El seu pare va ser qui probablement li va ensenyar a tocar el violí i els
fonaments de la teoria musical.[6] Els seus oncles eren tots músics professionals, els càrrecs incloïen organistes d'església, músics de cambra de la cort i compositors. El seu oncle Johann Christoph Bach el va introduir en la pràctica de l'orgue. La mare de Bach va morir el 1694, i el seu pare, vuit mesos després.[7] Per aquest motiu, orfe a deu anys, anà a viure amb el seu germà [8] Johann Christoph, organista a la ciutat d'Ohrdruf, on seguí la seva educació, tant acadèmica com musical. Allà, va estudiar, interpretar i copiar música, incloent-hi la del seu mateix germà, tot i estar prohibit fer-ho perquè les [9] partitures eren molt valuoses i privades i el paper d'aquest tipus era costós. [10] Va rebre valuosos ensenyaments del seu germà, el qual el va instruir en la tècnica del clavicordi. Johann Christoph el posà en contacte amb les obres dels grans compositors del sud contemporanis, com Johann Jakob Froberger i especialment amb Johann Pachelbel, que coneixia i amb qui havia estudiat;[11] i també amb compositors del nord d'Alemanya, francesos (Jean-Baptiste Lully, Louis Marchand, Marin Marais), i el gran clavecinista italià Girolamo Frescobaldi. El 1700, a l'edat de 14 anys, Bach, juntament amb el seu vell amic de l'escola George Erdmann, obtingué una beca per estudiar a l'Escola de sant Miquel de Lüneburg (Baixa Saxònia), no lluny del port marítim d'Hamburg, una de les ciutats més grans del Sacre Imperi Romà.[12] Lüneburg estava a 340 km de distància, recorregut que Bach va fer a peu; allà, fou acceptat, cantà al cor alhora que completava els estudis. Bach estudià a fons les obres dels grans mestres alemanys, entre d'altres Schultz, Pachelbel, Froberger i Buxtehude, i també conegué personalment l'organista Georg Böhm.