AZ EUKARIÓTA

GÉNEXPRESSZIÓ
SZABÁLYOZÁSA 2.
2018

Scholtz Beáta  
E-mail: scholtz@med.unideb.hu
A mRNS ÉRÉSE ÉS DEGRADÁCIÓJA
 AZ EUKARIÓTA mRNS STRUKTÚRÁJA

gén  (DNS)   mRNS   protein  

Exonok  

gén  (DNS)    
és  prekurzor  RNS  

Intronok   PoszFranszkripciós    
módosítások  
exonok,  cap,  polyA  
mRNS  
*  
kódoló  +  UTR  
protein  
VÉDELEM AZ RNS DEGRADÁCIÓTÓL:
5’ Cap ÉS 3’ polyA

CAP  
*   polyA  (200)  

Eukarióta mRNS
SPLICING: AZ INTRONOK ELTÁVOLÍTÁSA

A különböző gének különböző számú exonból állhatnak és

az egyes exonok hossza is eltérő. Ez emberi genomban az
átlagos exonhossz 145 bp és az átlagos intronhossz 3365 bp.
A SPLICING MECHANIZMUSA

A legtöbb mRNS intron -GU-val kezdődik és -AG-vel végződik.

A SPLICING MECHANIZMUSA

A konzervált szekvencia ennél hosszabb:

-AG | GUAAGU…….. PyPyPyPyPyPyNCAG | G
Az 5’ szekvencia a donor hely, a 3’ szekvencia az akceptor
hely.
Általában van még egy polipyrimidin rész 18-140 bp-ra a 3’
szekvenciától.
A SPLICING MECHANIZMUSA

1) Transzészterifikálás:
Hasítás + 5’-2’ foszfodiészter kötés

2) Az upstream exon 3’-OH

csoportja egy hasítást
indukál az acceptor helyen,

3) és a két exonvég ezután

kovalensen összekapcsolódik
(ligáció).
A SPLICING
MECHANIZMUSA

A splicing legfőbb faktorai

a U1, U2, U4, U5, U6
snRNSek. Ezek fehérjével
kapcsolódva hozzák létre
a small nuclear
ribonucleoproteineket
(snRNPket).
Ezek egyéb fehérjékkel
kapcsolódva egy komplexet
hoznak létre, ami
a splicing-ért felelős, ez
a spliceosome.
A SPLICEOSZÓMA
A SPLICING MECHANIZMUSA

A splicing legfőbb faktorai az U1, U2, U4, U5, U6

snRNSek. Ezek fehérjével kapcsolódva hozzák létre
a small nuclear ribonucleoproteineket (snRNPket).
A SPLICING MECHANIZMUSA

A mRNS – snRNS – fehérje interakciók többszöri, dinamikus átrendeződése

A POSZTTRANSZKRIPCIÓS MÓDOSÍTÁSOK A
TRANSZKRIPCIÓVAL EGYIDEJŰLEG
TÖRTÉNNEK
A SPLICING MECHANIZMUSA

• Irányító szekvenciák az intronokban

• Hasítás, foszfodiészter kötés, lariat, ligáció
• A splicing legfőbb faktorai: kis nukleáris (sn) RNSek.
Ezek fehérjével kapcsolódva hozzák létre
a small nuclear ribonucleoproteineket (snRNPket).
• spliceoszóma
• RNS-snRNS duplexek: többszörös átrendeződés a
splicing során
• Kotranszkripciós esemény
• Alternatív splicing
ALTERNATÍV SPLICING

A különböző szövetekben, különböző körülmények hatására

ugyanabból a hnRNS molekulából eltérő exonok kerülhetnek a
végső érett mRNS-be. Így egy génről különböző fehérjék jöhetnek
létre, ami nagymértékben megnöveli az eukarióta fehérjék
sokféleségét, anélkül, hogy a gének számát növelni kellett volna.
ALTERNATÍV SPLICING
ALTERNATÍV SPLICING

Nagy távolság lehet a két összekapcsolandó exonvég között.

Ha több intron is van, több splice site is van, a megfelelőt kell
kiválasztani. Vannak fehérjék, melyek segítik a megfelelő splice site
kiválasztását (SR fehérjék).
A splice site-hoz hasonló szekvencia lehet az intronban és
az exonban is.
ALTERNATÍV SPLICING

Az intronokhoz kapcsolódó hnRNP fehérjék (a nukleoszómáknál

2X nagyobb komplexet képez) is szabályozzák a splicing-ot.
A SPLICING MEGVÁLTOZÁSA: MUTÁCIÓK ÉS SNP
DROSOPHILA DSCAM:
95 EXON, 38016 ALTERNATÍV SPLICE VARIÁNS
tRNS ÉS rRNS PROCESSZÁLÁSA

rRNS-ek:
5S: RNS Pol III írja át, nem processzálódik.
5.8S, 18S, 28S: RNS Pol I írja át egy nagy preRNS formában,
amiből kihasadnak az érett rRNS-ek.
tRNS-ek:
RNS Pol I írja át őket egyesével vagy többet egy transzkriptben.
Processzálódnak baktériumokban is!

