Essential Cell Biology 5e Editie H4

Machine Translated by Google
HOOFDSTUK VIER
4
Eiwitstructuur en functie
Wanneer we een cel onder een microscoop bekijken of de elektrische of DE VORM EN STRUCTUUR
biochemische activiteit ervan analyseren, observeren we in wezen het handwerk van eiwitten.
VAN EIWITTEN
Eiwitten zijn de belangrijkste bouwstenen waaruit cellen worden samengesteld en
vormen het grootste deel van de droge massa van de cel. Naast dat ze de cel
vorm en structuur geven, voeren eiwitten ook vrijwel alle talloze functies uit. HOE EIWITTEN WERKEN
Enzymen bevorderen intracellulaire chemische reacties door ingewikkelde
moleculaire oppervlakken te verschaffen die zijn voorzien van bepaalde hobbels en
HOE EIWITTEN ZIJN
spleten die specifieke moleculen kunnen vasthouden of uitsluiten. Transporters en
GECONTROLEERD
kanalen ingebed in het plasmamembraan regelen de doorgang van voedingsstoffen
en andere kleine moleculen in en uit de cel. Andere eiwitten dragen boodschappen
over van de ene cel naar de andere, of fungeren als signaalintegratoren die HOE EIWITTEN WORDEN BESTUDEERD
informatie van het plasmamembraan naar de kern van individuele cellen doorgeven.
Sommige eiwitten fungeren als motoren die organellen door het cytosol voortstuwen,
en andere functioneren als componenten van kleine moleculaire machines met
nauwkeurig gekalibreerde bewegende delen. Gespecialiseerde eiwitten fungeren
ook als antilichamen, toxinen, hormonen, antivriesmoleculen, elastische vezels of
luminescentiegeneratoren. Om te begrijpen hoe spieren samentrekken, hoe
zenuwen elektriciteit geleiden, hoe embryo's zich ontwikkelen of hoe ons lichaam
functioneert, moeten we eerst begrijpen hoe eiwitten werken.
De veelheid aan functies die worden uitgevoerd door deze opmerkelijke
macromoleculen, waarvan er enkele zijn weergegeven in Panel 4ÿ1, p. 118, komt
voort uit het enorme aantal verschillende vormen dat eiwitten aannemen. Daarom
beginnen we onze beschrijving van eiwitten met het bespreken van hun
driedimensionale structuren en de eigenschappen die deze structuren verlenen.
Vervolgens bekijken we hoe eiwitten werken: hoe enzymen chemische reacties
katalyseren, hoe sommige eiwitten fungeren als moleculaire schakelaars en hoe
andere een ordelijke beweging genereren. Vervolgens onderzoeken we hoe cellen de activiteit en locatie controleren
118 PANEEL 4–1 EEN PAAR VOORBEELDEN VAN ENKELE ALGEMENE EIWITFUNCTIES
ENZYMEN STRUCTURELE EIWITTEN TRANSPORT EIWITTEN

functie: Katalyseren van het breken of vormen van covalente functie: Mechanische ondersteuning bieden aan functie: vervoeren van kleine moleculen of ionen
bindingen cellen en weefsels
voorbeelden: In de bloedbaan, serumalbumine

voorbeelden: Levende cellen bevatten duizenden transporteert lipiden, hemoglobine transporteert zuurstof
verschillende enzymen, die elk één bepaalde reactie en transferrine transporteert ijzer. Veel eiwitten ingebed in
katalyseren (versnellen). Voorbeelden hiervan zijn: voorbeelden: Buitencellen, collageen en elastine celmembranen transporteren ionen of kleine
alcoholdehydrogenase – maakt de alcohol in wijn; pepsine – zijn gemeenschappelijke bestanddelen van de moleculen door het membraan. Het bacteriële eiwit
breekt voedingseiwitten in de maag af; extracellulaire matrix en vormen vezels in pezen en bacteriorodopsine is bijvoorbeeld een door licht
ribulosebisfosfaatcarboxylase – helpt bij het ligamenten. In de cellen vormt tubuline lange, stijve microtubuli, geactiveerde protonpomp die H+ transporteert
omzetten van koolstofdioxide in suikers in planten; DNA- en actine vormt filamenten die ten grondslag liggen aan het ionen uit de cel; glucosetransporters transporteren glucose
polymerase – kopieert DNA; proteïnekinase - voegt een plasmamembraan en deze ondersteunen; keratine vormt naar en uit cellen; en een Ca2+ pomp
fosfaatgroep toe aan een eiwitmolecuul. vezels die epitheelcellen versterken en is het belangrijkste verwijdert Ca2+ uit het cytosol van een spiercel nadat de
eiwit in haar en hoorn. ionen een samentrekking hebben veroorzaakt.
MOTOR EIWITTEN OPSLAG EIWITTEN SIGNAAL EIWITTEN

functie: Genereer beweging in cellen en functie: aminozuren of ionen opslaan Functie: Draag extracellulaire signalen van cel naar cel
weefsels
voorbeelden: Veel van de hormonen en groeifactoren die de

fysiologische functies bij dieren coördineren, zijn eiwitten. Insuline
is bijvoorbeeld een klein eiwit dat de glucosespiegels in het
bloed regelt; netrin trekt groeiende zenuwcelaxonen naar
specifieke locaties in het zich ontwikkelende ruggenmerg;
voorbeelden: Myosine in skeletspiercellen zorgt voor de voorbeelden: IJzer wordt in de lever opgeslagen door zich te zenuwgroeifactor (NGF) stimuleert sommige soorten
drijvende kracht waarmee mensen kunnen bewegen; binden aan het kleine eiwit ferritine; ovalbumine in eiwit wordt zenuwcellen om axonen te laten groeien; epidermale
kinesine werkt samen met microtubuli om organellen door de gebruikt als bron van aminozuren voor het zich ontwikkelende groeifactor (EGF) stimuleert de groei en deling van
cel te bewegen; dyneïne vogelembryo; caseïne in melk is een bron van aminozuren voor epitheelcellen.
zorgt ervoor dat eukaryotische cilia en flagella kunnen kloppen. babyzoogdieren.
RECEPTOR EIWITTEN TRANSCRIPTIEREGELAARS EIWITTEN VOOR SPECIALE DOELSTELLINGEN

Functie: signalen detecteren en doorgeven aan de Functie: binden aan DNA om genen aan te zetten functie: Zeer variabel
responsmachines van de cel of uit
voorbeelden: Organismen maken veel eiwitten met zeer

gespecialiseerde eigenschappen. Deze moleculen
voorbeelden: Rhodopsine in het netvlies detecteert licht; illustreren het verbazingwekkende scala aan functies die
de acetylcholinereceptor in het membraan van een eiwitten kunnen vervullen. De antivrieseiwitten van Arctische
spiercel wordt geactiveerd door acetylcholine dat vrijkomt en Antarctische vissen beschermen hun bloed tegen
uit een zenuwuiteinde; de insulinereceptor zorgt ervoor dat voorbeelden: De Lac-repressor in bacteriën legt de bevriezing; groen fluorescerend eiwit uit kwallen straalt groen
een cel op het hormoon insuline kan reageren door glucose op genen stil voor de enzymen die de suikerlactose licht uit; monelline, een eiwit dat voorkomt in een Afrikaanse
te nemen; de adrenerge receptor op de hartspier verhoogt de afbreken; Veel verschillende DNA-bindende eiwitten plant, heeft een intens zoete smaak; mosselen en andere
snelheid van de hartslag wanneer deze zich bindt aan epinefrine fungeren als genetische schakelaars om de ontwikkeling van mariene organismen scheiden lijmeiwitten af die hen stevig aan
dat wordt uitgescheiden door de bijnier. meercellige organismen, inclusief mensen, te rotsen hechten, zelfs als ze in zeewater zijn ondergedompeld.
controleren.
De vorm en structuur van eiwitten 119
van de eiwitten die ze bevatten. Ten slotte presenteren we een korte beschrijving van de
technieken die biologen gebruiken om met eiwitten te werken, inclusief methoden om ze te
zuiveren – uit weefsels of gekweekte cellen – en om hun structuren te bepalen.
DE VORM EN STRUCTUUR VAN EIWITTEN

Vanuit chemisch oogpunt zijn eiwitten verreweg de meest structureel complexe en functioneel
geavanceerde moleculen die we kennen. Dit is misschien niet verrassend, als je bedenkt dat de
structuur en activiteit van elk eiwit zich gedurende miljarden jaren van evolutie heeft ontwikkeld
en verfijnd. We beginnen met te bedenken hoe de positie van elk aminozuur in de lange reeks
aminozuren die een eiwit vormt, de driedimensionale conformatie ervan bepaalt, een vorm die
wordt gestabiliseerd door niet-covalente interacties tussen verschillende delen van het molecuul.
Door de structuur van een eiwit op atomair niveau te begrijpen, kunnen we zien hoe de precieze
vorm van het eiwit zijn functie bepaalt.
De vorm van een eiwit wordt gespecificeerd door de

aminozuursequentie ervan
Eiwitten zijn, zoals je je misschien herinnert uit hoofdstuk 2, voornamelijk samengesteld uit een
reeks van twintig verschillende aminozuren, elk met verschillende chemische eigenschappen.
Een eiwitmolecuul wordt gemaakt van een lange keten van deze aminozuren, bij elkaar gehouden
door covalente peptidebindingen (Figuur 4–1). Eiwitten worden daarom polypeptiden of
polypeptideketens genoemd . In elk type eiwit zijn de aminozuren aanwezig in een unieke
volgorde, de aminozuursequentie genoemd, die precies hetzelfde is van het ene molecuul van
dat eiwit tot het volgende. Eén molecuul humane insuline moet bijvoorbeeld dezelfde
aminozuursequentie hebben als elk ander molecuul humane insuline.
Er zijn vele duizenden verschillende eiwitten geïdentificeerd, elk met zijn eigen specifieke
aminozuursequentie.
Elke polypeptideketen bestaat uit een ruggengraat die is versierd met een verscheidenheid aan
chemische zijketens. De ruggengraat van het polypeptide wordt gevormd uit een zich herhalende
reeks kernatomen (–N–C–C–) die in elk
amino
groep
carboxyl
groep
+ +
– –
glycine Alanine
PEPTIDEBOND
FORMATIE MET
VERWIJDEREN VAN WATER
water
Figuur 4–1 Aminozuren zijn met elkaar
verbonden door peptidebindingen. Een
covalente peptidebinding ontstaat wanneer het
koolstofatoom van de carboxylgroep van één
aminozuur (zoals glycine) elektronen deelt met
het stikstofatoom van de aminogroep van
+ een tweede aminozuur (zoals alanine).
Omdat een watermolecuul wordt geëlimineerd,
–
wordt de vorming van peptidebindingen
geclassificeerd als een condensatiereactie (zie
figuur 2-31). In dit diagram zijn koolstofatomen
peptidebinding in glycylalanine zwart, stikstofblauw, zuurstofrood en waterstofwit.
120 HOOFDSTUK 4 Eiwitstructuur en functie
Figuur 4–2 Een eiwit bestaat uit

OH
aminozuren die met elkaar zijn
OO
verbonden tot een polypeptideketen.
De aminozuren zijn met elkaar C
verbonden door peptidebindingen (zie polypeptide ruggengraat zijketens
figuur 4–1) en vormen zo een CH2 CH2

polypeptideskelet met een zich H H O HHO O
herhalende structuur (grijze vakken), amino-uiteinde + carboxyl-uiteinde
waaruit de zijketen van elk aminozuur (N-eindpunt) HNCCCNCCNCCNC C (C-eindpunt)
steekt. De volgorde van deze chemisch O
H HH O HH
verschillende zijketens – die niet-polair
(groen), polair ongeladen (geel), positief CH2 CH2
geladen (rood) of negatief geladen (blauw) peptide binding
kunnen zijn – geeft elk eiwit zijn C H peptidebindingen CH
verschillende, individuele eigenschappen. HN C
H3C CH3
Hier wordt een klein polypeptide van
HC N
slechts vier aminozuren getoond. Eiwitten zijketens
bestaan doorgaans uit ketens van enkele H+
honderden aminozuren, waarvan de
sequentie altijd wordt gepresenteerd beginnend met het N-uiteinde en Histidine rechts wordt gelezen.Leucine
van links naar Asparaginezuur Tyrosine
(Zijn) (Adder) (Leu) (Tyr)
aminozuur (Figuur 4–2). Omdat de twee uiteinden van elk aminozuur chemisch verschillend
zijn – het ene heeft een aminogroep (NH3 +, ook geschreven NH2) en het andere een
carboxylgroep (COO–, ook geschreven COOH) – heeft elke polypeptideketen een
directionaliteit: de het uiteinde dat de aminogroep draagt, wordt het amino-uiteinde of N-
uiteinde genoemd, en het uiteinde dat de vrije carboxylgroep draagt, is het carboxyluiteinde
of C-uiteinde. ECB5 e4.02/4.02
Vanuit de ruggengraat van het polypeptide steken de zijketens van aminozuren uit – het
deel van het aminozuur dat niet betrokken is bij de vorming van peptidebindingen (zie figuur
4–2). De zijketens geven elk aminozuur zijn unieke eigenschappen: sommige zijn niet-polair
en hydrofoob (“watervrezend”), sommige zijn negatief of positief geladen, sommige kunnen
chemisch reactief zijn, enzovoort. De atoomformule voor elk van de 20 aminozuren in
eiwitten wordt weergegeven in Paneel 2–6 (pp. 76–77), en een korte lijst van de 20 veel
voorkomende aminozuren, met hun afkortingen, wordt gegeven in Figuur 4–3 .
Lange polypeptideketens zijn zeer flexibel, omdat veel van de covalente bindingen die de
koolstofatomen in de polypeptideskelet met elkaar verbinden, vrije rotatie mogelijk maken
van de atomen waarmee ze verbonden zijn. Zo kunnen eiwitten in principe in een plooi vouwen
AMINOZUUR ZIJKETTING AMINOZUUR ZIJKETTING
Asparaginezuur Adder D negatief geladen Alanine Helaas A niet-polair

Glutaminezuur Glu E negatief geladen Glycine Gly G niet-polair
Arginine Arg R positief geladen Valine Val V niet-polair
Lysine Lys K positief geladen Leucine Leu L niet-polair
Histidine Zijn H positief geladen Isoleucine Ile I niet-polair
Asparagine Asn N ongeladen polair Prolijn Pro P niet-polair
Glutamine Gln Q ongeladen polair Fenylalanine Ph F niet-polair
Serine Ser S ongeladen polair Methionine leerde kennen M niet-polair
Threonine Thr T ongeladen polair Tryptofaan Trp W niet-polair
Tyrosine Tyr Y ongeladen polair Cysteïne Cys C niet-polair
POLAIRE AMINOZUREN NIET-POLAIRE AMINOZUREN
Figuur 4–3 Twintig verschillende aminozuren worden vaak aangetroffen in eiwitten. Er worden zowel afkortingen van drie letters als van één letter
gegeven, evenals het karakter van de zijketen. Er zijn gelijke aantallen polaire (hydrofiele) en niet-polaire (hydrofobe) zijketens, en de helft van de polaire
zijketens is geladen bij neutrale pH in een waterige oplossing. De structuren van al deze aminozuren worden getoond in Paneel 2-6, pp. 76-77.
ECB5 e4.03-4.03
glutaminezuur
HO
NC C elektrostatisch
H attracties
CH2
+ R
CH2
C C H
waterstofbinding H C H
OO
N
H H O C
O
N H
+ C H
H C
CH2 R
N
CH2 van der Waals-attracties C
R O
CH2
CH2
HO C
H CH 3CH3
CC C C
N H
CH3 CH3 valine
O H H H N Figuur 4–4 Drie soorten niet-covalente bindingen
C CH3
N C helpen eiwitten te vouwen. Hoewel één van deze
lysine H
H C
C N C O bindingen vrij zwak is, kunnen veel van deze bindingen
samen een sterke binding creëren die een bepaalde
H H
O driedimensionale structuur stabiliseert, zoals in het kleine
valine
Alanine polypeptide dat in het midden wordt weergegeven. R
wordt vaak gebruikt als algemene aanduiding voor
een zijketen van een aminozuur.
Het vouwen van eiwitten wordt ook bevorderd door hydrofobe

krachten, zoals weergegeven in figuur 4–5.
enorm aantal manieren. De vorm van elk van deze gevouwen ketens wordt echter beperkt
door vele sets zwakke niet-covalente bindingen ECB5 e4,04/4,04
vormen binnen eiwitten. Bij deze bindingen zijn atomen in de polypeptide-skelet betrokken,
evenals atomen in de zijketens van aminozuren. De niet-covalente bindingen die ervoor
zorgen dat eiwitten zich opvouwen en hun vorm behouden, omvatten waterstofbruggen,
elektrostatische aantrekkingen en van der Waals-aantrekkingen, die worden beschreven
in Hoofdstuk 2 (zie Paneel 2–3, pp. 70–71). Omdat een niet-covalente binding veel
zwakker is dan een covalente binding, zijn er veel niet-covalente bindingen nodig om twee
gebieden van een polypeptideketen stevig bij elkaar te houden. De stabiliteit van elke
gevouwen vorm wordt grotendeels bepaald door de gecombineerde sterkte van grote
aantallen niet-covalente bindingen (Figuur 4–4).
Een vierde zwakke interactie, de hydrofobe kracht, speelt ook een centrale rol bij het
bepalen van de vorm van een eiwit. In een waterige omgeving hebben hydrofobe
moleculen, inclusief de niet-polaire zijketens van bepaalde aminozuren, de neiging om
samengedrukt te worden om hun verstorende effect op het waterstofgebonden netwerk
van de omringende watermoleculen te minimaliseren (zie Paneel 2-3, pp. 70-71). Daarom
is een belangrijke factor die de vouwing van elk eiwit regelt, de verdeling van zijn polaire
en niet-polaire aminozuren. De niet-polaire (hydrofobe) zijketens – die behoren tot
aminozuren zoals fenylalanine, leucine, valine en tryptofaan (zie figuur 4–3) – hebben de
neiging zich te clusteren in het binnenste van het gevouwen eiwit (net zoals hydrofobe
oliedruppeltjes samenvloeien om één grote druppel te vormen). Hydrofobe zijketens,
weggestopt in het gevouwen eiwit, kunnen contact vermijden met de waterige omgeving
die hen in een cel omringt. Daarentegen hebben polaire zijketens – zoals die van arginine,
glutamine en histidine – de neiging zich aan de buitenkant van het gevouwen eiwit te
rangschikken, waar ze waterstofbruggen kunnen vormen met water en met andere polaire
moleculen (Figuur 4– 5). Wanneer polaire aminozuren in het eiwit zijn begraven, zijn ze
gewoonlijk waterstofgebonden aan andere polaire aminozuren of aan de ruggengraat van
het polypeptide (Figuur 4–6).
Figuur 4–5 Hydrofobe krachten zorgen ervoor ongevouwen polypeptide

dat eiwitten zich in compacte conformaties kunnen vouwen.
In een gevouwen eiwit hebben de zijketens van
polaire aminozuren de neiging om op het oppervlak te
verschijnen, waar ze kunnen interageren met water; Niet-
polaire zijketens van aminozuren zijn aan de
binnenkant begraven en vormen een dicht opeengepakte
hydrofobe kern van atomen die voor water verborgen zijn.
niet-polair polair polypeptide
zijketens zijketens ruggengraat
polaire zijketens niet-polaire zijketens

waterstof kan vormen zijn ingepakt
bindt zich aan water hydrofoob kerngebied
gevouwen conformatie in waterig milieu
Eiwitten vouwen zich op tot een conformatie van de laagste energie
Elk type eiwit heeft een specifieke driedimensionale structuur, die wordt bepaald
door de volgorde van de aminozuren in de polypeptideketen.
ECB5 m3,05/4,05
De uiteindelijke gevouwen structuur, of conformatie, die door een polypeptideketen

wordt aangenomen, wordt bepaald door energetische overwegingen: een eiwit
vouwt doorgaans in de vorm waarin zijn vrije energie (G) wordt geminimaliseerd.
Het vouwproces is dus energetisch gunstig, omdat er warmte vrijkomt en de wanorde
in het universum toeneemt (zie Paneel 3-1, pp. 94-95).
Figuur 4–6 Waterstofbruggen in een

42
eiwitmolecuul helpen de gevouwen vorm ervan te
stabiliseren. Er vormen zich grote aantallen
waterstofbruggen tussen aangrenzende gebieden van
een gevouwen polypeptideketen. De getoonde structuur
is een deel van het enzym lysozym, tussen
aminozuren 42 en 63. Waterstofbindingen tussen
twee atomen in de polypeptideskelet worden in
rood weergegeven; die tussen de ruggengraat en een
zijketen zijn geel weergegeven; en die tussen atomen
van twee zijketens worden in blauw weergegeven.
Merk op dat dezelfde zijketen van aminozuren
meerdere waterstofbruggen kan maken (rode pijl). In
63
dit diagram zijn stikstofatomen blauw, zuurstofatomen
rood en koolstofatomen grijs; waterstofatomen worden
niet getoond. (Na CK Mathews, KE van Holde en KG
ruggengraat tot ruggengraat ruggengraat naar zijketen zijketen tot zijketen
waterstofbrug tussen waterstofbrug tussen waterstofbrug tussen

Ahern, Biochemie, 3e druk. San Francisco: Benjamin atomen van twee peptiden atomen van een peptidebinding atomen van twee amino
obligaties en een aminozuurzijketen zure zijketens
Cummings, 2000.)
Figuur 4–7 Gedenatureerde eiwitten

BLOOTSTELLEN AAN EEN HOOGTE kunnen vaak hun natuurlijke vorm
CONCENTRATIE VERWIJDEREN
terugkrijgen. Dit type experiment toont aan
VAN UREUM UREUM
dat de conformatie van een eiwit uitsluitend
wordt bepaald door de aminozuursequentie ervan.
Renaturatie vereist de juiste omstandigheden en
gezuiverd eiwit eiwit vouwt zich opnieuw op in zijn
geïsoleerd uit cellen
werkt het beste voor kleine eiwitten.
originele conformatie
gedenatureerd eiwit
Eiwitvouwing is in het laboratorium onderzocht met behulp van sterk gezuiverde eiwitten.
Een eiwit kan worden ontvouwen of gedenatureerd door behandeling met oplosmiddelen VRAAG 4–1
die de niet-covalente interacties verstoren die de gevouwen keten bij elkaar houden. Deze
behandeling zet het eiwit om in een flexibele polypeptideketen die zijn natuurlijke vorm heeft Ureum, gebruikt in het experiment getoond
verloren. Onder de juiste omstandigheden, wanneer het denaturerende oplosmiddel wordt in Figuur 4-7, is een molecuul dat het
waterstofgebonden netwerk van
verwijderd, vouwt het eiwit zich vaak spontaan terug naar zijn oorspronkelijke conformatie –
ECB5 04.07 watermoleculen verstoort. Waarom
een proces dat renaturatie wordt genoemd (Figuur 4–7).
kunnen hoge concentraties ureum
Het feit dat een gedenatureerd eiwit op zichzelf kan hervouwen tot de juiste conformatie
eiwitten ontvouwen? De structuur van
geeft aan dat alle informatie die nodig is om de driedimensionale vorm van een eiwit te ureum wordt hier weergegeven.
specificeren, vervat zit in de aminozuursequentie ervan.
O
Hoewel een eiwitketen zonder hulp van buitenaf in de juiste conformatie kan worden C
gevouwen, wordt het vouwen van eiwitten in een levende cel over het algemeen ondersteund
H2NNH2 _
door een groot aantal speciale eiwitten die chaperonne-eiwitten worden genoemd. Sommige
van deze chaper-ones binden zich aan gedeeltelijk gevouwen ketens en helpen hen zich
langs de energetisch meest gunstige route te vouwen (Figuur 4–8). Anderen vormen
‘isolatiekamers’ waarin afzonderlijke polypeptideketens kunnen vouwen zonder het risico te
lopen aggregaten te vormen in de drukke omstandigheden van het cytoplasma (Figuur 4–
ECB4 Kw4.01/Kw4.01
9). In beide gevallen wordt de uiteindelijke driedimensionale vorm van het eiwit nog steeds
gespecificeerd door de aminozuursequentie; begeleiders maken het vouwproces alleen
maar efficiënter en betrouwbaarder.
Elk eiwit vouwt normaal gesproken in een enkele, stabiele conformatie. Deze conformatie
verandert echter vaak enigszins wanneer het eiwit interageert met andere moleculen in de
cel. Dergelijke vormveranderingen zijn cruciaal voor de functie van het eiwit, zoals we later
zullen bespreken.
nieuw gesynthetiseerd,
gedeeltelijk gevouwen eiwit
begeleider
eiwitten
verkeerd gevouwen correct gevouwen

eiwit eiwit
Figuur 4–8 Chaperonne-eiwitten kunnen de vouwing van een nieuw gesynthetiseerde

polypeptideketen begeleiden. De chaperonnes binden zich aan nieuw gesynthetiseerde
of gedeeltelijk gevouwen ketens en helpen hen zich langs de energetisch meest gunstige
route te vouwen. De functie van deze chaperonnes vereist ATP-binding en hydrolyse.
ECB5 04.08
nieuw gesynthetiseerd, kamer

gedeeltelijk gevouwen eiwitten dop
begeleider één polypeptide geïsoleerd correct gevouwen

eiwit keten wordt afgezonderd polypeptide eiwit vrijkomt
door de chaperonne ketting plooien wanneer de
correct dop dissocieert
Figuur 4–9 Sommige chaperonne-eiwitten fungeren als isolatiekamers die een

polypeptide helpen vouwen. In dit geval biedt de loop van de chaperonne een
afgesloten kamer waarin een nieuw gesynthetiseerde polypeptideketen kan vouwen zonder
ECB5 04.09
het risico van aggregatie met andere polypeptiden in de drukke omstandigheden van het cytoplasma.
Dit systeem vereist ook een input van energie uit ATP-hydrolyse, voornamelijk voor
de associatie en daaropvolgende dissociatie van de dop die de kamer afsluit.
Eiwitten zijn er in een grote verscheidenheid aan ingewikkelde vormen

