Professional Documents
Culture Documents
Essential Cell Biology 5e Editie H3
Essential Cell Biology 5e Editie H3
HOOFDSTUK DRIE
3
Energie, katalyse en
Biosynthese
Eén eigenschap zorgt er bovenal voor dat levende wezens op bijna wonderbaarlijke HET GEBRUIK VAN ENERGIE DOOR CELLEN
wijze verschillen van niet-levende materie: ze creëren en handhaven orde in een
universum dat altijd neigt naar grotere wanorde. Om deze opmerkelijke prestatie
te volbrengen, moeten de cellen in een levend organisme voortdurend een GRATIS ENERGIE EN KATALYSE
eindeloze stroom van chemische reacties uitvoeren om hun structuur te
behouden, aan hun metabolische behoeften te voldoen en onverbiddelijk chemisch GEACTIVEERDE DRAGER EN
verval te voorkomen. Bij deze reacties kunnen kleine organische moleculen –
BIOSYNTHESE
aminozuren, suikers, nucleotiden en lipiden – uit elkaar worden gehaald of
aangepast om de vele andere kleine moleculen te leveren die de cel nodig heeft.
Deze moleculen worden ook gebruikt om een enorm divers scala aan grote
moleculen te construeren, waaronder de eiwitten, nucleïnezuren en andere
macromoleculen die het grootste deel van de massa van levende systemen
vormen en deze voorzien van hun onderscheidende eigenschappen.
Elke cel kan worden gezien als een kleine chemische fabriek, die elke seconde
vele miljoenen reacties uitvoert. Deze onophoudelijke activiteit vereist zowel een
bron van atomen in de vorm van voedselmoleculen als een energiebron.
Zowel de atomen als de energie moeten uiteindelijk uit de niet-levende omgeving
komen. In dit hoofdstuk bespreken we waarom cellen energie nodig hebben, en
hoe ze energie en atomen uit hun omgeving gebruiken om de moleculaire orde te
creëren en te behouden die het leven mogelijk maakt.
De meeste chemische reacties die cellen uitvoeren, vinden normaal gesproken
alleen plaats bij temperaturen die veel hoger zijn dan die in een cel. Elke reactie
vereist daarom een grote verhoging van de chemische reactiviteit, zodat deze
snel in de cel kan verlopen. Deze boost wordt geleverd door een groot aantal
gespecialiseerde eiwitten , enzymen genaamd, die elk slechts één van de vele
mogelijke reacties versnellen of katalyseren die een bepaalde reactie kan veroorzaken.
Machine Translated by Google
82 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
Figuur 3ÿ1 Een reeks door enzym gekatalyseerde molecuul molecuul molecuul molecuul molecuul molecuul
reacties vormt een gekoppeld pad. Elke A B C D E F
chemische reactie wordt gekatalyseerd door een KATALYSE KATALYSE KATALYSE KATALYSE KATALYSE
DOOR ENZYM 1 DOOR ENZYM 2 DOOR ENZYM 3 DOOR ENZYM 4 DOOR ENZYM 5
afzonderlijk enzym. Samen zet deze reeks
enzymen, die in serie werken, molecuul A om
in molecuul F.
molecuul in principe zou kunnen ondergaan. Deze door enzym gekatalyseerde reacties
zijn meestal in serie geschakeld, zodat het product van de ene reactie het
uitgangsmateriaal wordt voor de volgende (Figuur 3ÿ1). De lange, lineaire reactiepaden
die daaruit voortvloeien, zijn op hun beurt met elkaar verbonden en vormen een complex
web van onderling verbonden reacties.
ECB5 e3,01/3,01
In plaats van een ongemak te zijn, is de noodzaak van katalyse een voordeel, omdat
het de cel in staat stelt zijn metabolisme nauwkeurig te controleren – de som van alle
chemische reacties die hij moet uitvoeren om te overleven, te groeien en zich voort te
planten. Deze controle staat centraal in de chemie van het leven.
In cellen vinden twee tegengestelde stromen van chemische reacties plaats: de katabole
routes en de anabole routes. De katabole routes (katabolisme) breken voedingsmiddelen
af in kleinere moleculen, waardoor zowel een bruikbare vorm van energie voor de cel
ontstaat als een deel van de kleine moleculen die de cel nodig heeft als bouwstenen. De
anabole of biosynthetische paden (anabolisme) gebruiken de energie die door het
katabolisme wordt benut om de synthese van de vele moleculen waaruit de cel bestaat
aan te sturen. Samen vormen deze twee reeksen reacties het metabolisme van de cel
(Figuur 3ÿ2).
De details van de reacties die het celmetabolisme omvatten, maken deel uit van het
onderwerp van de biochemie, en hoeven ons hier niet bezig te houden. Maar de
algemene principes waarmee cellen energie uit hun omgeving halen en deze gebruiken
om orde te scheppen, staan centraal in de celbiologie. Daarom beginnen we dit
hoofdstuk met uit te leggen waarom een constante input van energie nodig is om levende
organismen in stand te houden. Vervolgens bespreken we hoe enzymen de reacties
katalyseren die een biologische orde tot stand brengen. Ten slotte beschrijven we de
moleculen in cellen die de energie dragen die het leven mogelijk maakt.
bruikbaar
vormen van
energie
Biologische orde wordt mogelijk gemaakt door de vrijlating van Figuur 3–3 Biologische structuren zijn
in hoge mate geordend. Goed
Warmte-energie uit cellen gedefinieerde, sierlijke en prachtige
ruimtelijke patronen zijn te vinden op elk
De universele neiging van dingen om wanordelijk te worden, wordt uitgedrukt in een fundamentele wet
organisatieniveau in levende organismen.
van de natuurkunde, de tweede wet van de thermodynamica. Getoond worden: (A) eiwitmoleculen in de
Deze wet stelt dat in het universum als geheel, of in welk geïsoleerd systeem dan ook (een verzameling vacht van een virus (een parasiet die, hoewel
materie die volledig is afgesloten van de rest van het universum), de mate van wanorde alleen maar technisch gezien niet levend, dezelfde
kan toenemen. De tweede wet van typen moleculen bevat als die in levende
ECB5 e3,03/3,03
cellen); (B) de reguliere reeks microtubuli gezien
De thermodynamica heeft zulke diepgaande implicaties voor levende wezens dat het de moeite waard
in een dwarsdoorsnede van een spermastaart;
is om het op verschillende manieren te herhalen. (C) oppervlaktecontouren van een
stuifmeelkorrel; (D) dwarsdoorsnede van
We kunnen de tweede wet in termen van waarschijnlijkheid uitdrukken door te stellen dat systemen
een varenstengel, die de patroonschikking
spontaan zullen veranderen in de richting van die arrangementen die de grootste waarschijnlijkheid
van cellen toont; en (E) een spiraalvormige
hebben. Beschouw een doos waarin 100 munten allemaal heads-up liggen. Een reeks gebeurtenissen reeks bladeren, elk gemaakt van miljoenen
die de doos verstoort (bijvoorbeeld iemand die er een beetje mee beweegt) zal de neiging hebben om cellen. (A, met dank aan Robert Grant,
het arrangement in de richting van een mengsel van 50 kop en 50 munt te bewegen. De reden is Stéphane Crainic en James M. Hogle; B,
simpel: er is een enorm aantal mogelijke arrangementen van de individuele munten die het 50-50 met dank aan Lewis Tilney; C, met dank aan Colin MacFarlane
resultaat kunnen bereiken, maar er is slechts één mogelijke arrangement dat ze allemaal heads-up
georiënteerd houdt. Omdat de 50-50-mix een groter aantal mogelijkheden biedt en minder beperkingen
oplegt aan de oriëntatie van elke individuele munt, zeggen we dat deze meer ‘ongeordend’ is. Om
dezelfde reden zal iemands leefruimte steeds meer wanordelijk raken zonder een opzettelijke poging
om deze georganiseerd te houden. De beweging richting wanorde is een spontaan proces, en vereist
een periodieke input van energie om dit om te keren (Figuur 3–4).
“SPONTANE” REACTIE
Tijdens het uitvoeren van de chemische reacties die orde scheppen, gaat onvermijdelijk een deel
van de energie verloren in de vorm van warmte (zie figuur 3–2). Warmte is energie in de meest
ongeordende vorm: het willekeurige verdringen van moleculen (analoog aan het willekeurige
verdringen van de munten in de doos). Omdat de cel geen geïsoleerd systeem is, wordt de
warmte-energie die wordt geproduceerd door metabolische reacties snel verspreid in de omgeving
van de cel. Daar verhoogt de hitte de intensiteit van de thermische bewegingen van nabijgelegen
moleculen, waardoor de entropie van de celomgeving toeneemt (Figuur 3–5).
Om aan de tweede wet van de thermodynamica te voldoen, moet de hoeveelheid warmte die
door een cel wordt afgegeven zo groot zijn dat de toegenomen orde die in de cel wordt
gegenereerd ruimschoots wordt gecompenseerd door de toegenomen wanorde die in de
omgeving wordt gegenereerd. Met andere woorden: de chemische reacties in een cel moeten de
totale entropie van het hele systeem vergroten: die van de cel plus zijn omgeving. Dankzij de
activiteit van de cel raakt het universum daardoor steeds wanordelijker – en wordt voldaan aan
de tweede wet van de thermodynamica.
Ook warmte is een product van energieomzetting. Wanneer een dierlijke cel voedsel afbreekt,
bindt een deel van de energie uit de chemische stof zich in het voedsel
Machine Translated by Google
Het gebruik van energie door cellen 85
+ +
draden
fan
door de tweede wet van de thermodynamica. Maar een cel kan geen enkel voordeel
halen uit de warmte-energie die hij produceert, tenzij de warmtegenererende reacties
direct gekoppeld zijn aan processen die de moleculaire orde in de cel handhaven. Het is
de nauwe koppeling van de warmteproductie aan een toename van de orde die het
metabolisme van een cel onderscheidt van de verspillende verbranding van brandstof bij
brand. Verderop in dit hoofdstuk illustreren we hoe deze koppeling tot stand komt. Op
dit moment is het voldoende om te onderkennen dat cellen – door het ‘verbranden’ van
voedselmoleculen direct te koppelen aan het ontstaan van biologische orde – in staat
zijn een eiland van orde te scheppen en in stand te houden in een universum dat neigt
naar chaos.
