Биосинтеза на пиримидини и пурини

ДНК и РНК съдържат пет основни пуринови и

пиримидинови бази

NH2 O
C N C N
N C HN C
пурини CH CH
HC C C C
N N H 2N N N
H H
аденин гуанин

NH2 O O
C C C CH3
N CH HN CH HN C
пиримидини
C CH C CH C CH
O N O N O N
H H H
цитозин урацил тимин
 Нуклеозиди & нуклеотиди номенклатура

NH2 NH2 NH2

C N C N C N
N C N C N C
CH CH CH
HC C HC C HC C
N N N N N N
H O-
HOCH2 -O-P-O-CH
2
бази: O O
O
аденин,
гуанин,
OH OH OH OH
цитозин,
урацил нуклеозиди: нуклеотиди:
тимин,
аденОЗИН, Аденилат (AMP),
гуанОЗИН, гуанилат,
цитиДИН, цитидилат,
уриДИН, уридилат,
(дезокси)
(дезокси)
тимидилат
тимиДИН,
 Синтез на пиримидин започва с карбамоил фосфат

CO2- карбамоилфосфат CO2-

+H синтетаза II
3N C H O O +H
3N C H
CH2 + HCO3- H2N-C-O-P-O- + CH2
CH2 O-
CH2
CONH2 2 ATP 2 ADP + Pi CO2 -
Карбамоил
Gln Glu
фосфат

Тази реакция прилича на първата реакция от Урейния

цикъл, само Gln замества NH4+ като донор на азот.
Катализира се от цитозолен ензим, карбамоилфосфат
синтетаза II.
 Gln
Бактериалната карбамоил
синтетаза II има 3 каталитични 1
места свързани с тунел

The bacterial enzyme has two

subunits. Ammonia is produced from ATP +
HCO3 -
Gln in the small subunit, channeled to
the large subunit, and converted to
carbamate at the second active site. 2
Carbamate moves to the third site,
where it is converted to carbamoyl
phosphate. The total length of the
channel is about 100 Å.

O O
H2N-C-O-P-O-
O-
3
Човешката карбамоил синтетаза II е ATP
част от по-голям
мултифункционален белтък
 Всички други атоми в пиримидиновия пръстен идват от
аспартат

O аспартат O N-карбамоил-
-O-C транскарбамоилаза -O-C аспартат
NH2 CH2 CH2
O + NH2
O=C
O-P-O- CH-CO2- O=C CH-CO2-
O- H 2N Pi N
H
карбамоилфосфат Asp
H 2O

O O
C
C
HN CH2
HN CH
O=C CH-CO2-
O=C C-CO2 -
N
N H
H NADH NAD+
оротат Дихрооротат
 5-фосфорибозил-1-пирофосфат осигурява рибоза и
фосфат за синтеза на пиримидиновите нуклеотиди

O
O- O- O- C
-O-P-O-CH
HN CH оротат
2 O-P-O-P-O-
рибоза-5-P O
O O O C C-CO2-
O N
+ ATФ H
OH OH PPi
5-фосфорибозил-1-
AMФ пирофосфат O
(ФРФФ)
C
HN CH
O
C C-CO2-
C O- O N
Уридин 5’-фосфат HN CH -O-P-O-CH
2
(уридилат, UMФ)
CH
CO2 O
C O
O- O N
-O-P-O-CH
2
O OH OH
O
оротидин 5’-фосфат
(оротидилат)
OH OH
 УMФ се превръща в УТФ и след това в Цитидин 5’-
ЦТФ трифосфат
(ЦТФ)
O
NH2
C Глутамин осигурява
УМФ HN CH C
амино група за ЦТФ N CH
C CH
O- O N C CH
O- O- O- O N
-O-P-O-CH
2 -
O O-P-O-P-O-P-O-CH2
O O
O O O

OH OH
ADP + Pi OH OH

2 ATP O ATP
Glu
C
2 ADP HN CH
C CH CO2-
O- O- O- O N +H
- 3N C H
O-P-O-P-O-P-O-CH2
O CH2 Gln
O O O
CH2
Уридин 5’-трифосфат
OH OH CONH2
(УТФ)
 Бактериите регулират пиримидиновата синтеза с
продуктно инхибиране на аспартат
транскарбамоилаза
2 ATP 2 ADP + Pi Asp Pi

Gln + HCO3- Карбамоилфосфат N-карбамоил аспартат

Карбамоилфосфат аспартат транс
синтетаза II карбамоилаза

+- оротат
In bacteria, the end-product of
the pathway, CTP, inhibits
aspartate transcarbamoylase. оротидилат
ATP counteracts this inhibition.
The effect of ATP serves to
УМФ
keep pyrimidine and purine
biosynthesis in balance.
УТФ

