Kamis, 09 April 2012

Jurnal metabolisme nukleotida purin pirimidin

METABOLISME NUKLEOTIDA

SECARA UMUM

Nukleotida terdiri dari purin atau primidin yaitu senyawa basa yang mengandung N,
gula pentose (ribosa atau deoksiribosa), dan fosfat. Kebanyakan nukleotida merupakan bahan
pembentuk asam nukleat. ADP (adenosine difosfat) dan ATP (adenosine trifosfat) adalah
modifikasi nukleotida tertentu yang penting dalam mobilisasi energy dalam sel. ATP dibuat
dari ADp melalui penambahan gugus fosfat yang berenergi tinggi.
Nukleotida dalam spiral ganda molekul asam nukleat terikat di antara dua basa tersebut tetapi
ikatan itu hanya di antara adenine dan timin (pada DNA) atau di antara adenine dan urasil
(pada RNA) dan di antara guanine dan sitosin.

Nukleotida purin dan pirimidin disintesis di dalm tubuh pada tingkat yang sesuai
dengan kebutuhan fisiologis. Mekanisme intraselular dan pengaturan ukuran nukleotida
trifosfat (NTPs), meningkat selama pertumbuhan atau regenerasi jaringan ketika sel-sel
membelah dengan cepat. Penyelidikan awal biosintesis nukleotida dikerjakan oleh burung,
yang kemudian digunakan Escherichia coli. Isotop prekursor merpati yang diumpankan
bersumber dari setiap atom pada basa purin. Tiga proses berkontribusi pada nukleotida purin
biosintesis adalah:
1. sintesis dari amphibolic peralihan (sintesis de novo),
2. phosphoribosylation dari purin, dan
3. fosforilasi nukleosida purin.

Fosforilasi nukleotida purini Inositol monofosfat (IMP) merupakan nukleotida induk

yang merupakan asal pembentukan AMP maupun GMP. Sintesis IMP dari intermediate
amfibolik α-D-ribosa-5-fosfat. Tahapan sintesis selanjutnya adalah:
·Disamping sebagai intermediate pertama yang terbentuk dalam lintasan de novo biosintesis
purin, 5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP) merupakan intermediate dalam lintasan
penyelamatan purin, dalam biosintesis NAD+ serta NADP+, dan dalam biosintesis nukleotida
pirimidin. Sintesis PRPP ,melibatkan pemindahan pirofosfat dari ATP kepada karbon 1
senyawa α-D-ribosa-5-fosfat dan dikatalisis oleh enzim PRPP sintetase.
·Pembentukan ikatan N-glikosidat dilakukan dengan menggunakan glutamine sebagai donor
nitrogen dan membentuk senyawa 5-fosfo-β-D-ribosilam.
·Kondensasi 5-fosfo-β-D-ribosilam dengan glisisn membentuk senyawa glisinamida ribosal-
5-fosfat.
·Atom karbon 8 pada IMP berasal dari gugus formil senyawa N5, N10-metenil-tetrahidrofolat
yang membentuk formil glisinamida ribosal-5-fosfat. Suatu reaksi yang dikatalisi oleh enzim
glisinsmida ribosal-5fosfatformiltransferase.
·Pemindahan nitrogen amida glutamine ke formil glisinamida ribosal-5-fosfat akan
membentuk fosmiglisinamida ribosil-5-fosfat. Dengan dikatalisis oleh enzim
formilglisinamida-5-fosfat sintetase..
·Dalam reaksi yang dikatalisis oleh enzim aminoimadazol karboksilat ribosil 5-
fosfat.sintetase, terjadi kehilangan air yang disertai penutupan cincin imidazol akan
membentuk senyawa aminoimidazol ribosil-5-fosfat.
·Adisi CO2 kepada formil glisinamida ribosal-5-fosfat berfungsi menambahkan atom yang
akan menjadi karbon 6 pada IMP. Reaksi tersebtu dikatalisi oleh enzim aminoimadazol
ribosil 5-fosfat karboksilase.
·Kondensasi aspartat dengan aminoimadazol karboksilat ribosil 5-fosfat yang dikatalisis oleh
enzim suksinil karboksamida ribosil-5-fosfat sintetase membentuk senyawa aminoimidazol
suksisnil karbaksamida ribosil-5-fosfat.
·Pembebasan gugus suksinil dari senyawa aminoimidazol suksisnil karbaksamida ribosil-5-
fosfat sebagai fumarat, yang dikatalisis oleh enzim adenilosuksinase, membentuk senyawa
aminoimidazol karbaksamida ribosil-5-fosfat.
·Karbon 2 pada IMP ditambahkan dalam sebuah reaksi yang melibatkan derivat
tetrahidrofolat sekunder dan enzim formiltransferase sekunder membentuk senyawa
formimidomidazol karboksamida ribosil-5-fosfat.
·Penutupan cincin senyawa formimidomidazol karboksamida ribosil-5-fosfat yang dikatalisi
oleh enzim IMP siklohidrolase membentuk nukleotida purin pertama.
Konversi purin, ribonukleosida purin, dan deoksribonukleosida purin menjadi
mononukleotida melibatkan sejumlah reaksi yang memrlukan energi yang kecil dibanding
energi pada sintesis de novo.
Mekanismenya adalah Fosforibolisasi purin bebas (Pu) oleh PRPP, yang membentuk derivat
5’mononukleotida (Pu-RP). Fosforibolisasi purin bergantung –PRPP dikatalisis oleh enzim
adenine fosforibosiltransferase dan hipoxatiguanin atau guanine menjadi IMP atau GMP.
Enzim adenosine kinase mengkatalisis reaksi fosforilasi adenosine menjadi AMP atau
deoksiadenosin menjadi dAMP. Enzim deoksistidin kinase mengkatalisis memfosforilasi
dioksistidin, deoksiadenosin, dan 2’-dioksiguanosin, masing-masing menjadi dCMP, dAMP,
dan dGMP.