Alle dieren leven van energie die is opgeslagen in de chemische bindingen van
organische moleculen, die ze als voedsel opnemen. Deze voedselmoleculen zorgen ook voor de
Machine Translated by Google
86 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
atomen die dieren nodig hebben om nieuwe levende materie te construeren. Sommige dieren
verkrijgen hun voedsel door andere dieren te eten, andere door planten te eten. Planten halen
hun energie daarentegen rechtstreeks uit zonlicht. De energie die dieren verkrijgen door het
eten van planten – of door het eten van dieren die planten hebben gegeten – komt dus
uiteindelijk van de zon (Figuur 3–7).
Zonne-energie komt de levende wereld binnen via fotosynthese, een proces dat de
elektromagnetische energie in zonlicht omzet in chemische bindingsenergie in cellen.
Fotosynthetische organismen, waaronder planten, algen en sommige bacteriën, gebruiken de
energie die ze uit zonlicht halen om kleine chemische bouwstenen zoals suikers, aminozuren,
nucleotiden en vetzuren te synthetiseren. Deze kleine moleculen worden op hun beurt omgezet
in de macromoleculen – de eiwitten, nucleïnezuren en polysachariden – waaruit de plant bestaat.
Beschouw de vergelijking
lichtenergie + CO2 + H2O ÿ
Cellen verkrijgen energie door de oxidatie van organische stoffen
suikers + O2 + warmte-energie
Moleculen
Zou je verwachten dat deze reactie in
één enkele stap zou plaatsvinden?
Om te leven, te groeien en zich voort te planten zijn alle organismen afhankelijk van de energie
Waarom moet er bij de reactie warmte ontstaan?
die is opgeslagen in de chemische bindingen van organische moleculen – ofwel de suikers die
Leg je antwoorden uit.
een plant door fotosynthese heeft geproduceerd als voedsel voor zichzelf, ofwel het mengsel
van grote en kleine moleculen die een dier heeft gegeten. . Bij zowel planten als dieren wordt
deze chemische energie uit voedselmoleculen gehaald door een proces van geleidelijke oxidatie
of gecontroleerde verbranding.
De atmosfeer van de aarde bestaat voor ongeveer 21% uit zuurstof. In aanwezigheid van
zuurstof is CO2 de meest energetisch stabiele vorm van koolstof en die van waterstof H2O; de
oxidatie van koolstofhoudende moleculen is daarom energetisch zeer gunstig. Een cel kan
energie uit suikers of andere organische moleculen halen door de koolstof- en waterstofatomen
in deze moleculen te laten combineren met zuurstof (dat wil zeggen geoxideerd te worden ) om
respectievelijk CO2 en H2O te produceren. Dit complexe stapsgewijze proces waarbij
voedselmoleculen worden afgebroken om energie te produceren, staat bekend als
celademhaling.
FOTOSYNTHESE
ZON
geactiveerd
vervoerders
CAPTURE VAN VERVAARDIGING
LICHT ENERGIE van energie VAN SUIKER
ATP
Figuur 3–8 Fotosynthese vindt plaats in twee
fasen. De geactiveerde dragers die in de NADPH
H2O O2 +
H2O CO2
eerste fase worden gegenereerd, ATP en
suiker
NADPH, worden verderop in het hoofdstuk in detail
beschreven.
FASE 1 STAGE 2
Machine Translated by Google
Het gebruik van energie door cellen 87
Hoewel de term oxidatie letterlijk de toevoeging van zuurstofatomen aan een molecuul
betekent, zou oxidatie optreden bij elke reactie waarbij elektronen tussen atomen
worden overgedragen. Oxidatie omvat in deze zin de verwijdering van elektronen uit
een atoom. Fe2+ wordt dus geoxideerd wanneer het een elektron verliest en Fe3+
wordt . De omgekeerde reactie, reductie genoemd, omvat de toevoeging van
elektronen aan een atoom. Fe3+ wordt gereduceerd als het een elektron krijgt om Fe2+
te worden, en een chlooratoom wordt gereduceerd als het een elektron krijgt om Cl– te
worden.
Omdat het aantal elektronen bij een chemische reactie behouden blijft (er is geen netto
verlies of winst), vinden oxidatie en reductie altijd gelijktijdig plaats: dat wil zeggen dat
als één molecuul een elektron verkrijgt in een reactie (reductie), een tweede molecuul
het elektron moet verliezen. elektron (oxidatie).
VORMING VAN
(A) EEN POLAIR (B) H methaan
_ _ COVALENT _
e e BOND e
H C H
+ + + +
_
+
e O H R
gedeeltelijk
Waarom wordt een ‘winst’ van elektronen een ‘reductie’ genoemd? De term ontstond
voordat er iets bekend was over de beweging van elektronen. Oorspronkelijk omvatten
reductiereacties het vrijkomen van zuurstof - bijvoorbeeld wanneer metalen door verhitting
uit ertsen worden gewonnen - waardoor de monsters lichter werden; met andere woorden,
“verminderd” in massa.
Het is belangrijk om te erkennen dat de termen oxidatie en reductie zelfs van toepassing
ECB5 e3.11/3.11
zijn als er slechts een gedeeltelijke verschuiving van elektronen tussen atomen plaatsvindt.
Wanneer een koolstofatoom covalent gebonden raakt aan een atoom met een sterke
affiniteit voor elektronen – zuurstof, chloor of zwavel bijvoorbeeld – geeft het meer dan zijn
gelijke deel aan elektronen op om een polaire covalente binding te vormen . De positieve
lading van de koolstofkern is nu iets groter dan de negatieve lading van zijn elektronen,
zodat het koolstofatoom een gedeeltelijk positieve lading (ÿ+) krijgt en geoxideerd wordt
genoemd. Omgekeerd heeft het koolstofatoom in een C-H-binding iets meer dan zijn
aandeel aan elektronen; het krijgt een gedeeltelijke negatieve lading (ÿ–) en wordt daarom
verminderd (Figuur 3–11A).
Bij dergelijke oxidatie-reductiereacties reizen elektronen over het algemeen niet alleen.
Wanneer een molecuul in een cel een elektron (e–) oppikt , pikt het vaak tegelijkertijd een
proton (H+) op (protonen zijn vrij beschikbaar in water).
Het netto-effect in dit geval is het toevoegen van een waterstofatoom aan het molecuul:
A + e– + H+ ÿ AH
Hoewel er (naast het elektron) ook een proton bij betrokken is, zijn dergelijke
hydrogeneringsreacties reducties, en de omgekeerde dehydrogenering
reacties zijn oxidaties. Een gemakkelijke manier om te bepalen of een organisch molecuul
wordt geoxideerd of gereduceerd, is door de C–H-bindingen te tellen: een toename van het
aantal C–H-bindingen duidt op een reductie, terwijl een afname op een oxidatie duidt (Figuur
3–11B ).
Zoals we later in dit hoofdstuk – en opnieuw in hoofdstuk 13 – zullen zien, gebruiken cellen
enzymen om de oxidatie van organische moleculen in kleine stappen te katalyseren, via
een reeks reacties waardoor een groot deel van de vrijkomende energie in bruikbare
vormen kan worden geoogst. in plaats van vrij te komen als warmte.
Deze reactie vindt slechts in één richting plaats: rook en as verzamelen nooit
spontaan koolstofdioxide en water uit de verwarmde atmosfeer en vormen zichzelf tot
papier. Wanneer papier verbrandt, wordt het grootste deel van de chemische energie
in de vorm van warmte afgevoerd. Deze warmte gaat niet verloren uit het universum,
aangezien energie nooit kan worden gecreëerd of vernietigd; in plaats daarvan wordt
het onherroepelijk verspreid in de chaotische willekeurige thermische bewegingen
van moleculen. In de taal van de thermodynamica is er sprake van het vrijkomen van
VRAAG 3–2
vrije energie, dat wil zeggen energie die kan worden benut om werk te doen of
chemische reacties te stimuleren. Deze release weerspiegelt een verlies aan orde in Bij welke van de volgende reacties
de manier waarop de energie en moleculen in het papier waren opgeslagen; hoe ondergaat het rode atoom een
groter de verandering in de vrije energie, hoe groter de hoeveelheid wanorde die in oxidatie?
het universum ontstaat wanneer de reactie plaatsvindt. A. Na ÿ Na+ (Na-atoom ÿ Na+ -ion)
B. Cl ÿ Cl– (Cl-atoom ÿ Cl– ion)
We zullen binnenkort dieper ingaan op vrije energie, maar een algemeen principe kan
C. CH3CH2OH ÿ CH3CHO
als volgt worden samengevat: chemische reacties verlopen alleen in de richting die
(ethanol ÿ aceetaldehyde)
leidt tot verlies van vrije energie. Met andere woorden: de spontane richting voor elke D. CH3CHO ÿ CH3COO–
reactie is de richting die ‘bergafwaarts’ gaat. Een “bergafwaartse” reactie in deze zin (aceetaldehyde ÿ azijnzuur)
zou energetisch gunstig zijn. E. CH2=CH2 ÿ CH3CH3
(etheen ÿ ethaan)
Enzymen verminderen de energie die nodig is om spontane reacties op
gang te brengen Hoewel de
energetisch meest gunstige vorm van koolstof onder normale omstandigheden CO2
is, en die van waterstof H2O, zal een levend organisme niet verdwijnen in een rookwolk
en het boek in je handen zal niet spontaan in brand vliegen. Dit komt omdat de
moleculen in zowel het levende organisme als het boek zich in een relatief stabiele
staat bevinden, en ze kunnen niet naar een lagere energietoestand worden veranderd
zonder een initiële input van energie. Met andere woorden, een molecuul heeft een
boost nodig over een energiebarrière voordat het een chemische reactie kan ondergaan
die het naar een energiearme (stabielere) toestand brengt. Deze boost staat bekend
als de activeringsenergie (Figuur 3–12A). In het geval van een brandend boek wordt
de activeringsenergie geleverd door de hitte van een aangestoken lucifer. Maar cellen
kunnen hun temperatuur niet verhogen om biologische reacties te veroorzaken. In de
cellen wordt het overstijgen van de energiebarrière geholpen door enzymen.
Machine Translated by Google
90 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
toet
toet
an
an
Y Y
eigerle
eigerle
YX
product), ook al heeft X een lager totaal
B B
energieniveau dan Y. Deze omzetting zal daarom niet
reagens reagens
plaatsvinden tenzij verbinding Y voldoende
activeringsenergie kan verwerven (energie a minus
energie b) uit zijn omgeving om de reactie te X X
ondergaan die het omzet in verbinding X. Deze
C C
energie kan worden geleverd door middel van een Product Product
ongewoon energetische botsing met andere moleculen.