Eiwitten zijn structureel de meest diverse macromoleculen in de cel.
Hoewel ze in grootte variëren van ongeveer 30 aminozuren tot meer dan 10.000, is de
overgrote meerderheid tussen de 50 en 2000 aminozuren lang.
Eiwitten kunnen bolvormig of vezelig zijn en kunnen filamenten, vellen, ringen of bollen
vormen (Figuur 4-10). We zullen veel van deze structuren in het boek tegenkomen.
Tot nu toe zijn de structuren van ongeveer 100.000 verschillende eiwitten bepaald (met
behulp van technieken die we later in het hoofdstuk bespreken). De meeste eiwitten
hebben een driedimensionale conformatie die zo ingewikkeld en onregelmatig is dat hun
structuur de rest van het hoofdstuk in detail zou vereisen. Maar we kunnen enig inzicht
krijgen in de complexiteit van de polypeptidestructuur door te kijken naar de conformatie
van een relatief klein eiwit, zoals het bacteriële transporteiwit HPr.
Dit kleine eiwit, slechts 88 aminozuren lang, vergemakkelijkt het transport van suiker
naar bacteriële cellen. In Figuur 4-11 presenteren we de driedimensionale structuur
van HPr op vier verschillende manieren, die elk verschillende kenmerken van het eiwit
benadrukken. Het ruggengraatmodel (zie Figuur 4-11A) toont de algehele organisatie
van de polypeptideketen en biedt een eenvoudige manier om de structuren van verwante
eiwitten te vergelijken. Het lintmodel (zie Figuur 4ÿ11B) toont de ruggengraat van het
polypeptide op een manier die de meest opvallende vouwpatronen benadrukt, die we
binnenkort in detail beschrijven. Het draadmodel (zie figuur 4-11C) omvat de posities
van alle aminozuurzijketens; deze visie is vooral nuttig om te voorspellen welke
aminozuren mogelijk betrokken zijn bij de activiteit van het eiwit. Ten slotte biedt het
ruimtevullende model (zie figuur 4-11D) een contourkaart van het eiwitoppervlak, die
onthult welke aminozuren aan het oppervlak zijn blootgesteld en laat zien hoe het eiwit
er uit zou kunnen zien voor een klein molecuul zoals water of voor een ander molecuul.
macromolecuul in de cel.
De structuren van grotere eiwitten – of van multi-eiwitcomplexen – zijn zelfs nog

ingewikkelder. Om zulke gedetailleerde en ingewikkelde structuren te visualiseren
hebben wetenschappers verschillende computergebaseerde hulpmiddelen ontwikkeld
om de verschillende kenmerken van een eiwit te benadrukken. In figuur 4–11 zijn er
slechts enkele weergegeven. Al deze afbeeldingen kunnen op een computerscherm
worden weergegeven en gemakkelijk worden gedraaid en vergroot om alle aspecten
van de constructie te bekijken (film 4.1).
Wanneer de driedimensionale structuren van veel verschillende eiwitmoleculen worden

vergeleken, wordt het duidelijk dat, hoewel het geheel
transporteiwit
HPr
lysozym
catalase
myoglobine
hemoglobine
DNA
deoxyribonuclease collageen
porijn
cytochroom c
chymotrypsine
calmoduline
aspartaattranscarbamoylase
insuline
alcoholdehydrogenase
5 nm
Figuur 4ÿ10 Eiwitten zijn er in een grote verscheidenheid aan vormen en maten. Elk gevouwen polypeptide wordt weergegeven als een
ruimtevullend model, weergegeven op dezelfde schaal. In de linkerbovenhoek staat HPr, het kleine transporteiwit dat gedetailleerd wordt weergegeven in
Figuur 4-11. Ter vergelijking wordt het eiwitdeoxyribonuclease gebonden aan een deel van een DNA-molecuul (grijs) getoond.
ECB5 e4.11-4.10
(A) ruggengraatmodel Figuur 4ÿ11 Eiwitconformatie kan op verschillende manieren worden

weergegeven. Hier wordt de structuur weergegeven van het kleine bacteriële
transporteiwit HPr. De afbeeldingen zijn gekleurd om het gemakkelijker te maken
het pad van de polypeptideketen te volgen. In deze modellen is het gebied van
de polypeptideketen dat de N-terminus van het eiwit draagt paars en dat
nabij de C-terminus rood.
conformatie van elk eiwit is uniek, er kunnen enkele reguliere vouwpatronen worden
gedetecteerd, zoals we hierna bespreken.
(B) lintmodel
De ÿ- helix en het ÿ- blad zijn gebruikelijk gevouwen
Patronen
Ruim zestig jaar geleden ontdekten wetenschappers die haar en zijde bestudeerden
twee regelmatige vouwpatronen die in veel verschillende eiwitten voorkomen. De eerste
die werd ontdekt, de ÿ- helix genaamd, werd gevonden in het eiwit ÿ-keratine, dat
overvloedig aanwezig is in de huid en zijn derivaten, zoals haar, nagels en hoorns.
Binnen een jaar na die ontdekking werd een tweede gevouwen structuur, een ÿ- vel
genaamd, gevonden in het eiwit fibroïne, het hoofdbestanddeel van zijde.
(Biologen gebruiken vaak Griekse letters om hun ontdekkingen een naam te geven,
waarbij het eerste exemplaar de aanduiding ÿ krijgt , het tweede ÿ, enzovoort.)
Deze twee vouwpatronen komen vooral veel voor omdat ze het resultaat zijn van
waterstofbruggen die zich vormen tussen de N –H- en C=O-groepen in de polypeptide-
(C) draadmodel skelet (zie Figuur 4-6). Omdat de zijketens van aminozuren niet betrokken zijn bij de
vorming van deze waterstofbruggen, ÿ- helices en ÿ
vellen kunnen worden gegenereerd door veel verschillende aminozuursequenties. In
elk geval neemt de eiwitketen een regelmatige, zich herhalende vorm aan. Deze
structurele kenmerken, en de korte cartoonsymbolen die vaak worden gebruikt om ze
weer te geven in modellen van eiwitstructuren, worden weergegeven in figuren 4-12.
en 4ÿ13.
ÿ- helix
aminozuur
R zijketting
R
(D) ruimtevullend model
R
zuurstof
R
waterstofbinding 0,54 nm
R
koolstof
R waterstof
R
koolstof
R stikstof
stikstof
R
(A) (B) (C)
Figuur 4ÿ12 Sommige polypeptideketens vouwen zich in een ordelijke herhalende

vorm die bekend staat als een ÿ- helix. (A) In een ÿ- helix is de NH van elke peptidebinding
waterstofgebonden aan de C=O van een naburige peptidebinding die zich vier aminozuren
verderop in dezelfde keten bevindt. Alle atomen in de polypeptideskelet worden getoond;
de zijketens van aminozuren worden aangegeven met R. (B) Hetzelfde polypeptide, dat alleen
de koolstofatomen (zwart en grijs) en stikstofatomen (blauw) laat zien. (C) Cartoonsymbool
dat wordt gebruikt om een ÿ- helix weer te geven in lintmodellen van eiwitten (zie figuur 4ÿ11B).
ECB5 e4.13/4.13
ÿ- blad Figuur 4ÿ13 Sommige polypeptideketens

vouwen zich op in een geordend patroon
peptide
(A) band koolstof dat een ÿ- blad wordt genoemd. (A) In een ÿ-
R
zuurstof R stikstof sheet worden verschillende segmenten (strengen)
van een individuele polypeptideketen bij elkaar
gehouden door waterstofbinding tussen
R R peptidebindingen in aangrenzende strengen.
waterstof
R waterstof De aminozuurzijketens in elke streng steken
R R
R band afwisselend boven en onder het vlak van het vel
R
uit. In het getoonde voorbeeld lopen de
R R R aangrenzende kettingen in tegengestelde richtingen en vormen zo ee
ÿ- blad. Alle atomen in de polypeptideskelet worden
getoond; de zijketens van aminozuren worden
koolstof
R aangegeven met R. (B) Hetzelfde polypeptide,
R R
dat alleen de koolstofatomen (zwart en grijs)
aminozuur en stikstofatomen (blauw) laat zien.
zijketting
(C) Cartoonsymbool dat wordt gebruikt om ÿ-
(B)
vellen weer te geven in lintmodellen van eiwitten
(zie figuur 4ÿ11B).
VRAAG 4–2
Bedenk dat de aminozuurzijketens
die uit elke polypeptideskelet in een
0,7 nm
ÿ-blad steken afwisselend boven en
onder het vlak van het blad (zie
(C)
Figuur 4ÿ13A), overweeg de volgende
eiwitsequentie: Leu-Lys-Val-Asp-
Ile- Ser-Leu-Arg-Leu-Lys-Ile-Arg-Phe-
Glu. Vind je iets opmerkelijks aan
de rangschikking van de aminozuren
in deze volgorde wanneer ze in een ÿ-
Helices vormen zich gemakkelijk in biologische structuren sheet worden opgenomen? Kun je
voorspellingen doen over hoe het ÿ-
De overvloed aan helices in eiwitten is in zekere zin niet verrassend. Een helix
ECB5 4.13DF/4.13.5 blad in een eiwit zou kunnen worden
wordt eenvoudigweg gegenereerd door veel vergelijkbare subeenheden naast elkaar te
gerangschikt?
plaatsen, elk in dezelfde strikt herhaalde relatie als de vorige. Omdat het zeer zelden
voorkomt dat subeenheden in een rechte lijn samenkomen, zal deze opstelling over het
(Hint: raadpleeg de eigenschappen van
algemeen resulteren in een structuur die lijkt op een wenteltrap (Figuur 4-14). Afhankelijk de aminozuren vermeld in Figuur 4ÿ3.)
van de manier waarop hij draait, wordt een helix rechtshandig of linkshandig genoemd (zie
figuur 4ÿ14E). De handigheid wordt niet beïnvloed door de helix ondersteboven te draaien,
maar wordt omgekeerd als de helix in een spiegel wordt weerspiegeld.
Figuur 4ÿ14 Een helix is een veel voorkomende,

regelmatige, biologische structuur. Er ontstaat
een helix wanneer een reeks vergelijkbare
subeenheden op een regelmatige manier aan
elkaar binden. Onderaan wordt de interactie tussen
twee subeenheden getoond; achter hen zijn de helices die resulteren
Deze helices hebben (A) twee, (B) drie of (C en
D) zes subeenheden per spiraalvormige winding.
Bovenaan is de opstelling van subeenheden direct
boven de helix gefotografeerd. Merk op dat de helix in
(D) een breder pad heeft dan die in (C), maar
hetzelfde aantal subeenheden per beurt. (E) Een
helix kan rechtshandig of linkshandig zijn. Ter
referentie: het is nuttig om te onthouden dat standaard
metalen schroeven, die naar voren bewegen
als ze met de klok mee worden gedraaid,
rechtshandig zijn. Dus om de handigheid van een
helix te beoordelen, stel je voor dat je hem in een
muur schroeft. Merk op dat een helix dezelfde
handigheid behoudt als hij ondersteboven wordt
linkshandig rechtshandig gedraaid. In eiwitten zijn ÿ- helices bijna altijd
(A) (B) (C) (D) (E) rechtshandig.
hydrofoob amino Figuur 4ÿ15 Veel membraangebonden eiwitten passeren de

zure zijketen
lipidedubbellaag als een ÿ- helix. De hydrofobe zijketens van de aminozuren die
waterstofbinding de ÿ- helix vormen, maken contact met de hydrofobe koolwaterstofstaarten van
de fosfolipidemoleculen, terwijl de hydrofiele delen van de polypeptideskelet
waterstofbruggen met elkaar vormen langs de binnenkant van de helix. Er zijn
ongeveer 20 aminozuren nodig om op deze manier een membraan te
omspannen. Merk op dat, ondanks het verschijnen van een ruimte langs de
binnenkant van de helix in dit schematische diagram, de helix geen kanaal is: er
kunnen geen ionen of kleine moleculen doorheen.
Een ÿ- helix wordt gegenereerd wanneer een enkele polypeptideketen om zichzelf

draait en een structureel stijve cilinder vormt. Tussen elk vierde aminozuur wordt een
waterstofbrug gemaakt, waardoor de C=O van de ene peptidebinding wordt
gekoppeld aan de N–H van een andere (zie figuur 4ÿ12A). Dit patroon leidt tot een
regelmatige rechtshandige helix met een volledige draaiing om de 3,6 aminozuren (film 4.2).
Korte gebieden van de ÿ- helix komen vooral overvloedig voor in eiwitten die zijn
ingebed in celmembranen, zoals transporteiwitten en receptoren.
ÿ- helix
We zien in Hoofdstuk 11 dat de delen van een transmembraaneiwit die de
fosfolipide lipidedubbellaag passeren gewoonlijk een ÿ- helix vormen, die grotendeels bestaat
uit aminozuren met niet-polaire zijketens. De ruggengraat van het polypeptide, die
hydrofiel is, is met waterstof gebonden aan zichzelf binnen de ÿ- helix, waar het
wordt beschermd tegen de hydrofobe lipidenomgeving van het membraan door de
uitstekende niet-polaire zijketens (Figuur 4-15).
Soms wikkelen twee (of drie) ÿ- helices zich om elkaar heen en vormen zo een
bijzonder stabiele structuur, een zogenaamde coiled-coil. Deze structuur ontstaat
wanneer de ÿ- helices de meeste van hun niet-polaire (hydrofobe) zijketens langs
één kant hebben, zodat ze om elkaar heen kunnen draaien met hun hydrofobe
zijketens naar binnen gericht, waardoor het contact met het waterige cytosol wordt
geminimaliseerd (Figuur 4ÿ16) . . Lange, staafachtige spiraalvormige spiralen vormen
het structurele raamwerk voor veel langwerpige eiwitten, waaronder de ÿ-keratine
die in het haar en de buitenste laag van de huid wordt aangetroffen, evenals myosine,
ECB5 e4,15/4,15
het motoreiwit dat verantwoordelijk is voor spiercontractie (besproken in hoofdstuk 17).
G NH2
C
D
Figuur 4ÿ16 Met elkaar verweven ÿ-helices G

A
kunnen een stijve, opgerolde spiraal vormen.
(A) Er wordt een enkele ÿ- helix getoond, met NH2 NH2
C
opeenvolgende aminozuurzijketens gelabeld D
in een zevenvoudig herhalende sequentie
"abcdefg." Aminozuren “a” en “d” liggen in een G
A
dergelijke volgorde dicht bij elkaar op het
streep van
cilinderoppervlak en vormen een streep (groen hydrofoob
gearceerd) die langzaam rond de ÿ- helix D “a” en “d”
slingert. Eiwitten die opgerolde spoelen vormen, aminozuren
hebben doorgaans niet-polaire aminozuren op G

posities “a” en “d.” Bijgevolg kunnen, zoals A 11 nm
weergegeven in (B), twee ÿ- helices om elkaar

heen wikkelen, waarbij de niet-polaire zijketens D
e
van de ene ÿ- helix een interactie aangaan
met de niet-polaire zijketens van de andere,
G
terwijl de meer hydrofiele aminozuurzijketens A
(rood gearceerd) worden blootgesteld aan het
waterige milieu. (C) Een deel van de
D helices wikkelen zich om elkaar heen om te minimaliseren
atomaire structuur van een spiraalvormige spoel e
blootstelling aan hydrofoob aminozuur
gemaakt door twee ÿ- helices, zoals bepaald zijketens naar waterig milieu
door röntgenkristallografie. In deze structuur zijn COOH
HOOC COOH
de ruggengraat van de helices rood
weergegeven, zijn de op elkaar inwerkende,
0,5 nm
niet-polaire zijketens groen en zijn de overige
zijketens lichtgrijs. Opgerolde spoelen kunnen ook worden gevormd
(A) uit drie ÿ- helices (film 4.3). (B) (C)
ÿ- platen vormen stijve structuren in de kern van velen (A)
Eiwitten
Er wordt een ÿ- blad gemaakt wanneer er waterstofbruggen ontstaan tussen segmenten

van een polypeptideketen die naast elkaar liggen (zie figuur 4ÿ13A). Wanneer de
aangrenzende segmenten in dezelfde oriëntatie lopen (bijvoorbeeld van het N-uiteinde
naar het C-uiteinde), vormt de structuur een parallelle ÿ- plaat; wanneer ze in
tegengestelde richtingen lopen, vormt de structuur een antiparallelle ÿ -plaat
(Figuur 4ÿ17). Beide soorten ÿ- platen produceren een zeer stijve, geplooide structuur
en vormen de kern van veel eiwitten. Zelfs het kleine bacteriële transporteiwit HPr (zie (B)
Figuur 4-11) bevat verschillende ÿ -sheets.
ÿ- platen hebben opmerkelijke eigenschappen. Ze geven zijdevezels hun buitengewone

treksterkte. Ze vormen ook de basis van amyloïdestructuren, waarin ÿ- vellen in lange
rijen op elkaar worden gestapeld, waarbij de zijketens van aminozuren in elkaar grijpen
als de tanden van een ritssluiting (Figuur 4-18). Dergelijke structuren spelen een
belangrijke rol in cellen, zoals we later in dit hoofdstuk bespreken. Ze kunnen echter ook
ziekten veroorzaken, zoals we hierna zullen zien.
Verkeerd gevouwen eiwitten kunnen amyloïdestructuren vormen Figuur 4ÿ17 ÿ -platen zijn er in twee
varianten. (A) Antiparallel ÿ- blad (zie ook figuur 4ÿ13A).
Die ziekten veroorzaken
(B) Parallelle ÿ -plaat. Beide structuren komen veel voor
in eiwitten.
Wanneer eiwitten verkeerd vouwen, vormen ze soms amyloïde structuren die cellen en
Volgens afspraak wijzen de pijlen naar het C-
zelfs hele weefsels kunnen beschadigen. Er wordt gedacht dat deze amyloïdestructuren uiteinde van de polypeptideketen (film 4.4).
bijdragen aan een aantal neurodegeneratieve aandoeningen, zoals de ziekte van
Alzheimer en de ziekte van Huntington. Sommige besmettelijke neurodegeneratieve ECB5 04.17
ziekten – waaronder scrapie bij schapen, boviene spongiforme encefalopathie (BSE, of

‘gekkekoeienziekte’) bij runderen, en Creutzfeldt–
De ziekte van Jakob (CJD) bij mensen wordt veroorzaakt door verkeerd gevouwen
eiwitten die prionen worden genoemd. De verkeerd gevouwen prionvorm van een eiwit
kan de correct gevouwen versie van het eiwit in geïnfecteerde hersenen omzetten in de
abnormale conformatie. Hierdoor kunnen de verkeerd gevouwen prionen aggregaten
vormen (Figuur 4-19), die zich snel van cel tot cel kunnen verspreiden en uiteindelijk de
dood van het getroffen dier of de mens kunnen veroorzaken. Prionen worden als
‘besmettelijk’ beschouwd omdat ze zich ook van een getroffen persoon naar een normaal
individu kunnen verspreiden via bijvoorbeeld besmet voedsel, bloed of chirurgische instrumenten.
Eiwitten hebben verschillende organisatieniveaus

De structuur van een eiwit begint en eindigt niet met ÿ- helices en ÿ -vellen. De volledige
conformatie omvat verschillende onderling afhankelijke organisatieniveaus, die op de
volgende voortbouwen. Omdat de structuur van een eiwit begint met zijn
aminozuursequentie, wordt dit als zijn primaire structuur beschouwd. Het volgende
organisatieniveau omvat de ÿ- helices en ÿ -sheets die zich binnen bepaalde segmenten
van de polypeptideketen vormen; deze vouwen zijn elementen van de secundaire
structuur van het eiwit. De volledige, driedimensionale conformatie gevormd door een
volledige polypeptideketen
inclusief de ÿ- helices, ÿ- vellen en alle andere lussen en vouwen die zich vormen tussen
de N- en C-uiteinden, wordt soms de tertiaire structuur genoemd . Tenslotte, als het
eiwitmolecuul bestaat als een complex van meer dan één polypeptideketen, dan vormen
deze interacterende polypeptiden de quaternaire structuur ervan.
Figuur 4ÿ18 ÿ -vellen kunnen worden gestapeld om een amyloïdestructuur te vormen.

(A) Elektronenmicrofoto die een amyloïdestructuur van een gist toont.
Deze structuur lijkt op het type onoplosbare aggregaten dat wordt waargenomen in de
neuronen van individuen met verschillende neurodegeneratieve ziekten (zie figuur 4-19).
(B) Schematische weergave toont de stapeling van ÿ- vellen die een individuele
amyloïdestreng stabiliseert. (A, van MR
Sawaya et al., Nature 447:453–457, 2007. Met toestemming van Macmillan
Publishers Ltd.) (A) (B)
50 nm
(A) Normaal eiwit kan af en toe een abnormale, Figuur 4ÿ19 Prionziekten worden veroorzaakt door eiwitten waarvan
verkeerd gevouwen prionvorm aannemen de verkeerde vouwing infectieus is. (A) Een eiwit ondergaat een
zeldzame conformationele verandering om een abnormaal gevouwen prionvorm te produceren.
(B) De abnormale vorm veroorzaakt de omzetting van normale eiwitten in de
hersenen van de gastheer in de verkeerd gevouwen prionvorm. (C) De prionen
normaal abnormale prionvorm aggregeren tot amyloïde fibrillen, die de hersencelfunctie kunnen verstoren en een
eiwit van eiwit neurodegeneratieve aandoening kunnen veroorzaken (zie ook figuur 4–18).
Sommige van de abnormale amyloïdefibrillen die zich vormen bij ernstige
neurodegeneratieve aandoeningen zoals de ziekte van Alzheimer, kunnen zich op
(B) de prionvorm van het eiwit kan zich binden aan de deze manier mogelijk van cel tot cel voortplanten.
normale vorm, waardoor conversie wordt geïnduceerd
aan de abnormale conformatie
Studies naar de conformatie, functie en evolutie van eiwitten hebben ook het belang
onthuld van een organisatieniveau dat verschilt van de vier zojuist beschreven
verbindend niveaus. Deze organisatorische eenheid is het eiwitdomein, dat wordt gedefinieerd
als elk segment van een polypeptideketen dat onafhankelijk kan worden opgevouwen
tot een compacte, stabiele structuur. Een eiwitdomein bevat gewoonlijk tussen de
40 en 350 aminozuren – gevouwen tot ÿ- helices, ÿ- sheets en andere
structuurelementen – en het is de modulaire eenheid waaruit veel grotere eiwitten
heterodimeer
worden opgebouwd (Figuur 4-20).
conversie van normaal
eiwit tot abnormaal Verschillende domeinen van een eiwit zijn vaak geassocieerd met verschillende
prion-vorm
functies. Het bacteriële katabolietactivatoreiwit (CAP), geïllustreerd in Figuur 4-20,
heeft bijvoorbeeld twee domeinen: een klein domein dat aan DNA bindt en een
groot domein dat cyclisch AMP, een klein intracellulair signaalmolecuul, bindt.
Wanneer het grote domein cyclisch AMP bindt, veroorzaakt het een conformationele
verandering in het eiwit waardoor het kleine domein aan een specifieke DNA-
(C) abnormale prioneiwitten planten zich voort
en aggregeren om amyloïde fibrillen te vormen
sequentie kan binden en daardoor de expressie van een aangrenzend gen kan
bevorderen. Om een idee te geven van de vele verschillende domeinstructuren
die in eiwitten worden waargenomen, worden lintmodellen van drie verschillende
domeinen getoond in Figuur 4-21.
amyloïde fibril
Eiwitten bevatten ook ongestructureerde regio's
Kleine eiwitmoleculen, zoals het zuurstofdragende spiereiwit myoglobine, bevatten
slechts één domein (zie figuur 4-10). Grotere eiwitten kunnen wel enkele tientallen
domeinen bevatten, wat vaak het geval is
ECB5 e4,08/4,08
Figuur 4ÿ20 Veel eiwitten zijn samengesteld uit
afzonderlijke functionele domeinen. Elementen
ÿ- helix
met een secundaire structuur, zoals ÿ- helices
en ÿ -vellen, worden samengepakt tot stabiele,
onafhankelijk vouwende, bolvormige elementen die
eiwitdomeinen worden genoemd. Een typisch
eiwitmolecuul is opgebouwd uit een of meer domeinen,
verbonden door een regio van de polypeptideketen
die vaak relatief ongestructureerd is. Het
lintdiagram aan de rechterkant vertegenwoordigt het
bacteriële transcriptie-regulerende eiwit CAP, dat
ÿ- blad
bestaat uit één groot cyclisch AMP-bindend
domein (blauw omlijnd) en één klein DNA-bindend
domein (omlijnd in geel). De functie van dit eiwit
ondergeschikt enkel eiwit eiwit molecuul
wordt beschreven in Hoofdstuk 8 (zie Figuur 8ÿ9). structuur domein gemaakt van twee
verschillende domeinen
Figuur 4ÿ21 Lintmodellen tonen drie

verschillende eiwitdomeinen. (A) Cytochroom
b562 is een eiwit met één domein dat betrokken
is bij de elektronenoverdracht in E. coli. Het
bestaat bijna volledig uit ÿ- helices. (B)
Het NAD-bindende domein van het
enzym lactaatdehydrogenase bestaat uit een
mengsel van ÿ- helices en ÿ-vellen. (C) Een
immunoglobulinedomein van een
antilichaammolecuul bestaat uit een sandwich
van twee antiparallelle ÿ -vellen. In deze
voorbeelden worden de ÿ- helices groen
weergegeven, terwijl de strengen georganiseerd
als ÿ- vellen rood zijn. De uitstekende
lusgebieden (geel) zijn vaak ongestructureerd
en kunnen bindingsplaatsen voor andere moleculen verschaffe
(A) (B) (C)
verbonden door relatief korte, ongestructureerde stukken polypeptideketen.

