KOLOKWIUM SEMINARIA BIOL. KOM.

Pytania.

1. Z czego zbudowane jest DNA?

- Cząsteczka DNA jest zbudowana z nukleotydów i ma strukturę podwójnej
helisy.

2. Co to jest nukleotyd i z czego jest zbudowany?

- Jest to organiczny związek chemiczny z grupy estrów fosforanowych.
Zbudowany jest z nukleozydu z przyłączoną grupą fosforanową.

3. Co to jest nukleozyd?
-Nukleozyd jest to glikozamin zbudowany z zasady azotowej połączonej
wiązaniem N-Glikozydowym z pentozą (deoksyryboza, ryboza).

4. Czym różni się nukleozyd od nukleotydu?

-Nukleozyd nie posiada reszty fosforanowej.

5. Czym różni się deoksyryboza od rybozy?

-Deoksyryboza nie posiada grupy -OH przy 2 atomie węgla

6. Jaka jest podstawowa jednostka budująca RNA?

-Jest to Rybonukleotyd

7. Z czego zbudowany jest rybonukleotyd?

- Z rybozy, reszty fosforanowej i zasady azotowej

8. Czym różni się rybonukleotyd od deoksyrybonukleotydu?

1 uracyl zamiast tyminy.
2 ryboza zamiast deoksyrybozy.
9. Czym różnią się od siebie zasady azotowe?

-Zasady Purynowe posiadają 2 pierścienie a Pirymidynowe posiadają 1

pierścień.

10. W jaki sposób jest kodowana informacja w DNA?

-Informacja w DNA jest zakodowana w kolejności ułożenia, czyli w sekwencji
nukleotydów w każdym z dwóch łańcuchów

11. Co to jest kodon?

-Jest to sekwencja trzech nukleotydów występujących w mRNA, stanowiącą
jednostkę kodującą określony aminokwas podczas syntezy białka.

12. Ile jest kodonów?

-Istnieją 64 kodony, z czego 61 to kodony określające 20 podstawowych
aminokwasów białkowych, zaś 3 pozostałe odpowiadają za zakończenie
translacji.

13. Ile aminokwasów kodują kodony?

-20.

14. Co koduje DNA oprócz sekwencji aminokwasów białka?

-RNA

15. Co oprócz białek jest kodowane w DNA?

-Koduje cząsteczki mRNA, tRNA, rRNA
16. Co oznacza że DNA jest semikonserwatywne?
- Po replikacji w nowej cząsteczce DNA jedna nić pochodzi ze starej nici DNA
a druga nić (nowa) jest dobudowana na zasadzie komplementarności. Zgodnie
z tą zasadą adenina łączy się z tyminą a guanina z cytozyną.

17. Ile mamy chromosomów i w jaki sposób różnicują nasze komórki?

- Mamy 23 pary. 23 para różnicuje na komórki żeńskie i komórki męskie

18. Jak zbudowany jest chromosom?

-Chromosom zbudowany jest z centromeru i jednej lub dwóch chromatyd z
telomerami na końcach.

19. Co to jest chromosom?

- Chromosom jest to forma organizacji materiału genetycznego wewnątrz
komórki.

20. Co to są telomery?
- Telomer jest to fragment chromosomu, zlokalizowany na jego końcu, który
zabezpiecza go przed uszkodzeniem podczas kopiowania. Telomer skraca się
podczas każdego podziału komórki.
21. Jakie są funkcje telomerów?
- Telomery zawierają powtórzone sekwencje nukleotydowe, dzięki którym końce
chromosomów mogą być replikowane.

- Zabezpieczają końce chromosomów przed pomyłkowym potraktowaniem przez

komórkę jako zerwanej cząsteczki DNA (która wymaga naprawy)

- Ochrona końca chromosomu przed uszkodzeniem lub nieprawidłową

rekombinacją
- Nadzorowanie ekspresji genów

- Wspomaganie organizacji chromosomów w trakcie podziałów komórki.

22. Co sprawdza poprawność przepisanego DNA?

- Polimeraza DNA

23. Co to jest Polimeraza DNA?

- Jest to enzym katalizujący syntezę DNA w czasie replikacji lub naprawy DNA.

24. Jaka jest funkcja Polimerazy?

-wytworzenie wiązania fosfodiestrowego.

