TUGAS DESIGN DAN ANALISIS PRIMER

MATA KULIAH BIOLOGI MOLEKULER II

Disusun oleh :
Ardhiyah Tsilatsi
233510156
B2

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

PROGRAM SARJANA TERAPAN
SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN
WIRA MEDIKA BALI
DENPASAR
2023
>KV841389.1 Staphylococcus aureus strain HMSC77A05 genomic scaffold
Scaffold2, whole genome shotgun sequence
AGTCAGATGATTTAACGGAATATTTTGATGTCTCTTTGATTGTTATAAAATCATTTGAATTATTGATTAA
AGATATTATATTGTTTCATGTTTTTACGGCGCATATAAAGGGCATGTGTTTCTTCAAGTTCAGCTTTAAT
GGATTGCATTAAATAACCTTGCATAGCTTCAACGGTTTCATTCTTTTGTAGCAACATCGCTTTAAAACGT
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TTGAAGTTGTTGTGGCAATTCTTCGAGTACTTGGAACTTAAGGGCGTCATTATTAAATTCAGTTTTTTGA
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TATCATTATCCTCATTTTCTATATAATTAGTATTATTTAACTCAGTATCATTAGACTGTGAATTTGGAAG
TTCTTGACCACTTAAATTCACAGTTCTAGAACTTCCAGATTCATTGTTCTGGAACTGTGAATTTGGAAGT
TCCTTGGTAAGACTTGCTTCAATATCATAATTTGGTTTTAATAAATATAATCTATTTGGTTTATTAAGGC
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TCATTTTGGATGGATAATTCGAAACGATCTTTTAATAATGCATACATAATTTTGGCTTCTGCTGACATTT
TCTTAAAATATGCATCTTCGAACAAATATTTAGGCAGTTGGTAAAATCTTTCAGTTTTTACTTGTGATAA
ATTGTATTTCTCAAAATTGGGCATAATAAAAACCTCATTTCCACTTTTTGGATAGAGGTAATAAAACAAT
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TTATATAAACAGACGAATGCGAATCGTTTTATTACCGAGAGTCGATGCTACGCCAATAGTATCGACTCTT
TTAATATTCACAAAGTAATATTAACACTTTTAAGATTGTATATAAAGCTTTTTAAGTTTAGTTGAAAGAA
CATTGTAACTTTAAAATGATAAAAATTCACTAATTTAGCACCTAATTAGCCGTTAAAACCTTCTATAGGT
GGCTAATTAGGTGCTAAATTAGTGAAATAGGTAGTAAATTTAGATATCGAAAGATGAAAAAATATTTGTT
AGGTGGTAAAATTTAGGTACCAATTTATGTACCTAAGGATGAATGTTATGAAAACTATTAAAATGGTTGC
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GAAAATGGAATTAATTATATTAATGATAATGATTGTTTAAAAATTATAGAAAAGATCACTAAGAAAGAAA
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ATAGCAATGTTAATACATTAAATAAACTGTTGGAGAATCAACAAATATTAGCTTTAGAAAGTAATAAAAA
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GATAGACAAAGCATTAATCCGCAAGAAGCAACTTTTACTGAAGAATATCAAAATAGCAACCAGCAACAAA
AGAAAATACAACCAATAGAAGCAGAATTAAATCATAAGGGCATAACTAAAGCGAAAAAGGATGACAGTGC
AAACGAAGACGTATTAAAGAGAGATGATAAACTATCTGAAGAAATAGAGAGTGGACCTGAGGACAGGGAA
GTAGAAACACCTAAAAAGGGGTTTTGGAGTCGTTTGTTTGGTAGCTAAAATAATTAATTAGGCACTAAAA
GTTTATAACTTTTAGTGCCTTTTATATAGTGAGAACTTCTGGTAATCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATT
GGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCGAA
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TGCATTCAACTGAAGTAACAGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAACATATGCACGTTTTGTTGTG
TGTTGAAAATGCGTATTTTAGAAAGAAAAAATATATTACACAAACAGAATTGGTTGATTTATGGCAACAA
GCATTAAAAGTAAATTATCGACCTGTCGTAAATATTAAAGCGATCAAACCAAAAAGGAGATAAAGATATT
GCGTCTGCTATCAAGGAGACATCAAAATATTCCGTTAAATCATCTGACT
Primer Primer sequence Tm (C) Ukuran Dimer
pair produk
(ada/tidak
No. (bp)
ada)
1. F 5’- AGCATTAATCCGCAAGAAGC 59.5 °C 235 bp Tidak ada
R 5’- AACGACTCCAAAACCCCTTT 59.8 °C Tidak ada
2. F 5’- AGCATTAATCCGCAAGAAGC 59.5 °C 233 bp Tidak ada
R 5’- CGACTCCAAAACCCCTTTTT 60.3 °C Tidak ada
3. F 5’- GAAAAGCCGAATTCTCGTTG 59.8 °C 234 bp Tidak ada
R 5’- CGCATTTTCAACACACAACA 59.2 °C Tidak ada
4. F 5’- AATCCGCAAGAAGCAACTTT 59.0 °C 229 bp Tidak ada
R 5’- AACGACTCCAAAACCCCTTT 59.8 °C Tidak ada
5. F 5’- ATCCGCAAGAAGCAACTTTT 59.0 °C 228 bp Tidak ada
R 5’- AACGACTCCAAAACCCCTTT 59.8 °C Tidak ada
Hasil yang diperoleh:

