Ryanodine受体蛋白的分子结构和理化性质分析 杨越

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第 36 卷第 5 期 生 物 学 杂 志 Vol. 36 No.

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doi∶10. 3969 / j. issn. 2095 - 1736. 2019. 05. 025

Ryanodine 受体蛋白的分子结构和理化性质分析
杨 越,朱家佳,唐 乖,龙鼎新
( 南华大学 公共卫生学院,衡阳 421001)

摘 Ryanodine 受体( Ryanodine receptor,RyR) 是一种重要的配体门控的 Ca2 + 通道,分析 RyR 蛋白的结构及其



理化性质对了解其调控机制具有重要意义。运用生物信息学方法,对 RyR 3 种亚型蛋白进行了分子结构和理化性
质分析。结果显示 RyR 3 种亚型均具有跨膜结构,为亲水性蛋白,具有磷酸化位点,含有大量 α - 螺旋,无二硫键,
有蛋白结合能力和离子通道活性等,参与离子转运等。对 RyR 蛋白进行分子结构和理化性质等生物信息学分析,
为 RyR 的机制研究及生物学实验等提供重要的参考依据。
关键词 Ryanodine 受体; 生物信息学; 蛋白结构; 氨基酸
中图分类号 Q51 文献标识码 A 文章编号 2095 - 1736( 2019) 05 - 0025 - 06

Analysis of the molecular structure and physicochemical


property of human Ryanodine receptors
YANG Yue,ZHU Jia-jia,TANG Guai,LONG Ding-xin
( School of Public Health,University of South China,Hengyang 421001,China)

Abstract Ryanodine receptor ( RyR) is an important ligand-gated Ca2 + channel. It is of great significance to analyze the structure
and physicochemical properties of RyR,so that we can understand its regulation mechanism. In this study,bioinformatics methods
were used to analyze the three subtypes of RyR ( RyRs) . The results showed that RyRs were hydrophilic protein,which have trans-
membrane structure,phosphorylation sites,and a large number of α-helix,but no disulfide bonds. RyRs have protein bonding and ion
channel activity,participate in ion transporting,and so on. The bioinformatics analysis provides an important reference for the mecha-
nism research and biological experiment of RyR.
Key words Ryanodine receptor; bioinformatics; protein structure; amino acids

2+
钙离子( Calcium,Ca ) 是广泛存在于细胞内的第 RyR 介导的 Ca2 + 释放已经与恶性高热[7]、心力衰竭[8]
[9]
[10]
二信使,其参与调节机体内细胞增殖、分化、细胞自噬 和神经变性疾病 等几种疾病密切相关 。
[1]
与细胞凋亡等各种生理过程 。目前,已知最大的钙 细胞含有多种与 RyR 相互作用的蛋白质分子,并
离子 释 放 通 道 蛋 白 Ryanodine 受 体 ( Ryanodine recep- 可以对其活性产生调节作用。因此,RyR 在许多信号
tor,RyR) 是以植物生物碱 Ryanodine 命名的[2]。RyR 通路中均有重要作用,虽然目前已展开对于此类大分
是从肌浆网 / 内质网的细胞内贮存中释放钙的一种离 子晶体的研究,但对于其详细的结构信息分析目前还
[3 - 4]
子通道 。该通道位于肌肉、神经元和许多其他类 没有研究者对其进行整合。因此本文拟基于生物信息
型细胞的内质网上。已知的 RyR 有 3 种亚型( RyR1、 学方法,首次对人 RyR 蛋白结构及理化性质等进行分
RyR2、RyR3) ,RyR1 主要在骨骼肌中表达,RyR2 在心 析整理,为 RyR 的机制研究及生物学实验等提供重要
肌中高水平表达,而 RyR3 在不同组织中普遍表达,但 的参考依据,帮助研究人员找到调查基因以及蛋白质
[5]
在脑和膈膜中相对丰富 。并且 RyR 调节的细胞内 的线索。
[6]
钙离子浓度变化是一系列生物过程的基础 。异常 1 材料与方法

收稿日期: 2018 - 06 - 21; 修回日期: 2018 - 08 - 20


基金项目: 国家自然科学基金( 81673227; 81172712) ; 南华大学研究生科学基金项目( 2018KYY220)
作者简介: 杨 越,硕士研究生,研究方向为神经毒理学,E-mail: yangy930806@ gmail. com
通信作者: 龙鼎新,博士,教授,硕士研究生导师,研究方向为神经毒理学,E-mail: dxlong99@ 163. com