De alomtegenwoordigheid van dergelijke intrinsiek ongeordende sequenties, die
voortdurend buigen en buigen als gevolg van thermische schokken, werd pas gewaardeerd
nadat er bio-informaticamethoden waren ontwikkeld die ze konden herkennen aan hun
aminozuursequenties. Huidige schattingen suggereren dat een derde van alle eukaryotische
eiwitten ook langere, ongestructureerde gebieden bezit –
met een lengte van meer dan 30 aminozuren – in hun polypeptideketens. Deze
ECB5 04.21
ongestructureerde sequenties kunnen verschillende belangrijke functies in cellen hebben,
zoals we later in dit hoofdstuk bespreken.
Er zullen maar weinig van de vele mogelijke polypeptideketens zijn

Bruikbaar
In theorie zou een groot aantal verschillende polypeptideketens gemaakt kunnen worden
uit 20 verschillende aminozuren. Omdat elk aminozuur chemisch verschillend is en in
principe op elke positie kan voorkomen, heeft een polypeptideketen van vier aminozuren
20 x 20 x 20 x 20 = 160.000 verschillende mogelijke sequenties. Voor een typisch eiwit
met een lengte van 300 aminozuren betekent dit dat theoretisch meer dan 20.300 (dat zijn
10.390) verschillende polypeptideketens zouden kunnen worden geproduceerd. En dat is
maar één eiwit.
Van de onvoorstelbaar grote verzameling potentiële polypeptidesequenties wordt slechts

een minuscuul deel daadwerkelijk door cellen gemaakt. Dat komt omdat de meeste
biologische functies afhankelijk zijn van eiwitten met stabiele, goed gedefinieerde
driedimensionale conformaties. Deze vereiste beperkt in hoge mate de lijst van
polypeptidesequenties die in levende cellen aanwezig zijn. Een andere beperking is dat
functionele eiwitten zich ‘goed moeten gedragen’ en geen ongewenste associaties moeten
aangaan met andere eiwitten in de cel, waarbij ze bijvoorbeeld onoplosbare
eiwitaggregaten vormen. Veel potentiële eiwitsequenties zouden daarom geëlimineerd zijn
door natuurlijke selectie via het lange proces van vallen en opstaan dat ten grondslag ligt
aan de evolutie (besproken in Hoofdstuk 9).
Dankzij natuurlijke selectie zijn de aminozuursequenties van veel hedendaagse

polypeptiden geëvolueerd om een stabiele conformatie aan te nemen – een conformatie
die aan het eiwit de exacte chemische eigenschappen verleent die het in staat zullen
stellen een bepaalde functie uit te voeren. Dergelijke eiwitten zijn zo nauwkeurig gebouwd
dat een verandering van zelfs maar een paar atomen in één aminozuur soms de structuur
van een eiwit kan verstoren en daardoor de functie ervan kan elimineren. In feite zijn de
conformaties van veel eiwitten – en hun samenstellende domeinen – zo stabiel en effectief
dat ze gedurende de hele evolutie van een diverse reeks organismen behouden zijn
gebleven. Bijvoorbeeld het driedimensionale
structuren van de DNA-bindende domeinen van sommige transcriptieregulatoren van gist,

VRAAG 4–3 dieren en planten zijn bijna volledig over elkaar heen te plaatsen, ook al zijn de organismen
gescheiden door meer dan een miljard jaar evolutie. Andere eiwitten hebben echter in de
Willekeurige mutaties resulteren slechts loop van de evolutionaire tijd hun structuur en functie veranderd, zoals we nu bespreken.
zeer zelden in veranderingen die de
bruikbaarheid van een eiwit voor de cel
verbeteren, maar toch worden in de
Eiwitten kunnen worden ingedeeld in families
evolutie bruikbare mutaties geselecteerd.
Omdat deze veranderingen zo zeldzaam Zodra een eiwit een stabiele conformatie met nuttige eigenschappen heeft ontwikkeld, kan
zijn, zijn er voor elke bruikbare mutatie
de structuur ervan in de loop van de tijd worden aangepast om het in staat te stellen nieuwe
ontelbare mutaties die leiden tot geen functies te vervullen. We weten dat dit tijdens de evolutie vrij vaak gebeurde, omdat veel
verbetering of tot inactieve eiwitten.
hedendaagse eiwitten kunnen worden gegroepeerd in eiwitfamilies, waarbij elk familielid
Waarom bevatten cellen dan geen
miljoenen eiwitten die nutteloos zijn? een aminozuursequentie en een driedimensionale conformatie heeft die sterk lijkt op die van
de andere familieleden.
Denk bijvoorbeeld aan de serineproteasen, een familie van eiwitsplitsende (proteolytische)

enzymen waartoe de spijsverteringsenzymen chymotrypsine, trypsine en elastase behoren,
evenals verschillende proteasen die betrokken zijn bij de bloedstolling. Wanneer twee van
deze enzymen worden vergeleken, blijken delen van hun aminozuursequenties vrijwel
hetzelfde te zijn. De gelijkenis van hun driedimensionale conformaties is zelfs nog
opvallender: de meeste gedetailleerde wendingen in hun polypeptideketens, die enkele
honderden aminozuren lang zijn, zijn vrijwel identiek (Figuur 4-22) . De verschillende
serineproteasen hebben niettemin verschillende enzymatische activiteiten, waarbij ze elk
verschillende eiwitten of de peptidebindingen tussen verschillende soorten aminozuren
splitsen.
Grote eiwitmoleculen bevatten vaak meer dan één polypeptideketen
Hetzelfde type zwakke niet-covalente bindingen die het mogelijk maken dat een
polypeptideketen zich in een specifieke conformatie vouwt, maken het ook mogelijk dat
eiwitten aan elkaar binden om grotere structuren in de cel te produceren. Elk gebied op het
oppervlak van een eiwit dat interageert met een ander molecuul via sets van niet-covalente
bindingen, wordt een bindingsplaats genoemd. Een eiwit kan bindingsplaatsen bevatten voor
een verscheidenheid aan moleculen, groot en klein. Als een bindingsplaats het oppervlak
van een tweede eiwit herkent, zal de nauwe binding van twee gevouwen polypeptideketens
op deze plaats een groter eiwit creëren, waarvan de quaternaire structuur een nauwkeurig
gedefinieerde geometrie heeft. Elke polypeptideketen in zo'n eiwit wordt een subeenheid
genoemd, en elk van deze subeenheden kan meer dan één domein bevatten.
Figuur 4ÿ22 Serineproteasen vormen een

familie van proteolytische enzymen.
Hoofdketenmodellen van twee serineproteasen,
elastase en chymotrypsine, worden geïllustreerd.
Hoewel alleen de aminozuursequenties in
de groen gearceerde polypeptideketen
hetzelfde zijn in de twee eiwitten, zijn de HOOC
HOOC
twee conformaties vrijwel overal
vergelijkbaar. Niettemin werken de twee proteasen
op verschillende substraten.
De actieve plaats van elk enzym – waar de
NH2
substraten worden gebonden en gesplitst – is NH2
rood omcirkeld. Het aminozuur serine neemt direct
deel aan de splitsingsreactie, daarom
worden de enzymen serineproteasen genoemd.
De zwarte stippen aan de rechterkant van het
chymotrypsinemolecuul markeren de twee
uiteinden die ontstaan zijn waar het enzym zijn elastase chymotrypsine
eigen ruggengraat heeft gespleten.
Figuur 4ÿ23 Veel eiwitmoleculen bevatten

meerdere kopieën van dezelfde
eiwitsubeenheid. (A) Een symmetrisch
dimeer. Het eiwit CAP is een complex van
twee identieke polypeptideketens (zie ook
Figuur 4–20). (B) Een symmetrisch
homotetrameer. Het enzym
neuraminidase bestaat als een ring van vier
identieke polypeptideketens. Voor zowel (A)
als (B) benadrukt een klein schema onder de
structuur hoe het herhaalde gebruik van
dezelfde bindingsinteractie de structuur
vormt. In (A) veroorzaakt het gebruik van
dezelfde bindingsplaats op elk monomeer
(weergegeven door bruine en groene ovalen)
de vorming van een symmetrisch dimeer. In
(B) veroorzaakt een paar niet-identieke
bindingsplaatsen (weergegeven door oranje
cirkels en blauwe vierkanten) de vorming
dimeer van het CAP-eiwit tetrameer van neuraminidase-eiwit van een symmetrisch tetrameer.
dimeer gevormd door tetrameer gevormd door

interactie tussen interacties tussen
één, identiek twee niet-identieke
bindingsplaats op elk bindingsplaatsen op elk monomeer
(A) monomeer (B)
In het eenvoudigste geval vormen twee identieke, gevouwen polypeptideketens een

symmetrisch complex van twee eiwitsubeenheden (een dimeer genoemd) dat bij
elkaar wordt gehouden door interacties tussen twee identieke bindingsplaatsen. CAP,
het bacteriële eiwit dat we eerder hebben besproken, is zo’n dimeer (Figuur 4ÿ23A);
het bestaat uit twee identieke kopieën van de eiwitsubeenheid, die elk twee domeinen
bevatten, zoals eerder weergegeven in figuur 4-20. Veel andere symmetrische
eiwitcomplexen, gevormd uit meerdere kopieën van dezelfde polypeptideketen,
ECB5 e4,23/4,23
worden vaak in cellen aangetroffen. Het enzym neurami-nidase bestaat bijvoorbeeld
uit een ring van vier identieke eiwitsubeenheden (Figuur 4ÿ23B).
Andere eiwitten bevatten twee of meer verschillende polypeptideketens.

Hemoglobine, het eiwit dat zuurstof transporteert in de rode bloedcellen, is een
bijzonder goed bestudeerd voorbeeld. Het eiwit bevat twee identieke ÿ-globine-
subeenheden en twee identieke ÿ-globine-subeenheden, symmetrisch gerangschikt
(Figuur 4-24). Veel eiwitten bevatten meerdere subeenheden, en deze kunnen erg
groot zijn (film 4.5).
ÿ ÿ
Figuur 4ÿ24 Sommige eiwitten worden gevormd

als een symmetrisch geheel van twee
verschillende subeenheden. Hemoglobine, een
zuurstofdragend eiwit dat overvloedig
aanwezig is in rode bloedcellen, bevat twee
exemplaren van ÿ-globine (groen) en twee
exemplaren van ÿ-globine (blauw). Elk van deze
ÿ vier polypeptideketens herbergt een heemmolecuul (rood), waar zu
ÿ
Elk hemoglobine-eiwit kan dus vier
zuurstofmoleculen vervoeren.
(A) Figuur 4ÿ25 Identieke eiwitsubeenheden kunnen worden samengevoegd tot

vrij gemonteerd complexe structuren. (A) Een eiwit met slechts één bindingsplaats kan een
subeenheden structuren dimeer vormen met een ander identiek eiwit. (B) Identieke eiwitten met twee
dimeer verschillende bindingsplaatsen vormen vaak een lang, spiraalvormig filament.
(C) Als de twee bindingsplaatsen op de juiste manier ten opzichte van elkaar
verbindend
plaats zijn gepositioneerd, zullen de eiwitsubeenheden een gesloten ring vormen in plaats
van een helix (zie ook figuur 4-23B).
(B)
helix
Eiwitten kunnen zich samenvoegen tot filamenten, vellen of bollen

bindingsplaatsen
Eiwitten kunnen zelfs grotere assemblages vormen dan de tot nu toe besproken eiwitten.
(C) Het eenvoudigst kan een keten van identieke eiwitmoleculen worden gevormd als de
ring
bindingsplaats op één eiwitmolecuul complementair is aan een ander gebied op het
oppervlak van een ander eiwitmolecuul van hetzelfde type.
verbindend
sites Omdat elk eiwitmolecuul op identieke wijze aan zijn buurman is gebonden (zie figuur
4-14), zullen de moleculen vaak in een helix zijn gerangschikt die voor onbepaalde tijd in
beide richtingen kan worden uitgebreid (figuur 4-25). Dit type opstelling kan een verlengd
eiwitfilament produceren. Een actinefilament is bijvoorbeeld een lange, spiraalvormige
structuur die is gevormd uit vele moleculen van het eiwit actine (Figuur 4-26). Actine is
extreem overvloedig aanwezig in eukaryotische cellen, waar het een van de belangrijkste
filamentsystemen van het cytoskelet vormt (besproken in Hoofdstuk 17). Andere sets
van identieke eiwitten associëren zich en vormen buisjes, zoals in de microtubuli van
het cytoskelet (Figuur 4-27), of kooiachtige bolvormige omhulsels, zoals in de eiwitlagen
van virusdeeltjes (Figuur 4-28).
Veel grote structuren, zoals virussen en ribosomen, zijn opgebouwd uit een mengsel van
een of meer soorten eiwitten plus RNA- of DNA-moleculen.
Deze structuren kunnen in zuivere vorm worden geïsoleerd en gedissocieerd in hun
samenstellende macromoleculen. Het is vaak mogelijk om de geïsoleerde componenten
weer samen te voegen en te zien hoe ze spontaan weer in de oorspronkelijke structuur
ECB5 04.25 worden samengevoegd. Dit toont aan dat alle informatie die nodig is voor het samenstellen
van de gecompliceerde structuur in de macromoleculen zelf zit. Dit soort experimenten
laten zien dat een groot deel van de structuur van een cel zelforganiserend is: als de
benodigde eiwitten in de juiste hoeveelheden worden geproduceerd, zullen automatisch
de juiste structuren worden gevormd.
Sommige soorten eiwitten hebben langwerpige vezelachtige vormen

De meeste eiwitten die we tot nu toe hebben besproken zijn bolvormige eiwitten,
waarbij de polypeptideketen zich opvouwt tot een compacte vorm, zoals een bal met een
onregelmatig oppervlak. Enzymen zijn bijvoorbeeld vaak bolvormige eiwitten: ook al zijn
veel eiwitten groot en ingewikkeld, met meerdere subeenheden, de meeste hebben een
quaternaire structuur met een algehele ronde vorm (zie figuur 4-10). Andere eiwitten
vervullen daarentegen een rol in de cel waarbij ze een grote afstand moeten overbruggen.
Deze eiwitten hebben over het algemeen een relatief eenvoudige, langwerpige
driedimensionale structuur en worden gewoonlijk vezelachtige eiwitten genoemd.
Figuur 4–26 Een actinefilament

bestaat uit identieke eiwitsubeenheden.
(A) Transmissie-elektronenmicrofoto van een (A)
50 nm
actinefilament. (B) De spiraalvormige reeks actine molecuul
actinemoleculen in een actinefilament bevat vaak
duizenden moleculen en strekt zich uit over
micrometers in de cel; 1 micrometer = 1000
nanometer. (A, met dank aan Roger Craig.) (B)
37 nm
Figuur 4ÿ27 Eén type eiwitsubeenheid kan zich samenpakken om

een filament, een holle buis of een bolvormig omhulsel te
vormen. Actine-subeenheden vormen bijvoorbeeld actinefilamenten (zie
Figuur 4-26), terwijl tubuline-subeenheden holle microtubuli vormen, en
sommige viruseiwitten vormen een bolvormig omhulsel (capside)
dat het virale genoom omsluit (zie Figuur 4-28). bolvormig
schelp
gloeidraad
subeenheid
Eén grote klasse van intracellulaire vezelige eiwitten lijkt op ÿ-keratine, die we eerder
tegenkwamen toen we de ÿ- helix introduceerden. Keratinefilamenten zijn uiterst
stabiel: langlevende structuren zoals haar, hoorns en nagels bestaan voornamelijk uit
dit eiwit. Een ÿ-keratinemolecuul is een dimeer van twee identieke subeenheden,
waarbij de lange ÿ- helices van elke subeenheid een spiraalvormige spiraal vormen
(zie figuur 4-16). Deze spiraalvormige gebieden worden aan beide uiteinden afgedekt hol
buis
door bolvormige domeinen die bindingsplaatsen bevatten waardoor ze zich kunnen
samenvoegen tot touwachtige tussenfilamenten – een onderdeel van het cytoskelet
dat cellen mechanische sterkte geeft (besproken in hoofdstuk 17).
Vezelige eiwitten zijn vooral overvloedig aanwezig buiten de cel, waar ze de gelachtige
extracellulaire matrix vormen die helpt cellen aan elkaar te binden om weefsels te
vormen. Deze eiwitten worden door de cellen uitgescheiden in hun omgeving, waar
ze vaak samenkomen in vellen of lange fibrillen. Collageen is het meest voorkomende
van deze vezelachtige extracellulaire eiwitten in dierlijke weefsels. Een ECB5 e4,27/4,26
collageenmolecuul bestaat uit drie lange polypeptideketens, die elk op elke derde
positie het niet-polaire aminozuur glycine bevatten. Door deze regelmatige structuur
kunnen de ketens om elkaar heen wikkelen en zo een lange, regelmatige, drievoudige
helix vormen met glycine als kern (Figuur 4ÿ29A). Veel van dergelijke
collageenmoleculen binden zich naast elkaar en van begin tot eind aan elkaar,
waardoor lange, overlappende reeksen ontstaan die collageenfibrillen worden
genoemd. Deze zijn extreem sterk en helpen weefsels bij elkaar te houden, zoals beschreven in hoofdstuk 20.
In volledige tegenstelling tot collageen bevindt zich een ander vezelachtig eiwit in de
extracellulaire matrix: elastine. Elastinemoleculen worden gevormd uit relatief losse
en ongestructureerde polypeptideketens die covalent zijn verknoopt tot een
rubberachtig elastisch netwerk. De resulterende elastische vezels zorgen ervoor dat
de huid en andere weefsels, zoals slagaders en longen, kunnen uitrekken en
terugveren zonder te scheuren. Zoals geïllustreerd in figuur 4ÿ29B is de elasticiteit
te danken aan het vermogen van de individuele eiwitmoleculen om zich reversibel te
ontrollen wanneer ze worden uitgerekt.
Extracellulaire eiwitten worden vaak gestabiliseerd door covalente

kruiskoppelingen
Veel eiwitmoleculen zijn gehecht aan het oppervlak van het plasmamembraan van
een cel of worden uitgescheiden als onderdeel van de extracellulaire matrix, waardoor
ze worden blootgesteld aan de mogelijk zware omstandigheden buiten de cel. Om
hun structuren te helpen behouden, worden de polypeptideketens in dergelijke
eiwitten vaak gestabiliseerd door covalente verknopingen. Deze verbindingen kunnen
twee aminozuren in dezelfde polypeptideketen met elkaar verbinden, of vele
polypeptideketens samenvoegen in een groot eiwitcomplex, zoals voor de
collageenfibrillen en elastische vezels die zojuist zijn beschreven. Er bestaan
verschillende soorten kruisverbindingen.
Figuur 4ÿ28 Veel virale capsiden zijn in wezen bolvormige

eiwitassemblages. Ze worden gevormd uit vele kopieën van een
kleine set eiwitsubeenheden. Het nucleïnezuur van het virus (DNA
of RNA) zit erin verpakt. De structuur van het hier getoonde apenvirus SV40
werd bepaald door röntgenkristallografie en is tot in atomair detail bekend.
(Met dank aan Robert Grant, Stephan Crainic en James M. Hogle.) 20 nm
elastische vezel
kort stukje
50 nm
collageenfibrillen
collageen
molecuul
(300 nm× 1,5 nm)
ONTSPANNEN
REKKEN
collageen
verdrievoudigen
1,5 nm helix enkel elastinemolecuul
verknopen
(A)
(B)
Figuur 4ÿ29 Vezelachtige eiwitten collageen en elastine vormen zeer verschillende structuren. (A) Een collageenmolecuul is een
drievoudige helix gevormd door drie verlengde eiwitketens die zich om elkaar heen wikkelen. Veel staafachtige collageenmoleculen worden in
de extracellulaire ruimte met elkaar verbonden om collageenfibrillen te vormen (boven), die de treksterkte van staal hebben. De strepen op
de collageenfibril worden veroorzaakt door de regelmatig herhalende rangschikking van de collageenmoleculen in de fibril. (B)
Elastinemoleculen worden met elkaar verbonden door covalente bindingen (rood) om rubberachtige, elastische vezels te vormen. Elke
elastine-polypeptideketen ontrolt zich in een meer uitgestrekte conformatie wanneer de vezel wordt uitgerekt, en trekt spontaan terug zodra
de rekkracht afneemt.
ECB5 e4,29/4,29
De meest voorkomende covalente verknopingen in eiwitten zijn zwavel-zwavelbindingen.
Deze disulfidebindingen (ook wel S-S-bindingen genoemd) worden gevormd,
voordat een eiwit wordt uitgescheiden, door een enzym in het endoplasmatisch
reticulum dat twee –SH-groepen met elkaar verbindt van cysteïnezijketens die
aangrenzend zijn in het gevouwen eiwit (Figuur 4 ÿ30). Disulfidebindingen veranderen
de conformatie van een eiwit niet, maar fungeren in plaats daarvan als een soort
“atoomstapel” om de meest favoriete conformatie van het eiwit te versterken. Lysozym
– een enzym in tranen, speeksel en andere afscheidingen dat de celwanden van bacteriën kan vers
behoudt zijn antibacteriële activiteit lange tijd omdat het wordt gestabiliseerd door
dergelijke disulfideverknopingen.
Disulfidebindingen worden doorgaans niet gevormd in het celcytosol, waar een hoge
concentratie reductiemiddelen dergelijke bindingen weer omzet in cysteïne-SH-
groepen. Blijkbaar hebben eiwitten dit soort structurele versterking niet nodig in de
relatief milde omstandigheden in de cel.
cysteïne
C polypeptide 1
C
CH2
CH2
SCH
Figuur 4ÿ30 Disulfidebindingen helpen een S
favoriete eiwitconformatie te stabiliseren. SCH
S
Dit diagram illustreert hoe covalente
tussenketen
CH2
disulfidebindingen ontstaan tussen aangrenzende C CH2 disulfide
cysteïnezijketens door de oxidatie van hun –SH-groepen. C OXIDATIE band
C
CH2 C
Zoals aangegeven kunnen deze verknopingen
twee delen van dezelfde polypeptideketen of twee SCH AFNAME
CH2
verschillende polypeptideketens verbinden. S intraketen
Omdat de energie die nodig is om één covalente SCH disulfide
binding te verbreken veel groter is dan de S band
energie die nodig is om zelfs een hele reeks CH2
CH2
niet-covalente bindingen te verbreken (zie Tabel C
2-1, p. 48), kan een disulfidebinding een groot C
stabiliserend effect hebben op de gevouwen
toestand van een eiwit. structuur (film 4.6). polypeptide 2
ECB5 04.30 uur