Gangguan metabolisme purin beserta abnormalitas enzim yang menyertainya.

Gangguan klinis Enzim defek Ciri gangguan klinis
Gout PRPP sintetase Overproduksi dan oversekresi purin
Gout PRPP sintetase Overproduksi dan oversekresi purin
Gout PRPP sintetase Overproduksi dan oversekresi purin
Gout HGPRTase* Overproduksi dan oversekresi purin
Sindrom Lesch-Nyhan HGPRTase* Overproduksi dan oversekresi purin
Imonodefisiensi Adenosine deaminase Imunodefisiensi kombinasi (sel T dan B),
deoksiadenosinuria Imunidefisiensi Fosforilase nukleosida purin Defisiensi sel T, inosiuria,
deoksiinosinuria, guanosinuria, deoksiguanosinuria, hipourisemia Batu ginjal Adenine
fosforibosiltransferase Nefrolitiasis 2,8-dihidroksiadenin Xantinuria Xantin oksidase
Nefrolitiasis xantin, hipourisemia

Gout
Gout adalah suatu penyakit yang ditandai dengan serangan mendadak dan berulang serta
adanya arthritis yang terasa sangat nyeri karena adanya endapan Kristal monosodium urat
atau asam urat, yang terkumpul di dalam sendi sebagai akibat dari tingginya kadar asam urat
di dalam darah (hiperurisemia). Dilihat dari penyebabnya, arthritis gout termasuk kelainan
metabolik. Manusia mengubah adenosin dan guanosin menjadi asam urat. Pertama-tama
Adenosin dikonversi menjadi inosine oleh adenosin deaminase. Pada mamalia lain selain
primata tingkat tinggi, asam urat uricase mengkonversi ke watersoluble allantoin produk.
Namun, karena kurangnya uricase pada manusia, produk akhir katabolisme purin pada
manusia adalah asam urat. (Murray, Robert K. Harper’s Illustrated Biochemistry. Lange
Medical Books./Mc.Graw-Hill) Sumber asam urat berasal dari:
·Asam urat endogen sebagai hasil metabolisme nukloprotein jaringan. Seperti kita ketahu,
nucleoprotein terdiri dari protein dan asam nukleat, dan asam nukleat merupakan kumpulan
nukleotida yang terdiri dari basa purin dan pirimidin, karbohidrat serta fosfat.
·Asam urat eksogen, yang berasal dari makanan yang mengandung nukleoprotein.
·Hasil sintesis tubuh langsung yang menghasilkan sejumlah besar asam urat karena adanya
kelainan enzim yang sifatnya diturunkan, atau karena penyakit tertentu (misalnya kanker
darah), di mana sel-sel berkembang berlipat ganda dan dihancurkan dalam waktu yang
singkat.

Persyaratan untuk metabolisme nukleotida dan basis serumpun mereka dapat dipenuhi
dengan baik asupan makanan atau sintesis de novo dari molekul berat rendah prekursor.
Memang, kemampuan untuk menyelamatkan nukleotida dari sumber dalam tubuh dapat
mengurangi apapun kebutuhan gizi untuk nukleotida, sehingga purin dan basa pirimidin tidak
diperlukan dalam makanan. Jalur penyelamatan adalah sumber utama dari nukleotida untuk
sintesis DNA, RNA dan enzim co-faktor.