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在美国国立生物技术信息中心( NCBI) 数据库中
[11]
搜 索 并 下 载 人 RyR 序 列; 使 用 ProtParam 程 序
( http: / / web. expasy. org / protparam) 预测 RyR 3 种亚型
[11]
蛋白的理化性质; 利用 Protscale 程序 ( http: / / web.
expasy. org / protscale) 进 行 疏 水 性 分 析; 使 用 ExPASy-
GOR IV ( https: / / npsa - prabi. ibcp. fr / cgi - bin / npsa _
automat. pl? page = / NPSA / npsa _ gor4. html) 进 行 二 级
[12]
结构预测; 使用 SignalP4. 1Server ( http: / / www. cbs.
dtu. dk / services / SignalP / ) 在线分析 信 号 肽 切 割; 使 用
ProtComp 9. 0 在线 ( http: / / linux1. softberry. com / berry.
phtml? topic = protcomppl&group = programs&subgroup =
proloc ) 进 行 亚 细 胞 定 位 预 测; 使 用 TMHMM
Serverv. 2. 0 ( http: / / www. cbs. dtu. dk / services / TM-
HMM / ) 进 行 蛋 白 跨 膜 结 构 预 测; 使 用 NetPhos 2. 0
Server[13] ( http: / / www. cbs. dtu. dk / services / NetPhos / )
预测磷酸化位点; 利用 PredictProtein( https: / / www. pre-
dictprotein. org / ) 分析蛋白信息; 使用 BLAST( https: / /
blast. ncbi. nlm. nih. gov / Blast. cgi) 进行同源搜索,并利
[14]
用 ClustalX 软 件 进 行 多 序 列 比 对 分 析,随 后 使 用
MEGA5[15]软件构建系统进化树; 使用 STRING 数据库
( https: / / string - db. org / cgi / input. pl) 分析蛋白质 - 蛋
白质相互作用。
2 结果与分析
2. 1 人 RyR 蛋白序列的查找
根据文献报道,已有 3 种人 RyR 亚型被确认,其
NCBI 序 列 号 分 别 为: AAA60294、NP _ 001026、
CAA04798。按序列号搜索 NCBI 数据库获得它们的氨
基酸序列,并将其分别命名为 RyR1、RyR2 和 RyR3。
2. 2 RyR 理化性质分析
使用 ProtParam 分析 RyR 3 种亚型理化性质、分子
式、分子量和等电点等,结果详见表 1。 图 1 RyR 蛋白疏水性 / 亲水性预测
随后利用 Protscale 对 RyR 蛋白进行疏水性和亲水 Figure 1 Predicted hydrophpbicity / hydrophilicity of
性分析,如 表 2 及 图 1 所 示。结 果 进 一 步 表 明,3 种 the amino acid sequence of RyR proteins

RyR 蛋白均为亲水性蛋白。
表 1 RyR 蛋白理化性质
Table 1 The physical and chemical character of RyR proteins
RyR 氨基酸数目 分子质量 理论等电点 平均疏水性 不稳定系数 脂肪系数 负电荷残基数目 正电荷残基数目
RyR1 5032 564 433. 82 5. 19 - 0. 306 50. 49 84. 82 727 522
RyR2 4967 564 567. 45 5. 73 - 0. 324 45. 14 86. 04 692 573
RyR3 4870 551 931. 00 5. 45 - 0. 279 47. 53 88. 01 677 539
表 2 RyR 蛋白亲水性与疏水性氨基酸残基位置
Table 2 The hydrophobic and hydrophilic amino acid residue position of RyR proteins
亲水性最强氨基酸残基 疏水性最强氨基酸残基 亲水性氨基酸残 疏水性氨基酸残
RyR
氨基酸残基 位置 疏水性值 氨基酸残基 位置 疏水性值 基疏水性值总和 基疏水性值总和
RyR1 K 3489 - 3. 656 L 4923 3. 978 - 3081. 01 1549. 96
RyR2 K 4429 - 3. 633 L 4858 3. 978 - 3092. 21 1490. 31
RyR3 K 3352 - 3. 656 L 4761 3. 978 - 2894. 85 1543. 26