Hoe eiwitten werken 137
HOE EIWITTEN WERKEN

Bij eiwitten zijn vorm en functie onlosmakelijk met elkaar verbonden. Gedicteerd door de
oppervlaktetopografie van de zijketens van een eiwit, geeft deze combinatie van structuur, VRAAG 4–4
chemie en activiteit eiwitten het buitengewone vermogen om het grote aantal dynamische
processen dat in cellen plaatsvindt te coördineren. Maar de fundamentele vraag blijft: hoe Haar bestaat grotendeels uit vezels
werken eiwitten eigenlijk? In deze sectie zullen we zien dat de activiteit van eiwitten afhangt van het eiwit keratine. Individuele
keratinevezels zijn covalent met elkaar
van hun vermogen om specifiek aan andere moleculen te binden, waardoor ze kunnen
verknoopt door vele disulfide (S-S)
fungeren als katalysatoren, structurele ondersteuningen, kleine motoren, enzovoort. De
bindingen. Als krullend haar wordt
voorbeelden die we hier bespreken, putten geenszins het enorme functionele repertoire van
behandeld met milde reductiemiddelen
eiwitten uit. De gespecialiseerde functies van de eiwitten die je elders in dit boek tegenkomt, die een paar van de verknopingen
zijn echter op dezelfde principes gebaseerd. verbreken, recht wordt getrokken en
vervolgens weer wordt geoxideerd,
blijft het recht. Teken een diagram dat
Alle eiwitten binden aan andere moleculen De biologische de drie verschillende stadia van dit
chemische en mechanische proces
eigenschappen van een eiwitmolecuul zijn afhankelijk van de fysieke interactie met andere
moleculen. Antilichamen hechten zich aan virussen of bacteriën als onderdeel van de afweer illustreert op het niveau van de
keratinefilamenten, waarbij de nadruk
van het lichaam; het enzym hexokinase bindt glucose en ATP om een reactie daartussen te
ligt op de disulfidebindingen. Wat
katalyseren; actinemoleculen binden zich aan elkaar en vormen lange filamenten; enzovoort. denk je dat er zou gebeuren als het haar
Alle eiwitten blijven op een specifieke manier aan andere moleculen kleven of binden. In zou worden behandeld met sterke reductiemiddelen die all
sommige gevallen is deze binding erg strak; in andere gevallen is het zwak en van korte duur.
De binding van een eiwit aan andere biologische moleculen vertoont altijd een grote
specificiteit: elk eiwitmolecuul kan zich binden aan slechts één of enkele moleculen uit de
vele duizenden verschillende moleculen die het tegenkomt. Elke stof die door een eiwit
wordt gebonden – of het nu een ion, een klein organisch molecuul of een macromolecuul is
– wordt een ligand voor dat eiwit genoemd ( van het Latijnse ligare, ‘binden’).
niet-covalente bindingen
Het vermogen van een eiwit om selectief en met hoge affiniteit aan een ligand te binden is te
wijten aan de vorming van een reeks zwakke, niet-covalente interacties – waterstofbindingen, ligand
elektrostatische aantrekkingen en van der Waals-aantrekkingen – plus gunstige hydrofobe
krachten (zie paneel 2ÿ3, blz. 70–71). Elke individuele niet-covalente interactie is zwak,
zodat een effectieve binding vereist dat veel van dergelijke bindingen tegelijkertijd worden
gevormd. Dit is alleen mogelijk als de oppervlaktecontouren van het ligandmolecuul zeer
nauw aansluiten bij het eiwit, als een hand in een handschoen (Figuur 4ÿ31).
(A) eiwit
Wanneer moleculen slecht passende oppervlakken hebben, vinden er weinig niet-covalente
interacties plaats en dissociëren de twee moleculen net zo snel als ze samenkomen. Dit is
wat voorkomt dat er onjuiste en ongewenste associaties ontstaan tussen niet-overeenkomende
moleculen. Aan het andere uiterste, wanneer veel niet-covalente interacties worden gevormd,
zal de associatie blijven bestaan (zie Film 2.4). Sterke binding tussen moleculen vindt plaats
in cellen wanneer een biologische functie vereist dat de moleculen lange tijd nauw met elkaar
verbonden blijven, bijvoorbeeld wanneer een groep macromoleculen samenkomt om een
functionele subcellulaire structuur te vormen, zoals een ribosoom.
(B)
Het gebied van een eiwit dat zich associeert met een ligand, bekend als de bindingsplaats Figuur 4ÿ31 De binding van een eiwit aan
een ander molecuul is zeer selectief.
ervan, bestaat gewoonlijk uit een holte in het eiwitoppervlak, gevormd door een bepaalde
Er zijn veel zwakke interacties nodig om
rangschikking van zijketens van aminozuren. Deze zijketens kunnen behoren tot aminozuren een eiwit stevig te laten binden aan een
die ver van elkaar verwijderd zijn op de lineaire polypeptideketen, maar bij elkaar worden tweede molecuul (een ligand). Het
ECB5 04.31
gebracht wanneer het eiwit vouwt (Figuur 4-32). Andere gebieden op het oppervlak bieden ligand moet daarom precies in de
vaak bindingsplaatsen voor verschillende liganden die de activiteit van het eiwit reguleren, bindingsplaats van het eiwit passen,
zodat er een groot aantal niet-covalente
zoals we later bespreken. Er kunnen nog andere delen van het eiwit nodig zijn om het eiwit
interacties tussen het eiwit en het ligand kunnen ontstaan.
aan te trekken of te hechten aan een bepaalde locatie in de cel. De hydrofobe ÿ- helix van (A) Schematische tekening die de binding
een membraanoverspannend eiwit maakt het bijvoorbeeld mogelijk dat het in de van een hypothetisch eiwit en ligand
lipidedubbellaag van een celmembraan wordt ingebracht ( zie figuur 4ÿ15 en besproken in toont; (B) ruimtevullend model van de ligand-
hoofdstuk 11). eiwit-interactie getoond in Figuur 4ÿ32.
aminozuur
zijketens
H serine
C
CH2
O N
waterstofbinding
H O
C
H H
C 5ÿ cyclisch AMP gebonden aan
O O gevouwen eiwit
ongevouwen eiwit (CH2)3
NH P O
+ serine
VOUWEN CNH2 O O
3ÿ H
arginine N N H C
NH2 CH2
O O
bindende plaats
H H
N H N N
N H
O threonine
O_ H O
elektrostatisch C
attractie CH
CH2 H3C C
glutamine H
CH2 zuur
(A) gevouwen eiwit
C
(B)
Figuur 4ÿ32 Bindingsplaatsen zorgen ervoor dat eiwitten kunnen interageren met specifieke liganden. (A) Het vouwen van
de polypeptideketen creëert doorgaans een spleet of holte op het oppervlak van het gevouwen eiwit, waar specifieke zijketens van
aminozuren op zo'n manier worden samengebracht dat ze alleen met bepaalde liganden een reeks niet-covalente bindingen kunnen
vormen. (B) Close-up van een daadwerkelijke bindingsplaats die de waterstofbruggen toont en een elektrostatische interactie
gevormd tussen een eiwit en zijn ligand (in dit voorbeeld is de gebonden ligand cyclisch AMP, weergegeven in donkergeel).
ECB5 04.32
Hoewel de atomen die in het binnenste van een eiwit zijn begraven geen direct
contact hebben met het ligand, bieden ze een essentieel raamwerk dat het oppervlak
zijn contouren en chemische eigenschappen geeft. Zelfs kleine veranderingen aan
de aminozuren in het inwendige van een eiwit kunnen de driedimensionale vorm
van het eiwit veranderen en zijn functie vernietigen.
Mensen produceren miljarden verschillende antilichamen, elk

met een andere bindingsplaats
Alle eiwitten moeten aan specifieke liganden binden om hun verschillende functies
uit te voeren. Voor antilichamen is het universum van mogelijke liganden grenzeloos
en omvat het moleculen die worden aangetroffen op bacteriën, virussen en andere
infectieverwekkers. Hoe slaagt het lichaam erin antilichamen te produceren die zo’n
diverse verzameling liganden kunnen herkennen en zich er stevig aan kunnen binden?
Antilichamen zijn immunoglobuline-eiwitten die door het immuunsysteem worden
geproduceerd als reactie op vreemde moleculen, vooral die op het oppervlak van een
binnendringend micro-organisme. Elk antilichaam bindt extreem sterk aan een
bepaald doelmolecuul, waardoor het doelwit direct wordt geïnactiveerd of wordt
gemarkeerd voor vernietiging. Een antilichaam herkent zijn doelmolecuul, een
antigeen genaamd, met opmerkelijke specificiteit. En omdat er potentieel miljarden
verschillende antigenen zijn die we kunnen tegenkomen, moeten mensen in staat
zijn miljarden verschillende antilichamen te produceren – waarvan er één specifiek
zal zijn voor vrijwel elk denkbaar antigeen.
Antilichamen zijn Y-vormige moleculen met twee identieke antigeenbindingsplaatsen,
die elk complementair zijn aan een klein deel van het oppervlak van het
antigeenmolecuul. Een gedetailleerd onderzoek van de antilichaamstructuur onthult
dat de antigeenbindingsplaatsen worden gevormd uit verschillende lussen van een
polypeptideketen die uitsteken uit de uiteinden van een paar nauw verbonden verbindingen.
antigeen-
binding
plaats
antigeen hypervariabel
SS VH- domein lussen dat
SS
antigeen binden
SS
licht ketting
SS SS
NH2
SS
SS SS
SS
SS
SS
VL- domein SS
S S
zware ketting S S
variabel domein
van lichte keten (VL)
5 nm
S S
S S
(A)
HOOC
disulfide
band (B)
constant domein
van lichte keten
Figuur 4ÿ33 Een antilichaam is Y-vormig en heeft twee identieke antigeenbindingsplaatsen, één op elke arm van de Y.
(A) Schematische tekening van een typisch antilichaammolecuul. Het eiwit is samengesteld uit vier polypeptideketens (twee identieke
zware ketens en twee identieke, kleinere lichte ketens), gestabiliseerd en bij elkaar gehouden door disulfidebindingen (rood).
Elke keten bestaat uit verschillende soortgelijke domeinen, hier gearceerd met blauw voor de variabele domeinen, of grijs voor de
constante domeinen. De antigeenbindingsplaats wordt gevormd waar een variabel domein van de zware keten (VH) en een variabel
ECB5 e4,33-4,33
domein van de lichte keten (VL) dicht bij elkaar komen. Dit zijn de domeinen die het meest verschillen in hun aminozuursequentie in
verschillende antilichamen – vandaar hun naam. (B) Linttekening van een enkele lichte keten die laat zien dat de meest variabele delen
van de polypeptideketen (oranje) zich als lussen aan het ene uiteinde van het variabele domein (VL) uitstrekken en de helft van één
antigeenbindingsplaats van het weergegeven antilichaammolecuul vormen in een). Merk op dat zowel de constante als de variabele
domeinen zijn samengesteld uit een sandwich van twee antiparallelle ÿ- platen verbonden door een disulfidebinding (rood).
naast elkaar geplaatste eiwitdomeinen (Figuur 4-33). De aminozuursequentie in deze

lussen kan sterk variëren zonder de basisstructuur van het antilichaam te veranderen.
Er kan daarom een enorme diversiteit aan antigeenbindingsplaatsen worden gegenereerd
door alleen de lengte en aminozuursequentie van deze ‘hypervariabele lussen’ te
veranderen, wat de manier is waarop de grote verscheidenheid aan verschillende
antilichamen wordt gevormd (film 4.7) .
Met hun unieke combinatie van specificiteit en diversiteit zijn antilichamen niet alleen
onmisbaar voor het bestrijden van infecties, ze zijn ook van onschatbare waarde in het
laboratorium, waar ze kunnen worden gebruikt om andere moleculen te identificeren, te
zuiveren en te bestuderen (Panel 4-2, pp. 140 ) . –141).
Enzymen zijn krachtige en zeer specifieke katalysatoren

Voor veel eiwitten is binding aan een ander molecuul hun belangrijkste functie.
Een actinemolecuul hoeft bijvoorbeeld alleen maar te associëren met andere
actinemoleculen om een filament te vormen. Er zijn echter eiwitten waarvoor ligandbinding
eenvoudigweg een noodzakelijke eerste stap is in hun functie. Dit is het geval voor de
grote en zeer belangrijke klasse eiwitten die enzymen worden genoemd.
Deze opmerkelijke moleculen zijn verantwoordelijk voor bijna alle chemische
transformaties die in cellen plaatsvinden. Enzymen binden zich aan een of meer
liganden, substraten genoemd, en zetten deze om in chemisch gemodificeerde producten.
140 PANEEL 4–2 ANTILICHAMEN MAKEN EN GEBRUIKEN
HET ANTILICHAAMMOLECULE B-CELLEN PRODUCEREN ANTILICHAMEN
antigeenbindende plaatsen Antilichamen zijn eiwitten die Antilichamen worden gemaakt door een klasse witte bloedcellen die B-lymfocyten
zeer sterk binden aan hun of B-cellen worden genoemd. Elke rustende B-cel draagt een ander
doelwitten (antigenen). membraangebonden antilichaammolecuul op zijn oppervlak dat dient als receptor
Ze worden bij gewervelde voor het herkennen van een specifiek antigeen. Wanneer antigeen zich aan deze
dieren geproduceerd als receptor bindt, wordt de B-cel gestimuleerd om te delen en grote hoeveelheden van
verdediging tegen infecties. hetzelfde antilichaam in oplosbare vorm uit te scheiden.
Elk antilichaammolecuul
licht ketting verschillende B-cellen
bestaat uit twee identieke
scharnier
zware ketting lichte ketens en twee
identieke zware ketens.
De twee antigeenbindingsplaatsen
zijn daarom identiek.
5 nm (Zie afbeelding 4–33).
Antigeen bindt zich aan

de B-cel en vertoont een
antilichaam dat bij het
Een individueel mens kan
SPECIFICITEIT VAN HET ANTILICHAAM antigeen past.
miljarden verschillende
zware ketting
antilichaammoleculen
maken, elk met een aparte
antigeenbindingsplaats. Elk
antilichaam herkent zijn
licht ketting antigeen met grote specificiteit.
antigeen
De B-cel wordt gestimuleerd om te prolifereren en om meer van hetzelfde

antilichaam te maken en uit te scheiden.
Het opwekken van antilichamen bij dieren
Antilichamen kunnen in het laboratorium worden gemaakt door een dier (meestal een
muis, konijn, schaap of geit) te injecteren met antigeen A.
ANTILICHAMEN VERDEDIGEN ONS TEGEN INFECTIE A
vreemde virussen bacteriën

moleculen
injecteer antigeen later bloed afnemen
A Herhaalde injecties van hetzelfde antigeen met tussenpozen van enkele weken
stimuleren specifieke B-cellen om grote hoeveelheden anti-A-antilichamen in de
ANTILICHAMEN ( ) ANTIGENEN VERBINDEN TOT AGGREGATEN
bloedbaan uit te scheiden.
o-lnA
itoe
le
ndeiemhalehecdvi-e n ai
h
b
tijd
injecteer A injecteer A injecteer A
Speciale eiwitten in het

Omdat veel verschillende B-cellen worden gestimuleerd door antigeen A, zal het bloed
Antilichaam- bloed doden met
antigeenaggregaten worden antilichamen gecoate een verscheidenheid aan anti-A-antilichamen bevatten, die elk op een iets andere
opgenomen door fagocytische cellen. bacteriën of virussen. manier aan A binden.
ANTILICHAMEN GEBRUIKEN OM MOLECULEN TE ZUIVEREN

mengsel van moleculen
IMMUNOPRECIPITATIE IMMUNOAFFINITEIT
P M D
E
A
KOLOM R
N elueer antigeen A
Q O K
N B
P F O
CHROMATOGRAFIE H J
A van kralen
G A S
E
C F L
A
M K C
A DR
B H
G J S kraal bekleed met
L QA anti-A-antilichamen
mengsel van moleculen A
A
specifiek toevoegen
anti-A-antilichamen
A
A A A kolom verpakt
A met deze kralen
C K A
verzamel aggregaat van A-moleculen en
N
R enz A
anti-A-antilichamen door centrifugatie
doorstroom weggooien verzamel zuiver antigeen A
MONOKLONALE ANTILICHAMEN ANTILICHAMEN GEBRUIKEN ALS MOLECULAIRE TAGS
Grote hoeveelheden van één type antilichaam

koppel aan fluorescerende kleurstof,
molecuul kan worden verkregen door een B-cel te fuseren
gouddeeltje of ander speciaal
(afgenomen van een dier geïnjecteerd met antigeen A)
label
met een tumorcel. De resulterende hybride cel deelt zich
voor onbepaalde tijd en scheidt anti-A-antilichamen
specifieke antilichamen
van een enkel (monoklonaal) type af. gemerkte antilichamen
tegen antigeen A
B-cel van dier Tumorcellen binnen
geïnjecteerd met antigeen cultuur verdeeld

A maakt anti-A voor onbepaalde tijd maar cel
antilichaam, maar dat doet het wel Maak niet muur
niet voor altijd verdelen. antilichaam.
TC
EHCSIPOECIS RTCEIM
OE D
50 µm 200 nm
Fluorescerend antilichaam bindt zich aan Goudgelabeld antilichaam bindt zich aan
antigeen A in weefsel en wordt gedetecteerd antigeen A in weefsel en wordt gedetecteerd
in een fluorescentiemicroscoop. Het in een elektronenmicroscoop. Het
antigeen hier is pectine in de celwanden antigeen is pectine in de celwand
ZEKERING ANTILICHAAM-AFSCHEIDEND van een stukje plantenweefsel. van één enkele plantencel.
B-CEL MET TUMORCEL
Antigeen A wel Incubatie met de

gescheiden van gemerkte antilichamen
andere moleculen die binden aan antigeen A
Hybride cel
maakt de positie van de
HECTOEID
B
door elektroforese.
IMITEC
EHCSE
maakt en
scheidt anti-A af antigeen te bepalen.
antilichaam en
verdeelt
voor onbepaalde tijd.
Gelabeld tweede antilichaam
(blauw) bindt aan het
eerste antilichaam (zwart).
Let op: In alle gevallen kan de gevoeligheid afwijken

sterk worden vergroot door meerdere te gebruiken
lagen antilichamen. Met deze “sandwich”-methode
antigeen
kunnen kleinere aantallen antigeenmoleculen
worden gedetecteerd.
ECB5 Paneel 4.03b/paneel 4.03b

Figuur 4ÿ34 Enzymen zetten substraten om in

producten terwijl ze zelf onveranderd blijven.
enzym enzym
Elk enzym heeft een plaats waaraan
substraatmoleculen binden, waardoor een
enzym-substraatcomplex ontstaat. Daar vindt
een covalente bindingsreactie plaats, waarbij substraatbindende plaats KATALYSE
een enzym wordt gegenereerd.
productcomplex. Het product komt vervolgens molecuul A molecuul B
enzym- enzym-
vrij, waardoor het enzym extra (substraat) substraat Product (Product)
substraatmoleculen kan binden en de reactie kan complex complex
herhalen. Een enzym dient dus als katalysator
en vormt of verbreekt gewoonlijk een enkele Dit doen ze keer op keer zonder dat ze zelf worden veranderd (Figuur 4ÿ34).
covalente binding in een substraatmolecuul.
Enzymen werken dus als katalysatoren waardoor cellen naar believen covalente
bindingen kunnen maken of verbreken. Deze katalyse van georganiseerde reeksen
chemische reacties door enzymen creëert en onderhoudt alle celcomponenten,
ECB5 04.34
waardoor leven mogelijk wordt.
Enzymen kunnen worden gegroepeerd in functionele klassen op basis van de
chemische reacties die ze katalyseren (tabel 4-1). Elk type enzym is zeer specifiek
en katalyseert slechts één type reactie. Hexokinase voegt dus een fosfaatgroep toe
aan D-glucose, maar niet aan zijn optische isomeer L-glucose; het bloedstollende
enzym trombine knipt één type bloedstollend eiwit tussen een bepaald arginine en
de aangrenzende glycine en nergens anders.
Zoals in hoofdstuk 3 uitvoerig wordt besproken, werken enzymen vaak in sets,
waarbij het product van het ene enzym het substraat wordt voor het volgende. Het
resultaat is een uitgebreid netwerk van metabolische routes die de cel van energie
voorzien en de vele grote en kleine moleculen genereren die de cel nodig heeft.
Enzymen versnellen de snelheid van chemicaliën enorm

Reacties
De affiniteit van enzymen voor hun substraten, en de snelheid waarmee ze gebonden
substraat in product omzetten, variëren sterk van het ene enzym tot het andere.
Beide waarden kunnen experimenteel worden bepaald door gezuiverde enzymen en
substraten in een reageerbuisje te mengen. Bij een lage concentratie
TABEL 4–1 ENKELE GEMEENSCHAPPELIJKE FUNCTIONELE KLASSEN VAN ENZYMEN
Enzym klasse Biochemische functie
Hydrolase Algemene term voor enzymen die een hydrolytische splitsingsreactie katalyseren
Nuclease Breekt nucleïnezuren af door bindingen tussen nucleotiden te hydrolyseren
Protease Breekt eiwitten af door peptidebindingen tussen aminozuren te hydrolyseren
Ligase Verbindt twee moleculen samen; DNA-ligase verbindt twee DNA-strengen van begin tot eind met elkaar
isomerase Katalyseert de herschikking van bindingen binnen een enkel molecuul
Polymerase Katalyseert polymerisatiereacties zoals de synthese van DNA en RNA
Kinase Katalyseert de toevoeging van fosfaatgroepen aan moleculen. Eiwitkinasen zijn een belangrijke groep kinasen die
fosfaatgroepen aan eiwitten hechten
Fosfatase Katalyseert de hydrolytische verwijdering van een fosfaatgroep uit een molecuul
Oxido-reductase Algemene naam voor enzymen die reacties katalyseren waarbij het ene molecuul wordt geoxideerd en het andere wordt
gereduceerd. Enzymen van dit type worden vaak oxidasen, reductasen of dehydrogenasen genoemd
ATPase Hydrolyseert ATP. Veel eiwitten hebben een energie-verzamelende ATPase-activiteit als onderdeel van hun functie,
waaronder motoreiwitten zoals myosine (besproken in hoofdstuk 17) en membraantransporteiwitten zoals de Na+-pomp
(besproken in hoofdstuk 12) .
Enzymnamen eindigen doorgaans op ‘-ase’, met uitzondering van enkele enzymen, zoals pepsine, trypsine, trombine, lysozym, enzovoort, die werden ontdekt
en benoemd voordat de conventie algemeen aanvaard werd, aan het einde van de negentiende eeuw. . De naam van een enzym geeft meestal de aard
van de gekatalyseerde reactie aan. Citraatsynthase katalyseert bijvoorbeeld de synthese van citraat door een reactie tussen acetyl CoA en oxaalacetaat.
Vmax Figuur 4ÿ35 De prestatie van een enzym