Ekstraselular hidrolisis asam nukleat ditelan terjadi melalui tindakan bersama dari
endonuklease, phosphodiesterases dan phosphorylases nukleosida. Endonuklease
mendegradasi DNA dan RNA di situs internal menyebabkan produksi oligonucleotides.
Oligonucleotides selanjutnya dicerna oleh phosphodiesterases bahwa tindakan dari ujung ke
dalam menghasilkan nukleosida bebas. Dasar yang terhidrolisis dari nukleosida oleh aksi
phosphorylases yang menghasilkan ribosa-1-fosfat dan bebas basa. Jika nukleosida dan / atau
basa tidak kembali memanfaatkan lebih lanjut basa purin menjadi asam urat terdegradasi dan
pirimidin untuk β-aminoiosobutyrate, NH3 dan CO2.

Baik menyelamatkan dan jalur sintesis de novo dari purin dan memimpin biosintesis
pirimidin untuk produksi nukleosida-5′-fosfat melalui pemanfaatan suatu gula diaktifkan
menengah dan kelas enzim yang disebut phosphoribosyltransferases. Gula aktif yang
digunakan adalah 5-phosphoribosyl-1- pirofosfat, PRPP. PRPP dihasilkan oleh tindakan
sintetase PRPP dan memerlukan energi dalam bentuk ATP seperti yang ditunjukkan:

Perhatikan bahwa reaksi ini melepaskan AMP. Oleh karena itu, 2 fosfat energi setara tinggi
dikonsumsi selama reaksi.

BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PURIN

Terjadinya sintesis purin dalam hati. Sintesis dari nukleotida purin dimulai dengan PRPP dan
mengarah ke penuh pertama terbentuk nukleotida, inosine 5′-monophosphate (IMP). jalur ini
adalah diagram di bawah ini. Basis purin tanpa terikat pada molekul ribosa terlampir adalah
Hipoxantina. Basis purin dibangun di atas ribosa dengan beberapa amidotransferase dan
reaksi transformylation. Sintesis IMP membutuhkan lima mol ATP, dua mol glutamin, satu
mol glisin, satu mol CO 2, satu mol aspartate dan dua mol formate. Para moieties formil
dilakukan pada tetrahydrofolate (THF) dalam bentuk N5,N10-methenyl-THF dan N10-formil-THF.

Sintesis AMP dan GMP dari IMP

Sintesis pertama terbentuk sepenuhnya nukleotida purin, monophosphate inosine, IMP

dimulai dengan 5-phospho-α-ribosyl-1-pirofosfat, PRPP. Melalui serangkaian reaksi
menggunakan ATP, tetrahydrofolate (THF) derivatif, glutamin, glisin dan aspartate ini
menghasilkan jalur IMP. Tingkat membatasi reaksi ini dikatalisis oleh glutamin
amidotransferase PRPP, enzim ditunjukkan oleh 1 pada Gambar tersebut. Struktur nucleobase
dari IMP (Hipoxantina) akan muncul.

IMP merupakan titik cabang untuk biosintesis purin, karena dapat dikonversi menjadi baik
AMP atau GMP melalui dua jalur reaksi yang berbeda. jalur yang mengarah ke AMP
memerlukan energi dalam bentuk GTP; yang mengarah ke GMP memerlukan energi dalam
bentuk ATP. Pemanfaatan GTP dalam jalur untuk sintesis AMP memungkinkan sel untuk
mengontrol proporsi AMP dan GMP untuk dekat kesetaraan. GTP akumulasi kelebihan akan
menyebabkan sintesis AMP dipercepat dari IMP sebaliknya, dengan mengorbankan sintesis
GMP. Sebaliknya, sejak konversi IMP untuk GMP memerlukan ATP, akumulasi kelebihan
ATP menyebabkan sintesis percepatan GMP atas yang AMP.