Néhány eukarióta rRNS-ben és tRNS-ben van intron. Ennek

kivágását ribozim katalizálja, az első RNS enzim, amit felfedeztek.
A BAKTERIÁLIS tRNS ÉS rRNS PROCESSZÁLÁSA

Ezek pre-RNS formában íródnak át és egy sor hasításon és kémiai

módosításon mennek át.
Bakteriális rRNS: 5S, 16S, 23S (RNaseIII, P, F)
A tRNS érése is hasítással (RNaseP, D, E/F, Z), majd a bázisok
módosításával történik.
AZ RNS POSZTTRANSZKRIPCIÓS MÓDOSÍTÁSAI 2.
(tRNS, rRNS)

Az eukarióta tRNS-ek és rRNS-ek a baktériumokéhoz

hasonlóan kémiai módosításokat kapnak.
AZ RNS POSZTTRANSZKRIPCIÓS MÓDOSÍTÁSAI 3:
RNS EDITING
adenozin-deamináz
ADAR
enzimcsalád

CAG = Gln

CIG kodon = „CGG”

GCC antikodon = Arg

Glutamin Arginin
Glutamát-receptor, szerotonin-receptor
25  
AZ RNS POSZTTRANSZKRIPCIÓS MÓDOSÍTÁSAI 3:
RNS EDITING, SZEROTONIN RECEPTOR

ADAR
enzimcsalád

ADAR-mediated editing sites of the mammalian 5-HT2CR, serotonin receptor

26  
Egérkísérletek: hiperfágia, fokozott metabolizmus
 RNS/DNS-editing a mRNS/gén kódoló régiójában
citidin-deamináz

APOBEC enzimcsalád:

• DNS editing: Ig variabilitás

• RNS editing: ApoB-100/48,

27  
AZ RNS DEGRADÁCIÓJA EUKARIÓTÁKBAN

1. Az eukarióta mRNS-ek féléletideje változatos, néhány perctől

több óráig terjedhet.

2. Változatos degradációs mechanizmusok (legalább négyféle)

3. Két legfontosabb degradációs rendszer:
a) Deadeniláció függő decapping (citoplazma)
b) Exoszómás degradáció: sejtmagban és citoplazmában

Az érett mRNS-ek stabilitását és

hatékony transzlációját az 5’ cap
struktúrához és a 3’ poliA
farokhoz kötődő fehérjék, és ezek
interakciói biztosítják.
DEADENILÁCIÓ-FÜGGŐ DECAPPING
AZ RNS DEGRADÁCIÓJA EUKARIÓTÁKBAN

1. Az eukarióta mRNS-ek féléletideje változatos, néhány perctől

több óráig terjedhet.

2. Változatos degradációs mechanizmusok (legalább négyféle)

3. Két legfontosabb degradációs rendszer:
a) Deadeniláció függő decapping (citoplazma)
b) Exoszómás degradáció: sejtmagban és citoplazmában
• RNS minőségellenőrzése
• RNS szabályozott lebontása (féléletidő)
• rRNS-ek és egyéb nemkódoló (sejtmagi) RNS-ek
processzálása (pl. splicing-hoz)
AZ EXOSZÓMA SZERKEZETE EVOLÚCIÓSAN
KONZERVÁLT

Az RNS degradációja endonukleázos

hasítással kezdődik, és exonukleázos
emésztéssel fejeződik be.

doi: 10.1107/S0907444913011438.
 AZ EUKARIÓTA PROTEASZÓMA ÉS EXOSZÓMA
HASONLÓSÁGA

Helikáz

Oligomer
gyűrű

Exonukleáz

Proteaszóma Exoszóma
Makino DL et al.
Nat Rev Mol Cell Biol. 2013 Oct;14(10):654-60.
AZ RNS FUNKCIÓI
AZ RNS FUNKCIÓI

1) A genetikai információ tárolása és továbbadása

a) Genomok
• Sok vírusnak RNS genomja van
egyszálú (ssRNS) pl. retrovírusok (HIV) kétszálú(dsRNS)

b) A genetikai információ továbbadása

• mRNS = ”kódoló RNS" - proteint kódol
AZ RNS FUNKCIÓI

2) Szerkezeti
• pl. rRNS, ami a riboszomális RNS-ek fő strukturális
komponense
De - a strukturális funkción kívül egyéb feladata is van:
3) Katalitikus
A riboszomális RNS-nek peptidil-transzferáz aktivitása van
• Ez az enzimaktivitás felelős az aminosavak közti
peptidkötés kialakításáért a növekvő polipeptid láncban
• Számos kis RNS molekula enzimként is működik
"ribozimok"
AZ RNS FUNKCIÓI

4) Szabályozó
Nemrég felfedezett fontos szabályozó RNS-ek

Normál sejtekben:
• védekező funkció - különösen növényekben
• normál egyedfejlődés, sejtbéli folyamatok
pl. siRNS, miRNS, hosszú nemkódoló RNS-ek

Tudományos kutatásban
• génterápiában vagy a génexpresszió kísérletes
módosításában
AZ RNS SZERKEZETE