hangt af van hoe snel het zijn substraat kan
verwerken. De snelheid van een enzymreactie
(V) neemt toe naarmate de substraatconcentratie
toeneemt, totdat een maximale waarde
diehlenseitcaer
½Vmax (Vmax) wordt bereikt. Op dit punt zijn alle
substraatbindingsplaatsen op de
enzymmoleculen volledig bezet en wordt de
reactiesnelheid beperkt door de snelheid van
het katalytische proces op het enzymoppervlak.
Voor de meeste enzymen is de
km substraat concentratie substraatconcentratie waarbij de
reactiesnelheid halfmaximaal (KM) is , een
directe maatstaf voor hoe strak het substraat
gebonden is, waarbij een grote waarde van KM
van het substraat zal de hoeveelheid enzym-substraatcomplex – en de snelheid waarmee
(een grote hoeveelheid substraat nodig) overeenkomt met een
het product wordt gevormd – uitsluitend afhangen van de concentratie van het substraat.
Als de concentratie toegevoegd substraat echter groot genoeg is, zullen alle
enzymmoleculen gevuld zijn met substraat. Wanneer dit gebeurt, hangt de snelheid van
productvorming af van hoe snel het substraatmolecuul de reactie kan ondergaan die het
in product zal omzetten.
Op dit punt werken de enzymen zo snel als ze kunnen, een waarde die Vmax wordt
genoemd. Voor veel enzymen die bij Vmax werken, ligt het aantal substraatmoleculen
ECB5 04.35
dat in product wordt omgezet in de buurt van 1000 per seconde, hoewel voor verschillende
enzymen omzetcijfers variërend van 1 tot 100.000 moleculen per seconde zijn gemeten.
Enzymen kunnen de snelheid van een chemische reactie met een factor miljoen of meer
versnellen.
Hetzelfde type experiment kan worden gebruikt om te meten hoe nauw een enzym
interageert met zijn substraat, een waarde die verband houdt met hoeveel substraat er VRAAG 4–5
nodig is om een enzymmonster volledig te verzadigen. Omdat het moeilijk is om te bepalen
op welk punt een enzymmonster “volledig bezet” is, bepalen biochemici in plaats daarvan Gebruik tekeningen om uit te
de concentratie substraat waarbij een enzym op de helft van zijn maximale snelheid werkt. leggen hoe een enzym (zoals
Deze waarde, de Michaelis-constante, KM, genoemd, is vernoemd naar een van de hexokinase, genoemd in de
biochemici die de relatie heeft uitgewerkt (Figuur 4-35). Over het algemeen geeft een tekst) zijn normale substraat (hier
kleine KM aan dat een substraat zeer sterk aan het enzym bindt – vanwege een groot D-glucose) kan onderscheiden van de
optische isomeer L-glucose, die
aantal niet-covalente interacties (zie figuur 4ÿ31A); een grote KM duidt daarentegen op
geen substraat is. (Hint: onthoud
een zwakke binding. We beschrijven de methoden die worden gebruikt om de prestaties dat een koolstofatoom vier
van enzymen te analyseren in How We Know, pp. 144–145.
afzonderlijke bindingen vormt die
tetraëdrisch zijn gerangschikt en
dat de optische isomeren spiegelbeelden
Lysozyme illustreert hoe een enzym werkt van elkaar zijn rond zo'n binding, teken
het substraat als een eenvoudige
We hebben besproken hoe enzymen hun substraten herkennen. Maar hoe katalyseren ze tetraëder met vier verschillende
de chemische omzetting van deze substraten in producten? hoeken en teken dan het spiegelbeeld
Om daar achter te komen, gaan we dieper in op lysozym, een enzym dat als een natuurlijk ervan. Geef met behulp van deze
antibioticum werkt in eiwit, speeksel, tranen en andere afscheidingen. tekening aan waarom slechts één
Lysozyme verbreekt de polysacharideketens die de celwanden van bacteriën vormen. optisch isomeer aan een schematische actieve plaats van
Omdat de bacteriecel onder druk staat als gevolg van intracellulaire osmotische krachten,
zorgt het doorsnijden van zelfs een klein aantal polysacharideketens ervoor dat de celwand
scheurt en de bacterie barst of lyseert – vandaar de naam van het enzym. Omdat lysozym
een relatief klein en stabiel eiwit is en gemakkelijk in grote hoeveelheden kan worden
geïsoleerd, is het intensief bestudeerd. Het was het eerste enzym waarvan de structuur
op atomair niveau werd uitgewerkt door middel van röntgenkristallografie, en het
werkingsmechanisme ervan wordt tot in detail begrepen.
De door lysozym gekatalyseerde reactie is een hydrolyse: het enzym voegt een
watermolecuul toe aan een enkele binding tussen twee aangrenzende suikergroepen in
de polysacharideketen, waardoor de binding wordt verbroken (zie figuur 2-19). Deze
reactie is energetisch gunstig omdat de vrije energie van de afgesneden polysacharideketens
lager is dan de vrije energie van de intacte keten. Het pure polysacharide kan echter
jarenlang in water blijven zitten
144
HOE WE WETEN
HET METEN VAN DE ENZYMPRESTATIES
Op het eerste gezicht lijkt het erop dat de metabolische routes de reactie bereikt zijn Vmax (Figuur 4–36B). De snelheid van
van een cel redelijk goed in kaart zijn gebracht, waarbij elke de reactie kan worden gemeten door te monitoren hoe snel het
reactie voorspelbaar naar de volgende verloopt. Dus waarom substraat wordt verbruikt of hoe snel het product zich ophoopt.
zou iemand precies moeten weten hoe stevig een bepaald In veel gevallen kan het verschijnen van het product of het
enzym zijn substraat vasthoudt en of het 100 of 1000 verdwijnen van het substraat direct worden waargenomen met
substraatmoleculen per seconde kan verwerken? een spectrofotometer. Dit instrument detecteert de aanwezigheid
In werkelijkheid geven metabolische kaarten alleen maar aan van moleculen die licht op een bepaalde golflengte absorberen;
welke paden een cel zou kunnen volgen bij het omzetten van NADH absorbeert bijvoorbeeld licht bij 340 nm, terwijl zijn
voedingsstoffen in kleine moleculen, chemische energie en de geoxideerde tegenhanger, NAD+, dat niet doet. Een reactie die
grotere bouwstenen van het leven. Net als een wegenkaart NADH genereert (door NAD+ te reduceren) kan dus worden
voorspellen ze niet de verkeersdichtheid onder een bepaalde gevolgd door de vorming van NADH bij 340 nm in een
reeks omstandigheden; dat wil zeggen, welke routes de cel zal spectrofotometer te volgen.
gebruiken als hij honger lijdt, als hij goed gevoed wordt, als Als we echter naar de grafiek in figuur 4–36B kijken, is het
zuurstof schaars is, als hij gestrest is, of als hij besluit zich te moeilijk om de exacte waarde van Vmax te bepalen, omdat het
delen. De studie van de kinetiek van een enzym – hoe snel het niet duidelijk is waar de reactiesnelheid zijn plateau zal bereiken.
werkt, hoe het omgaat met zijn substraat, hoe zijn activiteit wordt Om dit probleem te omzeilen, worden de gegevens omgezet in
gecontroleerd – stelt ons in staat te voorspellen hoe een hun omgekeerde waarden en grafisch weergegeven in een
individuele katalysator zal presteren en hoe deze zal interageren ‘dubbel-reciproque plot’, waarbij het omgekeerde van de snelheid
met andere enzymen in een netwerk. Dergelijke kennis leidt tot (1/v) op de y-as verschijnt en het omgekeerde van de
een dieper begrip van de celbiologie en opent de deur naar het substraatconcentratie (1/v). [S]) op de x -as (Figuur 4–36C).
leren hoe enzymen kunnen worden ingezet om gewenste Deze grafiek levert een rechte lijn op waarvan het y -snijpunt
reacties uit te voeren, inclusief de grootschalige productie van specifieke
(het chemicaliën.
punt waar de lijn de y- as kruist) 1/Vmax vertegenwoordigt
en waarvan het x- snijpunt overeenkomt met –1/ KM. Deze
Snelheid waarden worden vervolgens omgezet naar waarden voor Vmax en KM.
De eerste stap om te begrijpen hoe een enzym presteert, is het
bepalen van de maximale snelheid, Vmax, voor de reactie die Controle
het katalyseert. Dit wordt bereikt door in een reageerbuis te
meten hoe snel de reactie verloopt in aanwezigheid van een Substraten zijn niet de enige moleculen die invloed kunnen
vaste hoeveelheid enzym en verschillende concentraties hebben op hoe goed of hoe snel een enzym werkt. In veel
substraat (Figuur 4–36A): de snelheid zou moeten toenemen gevallen kunnen producten, substraat-lookalikes, remmers en
naarmate de hoeveelheid substraat toeneemt. stijgt tot andere kleine moleculen ook toenemen of afnemen
(A) (B) (C)
Vmax[S]
v=
/1ÿv(
KM + [S]
m
m(
oim
niµ
)/ln
/lo)m
km
uv
takaiurtrsbbres
1/v = (1/[S]) + 1/Vmax

Vmax
toenemend [S] –1/KM 1/Vmax
[S] (ÿM) 1/[S] (µM–1)
Figuur 4–36 Gemeten reactiesnelheden worden uitgezet om de Vmax en KM van een enzymgekatalyseerde reactie te bepalen. (A) Er
worden reageerbuizen met een reeks toenemende substraatconcentraties bereid, er wordt een vaste hoeveelheid enzym toegevoegd en de initiële
reactiesnelheden (snelheden) worden bepaald. (B) De beginsnelheden (v) uitgezet tegen de substraatconcentraties [S] geven een curve
beschreven door de algemene vergelijking y = ax/(b + x). Door onze kinetische termen te vervangen, wordt de vergelijking v = Vmax[S]/(KM + [S]),
waarbij Vmax de asymptoot van de curve is (de waarde van y bij een oneindige waarde van x), en KM gelijk is aan de substraatconcentratie waarbij v de helft van Vmax
Dit wordt de Michaelis-Menten-vergelijking genoemd, genoemd naar de biochemici die bewijs leverden voor deze enzymatische relatie. (C) In een
dubbel-reciproque grafiek wordt 1/v uitgezet tegen 1/[S]. De vergelijking die deze rechte lijn beschrijft is 1/v = (KM/Vmax)(1/[S]) + 1/Vmax. Wanneer 1/
[S] = 0, is het y-snijpunt (1/v) 1/Vmax. Wanneer 1/v = 0, is het x-snijpunt (1/[S]) –1/KM. Door de gegevens op deze manier in kaart te brengen,
kunnen Vmax en KM nauwkeuriger worden berekend. Volgens afspraak worden kleine letters gebruikt voor variabelen (vandaar v voor snelheid) en
hoofdletters voor constanten (vandaar Vmax).
ECB5 04.36
enzymactiviteit. Dergelijke regulatie stelt cellen in staat te bepalen Andere soorten remmers kunnen interageren met plaatsen op het
wanneer en hoe snel verschillende reacties plaatsvinden, een enzym die ver verwijderd zijn van waar het substraat bindt. Veel
proces dat we in dit hoofdstuk gedetailleerd bespreken. biosynthetische enzymen worden gereguleerd door
feedbackremming, waarbij een enzym vroeg in een route wordt
Het effect van een remmer op de activiteit van een enzym wordt op
uitgeschakeld door een product dat later in de route wordt
dezelfde manier gevolgd als waarop we de kinetiek van het enzym
gegenereerd (zie bijvoorbeeld figuur 4-43). Omdat dit type remmer
hebben gemeten. Er wordt eerst een curve gegenereerd die de
zich aan een afzonderlijke, regulerende plaats op het enzym bindt,
snelheid van de ongeremde reactie tussen enzym en substraat
kan het substraat nog steeds binden, maar dit kan langzamer
weergeeft. Vervolgens worden aanvullende curven geproduceerd
gebeuren dan wanneer er geen remmer zou zijn. Een dergelijke
voor reacties waarin het remmermolecuul in het mengsel is
opgenomen. niet-competitieve remming wordt niet overwonnen door de toevoeging
van meer substraat.
Het vergelijken van deze curven, met en zonder remmer, kan ook
onthullen hoe een bepaalde remmer de enzymactiviteit belemmert.
Sommige remmers binden zich bijvoorbeeld aan dezelfde plaats op Ontwerp
een enzym als het substraat ervan. Deze competitieve remmers
Met de kinetische gegevens in de hand kunnen we
blokkeren de enzymactiviteit door rechtstreeks met het substraat te
computermodelleringsprogramma's gebruiken om te voorspellen
concurreren om de aandacht van het enzym. Ze lijken voldoende op
hoe een enzym zal presteren, en zelfs hoe een cel zal reageren,
het substraat om het enzym vast te houden, maar ze verschillen
wanneer deze wordt blootgesteld aan verschillende omstandigheden,
voldoende qua structuur om te voorkomen dat ze in een product
zoals de toevoeging van een bepaalde suiker of aminozuur. aan het
worden omgezet. Deze blokkade kan worden verholpen door
kweekmedium, of door toevoeging van een gif of een verontreinigende
voldoende substraat toe te voegen, zodat enzymen eerder een
substraatmolecuul tegenkomen dan een remmermolecuul. Uit de stof. Als we zien hoe een cel zijn hulpbronnen beheert – welke
kinetische gegevens kunnen we zien dat competitieve remmers de routes hij verkiest bij het omgaan met bepaalde biochemische
Vmax van een reactie niet veranderen ; met andere woorden, voeg uitdagingen – kan dit ook strategieën suggereren voor het ontwerpen
voldoende substraat toe en het enzym zal voornamelijk van betere katalysatoren voor reacties van medisch of commercieel
substraatmoleculen tegenkomen en zijn maximale snelheid bereiken belang (bijvoorbeeld voor de productie van medicijnen of het
(Figuur 4–37). ontgiften van industrieel afval). Met behulp van dergelijke tactieken
zijn bacteriën zelfs genetisch gemanipuleerd om grote hoeveelheden
Competitieve remmers kunnen worden gebruikt voor de behandeling
indigo te produceren: de kleurstof, oorspronkelijk gewonnen uit
van patiënten die zijn vergiftigd door ethyleenglycol, een ingrediënt
planten, die je spijkerbroek blauw maakt. We bespreken de methoden
in in de handel verkrijgbare antivries. Hoewel ethyleenglycol zelf niet
die dergelijke genetische manipulatie mogelijk maken in detail in hoofdstuk 10.
dodelijk giftig is, kan een bijproduct van zijn metabolisme –
oxaalzuur – dodelijk zijn. Om de vorming van oxaalzuur te Het benutten van de kracht van de celbiologie voor commerciële
voorkomen, krijgt de patiënt een grote (maar niet echt bedwelmende) doeleinden – zelfs om zoiets eenvoudigs als het aminozuur
dosis ethanol. Ethanol concurreert met ethyleenglycol voor binding tryptofaan te produceren – is momenteel een miljardenindustrie. En
aan alcoholdehydrogenase, het eerste enzym op de route naar de naarmate er meer genoomgegevens binnenkomen, waardoor we
vorming van oxaalzuur. Als gevolg hiervan blijft de ethyleenglycol meer enzymen kunnen exploiteren, produceren vaten met op maat
grotendeels niet gemetaboliseerd en wordt deze veilig uit het lichaam gemaakte bacteriën steeds meer medicijnen en chemicaliën die
geëlimineerd. het biologische equivalent van puur goud vertegenwoordigen.
(A) (B) substraat

enzym
alleen
competitief substraat v substraat

remmer
+ remmer
Figuur 4–37 Een competitieve remmer blokkeert direct

[S] de substraatbinding aan een enzym. (A) De actieve plaats
van het enzym kan de competitieve remmer of het substraat
inactief actief
enzym enzym
substraat binden, maar niet beide samen. (B) De bovenste grafiek laat
+ remmer zien dat remming door een competitieve remmer kan worden
overwonnen door de substraatconcentratie te verhogen.
1/v
Uit de dubbel-reciproque grafiek hieronder blijkt dat de Vmax
producten
substraat van de reactie wordt niet veranderd in aanwezigheid van
de competitieve remmer: het y-snijpunt is identiek voor
beide curven.
1/[S]
+
+
(A) S+E ES EP E+P (B)
Figuur 4ÿ38 Lysozyme splitst een polysacharideketen. (A) Schematische weergave van het enzym lysozym (E), dat het
snijden van een polysacharidesubstraatmolecuul (S) katalyseert. Het enzym bindt zich eerst aan het polysacharide om een
enzym-substraatcomplex (ES) te vormen, en katalyseert vervolgens de splitsing van een specifieke covalente binding in de
ruggengraat van het polysacharide. Het resulterende enzym-productcomplex (EP) dissocieert snel, waardoor de producten (P)
vrijkomen en het enzym vrij blijft om op een ander substraatmolecuul in te werken. (B) Een ruimtevullend model van lysozym
gebonden aan een korte lengte polysacharideketen voorafgaand aan splitsing.
ECB5 04.38
zonder in enige waarneembare mate te worden gehydrolyseerd. Dit komt omdat er een
energiebarrière bestaat voor dergelijke reacties, de zogenaamde activeringsenergie
(besproken in hoofdstuk 3, pp. 89-90). Als een botsend watermolecuul de binding
tussen twee suikers wil verbreken, moet het polysacharidemolecuul in een bepaalde
vorm worden vervormd – de overgangstoestand – waarin de atomen rond de binding
een veranderde geometrie en elektronenverdeling hebben. Om het polysacharide op
deze manier te vervormen is een grote hoeveelheid energie nodig, en dat is waar het
enzym een rol speelt.
Zoals alle enzymen heeft lysozym een bindingsplaats op het oppervlak, een
zogenaamde actieve plaats, waar katalyse plaatsvindt. Omdat het substraat een
polymeer is, is de actieve plaats van lysozym een lange groef die tegelijkertijd zes van
de gekoppelde suikers in de polysacharideketen bevat. Zodra dit enzym-
substraatcomplex zich vormt, knipt het enzym het polysacharide door de toevoeging
van een watermolecuul aan een van zijn suiker-suikerbindingen te katalyseren. De
gescheiden ketens worden vervolgens snel vrijgegeven, waardoor het enzym wordt
bevrijd voor verdere splitsingscycli (Figuur 4) . ÿ38).
Zoals elk eiwit dat aan zijn ligand bindt, herkent het lysosoom zijn substraat door de
vorming van meerdere niet-covalente bindingen (zie figuur 4-32).
Lysozym houdt zijn polysacharidesubstraat echter op zo'n manier vast dat een van de
twee suikers die betrokken zijn bij de te verbreken binding vervormd raakt ten opzichte
van zijn normale, meest stabiele conformatie. Daardoor worden in de micro-omgeving
van de actieve plaats van het lysozym omstandigheden gecreëerd die de
activeringsenergie die nodig is om de hydrolyse te laten plaatsvinden aanzienlijk
verminderen (Figuur 4ÿ39). Omdat de activeringsenergie zo laag is, vindt de totale
chemische reactie – vanaf de aanvankelijke binding van het polysacharide tot het
uiteindelijk vrijkomen van de afgebroken ketens – vele miljoenen keren sneller plaats
in de aanwezigheid van lysozym dan wanneer er geen lysozym aanwezig zou zijn. Bij
afwezigheid van lysozym overschrijdt de energie van willekeurige moleculaire
botsingen vrijwel nooit de activeringsenergie die nodig is om de reactie te laten
plaatsvinden; de hydrolyse van dergelijke polysachariden vindt dus uiterst langzaam of helemaal niet
Andere enzymen gebruiken vergelijkbare mechanismen om de activeringsenergieën

te verlagen en de reacties die ze katalyseren te versnellen. Bij reacties waarbij twee of
meer substraten betrokken zijn, fungeert de actieve plaats als een sjabloon of schimmel
die de reactanten in de juiste oriëntatie bij elkaar brengt zodat de reactie kan
plaatsvinden (Figuur 4ÿ40A). Zoals we voor lysozym hebben gezien, kan de actieve
plaats ook nauwkeurig gepositioneerde chemische groepen bevatten die de reactie
versnellen door de verdeling van elektronen in de substraten te veranderen (Figuur 4ÿ40B).
SUBSTRAAT PRODUCTEN
Dit substraat is een oligosacharide van zes suikers, gelabeld A De eindproducten zijn een oligosacharide van vier suikers (links) en een
tot en met F. Alleen de suikers D en E worden in detail weergegeven. disaccharide (rechts), geproduceerd door hydrolyse.
R CH2OH R CH2OH
H H
abc F A BC F
O O O O O O
D O E D OO E
O O
zijketting
CH2OH R op suiker E CH2OH R

STAP 1: STAP 5:
SUBSTRAATBINDING PRODUCTUITGAVE
C C C
Glu 35 Glu 35 Glu 35
C O C O C O
O H O H O O
H H
CH2OH HOCH 2 CH2OH CH2OH
HOCH2 H HOCH2 H H
O O O O O O O O O O
O D E D O E O D O O E
C O C C
R R R
R R R
H C1 koolstof O H
O O C O
O C C O C
Asp 52 Asp 52 Asp 52
C C
STAP 2: VORMING VAN ES STAP 3: OVERGANGSSTAAT STAP 4: VORMING VAN EP
In het enzym-substraatcomplex (ES) dwingt het lysozym De Asp 52 heeft een covalente binding gevormd tussen het Het watermolecuul splitst: de –OH-groep hecht zich aan suiker D
suiker D tot een gespannen conformatie. De Glu 35 enzym en het C1-koolstofatoom van suiker D. en het resterende proton vervangt het proton dat in stap 2 door
op de actieve plaats is gepositioneerd om te dienen als een De Glu 35 polariseert vervolgens een watermolecuul (rood), Glu 35 is gedoneerd. Hierdoor is de hydrolyse voltooid
zuur dat de aangrenzende suiker-suikerbinding aanvalt door zodat de zuurstof ervan gemakkelijk het C1-koolstofatoom en keert het enzym terug naar zijn oorspronkelijke staat, waardoor
een proton (H+) te doneren aan suiker E; Asp 52 staat klaar om van suiker D kan aanvallen en Asp 52 kan verdringen. het uiteindelijke enzym-productcomplex (EP) wordt
het C1-koolstofatoom van suiker D aan te vallen. gevormd. ).
Figuur 4ÿ39 Enzymen binden zich aan substraatmoleculen en veranderen deze chemisch. Op de actieve plaats van
lysozym wordt een covalente binding in een polysacharidemolecuul gebogen en vervolgens verbroken. De bovenste rij toont het
ECB5
vrije substraat en de vrije producten. De drie 04.39panelen tonen opeenvolgende gebeurtenissen op de actieve plaats van
onderste
het enzym, waarbij een covalente suiker-suikerbinding wordt verbroken. Let op de verandering in de conformatie van suiker D in
het enzym-substraatcomplex vergeleken met het vrije substraat. Deze conformatie bevordert de vorming van de overgangstoestand
zoals weergegeven in het middelste paneel, waardoor de activeringsenergie die nodig is voor de reactie aanzienlijk wordt
verlaagd. De reactie en de structuur van het aan het product gebonden lysozym worden getoond in Film 4.8 en Film 4.9. (Gebaseerd
op DJ Vocadlo et al., Nature 412:835–838, 2001.)
Binding aan het enzym verandert ook de vorm van het substraat, waardoor bindingen
worden verbogen om het gebonden molecuul naar een bepaalde overgangstoestand
te drijven (Figuur 4ÿ40C). Ten slotte nemen veel enzymen, net als lysozym, nauw
deel aan de reactie door kortstondig een covalente binding te vormen tussen het
substraat en een aminozuurzijketen op de actieve plaats. Volgende stappen in de
reactie herstellen de zijketen in zijn oorspronkelijke staat, zodat het enzym na de
reactie onveranderd blijft en nog veel meer reacties kan katalyseren.
Veel medicijnen remmen enzymen

Veel van de medicijnen die we gebruiken om ziekten te behandelen of te voorkomen,
werken door de activiteit van een bepaald enzym te blokkeren. Cholesterolverlagende
statines remmen HMG-CoA-reductase, een enzym dat betrokken is bij de synthese
van cholesterol door de lever. Methotrexaat doodt sommige soorten kankercellen door
dihydrofolaatreductase af te sluiten, een enzym dat een verbinding produceert die nodig is
Figuur 4ÿ40 Enzymen kunnen op verschillende

manieren een reactie uitlokken. (A) Het bij elkaar +
–
houden van reagerende substraten in een nauwkeurige –
uitlijning. (B) Herschikking van de ladingsverdeling in een +

reactietussenproduct.
(C) Het veranderen van de bindingshoeken in het
substraat om de snelheid van een bepaalde reactie te verhogen.
Eén enkel enzym kan elk van deze mechanismen (A) enzym bindt aan twee (B) binding van substraat (C) enzym stamt de
in combinatie gebruiken. substraatmoleculen en aan enzymherschikkingen gebonden substraat
richt ze precies op elektronen in het substraat, molecuul, waardoor het wordt geforceerd
een reactie aanmoedigen gedeeltelijk negatief creëren richting een transitie

tussen hen voorkomen en positieve ladingen staat die een reactie
die een reactie bevorderen bevordert
voor DNA-synthese tijdens celdeling. Omdat kankercellen belangrijke intracellulaire

controlesystemen hebben verloren, zijn sommige van hen ongewoon gevoelig voor
behandelingen die de chromosoomreplicatie onderbreken, waardoor ze vatbaar worden
voor methotrexaat.
Farmaceutische bedrijven ontwikkelen vaak medicijnen door eerst geautomatiseerde

methoden te gebruiken om enorme bibliotheken van verbindingen te screenen om
chemicaliën te vinden die de activiteit van een interessant enzym kunnen remmen. Ze
kunnen vervolgens de meest veelbelovende verbindingen chemisch modificeren om ze
nog effectiever te maken, waardoor hun bindingsaffiniteit, specificiteit voor het doelenzym
en persistentie in het menselijk lichaam worden verbeterd. Zoals we in hoofdstuk 20
ECB5 04.40
bespreken, is het antikankermedicijn Gleevec® ontworpen om specifiek een enzym te
remmen waarvan het afwijkende gedrag nodig is voor de groei van een type kanker dat
chronische myeloïde leukemie wordt genoemd. Het medicijn bindt zich stevig in de
substraatbindende pocket van dat enzym, waardoor de activiteit ervan wordt geblokkeerd.
Stevig gebonden kleine moleculen voegen extra functies toe

