Amber 教程网页：https://jerkwin.github.

io/tags/#amber
VMD using the orient,
autopsf, membrane builder, solvate, and autoionize plugins.
处理蛋白、小分子：
pdb4amber -i AR.pdb -o 1.pdb --dry --reduce #AMBERBASH16（去掉水）

有个膜蛋白的网站可以看看：https://github.com/callumjd/AMBER-Membrane_protein_tutorial
solvatebox rec TIP3PBOX 10.0 #水盒子
packmol-memgen --lipids POPC:CHL1 --ratio 9:1 --distxy_fix 170
packmol-memgen --pdb 0.pdb --lipids POPC:CHL1 --ratio 9:1 --salt --salt_c Na+ --
saltcon 0.15 --dist 10 --dist_wat 15

处理 Tamsulosin 分子
source /home/software/amber/env/AMBER18.bash
antechamber -i B.mol2 -fi mol2 -o tamB.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 -nc -1 -m 1 -dr no
parmchk2 -i tamA.mol2 -f mol2 -o tamA.frcmod

tleap -f
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.water.tip3p
source leaprc.gaff2
drug = loadmol2 tamA.mol2
loadamberparams tamA.frcmod
saveoff drug tamA.lib
saveamberparm drug tamA.prmtop tamA.inpcrd

(parmchk2 -i tamB.mol2 -f mol2 -o tamB.frcmod)

将拓扑文件转为 pdb 文件（因为 charmm-gui 的文件直接用会报错）

ambpdb -p step5_input.parm7 -c step5_input.rst7 > rec.pdb

保存复合物拓扑文件：
tleap -f
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.water.tip3p
source leaprc.gaff2
source leaprc.lipid17
loadamberparams frcmod.ionsjc_tip3p
loadamberparams tamA.frcmod
loadoff tamA.lib
drugA = loadmol2 tamA.mol2
loadamberparams tamB.frcmod
loadoff tamB.lib
drugB = loadmol2 tamB.mol2
rec = loadpdb sys.pdb
system=combine{ drugA drugB rec }
check system （可以忽略）
> addions system K+ 0 （使体系电荷为 0，加 Cl-或 K+）
set system box {155 155 155 }
saveamberparm system system.parm7 system.rst7
savepdb system sys.pdb

先加载 rec 的 pdb 结构再加载小分子。（确定二硫键）

bond rec.324.SG rec.349.SG
bond rec.333.SG rec.790.SG
bond rec.336.SG rec.340.SG
bond rec.579.SG rec.584.SG
bond rec.1191.SG rec.1216.SG
bond rec.1200.SG rec.1657.SG
bond rec.1203.SG rec.1207.SG
bond rec.1446.SG rec.1451.SG

膜蛋白课题组服务器上 MD 步骤命令：
CUDA_VISIBLE_DEVICES=4 nohup mpirun -np 1 pmemd.cuda -O -i 08_Prod.in -o
08_Prod_in.out -p system.parm7 -c 07_Prod_in.rst7 -r 08_in.rst -x 08_Prod_in.nc -
inf 07_Prod_in.mdinfo &
q
exit

CUDA_VISIBLE_DEVICES=4 nohup mpirun -np 1 pmemd.cuda -O -i 07_Prod.in -o

07_Prod_in.out -p system.parm7 -c 06_Calpha.rst7 -r 07_Prod_in.rst -x 07_Prod_in.nc
-inf 07_Prod_in.mdinfo &
CUDA_VISIBLE_DEVICES=3 mpirun -np 1 pmemd.cuda -O -i 08_Prod.in -o 08_Prod_in.out -
p system.parm7 -c 07_Prod_in.rst7 -r 08_Prod_in.rst7 -x 08_Prod_in.nc -inf
08_Prod_in.mdinfo