KATABOLISME DAN SALVAGE DARI NUKLEOTIDA PURIN

Katabolisme dari nukleotida purin akhirnya mengarah ke produksi asam urat yang larut dan
dikeluarkan dalam urin sebagai kristal natrium urat.
KATABOLISME NUKLEOTIDA PURIN

Sintesis nukleotida dari basa purin dan nukleosida purin terjadi dalam serangkaian langkah-
langkah yang dikenal sebagai jalur penyelamatan. Dasar bebas purin, adenin, guanin, dan
Hipoxantina, dapat dikonversi untuk nukleotida yang berhubungan dengan
phosphoribosylation. Dua enzim transferase kunci yang terlibat dalam sisa dari purin:
phosphoribosyltransferase adenosine (APRT), yang mengkatalisis reaksi berikut:

adenin + PRPP <-> AMP + PP i

dan Hipoxantina-guanin phosphoribosyltransferase (HGPRT), yang mengkatalisis reaksi

berikut:

Hipoxantina + PRPP <-> IMP + PP i

guanin + PRPP <-> GMP + PP i

Sebuah enzim penting kritis sisa barang purin dengan cepat membagi sel adalah adenosin
deaminase (ADA) yang mengkatalisis deaminasi untuk inosine disebut adenosin. Defisiensi
ADA dalam hasil dalam gangguan severe combined immunodeficiency, SCID (dan diuraikan
di bawah).

SIKLUS METABOLISME NUKLEOTIDE PURIN

Siklus nukleotida purin melayani fungsi penting dalam latihan otot. Generasi fumarat
menyediakan otot rangka hanya dengan sumbernya dari substrat anapleurotic untuk siklus
TCA . Dalam rangka untuk operasi lanjutan siklus selama latihan, protein otot harus
digunakan untuk memasok nitrogen amino bagi generasi aspartate. Generasi asparate terjadi
oleh reaksi transaminasi standar yang interconvert asam amino dengan α-ketoglutarate untuk
membentuk glutamat dan glutamat dengan oxaloacetate untuk membentuk aspartat.
Myoadenylate deaminase adalah khusus isoenzyme AMP deaminase otot, dan kekurangan
dalam memimpin deaminase myoadenylate untuk pasca-latihan kelelahan, kram dan mialgia.

BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN

Sintesis pirimidin kurang kompleks dibandingkan dengan purin, karena dasar jauh lebih
sederhana. . Basis menyelesaikan pertama adalah berasal dari 1 mol glutamin, satu mol ATP
dan satu mol CO 2 (yang merupakan karbamoilfosfat) dan satu mol aspartate. Sebuah mol
tambahan glutamin dan ATP diperlukan dalam konversi UTP untuk CTP. Jalur biosintesis
pirimidin adalah diagram di bawah ini.

Karbamoilfosfat digunakan untuk sintesis nukleotida pirimidin berasal dari glutamin dan
bikarbonat, dalam sitosol, yang bertentangan dengan siklus urea carbamoyl fosfat berasal dari
amonia dan bikarbonat dalam mitokondria. Reaksi siklus urea dikatalisis oleh sintetase
karbamoilfosfat I (CPS-I) sedangkan prekursor nukleotida pirimidin disintesis oleh CPS-II.
Carbamoyl phosphate is then condensed with aspartate in a reaction catalyzed by the rate
limiting enzyme of pyrimidine nucleotide biosynthesis, aspartate transcarbamoylase
(ATCase). karbamoilfosfat kemudian kental dengan aspartat dalam reaksi dikatalisis oleh
enzim rate limiting biosintesis nukleotida pirimidin, transcarbamoylase aspartate (ATCase).

Sintesis karbamoilfosfat oleh CPS II

Sintesis UMP dari karbamoilfosfat. Carbamoyl fosfat digunakan dalam sintesis nukleotida
pirimidin berbeda dari yang disintesis pada siklus urea, yang merupakan sintesis dari
glutamin bukan amonia dan disintesis dalam sitosol. Reaksi ini dikatalisis oleh fosfat II
carbamoyl sintetase (CPS-II). Selanjutnya karbamoilfosfat dimasukkan ke dalam jalur
biosintesis nukleotida pirimidin melalui aksi transcarbamoylase aspartate, ATCase (enzim #
1) yang merupakan rate limiting langkah dalam biosintesis pirimidin Setelah selesai sintesis
UMP dapat terfosforilasi untuk UTP dan digunakan sebagai substrat untuk synthase CTP
untuk sintesis nukleotida CTP uridina. Juga merupakan prekursor untuk sintesis de novo dari
nukleotida timin.

Sintesis pirimidin berbeda dalam dua cara yang signifikan dari tahun purinPertama, struktur
cincin dipasang sebagai basa bebas, tidak dibangun di atas PRPP. PRPP akan ditambahkan ke
base pertama terbentuk sepenuhnya pirimidin (asam orotic), membentuk monophosphate
orotate (OMP), yang kemudian dekarboksilasi menjadi UMP. Kedua, tidak ada cabang di
jalur sintesis pirimidin. UMP adalah fosforilasi dua kali untuk menghasilkan UTP (ATP
merupakan donor fosfat). Yang pertama adalah fosforilasi dikatalisis oleh kinase uridylate
dan yang kedua oleh nukleosida difosfat kinase mana-mana. Akhirnya UTP adalah aminated
oleh aksi synthase CTP, menghasilkan CTP. Para nukleotida timin yang pada gilirannya
diturunkan oleh sintesis de novo dari Dump atau dengan jalur selamatkan dari deoxyuridine
atau deoxythymidine.

