Provera normalnosti distribucije:

Grafičkim uvidom (histogram i Q-Q plot), kao i K-S i Shapiro-Wilk statističkim testovima
uviđam da nijedan od parametara od interesa nema normalnu raspodelu, ali svakako sam
posle radio samo logističku regresiju za koju normalna raspodela nije ni potrebna.

Logistička regresija:
 - Da li sniženi limfociti koreliraju sa lošijim kliničkim ishodom
(komplikacije):
Budući da od podataka imamo nezavisnu varijablu koja je kontinuirana i zavisnu
varijablu koja je dihotomna (ima komplikacije - 1, nema - 0), urađena je binarna logistička
regresija kako bi se uočila eventualna povezanost između ove dve varijable. Za ovu analizu
nije potrebno da vrednosti nezavisne varijable budu normalno raspoređene, ali je bitno da ne
postoje ekstremne vrednosti (outliers), te sam vrednosti par pacijenata čije su vrednosti
limfocita bile 3-4 puta više od standardne devijacije zamenio srednjim vrednostima, a
pacijenta pod rednim brojem 115 sam potpuno isključio, meni je ono delovalo kao neka
greška u unosu podataka iskreno. Takođe sam logaritmovao podatke za limfmin jer onda
bolje odgovaraju ovom modelu logističke regresije.

Na osnovu Omnibus Testa i Hosmer-Lemeshow testa se može zaključiti da je model

odgovarajući za podatke, budući da je p < 0.05 (Omnibus) i p > 0.05 (Hosmer).
Međutim, po Nagelkerke R kvadratu se može pretpostaviti da prediktivne varijable
imaju oko 18% uticaj na zavisne vrednosti. (Nisam uopšte siguran u ovo, proveri sa
Baltom pls oko interpretacije Nagelkerke R kvadrata, a i ja ću pitati još jednu
drugaricu jer mi je jako konfuzno ono što sam našao na netu).

Exp(B) (adjusted odds ratio) je manji od 1.0, a confidence interval je isto manji od 1.0
što ukazuje da su povećane vrednosti nezavisne varijable (minimalan broj limfocita) u
 korelaciji sa blažom kliničkom slikom (u bazi navedeno kao odsustvo komplikacija).
Ja ideju nemam šta se od ovih brojeva piše u radu jer ovo nije klasična korelaciona
analiza, pa da samo napišemo koeficijent. Moramo to da proverimo.

- Da li visoke vrednosti LDH(max) koreliraju sa lošijim

kliničkim ishodom (komplikacije):
Potpuno isti princip kao i sa regresijom koju sam radio kod limfocita, dva pacijenta sa
ekstremnim vrednostima sam izmenio tako što sam im upisao srednju vrednost
(Trimmed mean 5%).

Isti testovi kao za limfocite, model logističke regresije još bolje fituje na ove podatke
za LDH, bukvalno prelepo.

Exp(B) (adjusted odds ratio) je veći od 1.0, a confidence interval je isto veći od 1.0
što ukazuje da su povećane vrednosti nezavisne varijable (LDHmax) u korelaciji sa
težom kliničkom slikom (u bazi navedeno kao prisustvo neke od komplikacija). Dakle
obrnuta logika u odnosu na limfocite jer je kod njih manji broj bio povezan sa težom
slikom, a ovde je veći broj povezan sa težom slikom. Isto ne znam šta od ovoga
treba da se piše u radu. 27,5% je procenjen uticaj nezavisne varijable na promenu
zavisne.
- Da li visoke vrednosti IL-6 koreliraju sa lošijim kliničkim
ishodom (komplikacije):
Da bi model bolje fitovao na podatke, pored izbacivanja jednog pacijenta sa velikom
ekstremnom vrednošću sam takođe transformisao podatke logaritmovanjem, nakon
čega se pokazalo da model bolje fituje nego pre logaritmovanja.

Povećane vrednosti IL-6 jesu povezane sa lošijim kliničkim ishodom, oko 10% je
procenjen uticaj nezavisne varijable na menjanje zavisne.

- Da li visoke vrednosti CRP koreliraju sa lošijim kliničkim

ishodom (komplikacije):
 Da, koreliraju, ali samo oko 10% je uticaj varijable CRPmax na ishod (komplikacija).

Korelacija:
- Da li sniženi limfociti koreliraju sa lošijim kliničkim ishodom
(stadijum bolesti):
Budući da se radi korelacija između kontinuirane i ordinalne varijable, prvo sam
konvertovao kontinuiranu varijablu (limfocitimin) u ordinalnu varijablu od tri nivoa
(zato što je i u ovom uzorku pacijenata bolest gradirana u tri nivoa, bez obzira što
postoji i nula, mi u uzorku nemamo nulu).

