; 307(23):2526-33).​
Những tổn thương này kích hoạt phản ứng miễn dịch không đặc hiệu ở phổi, dẫn đến tăng
tính thấm của màng phế nang-mao mạch và hình thành phù nề giàu protein phế nang.
Việc xác định ARDS hiện nay thiếu một xét nghiệm chẩn đoán đơn giản và dựa trên các dấu
hiệu lâm sàng và hình ảnh đa dạng cho thấy suy hô hấp cấp (A modified acute respiratory
distress syndrome prediction score: a multicenter cohort study in China; Xie J, Liu L, Yang
Y, Yu W, Li M, Yu K, Zheng R, Yan J, Wang X, Cai G, Li J, Gu Q, Zhao H, Mu X, Ma X, Qiu
H ; J Thorac Dis. 2018 Oct; 10(10):5764-5773.)​. Tùy thuộc vào mức độ nghiêm trọng của
suy phổi, được đo bằng tỷ lệ PaO2 / FiO2, ARDS hiện được phân loại là nhẹ (200 <PaO2 /
FiO2 ≤300), trung bình (100 <PaO2 / FiO2 ≤ 200) hoặc nặng (PaO2 / FiO2 ≤ 100) ​(Acute
respiratory distress syndrome: the Berlin Definition. ARDS Definition Task Force., Ranieri
VM, Rubenfeld GD, Thompson BT, Ferguson ND, Caldwell E, Fan E, Camporota L, Slutsky
AS JAMA. 2012 Jun 20; 307(23):2526-33).
Do các lựa chọn điều trị hạn chế trong ARDS, nhu cầu cấp thiết là xác định các dấu ấn sinh
học, bao gồm các yếu tố di truyền, có thể giúp phân tầng các nguy cơ ở bệnh nhân ICU, để
dự đoán tiên lượng của họ và, có thể, phục vụ như các mục tiêu điều trị cụ thể hơn. Nhiều
nghiên cứu di truyền cho đến nay đã tập trung vào việc xác định các biến thể nguy cơ di
truyền trong các gen mã hóa các ứng viên sinh học liên quan đến phản ứng miễn dịch, tính
 thấm của mô và chuyển hóa mạch máu, tăng trưởng và phát triển tế bào, phản ứng với stress
oxy hóa và đông máu. ​(Guillén-Guío B., Acosta-Herrera M., Villar J., Flores C. Genetics of
Acute Respiratory Distress Syndrome. eLS. 2016:1–9. doi:
10.1002/9780470015902.a0026533.)
Cho đến năm 2015, có tổng cộng 81 gen ứng cử viên khác nhau có liên quan đến tính nhạy
cảm hoặc kết quả ARDS trong 68 nghiên cứu độc lập, hầu hết chúng được thực hiện ở bệnh
nhân có nguồn gốc châu Âu ​(Guillén-Guío B., Acosta-Herrera M., Villar J., Flores C.
Genetics of Acute Respiratory Distress Syndrome. eLS. 2016:1–9. doi:
10.1002/9780470015902.a0026533.)​. Từ năm 2015 đến tháng 4 năm 2019, 10 gen ứng cử
viên mới đã được khám phá trong 10 nghiên cứu độc lập, cụ thể như: EGLN1, MUC5B,
AGER, LRRC16A, MAP3K1, FLT1, IL17, DEFB1, FER, ANGPT2, HBD-1..

12. Đề nghị bổ sung lý lịch khoa học, chứng chỉ GCP của các nghiên cứu viên.

Trả lời:

Genetica sẽ bổ sung chứng chỉ GCP ngay sau khi chúng tôi hoàn thành khóa học ngày
7-8/01/2021

13. Đề nghị bổ sung hồ sơ pháp lý của Gene Friend Way và người đại diện hợp pháp.

Trả lời:

Genetica đã bổ sung vào hồ sơ gửi kèm.

14. Cân nhắc điều chỉnh tên nghiên cứu cho phù hợp nội dung nghiên cứu. (có thể tham
khảo “Nghiên cứu mối liên quan giữa nguy cơ nhiễm SARS-CoV2 với đặc điểm đột biến
gen của người Việt Nam).

Trả lời:

Genetica đã điều chỉnh lại tên đề tài, cụ thể như sau: ​ĐÁNH GIÁ NGUY CƠ NHIỄM
SARS-CoV-2 DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA NGƯỜI VIỆT NAM

15. Nội dung nghiên cứu số 2 chưa được mô tả rõ ràng trong thiết kế nghiên cứu, quy trình
thực hiện và đối tượng tham gia.
Trả lời:
 Genetica đã làm rõ nội dung này, cụ thể như sau:

Các gen phân tích: ​32 gen liên quan đến khả năng lây nhiễm virus được phân tích.