Eiwitten
Hoewel de precieze volgorde van hun aminozuren eiwitten hun vorm en functionele
veelzijdigheid geeft, zijn aminozuren op zichzelf soms niet genoeg om een eiwit zijn
werk te laten doen. Net zoals we hulpmiddelen gebruiken om de mogelijkheden van
onze handen te verbeteren en uit te breiden, gebruiken eiwitten vaak kleine, niet-
eiwitmoleculen om functies uit te voeren die moeilijk of onmogelijk zouden zijn met
alleen aminozuren. Zo detecteert het fotoreceptoreiwit rhodopsine, het lichtgevoelige
eiwit dat wordt gemaakt door de staafcellen in het netvlies van onze ogen, licht door
middel van een klein molecuul, retinal, dat aan het eiwit is gehecht door een covalente
binding aan een lysine. zijketen (Figuur 4ÿ41A). Het netvlies verandert van vorm
wanneer het een lichtfoton absorbeert, en deze verandering wordt versterkt door
rodopsine om een cascade van reacties teweeg te brengen die er uiteindelijk toe leiden
dat een elektrisch signaal naar de hersenen wordt overgebracht.
COOH COOH
Figuur 4ÿ41 Retina en heem zijn nodig voor CH2 CH2

de functie van bepaalde eiwitten. (A) De
CH2 CH2
structuur van het netvlies, het lichtgevoelige molecuul
dat covalent gebonden is aan het rodopsine-eiwit in onze
ogen. (B) De structuur van een heemgroep, weergegeven H3C CH3 CH3 H3C CH3
met de koolstofhoudende heemring rood gekleurd N N
Fe
en het ijzeratoom in het midden in oranje. H N N
Een heemgroep is stevig, maar niet-covalent, gebonden H3C H2C C CH3
CH3
aan elk van de vier polypeptideketens in hemoglobine,
het zuurstofdragende eiwit waarvan de structuur is HC O H.C
CH3
weergegeven in Figuur 4-24.
(A) (B) CH2
Hoe eiwitten worden gecontroleerd 149
Een ander voorbeeld van een eiwit dat een niet-eiwitgedeelte bevat dat essentieel is
voor zijn functie, is hemoglobine (zie figuur 4-24). Een hemoglobinemolecuul draagt vier
niet-covalent gebonden heemgroepen , ringvormige moleculen met elk een enkel centraal
ijzeratoom (Figuur 4ÿ41B). Heme geeft hemoglobine (en bloed) zijn rode kleur. Door
zich reversibel te binden aan opgelost zuurstofgas via het ijzeratoom, zorgt heem ervoor
dat hemoglobine zuurstof in de longen opneemt en afgeeft aan weefsels die dit nodig
hebben.
Enzymen maken ook gebruik van niet-eiwitmoleculen: ze hebben vaak een klein molecuul
of metaalatoom geassocieerd met hun actieve plaats dat helpt bij hun katalytische functie.
Carboxypeptidase, een enzym dat polypeptideketens doorsnijdt, draagt een stevig
gebonden zinkion op zijn actieve plaats. Tijdens de splitsing van een peptidebinding door
carboxypeptidase vormt het zinkion een tijdelijke binding met een van de substraatatomen,
waardoor de hydrolysereactie wordt ondersteund. Bij andere enzymen dient een klein
organisch molecuul, vaak co-enzym genoemd , een soortgelijk doel. Biotine wordt
bijvoorbeeld aangetroffen in enzymen die een carboxylgroep (–COO–) van het ene
molecuul naar het andere overbrengen (zie figuur 3-38). Biotine neemt deel aan deze
reacties door een covalente binding te vormen met de –COO– groep die moet worden
overgedragen, waardoor een geactiveerde drager wordt geproduceerd (zie Tabel 3–2, p.
109). Dit kleine molecuul is beter geschikt voor deze functie dan alle aminozuren die
worden gebruikt om eiwitten te maken.
Omdat biotine niet door mensen kan worden gesynthetiseerd, moet het via de voeding
worden opgenomen; daarom wordt biotine geclassificeerd als een vitamine. Andere
vitamines zijn eveneens nodig om kleine moleculen te maken die essentiële componenten
van onze eiwitten zijn; vitamine A is bijvoorbeeld nodig in de voeding om retinal, het
lichtgevoelige deel van rodopsine, aan te maken.
HOE EIWITTEN WORDEN GECONTROLEERD
Tot nu toe hebben we onderzocht hoe eiwitten door binding aan andere moleculen hun
specifieke functies kunnen vervullen. Maar in de cel werken de meeste eiwitten en
enzymen niet continu of op volle snelheid. In plaats daarvan worden hun activiteiten op
een gecoördineerde manier gereguleerd, zodat de cel zichzelf in een optimale staat kan
houden en alleen die moleculen kan produceren die nodig zijn om onder de huidige
omstandigheden te gedijen. Door niet alleen te coördineren wanneer – en hoe krachtig –
eiwitten presteren, maar ook waar in de cel ze werken, zorgt de cel ervoor dat hij zijn
energiereserves niet uitput door moleculen op te hopen die hij niet nodig heeft, of door
zijn voorraden kritische substraten te verspillen.
We bekijken nu hoe cellen de activiteit van hun enzymen en andere eiwitten controleren.
De regulatie van eiwitactiviteit vindt op vele niveaus plaats. Op het meest fundamentele
niveau controleert de cel de hoeveelheid van elk eiwit dat hij bevat.
Dit kan worden gedaan door de expressie van het gen dat voor dat eiwit codeert te
controleren (besproken in hoofdstuk 8). Het kan ook de snelheid regelen waarmee het
eiwit wordt afgebroken (besproken in hoofdstuk 7). De cel controleert ook de
eiwitactiviteiten door de deelnemende eiwitten te beperken tot bepaalde subcellulaire
compartimenten. Sommige van deze compartimenten zijn omsloten door membranen
(zoals besproken in de hoofdstukken 11, 12, 14 en 15); andere worden gecreëerd door
de eiwitten die daar worden getrokken, zoals we binnenkort zullen bespreken. Ten slotte
kan de activiteit van een individueel eiwit snel worden aangepast op het niveau van het
eiwit zelf.
Al deze mechanismen zijn afhankelijk van het vermogen van eiwitten om te interageren
met andere moleculen, inclusief andere eiwitten. Deze interacties kunnen ervoor zorgen
dat eiwitten verschillende conformaties aannemen en daardoor hun functie veranderen,
zoals we hierna zullen zien.
A B C De katalytische activiteiten van enzymen worden vaak gereguleerd

door andere moleculen
Een levende cel bevat duizenden verschillende enzymen, waarvan er vele tegelijkertijd in
X hetzelfde kleine volume van het cytosol werkzaam zijn.
feedback Door hun katalytische werking genereren enzymen een complex web van metabolische
remmer routes, elk samengesteld uit ketens van chemische reacties waarbij het product van het
Y ene enzym het substraat wordt van het volgende. In dit doolhof van routes zijn er veel
vertakkingspunten waar verschillende enzymen strijden om hetzelfde substraat. Het
systeem is zo complex dat er uitgebreide controles nodig zijn om te regelen wanneer en
hoe snel elke reactie plaatsvindt
Z
komt voor.
Figuur 4ÿ42 Feedbackremming Een veel voorkomende vorm van controle vindt plaats wanneer een ander molecuul dan
reguleert de stroom door biosynthetische een substraat zich specifiek aan een enzym bindt op een speciale regulerende plaats,
routes. B is de eerste metaboliet in een waardoor de snelheid verandert waarmee het enzym zijn substraat in een product omzet.
route die het eindproduct Z oplevert.
Bij feedbackremming wordt bijvoorbeeld een enzym dat vroeg in een reactieroute werkt,
Z remt het eerste enzym dat specifiek is voor
zijn eigen synthese en beperkt daarmee zijn geremd door een molecuul dat later in die route wordt geproduceerd. Dus wanneer grote
ECB5 04.42
eigen concentratie in de cel. Deze vorm van hoeveelheden van het eindproduct zich beginnen te accumuleren, bindt het product zich
negatieve regulatie wordt feedbackinhibitie aan een eerder enzym en vertraagt het de katalytische werking ervan, waardoor verdere
genoemd.
toegang van substraten tot dat reactiepad wordt beperkt (Figuur 4-42) .
Waar paden zich vertakken of kruisen, zijn er gewoonlijk meerdere controlepunten door
verschillende eindproducten, die elk hun eigen synthese reguleren (Figuur 4-43).
Feedbackremming kan vrijwel onmiddellijk werken en wordt snel ongedaan gemaakt als
VRAAG 4–6 de productniveaus dalen.
Beschouw de tekening in figuur

4ÿ42. Wat zal er gebeuren als, in plaats aspartaat
van de aangegeven
feedback, A. feedbackremming
van Z alleen de stap B ÿ C beïnvloedt?
B. Feedbackremming van Z
heeft alleen invloed op de stap Y ÿ Z?
C. Z is een positieve regulator van de
stap B ÿ X?
D. Z is een positieve regulator van de aspartyl
stap B ÿ C? fosfaat
Bespreek voor elk geval hoe nuttig
deze regelgevingssystemen voor een
aspartaat
cel zouden zijn.
halfaldehyde
homoserine
Figuur 4ÿ43 Feedbackremming op
meerdere punten reguleert verbonden lysine
metabolische routes. De biosyntheseroutes
voor vier verschillende aminozuren in bacteriën
worden getoond, beginnend bij het aminozuur
aspartaat. De rode lijnen geven punten aan threonine
waarop producten terugkoppelen om
enzymen te remmen, en de lege vakjes
vertegenwoordigen tussenproducten in
elke route. In dit voorbeeld controleert elk
aminozuur het eerste enzym dat specifiek is voor
zijn eigen synthese, waardoor zijn eigen
concentratie wordt beperkt en een verspillende
opeenhoping van tussenproducten wordt
vermeden. Sommige producten remmen ook
afzonderlijk de initiële reeks reacties die bij alle
syntheses voorkomen. Drie verschillende enzymen
katalyseren de initiële reactie van aspartaat methionine isoleucine
naar aspartylfosfaat, en elk van deze enzymen wordt geremd door een ander product.
Feedbackremming is een vorm van negatieve regulatie: het verhindert dat een enzym
inwerkt. Enzymen kunnen ook onderhevig zijn aan positieve regulatie, waarbij de activiteit
van het enzym wordt gestimuleerd door een regulerend molecuul in plaats van te worden
onderdrukt. Positieve regulatie vindt plaats wanneer een product in de ene tak van het
metabolische doolhof de activiteit van een enzym in een andere route stimuleert. Maar
hoe veranderen deze regulerende moleculen de activiteit van een enzym?
Allosterische enzymen hebben twee of meer bindingsplaatsen

Beïnvloed elkaar
Feedbackremming was aanvankelijk een raadsel voor degenen die het ontdekten, deels
omdat het regulerende molecuul vaak een vorm heeft die totaal verschilt van de vorm van
het voorkeurssubstraat van het enzym. Toen deze vorm van regulering in de jaren zestig
werd ontdekt, heette het allosterie (van het Griekse allo, ‘andere’, en stere, ‘solide’ of
‘vorm’). Gezien de talrijke, specifieke, niet-covalente interacties waardoor enzymen kunnen
interageren met hun substraten binnen de actieve plaats, leek het waarschijnlijk dat deze
regulerende moleculen ergens anders op het oppervlak van het eiwit bonden. Naarmate
er meer werd geleerd over feedbackremming, realiseerden onderzoekers zich dat veel
enzymen minstens twee verschillende bindingsplaatsen moeten bevatten: een actieve
plaats die de substraten herkent en een of meer plaatsen die regulerende moleculen
herkennen. Deze sites moeten op de een of andere manier ‘communiceren’ om het
mogelijk te maken dat de katalytische gebeurtenissen op de actieve site worden beïnvloed
door de binding van het regulerende molecuul op een afzonderlijke locatie.
Het is nu bekend dat de interactie tussen plaatsen die zich in verschillende regio's van
een eiwitmolecuul bevinden, afhankelijk is van een conformationele verandering
in het eiwit. De binding van een ligand aan een van de plaatsen veroorzaakt een
verschuiving in de structuur van het eiwit van de ene gevouwen vorm naar een iets andere
gevouwen vorm, en dit verandert de vorm van een tweede bindingsplaats die ver weg kan
zijn. Veel enzymen hebben twee conformaties die qua activiteit verschillen, en die elk
kunnen worden gestabiliseerd door de binding van een ander ligand.
Tijdens feedback-inhibitie zorgt de binding van een remmer aan een regulerende plaats
op een eiwit er bijvoorbeeld voor dat het eiwit meer tijd doorbrengt in een conformatie
waarin de actieve plaats (die zich elders in het eiwit bevindt)
wordt minder geschikt voor het substraatmolecuul (Figuur 4ÿ44).
Zoals schematisch geïllustreerd in Figuur 4–45A zijn veel – zo niet de meeste –

eiwitmoleculen allosterisch: ze kunnen twee of meer enigszins verschillende conformaties
aannemen, en hun activiteit kan worden gereguleerd door een verschuiving van de ene
naar de andere. Dit geldt niet alleen voor enzymen, maar ook voor veel andere eiwitten.
De chemie die hier betrokken is, is uiterst eenvoudig van opzet. Omdat elke
eiwitconformatie enigszins verschillende contouren op het oppervlak zal hebben, zullen Figuur 4ÿ44 Feedbackremming veroorzaakt een
de bindingsplaatsen van het eiwit voor liganden dat ook zijn conformationele verandering in een enzym.
Aspartaattranscarbamoylase uit E. coli, een
groot enzym met meerdere subeenheden dat
OP UIT werd gebruikt in vroege onderzoeken naar
allosterische regulatie, katalyseert een
belangrijke reactie die de synthese van
CTP gebonden CTP
de pyrimidinering van C-, U- en T-nucleotiden
molecuul
op gang brengt (zie Paneel 2–7, pp. 78– 79).
Een van de eindproducten van deze route,
cytidinetrifosfaat (CTP), bindt zich aan het enzym
om het uit te schakelen wanneer CTP
overvloedig aanwezig is. Dit diagram toont de
regelgevend conformationele verandering die optreedt wanneer
sites
het enzym wordt uitgeschakeld door CTP-binding
aan zijn vier regulerende plaatsen, die
verschillen van de actieve plaats waar het
5 nm
actieve site substraat bindt. Figuur 4ÿ10 toont de structuur
van aspartaattranscarbamoylase, gezien vanaf
ACTIEF ENZYM INACTIEF ENZYM de bovenkant. Deze figuur toont het enzym gezien vanaf de zijkan
Figuur 4ÿ45 De binding van een regulerend INACTIEF

ligand kan het evenwicht tussen twee
eiwitconformaties veranderen.
(A) Schematisch diagram van een ADP
hypothetisch, allosterisch gereguleerd enzym
waarvoor een stijging van de concentratie van
ADP-moleculen (rode wiggen) de snelheid
verhoogt waarmee het enzym de oxidatie suiker
(zoals
van suikermoleculen katalyseert (blauwe zeshoeken). ADP positief
glucose)
(B) Als gevolg van thermische bewegingen regulatie
zal het enzym spontaan worden omgezet
tussen de open (inactieve) en gesloten
(actieve) conformaties weergegeven in
(A). Maar als ADP afwezig is, zal op elk
moment slechts een klein deel van de
ACTIEF
enzymmoleculen aanwezig zijn in de
actieve conformatie. Zoals geïllustreerd (A) (B) zonder ADP, 10% actief (C) met ADP, 100% actief
blijven de meeste in de inactieve conformatie.
(C) Omdat ADP alleen in zijn gesloten, actieve
conformatie aan het eiwit kan binden,
verandert wanneer het eiwit van vorm verandert. Elke ligand zal de conformatie
vergrendelt een toename van de ADP-concentratie
stabiliseren waaraan hij het sterkst bindt. Daarom zal een ligand, bij concentraties
bijna alle enzymmoleculen in de actieve vorm
– een voorbeeld van positieve regulatie. die hoog genoeg zijn, de neiging hebben om de populatie van eiwitten te
In cellen duiden stijgende concentraties ADP ‘omschakelen’ naar de conformatie
ECB5 04.45 die het verkiest (Figuur 4ÿ45B en C).
op een uitputting van de ATP-reserves;
verhoogde oxidatie van suikers – in Fosforylatie kan de eiwitactiviteit controleren door een
aanwezigheid van ADP – levert dus meer
energie op voor de synthese van ATP uit ADP. conformationele verandering te veroorzaken
Een andere methode die eukaryotische cellen gebruiken om de eiwitactiviteit te
reguleren, omvat het covalent binden van een fosfaatgroep aan een of meer van de
aminozuurzijketens van het eiwit. Omdat elke fosfaatgroep twee negatieve ladingen
draagt, kan de door enzym gekatalyseerde toevoeging van een fosfaatgroep een
conformationele verandering veroorzaken, bijvoorbeeld door een cluster van positief
geladen aminozuurzijketens ergens anders in hetzelfde eiwit aan te trekken. Deze
structurele verschuiving kan op zijn beurt de binding van liganden elders op het
eiwitoppervlak beïnvloeden, waardoor de activiteit van het eiwit verandert.
Verwijdering van de fosfaatgroep door een tweede enzym zal het eiwit terugbrengen
naar zijn oorspronkelijke conformatie en zijn initiële activiteit herstellen.
Omkeerbare eiwitfosforylering regelt de activiteit van vele soorten eiwitten in
eukaryotische cellen. Deze vorm van regulering wordt zo uitgebreid gebruikt dat
meer dan een derde van de ongeveer 10.000 eiwitten in een typische zoogdiercel
op een bepaald moment wordt gefosforyleerd. De toevoeging en verwijdering van
fosfaatgroepen aan specifieke eiwitten vindt vaak plaats als reactie op signalen die
een bepaalde verandering in de toestand van een cel specificeren. De ingewikkelde
reeks gebeurtenissen die plaatsvinden als een eukaryote cel zich deelt, wordt
bijvoorbeeld grotendeels op deze manier getimed (besproken in hoofdstuk 18). En
veel van de intracellulaire signaalroutes die door extracellulaire signalen worden
geactiveerd, zijn afhankelijk van een netwerk van eiwitfosforylatiegebeurtenissen
(besproken in hoofdstuk 16).
Eiwitfosforylering omvat de door enzym gekatalyseerde overdracht van de terminale
fosfaatgroep van ATP naar de hydroxylgroep op een serine-, thre-onine- of
tyrosinezijketen van het eiwit. Deze reactie wordt gekatalyseerd door een
proteïnekinase. De omgekeerde reactie – verwijdering van de fosfaatgroep of
defosforylering – wordt gekatalyseerd door een eiwitfosfatase
(Figuur 4ÿ46A). Fosforylatie kan de eiwitactiviteit stimuleren of remmen, afhankelijk
van het betrokken eiwit en de plaats van fosforylatie (Figuur 4ÿ46B). Cellen
bevatten honderden verschillende proteïnekinasen, die elk verantwoordelijk zijn voor
het fosforyleren van een ander eiwit of een reeks eiwitten. Cellen bevatten ook een
kleinere reeks verschillende eiwitfosfatasen; sommige hiervan zijn zeer specifiek en
verwijderen fosfaatgroepen van slechts één of enkele eiwitten, terwijl andere op een
breed scala aan eiwitten inwerken.
De staat van fosforylering van een eiwit op elk moment, en dus
Figuur 4ÿ46 Eiwitfosforylering is een veel voorkomend mechanisme

O_
voor het reguleren van de eiwitactiviteit. Vele duizenden eiwitten in een
typische eukaryotische cel worden gemodificeerd door de covalente OP O_
ATP -ADP
toevoeging van een of meer fosfaatgroepen. (A) De hier getoonde algemene
OH O
reactie omvat de overdracht van een fosfaatgroep van ATP naar een
aminozuurzijketen van het doeleiwit door een proteïnekinase. Verwijdering van serine
zijketting
CH2 CH2
de fosfaatgroep wordt gekatalyseerd door een tweede enzym, een EIWIT
C KINASE C
eiwitfosfatase. In dit voorbeeld wordt het fosfaat toegevoegd aan een
serinezijketen; in andere gevallen is het fosfaat in plaats daarvan gekoppeld aan de –OH-groep van een threonine- of tyrosinezijketen.
(B) Fosforylering kan de activiteit van het eiwit verhogen of verlagen, afhankelijk EIWIT
FOSFATASE
van de plaats van fosforylatie en de structuur van het eiwit.
gefosforyleerd
de activiteit ervan zal afhangen van de relatieve activiteiten van de proteïnekinasen eiwit
en fosfatasen die erop inwerken. (A) P
Fosforylering kan plaatsvinden in een continue cyclus, waarin een fosfaatgroep snel
wordt toegevoegd aan – en snel wordt verwijderd uit – een bepaalde zijketen. kinase P
Dergelijke fosforyleringscycli zorgen ervoor dat eiwitten snel van de ene toestand UIT OP
naar de andere kunnen overschakelen. Hoe sneller de cyclus ‘draait’, hoe sneller de
concentratie van een gefosforyleerd eiwit kan veranderen als reactie op een
P
plotselinge stimulus. Hoewel het draaien van de cyclus energie kost – omdat ATP bij
fosfatase
elke fosforylering wordt gehydrolyseerd – ondergaan veel enzymen in de cel deze
P
snelle, cyclische vorm van regulatie. kinase
OP UIT
Covalente modificaties bepalen ook de locatie en

Interactie van eiwitten (B) P
fosfatase
Fosforylering kan meer doen dan alleen de activiteit van een eiwit controleren; het
kan koppelingsplaatsen creëren waar andere eiwitten kunnen binden, waardoor de
assemblage van eiwitten tot grotere complexen wordt bevorderd. Wanneer
extracellulaire signalen bijvoorbeeld een klasse van celoppervlakte-
ECB5 e4,42/4,41
transmembraaneiwitten stimuleren die receptortyrosinekinasen worden genoemd ,
zorgen ze ervoor dat de receptoreiwitten zichzelf op bepaalde tyrosines fosforyleren.
De gefosforyleerde tyrosines dienen vervolgens als koppelingsplaatsen voor de
binding en activering van een reeks intracellulaire signaaleiwitten, die de boodschap
naar het celinterieur verzenden en het gedrag van de cel veranderen (zie figuur 16-29).
Fosforylering is niet de enige vorm van covalente modificatie die de functie van een
eiwit kan beïnvloeden. Veel eiwitten worden gemodificeerd door de toevoeging van
een acetylgroep aan een lysinezijketen, waaronder de histonen die in hoofdstuk 5
worden besproken. En de toevoeging van het vetzuurpalmitaat aan een
cysteïnezijketen zorgt ervoor dat een eiwit zich gaat associëren met celmembranen.
Aanhechting van ubiquitine, een polypeptide van 76 aminozuren, kan een eiwit
targeten voor afbraak, zoals we bespreken in hoofdstuk 7. Er kunnen meer dan 100
soorten covalente modificaties in de cel voorkomen, die elk hun eigen rol spelen bij
het reguleren van de eiwitfunctie . Elk van deze modificerende groepen wordt
Figuur 4ÿ47 De modificatie van een
enzymatisch toegevoegd of verwijderd, afhankelijk van de behoeften van de cel. eiwit op meerdere locaties kan
Een groot aantal eiwitten is aan meer dan één aminozuurzijketen gemodificeerd. Het het gedrag van het eiwit controleren.
Dit diagram toont enkele van de
p53-eiwit, dat een centrale rol speelt bij het controleren van hoe een cel reageert op
covalente modificaties die de activiteit en
DNA-schade en andere spanningen, kan op twintig plaatsen covalent worden afbraak van p53, een eiwit van bijna
gemodificeerd (Figuur 4-47). Omdat er een enorm aantal combinaties van deze 400 aminozuren, controleren. p53 is
twintig modificaties mogelijk zijn, kan het gedrag van het eiwit in principe op een groot een belangrijke transcriptieregulator die
aantal manieren worden veranderd. de reactie van een cel op schade reguleert
(besproken in hoofdstuk 18). Niet al
deze wijzigingen zullen tegelijkertijd
ENKELE BEKENDE WIJZIGINGEN VAN EIWIT p53
acetyl groepen aanwezig zijn. Kleuren langs het
P
lichaam van het eiwit vertegenwoordigen
P P PP P
Ac Ac U
P
verschillende eiwitdomeinen, waaronder
een domein dat zich aan DNA bindt
H2N COOH
(groen) en een domein dat gentranscriptie
activeert (roze). Alle getoonde modificaties
P PP PP 50 aminozuren P U Ac
Ac bevinden zich binnen relatief
fosfaat groepen
ongestructureerde gebieden van de polypeptideketen.
ubiquitine
De set covalente modificaties die een eiwit op enig moment bevat, vormt een belangrijke
vorm van regulatie. De aanhechting of verwijdering van deze modificerende groepen
kan de activiteit of stabiliteit van een eiwit, zijn bindingspartners of zijn locatie in de cel
veranderen. Covalente modificaties stellen de cel dus in staat optimaal gebruik te maken
van de eiwitten die zij produceert, en zorgen ervoor dat de cel snel kan reageren op
veranderingen in zijn omgeving.
Regulerende GTP-bindende eiwitten worden in- en uitgeschakeld door

de winst en het verlies van een fosfaatgroep
Eukaryotische cellen hebben een tweede manier om de eiwitactiviteit te reguleren door
fosfaattoevoeging en -verwijdering. In dit geval wordt het fosfaat echter niet enzymatisch
van ATP naar het eiwit overgedragen. In plaats daarvan maakt het fosfaat deel uit van
een guaninenucleotide – guanosinetrifosfaat (GTP) – dat verschillende soorten GTP-
bindende eiwitten stevig bindt. Deze eiwitten fungeren als moleculaire schakelaars:
ze bevinden zich in hun actieve conformatie wanneer GTP wordt gebonden, maar ze
kunnen dit GTP hydrolyseren tot GDP, waardoor een fosfaat vrijkomt en het eiwit in
een inactieve conformatie wordt omgezet (film 4.10) . Net als bij eiwitfosforylering is dit
proces omkeerbaar: de actieve conformatie wordt herwonnen door dissociatie van het
GDP, gevolgd door de binding van een nieuw GTP-molecuul (Figuur 4-48).
Honderden GTP-bindende eiwitten functioneren als moleculaire schakelaars in cellen.