2. 3 蛋白质二级结构分析 主要多肽链的空间原子的排列决定蛋白质的二级
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结构。使用 GOR IV 二级结构预测模块计算 RyR 二级 表 4 RyR 蛋白质信号肽切割位点预测
Table 4 The signal peptide cleavage site of RyR proteins
结构,并绘制结构模型 ( 表 3 及图 2) 。结果显示 RyR
蛋白含有大量 α - 螺旋及无规则卷曲,约占 85% ,推测 RyR 位点 分值 切割位 信号肽
RyR1 Max. C 38 0. 196
其为 RyR 主要的二级结构原件。 Max. Y 38 0. 136
表 3 RyR 蛋白二级结构特征 Max. S 37 0. 131
Table 3 The secondary structure character of RyR proteins Mean S 1 ~ 37 0. 095
D 1 ~ 37 0. 114 0. 450 NO
RyR α - 螺旋( % ) 延伸链( % ) 无规则卷曲( % ) RyR2 Max. C 39 0. 116
RyR1 47. 72 12. 32 34. 53 Max. Y 39 0. 105
RyR2 42. 04 17. 29 40. 67 Max. S 32 0. 111
RyR3 40. 62 17. 25 42. 14 Mean S 1 ~ 38 0. 094
D 1 ~ 38 0. 099 0. 450 NO
RyR3 Max. C 40 0. 121
Max. Y 57 0. 109
Max. S 55 0. 117
Mean S 1 ~ 56 0. 097
D 1 ~ 56 0. 102 0. 450 NO
注: Max. C 表示原始切割位点评分最大值; Max. Y 表示合并的
切割位点评分最大值; Max. S 表示信号肽评分最大值; Mean S 表示
可能的信号肽的平均 S 值; D 表示平均值 S 和 Y 分数最大值的加权
平均值,用于区分是否为信号肽的分数
表 5 RyR 蛋白亚细胞定位预测
Table 5 Subcellular localization prediction of RyR proteins

定位 RyR1 RyR2 RyR3


核 0. 00 0. 00 0. 00
细胞膜 0. 00 0. 00 0. 00
细胞外 0. 16 0. 55 0. 38
细胞质 0. 11 0. 64 0. 24
线粒体 0. 76 0. 12 0. 04
内质网 8. 22 8. 54 9. 00
过氧化物酶体 0. 01 0. 11 0. 02
溶酶体 0. 74 0. 04 0. 32
高尔基体 0. 00 0. 00 0. 00
液泡 0. 00 0. 00 0. 00
磷酸化位点分析
2. 7
使用 NetPhos 2. 0 Server Online 预测 RyR 蛋白磷酸
化位点,结果见表 6。结果为可能的蛋白激酶磷酸化
位点分布。
表 6 RyR 蛋白磷酸化位点
Table 6 The locus of phosphorylation of RyR proteins
图中 A、B、C 的上部为示意图; 下部为高峰数字。蓝色: α - 螺旋; 红 RyR Ser 位点数量 Thr 位点数量 Tyr 位点数量
色: 延伸链; 紫色: 不规则的卷曲结构 RyR1 214 127 44
图 2 RyR 蛋白二级结构分析 RyR2 243 127 57
Figure 2 Secondary structure analysis of RyR proteins RyR3 229 115 49
2. 4 信号肽切割位点预测 2. 8 RyR 蛋白信息预测
使用 SignalP - 4. 1 来预测 RyR 蛋白信号肽及切割 PredictProtein 是欧洲分子生物学实验室提供的蛋
位点。结果显示,RyR 蛋白没有信号肽位点,属于非分 白质序列和结构的在线预测网站,可从中获得蛋白质
泌性蛋白( 表 4) 。 二级结构、二硫键、跨膜螺旋等信息。RyR 蛋白结合位
2. 5 亚细胞定位预测 点,跨膜结构域和二硫键在线预测结果见图 4、图 5 和
使用 ProtComp 9. 0 软件在线预测 RyR 蛋白亚细胞 图 6。预测结果显示 RyR 蛋白均具有 多 蛋 白 结 合 位
定位,提示其可能定位于内质网上( 表 5) 。 点, 跨膜结构域与 TMHMM 预测结果一致,均没有二硫
2. 6 蛋白跨膜结构预测 键。RyR 蛋白分子功能本体论结果表明: 该蛋白具有
使用 TMHMM 在线软件进行 RyR 蛋白跨膜结构 结合能力,底物特异性跨膜转运蛋白活性,离子通道活
分析,结果如图 3 所示,RyR 蛋白均为跨膜蛋白。 性,离子跨膜转运蛋白活性等( 表 7) 。RyR 蛋白生物
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学过程本体结果表明: 参与离子运输、单生物体过程及 亲缘性最近。
阳离子转运等( 表 8) 。