Sintesis CTP dari UTP

SINTESIS NUKLEOTIDA TIMIN

De novo jalan menuju dTTP sintesis pertama yang membutuhkan penggunaan Dump dari
metabolisme baik UDP atau CDP. tempat pembuangan sampah diubah menjadi dTMP oleh
aksi synthase timidilat. Kelompok metil (ingat timin yang 5-metil urasil) adalah
disumbangkan oleh N5, 10-metilen THF N, mirip dengan sumbangan dari kelompok metil selama
biosintesis dari purin. Sifat unik dari tindakan synthase timidilat adalah bahwa THF
dikonversi menjadi dihydrofolate (DBD), yang hanya menghasilkan reaksi seperti DBD dari
THF. Agar reaksi synthase timidilat untuk melanjutkan, THF harus dibuat ulang dari DBD.
Hal ini dilakukan melalui aksi reduktase dihydrofolate (DHFR). . THF kemudian dikonversi
menjadi N5,N10-THF melalui tindakan transferase hidroksimetil serin. Peran penting dalam
biosintesis nukleotida DHFR timidin membuat target yang ideal untuk agen kemoterapi (lihat
di bawah).
Sintesis dTMP dari Dump

Jalur penyelamatan untuk dTTP melibatkan sintesis enzim kinase timidin yang dapat
menggunakan salah satu atau deoxyuridine timidin sebagai substrat:

timidin + ATP <-> TMP + ADP

deoxyuridine + ATP <-> ADP + Dump

Aktivitas timidin kinase (salah satu dari berbagai deoxyribonucleotide kinase) adalah unik
karena berfluktuasi dengan siklus sel, naik ke puncak aktivitas selama fase sintesis DNA; itu
dihambat oleh dTTP.

KATABOLISME DAN SALVAGE DARI NUKLEOTIDA PIRIMIDIN

Katabolisme dari nukleotida pirimidin akhirnya menyebabkan β-alanin (ketika CMP dan
UMP yang rusak) atau β-aminoisobutyrate (ketika dTMP diturunkan) dan NH 3 dan CO 2. The
β-alanin dan β-aminoisobutyrate berfungsi sebagai donor-NH 2 di transaminasi dari α-
ketoglutarate untuk glutamat.Reaksi selanjutnya mengubah produk untuk malonyl-KoA
(yang dapat dialihkan ke sintesis asam lemak) atau methylmalonyl-KoA (yang dikonversikan
ke succinyl-KoA dan dapat didorong dengan siklus TCA).

Sisa barang dari basa pirimidin memiliki signifikansi klinis kurang daripada purin, karena
kelarutan dengan-produk katabolisme pirimidin. Namun, seperti yang ditunjukkan di atas,
jalur penyelamatan untuk sintesis nukleotida timidin sangat penting dalam persiapan untuk
pembelahan sel. Urasil dapat diselamatkan untuk membentuk UMP melalui tindakan bersama
dari fosforilase uridina dan uridina kinase, seperti ditunjukkan:

urasil fosfat + ribosa-1-<-> uridina + P i

uridina + ATP -> ADP + UMP

. Deoxyuridine juga merupakan substrat untuk fosforilase uridina. Pembentukan dTMP,

dengan menyelamatkan dari dTMP membutuhkan fosforilase timin dan sebelumnya dihadapi
kinase timidin:

timin <+ deoksiribosa-1-fosfat -> timidin + P i

timidin + ATP -> ADP + dTMP

Sisa barang dari deoxycytidine ini dikatalisis oleh kinase deoxycytidine:

deoxycytidine + ATP <-> dCMP + ADP

Deoxyguanosine Deoxyadenosine dan juga substrat untuk kinase deoxycytidine, meskipun m
K untuk substrat ini jauh lebih tinggi daripada deoxycytidine.

Fungsi utama dari kinase pirimidin nukleosida adalah untuk menjaga keseimbangan selular
antara tingkat pirimidin nukleosida dan monophosphates pirimidin nukleosida. Namun,
karena keseluruhan selular dan konsentrasi plasma dari pirimidin nukleosida, serta mereka
yang ribosa-1-fosfat, rendah, sisa barang dari pirimidin oleh kinase ini relatif tidak efisien.