RNA tipleri ve ekspresyonları

Prokaryot ve ökaryotlarda
A- Kod taşıyan RNA’lar
– mRNA (messenger RNA)

B- Kod taşımayan RNA’lar

– Transkripsiyon RNA’ları
a) tRNA (transfer RNA)
b) rRNA (ribozomal RNA)

Ökaryotlarda
Small RNA’lar (küçük RNA’lar)
a) siRNA (Small interfering RNA) veya RNAi (RNA interference)
b) miRNA (MicroRNA)
c) snRNA (small nuclear RNA) - (Küçük nükleer RNA)
d) snoRNA (small nucleolar RNA) - (Küçük nükleolar RNA)
e) scRNA (small cytoplasmic RNA) - Küçük sitoplazmik RNA)
f) SRP-RNA (Signal recognition Particule-RNA) - Sinyal tanıma RNA)
g) Telomerik RNA
1
h) Anti-sense RNA
 RNA’nın genel fonksiyonları

• Genetik bilgi depolama ve transfer,

• Yapısal,

• Katalitik,

• Düzenleme (Regülasyon),

• Seçicilik.
2
Kompleks organizmaların genetik programlanmasında kod
taşımayan RNA’ların düzenleme güçleri vardır.

3
Genetik bilgi akışı
Gen (transkripsiyon ünitesi)

transkripsiyon

Pre-transkript
splicing

eksonlar + intronlar Ağ
montaj İşleme

mRNA veya snRNA snoRNA’lar

microRNA’lar

protein Diğer fonksiyonlar

katalitik fonksiyonlar
yapısal roller
4
sinyal iletimi ve gen ekspresyonu düzenlenmesi
 Prokaryotlarda büyük RNA’ların işlenme mekanizmaları

• messenger RNA (mRNA)

a) 5’ ve 3’ kesim
b) Poliadenilasyon

• ribosomal RNA (rRNA)

a) metilasyon
b) nükleolitik kesim

• transfer RNA
a) 5’- ve 3’- kesim
b) 3’ ucuna CCA eklenmesi
c) Baz modifikasyonu

5
 Prokaryotik rRNA ve tRNA’ların transkripsiyonu

Genler: 16S rRNA tRNA 23S rRNA 5S rRNA tRNA

Promotor Terminatörler

30S pre-rRNA: Transkripsiyon

Sonradan kesim

16S rRNA tRNA 23S rRNA 5S rRNA tRNA

6
 Prokaryot ve ökaryot RNA polimeraz tipleri

Prokaryot hücre Ökaryot hücre

RNA polimeraz RNA polimeraz I RNA polimeraz II RNA polimeraz III

   

rRNA,tRNA, mRNA rRNA mRNA, tRNA,

(28S,18S ve 5.8S) Bazı snRNA, scRNA 5S rRNA, snRNA,
scRNA

7
Prokaryotlarda rRNA ve tRNA işlenmesi

8
Ökaryotlarda kodlanmayan
RNA’ların transkripsiyonları

9
 Ökaryot mRNA, rRNA ve tRNA genlerinin promotorları:

RNA Polimeraz I’in (RNAP I) çalıştığı promotorlar:

1) rRNA gen promotoru: -150’de bulunan dizi, UBF (upstream binding factor) ve SL1 (selectivity factor 1)
transkripsiyon faktörleri tarafından tanınır. Transkripsiyon başlatma kompleksi sırası: UBF, SL1 ve RNAP I

RNA Polimeraz II’nin (RNAP II) çalıştığı promotorlar:

1) mRNA gen promotoru; -25’te TATA kutusuna sırasıyla; TFIID, TFIIB, RNAP II, TFIIF, TFIIE, TFIIH

2) U6 snRNA gen promotoru; transkripsiyona başlama nükleotidinin yukarı tarafında (upstream, genin 5’
tarafı) bulunur. TATA kutusu içerir. Kompleks oluşturma sırası: SNAP, TFIIB ve ardından RNAP II

RNA Polimeraz III’ün (RNAP III) çalıştığı promotorlar:

1) 5S rRNA gen promotoru, transkripsiyona başlama nükleotidinin aşağı tarafında (downstream) bulunur.
Transkripsiyon başlatma kompleksi sırası: TFIIIA, TFIIIC, TFIIIB ve RNAP III

2) tRNA gen promotoru, transkripsiyona başlama nükleotidinin aşağı tarafında (downstream) bulunur.
Ancak TFIIIA bağlama yeri yok. Kompleks oluşturma sırası: TFIIIC, TFIIIB ve RNAP III

10
 Ökaryotlarda kod taşımayan büyük RNA’ların işlenme
mekanizmaları

• ribosomal RNA (RNA polimeraz I transkriptleri)

a) Metilasyon
b) Nükleolitik kesim

• transfer RNA (RNA polimeraz III transkriptleri)

a) 5’ ve 3’ kesim
b) 3’ ucuna CCA eklenmesi
c) Baz modifikasyonu
d) tRNA splicing

11
 rRNA

• Ribozomun %60’ı rRNA, %40’ı protein

• rRNA, RNAP I ile sentezlenir.

• İnsan 1 nolu kromozomunun bir kolunda yaklaşık 2000 kopi 5S’lik rRNA geni
bulunur ve bu gen RNAP III tarafından transkribe edilir.

• 13, 14, 15, 21 ve 22 nolu kromozomların kısa kollarında yaklaşık 200 kopi 18S,
5,8S ve 28S rRNA geni bulunur.