АТФ ЦТФ
(пурин) (пиримидин)
 Карбамоилфосфат При бозайници,
2ATФ + Gln синтетаза II
+ HCO3- карбамоил- пет от стъпките
1 фосфат на синтеза на
2AДФ + Asp пиримидини се
Glu + Pi Аспартат
транскарбамоилаза 2
случват в два
мултифункцио-
O H 2O 3 Pi нални ензими
N-карбамоил-
C
HN CH2 аспартат
O
дихидрооротидаза УМФ
C CH-CO2- C
O N
H HN CH
НАД+ C CH
Оротат O O- O N
O фосфорибозил -O-P-O-CH
трансфераза C 2
HN CH O
C 5 O
HN CH
4 C C-CO2-
O- O N
C C-CO2- OH OH
O N -O-P-O-CH
2
H O
оротат ФРФФ O
Оротидилат
декарбоксилаза
PPi OH OH CO2
При бозайници се регулира образуването на
карбамоилфосфат от алостеричните ефекти на АТФ & ЦТФ в
първия мултифункционален ензим

АТФ ЦТФ

+ -
АТФ + Gln
+ HCO3- карбамоил-
фосфат
Карбамоил Asp
АДФ + Glu
фосфат
синтетаза II

O H 2O Pi
N-карбамоил
C аспартат
HN CH2
C CH-CO2-
O N
H
Дихидро оротат
 Експерименти с радиоактивни елменти показват че
пуриновия пръстен се образува от 5 различни типа
изграждащи елементи
CO2 Глицин O
Амино група C N
от аспартат HN C
C
N C N CH
C N10-formyl-THF HC C
C N N
N C N P -O-CH2
N10-formyl-THF
O

амиден N от
THF =
глутамин ИМФ OH OH
тетрахидрофолат

Общ път от 11 стъпки за синтез de novo започващ с фосфорибозил

пирофосфат (ФРФФ) и глутамин води до инозин монофосфат
(ИМФ). Отделни реакции след това водчт до получаване на АМФ и
ГМФ.
AMФ
ФРФФ + ИМФ
Gln ГMФ
 Пуриновият пръстен се
синтезира прикачен към CO2- Gln
рибозо-5-Ф +H
3N C H
CH2
O- O- O- O-
-O-P-O-CH
CH2 -O-P-O-CH
Рибозо-5- 2 O-P-O-P-O- 2 NH2
O CONH2 O
Ф + ATФ O O O O

OH OH OH OH
1
AMФ 5-фосфорибозил-1- 5-фосфорибозиламин
пирофосфат (ФРФФ) PPi + Glu

CH2-NH3+ ATP
Gly CO2- ADP
H 2 + Pi
N
CH2 CHO
THF N10-formyl-THF CH2-NH3+
O- O=C O- O=C
-O-P-O-CH NH
2 -O-P-O-CH
O 2 NH
O O
O

OH OH 3
OH OH
 Изграждането на пуриновия
Gln CO2- пръстен продължава стъпка по
+H стъпка...
3N C H
NH NH
CH2
CH2 CHO CH2 CHO
O=C CH2 HN=C
P -O-CH2 NH CONH2 P -O-CH2 NH
O 4 O

Glu +
OH OH ATФ OH OH
AДФ +
Pi
АТФ
5
AДФ + Pi
-O C N
2 N
C HCO3- HC
CH CH
H2N-C 7 6 H2N-C
P -O-CH2 N P -O-CH2 N
O O
AДФ + АТФ
Pi
OH OH OH OH
Стъпки 6 & 7 не се нуждаят от биотин. ATФ се използва при
бактерии, не при еукариоти, където един мултифункционален
ензим катализира стъпки 6-8.
 … докато се стугне до CO2-
инозин монофосфат (ИМФ) CO2- Asp CH2 O
-O C CH2 CH-NH-C
2 N N
C H-C-NH3 + C
CH CO2- CH
H2N-C CO2 - H2N-C
P -O-CH2 N 8 P -O-CH2 N
O O

ATФ AДФ + Pi
OH OH OH OH
Стъпки 8 & 9 наподобяват
образуване и разграждане на 9
аргининосукцинат, но водят до Фумарат
O получаване на АДФ а не АМФ и PPi
ИМФ O
C N
HN C H2N-C N
CH THF N10-формил- C
HC C THF CH
N N H2N-C
P -O-CH2 P -O-CH2 N
O O
11 10
H 2O
OH OH OH OH
 Разделяне на пътища за синтез
NH2
на AMФ и ГМФ от ИМФ
AMФ C N
N C
CH
CO2- фумарат HC C
N N
CH2
P -O-CH2
Asp H-C-NH3+ O

CO2-
O ГДФ + Pi
ГТФ е нужен за OH OH
C N
HN C ГTФ синтез на АМФ;
CH ATФ е нужен за
HC C
N N синтез на ГМФ O
P -O-CH2
O C
АТФ AMФ + PPi N
NAD+ HN C
ИМФ H 2O CH
H2N-C C
OH OH NADH N N
CO2- P -O-CH2
O
+H
3N C H Glu
Пуриновата база в
ИМФ е хипоксантин. CH2
ГМФ OH OH
CH2
Gln CONH2
 Пуриновата биосинтеза de novo се регулира чрез
feedback инхибиране чрез продуктите както на
първа стъпка, така и на разклонението след ИМФ

- 1 11
- AMФ

ФРФФ + ИМФ
Gln - - ГMФ

SH
C N Химиотерапевтичното лекарство 6-меркапто пурин
N C
CH инхибира всички регулируеми стъпки от синтеза
HC C
N N Преди да действа трябва да се превърне в
H рибонуклеотид чрез реакцип с ФРФФ