图 5 RyR 蛋白的跨膜结构域预测
Figure 5 Predicted transmembrane domain of RyR protein

图 6 RyR 蛋白质的二硫键预测
Figure 6 Predicted disulfide bonds of RyR protein
表 7 RyR 分子功能本体论
Table 7 Molecular function ontology of RyR
Reliability
序号 RyR GO: ID GO Term
%
1 RyR1 GO: 0005488 结合 49
2 RyR1 GO: 0005515 蛋白结合 49
3 RyR1 GO: 0022803 被动跨膜转运活性 41
4 RyR1 GO: 0022891 底物特异性跨膜转运蛋白活性 41
5 RyR1 GO: 0022892 特异性底物转运活性 41
6 RyR2 GO: 0022803 被动跨膜转运活性 48
7 RyR2 GO: 0005488 结合 48
8 RyR2 GO: 0022891 底物特异性跨膜转运蛋白活性 48
9 RyR2 GO: 0022892 特异性底物转运活性 48
10 RyR2 GO: 0015075 离子跨膜转运蛋白活性 48
图 3 RyR 蛋白跨膜结构预测
11 RyR3 GO: 0005488 结合 48
Figure 3 Transmembrane domains prediction of RyR proteins 12 RyR3 GO: 0022803 被动跨膜转运活性 42
13 RyR3 GO: 0022891 底物特异性跨膜转运蛋白活性 42
14 RyR3 GO: 0022892 特异性底物转运活性 42
15 RyR3 GO: 0015267 通道活性 42
表 8 RyR 生化过程本体论
Table 8 Biological process ontology of RyR
Reliability
序号 RyR GO: ID GO Term
%
图 4 RyR 蛋白的结合位点预测 1 RyR1 GO: 0006811 离子转运 53
Figure 4 Predicted binding sites of RyR protein 2 RyR1 GO: 0044699 单生物体过程 53
3 RyR1 GO: 0044765 单生物体转运 53
2. 9 多序列对比和系统进化树构建
4 RyR1 GO: 0072511 二价无机阳离子转运 44
利用 NCBI 中的 BLAST 对人 RyR 蛋白 3 种亚型序 5 RyR1 GO: 0006812 阳离子转运 44
列进行 BLASTp 搜索,选择同一性较高的序列,获得与 6 RyR2 GO: 0044765 单生物体转运 53
7 RyR2 GO: 0044699 单生物体过程 53
RyR1、 RyR2、RyR3 同源的 31 个氨基酸序列,对这些序 8 RyR2 GO: 0006811 离子转运 53
列与 RyR 各亚型序列进行多序列对比,RyR 3 种亚型 9 RyR2 GO: 0072511 二价无机阳离子转运 44
10 RyR2 GO: 0070838 二价金属离子转运 44
与已知不同种属 RyR 序列分别有 95. 90% 、 95. 57% 和 11 RyR3 GO: 0044765 单生物体转运 53
96. 79% 的序列相似性。随后利用 MEGA5 进行系统进 12 RyR3 GO: 0044699 单生物体过程 53
13 RyR3 GO: 0006811 离子转运 53
化树构建,并对其进行聚类分析。系统进化树聚类分 14 RyR3 GO: 0072511 二价无机阳离子转运 44
析结果 ( 图 7 ) 显 示,在 RyR 的 3 种 亚 型 中,RyR2 与 15 RyR3 GO: 0070838 二价金属离子转运 44
RyR3 最先聚为一类,随后与 RyR1 聚为一类。对于不 2. 10 蛋白质 - 蛋白质相互作用分析
同种属的同源序列之间,RyR 的 3 种亚型均与家兔属 使用 STRING 数据库在线分析 RyR 的蛋白质互作
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网络,结果显示 RyR 蛋白均与 FKBP1B、CALM、TRDN 3 讨论
等蛋白具有相互作用( 图 8) 。 Ca2 + 在生命活动中起着至关重要的作用,是影响
[16]
或决 定 许 多 细 胞 反 应 的 独 立 第 二 信 使 。 而 胞 内
2+
Ca 来源于质膜上电压和受体门控通道以及胞内钙释
[17 - 18]
放通道 IP3 R 和 RyR 介导的钙释放 。RyR 是一种
主要的钙诱导钙释放( Calcium induced calcium release,
CICR) 通道,位于神经元和大多数细胞类型的内质网
[19] 2+
膜上 。RyR 控制细胞内储存的如内质网的 Ca 外
[20]
流进入细胞质的过程 。研究发现,RyR 在整个神经
系统中都大量存在,并通过 CICR 控制神经元中的多种
进程,包括囊泡释放、膜去极化和凋亡等。RyR 含有一
个大的胞质结构域,它与蛋白质、小分子和信号分子相
[21]
互作用,调节由该通道介导的 CICR 。在神经元中,
2+
RyR 和 L 型 Ca 通道之间存在紧密的功能耦合。神经
元钙信号在记忆过程中发挥关键作用,RyR 介导的钙
[22 - 23]
释放参与了空间记忆过程的获取和整合 。特别
是在大脑中,RyR 参与各种功能,如神经元活力、突触
[24]
可塑性和更高的认知功能,如学习和记忆等 。
图 7 RyR 蛋白与其他物种同源序列的遗传关系 由于 RyR 在机体中参与多种调控机制,并且目前