De dissociatie van het GDP en de vervanging ervan door GTP, waardoor de schakelaar
wordt ingeschakeld, wordt vaak gestimuleerd als reactie op celsignalen. De op deze
manier geactiveerde GTP-bindende eiwitten binden zich op hun beurt aan andere
eiwitten om hun activiteiten te reguleren. De cruciale rol die GTP-bindende eiwitten
spelen in intracellulaire signaalroutes wordt in detail besproken in Hoofdstuk 16.
VRAAG 4–7
Zowel eiwitfosforylering als de binding ATP-hydrolyse zorgt ervoor dat motoreiwitten kunnen worden geproduceerd
van een nucleotide (zoals ATP of GTP) Gerichte bewegingen in cellen
kan worden gebruikt om de activiteit van
We hebben gezien hoe conformationele veranderingen in eiwitten een centrale rol
een eiwit te reguleren. Wat zijn
spelen bij de enzymregulatie en celsignalering. Maar conformationele veranderingen
volgens u de voordelen van elke vorm
van regulering? spelen ook een andere belangrijke rol in de werking van de eukaryote cel: ze stellen
bepaalde gespecialiseerde eiwitten in staat gerichte bewegingen van cellen en hun
componenten aan te sturen. Deze motoreiwitten genereren de krachten die
verantwoordelijk zijn voor spiercontractie en de meeste andere eukaryotische
celbewegingen. Ze voeden ook de intracellulaire bewegingen van organellen en
macromoleculen. Ze helpen bijvoorbeeld chromosomen naar tegenovergestelde
uiteinden van de cel te verplaatsen tijdens mitose (besproken in hoofdstuk 18), en ze
verplaatsen organellen langs cytoskeletbanen (besproken in hoofdstuk 17).
Figuur 4ÿ48 Veel verschillende GTP-bindende

GTP-bindend eiwit
eiwitten functioneren als moleculaire schakelaars. P
Een GTP-bindend eiwit vereist de

aanwezigheid van een stevig gebonden GTP-
GTP
molecuul om actief te zijn. Het actieve eiwit OP UIT
HYDROLYSE
kan zichzelf afsluiten door het gebonden ACTIEF GTP BBP
INACTIEF
GTP te hydrolyseren tot GDP en
anorganisch fosfaat (Pi), dat het eiwit omzet in
een inactieve conformatie. Om het eiwit te
GTP BBP
reactiveren moet het stevig gebonden GDP VERBINDEND DISSOCIATIE
SNEL LANGZAAM
dissociëren. Zoals uitgelegd in Hoofdstuk 16 is
deze dissociatie een langzame stap die sterk kan
worden versneld door belangrijke regulerende
eiwitten, de zogenaamde guanine GTP
BBP
nucleotide exchange factoren (GEFs).
Zoals aangegeven wordt het GDP, zodra
UIT
het dissocieert, snel vervangen door een
GTP-molecuul, waardoor het eiwit terugkeert naar zijn actieve conformatie. INACTIEF
Figuur 4ÿ49 Door veranderingen in de conformatie kan een

A
eiwit langs een filament van het cytoskelet ‘lopen’. Dit eiwit circuleert
tussen drie verschillende conformaties (A, B en C) terwijl het langs
het filament beweegt. Maar zonder energietoevoer om zijn beweging in
één richting te sturen, kan het eiwit alleen maar willekeurig heen en weer
dwalen en uiteindelijk nergens terechtkomen. B
Maar hoe kunnen de vormveranderingen die eiwitten ervaren, worden gebruikt om

zulke ordelijke bewegingen te genereren? Een eiwit dat nodig is om langs een
C
cytoskeletvezel te lopen, kan bijvoorbeeld bewegen door een reeks conformationele
veranderingen te ondergaan. Omdat er echter niets is dat deze veranderingen in de
ene of de andere richting kan sturen, zullen de vormveranderingen omkeerbaar zijn
en zal het eiwit willekeurig heen en weer dwalen (Figuur 4-49).
B
Om het eiwit te dwingen in één richting te bewegen, moeten de conformationele
veranderingen in één richting plaatsvinden. Om een dergelijke directionaliteit te
bereiken, moet een van de stappen onomkeerbaar worden gemaakt. Voor de meeste
C
eiwitten die over lange afstanden in één richting kunnen bewegen, wordt deze
onomkeerbaarheid bereikt door een van de conformationele veranderingen te
koppelen aan de hydrolyse van een ATP-molecuul dat stevig aan het eiwit is
gebonden. Daarom worden motoreiwitten ook ATPasen. Er komt veel vrije energie A
vrij wanneer ATP wordt gehydrolyseerd, waardoor het zeer onwaarschijnlijk is dat het
eiwit een omgekeerde vormverandering zal ondergaan, zoals nodig is om achteruit te
gaan. (Een dergelijke omkering zou vereisen dat de hydrolyse van ATP wordt
teruggedraaid, door een fosfaatmolecuul aan ADP toe te voegen om ATP te vormen.) C
Als gevolg daarvan beweegt het eiwit gestaag vooruit (Figuur 4-50).
Veel verschillende motoreiwitten genereren directionele beweging door de hydrolyse

van een stevig gebonden ATP-molecuul te gebruiken om een geordende reeks B
conformationele veranderingen aan te sturen. Deze bewegingen kunnen snel zijn: het
spiermotoreiwit myosine loopt langs actinefilamenten met een snelheid van ongeveer
6 ÿm/sec tijdens spiercontractie (besproken in hoofdstuk 17).
C
Eiwitten vormen vaak grote complexen die functioneren als

Machines
Naarmate eiwitten evolueren van klein, met een enkel domein, naar groter met B
meerdere domeinen, worden de functies die ze kunnen uitvoeren uitgebreider. De

meest complexe taken worden uitgevoerd door grote eiwitassemblages gevormd uit
vele eiwitmoleculen. Nu het mogelijk is om biologische processen in celvrije systemen
in een reageerbuis te reconstrueren, is het duidelijk dat elk centraal proces in een cel
– inclusief DNA-replicatie, gentranscriptie, eiwitsynthese, het ontluiken van blaasjes
en transmembraansignalering – gekatalyseerd door een sterk gecoördineerde,
gekoppelde set van vele eiwitten. Bij de meeste van dergelijke eiwitmachines zorgt
de hydrolyse van gebonden nucleosidetrifosfaten (ATP of GTP) voor een geordende
reeks conformationele veranderingen in sommige van de individuele eiwitsubeenheden,
waardoor
A
A
P ECB5 04.49
P
A P
P A
P B C
P P
ATP ATP-HYDROLYSE
VERBINDEND CREËERT EEN A richting van
PP
beweging
ONOMKEERBARE STAP
UITGAVE VAN
ADP EN Pi
Figuur 4ÿ50 Een schematisch model van hoe een motoreiwit ATP-hydrolyse gebruikt om in één richting langs een
cytoskeletfilament te bewegen. Een ordelijke overgang tussen drie conformaties wordt aangedreven door de hydrolyse van een gebonden
ATP-molecuul en de afgifte van de producten, ADP en anorganisch fosfaat (Pi). Omdat deze transities gekoppeld zijn aan de hydrolyse
van ATP, is de hele cyclus in wezen onomkeerbaar. Door herhaalde cycli beweegt het eiwit continu naar rechts langs het filament.
Figuur 4ÿ51 ‘Eiwitmachines’ kunnen

complexe functies uitvoeren. Deze
machines zijn gemaakt van individuele
eiwitten die samenwerken om een specifieke
taak uit te voeren (film 4.11). De beweging van
eiwitten wordt vaak gecoördineerd en
unidirectioneel gemaakt door de hydrolyse ATP
van een gebonden nucleotide zoals ATP. ADP P+
Conformationele veranderingen van dit type
zijn vooral nuttig voor de cel als ze
plaatsvinden in een grote eiwitassemblage
waarin de activiteiten van verschillende ADP P ATP
eiwitmoleculen kunnen worden
gecoördineerd door de bewegingen binnen het complex, zoals hier schematisch geïllustreerd.
PADP _ ATP
ADP P + ATP
het geheel van eiwitten dat gecoördineerd beweegt (Figuur 4ÿ51). In deze machine-
achtige complexen kunnen de juiste enzymen worden gepositioneerd om opeenvolgende
reacties in een reeks uit te voeren, zoals bijvoorbeeld tijdens de synthese van eiwitten
op een ribosoom (besproken in hoofdstuk 7). En tijdens de celdeling beweegt een grote
eiwitmachine zich snel langs het DNA om de dubbele DNA-helix te repliceren (besproken
in hoofdstuk 6 en getoond in film 6.3).
VRAAG 4–8 en film 6.4).
Leg uit waarom de hypothetische Er is een groot aantal verschillende eiwitmachines ontwikkeld om veel kritische biologische
enzymen in figuur 4-51 een groot taken uit te voeren. Cellen maken op grote schaal gebruik van eiwitmachines om dezelfde
voordeel hebben bij het openen van reden dat mensen mechanische en elektronische machines hebben uitgevonden: voor
de kluis als ze samenwerken in vrijwel elke taak zijn manipulaties die ruimtelijk en in de tijd worden gecoördineerd door
een eiwitcomplex, in plaats van gekoppelde processen veel efficiënter dan het opeenvolgend gebruik van individuele
individueel op een niet-gekoppelde,
gereedschappen.
sequentiële manier te werken.
Veel op elkaar inwerkende eiwitten worden samengebracht door

Steigers
We hebben gezien dat eiwitten afhankelijk zijn van interacties met andere moleculen om
hun biologische functies uit te voeren. Enzymen binden substraten en regulerende
liganden, waarvan er vele worden gegenereerd door andere enzymen in dezelfde
reactieroute. Receptoreiwitten in het plasmamembraan kunnen, wanneer ze worden
geactiveerd door extracellulaire liganden, een reeks intracellulaire signaaleiwitten
rekruteren die met elkaar interageren en elkaar activeren, waardoor het signaal naar het
binnenste van de cel wordt verspreid. Bovendien vormen de eiwitten die betrokken zijn bij
DNA-replicatie, gentranscriptie, DNA-reparatie en eiwitsynthese eiwitmachines die deze
complexe en cruciale taken met grote efficiëntie uitvoeren.
ECB5 04.51
Maar hoe vinden eiwitten de juiste partners – en de plaatsen waar ze nodig zijn – binnen
de drukke omstandigheden in de cel (zie figuur 3-22)? Veel eiwitcomplexen worden bij
elkaar gebracht door scaffold-eiwitten, grote moleculen die bindingsplaatsen bevatten
die door meerdere eiwitten worden herkend. Door een specifieke reeks op elkaar
inwerkende eiwitten te binden, kan een scaffold de snelheid van een bepaalde chemische
reactie of celproces aanzienlijk verhogen, terwijl deze chemie ook wordt beperkt tot een
bepaald gebied van de cel, bijvoorbeeld door signaaleiwitten naar het plasmamembraan
te trekken. .
Hoewel sommige steigers stijf zijn, zijn de meest voorkomende steigers in cellen zeer
elastisch. Omdat ze lange, ongestructureerde gebieden bevatten waardoor ze kunnen
buigen en zwaaien, dienen deze steigers als flexibele banden die de botsingen tussen de
eiwitten die aan elkaar gebonden zijn aanzienlijk versterken.
Figuur 4ÿ52 Steigereiwitten kunnen

ongestructureerd steiger eiwit interacterende eiwitten in de cel
regio
concentreren. In dit hypothetische voorbeeld is
elk van een reeks interacterende eiwitten
snel
botsingen gebonden aan een specifiek gestructureerd
+ domein binnen een lang, anders ongestructureerd
scaffold-eiwit. De ongestructureerde gebieden
interactief eiwit van het schavot fungeren als flexibele
gestructureerd eiwitten complex verbindingen en verhogen de snelheid van de
domein
steiger klaar vorming van het functionele complex door de
voor hergebruik
snelle, willekeurige botsing van de aan het schavot gebonden eiw
aan hen (Figuur 4ÿ52). Sommige andere steigers zijn geen eiwitten maar lange RNA-
moleculen. We komen deze RNA-scaffolds tegen als we de RNA-synthese en -verwerking
bespreken in hoofdstuk 7.
Met steigers kunnen eiwitten alleen worden geassembleerd en geactiveerd wanneer en

waar ze nodig zijn. Zenuwcellen gebruiken bijvoorbeeld grote, flexibele steigereiwitten –
sommige met een lengte van meer dan 1000 aminozuren – om de gespecialiseerde eiwitten
te organiseren die betrokken zijn bij het verzenden en ontvangen van de signalen die
informatie van de ene zenuwcel naar de andere overbrengen. Deze eiwitten clusteren zich
onder de plasmamembranen van communicerende zenuwcellen (zie figuur 4–54), waardoor
ECB5 04.52
ze de juiste berichten kunnen verzenden en erop kunnen reageren wanneer ze daartoe
worden gestimuleerd.
Zwakke interacties tussen macromoleculen kunnen dat wel zijn

Produceer grote biochemische subcompartimenten in cellen
De aggregaten die worden gevormd door sets eiwitten, RNA's en eiwitmachines kunnen
behoorlijk groot worden en verschillende biochemische compartimenten in de cel
produceren. De grootste hiervan is de nucleolus – het nucleaire compartiment waarin
ribosomale RNA’s worden getranscribeerd en ribosomale subeenheden worden
samengesteld. Deze celstructuur, die wordt gevormd wanneer de chromosomen die de
ribosomale genen dragen tijdens de interfase samenkomen (zie figuur 5-17), is groot
genoeg om met een lichtmicroscoop te zien.
Kleinere, voorbijgaande structuren verzamelen zich indien nodig in de kern en vormen
‘fabrieken’ die DNA-replicatie, DNA-reparatie of mRNA-productie uitvoeren (zie figuur 7–
24). Bovendien worden specifieke mRNA's vastgelegd in cytoplasmatische korrels die
helpen het gebruik ervan bij de eiwitsynthese te controleren.
De algemene term die wordt gebruikt om dergelijke assemblages te beschrijven, waarvan

er vele zowel eiwitten als RNA bevatten, is een intracellulair condensaat. Sommige van
deze condensaten, waaronder de nucleolus, kunnen de vorm aannemen van bolvormige,
vloeibare druppeltjes waarvan je kunt zien dat ze uiteenvallen en samensmelten (Figuur 4–53).
Hoewel deze condensaten lijken op het soort fasegescheiden compartimenten dat ontstaat
wanneer olie en water zich vermengen, is hun interne samenstelling complex en
gestructureerd. Sommige zijn gebaseerd op amyloïdestructuren, omkeerbare assemblages
van gestapelde ÿ- vellen die samenkomen om een
individuele nucleoli gefuseerde nucleoli
0 min 15 minuten 31 minuten 58 minuten

10 µm
Figuur 4ÿ53 In de lichtmicroscoop kun je zien dat bolvormige, vloeistofdruppelachtige nucleoli samensmelten. In deze experimenten zijn de
nucleoli aanwezig in een kern die is ontleed uit Xenopus-oöcyten en onder olie op een microscoopglaasje is geplaatst. Hier zie je drie nucleoli
samensmelten tot één grotere nucleolus (film 4.12). Een zeer vergelijkbaar proces vindt plaats na elke delingsronde, waarbij kleine nucleoli aanvankelijk op
meerdere chromosomen worden gevormd, maar vervolgens samensmelten tot één enkele grote nucleolus. (Van CP Brangwynne,
TJ Mitchison en AA Hyman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108:4334–4339, 2011.)
ECB5 04.53
eiwit steigers amyloïde Product
(B) (C) (D)

2 µm 1 µm 1 µm
(A) RNA-steigers
Figuur 4ÿ54 Intracellulaire condensaten “hydrogel” die andere moleculen in het condensaat trekt (Figuur 4ÿ54).
kunnen biochemische subcompartimenten in Amyloïdevormende eiwitten spelen dus een functionele rol in cellen. Maar bij een
cellen vormen. Deze grote aggregaten worden
handvol van deze amyloïdvormende eiwitten kan mutatie of verstoring leiden tot
gevormd als gevolg van meerdere zwakke
neurologische aandoeningen, en zo werden sommige ervan aanvankelijk ontdekt.
bindingsinteracties tussen scaffolds en andere macromoleculen.
Wanneer deze macromolecuul-macromolecuul-
interacties voldoende sterk worden, vindt er
een ‘fasescheiding’ plaats. Hierdoor ontstaan twee
verschillende waterige compartimenten, in één HOE EIWITTEN
ECB5 04.54
WORDEN BESTUDEERD
waarvan de op elkaar inwerkende moleculen dicht
geaggregeerd zijn. Dergelijke intracellulaire
Om te begrijpen hoe een bepaald eiwit functioneert, zijn gedetailleerde structurele en
condensaten concentreren een selecte reeks biochemische analyses nodig, die beide grote hoeveelheden puur eiwit vereisen. Maar
macromoleculen, waardoor gebieden met een het isoleren van één type eiwit uit de duizenden andere eiwitten die in een cel
speciale biochemie ontstaan zonder het aanwezig zijn, is een enorme opgave. Jarenlang moesten eiwitten rechtstreeks uit de
gebruik van een inkapselingsmembraan.
bron worden gezuiverd: de weefsels waarin ze het meest voorkomen. Deze aanpak
(A) Schematische illustratie van een
fasegescheiden intracellulair condensaat. Deze
was lastig en bracht bijvoorbeeld vroege ochtendritten naar het slachthuis met zich
condensaten kunnen een fabriek creëren mee. Belangrijker nog is dat de complexiteit van intacte weefsels en organen een
die de vorming van een specifiek type product groot nadeel is bij het zuiveren van bepaalde moleculen, omdat doorgaans een lange
katalyseert, of ze kunnen dienen om belangrijke reeks chromatografische stappen vereist is. Deze procedures duren niet alleen
entiteiten, zoals specifieke mRNA-moleculen, op
weken, maar leveren ook slechts een paar milligram puur eiwit op.
te slaan voor later gebruik. Zoals getoond helpen
reversibele amyloïdestructuren vaak bij
het creëren van deze aggregaten. Deze ÿ- Tegenwoordig worden eiwitten vaker geïsoleerd uit cellen die in een laboratorium
sheetstructuren vormen zich tussen gebieden met
worden gekweekt (zie bijvoorbeeld Figuur 1ÿ39). Vaak zijn deze cellen ‘misleid’ om
een ongestructureerde aminozuursequentie binnen de grotere eiwitscaffolds.
(B – D) Drie voorbeelden die illustreren hoe grote hoeveelheden van een bepaald eiwit te maken met behulp van de genetische
intracellulaire condensaten (gekleurde gebieden) manipulatietechnieken die in hoofdstuk 10 zijn besproken. Dergelijke gemanipuleerde
door cellen worden gebruikt. (B) Binnen de cellen maken het vaak mogelijk om in slechts een paar dagen grote hoeveelheden
interfasekern is de nucleolus een grote fabriek die puur eiwit te verkrijgen.
ribosomen produceert. Bovendien concentreren veel
verspreide RNA-productiefabrieken de In deze sectie schetsen we hoe eiwitten worden geëxtraheerd en gezuiverd uit
eiwitmachines die het genoom transcriberen. gekweekte cellen en andere bronnen. We beschrijven hoe deze eiwitten worden
(C) In het cytoplasma vormt een matrix het
centrosoom dat de assemblage van microtubuli
geanalyseerd om hun aminozuursequentie en hun driedimensionale structuur te
vormt. (D) In een plek onder het plasmamembraan
bepalen. Ten slotte bespreken we hoe de technische vooruitgang het mogelijk maakt
bij de synaps waar communicerende dat eiwitten worden geanalyseerd, gecatalogiseerd, gemanipuleerd en zelfs helemaal
zenuwcellen elkaar raken, produceren meerdere opnieuw ontworpen.
op elkaar inwerkende scaffolds grote
eiwitassemblages; deze creëren een lokale Eiwitten kunnen worden gezuiverd uit cellen of weefsels
biochemie die geheugenvorming en opslag in het
zenuwcelnetwerk mogelijk maakt. (B, met Of je nu begint met een stukje lever of een vat met bacteriën, gisten of dierlijke cellen
dank aan EG Jordan en J. McGovern; C, van die zijn ontworpen om een interessant eiwit te produceren, de eerste stap in elke
M. McGill, DP Highfield, TM Monahan, zuiveringsprocedure is het openbreken van de cellen om hun inhoud vrij te geven. De
en BR Brinkley, J. Ultrastruct. Res.
resulterende slurry wordt een celhomogenaat genoemd
57:43–53, 1976. Met toestemming van Elsevier;
D, met dank aan Carlo Raine.)
of uittreksel. Deze fysieke verstoring wordt gevolgd door een initiële
fractioneringsprocedure om de klasse van moleculen van belang te scheiden,
bijvoorbeeld alle oplosbare eiwitten in de cel (Panel 4-3, pp. 164-165).
Met deze verzameling eiwitten in de hand is het de taak om het gewenste eiwit te
isoleren. De standaardbenadering omvat het zuiveren van het eiwit via een reeks
chromatografische stappen, waarbij verschillende materialen worden gebruikt om
de afzonderlijke componenten van een complex mengsel te scheiden in
Hoe eiwitten worden bestudeerd 159
porties of fracties, gebaseerd op de eigenschappen van het eiwit, zoals grootte, vorm of proteïne X covalent
gebonden aan
elektrische lading. Na elke scheidingsstap worden de resulterende fracties onderzocht kolommatrix
om te bepalen welke het gewenste eiwit bevatten. Deze fracties worden vervolgens matrix van
samengevoegd en onderworpen aan aanvullende chromatografiestappen totdat het affiniteit
kolom
gewenste eiwit in zuivere vorm wordt verkregen.
De meest efficiënte vormen van eiwitchromatografie scheiden polypeptiden op basis van

hun vermogen om aan een bepaald molecuul te binden – een proces dat MENGSEL VAN
affiniteitschromatografie wordt genoemd (Panel 4-4, p. 166). Als er bijvoorbeeld grote EIWITTEN
TOEGEPAST
hoeveelheden antilichamen beschikbaar zijn die het eiwit herkennen, kunnen deze aan de NAAR KOLOM
matrix van een chromatografiekolom worden bevestigd en worden gebruikt om het eiwit uit
een mengsel te helpen extraheren (zie Paneel 4-2, pp. 140-141).
Affiniteitschromatografie kan ook worden gebruikt om eiwitten te isoleren die fysiek

interageren met een eiwit dat wordt bestudeerd. In dit geval wordt het gezuiverde eiwit van
belang stevig aan de kolommatrix gehecht; de eiwitten die eraan binden blijven in de kolom
en kunnen vervolgens worden verwijderd door de samenstelling van de wasoplossing te
veranderen (Figuur 4ÿ55).
eiwitten die
Eiwitten kunnen ook worden gescheiden door elektroforese. Bij deze techniek wordt een binden aan proteïne X
zich aan de kolom houden
mengsel van eiwitten op een polymeergel geladen en onderworpen aan een elektrisch de meeste eiwitten passeren
veld; de polypeptiden zullen vervolgens met verschillende snelheden door de gel migreren, ELUTIE MET door de kolom
HOOG ZOUT
afhankelijk van hun grootte en netto lading (Panel 4-5, p. 167). Als er te veel eiwitten in het
OF EEN VERANDERING
monster aanwezig zijn, of als de eiwitten qua migratiesnelheid erg op elkaar lijken, kunnen IN pH
ze verder worden opgelost met behulp van tweedimensionale gelelektroforese (zie paneel
4-5). Deze elektroforetische benaderingen leveren een aantal banden of vlekken op die
kunnen worden gevisualiseerd door kleuring; elke band of vlek bevat een ander eiwit.
Chromatografie en elektroforese – beide meer dan zeventig jaar geleden ontwikkeld maar gezuiverde X-bindende eiwitten
sindsdien sterk verbeterd – blijven een belangrijke rol spelen bij het verkrijgen van inzicht
in hoe eiwitten eruit zien en hoe ze zich gedragen. Deze en andere historische doorbraken
worden beschreven in Tabel 4-2. Figuur 4ÿ55 Affiniteitschromatografie kan worden
gebruikt om de bindingspartners van een interessant
eiwit te isoleren. Het gezuiverde eiwit van belang
Zodra een eiwit in zuivere vorm is verkregen, kan het worden gebruikt in biochemische (eiwit X) wordt covalent gebonden aan de matrix van
tests om de details van zijn activiteit te bestuderen. Het kan ook worden onderworpen aan een chromatografiekolom.
Een extract dat een mengsel van eiwitten bevat, wordt
technieken die de aminozuursequentie en uiteindelijk de precieze driedimensionale vervolgens op de kolom geladen. De eiwitten die
structuur onthullen.
zich in de cel met
ECB5proteïne
04.55 X associëren, zullen er
gewoonlijk op de kolom aan binden.
Het bepalen van de structuur van een eiwit begint met Eiwitten die niet aan de kolom zijn gebonden, gaan er
dwars doorheen, en de eiwitten die stevig aan
Bepaling van de aminozuursequentie
proteïne X zijn gebonden, kunnen vervolgens worden
De taak om de primaire structuur van een eiwit – de aminozuursequentie – te bepalen, kan vrijgegeven door de pH of ionische samenstelling van
de wasoplossing te veranderen.
op verschillende manieren worden uitgevoerd. Jarenlang werd de sequentie van een eiwit
bepaald door de aminozuren in het gezuiverde eiwit direct te analyseren. Eerst werd het
eiwit met behulp van een selectief protease in kleinere stukjes afgebroken; het enzym
trypsine splitst bijvoorbeeld polypeptideketens aan de carboxylzijde van een lysine of een
arginine.
Vervolgens werd de identiteit van de aminozuren in elk fragment chemisch bepaald. Het
eerste eiwit waarvan de sequentie op deze manier werd bepaald, was het hormoon insuline
in 1955.
Een veel snellere manier om de aminozuursequentie te bepalen van eiwitten die zijn
geïsoleerd uit organismen waarvan de volledige genoomsequentie bekend is, is een
methode die massaspectrometrie wordt genoemd. Deze techniek bepaalt de exacte
massa van elk peptidefragment in een gezuiverd eiwit, waardoor het eiwit vervolgens kan
worden geïdentificeerd uit een database die een lijst bevat van elk eiwit waarvan wordt
aangenomen dat het wordt gecodeerd door het genoom van het relevante organisme.
Dergelijke lijsten worden berekend door de genoomsequentie van het organisme te nemen
en de genetische code toe te passen (besproken in hoofdstuk 7).
Om massaspectrometrie uit te voeren, worden de peptiden die zijn afgeleid van de