25. Co to są Topoizomerazy?
-Jest to grupa enzymów biorących udział w replikacji, gdzie odpowiadają za
stopień skręcenia podwójnej helisy. ( rozplątują podwójną helisę na małym
fragmencie przed replikacją).

26. Co to jest gen?

-Jest to odcinek DNA kodujący informację na temat budowy określonego białka
lub cząsteczki RNA.
27. Co to jest genom?
-Genom to kompletna informacja genetyczna organizmu.
28. Jakie są rodzaje RNA?
• informacyjny lub matrycowy RNA (mRNA)

• rybosomalny RNA (rRNA)

• transportowy (transferowy) RNA (tRNA)

• heterogenny jądrowy RNA (hnRNA lub pre-mRNA) – głównie produkty

transkrypcji DNA i przetwarzania surowego transkryptu do mRNA

• anty-sensowy RNA i interferencyjny RNA (siRNA i miRNA) – produkowany w

celu precyzyjnej regulacji ekspresji genów kodujących białka (za pomocą
mechanizmu wspólnego lub bardzo zbliżonego do systemu zwalczania
wirusów RNA)

• mały cytoplazmatyczny RNA (scRNA) – odpowiedzialny za rozpoznawanie

sygnału w komórce

• mały jądrowy RNA (snRNA) – pełniący funkcje enzymatyczne przy wycinaniu

intronów z transkryptów

• mały jąderkowy RNA (snoRNA) – biorący udział w modyfikacji chemicznej

pre-mRNA

29. Jakie są różnice między prokariotycznym a eukariotycznym mRNA?

PROKARIOTYCZNE EUKARIOTYCZNE
RODZAJ Prokariotyczny mRNA jest Eukariotyczny mRNA jest
policistronowy więc może zawierać monocistronowy. Czyli koduje jedno
więcej niż jedną sekwencję Shine- białko
Dalgarno znajdującą się w sąsiedztwie
kodonu inicjującego, a wtedy może
ono kodować wiele białek.

DŁUGOŚĆ ŻYCIA Prokariotyczny mRNA ma krótszą Eukariotyczny mRNA ma

żywotność. stosunkowo długą żywotność.

MODYFIKACJE PO Modyfikacje po transkrypcji nie Modyfikacje potranskrypcyjne są

występują w mRNA obecne w eukariotycznym mRNA
TRANSKRYPCJI prokariotycznym.
30. Co to jest czapeczka i jakie są jej funkcję?
-Czapeczka to charakterystyczna dla jądrowców modyfikacja występująca
na końcu 5' informacyjnego RNA (mRNA), a także małego jądrowego RNA
(snRNA). Jej funkcje to:
-ochrona mRNA przed degradacją przez enzymy hydrolityczne, przyczyniając
się do większej stabilności cząsteczki
-wspomaga eksport mRNA z jądra
-udział w procesie inicjacji translacji
-umożliwia rozpoznanie mRNA przez rybosomy.
31. Co to jest Poliadenylacja i jaki ma sens?
Poliadenylacja jest to modyfikacja eukariotycznego mRNA dotycząca końca
3' cząsteczki. Jest to dodawanie szeregu nukleotydów adeninowych zwanego
fragmentem poliadenylowym lub ogonkiem poli(A). Zabieg taki ma na celu
zabezpieczenie cząsteczki mRNA eukariontów przed degradacją, zanim zdąży
opuścić jądro komórkowe. Ponadto transkrypt z ogonem poli(A) jest
wydajniejszą matrycą w trakcie translacji.