ACE2, CLEC5A, TNF, MICB, CD209, IFITM3, IL1B, IL6, CPT2, TLR3, RANBP2, IL1A,
MXA, AHSG, TLR4, CD55, LGALS1, FCGR2A, FUT2, SFTPA2, SLFN13, RIG-I, OAS1,
CCL2, MBL2, FGL2, CDHR3, ITGA2, MSR1, GSTM3, IFIH1, MDA-5.

Bên cạnh đó, có nhiều gen liên quan đến nguy cơ mắc ARDS như:

Cụ thể, người mang đột biến ở gen ​VEGF có tỷ lệ tư vong so suy hô hấp cấp tính cao hơn
1.6 lần.

Một biến thể bất lợi trên gen điều hòa quá trình viêm ​MYD88 làm tăng nguy cơ tử vòng
trong vòng 60 ngày vì bị suy hô hấp cấp tính nếu phải vào khoa chăm sóc đặc biệt (ICU).

Nếu có đột biến trên gen ​HBD-1 ​có thể làm nồng độ peptide bảo vệ trong cơ thể thấp, cũng
như làm tăng nguy cơ mắc ARDS và cơ hội sống khi mắc ARDS thấp hơn.

Bên cạnh đó, nếu có đột biến trên gen ​IL17​, gen mã hóa protein viêm. Đột biến này có liên
quan đến tăng sự mẫn cảm với ARDS và nguy cơ tử vong trong vòng 30 ngày.

Một đột biến gen ​LRRC16A có thể làm giảm số lượng tiểu cầu và cơ hội sống sót thấp khi
mắc ARDS.

16. Đề nghị làm rõ người xét nghiệm dương tính với SARS-CoV2 được xác định bằng
phương pháp gì?
Trả lời: Genetica đã làm rõ nội dung này trong mục 16.4.1, cụ thể như sau:

Các tiêu chí đánh giá “người dương tính với SARS-CoV2:

-”Dương tính” với xét nghiệm RT-PCR: RNA SARS-CoV-2 thường có thể phát hiện được
trong bệnh phẩm hô hấp trong giai đoạn cấp tính của nhiễm trùng. Kết quả dương tính cho
thấy sự hiện diện của SARS-CoV-2 RNA; tương quan lâm sàng với tiền sử bệnh nhân và
thông tin chẩn đoán khác là cần thiết để xác định bệnh nhân tình trạng nhiễm. ​(LabCorp
COVID-19 RT-PCR test EUA Summary – November 4, 2020)

-Đi kèm hoặc không đi kèm với các triệu chứng lâm sàng như:
(​https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/symptoms-testing/symptoms.html)​
 ● Sốt
● Ho khan
● Đau đầu
● Đau họng,....

17. Đề nghị bổ sung SOP lấy phiếu chấp thuận tham gia nghiên cứu, quy trình tuyển bệnh,
quy trình lấy mẫu nghiên cứu...
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh nội dung này trong mục 16.4 và 16.5, cụ thể như sau:
16.5 Thiết kế nghiên cứu

16.5.1 Chọn bệnh:.

Tất cả bệnh nhân (đối tượng nghiên cứu thỏa mãn tiêu chí chọn bệnh cho nhóm 1 &2)

16.5.2 Khám lâm sàng

Tất cả bệnh nhân (cả 2 nhóm nghiên cứu) đều được hỏi bệnh sử, tiền sử và các thông tin khác
một cách cẩn thận và được ghi nhận theo phiếu thu thập số liệu (phụ lục).

16.5.3 Các bước xét nghiệm

1. Bệnh viện Nhiệt Đới Trung Ương sẽ cung cấp danh sách các đối tượng tham gia
nghiên cứu. (theo các tiêu chuẩn chọn bệnh được giải thích ở mục 16.4.2)
2. Đối tượng tham gia nghiên cứu hiểu rõ mục tiêu nghiên cứu và đồng ý ký vào phiếu
tình nguyện tham gia nghiên cứu (phụ lục).
3. Đối tượng nghiên cứu được hướng dẫn thu mẫu nước bọt.
Trước khi thu mẫu, đối tượng tham gia nghiên cứu phải tuân thủ chặt chẽ theo quy trình lấy
mẫu nước bọt được miêu tả chi tiết bên dưới.
Mẫu nước bọt của mỗi đối tượng tham gia nghiên cứu trong mỗi nhóm sẽ được thu thập từ
bệnh viện với sự hỗ trợ của các bác sĩ, y tá hoặc nhân viên y tế.
Genetica ® sẽ chịu trách nhiệm việc huấn luyện việc lấy mẫu nước bọt cho nhân viên y tế.
Quy trình thu mẫu nước bọt được hướng dẫn cụ thể qua đường link sau:
https://www.youtube.com/watch?v=iDQi6OrlfKI&ab_channel=Genetica
Sau đó, tất cả các mẫu nước bọt được chuyển đến Genetica® để thực hiện các nghiên cứu
sâu hơn như giải trình tự và phân tích gen.