spijsvertering met trypsine met een laser gestraald. Deze behandeling verwarmt de
peptiden, waardoor ze elektrisch geladen (geïoniseerd) worden en in de luchtwegen worden uitgestoten.
TABEL 4–2 HISTORISCHE oriëntatiepunten in ons begrip van proteïnen
1838 De naam ‘eiwit’ (van het Griekse proteios, ‘primair’) werd door Berzelius voorgesteld voor de complexe stikstofrijke substantie die wordt aangetroffen in
de cellen van alle dieren en planten.
1819–1904 De meeste van de twintig veel voorkomende aminozuren in eiwitten zijn ontdekt
1864 Hoppe-Seyler kristalliseerde het eiwit hemoglobine en noemde het
1894 Fischer stelde een lock-and-key-analogie voor voor enzym-substraatinteracties
1897 Buchner en Buchner toonden aan dat celvrije extracten van gist sucrose kunnen afbreken tot koolstofdioxide en ethanol, en leggen daarmee de basis
voor de enzymologie.
1926 Sumner kristalliseerde urease in zuivere vorm, wat aantoonde dat eiwitten de katalytische activiteit van enzymen zouden kunnen bezitten;
Svedberg ontwikkelde de eerste analytische ultracentrifuge en gebruikte deze om het juiste molecuulgewicht van hemoglobine te schatten
1933 Tiselius introduceerde elektroforese voor het scheiden van eiwitten in oplossing
1934 Bernal en Crowfoot presenteerden de eerste gedetailleerde röntgendiffractiepatronen van een eiwit, verkregen uit kristallen van het enzym pepsine
1942 Martin en Synge ontwikkelden chromatografie, een techniek die nu veel wordt gebruikt om eiwitten te scheiden
1951 Pauling en Corey stelden de structuur voor van een spiraalvormige conformatie van een keten van aminozuren – de ÿ-helix – en de structuur van het ÿ-
blad, die beide later in veel eiwitten werden aangetroffen.
1955 Sanger bepaalde de volgorde van aminozuren in insuline, het eerste eiwit waarvan de aminozuursequentie werd bepaald
1956 Ingram produceerde de eerste eiwitvingerafdrukken, waaruit blijkt dat het verschil tussen sikkelcelhemoglobine en normaal hemoglobine te wijten is
aan een verandering in een enkel aminozuur (film 4.13)
1960 Kendrew beschreef de eerste gedetailleerde driedimensionale structuur van een eiwit (potvismyoglobine) met een resolutie van 0,2 nm, en
Perutz stelde een structuur met een lagere resolutie voor hemoglobine voor.
1963 Monod, Jacob en Changeux erkenden dat veel enzymen worden gereguleerd door allosterische veranderingen in hun conformatie
1966 Phillips beschreef de driedimensionale structuur van lysozym door röntgenkristallografie, het eerste enzym dat in atomair detail werd geanalyseerd
1973 Nomura reconstitueerde een functioneel bacterieel ribosoom uit gezuiverde componenten
1975 Henderson en Unwin bepaalden de eerste driedimensionale structuur van een transmembraaneiwit (bacteriorhodopsine), met behulp
van een computergebaseerde reconstructie op basis van elektronenmicrofoto's
1976 Neher en Sakmann ontwikkelden patch-clamp-opname om de activiteit van eiwitten met één ionkanaal te meten
1984 Wüthrich gebruikte nucleaire magnetische resonantie (NMR) spectroscopie om de driedimensionale structuur van een oplosbaar sperma-eiwit op te lossen
1988 Tanaka en Fenn ontwikkelden afzonderlijk methoden voor het gebruik van massaspectrometrie om eiwitten en andere biologische
macromoleculen te analyseren
1996–2013 Mann, Aebersold, Yates en anderen verfijnen methoden voor het gebruik van massaspectrometrie om eiwitten in complexe mengsels te identificeren,
waarbij gebruik wordt gemaakt van de beschikbaarheid van volledige genoomsequenties
1975–2013 Frank, Dubochet, Henderson en anderen ontwikkelen computergebaseerde methoden voor cryo-elektronenmicroscopie met één deeltje (cryo-
EM), waardoor de structuur van grote eiwitcomplexen met atomaire resolutie kan worden bepaald
vorm van een gas. Versneld door een krachtig elektrisch veld vliegen de peptide-
ionen vervolgens naar een detector; de tijd die ze nodig hebben om aan te komen,
houdt verband met hun massa en hun lading. (Hoe groter het peptide is, hoe
langzamer het beweegt; hoe hoger geladen het is, hoe sneller het beweegt.) De
reeks zeer exacte massa's van de eiwitfragmenten geproduceerd door
trypsinesplitsing dient dan als een ‘vingerafdruk’ die kan worden gebruikt om het
eiwit – en het bijbehorende gen – te identificeren uit openbaar toegankelijke databases (Figuur 4-
Deze aanpak kan zelfs worden toegepast op complexe mengsels van eiwitten;
bijvoorbeeld beginnend met een extract dat alle eiwitten bevat die zijn gemaakt door
gistcellen die onder een bepaalde reeks omstandigheden zijn gekweekt. Om de
verhoogde resolutie te verkrijgen die nodig is om individuele eiwitten te onderscheiden, zoals
Hoe eiwitten worden bestudeerd 161
Figuur 4ÿ56 Massaspectrometrie kan worden gebruikt om eiwitten te

identificeren door de precieze massa van de daarvan afgeleide peptiden te bepalen.
Zoals aangegeven maakt dit het op zijn beurt mogelijk dat interessante eiwitten
worden geproduceerd in de grote hoeveelheden die nodig zijn voor het bepalen
van hun driedimensionale structuur. In dit voorbeeld wordt een interessant
eiwit uit een polyacrylamidegel gesneden na tweedimensionale elektroforese (zie
Paneel 4ÿ5, p. 167) en vervolgens gedigereerd met trypsine. De peptidefragmenten
worden in de massaspectrometer geladen en hun exacte massa wordt gemeten.
Vervolgens worden databases met genoomsequenties doorzocht om het eiwit te vinden
dat wordt gecodeerd door het organisme in kwestie waarvan het profiel overeenkomt
met deze peptide-vingerafdruk. Ook mengsels van eiwitten kunnen op deze manier
worden geanalyseerd. (Afbeelding met dank aan Patrick O'Farrell.) enkele eiwitvlek uit de gel gesneden
N C
mengsels worden vaak geanalyseerd met behulp van tandemmassaspectrometrie. In dit
geval worden de peptiden, nadat ze de eerste massaspectrometer zijn gepasseerd, in nog GEPRODUCEERDE PEPTIDEN
DOOR TRYPTISCH SPIJSVERTERING
kleinere fragmenten gebroken en geanalyseerd door een tweede massaspectrometer.
HEBBEN HUN MASSA
GEMETEN MET BEHULP VAN EEN
MASSASPECTROMETER
Hoewel alle informatie die nodig is voor het vouwen van een polypeptideketen vervat zit in
de aminozuursequentie, kunnen we alleen in speciale gevallen op betrouwbare wijze de
gedetailleerde driedimensionale conformatie van een eiwit – de ruimtelijke rangschikking
van zijn atomen – voorspellen op basis van alleen de sequentie. Tegenwoordig is de
belangrijkste manier om het precieze vouwpatroon van welk eiwit dan ook te ontdekken,
experimenteel, met behulp van röntgenkristallografie, nucleaire magnetische resonantie
deolvrevo
(NMR) spectroscopie, of meest recentelijk cryo-elektronenmicroscopie (cryo-EM), zoals
beschreven in paneel 4. –6 (pp. 168–169). 0 M 1600
z (massa-ladingsverhouding)
Genetische manipulatietechnieken maken grootschalige schaal mogelijk

EIWITTEN VOORSPELD OP BASIS VAN HET GENOOM
Productie, ontwerp en analyse van vrijwel elk eiwit SEQUENTIES WORDEN ZOEKEN NAAR WEDSTRIJDEN
MET THEORETISCHE MASSA'S BEREKEND
Vooruitgang in genetische manipulatietechnieken maakt nu de productie mogelijk van grote VOOR ALLE TRYPSINE-VRIJGESTELDE PEPTIDEN
hoeveelheden van vrijwel elk gewenst eiwit. Dit vermogen om enorme hoeveelheden van
een eiwit te produceren heeft niet alleen het leven veel gemakkelijker gemaakt voor IDENTIFICATIE VAN EIWIT
MAAKT VERVOLGENS ISOLATIE TOE
biochemici die geïnteresseerd zijn in het zuiveren van specifieke eiwitten, maar heeft ook VAN OVEREENKOMSTIG GEN
geleid tot het ontstaan van een hele biotechnologie-industrie (Figuur 4-57). Bacteriën, gisten
en gekweekte zoogdiercellen worden nu gebruikt voor de massaproductie van een
DE GENREEKS MAAKT GROOT TOE
verscheidenheid aan therapeutische eiwitten, zoals insuline, menselijk groeihormoon en HOEVEELHEDEN VAN HET EIWIT DIE WORDEN VERKREGEN
zelfs de vruchtbaarheidsbevorderende medicijnen die worden gebruikt om de eiproductie te DOOR GENETISCHE TECHNIEKEN
stimuleren bij vrouwen die een in-vitrofertilisatiebehandeling ondergaan . Voor het bereiden
van deze eiwitten was voorheen het verzamelen en verwerken van enorme hoeveelheden
weefsel en andere biologische producten nodig, waaronder, in het geval van de
vruchtbaarheidsmedicijnen, de urine van postmenopauzale nonnen.
Dezelfde soorten genetische manipulatietechnieken kunnen ook worden gebruikt om nieuwe

eiwitten en enzymen te produceren die nieuwe structuren bevatten of ongebruikelijke taken
uitvoeren: bijvoorbeeld het metaboliseren van giftig afval of het synthetiseren van
levensreddende medicijnen. De meeste synthetische katalysatoren zijn lang niet zo effectief
als natuurlijk voorkomende enzymen wat betreft hun snelheidsvermogen
ECB5 04.56
Figuur 4ÿ57 Biotechnologiebedrijven

produceren grote hoeveelheden nuttige
eiwitten. Op deze foto zijn de grote, kant-en-klare
microbiële fermentoren te zien die worden
gebruikt om een kinkhoestvaccin te produceren.
(Met dank aan Pierre Guerin Technologies.)
de snelheid van geselecteerde chemische reacties. Maar naarmate we meer leren

over hoe eiwitten en enzymen hun unieke conformaties gebruiken om hun biologische
functies uit te voeren, kan ons vermogen om nieuwe eiwitten met nuttige functies te
maken alleen maar verbeteren.
De verwantschap van eiwitten helpt bij het voorspellen van

Eiwitstructuur en functie
Biochemici hebben de afgelopen 150 jaar enorme vooruitgang geboekt in het
begrijpen van de structuur en functie van eiwitten (zie Tabel 4-2, p. 160). Deze
vooruitgang is het resultaat van decennia van nauwgezet onderzoek naar geïsoleerde
eiwitten, uitgevoerd door individuele wetenschappers die onvermoeibaar aan
afzonderlijke eiwitten of eiwitfamilies werken, één voor één, soms gedurende hun
hele loopbaan. In de toekomst zullen echter waarschijnlijk steeds meer van deze
onderzoeken naar de conformatie en activiteit van eiwitten op grotere schaal
plaatsvinden.
Verbeteringen in ons vermogen om snel hele genomen te sequencen, en de
ontwikkeling van methoden zoals massaspectrometrie, hebben ons vermogen
aangewakkerd om de aminozuursequenties van enorme aantallen eiwitten te
bepalen. Miljoenen unieke eiwitsequenties van duizenden verschillende soorten zijn
daardoor in openbaar beschikbare databases gedeponeerd, en de collectie zal
naar verwachting elke twee jaar in omvang verdubbelen. Als we de
aminozuursequenties van al deze eiwitten vergelijken, blijkt dat de meerderheid tot
eiwitfamilies behoort die specifieke ‘sequentiepatronen’ delen: stukjes aminozuren
die zich in verschillende structurele domeinen opvouwen. In sommige van deze
families bevatten de eiwitten slechts één enkel structureel domein. In andere
gevallen omvatten de eiwitten meerdere domeinen die in nieuwe combinaties zijn
gerangschikt (Figuur 4-58).
Hoewel het aantal multidomeinfamilies snel groeit, lijkt de ontdekking van nieuwe
enkelvoudige domeinen af te vlakken. Dit plaatje suggereert dat de overgrote
meerderheid van de eiwitten zich kan opvouwen tot een beperkt aantal structurele
domeinen – misschien slechts 10.000 tot 20.000. Van veel families met één domein
is de structuur van ten minste één familielid bekend. En als we de structuur van één
familie 1 familie 2 familielid kennen, kunnen we iets zeggen over de structuur van zijn familieleden. Op
(A) eiwitfamilies met één domein
basis van dit verslag beschikken we over enige structurele informatie voor bijna
driekwart van de eiwitten die in databases zijn gearchiveerd (film 4.14).
Een toekomstig doel is om het vermogen te verwerven om naar de aminozuursequentie

van een eiwit te kijken, de structuur ervan af te leiden en inzicht te krijgen in de
functie ervan. We komen dichter bij de mogelijkheid om de eiwitstructuur te
voorspellen op basis van alleen sequentie-informatie, maar we hebben nog een
aanzienlijke weg te gaan. Tot nu toe zijn computationele methoden die een
(B) een eiwitfamilie met twee domeinen aminozuursequentie nemen en zoeken naar de eiwitconformaties met de laagste
energie succesvol geweest voor eiwitten die minder dan 100 aminozuren lang zijn,
Figuur 4ÿ58 De meeste eiwitten behoren of voor langere eiwitten waarvoor aanvullende informatie beschikbaar is (zoals
tot structureel verwante families. (A) Meer
homologie met eiwitten waarvan structuur bekend).
dan tweederde van alle goed bestudeerde
eiwitten bevatten één structureel domein. De Kijken naar een aminozuursequentie en voorspellen hoe een eiwit zal functioneren
leden van deze families met één domein kunnen – alleen of als onderdeel van een complex in de cel – is nog uitdagender. Maar hoe
ECB5
verschillende 04.58
aminozuursequenties hebben,
dichter we bij het bereiken van deze doelen komen, hoe dichter we bij het begrijpen
maar zich vouwen tot een eiwit met een vergelijkbare vorm.
(B) Tijdens de evolutie zijn structurele van de fundamentele basis van het leven komen.
domeinen op verschillende manieren
gecombineerd om families van multidomein-eiwitten te produceren.
ESSENTIËLE CONCEPTEN
Bijna alle nieuwigheden in de eiwitstructuur
komen voort uit de manier waarop deze afzonderlijke • Levende cellen bevatten een enorm diverse reeks eiwitmoleculen, elk gemaakt als een
domeinen zijn gerangschikt. In tegenstelling tot het
lineaire keten van aminozuren die met elkaar zijn verbonden door covalente
aantal nieuwe enkelvoudige domeinen, neemt het aantal
peptidebindingen.
multidomeinfamilies dat aan de openbare
databases wordt toegevoegd nog steeds snel toe. • Elk type eiwit heeft een unieke aminozuursequentie
Essentiële concepten 163
bepaalt zowel zijn driedimensionale vorm als zijn biologische activiteit.
• De gevouwen structuur van een eiwit wordt gestabiliseerd door meerdere niet-
covalente interacties tussen verschillende delen van de polypeptideketen.
• Waterstofbindingen tussen aangrenzende gebieden van de polypeptideruggengraat

geven vaak aanleiding tot regelmatige vouwpatronen, bekend als ÿ -helices en ÿ-
vellen.
• De structuur van veel eiwitten kan worden onderverdeeld in kleinere bolvormige

gebieden met een compacte driedimensionale structuur, bekend als eiwitdomeinen.
• De biologische functie van een eiwit hangt af van de gedetailleerde chemische

eigenschappen van het oppervlak en hoe het zich bindt aan andere moleculen die
liganden worden genoemd.
• Wanneer een eiwit de vorming of verbreking van een specifieke covalente binding in
een ligand katalyseert, wordt het eiwit een enzym genoemd en wordt het ligand
een substraat genoemd.
• Op de actieve plaats van een enzym zijn de aminozuurzijketens van het gevouwen
eiwit precies zo gepositioneerd dat ze de vorming van de energierijke
overgangstoestanden bevorderen waar de substraten doorheen moeten om in een
product te worden omgezet.
• De driedimensionale structuur van veel eiwitten is zo geëvolueerd dat de binding

van een klein ligand buiten de actieve plaats een significante verandering in de
vorm van het eiwit kan veroorzaken.
• De meeste enzymen zijn allosterische eiwitten die in twee conformaties kunnen

voorkomen die verschillen in katalytische activiteit, en het enzym kan aan of uit
worden gezet door liganden die binden aan een afzonderlijke regulerende plaats
om de actieve of de inactieve conformatie te stabiliseren.
• De activiteiten van de meeste enzymen in de cel zijn strikt gereguleerd.

Een van de meest voorkomende vormen van regulering is feedbackremming,
waarbij een enzym vroeg in een metabolische route wordt geremd door de binding
van een van de eindproducten van de route.
• Vele duizenden eiwitten in een typische eukaryotische cel worden gereguleerd

door cycli van fosforylatie en defosforylering.
• GTP-bindende eiwitten reguleren ook de eiwitfunctie in eukaryoten; ze fungeren als

moleculaire schakelaars die actief zijn wanneer GTP gebonden is en inactief
wanneer GDP gebonden is, waarbij ze zichzelf uitschakelen door hun gebonden
GTP te hydrolyseren tot GDP.
• Motoreiwitten produceren gerichte beweging in eukaryote cellen via conformationele

veranderingen die verband houden met de hydrolyse van een stevig gebonden
molecuul ATP tot ADP.
• Zeer efficiënte eiwitmachines worden gevormd door assemblages van allostere

eiwitten waarin de verschillende conformationele veranderingen worden
gecoördineerd om complexe functies uit te voeren.
• Covalente modificaties die aan de zijketens van aminozuren van een eiwit worden
toegevoegd, kunnen de locatie en functie van het eiwit controleren en kunnen
dienen als koppelingsplaatsen voor andere eiwitten.
• Biochemische subcompartimenten vormen zich vaak als fasegescheiden

intracellulaire condensaten, waardoor belangrijke reacties worden versneld en
deze worden beperkt tot specifieke delen van de cel.
• Uitgaande van ruwe cel- of weefselhomogenaten kunnen individuele eiwitten in

zuivere vorm worden verkregen door gebruik te maken van een reeks
chromatografiestappen.
• De functie van een gezuiverd eiwit kan worden ontdekt door biochemische analyses,
en de exacte driedimensionale structuur ervan kan worden bepaald door
röntgenkristallografie, NMR-spectroscopie of cryo-elektronenmicroscopie.

Essential Cell Biology 5e Editie H4

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

You might also like

Essential Cell Biology 5e Editie H4

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Essential Cell Biology 5e Editie H4

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Machine Translated by Google

ENZYMEN STRUCTURELE EIWITTEN TRANSPORT EIWITTEN

voorbeelden: In de bloedbaan, serumalbumine

MOTOR EIWITTEN OPSLAG EIWITTEN SIGNAAL EIWITTEN

voorbeelden: Veel van de hormonen en groeifactoren die de

RECEPTOR EIWITTEN TRANSCRIPTIEREGELAARS EIWITTEN VOOR SPECIALE DOELSTELLINGEN

voorbeelden: Organismen maken veel eiwitten met zeer

DE VORM EN STRUCTUUR VAN EIWITTEN

De vorm van een eiwit wordt gespecificeerd door de

Figuur 4–2 Een eiwit bestaat uit

figuur 4–1) en vormen zo een CH2 CH2

AMINOZUUR ZIJKETTING AMINOZUUR ZIJKETTING

Asparaginezuur Adder D negatief geladen Alanine Helaas A niet-polair

POLAIRE AMINOZUREN NIET-POLAIRE AMINOZUREN

Het vouwen van eiwitten wordt ook bevorderd door hydrofobe

Figuur 4–5 Hydrofobe krachten zorgen ervoor ongevouwen polypeptide

polaire zijketens niet-polaire zijketens

gevouwen conformatie in waterig milieu

Eiwitten vouwen zich op tot een conformatie van de laagste energie

De uiteindelijke gevouwen structuur, of conformatie, die door een polypeptideketen

Figuur 4–6 Waterstofbruggen in een

waterstofbrug tussen waterstofbrug tussen waterstofbrug tussen

Figuur 4–7 Gedenatureerde eiwitten

verkeerd gevouwen correct gevouwen

Figuur 4–8 Chaperonne-eiwitten kunnen de vouwing van een nieuw gesynthetiseerde

nieuw gesynthetiseerd, kamer

begeleider één polypeptide geïsoleerd correct gevouwen

Figuur 4–9 Sommige chaperonne-eiwitten fungeren als isolatiekamers die een

Eiwitten zijn er in een grote verscheidenheid aan ingewikkelde vormen

De structuren van grotere eiwitten – of van multi-eiwitcomplexen – zijn zelfs nog

Wanneer de driedimensionale structuren van veel verschillende eiwitmoleculen worden

(A) ruggengraatmodel Figuur 4ÿ11 Eiwitconformatie kan op verschillende manieren worden

(A) (B) (C)

Figuur 4ÿ12 Sommige polypeptideketens vouwen zich in een ordelijke herhalende

ÿ- blad Figuur 4ÿ13 Sommige polypeptideketens

Figuur 4ÿ14 Een helix is een veel voorkomende,

hydrofoob amino Figuur 4ÿ15 Veel membraangebonden eiwitten passeren de

Een ÿ- helix wordt gegenereerd wanneer een enkele polypeptideketen om zichzelf

Figuur 4ÿ16 Met elkaar verweven ÿ-helices G

hebben doorgaans niet-polaire aminozuren op G

weergegeven in (B), twee ÿ- helices om elkaar

ÿ- platen vormen stijve structuren in de kern van velen (A)

Er wordt een ÿ- blad gemaakt wanneer er waterstofbruggen ontstaan tussen segmenten

Figuur 4-11) bevat verschillende ÿ -sheets.

ÿ- platen hebben opmerkelijke eigenschappen. Ze geven zijdevezels hun buitengewone

ziekten – waaronder scrapie bij schapen, boviene spongiforme encefalopathie (BSE, of

Eiwitten hebben verschillende organisatieniveaus

Figuur 4ÿ18 ÿ -vellen kunnen worden gestapeld om een amyloïdestructuur te vormen.

Figuur 4ÿ21 Lintmodellen tonen drie

(A) (B) (C)

verbonden door relatief korte, ongestructureerde stukken polypeptideketen.

Er zullen maar weinig van de vele mogelijke polypeptideketens zijn

Van de onvoorstelbaar grote verzameling potentiële polypeptidesequenties wordt slechts

Dankzij natuurlijke selectie zijn de aminozuursequenties van veel hedendaagse

structuren van de DNA-bindende domeinen van sommige transcriptieregulatoren van gist,

Denk bijvoorbeeld aan de serineproteasen, een familie van eiwitsplitsende (proteolytische)

Grote eiwitmoleculen bevatten vaak meer dan één polypeptideketen

Figuur 4ÿ22 Serineproteasen vormen een