Uradio sam Spearman’s korelaciju i ovde se vidi negativna korelacija između

stadijuma bolesti i broja limfocita, dakle što god manje limfocita ima, generalno je teži
stadijum. Ovo je između srednje i slabe korelacije. Vidi da li ti se ubacuje u rad onaj
 scatterplot grafik sa regresionom linijom, nešto me zezao program da mi prikaže
liniju, ali ako treba, rešićemo.

- Da li visoke vrednosti LDH(max) koreliraju sa težim

kliničkim stadijumom:
Isto sam konvertovao brojeve kao u slučaju sa limfocitima i to sam uradio do kraja u
svim korelacijama.

Postoji umerena pozitivna korelacija između visine LDH i stadijuma bolesti.

- Da li visoke vrednosti IL6(max) koreliraju sa težim

kliničkim stadijumom:

Ista priča kao iznad.

 - Da li visoke vrednosti CRPmax koreliraju sa težim
kliničkim stadijumom:

Postoji slaba pozitivna korelacija.

Logistička regresija:
- Da li sniženi limfociti koreliraju sa lošijim kliničkim ishodom
(smrt/preživljavanje):
Radio sam sa potpuno istim podacima kao u prethodnoj logističkoj regresiji sa
limfocita (ono prvo kad sam gledao u odnosu na komplikacije), samo sam sada limfocite
logaritmovao jer model onda bolje odgovara podacima.
Iz ovoga se zaključuje da su niži limfociti povezani sa većim šansama za letalni ishod.

- Da li visoke vrednosti LDH(max) koreliraju sa lošijim

kliničkim ishodom (smrt/preživljavanje):
Logaritmovao sam LDH(max) jer model bolje odgovara podacima onda.
 Iz ovoga se zaključuje da su u slučaju viših vrednosti LDH(max) veće šanse za
letalan ishod.

- Da li visoke vrednosti IL-6 koreliraju sa lošijim kliničkim

ishodom (smrt/preživljavanje):
Opet sam logaritmovao podatke.
 Iz ovoga se zaključuje da su povećane šanse za letalnim ishodom ukoliko su bile
povišene vrednosti IL-6.

- Da li visoke vrednosti CRPmax koreliraju sa lošijim

kliničkim ishodom (smrt/preživljavanje):
Ovde sam koristio izvorne podatke bez ekstremnih vrednosti jer su oni najbolje
odgovarali modelu.
Iz ovoga se zaključuje da su u slučaju povišenih vrednosti CRP bile veće šanse za
letalni ishod.
Logistička regresija:
- Da li su niske vrednosti limfocita bile povezane sa većom
primenom oksigenoterapije

Ovaj model odlično odgovara podacima. Nisam ih logaritmovao. Procenjeni uticaj nezavisne
varijable na zavisnu je oko 20%. Ovo ukazuje na to da su smanjeni limfociti bili povezani sa
većom šansom za primenu kiseoničke terapije.
- Da li su visoke vrednosti LDHmax bile povezane sa
većom primenom oksigenoterapije

Model odgovara podacima. Procenjeni uticaj nezavisne varijable na zavisnu je oko

24%. Ovo ukazuje na to da su povećane vrednosti LDHmax povećavale i šansu za
primenu oksigenoterapije.
- Da li su visoke vrednosti CRPmax bile povezane sa
većom primenom oksigenoterapije

Model odgovara podacima. Procenjeni uticaj nezavisne varijable na zavisnu je oko

14%. Ovo ukazuje na to da su povećane vrednosti CRPmax povećavale i šansu za
primenu oksigenoterapije.
- Da li su visoke vrednosti IL-6max bile povezane sa većom
primenom oksigenoterapije

Model odgovara podacima koji su logaritmovani u ovom slučaju. Procenjeni uticaj

nezavisne varijable na zavisnu je oko 21%. Ovo ukazuje na to da su povećane
vrednosti IL-6max povećavale i šansu za primenu oksigenoterapije.
 Korelacija:
- Da li su vrednosti limfocita u negativnoj korelaciji sa većim
stepenom kiseoničke potpore.

Konvertovao sam kontinuiranu varijablu minimalnih vrednosti limfocita u ordinalnu

varijablu od 4 nivoa (0, 1, 2, 3) jer i ordinalna varijabla tip O2 takođe ima 4 nivoa.
Iz ovoga se može zaključiti da su snižene vrenosti limfocita povezane sa većim
nivoom kiseoničke potpore jer je negativna korelacija. Stepen korelacije je umeren.