Quá trình vận chuyển mẫu nước bọt cũng tuân thủ theo các hướng dẫn trong bộ thu mẫu.
Trong mỗi ống thu mẫu đều có “RNA shield” giúp bảo vệ mẫu trước các sự nhiễm RNA từ
các nguồn khác như COVID-19. Bên cạnh đó, trong mỗi ống thu mẫu đều có dung dịch bảo
quản DNA nên có thể bảo quản mẫu trong điều kiện nhiệt độ bình thường đến 6 tháng.

4. Tách chiết DNA từ mẫu nước bọt

5. Gửi mẫu DNA thô qua phòng thí nghiệm tại Hoa Kỳ để tiến hành giải mã gen
6. Phân tích kết quả giải mã gen
7. Thảo luận và công bố kết quả
8. Viết báo cáo tổng kết

16.5.4 Xử lý và phân tích số liệu

Giải trình tự gen:

Nguồn tham khảo là các dữ liệu sinh học công khai từ nguồn Ngân hàng sinh học loài người
và cơ sở dữ liệu nghiên cứu di truyền (HBGRD), Ngân hàng sinh học Vương quốc Anh, NIH
Clinvar và nhiều ngân hàng khác, Trí tuệ nhân tạo độc quyền của Genetica sẽ chỉ ra các vị trí
trong bộ gen người châu Á để nghiên cứu mối tương quan với bệnh ung thư.

Đối tượng tham gia nghiên cứu là các bệnh nhân tăng cholesterol máu (những người hiện
được chẩn đoán tăng cholesterol máu và được kê đơn dùng statin) tại Bệnh viện tim Tâm
Đức tham gia nghiên cứu này không chỉ ảnh hưởng tới quá trình điều trị của họ mà còn như
một nghiên cứu đại diện cho toàn quốc về hiệu quả và các tác dụng phụ của Statin tại Việt
Nam.

Các phương pháp giải trình tự gen của chúng tôi được thực hiện trên các mẫu nước bọt của
những người tham gia đã ký phiếu xác nhận đồng thuận việc sử dụng quy trình Giải trình tự
gen thế hệ tiếp theo (NGS) độc quyền của Genetica:
Chuẩn bị mẫu: Tách chiết DNA từ mẫu nước bọt của bệnh nhân, có thể khuếch đại tập trung
vào đoạn gen đích.

Tạo thư viện: Tạo ra các đoạn DNA ngẫu nhiên có kích thước ngắn (100-500 cặp bazơ),
được bao bọc bởi các đầu tiếp nhận riêng biệt. Thông thường, các đoạn được khuếch đại bởi
PCR và tinh chế gel.

Mã vạch: Dùng để xác định các mẫu khác nhau để giải trình tự liên tiếp. Đặc biệt, tất cả các
mảnh thuộc một mẫu nhất định sẽ có chung một mã vạch.

Khuếch đại mục tiêu: Khuếch đại vùng quan tâm thành các nhóm vô tính, riêng biệt. Bước
này thường sử dụng các phương pháp dựa trên lai ghép oligonucleotide.

Giải trình tự: Thực hiện các phản ứng hóa học song song hàng loạt để phát hiện các bazơ đơn
lẻ khi chúng đi vào các sợi khuôn DNA.

Phân tích dữ liệu: Thực hiện bốn hoạt động.

Đọc tên bazơ: Xác định tên của nucleotide cụ thể ở mỗi vị trí trong một lần đọc trình tự.

Đọc đoạn nối: Phát hiện các biến thể DNA trong trình tự đọc bằng bộ gen tham chiếu.

Đọc tên biến thể: Xác định các biến thể DNA trong trình tự đọc bằng bộ gen tham chiếu.

Chú thích biến thể: Thêm thông tin cho từng biến thể được phát hiện.

Thông thường, một chú thích bao gồm thông tin để hỗ trợ việc giải thích ý nghĩa lâm sàng
của biến thể.

Các kiểm tra thống kê được sử dụng phân tích kết quả mong đợi:

Sự phân bố của các kiểu gen được đánh giá về biến số từ cân bằng Hardy-Weinberg bằng
cách sử dụng phép thử Chi-Square (Khi- bình phương). Để so sánh các biến trong các kiểu
gen khác nhau, các biến phân phối chuẩn được so sánh với phân tích phương sai hoặc với
phép kiểm định Kruskal-Wallis hoặc với Mann-Whitney U. Kết quả của phép kiểm định này
 ( P-value) nhỏ hơn 0.05 cho phép kết luận sự khác biệt của hai kiểu gen là có ý nghĩa thống
kê.