Voor de omgekeerde reactie, X ÿ Y, zal de benodigde (A) ongekatalyseerd
(B) enzym-gekatalyseerd
activeringsenergie veel groter zijn (energie a minus reactie traject reactie traject
energie c); deze reactie zal daarom veel zeldzamer
optreden. De totale energieverandering voor de
energetisch gunstige reactie Y ÿ X is energie c minus
Elk enzym bindt zich stevig aan een of twee moleculen, substraten genoemd, en
energie houdt ze vast op een manier die de activeringsenergie die nodig is om een specifieke
chemische interactie daartussen mogelijk te maken, aanzienlijk vermindert (Figuur 3–12B).
b, een negatief getal, dat overeenkomt met een Een stof die de activeringsenergie van een reactie kan verlagen, wordt een katalysator
verlies aan vrije energie. (B) Energiebarrières voor
genoemd; katalysatoren verhogen de snelheid van chemische reacties omdat ze
specifieke reacties kunnen worden verlaagd door
katalysatoren, zoals aangegeven door de lijn gemarkeerd met d.
ervoor zorgen dat een veel groter deel van de willekeurige botsingen met omringende
ECB5 e3.12/3.12
moleculen de substraten over de energiebarrière schopt, zoals geïllustreerd in figuur
Enzymen zijn bijzonder effectieve katalysatoren omdat
ze de activeringsenergie voor de reacties die ze 3–13 en figuur 3–14A. Enzymen behoren tot de meest effectieve katalysatoren die
katalyseren aanzienlijk verminderen. Merk op dat we kennen. Ze kunnen reacties versnellen met een factor van wel 1014 – dat wil
activeringsenergieën altijd positief zijn.
zeggen biljoenen keren sneller dan dezelfde reacties zouden verlopen zonder een
enzymkatalysator. Enzymen zorgen er daarom voor dat reacties die anders niet
zouden plaatsvinden, snel verlopen bij de normale temperatuur in de cellen.
In tegenstelling tot de effecten van temperatuur zijn enzymen zeer selectief. Elk enzym
versnelt (of katalyseert) gewoonlijk slechts één specifieke reactie uit de verschillende
mogelijke reacties die de substraatmoleculen ervan zouden kunnen ondergaan. Op
deze manier sturen enzymen elk van de vele verschillende moleculen in een cel
langs specifieke reactieroutes (Figuur 3–14B en C), waardoor de verbindingen
worden geproduceerd die de cel daadwerkelijk nodig heeft.
Figuur 3–13 Het verlagen van de Volgens de tweede wet van de thermodynamica kan een chemische reactie alleen
activeringsenergie vergroot de kans dat er een plaatsvinden als deze resulteert in een netto (algemene) toename van de wanorde van de
reactie zal optreden aanzienlijk. Op elk gegeven
moment zal een populatie van identieke
substraatmoleculen een reeks energieën hebben,
energie nodig energie nodig
verdeeld zoals weergegeven in de grafiek. De ondergaan ondergaan van een
variërende energieën komen voort uit botsingen met het enzym gekatalyseerd ongekatalyseerd
chemische reactie chemische reactie
omringende moleculen, waardoor de
substraatmoleculen schudden, trillen en draaien.
Wil een molecuul een chemische reactie ondergaan,
nelulcaetnloam
a
gemiddelde energie
Machine Translated by Google
Vrije energie en katalyse 91
eigrene
allemaal energetisch gunstig zijn omdat de
producten een lager energieniveau hebben
dan de substraten. In het linkervak vindt geen
1 4 4 van deze reacties plaats omdat zelfs de
1 grootste golven niet groot genoeg zijn om
een van de energiebarrières te overwinnen. In
het rechtervak verlaagt enzymkatalyse alleen
ongekatalyseerd enzymkatalyse
van reactie 1 de activeringsenergie voor reactie nummer
(B) (C)
1; nu zorgt het gedrang van de golven
ervoor dat het substraatmolecuul deze
energiebarrière kan passeren, waardoor reactie
1 kan doorgaan (film 3.1). (C) Een
het universum (zie figuur 3–5). De wanorde neemt toe wanneer nuttige energie die kan
vertakkende reeks reacties met een
worden aangewend om werk te doen, als warmte wordt afgevoerd. De bruikbare energie geselecteerde reeks enzymen (gele vakken)
in een systeem staat bekend als de vrije energie, of G. En omdat chemische reacties illustreert hoe een reeks door enzym
een overgang van de ene moleculaire toestand naar de andere met zich meebrengen, is gekatalyseerde reacties – door te bepalen welke
reactie op elk kruispunt zal plaatsvinden – het exacte reactiepa
de term die voor scheikundigen en celbiologen het meest interessant is de verandering
van vrije energie. , aangeduid met ÿG ("Delta G").
ECB5 e3,14/3,14
Laten we een verzameling moleculen bekijken. ÿG meet de hoeveelheid wanorde die in
het universum ontstaat wanneer er een reactie plaatsvindt waarbij deze moleculen
betrokken zijn. Energetisch gunstige reacties zijn per definitie reacties die wanorde in het
universum veroorzaken door de vrije energie van het systeem waartoe ze behoren te
verminderen; met andere woorden, ze hebben een negatieve ÿG (Figuur 3–16).
Een reactie kan alleen spontaan optreden als ÿG negatief is. Op macroscopische schaal
een energetisch gunstige reactie met een negatieve ÿG
is de ontspanning van een samengedrukte veer in een uitgezette toestand, waarbij de
opgeslagen elastische energie als warmte aan de omgeving wordt afgegeven. Op
microscopische schaal treedt een energetisch gunstige reactie op, één met een negatieve
ÿG, wanneer zout (NaCl) oplost in water. Merk op dat het feit dat een reactie spontaan
kan optreden, niet betekent dat deze ook snel zal optreden.
Het verval van diamanten tot grafiet is een spontaan proces, maar het duurt miljoenen
jaren.
KATALYSE
enzym- enzym-
substraat Product Figuur 3–15 Enzymen zetten substraten om
complex complex in producten, terwijl ze zelf onveranderd
blijven. Katalyse vindt plaats in een cyclus
SUBSTRAATBINDING PRODUCTUITGAVE
waarin een substraatmolecuul (rood) zich
actieve site
aan een enzym bindt en een reactie ondergaat
om een productmolecuul (geel) te vormen,
dat vervolgens vrijkomt. Hoewel het enzym
aan de reactie deelneemt, blijft het
enzym onveranderd.
Machine Translated by Google
92 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
De vrije energie van Y Energetisch ongunstige reacties scheppen daarentegen orde in het universum; ze hebben
is groter dan het gratis
Y energie van X. Daarom een positieve ÿG. Dergelijke reacties – bijvoorbeeld de vorming van een peptidebinding
ENERGIEK ÿG is negatief (< 0), en tussen twee aminozuren – kunnen niet spontaan plaatsvinden; ze vinden alleen plaats als
de stoornis van de
GUNSTIG
universum neemt toe wanneer ze worden gekoppeld aan een tweede reactie met een negatieve ÿG die zo groot is dat de
REACTIE
X Y wordt omgezet in X.
netto ÿG van het hele proces negatief is (Figuur 3–17). Leven is mogelijk omdat enzymen
biologische orde kunnen scheppen door energetisch ongunstige reacties te koppelen aan
deze reactie kan spontaan optreden
energetisch gunstige reacties. Deze kritische concepten worden samengevat, met
voorbeelden, in Panel 3–1 (pp. 94–95).
Als de reactie XY
Y heeft plaatsgevonden,
ÿ G Veranderingen naarmate een reactie dichter bij het evenwicht komt
zou ÿG positief zijn (> 0), en
ENERGIEK het universum zou meer
ONGUNSTIG geordend worden.
REACTIE X Het is gemakkelijk in te zien hoe een gespannen veer, als hij aan zichzelf wordt overgelaten,
zich zal ontspannen en de opgeslagen energie als warmte aan de omgeving zal afgeven.
deze reactie kan alleen optreden als Maar chemische reacties zijn iets complexer en moeilijker te begrijpen. Dat komt omdat de
het wordt aangedreven doordat het is gekoppeld aan een tweede,
energetisch gunstige reactie vraag of een reactie in een bepaalde richting zal verlopen niet alleen afhangt van de energie
die in elk afzonderlijk molecuul is opgeslagen, maar ook van de concentraties van de
Figuur 3–16 Energetisch gunstige moleculen in het reactiemengsel. Als we teruggaan naar onze wiebelende doos met munten,
reacties hebben een negatieve ÿG, terwijl zullen er meer munten van kop naar staart omdraaien als de doos 90 koppen en 10 muntjes
energetisch ongunstige reacties een bevat dan wanneer de doos 10 koppen en 90 muntjes bevat.
positieve ÿG hebben. Stel je bijvoorbeeld
voor dat molecuul Y een vrije energie
(G) heeft van 10 kilojoule (kJ) per mol, terwijl Hetzelfde geldt voor een chemische reactie. Naarmate de energetisch gunstige reactie Y ÿ
X een vrije energie heeft van 4 kJ/mol. De
reactie Y ÿ X heeft daarom een ÿG van ÿ6 X vordert, zal de concentratie van het product X toenemen en de concentratie van het
kJ/mol, waardoor deze energetisch gunstig is.
ECB5 e3,16/3,16 substraat Y afnemen. Deze verandering in de relatieve concentraties van substraat en
product zal ervoor zorgen dat de verhouding van Y tot X kleiner wordt, waardoor de
aanvankelijk gunstige AG steeds minder negatief wordt.
Tenzij er meer Y wordt toegevoegd, zal de reactie vertragen en uiteindelijk stoppen.
Omdat ÿG verandert naarmate producten zich ophopen en substraten uitgeput raken, zullen
chemische reacties over het algemeen doorgaan totdat ze een evenwichtstoestand
bereiken . Op dat moment zijn de snelheden van de voorwaartse en achterwaartse reacties
gelijk, en is er geen netto verandering meer in de concentraties van substraat of product
(Figuur 3–18). Voor reacties bij chemisch evenwicht is ÿG = 0, dus de reactie zal niet
voorwaarts of achterwaarts verlopen en er kan geen werk worden verricht.
Een dergelijke toestand van chemische inactiviteit zou onverenigbaar zijn met het leven,
C waardoor onvermijdelijk chemisch verval de cel zou kunnen overheersen. Levende cellen
werken hard om te voorkomen dat ze een toestand van volledig chemisch evenwicht
bereiken. Ze wisselen voortdurend materialen uit met hun omgeving: ze vullen
voedingsstoffen aan en elimineren afvalproducten. Bovendien bestaan veel van de
Y individuele reacties in het complexe metabolische netwerk van de cel ook in
onevenwichtigheid, omdat de producten van de ene reactie voortdurend worden
negatief
AG overgeheveld om de substraten te worden in een volgende reactie.