- Da li su vrednosti LDHmax u korelaciji sa većim stepenom

kiseoničke potpore.

Ista priča kao u prethodnom primeru. Postoji umerena pozitina korelacija između
maksimalnih izmerenih vrednosti LDH i nivoa kiseoničke potpore.
- Da li su vrednosti CRPmax u korelaciji sa većim stepenom
kiseoničke potpore

Postoji slaba pozitina korelacija između maksimalnih izmerenih vrednosti LDH i nivoa
kiseoničke potpore.

- Da li su vrednosti IL-6max u korelaciji sa većim stepenom

kiseoničke potpore

Postoji umerena pozitina korelacija između maksimalnih izmerenih vrednosti IL-6 i

nivoa kiseoničke potpore.
 Logistička regresija:
- Da li su niske vrednosti limfocita bile povezane sa većom
primenom biološke terapije

Ovaj model odgovara podacima. Nisam ih logaritmovao. Procenjeni uticaj nezavisne

varijable na zavisnu je oko 16%. Ovo ukazuje na to da su smanjeni limfociti bili povezani sa
većom šansom za primenu biološke terapije.
 - Da li su visoke vrednosti LDHmax bile povezane sa
većom primenom biološke terapije

Ovaj model odgovara podacima. Logaritmovao sam ih. Procenjeni uticaj nezavisne varijable
na zavisnu je oko 22%. Ovo ukazuje na to da su više vrednosti LDHmax povećavale šansu
za primenu biološke terapije.

- Da li su visoke vrednosti CRPmax bile povezane sa

većom primenom biološke terapije
 Ovaj model odgovara podacima. Logaritmovao sam ih. Procenjeni uticaj nezavisne
varijable na zavisnu je oko 9%. Ovo ukazuje na to da su više vrednosti CRPmax povećavale
šansu za primenu biološke terapije.

- Da li su visoke vrednosti IL-6max bile povezane sa većom

primenom biološke terapije
 Ovaj model odgovara podacima. Logaritmovao sam ih. Procenjeni uticaj nezavisne
varijable na zavisnu je oko 25%. Ovo ukazuje na to da su više vrednosti IL-6 max
povećavale šansu za primenu biološke terapije.

- Da li su niske vrednosti limfocita bile povezane sa većom

primenom mehaničke ventilacije
Model odgovara podacima koji nisu transformisani. Procenjeni uticaj nezavisne varijable na
ishod (MV) je blizu 44%. Ovo ukazuje na to da su više vrednosti minimalnih izmerenih
vrednosti limfocita bile povezane sa manjim šansama za primenu MV i obrnuto.

- Da li su visoke vrednosti LDHmax bile povezane sa

većom primenom mehaničke ventilacije
Model odgovara podacima koji su transformisani logaritmovanjem. Procenjeni uticaj
nezavisne varijable na ishod (MV) je oko 17%. Ovo ukazuje na to da su više vrednosti
LDHmax povećavale šansu za primenu mehaničke ventilacije.

- Da li su visoke vrednosti CRPmax bile povezane sa

većom primenom mehaničke ventilacije
Model odgovara podacima koji su transformisani logaritmovanjem. Procenjeni uticaj
nezavisne varijable na ishod (MV) je oko 24%. Ovo ukazuje na to da su više vrednosti
CRPmax povećavale šansu za primenu mehaničke ventilacije.

- Da li su visoke vrednosti IL-6max bile povezane sa većom

primenom mehaničke ventilacije
Model odgovara podacima koji su transformisani logaritmovanjem. Procenjeni uticaj
nezavisne varijable na ishod (MV) je oko 15%. Ovo ukazuje na to da su više vrednosti IL-
6max povećavale šansu za primenu mehaničke ventilacije.