Hệ số đa gien hiệu chỉnh sử dụng hệ thống AI ranking tổ hợp lại sau khi đánh giá độ phức tạp
của một biến thể sau khi cộng dồn Weighted Odd Ratios.

18. Cần nhất quán trong việc sử dụng thuật ngữ “người dương tính với SARS-CoV2”, không
thay thế bằng “dương tính với COVID-19”.
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh lại thuật ngữ trong đề cương nghiên cứu.

19. Rà soát lại thuyết minh đề cương và các tài liệu nghiên cứu, tránh lỗi đánh máy, lỗi lặp đi
lặp lại, xưng hô không nhất quán.
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh lại thuật ngữ trong đề cương nghiên cứu.

20. Thời gian nghiên cứu trong 1 tháng là không khả thi, đề nghị nhóm nghiên cứu điều chỉnh
lại.
Trả lời:
Genetica đã điều chỉnh lại thời gian nghiên cứu, cụ thể như sau:
Thời gian nghiên cứu: (01/01/2021 đến tháng 30/03/2021)

21. Đề nghị nhóm nghiên cứu viết lại phần mục tiêu tổng quát, mục tiêu cụ thể chi tiết hơn,
nên khu trú nhóm nghiên cứu.
Trả lời:

Genetica đã điều chỉnh lại nội dung này trong mục 12, cụ thể như sau:

Mục tiêu cụ thể

Dựa trên việc giải mã 100 mẫu gen của người dương tính (F0) với SARS-Cov2 và 100 mẫu
gen của người đã tiếp xúc với F0 nhưng không lây nhiễm (F1):
 o Xác định các biến thể di truyền ở người Việt có liên quan đến nguy cơ gia tăng nhiễm
SARS-CoV-2.
o Xác định các biến thể di truyền ở người Việt nhiễm SARS-CoV-2 (F0) làm tăng nguy
cơ xuất hiện các biến chứng nguy hiểm như hội chứng suy giảm hô hấp cấp tính (ARDS).
o Xác định các biến thể di truyền ở người Việt có liên quan đến việc bảo vệ khỏi nguy
cơ lây nhiễm SARS-CoV-2.

22. Nghiên cứu quan sát, nhằm phát hiện những đột biến gene ở người VN liên quan đến tích
cảm nhiễm bệnh COVID 19 về khả năng bảo vệ và nguy cơ bị các biến chứng tim mạch
phải nhập viện vào ICU.
Nghiên cứu sử dụng bệnh phẩm là nước bọt đơn giản hơn lấy máu đối với đối tượng
nghiên cứu ngang nhưng có thể không hồi cứu được các bệnh nhân đã nhập viện trước
đây. Đối với mục tiêu xác định các đột biến gene liên quan đến khả năng bảo vệ với bệnh
trên nhóm người F1 nhưng không mắc bệnh và các đột biến gene trên người bệnh F0 để
tìm các gene có khả năng làm bệnh dễ mắc và bệnh nặng lên, như vậy mẫu chọn là phù
hợp. Tuy nhiên dựa vào đâu để lấy cỡ mẫu 100 đối tượng cần làm rõ thêm.
Đối với số đối tượng F1 có lẽ không khó, nhưng ở VN có được 100 người F0 và có triệu
chứng nặng sẽ không dễ, phụ thuộc vào tình hình dịch. Vì vậy có thẻ cân nhắc việc sử
dụng thay bằng các mẫu máu để xét nghiệm hồi cứu có lẽ sẽ làm cho đề tài khả thi hơn (
dễ đủ cỡ mẫu cần thiết).
Trả lời:
Genetica® xin phép được phản hồi như sau:
- Genetica xin được phép phản hồi như sau:
- Không sử dụng mẫu bệnh phẩm vì kit lấy mẫu có thể không có RNA shield,
không đảm bảo an toàn cho vận chuyển và nghiên cứu mẫu.
- Chỉ sử dụng kit lấy mẫu của Genetica để lấy nước bọt cho những đối tượng F0
trước đó đã vào viện.

Trên đây là phần giải trình cho ý kiến từ Quý Hội Đồng. Chúng tôi chân thành cảm ơn.
Chúng tôi chân thành cảm ơn tất cả các ý kiến đóng góp từ Hội Đồng Đạo Đức trong
nghiên cứu Y Sinh Học Quốc Gia và đã ghi nhận để sửa đổi, cải thiện cho việc thực hiện
nghiên cứu trong thời gian tới.

Trân trọng cảm ơn ./.

CHỦ NHIỆM ĐỀ TÀI

TS. BS. Phạm Ngọc Thạch