Zelden bereiken producten en substraten concentraties waarbij de voorwaartse en
positief
AG achterwaartse reactiesnelheden gelijk zijn.
G het mogelijk
De standaardverandering van de vrije energie, ÿ °, maakt
X Mogelijk om de energetica van verschillende reacties te vergelijken
D Omdat ÿG op een bepaald moment afhangt van de concentraties van de moleculen in het
reactiemengsel, is het geen bijzonder bruikbare waarde voor het vergelijken van de relatieve
Figuur 3–17 Reactiekoppeling kan een energieën van verschillende soorten chemische reacties.
energetisch ongunstige reactie veroorzaken. Maar dergelijke energetische beoordelingen zijn bijvoorbeeld nodig om te voorspellen of
De energetisch ongunstige (ÿG > 0) reactie X het waarschijnlijk is dat een energetisch gunstige reactie een ÿG heeft die negatief genoeg
ÿ Y kan niet plaatsvinden tenzij deze wordt
is om een energetisch ongunstige reactie te veroorzaken. Om reacties op deze manier te
gekoppeld aan een energetisch gunstige (ÿG
< 0) reactie C ÿ D, zodat de netto vergelijken, moeten we ons wenden tot de standaard vrije-energieverandering van een
verandering in vrije energie voor het paar reactie, ÿG°. De ÿG° van een reactie is onafhankelijk van de concentratie; het hangt alleen
reacties negatief is (minder dan 0). af van de intrinsieke karakters van de reagerende moleculen
Machine Translated by Google
Vrije energie en katalyse 93
Y X
wanneer X en Y een gelijke concentratie hebben, [Y] = [X], wordt de vorming van X
energetisch bevorderd. Met andere woorden, de ÿG van Y ÿ X is negatief en de ÿG
van X ÿ Y is positief. Desalniettemin zal er vanwege thermische bombardementen altijd een
deel van X zijn dat in Y converteert.
omzetten van
Y tot X wil
komen vaak voor.
Y X
EVENTUEEL , er zal een voldoende grote overmaat van X ten opzichte van Y
zijn om net de langzame snelheid van X ÿ Y te compenseren, zodat het aantal X-moleculen
dat elke seconde in Y-moleculen wordt omgezet exact gelijk is aan het aantal Y-moleculen
dat in X wordt omgezet moleculen per seconde. Op dit punt,
de reactie zal in evenwicht zijn.
Y X
op hun gedrag onder ideale omstandigheden waarbij de concentraties van alle reactanten zijn
VRAAG 3–3
ingesteld op dezelfde vaste waarde van 1 mol/liter in waterige oplossing.
Beschouw de analogie van de wiebelende
doos met munten die werd beschreven
Er is een grote hoeveelheid thermodynamische gegevens verzameld waaruit ÿG° voor de meeste
metabolische reacties kan worden ECB5
berekend. Enkele veel voorkomende reacties worden vergeleken
e3,18/3,18 op pagina 83. De reactie, het opgooien van
munten die óf met de kop naar boven
in termen van hun ÿG° in paneel 3–1 (pp. 94–95).
(H) of de munt naar boven (T) wijzen,
De ÿG van een reactie kan worden berekend uit ÿG° als de concentraties van de reactanten en wordt beschreven door de
producten bekend zijn. Voor de eenvoudige reactie Y ÿ X volgt hun relatie deze vergelijking: [X] vergelijking H ÿ T, waarbij de
snelheid van de voorwaartse reactie is gelijk
aan de snelheid van de omgekeerde reactie.
ÿG = ÿG° + RT ln [Y] A. Wat zijn ÿG en ÿG° in deze analogie?
waarbij ÿG° in kilojoules per mol is, geven [Y] en [X] de concentraties van Y en X in mol/liter aan B. Wat komt overeen met de
(een mol is 6 × 1023 moleculen van een stof), ln is de natuurlijke logaritme, en RT is de product temperatuur waarbij de reactie verloopt?
van de gasconstante R en de absolute temperatuur T. Bij 37°C is RT = 2,58. Wat komt overeen met de activeringsenergie
van de reactie?
Stel dat je een ‘enzym’ hebt, genaamd
Uit deze vergelijking kunnen we zien dat wanneer de concentraties van reactanten en producten jigglase, dat deze reactie katalyseert. Wat
gelijk zijn – met andere woorden, [X]/[Y] = 1 – de waarde van ÿG zou het effect van jigglase zijn en wat zou
is gelijk aan de waarde van ÿG° (omdat ln 1 = 0). Wanneer de reactanten en producten dus in jigglase mechanisch gezien in deze analogie
gelijke concentraties aanwezig zijn, hangt de richting van de reactie volledig af van de intrinsieke kunnen doen?
eigenschappen van de moleculen.
Machine Translated by Google
94 PANEL 3–1 GRATIS ENERGIE EN BIOLOGISCHE REACTIES
De vrije energie, G (in kJ/mol), meet de energie van een molecuul die ÿG is nuttig omdat het meet hoe ver een reactie verwijderd is
in principe gebruikt zou kunnen worden om nuttig werk te doen bij constante van het evenwicht. De reactie
temperatuur, zoals in een levende cel. Energie kan ook worden uitgedrukt
in calorieën (1 joule = 0,24 calorieën). ATP ADP + P
heeft een grote negatieve ÿG omdat cellen de reactie ver uit het
evenwicht houden door voortdurend vers ATP te maken. Als de cel
REACTIES VEROORZAKEN STOORNIS
echter sterft, zal het grootste deel van zijn ATP worden gehydrolyseerd
Denk aan een chemische reactie die plaatsvindt in een cel met een totdat het evenwicht is bereikt; bij evenwicht vinden de voorwaartse
constante temperatuur en volume. Deze reactie kan op twee manieren en achterwaartse reacties met gelijke snelheden plaats en ÿG = 0.
wanorde veroorzaken.
SPONTANE REACTIES
REACTIES VOORSPELLEN
glucose + fructose
ednth
ATP ADP+ P –30,5 kJ/mol Daarentegen zou de omgekeerde reactie (glucose + fructose ÿ
sucrose), die een ÿG van +23 joule heeft, niet kunnen plaatsvinden
glucose + 6O2 6CO2 + 6H2O –2867 kJ/mol zonder de input van energie uit een gekoppelde reactie.
Machine Translated by Google
Vrije energie en katalyse 95
Een spontane reactie is niet noodzakelijkerwijs een snelle reactie: een Reacties kunnen aan elkaar worden ‘gekoppeld’ als ze een of meer
reactie met een negatieve vrije-energieverandering (AG) zal niet tussenproducten delen. In dit geval is de algehele verandering in vrije
noodzakelijkerwijs vanzelf snel plaatsvinden. Denk bijvoorbeeld aan de energie eenvoudigweg de som van de individuele ÿGo- waarden. Een
verbranding van glucose in zuurstof: reactie die ongunstig is (heeft een positieve ÿGo ) kan om deze reden worden
aangedreven door een tweede, zeer gunstige reactie.
ENKELE REACTIE
CH2OH
H C OOO ÿGa =
+ +23 kJ/mol
C OH H C + 6O2 6CO2 + 6H2O
glucose fructose sucrose
HO C CH
NETTORESULTAAT: reactie zal niet optreden
H OH
ÿGo = –2867 kJ/mol
Zelfs deze zeer gunstige reactie zal mogelijk pas eeuwenlang plaatsvinden als er NETTORESULTAAT: reactie is zeer gunstig
enzymen aanwezig zijn om het proces te versnellen. Enzymen kunnen reacties
katalyseren en de snelheid ervan versnellen, maar ze kunnen de ÿGo van een
reactie niet veranderen. GEKOPPELDE REACTIES
+ ATP P + ADP
ÿGo =
glucose glucose 1-P
23 – 30,5 =
–7,5 kJ/mol
P + + P
CHEMISCHE EVENWICHTEN
glucose 1-P fructose sucrose
Er bestaat een vaste relatie tussen de standaard vrije- NETTO RESULTAAT: sucrose wordt gemaakt door middel van een reactie
energieverandering van een reactie, ÿGo, en de evenwichtsconstante K.
door de hydrolyse van ATP
Bijvoorbeeld de omkeerbare reactie
YX
[X]
[J] De ÿGo voor deze reactie wordt soms losjes de ‘bindingsenergie’
genoemd. Verbindingen zoals acetylfosfaat en ATP, die een
Bij 37o C, ÿGo = –5,94 log10K (zie tekst, p. 96)
O
grote negatieve ÿGo hebben
/5,94
K = 10–ÿG van hydrolyse in een waterige oplossing, zouden “hoogenergetische”
bindingen hebben.
De reactie bijvoorbeeld
ÿGa
CH2OH CH2O P
(kJ/mol)
O O
O P OH
K = 10(7,3/5,94) = 10(1,23) = 17
De reactie zal dus een stabiele toestand bereiken wanneer (Merk op dat voor de eenvoud H2O in het bovenstaande is weggelaten
[glucose-6-P]/[glucose-1-P] = 17 vergelijkingen.)
Machine Translated by Google
96 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
[X]
K=
[J]
waarbij [X] de concentratie van het product is en [Y] de concentratie van het substraat in
evenwicht is. In het voorbeeld dat we zojuist hebben beschreven, is K = 10.
Bij evenwicht is de snelheid van de voorwaartse reactie precies in evenwicht met de snelheid
van de omgekeerde reactie. Op dat punt is ÿG = 0, en is er geen netto verandering van vrije
TABEL 3–1 RELATIE
energie om de reactie in welke richting dan ook te sturen (zie Paneel 3–1, pp. 94–95).