Deskriptivna statistika:
Pol nije korelisao sa učestalošću komorbiditeta.
Budući da distribucija nije normalna, rađen je Mann-Whitney U neparametarski test
za upoređivanje srednjih vrednosti između dva uzorka. Postoji statistički značajna
razlika u srednjim vrednostima minimalnih izmerenih vrednosti limfocita između
grupe pacijenata koji su se oporavili i koji su preminuli (SV(oporavljeni) = 104,55;
SV(preminuli) = 51,92; p < 0,05).
Isto sve pišeš kao za prethodni primer, samo je sada CRPmax. Srednje vrednosti
čitaš sa grafikona (Mean Rank), a p vrednost čitaš iz ove tabele na dnu (Asymptotic
Sig.).
*Nemoj da te zbune na grafiku ovi visoki stubići tamo gde je srednja vrednost
zapravo niža nego u drugoj grupi, zato što ti stubići samo predstavljaju frekvenciju
ispitanika sa tom određenom vrednošću. A pošto ih se opravilo 179, a umrlo samo
19, logično da je veća frekvencija pacijenata sa nekom vrednošću tamo gde ih prosto
ima više. Dakle ti samo gledaš srednju vrednost (Mean Rank) i gledaš da li je
statistički značajna razlika (Asymptotic Sig.). U ovom slučaju reci da jeste statistički
značajna, a p = 0,05.
Ovde nije statistički značjna razlika (p > 0,05)!!
Ubićeš me za ovu tabelu, ali ovako je išlo najbrže. Dakle samo čitaš srednje vrednosti ispod
ove druge kolone (Mean) i prepisuješ ih u svoju tabelu. Standardne devijacije su odmah
kolona pored. Ovo je bilo za stepen kiseoničke potpore, gde je 0 bez potpore, a 3 je
neinvazivna ventilacija.
Ovde je rađen Levene test za ispitivanje homogenosti varijansi između grupa pacijenata
grupisanih na osnovu stepena kiseoničke potpore (tipO2 u bazi). Budući da samo za
CRPmax on nije bio značajan, to znači da su njihove varijanse značajno različite, što krši
preduslov za primenu ANOVA testa za poređenje više od dve srednje vrednosti, tako da je
ANOVA rađena samo za CRPmax (p < 0,05), a za ostale parametre su rađeni parametarski
testovi (Welch i Brown-Forsythe)
Ovo je rađeno u odnosu na primenu mehaničke ventilacije. P vrednosti su svuda manje od
0,05, a srednje vrednosti su ti ispisane iznad grafikona distribucije.
Ovo je rađeno u odnosu na primenu kiseonika. Sve isto radiš kao u primeru iznad. Svuda su
statistički značajno različite srednje vrednosti.
Ovo je rađeno u odnosu na biološku terapiju. Sve isto radiš kao u primeru iznad. Svuda su
statistički značajno različite srednje vrednosti, osim kod D dimera, gde je p = 0,848.

Ovo je rađeno u odnosu na stadijum bolesti. Srednje vrednosti prepisuješ iz mean kolone.
Ovde je rađen Levene test za ispitivanje homogenosti varijansi između grupa pacijenata
grupisanih na osnovu stadijuma bolesti. Rezultati ovog testa za svaki parametar znače da su
njihove varijanse značajno različite, što krši preduslov za primenu ANOVA testa za
poređenje više od dve srednje vrednosti, tako da su rađeni parametarski testovi za
poređenje srednjih vrednosti (Welch i Brown-Forsythe). Pošto oni zahtevaju da za svaki
parametar zbir vrednosti u sklopu te grupe bude veći od 1, a pošto je samo jednja
pacijentkinja bila sa 0 stadijumom bolesti, ja sam nju uklonio.

IL-6 max i D dimer max nemaju statistički značajno različite srednje vrednosti među različitim
kliničkim stadijumima, dok ostali parametri imaju (p vrednost čitaš iz Sig. kolone).
Za D dimer nike značajna razlika.

U odnosu na ishod:

Za leukocite ne može t-test, već Mann-Whitney U test jer varijanse nisu iste među grupama.
Nema statistički značajne razlike (p = 0.238).
Za trombocite može t-test zato što su varijanse približno iste. Ima statistički značajne razlike
(p < 0.02)

U odnosu na MV:

Ove gledaj samo za trombcite (t-test). Nema statistički značajne razlike (p = 0,073).

Ima statistički značajne razlike za leukocite (p < 0,05, Mann-Whitney U test)

U odnosu na biološku terapiju:

Varijanse nisu bile iste, tako da je rađen neparametarski Mann-Whitney U test. Postoji
statistički značajna razlika za trombocite (p = 0,022), dok to nije slučaj za leukocite
(p=0,109).

U odnosu na stepen oksigenoterapije:

Za leukocite se radi parametarski (Welch, Brown-Forsythe), za trombocite ANOVA.

Nema statistički značajne razlike za tr (p=0,137)

Postoji statistički značajna razlika za leukocite (p < 0,05).

U odnosu na stadijum bolesti:

Za trombocite ide ANOVA, a za leukocite neparametarski testovi (Welch, Brown-Forsythe).

Nema statistički značajne razlike za tr (p = 0,057).

Za leukocite ima statistički značajne razlike (p < 0.05).

DODATO:

U odnosu na stepen kiseoničke potpore:

*Podaci su logaritmovani kako bi se postigla normalna distribucija, a potom su primenjeni
parametarski testovi poređenja srendjih vrednosti (ANOVA