Figure 7 The genetic relationship of RyR proteins in human with
对大分子晶体的研究愈发丰富,本文首次对 RyR 的 3
the homologous sequences from other species
种亚型的跨膜结构、理化性质和二级结构等进行分析。
结果显示 RyR 3 种亚型定位于内质网,均具有跨膜结
构, 预测其整体为亲水性蛋白。有研究报道,RyR 蛋白
C - 末端具有疏水性结构域,并且是跨膜蛋白疏水结构
[25 - 26]
域 ,其跨膜结构域形成离子通道。本文结果中,
显示在 RyR 蛋白的 C - 末端为离子跨膜结构域并具有
较高的疏水性氨基酸残基,且后续蛋白信息预测 RyR
蛋白具有离子通道活性、参与离子转运等,与前人结果
一致。RyR 所具有的亮氨酸周期性重复出现形成氨基
酸拉链,其形成的 α - 螺旋与下一个 α - 螺旋相互作
用,在 RyR 同源四聚体中起重要作用。二级结构预测
结果显示 3 种 RyR 蛋白均含有大量 α - 螺旋及无规则
卷曲,推测 α - 螺旋及无规则卷曲是 RyR 的主要二级
结构原件。磷酸化以及去磷酸化是重要的细胞内的传
导途径,研究表明 RyR 过度磷酸化可以增加其对钙离
子敏感性,引起钙离子紊乱,与心力衰竭以及心律失常
[27]
等的发生有着密切关系 。因此对磷酸化位点的分
析至关重要。磷酸化位点分析发现,RyR 3 种亚型都
具有 Ser、Thr 和 Tyr 这 3 种磷酸化位点,其中 Ser 位点
较多,因此推测丝氨酸最有可能参与其蛋白磷酸化。
近几年也多有文章报道丝氨酸可能为 RyR 磷酸化的
[28 - 29]
潜在靶点,但不是唯一靶点 。对 RyR 不同物种的
网络节点表示蛋白质,蛋白间的连线表示预测的功能关联。红线: 基
序列进行同源分析,结果显示不同物种间的序列相似
因融合; 绿线: 基因相近; 蓝线: 基因共同产生; 紫线: 实验证明; 黄线:
文本挖掘证据; 浅蓝线: 辅助数据库证据; 黑线: 基因共同表达
性很高,表明其在进化过程中相对保守,说明其具有重
图 8 RyR 蛋白互作网络 要的功能作用从未得以在进化过程中保留。RyR 3 种
Figure 8 The protein-protein interaction network of RyR proteins 亚型的聚类分析显示,RyR2 与 RyR3 最先聚为一类,亲
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缘性较高,随后与 RyR1 聚为一类。蛋白质不 是孤立 [14]THOMPSON J D,GIBSON T J,PLEWNIAK F,et al. The CLUSTAL_X win-
dows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by
存在于生物体中的,它们之间的相互作用往往发挥着 quality analysis tools [J]. Nucleic Acids Research,1997,25( 25) : 4876 -
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作用,FKBP1B 可与 RyR 形成复合体从而稳定 RyR 通
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要的影响,CALM 可与 RyR 在胞质装配区形成复合体, [17]JOHNY J P,PLANK M J,DAVID T. Importance of altered levels of SERCA,
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本文从 RyR 蛋 白 序 列 出 发,通 过 生 物 信 息 学 分 function and deregulation in Alzheimer disease [J]. Molecular Neurodegener-
析,为进一步研究 RyR 调控机制提供了理论基础。然 ation,2014,9( 1) : 21.
[20]SANTULLI G,LEWIS D,DES A G,et al. Ryanodine receptor structure and
而目前生物信息学分析仍存在着一定的局限性,因此 function in health and disease [J]. Subcell Biochem,2018,87: 329 - 352.
采用多软件多平台的综合分析,能够尽可能降低其预 [21]GANT J C,BLALOCK E M,CHEN K C,et al. FK506-binding protein 1b /
12. 6: a key to aging-related hippocampal Ca2 + dysregulation? [J]. European
测的局限性,提高预测的准确性。此外,还需根据预测
Journal of Pharmacology,2014,739( 2) : 74 - 82.
的结果,对蛋白重要功能区域的表达进行一系列后续 [22]BAKER K D,EDWARDS T M,RICKARD N S. The role of intracellular cal-
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实验验证,从而判定预测结果的准确性。
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