TUSSEN DE STANDAARD GRATIS-
ENERGIEVERANDERING, ÿG°, EN DE
EVENWICHTSCONSTANTE Als we nu terugkeren naar de vergelijking op pagina 93,
[X]
Evenwicht Standaard vrije energie ÿG = ÿG° + RT ln [Y]
Constante Wijziging (ÿG°) voor
[X]/[Y] Reactie
we kunnen zien dat, bij evenwicht bij 37°C, waarbij ÿG = 0 en de constante RT = 2,58, deze
Y ÿ X (kJ/mol)
vergelijking wordt:
105 –29,7 [X]
ÿG° = –2,58 ln [Y]
104 –23,8
Met andere woorden: ÿG° is recht evenredig met de evenwichtsconstante K:
103 –17,8
ÿG° = –2,58 ln K
102 –11,9
Als we deze vergelijking omzetten van natuurlijke log (ln) naar de meer algemeen gebruikte
10 –5,9
logaritme met grondtal 10 (log), krijgen we
1 0
ÿG° = –5,94 log K
10–1 5.9 Deze vergelijking laat zien hoe de evenwichtsverhouding van Y tot X, uitgedrukt als de
10–2 11.9 evenwichtsconstante K, afhangt van het intrinsieke karakter van de moleculen, zoals uitgedrukt
in de waarde van ÿG°. Voor de reactie die we presenteerden, presenteerden we dus Y ÿ X,
10–3 17.8
waarbij K = 10, ÿG° = ÿ5,94 kJ/mol. In feite verandert voor elk verschil van 5,94 kJ/mol in vrije
10–4 23.8 energie bij 37°C de evenwichtsconstante voor een reactie met een factor 10, zoals
weergegeven in Tabel 3–1. Dus hoe energetisch gunstiger de reactie, des te meer product
10–5 29.7
zich zal ophopen wanneer de reactie tot evenwicht overgaat. Voor een reactie met een ÿG°
Waarden van de evenwichtsconstante werden van ÿ17,8 kJ/mol zal K gelijk zijn aan 1000, wat betekent dat er bij evenwicht 1000
berekend voor de eenvoudige chemische productmoleculen zullen zijn voor elk aanwezig molecuul substraat.
reactie Y ÿ X, met behulp van de vergelijking in
de tekst.
K = [AB]/[A][B]
K wordt groter naarmate de bindingsenergie, dat wil zeggen de energie die vrijkomt bij de
bindingsinteractie, toeneemt. Met andere woorden: hoe groter K is, des te groter is de daling van
de vrije energie tussen de gedissocieerde en geassocieerde toestanden, en hoe sterker de twee
moleculen zullen binden. Zelfs een
vereniging
A+B AB
dissociatie
AB A+B Figuur 3–19 De evenwichtsconstante, K,
dissociatie concentratie
voor de reactie A + B ÿ AB hangt af van de
dissociatiesnelheid = X
snelheidsconstante van AB concentraties van A, B en AB.
Moleculen A en B moeten botsen om te
dissociatiesnelheid = koff [AB] kunnen interageren, en de
associatiesnelheid is daarom evenredig met
BIJ EVENWICHT:
het product van hun individuele concentraties
associatiesnelheid = dissociatiesnelheid
[A] × [B]. Zoals getoond is de verhouding
van de snelheidsconstanten kon en koff voor
kon [A] [B] = koff [AB]
respectievelijk de associatie-
[AB] kon
= = K = evenwichtsconstante (bindingsvorming) en de dissociatie-
[A] [B] koff
(bindingsverbreking) reacties gelijk aan de evenwichtsconstan
Machine Translated by Google
98 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
De verandering van enkele niet-covalente bindingen kan een opvallend effect hebben op
Beschouw 1000 moleculen A en 1000 moleculen B
een bindingsinteractie, zoals geïllustreerd in figuur 3–20. In dit voorbeeld kan worden gezien
in het cytosol van een eukaryotische
cel. De concentratie van beide zal zijn dat een verlies van 11,9 kJ/mol bindingsenergie, wat overeenkomt met het elimineren van
ongeveer 10–9 M.
enkele waterstofbindingen uit een bindingsinteractie, een dramatische afname veroorzaakt
Als de evenwichtsconstante (K) voor A + B
ÿ AB 1010 liter/mol is, dan zal er bij evenwicht in de hoeveelheid complex die bij evenwicht aanwezig is.
Nu keren we terug naar onze oorspronkelijke zorg over hoe cellen orde kunnen scheppen
Als de evenwichtsconstante iets zwakker is, bijvoorbeeld
108 liter/mol, een waarde die een verlies vertegenwoordigt en handhaven. En meer specifiek: hoe kunnen enzymen reacties katalyseren die energetisch
van 11,9 kJ/mol aan bindingsenergie uit het bovenstaande
ongunstig zijn?
voorbeeld, of 2 à 3 minder waterstof
obligaties – dan zal die er zijn
Eén manier waarop ze dit doen is door energetisch ongunstige reacties direct te koppelen
915 915 85 aan energetisch gunstige reacties. Beschouw bijvoorbeeld twee opeenvolgende reacties,
A B AB
moleculen moleculen complexen
X ÿ Y en Y ÿ Z
waarbij de ÿG° -waarden respectievelijk +21 en –54 kJ/mol zijn. (Bedenk dat een mol 6 x
Figuur 3–20 Kleine veranderingen in 1023 moleculen van een stof is.) De ongunstige reactie, X ÿ Y, zal niet spontaan plaatsvinden.
het aantal zwakke bindingen kunnen drastische
Het kan echter worden aangedreven door de gunstige reactie Y ÿ Z, op voorwaarde dat de
gevolgen hebben voor een
tweede reactie de eerste volgt. Dat komt omdat de totale verandering in de vrije energie
bindingsinteractie. Dit voorbeeld illustreert het
ECB5 e3,20/3,20
dramatische effect van de aanwezigheid of voor de gekoppelde reactie gelijk is aan de som van de veranderingen in de vrije energie
afwezigheid van enkele zwakke niet- voor elke individuele reactie. In dit geval zal de ÿG° voor de gekoppelde reactie, X ÿ Y ÿ Z, –
covalente bindingen in de interactie tussen twee cytosolische
33eiwitten.
kJ/mol zijn, wat het algehele traject energetisch gunstig maakt.
X Y Y Z
Figuur 3–21 Een energetisch ongunstige reactie evenwichtspunt voor evenwichtspunt voor
kan worden veroorzaakt door een energetisch X ÿ Y-reactie Y ÿ Z-reactie
gunstige vervolgreactie die werkt als een
(A) (B)
chemische sifon. (A) Bij evenwicht zijn er
tweemaal zoveel X-moleculen als Y-moleculen.
(B) Bij evenwicht zijn er 25 keer meer Z-moleculen
dan Y-moleculen.
(C) Als de reacties in (A) en (B) worden
gekoppeld, zullen bijna alle X-moleculen worden
omgezet in Z-moleculen, zoals weergegeven. In
X Y
termen van energetische aspecten is de ÿG° van
de Y ÿ Z-reactie zo negatief dat, wanneer
gekoppeld aan de X ÿ Y-reactie, deze de ÿG van
X ÿ Y verlaagt. Dit komt omdat de ÿG van X ÿ Z
Y afneemt naarmate de verhouding van Y naar
(C) evenwichtspunt voor de gekoppelde reactie X ÿ Y ÿ Z
X neemt af (zie figuur 3–18).
Machine Translated by Google
Vrije energie en katalyse 99
verloopt snel tot voltooiing omdat de totale ÿG° voor de reeks opeenvolgende reacties een
grote negatieve waarde heeft.
Het vormen van een sequentieel pad is echter niet het antwoord op veel andere
25 nm
metabolische behoeften. Vaak is de gewenste reactie eenvoudigweg X ÿ Y, zonder
verdere omzetting van Y in een ander product. Gelukkig zijn er andere, meer algemene
manieren om enzymen te gebruiken om reacties aan elkaar te koppelen, waarbij de
productie van geactiveerde dragers betrokken is die energie van de ene reactieplaats ECB5 n3.101/3.22
naar de andere kunnen overbrengen, zoals we binnenkort zullen bespreken.
Hoewel het cytosol van een cel dicht opeengepakt is met moleculen van verschillende
vormen en maten, laten experimenten waarbij fluorescerende kleurstoffen en andere
gelabelde moleculen in het cytosol van de cel worden geïnjecteerd, zien dat kleine
organische moleculen bijna net zo snel door deze waterige gel diffunderen als zij. door
water. Een klein organisch molecuul, zoals een substraat, heeft gemiddeld slechts
ongeveer een vijfde van een seconde nodig om over een afstand van 10 ÿm te diffunderen.
Diffusie is daarom een efficiënte manier voor kleine moleculen om zich over beperkte
afstanden in de cel te verplaatsen.
Omdat eiwitten veel langzamer door het cytosol diffunderen dan kleine moleculen, hangt
de snelheid waarmee een enzym zijn substraat tegenkomt af van de concentratie van
het substraat. De meest voorkomende substraten zijn in de cel aanwezig in een netto afstand
gereisd
concentratie van ongeveer 0,5 mM.
Omdat zuiver water 55 M groot is, is er per 105 watermoleculen slechts ongeveer één Figuur 3ÿ23 Een molecuul doorkruist het
zo'n substraatmolecuul in de cel aanwezig . Niettemin zal de plaats op een enzym dat dit cytosol door een willekeurige wandeling te maken.
Moleculen in oplossing bewegen op willekeurige
substraat bindt elke seconde worden gebombardeerd door ongeveer 500.000 willekeurige
wijze als gevolg van de voortdurende botsingen die
botsingen met het substraat! Bij een substraatconcentratie die tien keer lager is (0,05 ze ondergaan bij botsingen met andere moleculen.
mM) daalt het aantal botsingen tot 50.000 per seconde, enzovoort. Deze ongelooflijk Door deze beweging kunnen kleine moleculen ECB5
e3.22/3.23 bereiken
talrijke botsingen spelen een cruciale rol in de chemie van het leven. diffunderen snel door het celcytosol (film 3.2).
Machine Translated by Google
100 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
Het enzym koolzuuranhydrase is een De eerste stap in elke door een enzym gekatalyseerde chemische reactie is de binding van het
van de snelste bekende enzymen. Het substraat. Zodra deze stap heeft plaatsgevonden, moet het substraat lang genoeg aan het enzym
katalyseert de snelle omzetting gebonden blijven om de chemie te laten plaatsvinden.
van CO2- gas in het veel beter
De associatie van enzym en substraat wordt gestabiliseerd door de vorming van meerdere,
oplosbare bicarbonaation (HCO3 –). De
zwakke bindingen tussen de deelnemende moleculen. Deze zwakke interacties – waaronder
reactie: CO2 + H2O ÿ
HCO3 – + H+ is erg belangrijk waterstofbruggen, van der Waals-aantrekkingen en elektrostatische aantrekkingen (besproken
voor het efficiënte transport van CO2 in hoofdstuk 2) – blijven bestaan totdat willekeurige thermische bewegingen ervoor zorgen dat
van weefsels, waar CO2 wordt geproduceerd de moleculen weer dissociëren.
door ademhaling, naar de longen, waar
Wanneer twee botsende moleculen slecht passende oppervlakken hebben, worden er weinig
het wordt uitgeademd.
niet-covalente bindingen gevormd en is hun totale energie verwaarloosbaar vergeleken met die
Koolzuuranhydrase versnelt de reactie 107
van thermische beweging. In dit geval dissociëren de twee moleculen net zo snel als ze
keer, waardoor 105 CO2 wordt gehydrateerd
moleculen per seconde bij maximale samenkomen (zie figuur 2–35). Zoals we in figuur 3-20 hebben gezien, kunnen zelfs kleine
snelheid. Wat denk je dat de snelheid van veranderingen in het aantal niet-covalente bindingen tussen twee op elkaar inwerkende moleculen
het enzym beperkt? Schets een diagram een dramatisch effect hebben op hun vermogen om een complex te vormen. Slechte vorming
analoog aan dat in Figuur 3-13 en geef van niet-covalente bindingen is wat voorkomt dat ongewenste associaties ontstaan tussen niet-
aan welk deel van je diagram is ontworpen overeenkomende moleculen, zoals die tussen een enzym en het verkeerde substraat.
om de 107-voudige versnelling weer te
geven.