膜蛋白超算上 MD 步骤命令：
module load cuda/11.1 gcc/9.3 openmpi/4.1.1
source /HOME/scz3983/run/amber/amber20_src/amber.sh
export PATH=/HOME/scz3983/run/amber/amber20_src/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/HOME/scz3983/run/amber/amber20_src/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=/HOME/scz3983/run/amber/amber20_src/lib64:$LIBRARY_PATH
srun --gpus=1 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i 01_Min.in -o 01_Min.out -p
system.parm7 -c system.rst7 -r 01_Min.rst7
srun --gpus=1 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i 02_Min2.in -o 02_Min2.out -p
system.parm7 -c 01_Min.rst7 -r 02_Min2.rst7
srun --gpus=1 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i 03_Heat.in -o 03_Heat.out -p
system.parm7 -c 02_Min2.rst7 -r 03_Heat.rst7 -x 03_Heat.nc -ref 02_Min2.rst7
srun --gpus=1 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i 04_Heat2.in -o 04_Heat2.out -p
system.parm7 -c 03_Heat.rst7 -r 04_Heat2.rst7 -x 04_Heat2.nc -ref 03_Heat.rst7
srun --gpus=1 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i 05_Back.in -o 05_Back.out -p
system.parm7 -c 04_Heat2.rst7 -r 05_Back.rst7 -x 05_Back.nc -ref 04_Heat2.rst7 -inf
05_Back.mdinfo
srun --gpus=1 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i 06_Calpha.in -o 06_Calpha.out -p
system.parm7 -c 05_Back.rst7 -r 06_Calpha.rst7 -x 06_Calpha.nc -ref 05_Back.rst7 -
inf 06_Calpha.mdinfo
nohup srun --gpus=1 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i md.in -o 07_Prod_in.out -p
system.parm7 -c 06_Calpha.rst7 -r 07_Prod_in.rst7 -x 07_Prod_in.nc -inf
07_Prod_in.mdinfo &

续跑：
使用上一步产生的 rst7 文件作为初始文件。
pmemd.cuda -O -i S10-Pro01-MD_50ns.in -o S10-Pro01-MD_50ns.out -p AAA.prmtop -c
S09-03.rst -r S10-Pro01-MD_50ns.rst -inf S10-Pro01-MD_50ns.mdinfo -x S10-Pro01-
MD_50ns.mdcrd
其中 S09-03.rst 是上一步 MD 生成的 rst 文件

处理：
process_mdout.perl 07_Prod_ano1.out #从输出文件中提取数据
cat summary.EPTOT | awk '{if($2<min) {min=$2;print $1" "min}}' #生成的
summary.EPTOT 文件来找到能量最低点
grep 8263.000 *.out
07_Prod_ano1.out: NSTEP = 3079000 TIME(PS) = 8263.000 TEMP(K) = 302.36
PRESS = 43.4

MMPB/GBSA 计算
#SBATCH -p cpusx nohup $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o
FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp system.parm7 -cp
sys_nowat.parm7 -rp rec_nowat.parm7 -lp lig.prmtop -y 100.mdcrd &
nohup $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmgbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp system.parm7 -cp sys_nowat.parm7 -rp rec_nowat.parm7 -
lp ligand.parm7 -y 100.nc > mmgbsa2.log &

超算上 gmx 启动命令

module load gcc/9.3 cuda/11.1
export PATH=/HOME/scz3983/run/gromacs/gromacs-2020.3/install-g/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/HOME/scz3983/run/gromacs/gromacs-2020.3/install-g/
lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export INCLUDE=/HOME/scz3983/run/gromacs/gromacs-2020.3/install-g/include:$INCLUDE
gmx make_ndx -f rec2.gro -o index.ndx

rmsf
RMSF 和 bfactor 分析
cpptraj
##
parm com.parm7
trajin 500.nc
center :3-1740
image center familiar
reference sys_nowat.pdb
atomicfluct out bfactor-apo.dat :3-1740@CA byres bfactor
atomicfluct out RMSF-apo.dat :3-1740@CA byres
go
quit