32. Co to jest splicing?

Splicing (składanie genu, wycinanie intronów )- jest to
usunięcie intronów (sekwencji niekodujących) i połączenie eksonów (sekwencji
kodujących) z prekursorowego mRNA organizmów eukariotycznych. Proces
ten zachodzi podczas obróbki posttranskrypcyjnej po to, by dojrzały mRNA,
przygotowany do translacji, kodował ciągły łańcuch
polipeptydowy (od kodonu start do stop).
33. W jaki sposób są wycinane introny?
Intron, by podlegał poprawnemu wycięciu, musi posiadać sygnały: sekwencję GU na końcu 5' i
sekwencję AG na końcu 3' (dla spliceosomu klasycznego, odpowiedzialnego za przeważającą
większość reakcji wycinania intronów, natomiast dla spliceosomu alternatywnego odpowiednio AU
i AC) oraz tzw. miejsce rozgałęzienia, w którym znajduje się nukleotyd adeninowy (A). Podczas
reakcji splicingu sekwencje sygnałowe są rozpoznawane przez wchodzące w skład spliceosomu
małe jądrowe RNA (snRNA), które tworzą komplementarne połączenia RNA-RNA z obszarami
terminalnymi i miejscem rozgałęzienia intronu. Splicing dokonywany przez spliceosom oraz
samowycinanie zaczynają się od ataku grupy 2'OH nukleotydu adeninowego z miejsca
rozgałęzienia na pierwszy nukleotyd intronu (koniec 5'), co powoduje powstanie pętli. Następnie
grupa 3'-OH uwolnionego eksonu atakuje ostatni nukleotyd intronu na końcu 3', dzięki czemu
eksony się łączą i uwalniany jest intron w formie lassa.

34. Co to jest spliceosom?

Spliceosom jest to kompleks białek i RNA, który bierze udział w wycinaniu intronów z pre-
mRNA w procesie splicingu. W skład klasycznego spliceosomu wchodzi pięć małych
jądrowych nukleoprotein (snRNP, czyli białko + snRNA), zwanych U1, U2, U4, U5 i U6

REPLIKACJA DNA

Replikacja jest procesem endoenergetycznym zachodzącym w fazie S inferfazy. Substraty

stanowią:
•matryca DNA
•trifosforany deoksyrybonukleotydów (dNTP) – budulec nowej nici DNA
•ATP/CTP/GTP – źródło energii dla helikaz.
W procesie tym bierze udział wiele enzymów, między innymi:
•topoizomeraza – wprowadza lub usuwa skręty z podwójnej nici DNA przez przerywanie i
ponowne łączenie jednej lub obu nici
•helikazy– rozrywają wiązania wodorowe między nićmi matrycowego DNA, rozkręcając
helisę i umożliwiając rozpoczęcie procesu replikacji przy wykorzystaniu energii z hydrolizy
ATP
•prymaza – syntetyzuje starter RNA
•ruchoma obręcz- chroni polimerazę przed odpadnięciem od matrycy
•polimerazy DNA – katalizują reakcję łączenia się kolejnych nukleotydów w łańcuch
polinukleotydowy komplementarny do matrycy pojedynczej nici DNA oraz naprawia błędy
•egzonukleaza – usuwa startery RNA z nici
•ligaza DNA– uzupełnia brakujące wiązania fosfodiestrowe w szkielecie nowo
zsyntetyzowanej nici DNA przy wykorzystaniu energii z hydrolizy ATP
•białko wiążące jednoniciowe DNA (SSB)
•enzymy pomocnicze.

Proces syntezy DNA rozpoczynają białka inicjujące(Replisom),które wiążą

specyficzne sekwencję DNA nazywane miejscami początku replikacji ( ORI –
origins of replication ) składające się głównie z par A-T mających 2 wiązania
wodorowe które łatwiej rozerwać niż pary G-C posiadające 3 wiązania
wodorowe
W miejscach tych białka inicjujące oddzielają od siebie dwie nici DNA,
zrywając wiązania wodorowe między zasadami.
Kiedy białka inicjujące zwiążą DNA w miejscu początku replikacji i lokalnie
rozplotą dwuniciową helisę, przyłączają się do nich liczne inne białka
odpowiedzialne za przeprowadzenie samej replikacji. Białka te tworzą aparat
replikacyjny, w którym każde białko spełnia ściśle określoną funkcję.

Widełki replikacyjne tworzą się po obu stronach powstałego „oczka” .

Przesuwanie się widełek replikacyjnych jest spowodowane działaniem aparatu
replikacyjnego, którego serce stanowi enzym nazywany polimerazą DNA.
Enzym ten katalizuje dodawanie nukleotydów do końca 3’ budowanej nici
DNA wykorzystując jedną z wyjściowych nici jako matrycę. Replikacja kończy
się gdy widełki replikacyjne spotkają się ze sobą.
Reszta jest w Albertsie i na necie, więc nie będę wszystkiego przepisywał :p