Alleen als het enzym en het substraat goed op elkaar zijn afgestemd, vormen ze veel zwakke
interacties. Het zijn deze talrijke niet-covalente bindingen die ze lang genoeg bij elkaar houden
zodat een covalente binding in het substraatmolecuul kan worden gevormd of verbroken,
waardoor substraat in product wordt omgezet.
Dat komt omdat dezelfde niet-covalente bindingen met het enzym worden gevormd, ongeacht of
de reactie vooruit of achteruit gaat. De voorwaartse en achterwaartse reacties zullen daarom
door een enzym met dezelfde factor worden versneld, en het evenwichtspunt voor de reactie –
en dus de ÿG° ervan –
blijft ongewijzigd (Figuur 3–24).
VRAAG 3–6
In cellen katalyseert een enzym
de reactie AB ÿ A + B. Het werd echter
geïsoleerd als een enzym dat de
tegenovergestelde reactie A + B ÿ AB
uitvoert . Leg de paradox uit.
Y X Y X
Figuur 3–24 Enzymen kunnen het evenwichtspunt voor reacties niet veranderen.
Enzymen versnellen, net als alle katalysatoren, de voorwaartse en achterwaartse snelheid van
een reactie met dezelfde hoeveelheid. Daarom is voor zowel de hier getoonde (A) niet-gekatalyseerde
als (B) gekatalyseerde reacties het aantal moleculen dat de overgang Y ÿ X ondergaat gelijk
ECB5 e3,25/3,24
aan het aantal moleculen dat de overgang X ÿ Y ondergaat wanneer de verhouding tussen X-
moleculen en Y-moleculen is 7 tegen 1, zoals geïllustreerd. Met andere woorden, zowel de
gekatalyseerde als de niet-gekatalyseerde reacties zullen uiteindelijk hetzelfde evenwichtspunt
bereiken, hoewel de gekatalyseerde reactie veel sneller een evenwicht zal bereiken.
Machine Translated by Google
Geactiveerde dragers en biosynthese 101
Geactiveerde dragers slaan energie op in een gemakkelijk uitwisselbare vorm, hetzij als
een gemakkelijk overdraagbare chemische groep, hetzij als gemakkelijk overdraagbare
(“hoge energie”) elektronen. Ze kunnen een dubbele rol vervullen als bron van zowel
energie als chemische groepen voor biosynthetische reacties. Zoals we binnenkort zullen
bespreken, zijn de belangrijkste geactiveerde dragers ATP en twee moleculen die nauwe
chemische neven zijn, NADH en NADPH.
Om te begrijpen hoe cellen de energie die in voedselmoleculen zit omzetten in een vorm
die gebruikt kan worden om werk te doen, was de toegewijde inspanning van de beste
scheikundigen ter wereld nodig (How We Know, pp. 102-103 ) . Hun ontdekkingen,
verzameld in de eerste helft van de twintigste eeuw, markeerden het begin van de studie
van de biochemie.
In cellen wordt energie vastgelegd door middel van een speciale vorm van gekoppelde
reactie, waarbij een energetisch gunstige reactie wordt gebruikt om een energetisch
ongunstige reactie aan te drijven, zodat een geactiveerde drager of een ander nuttig
molecuul wordt geproduceerd. Een dergelijke koppeling vereist enzymkatalyse, wat
fundamenteel is voor alle energietransacties in de cel.
ENERGIE ENERGIE
energiek energiek
gunstig ongunstig Figuur 3–25 Geactiveerde dragers kunnen
reactie reactie energie opslaan en overdragen in een vorm
ENERGIE die cellen kunnen gebruiken. Door te dienen
als intracellulaire energieshuttles vervullen
geactiveerde dragers hun functie als
geoxideerd voedsel geactiveerde drager molecuul tussenpersonen die het vrijkomen van energie
molecuul beschikbaar in cel
uit de afbraak van voedselmoleculen (katabolisme)
koppelen aan de energievereiste biosynthese
KATABOLISME ANABOLISME
van kleine en grote organische moleculen (anabolisme).
Machine Translated by Google
102
HOE WE WETEN
“HOGE ENERGIE” FOSFAAT VERBINDT KRACHTCELPROCESSEN
Cellen hebben een continue stroom energie nodig om de orde te glycogeen glycogeen
scheppen en te handhaven, terwijl ze de materialen verwerven die ze
nodig hebben om te overleven, te groeien en zich voort te planten.
glucose glucose
Maar zelfs in 1921 was er nog heel weinig bekend over de manier waarop energie-
wat voor dierlijke cellen voortkomt uit de afbraak van voedingsstoffen –
wordt biochemisch getransformeerd, opgeslagen en vrijgegeven voor
werk in de cel. Het zou de inspanningen vergen van een handvol
biochemici, van wie velen samenwerkten met Otto Meyerhof – een melkzuur melkzuur
Terwijl Meyerhof zich op de chemie concentreerde, stelde de Engelse Wat Lundsgaard ontdekte was dat de vergiftigde spieren bleven
fysioloog Archibald “AV” Hill vast dat werkende spieren warmte afgeven, samentrekken. Dieren die met de stof waren geïnjecteerd, gedroegen
zowel tijdens het samentrekken als tijdens het herstellen; verder zich aanvankelijk “heel normaal”, schreef Fritz Lipmann, een biochemicus
ontdekte hij dat de hoeveelheid warmte correleert met hoe hard de die in het laboratorium van Meyerhof werkte. Maar na een paar minuten
spier werkt. vielen ze plotseling om, hun spieren verstijfd van stijfheid.
“De onrust die dit nieuws veroorzaakte in het laboratorium van wanneer ATP laag is
BRUIKBAAR
hydraulisch
WERK
machine
warmte warmte
kinetische energie van vallend gesteente is een deel van de kinetische energie wordt gebruikt om te tillen de potentiële energie die is opgeslagen in de
alleen omgezet in warmte-energie een emmer water, en een overeenkomstige opgeheven emmer water kan worden gebruikt
Een kleinere hoeveelheid wordt omgezet in warmte drijf hydraulische machines aan die een
verscheidenheid aan nuttige taken uitvoeren
Figuur 3ÿ29 Een mechanisch model Laten we, om een alledaagse weergave te geven van hoe gekoppelde reacties werken, een
illustreert het principe van gekoppelde
mechanische analogie bekijken waarin een energetisch gunstige chemische reactie wordt
chemische reacties. (A) De getoonde spontane
reactie zou kunnen dienen als analogie voor de weergegeven door stenen die van een klif vallen. De kinetische energie van vallend gesteente zou
directe oxidatie van glucose tot CO2 en H2O, normaal gesproken volledig verloren gaan in de vorm van warmte die wordt gegenereerd door
waarbij alleen warmte ontstaat. wrijving wanneer het gesteente de grond raakt (Figuur 3ÿ29A).
(B) Dezelfde reactie wordt gekoppeld aan een Door een zorgvuldig ontwerp zou een deel van deze energie echter kunnen worden gebruikt om
tweede reactie, die zou kunnen dienen als
een schoepenwiel aan te drijven dat een emmer water optilt (Figuur 3ÿ29B). Omdat de rotsen nu
analogie voor de synthese van geactiveerde
dragers. (C) De energie die wordt geproduceerd in pas de grond kunnen bereiken nadat het schoepenwiel is bewogen, zeggen we dat de energetisch
(B) is in een nuttiger vorm dan in (A) en kan gunstige reactie van vallende rotsen direct is gekoppeld aan de energetisch ongunstige reactie
worden gebruikt om een verscheidenheid aan van het optillen van de emmer met water. Omdat een deel van de energie wordt gebruikt om werk
anderszins energetisch ongunstige reacties aan te sturen. te doen in (B), raken de rotsen de grond met een lagere snelheid dan in (A), en wordt er
ECB5 e3,30/3,29
dienovereenkomstig minder energie verspild als warmte. De energie die wordt bespaard in de
verhoogde emmer water kan vervolgens worden gebruikt om nuttig werk te doen (Figuur 3ÿ29C).
Analoge processen vinden plaats in cellen, waar enzymen de rol van het schoepenrad spelen in
figuur 3ÿ29B. Door mechanismen die we in hoofdstuk 13 bespreken, koppelen enzymen een
energetisch gunstige reactie, zoals de oxidatie van voedselmoleculen, aan een energetisch
ongunstige reactie, zoals het genereren van geactiveerde dragers. Als gevolg hiervan wordt de
hoeveelheid warmte die vrijkomt bij de oxidatiereactie verminderd met precies de hoeveelheid
energie die is opgeslagen in de energierijke covalente bindingen van de geactiveerde drager. Die
VRAAG 3–7 bespaarde energie kan vervolgens worden gebruikt om elders in de cel een chemische reactie
aan te drijven.
Gebruik figuur 3ÿ29B om de volgende
reactie te illustreren, aangedreven door
de hydrolyse van ATP: ATP is de meest gebruikte geactiveerde drager
X + ATP ÿ Y + ADP + Pi
A. Welk molecuul of welke moleculen De belangrijkste en meest veelzijdige geactiveerde drager in cellen is ATP (adenosine 5ÿ-
zouden in dit geval analoog zijn aan (i) trifosfaat). Net zoals de energie die is opgeslagen in de opgeheven emmer water in figuur 3-29B
rotsen op de top van de klif, (ii) kan worden gebruikt om een grote verscheidenheid aan hydraulische machines aan te drijven,
gebroken puin op de bodem van de klif,
dient ATP als een handige en veelzijdige opslagplaats, of betaalmiddel, van energie die kan
(iii) de emmer op het hoogste punt, en (iv )
worden gebruikt om een verscheidenheid aan hydraulische machines aan te drijven. van chemische reacties in ce
de emmer op de grond?