1. Nama gen dan sekuen Fasta gen yang anda pilih dari NCBI :

>KV841389.1 Staphylococcus aureus strain HMSC77A05 genomic scaffold

Scaffold2, whole genome shotgun sequence
AGTCAGATGATTTAACGGAATATTTTGATGTCTCTTTGATTGTTATAAAATCATTTGAATTATTGATTAA
AGATATTATATTGTTTCATGTTTTTACGGCGCATATAAAGGGCATGTGTTTCTTCAAGTTCAGCTTTAAT
GGATTGCATTAAATAACCTTGCATAGCTTCAACGGTTTCATTCTTTTGTAGCAACATCGCTTTAAAACGT
TTCAATACACTTACAATTTCAAACTCAACATCTTCTAAACGATAATAAGTATCATGTGAAGTATTAAATG
ACTTTTTCCCTTTGAGTAATACGCTTTTAATAATCCGAATTTCTCTAATTTCAAATTTACTTAAATAGTC
TTGAAGTTGTTGTGGCAATTCTTCGAGTACTTGGAACTTAAGGGCGTCATTATTAAATTCAGTTTTTTGA
TGATTTGTATGATTCGAATGATGATTATTATTTATTAAAGTATTAGATATAATATCATTCATATCATACG
TATCATTATCCTCATTTTCTATATAATTAGTATTATTTAACTCAGTATCATTAGACTGTGAATTTGGAAG
TTCTTGACCACTTAAATTCACAGTTCTAGAACTTCCAGATTCATTGTTCTGGAACTGTGAATTTGGAAGT
TCCTTGGTAAGACTTGCTTCAATATCATAATTTGGTTTTAATAAATATAATCTATTTGGTTTATTAAGGC
CAACACGCTCTTGAGTTAATAAATTAAAATTTACTAACTCTTTTTTCAATTTTATGATTTTTTGTTCTCC
ATAACCTAAGTACTCGCACAAATGTTTATTACTGAAAATAAAGTAAATGTTATTATTTCTATCTACCCAT
TCATTTTGGATGGATAATTCGAAACGATCTTTTAATAATGCATACATAATTTTGGCTTCTGCTGACATTT
TCTTAAAATATGCATCTTCGAACAAATATTTAGGCAGTTGGTAAAATCTTTCAGTTTTTACTTGTGATAA
ATTGTATTTCTCAAAATTGGGCATAATAAAAACCTCATTTCCACTTTTTGGATAGAGGTAATAAAACAAT
TTTTACGTAGGTTATATGTTTTGTACTTGCACTTATATGATTAGATATATATAATACAAGTATCAAAAAA
TTATATAAACAGACGAATGCGAATCGTTTTATTACCGAGAGTCGATGCTACGCCAATAGTATCGACTCTT
TTAATATTCACAAAGTAATATTAACACTTTTAAGATTGTATATAAAGCTTTTTAAGTTTAGTTGAAAGAA
CATTGTAACTTTAAAATGATAAAAATTCACTAATTTAGCACCTAATTAGCCGTTAAAACCTTCTATAGGT
GGCTAATTAGGTGCTAAATTAGTGAAATAGGTAGTAAATTTAGATATCGAAAGATGAAAAAATATTTGTT
AGGTGGTAAAATTTAGGTACCAATTTATGTACCTAAGGATGAATGTTATGAAAACTATTAAAATGGTTGC
TGATGAATTGAATGTAACTAAACAAACTATTGTTAATAATGCTAAAAACTTAAATATATCTTTTAAAAAA
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GGACAATGCAAAATAAAGAATCAATAAAAAAAGAAAGATTTAATGAAAATACTGCAGAGTTTGAAAAGCA
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ATCTTTGAAACTAGAGCTAAAAATGATGAAAAATATATTGAGAATTTAACTAAACAACTAGATCAACAAA