• Bu RNA’lar büyük ve küçük ribozom alt ünitelerinde yerleşir.

• Prokaryotlarda 70S, ökaryotlarda 80S ribozomlar var. 12

rRNA transkripsiyonu ve işlenmesi

ribosomal RNA (RNAP I transkriptleri)

a) Metilasyon
b) Nükleolitik kesim

13
Ökaryotlarda rRNA işlenmesi

14
rRNA transkripsiyonu, işlenmesi ve ribozom alt ünitelerinin oluşumu

15
rRNA ve Ribozom sentezi:

1. Hücrede binlerce ribozom var.

2. İki alt üniteden oluşurlar, yapılarında rRNA ve proteinler var.

E. coli’de 70S Ribozom:

✓ 50S alt ünite = 23S rRNA + 5S rRNA + 34 protein

✓ 30S alt ünite = 16S rRNA + 20 protein

İnsan hücresinde 80S Ribozom:

✓ 60S subunit = 28S rRNA +5.8S rRNA + 5S rRNA + 50 protein

✓ 40S subunit = 18S rRNA + 35 protein

1. DNA üzerinde çok kopili rDNA genleri, rRNA’ları transkribe eder.

2. Ökaryotlarda, rRNA genleri rastgele tekrarlıdır.

16
3. Sentez, RNAP I’le yapılır.
rRNA modifikasyonu için snoRNA gerekir

17
 tRNA (ökaryotlarda RNAP III)

• tRNA’nın transkripsiyonu ve işlenmesi

– 31 farklı tRNA bulunmaktadır.

– Her biri DNA üzerinden sentezlenir.

• İnsan DNA’sında 1300 tRNA gen kopisi var.

18
tRNA’da modifiye bazlar

19
 tRNA işlenmesi

(A)
(A)

(B) (C) (D) 20

 tRNA işlenmesi

T bölgesi (Ribozoma
bağlanma yeri)

D bölgesi (Aminoasil-tRNA
sentetaz bağlanma bölgesi)

21
 Küçük nükleer RNA (Small nuclear RNA =snRNA)
(Small ribonükleoprotein, Small RNP)
• Uridince zenginler;

• U1, U2, U4/U6 ve U5 şeklinde numaralanırlar.

• U1/U6 5’ kesim yerlerinde diğerleriyle birlikte splisozomu

oluşturur.

U6; 44 gen ve U1 ise 16 gen tarafından kodlanır

22
 snRNA’lar (küçük nükleer ribonükleoproteinler
Uzunluk
snRNA Görevi
(baz)
5’ kesim yerinin önüne intronun başlangıcındaki diziye
U1 165
bağlanır.

İntronlardaki branch point alanına bağlanır ve U6 ile

U2 185
etkileşerek intronun kendi üzerine katlanmasını sağlar.

U6, 5’kesim yerindeki U1 yerine bağlanır, U4 kompleksten

U4/U6 116
ayrılır

5’ kesim yerinde bir önceki eksonun bitimindeki diziye

bağlanır ve U6’le etkileşir. Ardından 5’ kesimi yapar ve
U5 145
U6’nın intronu kıvırmasıyle U6 ile beraber 3’ kesim bölgesine
23
yakınlaşır ve 3’kesim yaparak eksonları birleştirir.
Pre-mRNA’dan RNA pol II ile oluşan snRNA

24
 Micro RNA (miRNA) ve RNA İnterferens (RNAİ)

• 21–25-nükleotidten oluşan küçük RNA’ların birer üyesidirler. Post-

transkripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu negatif olarak düzenler.

• Pre-miRNA’lar, Drosha ve Dicer adı verilen iki RNase-III enzimi ile

nükleusta çift iplikli RNA (miRNA:miRNA*) şeklinde kesilir.

Olgun miRNA çift iplikli.

• RNA-induced silencing complex (RISC) , sitoplazmada diğer

proteinlerle beraber çift iplikli miRNA’yı tek ipliğe çevirir.
25
 miRNA ve RNAi’ların işlenmesi

microRNA RNAi
MikroRNA primer transkript Eksojen dsRNA

Drosha

precursor Dicer Dicer

Nükleus

siRNAs Sitozol
miRNA

hedef mRNA
RISC
RISC RISC

“translasyonel baskılama” yapar.

mRNA kesim ve parçalama 26
 SRP-RNA (Signal recognition Particule-RNA)
Sinyal tanıma partikül - RNA

• Sinyal tanıma partikül (SRP), tRNA işlenmesi, katalitik

• Pre-rRNA içinden şekillenir. Yaklaşık 200nt ve 7S.

• SRP-RNA, ribozomda sentezlenen proteinin sinyal dizisine bağlanır ve

proteini ER zarlarında bulunan SRP reseptörlerine götürür.

• Ribozom büyük alt ünitesi SRP reseptörü ile ilişki içindedir.

27
 Telomerik RNA

• 5’-CCCUAA-3’ dizisi olan telomerik

RNA, telomerin 3’ ucundaki uygun
nükleotid dizisi ile hibridize olur.

• Kendini kalıp RNA olarak kullanarak

DNA sentezi yapar.

• Bu özelliği ile Reverse transkriptaz

aktivitesi göstermiş olur.

28
 Antisense RNA

• Germ-line DNA’da XIST geni, RNA pol II ile transkribe olur.

• Oluşan antisense RNA, X kromozomunu kaplayarak

ekspresyon genlerine ulaşılmasını engeller (X-inaktivasyonu).

• Böylece genomik imprintingin temeli oluşturulur.

29