Zoals weergegeven in figuur 3-30 wordt ATP gesynthetiseerd in een energetisch ongunstige
fosforyleringsreactie , waarbij een fosfaatgroep wordt toegevoegd aan ADP (adenosine 5ÿ-
B. Wat zou analoog zijn aan (i) de rotsen
die de grond raken bij afwezigheid van difosfaat). Indien nodig geeft ATP dit energiepakket af in een energetisch gunstige hydrolyse tot
het schoepenwiel in figuur 3ÿ29A en (ii) de ADP en anorganisch fosfaat (Pi). Het geregenereerde ADP is vervolgens beschikbaar om te
hydraulische machine in figuur 3ÿ29C? worden gebruikt voor een nieuwe ronde van de fosforyleringsreactie die ATP vormt, waardoor een
ATP-cyclus in de cel ontstaat.
Machine Translated by Google
Geactiveerde dragers en biosynthese 105
ADP
De grote negatieve ÿGº van de ATP-hydrolysereactie komt voort uit een aantal factoren. Het
vrijkomen van de terminale fosfaatgroep verwijdert een ongunstige afstoting tussen
aangrenzende negatieve ladingen; bovendien wordt het vrijkomende anorganische fosfaation
(Pi) gestabiliseerd door gunstige vorming van waterstofbruggen met water.
De energetisch gunstige reactie van ATP-hydrolyse gaat gepaard met vele anderszins
ongunstige reacties waardoor andere moleculen worden gesynthetiseerd. Een aantal van
deze reacties zullen we in dit hoofdstuk tegenkomen, waarbij we zullen zien hoe deze
koppeling precies wordt uitgevoerd. ATP-hydrolyse
ECB5 e3,31/3,30 gaat vaak gepaard met een overdracht
van het terminale fosfaat in ATP naar een ander molecuul, zoals geïllustreerd in figuur 3-31.
Elke reactie waarbij een fosfaatgroep naar een molecuul wordt overgebracht, wordt een
fosforyleringsreactie genoemd . Fosforyleringsreacties zijn voorbeelden van condensatiereacties
(zie Figuur 2-19) en komen voor in veel belangrijke celprocessen: ze activeren substraten
voor een daaropvolgende reactie, bemiddelen beweging en dienen als sleutelbestanddelen VRAAG 3–8
van intracellulaire signaalroutes (besproken). in hoofdstuk 16).
_O P OP OPO CH2
O OO Figuur 3ÿ31 Het terminale fosfaat van ATP
ATP
RIBOSE kan gemakkelijk worden overgedragen
fosfoanhydride binding naar andere moleculen. Omdat een
energierijke fosfoanhydridebinding in ATP
ÿGº < 0 FOSFAATOVERDRACHT wordt omgezet in een minder energierijke
fosfoesterbinding in het fosfaataccepterende
fosfoëster
band molecuul, is deze reactie energetisch
gunstig, met een grote negatieve ÿGº (zie
O_ O_ O_ ADENINE Paneel 3–1, pp. 94–95 ) .
_O P O CC + _ OP OPO CH2 Fosforyleringsreacties van dit type zijn betrokken
bij de synthese van fosfolipiden en bij de eerste
O OO
ADP stappen van de afbraak van suikers, evenals bij vele
gefosforyleerd RIBOSE andere metabolische en intracellulaire signaalroutes.
molecuul
Machine Translated by Google
106 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
Energie opgeslagen in ATP wordt vaak benut om twee energieën samen te voegen
Moleculen samen
Figuur 3–32 Een energetisch ongunstige Een gebruikelijk type reactie dat nodig is voor biosynthese is er een waarbij twee
biosynthesereactie kan worden veroorzaakt
moleculen, A en B, met elkaar worden verbonden door een covalente binding om A-B
door ATP-hydrolyse. (A) Schematische weergave
van de condensatiereactie beschreven in de te produceren in een energetisch ongunstige condensatiereactie:
tekst. In deze reeks reacties wordt eerst een A–OH + B–H ÿ A–B + H2O
fosfaatgroep gedoneerd door ATP om een
hoogenergetisch tussenproduct te vormen, ATP-hydrolyse kan indirect aan deze reactie worden gekoppeld om deze vooruit te
AÿOÿPO3, dat vervolgens reageert met het helpen. In dit geval wordt de energie uit ATP-hydrolyse eerst gebruikt om A–OH om te
andere substraat, BÿH, om het product AÿB te
zetten in een tussenverbinding met hogere energie, die vervolgens direct reageert met
vormen. (B) Reactie die de biosynthese toont
van het aminozuur glutamine uit glutaminezuur.
B–H om A–B te geven. Het eenvoudigste mechanisme omvat de overdracht van een
Glutaminezuur, dat overeenkomt met de fosfaat van ATP naar A–OH om A–O–PO3 te maken, in welk geval het reactiepad
AÿOH getoond in (A), wordt eerst omgezet slechts twee stappen omvat (Figuur 3ÿ32A). De condensatiereactie, die op zichzelf
in een hoogenergetisch gefosforyleerd energetisch ongunstig is, is tot stand gekomen doordat deze is gekoppeld aan ATP-
tussenproduct, dat overeenkomt met AO–PO3. Dit
hydrolyse in een door enzym gekatalyseerde reactieroute.
tussenproduct reageert vervolgens
met ammoniak (wat overeenkomt met B – H) om glutamine te vormen.
In dit voorbeeld vinden beide stappen plaats Een biosynthetische reactie van precies dit type wordt gebruikt om het aminozuur
op het oppervlak van hetzelfde enzym,
glutamine te synthetiseren, zoals geïllustreerd in figuur 3-32B. We zullen later in dit
glutaminesynthetase (niet getoond). ATP-
hydrolyse kan deze energetisch ongunstige hoofdstuk zien dat zeer vergelijkbare (maar complexere) mechanismen ook worden
reactie aandrijven, omdat het een gunstige vrije- gebruikt om bijna alle grote moleculen van de cel te produceren.
energieverandering (ÿG° van –30,5 kJ/mol)
produceert die groter is dan de energie die nodig
NADH en NADPH zijn beide geactiveerde dragers van
is voor de synthese van glutamine uit Elektronen
glutaminezuur plus NH3 (ÿG° van +14,2 kJ/
mol). Voor de duidelijkheid wordt de zijketen van Andere belangrijke geactiveerde dragers nemen deel aan oxidatie-reductiereacties en
glutaminezuur in zijn ongeladen vorm weergegeven. maken ook vaak deel uit van gekoppelde reacties in cellen. Deze
O O
C
ATP -ADP
CH2
A OH A O P
CH2
STAP 1 in de ACTIVERINGsstap , ATP-overdrachten +
een fosfaat, , naar P
A–OH om a te produceren H3N CH COO–
hoogenergetisch tussenproduct hoogenergetisch tussenproduct
(A-O-P)
ATP H
H2N
B H
ACTIVERING ammoniak (B-H)
STAP
A O P A B ADP P CONDENSATIE
STAP
P producten van
OOO ATP-hydrolyse O
STAP 2 NH2
in de CONDENSATIE- stap wordt de geactiveerd
tussenproduct reageert met B-H om het te vormen C C
product A–B, een reactie vergezeld van
het vrijkomen van anorganisch fosfaat
CH2 CH2
Net als ATP is NADPH een geactiveerde drager die deelneemt aan veel belangrijke
biosynthesereacties die anders energetisch ongunstig zouden zijn. NADPH wordt
geproduceerd volgens het algemene schema weergegeven in figuur 3-33. Tijdens een
speciale reeks energieopwekkende katabole reacties wordt een hydride-ion uit het
substraatmolecuul verwijderd en toegevoegd aan de nicotinamidering van NADP+ om
NADPH te vormen. Dit is een typische oxidatie-reductiereactie: het substraat wordt
geoxideerd en NADP+ wordt gereduceerd.
NADPH NADP+
verminderde elektronendrager geoxideerde elektronendrager
H
H H O O
nicotinamide
C C
ring
NH2 + NH2
N N
P O H- P O
Figuur 3ÿ34 NADPH accepteert en
RIBOSE RIBOSE
doneert elektronen via zijn nicotinamidering.
NADPH doneert zijn hoogenergetische
elektronen samen met een proton (het
equivalent van een hydride-ion, H–). Deze
ADENINE ADENINE
reactie, die NADPH oxideert tot NADP+,
is energetisch gunstig omdat de
nicotinamidering stabieler is als deze
P O P O elektronen afwezig zijn.
RIBOSE RIBOSE Het ball-and-stick-model aan de linkerkant
toont de structuur van NADP+. NAD+
O O en NADH zijn qua structuur identiek aan
P P respectievelijk NADP+ en NADPH, behalve
in NAD+ en NADH, dit dat ze de fosfaatgroep missen, zoals
fosfaatgroep ontbreekt aangegeven.
Machine Translated by Google
108 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
Figuur 3ÿ35 NADPH neemt deel aan de laatste fase van een van de
7-dehydrocholesterol biosyntheseroutes die naar cholesterol leiden. Zoals bij veel andere
biosynthesereacties wordt de reductie van de C=C-binding bereikt door
de overdracht van een hydride-ion uit de geactiveerde drager NADPH, plus
een proton (H+) uit de oplossing.
C
C
HO
H
NADPH en NADH hebben verschillende rollen in cellen
NADP H + H+
NADP+ NADPH en NADH verschillen in één enkele fosfaatgroep, die ver verwijderd is van
het gebied dat betrokken is bij de elektronenoverdracht in NADPH (zie figuur 3-34).
Hoewel deze fosfaatgroep geen effect heeft op de elektronenoverdrachtseigenschappen
cholesterol van NADPH vergeleken met NADH, is deze niettemin cruciaal voor hun
onderscheidende rol, omdat NADPH hierdoor een iets andere vorm krijgt dan NADH.
Dit subtiele verschil in conformatie maakt het mogelijk dat de twee dragers zich als
C substraten aan verschillende sets enzymen binden en daardoor elektronen (in de
H
C vorm van hydride-ionen) aan verschillende doelmoleculen afgeven.