ATAGCAATGTTAATACATTAAATAAACTGTTGGAGAATCAACAAATATTAGCTTTAGAAAGTAATAAAAA
GATTCAAAAACTAGAAAACCAATTAGAAGAAGAAAGACAGCTTAATTACTCTTTTGATACAGCGACTAAT
GATAGACAAAGCATTAATCCGCAAGAAGCAACTTTTACTGAAGAATATCAAAATAGCAACCAGCAACAAA
AGAAAATACAACCAATAGAAGCAGAATTAAATCATAAGGGCATAACTAAAGCGAAAAAGGATGACAGTGC
AAACGAAGACGTATTAAAGAGAGATGATAAACTATCTGAAGAAATAGAGAGTGGACCTGAGGACAGGGAA
GTAGAAACACCTAAAAAGGGGTTTTGGAGTCGTTTGTTTGGTAGCTAAAATAATTAATTAGGCACTAAAA
GTTTATAACTTTTAGTGCCTTTTATATAGTGAGAACTTCTGGTAATCAAAGTTATGTCCAGTTTGTAATT
GGAGACGTTCTATGAAAAATAGTTATCAATCCCAAAAAGTGATTGAAGAAGTGTTTAAAGAAAAGCCGAA
TTCTCGTTGGTTGTTTCTTACATTATCAATACGAAATGCAATAGGTGGAGATACGTTAGAACAAAATTTA
ACACATTTAACTGAGTCGTTTAGAAGATTATTTAAATATAAAAAAATCAGTAAAAATTTAATTGGCTTTA
TGCATTCAACTGAAGTAACAGTTAATAAAAATGACGGTAGTTATAATCAACATATGCACGTTTTGTTGTG
TGTTGAAAATGCGTATTTTAGAAAGAAAAAATATATTACACAAACAGAATTGGTTGATTTATGGCAACAA
GCATTAAAAGTAAATTATCGACCTGTCGTAAATATTAAAGCGATCAAACCAAAAAGGAGATAAAGATATT
GCGTCTGCTATCAAGGAGACATCAAAATATTCCGTTAAATCATCTGACT
2. Screen-shoot keluaran/ output Primer 3 Plus
3. Amplifikasi PCR secara Virtual

4. Hasil Amplifikasi PCR menggunakan In Silico PCR (dari 117 strain, ada 20 strain
yang sesuai), panjang 170bp.

5. Daftar hasil yang diperoleh;

No Genome
5 Staphylococcus aureus M1
8 Staphylococcus aureus subsp. aureus 11819-97
9 Staphylococcus aureus subsp. aureus 55/2053
14 Staphylococcus aureus subsp. aureus ECT-R 2
33 Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome,
isolate 10388
34 Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome,
isolate 10497
35 Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome,
isolate 15532
36 Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome,
isolate 16035
38 Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome,
isolate 18341
39 Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome,
isolate 18412
40 Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome,
isolate 18583
43 Staphylococcus aureus subsp. aureus TW20
47 Staphylococcus aureus subsp. aureus Z172