HO H
H
Waarom zou deze taakverdeling moeten bestaan? Het antwoord ligt in de noodzaak
om twee sets elektronenoverdrachtsreacties onafhankelijk te reguleren. NADPH
werkt voornamelijk met enzymen die anabole reacties katalyseren en de
hoogenergetische elektronen leveren die nodig zijn om energierijke biologische
ECB5 m2,37a/3,35
moleculen te synthetiseren. NADH speelt daarentegen een speciale rol als
tussenproduct in het katabole systeem van reacties die ATP genereren door de
oxidatie van voedselmoleculen, zoals we in hoofdstuk 13 bespreken. Het ontstaan
van NADH uit NAD+ en die van NADPH uit NADP+ vindt plaats via verschillende
routes die onafhankelijk worden gereguleerd, zodat de cel de toevoer van elektronen
voor deze twee contrasterende doeleinden kan aanpassen. In de cel wordt de
verhouding NAD+ tot NADH hoog gehouden, terwijl de verhouding NADP+ tot
NADPH laag wordt gehouden. Deze opstelling biedt voldoende NAD+ om als
oxidatiemiddel te fungeren en voldoende NADPH om als reductiemiddel te fungeren
– zoals vereist voor hun speciale rol in respectievelijk katabolisme en anabolisme
(Figuur 3-36).
TABEL 3–2 ENKELE GEACTIVEERDE DRAAGERS DIE OP VEEL GEBRUIK WORDEN BIJ HET METABOLISME
Uridinedifosfaat-glucose glucose
Geactiveerde dragers worden gewoonlijk gegenereerd in reacties die gekoppeld zijn aan
ATP-hydrolyse, zoals weergegeven voor biotine in Figuur 3-38. Daarom komt de energie
die het mogelijk maakt dat hun groepen worden gebruikt voor biosynthese uiteindelijk uit
de katabole reacties die ATP genereren. Hetzelfde principe is van toepassing op de
synthese van grote macromoleculen – nucleïnezuren, eiwitten en polysachariden – zoals
we hierna bespreken.
nucleotide
acetyl
groep
ADENINE
H H OH H OH CH3 H O O
H3C Figuur 3–37 Acetylco-enzym A (CoA) is een
C S C C NC C C NC C C CO P O P O CH2 andere belangrijke geactiveerde drager.
O H H H H H H OH CH3 H O- O- Een bal-en-stokmodel wordt weergegeven boven de
hoge energie RIBOSE structuur van acetyl-CoA. Het zwavelatoom
band
(oranje) vormt een thioesterbinding met acetaat.
O Omdat de thioesterbinding een hoogenergetische
koppeling is, komt er bij hydrolyse een grote
–OP O
hoeveelheid vrije energie vrij. Zo kan de door
O- CoA gedragen acetylgroep gemakkelijk worden
acetyl groep co-enzym A (CoA) overgedragen naar andere moleculen.
Machine Translated by Google
110 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
H
N O O-
O O– S O C
C N
H CH2
OH C O
O
bicarbonaat ENZYM
C
pyruvaat O-
O
carboxylase
oxaalacetaat
De nucleïnezuren (DNA en RNA), eiwitten en polysachariden zijn allemaal polymeren die worden
geproduceerd door de herhaalde toevoeging van een subeenheid aan het ene uiteinde van een
groeiende keten. De synthesewijze van elk van deze macromoleculen wordt uiteengezet in
Figuur 3ÿ40. Zoals aangegeven is de condensatiestap telkens afhankelijk van de energie die
wordt geleverd door de hydrolyse van een nucleosidetrifosfaat. En toch zijn er, afgezien van de
nucleïnezuren, geen fosfaatgroepen meer in de eindproductmoleculen. Hoe is de energie van
ATP-hydrolyse dan gekoppeld aan polymeersynthese?
Elk type macromolecuul wordt gegenereerd via een door enzym gekatalyseerde route die lijkt
op de route die eerder is besproken voor de synthese van het aminozuur glutamine (zie figuur
3-32). Het principe is precies hetzelfde: de –OH-groep die bij de condensatiereactie wordt
verwijderd, wordt eerst geactiveerd door een hoogenergetische binding met een tweede molecuul
te vormen. De mechanismen die worden gebruikt om de hydrolyse van ATP te koppelen aan de
synthese van eiwitten en polysachariden zijn echter complexer dan die welke worden gebruikt
voor de synthese van glutamine. In de biosynthetische routes leidend
H2O H2O
Figuur 3ÿ39 In cellen worden macromoleculen
gesynthetiseerd door condensatiereacties en
afgebroken door hydrolysereacties.
Een OH H + B AB A OH H + B
Condensatiereacties zijn allemaal energetisch CONDENSATIE HYDROLYSE
ongunstig, terwijl hydrolysereacties allemaal
energiek energiek
energetisch gunstig zijn. ongunstig gunstig
Machine Translated by Google
Geactiveerde dragers en biosynthese 111
glucose glycogeen
OH OH OH
OOO OOO
energie uit nucleoside
H2O hydrolyse van trifosfaat
O O_ P O O_ P
RNA O O
CH2OH CH2OH CH2OH
C C
O O O CH2 CH2
O O
OH OH OH
HO O O O
H2O
OH OH OH OH OH OOO
OP O_ G
(C) EIWITTEN
CH2
O
eiwit aminozuur O
nucleotide
H O R O H H O G
CH2
O
C CN C C NCC OH OH
RNA
R HH OH H R OH
OH OH
energie uit nucleoside
H2O hydrolyse van trifosfaat
H O R O H Figuur 3ÿ40 De synthese van macromoleculen vereist een input van energie.
O
De synthese van een deel van (A) een polysacharide, (B) een nucleïnezuur en (C) een eiwit
C CN C C NCC wordt hier getoond. In elk geval omvat de synthese een condensatiereactie waarbij water
OH verloren gaat; de betrokken atomen zijn roze gearceerd. Niet getoond is het verbruik van
R HH H R
hoogenergetische nucleosidetrifosfaten dat nodig is om elke subeenheid te activeren voorafgaand
eiwit aan de toevoeging ervan. De omgekeerde reactie – de afbraak van alle drie soorten polymeren
– vindt daarentegen plaats door de eenvoudige toevoeging van water of hydrolyse (niet weergegeven).
Er zijn grenzen aan wat elke geactiveerde drager kan doen bij het aansturen
ECB5 e3,39/3,40van de
biosynthese. De ÿG voor de hydrolyse van ATP tot ADP en anorganisch fosfaat (Pi) hangt VRAAG 3–9
bijvoorbeeld af van de concentraties van alle reactanten, en onder de gebruikelijke
omstandigheden in een cel ligt deze tussen –46 en –54 kJ/mol. . In principe kan deze Welke van de volgende reacties zal alleen
hydrolysereactie worden gebruikt om een ongunstige reactie met een AG van misschien +40 optreden als deze gekoppeld is aan een
kJ/mol op gang te brengen, op voorwaarde dat er een geschikt reactiepad beschikbaar is. tweede, energetisch gunstige reactie?
Voor sommige biosynthesereacties kan zelfs –54 kJ/mol echter onvoldoende zijn. In deze A. glucose + O2 ÿ CO2 + H2O
B. CO2 + H2O ÿ glucose + O2
gevallen kan het pad van de ATP-hydrolyse worden gewijzigd, zodat het in eerste instantie
C. nucleosidetrifosfaten ÿ
AMP en pyrofosfaat (PPi) produceert, dat vervolgens in een volgende stap in oplossing DNA
wordt gehydrolyseerd (Figuur 3-41). Het hele proces levert een totale ÿG op van ongeveer – D. nucleotidebasen ÿ nucleosidetrifosfaten
109 kJ/mol. De biosynthetische reactie die betrokken is bij de synthese van nucleïnezuren
E. ADP + Pi ÿ
(polynucleotiden) wordt op deze manier aangestuurd (Figuur 3ÿ42). ATP
Machine Translated by Google
112 HOOFDSTUK 3 Energie, katalyse en biosynthese
_O P OP O_ + _ O PO CH2 PP + AMP
O_ O_ O_
RIBOSE
pyrofosfaat
O O
_O P OH + _O P OH PP +
O_ O_
fosfaat fosfaat
ATP zal in het boek veelvuldig voorkomen als een molecuul dat reacties in de cel mogelijk maakt.
En in de hoofdstukken 13 en 14 bespreken we hoe de cel de energie uit voedsel gebruikt om ATP
te genereren. In het volgende hoofdstuk leren we meer over de eiwitten die dergelijke reacties
mogelijk maken.
ECB5 e3,40/3,41
basis
3
PPP O
suiker
basis
1
OH
hoogenergetisch tussenproduct P O
suiker
basis
2
2 ATP
P O
P P suiker
H2O OH
polynucleotideketen
basis
3 die twee nucleotiden
2 ADP 2 P
bevat
P O
basis
suiker producten van 1
ATP-hydrolyse
OH P O
suiker
basis
nucleosidemonofosfaat 2
P O
suiker
basis
polynucleotideketen die 3
drie nucleotiden bevat P O
suiker
OH
Figuur 3–42 De synthese van een polynucleotide, RNA of DNA, is een proces dat uit
meerdere stappen bestaat, aangedreven door ATP-hydrolyse. In de eerste stap
wordt een nucleosidemonofosfaat geactiveerd door de opeenvolgende overdracht van de
terminale fosfaatgroepen van twee ATP-moleculen. Het gevormde hoogenergetische
ECB5 e3,41/3,42
tussenproduct – een nucleosidetrifosfaat – bestaat vrij in oplossing totdat het reageert
met het groeiende uiteinde van een RNA- of DNA-keten, waarbij pyrofosfaat vrijkomt. Hydrolyse
van het pyrofosfaat tot anorganisch fosfaat is zeer gunstig en helpt de algehele reactie in de
richting van polynucleotidesynthese te sturen.
Machine Translated by Google
Essentiële concepten 113
ESSENTIËLE CONCEPTEN
• Levende organismen kunnen bestaan dankzij een voortdurende toevoer van
energie. Een deel van deze energie wordt gebruikt om essentiële reacties uit te
voeren die het celmetabolisme, de groei, beweging en voortplanting
ondersteunen; de rest gaat verloren in de vorm van warmte.
• Door een reactiepad te creëren dat een energetisch gunstige reactie koppelt aan
een energetisch ongunstige reactie, kunnen enzymen ervoor zorgen dat anders
onmogelijke chemische transformaties plaatsvinden. Grote aantallen van
dergelijke gekoppelde reacties maken leven mogelijk.
• Een kleine groep geactiveerde dragers, vooral ATP, NADH en NADPH, speelt een
centrale rol in deze gekoppelde reacties in cellen. ATP draagt hoogenergetische
fosfaatgroepen, terwijl NADH en NADPH hoogenergetische elektronen dragen.