Különbözik a DNS-től:
(1) A 2’ hidroxil csoport miatt az RNS kémiailag kevésbé stabil
(2) Timin helyett uracilt tartalmaz (adeninnal alkot bázispárt)
(3) A kettős szálú szakaszok A-hélixet alkotnak

• RNS elsődleges szerkezet

• RNS másodlagos szerkezet
• RNS harmadlagos szerkezet
AZ RNS MOLEKULÁK
SZERKEZETI HIERARCHIÁJA
RNS SZINTÉZIS ÉS A MÁSODLAGOS SZERKEZET
SZERKEZETI ELEMEK AZ RNS
MÁSODLAGOS SZERKEZETÉBEN
A HARMADLAGOS RNS SZERKEZETET
KIALAKÍTÓ INTERAKCIÓK
 A 16S rRNS SZERKEZETE
Az RNS molekulák nagyon flexibilisek, és az itt látható rRNS
molekulához hasonlóan komplex térbeli struktúrát vehetnek fel.

2D szerkezet 3D szerkezet, a proteinekkel

(sötétkék)
ÉRDEKESSÉGEK

a) RNS molekulák mint a transzkripció szenzorai és szabályozói

(ribokapcsolók)

b) Enzimatikus aktivitással rendelkező RNS molekulák (ribozimok)

c) Az RNS világ
RIBOKAPCSOLÓK: A GÉNEXPRESSZIÓ
SZABÁLYOZÁSA METABOLIT-KÖTŐ RNS
STRUKTÚRÁKON KERESZTÜL
 ALAPKONCEPCIÓ 1.
• Ribokapcsolók: “ a génexpresszió szabályozásának egy
mechanizmusa. (…) egy adott szekvenciájú RNS szakasz,
amely másodlagos és harmadlagos szerkezete miatt képes
egy adott metabolitot szelektíven kötni.”

A ribokapcsolók két különálló, de a működés szempontjából egymástól

elválaszthatatlan doménból állnak:
- Aptamer domén (a ligandkötésért felelős)
- Expressziós platform (a génexpresszió szabályozásáért felelős)

(TEMPLETON ET AL, 2005)

 ALAPKONCEPCIÓ 2.

• A metabolit megkötésével az RNS másodlagos és

harmadlagos szerkezete megváltozik, ami befolyásolja
a transzkripciót és transzlációt prokariótákban, és esetleg
az RNS processzálását eukariótákban

Edwards,  A.  L.  &  Batey,  R.  T.  (2010)  Riboswitches:  A  Common  RNA  Regulatory  Element.  Nature  EducaEon  3(9):9  
RIBOKAPCSOLÓK: SZABÁLYOZÓ
MECHANIZMUSOK

1.Belső terminátor struktúra létrehozása (az RNS saját maga

korai terminációját okozva gátolja a génexpressziót)

• A transzkripció során először az aptamer domén szintetizálódik meg, és felveszi a

megfelelő harmadlagos szerkezetet. Ezután az RNS polimeráz általában megáll
egy rövid időre (2-10 sec) – ezalatt az aptamernek van ideje megkötni a
metabolitot, ha az jelen van, és a konformációs változást továbbítani az
expressziós platform felé is, amikor a transzkripció folytatódik.

2. A transzlációs iniciációs szekvencia “elrejtése” egy

másodlagos szerkezetben.

3.Degradoszómás hasítás vagy önhasítás aktiválása.

4. A splicing módosítása (gombákban, esetleg növényekben

is).
 A TRANSZKRIPCIÓS TERMINÁCIÓ VAGY A
TRANSZLÁCIÓ SZABÁLYOZÁSA

Edwards,  A.  L.  &  Batey,  R.  T.  (2010)  Riboswitches:  A  Common  RNA  Regulatory  Element.  Nature  EducaEon  3(9):9  
 A TRANSZLÁCIÓS INICIÁCIÓ ÉS A mRNS DEGRADÁCIÓ
KOORDINÁLT SZABÁLYOZÁSA KETTŐS HATÁSÚ
RIBOKAPCSOLÓVAL

Lys

Caron MP et al. Dual-acting riboswitch control of

translation initiation and mRNA decay.
Proc Natl Acad Sci U S A.
2012 Dec 11;109(50):E3444-53.
 A TPP RIBOKAPCSOLÓ A SPLICING-OT
SZABÁLYOZZA

Eukariótákban eddig még csak TPP (thiamin-pirofoszfát) ribokapcsolókat azonosítottak.

Molecular biology: RNA in control. Nature 447, 391-393(24 May 2007)

KOMPLEX SZABÁLYOZÁS RIBOKAPCSOLÓKON KERESZTÜL
példák a Bacillus anthracis-ból

A tandem glicin aptamerek kooperatívan

kötik a glicint – ettől ez a szerkezet
érzékenyebben detektálja a glicin koncentráció
változásait.

Ezt a gént mind az SAM, mind

pedig az adenozil-kobalamin
(koenzim B12) szupresszálhatja,
egymástól függetlenül.

doi: 10.1261/rna.407707
 UGYANAZT A METABOLITOT KÖTŐ
RIBOKAPCSOLÓK APTAMER SZERKEZETE EGYEDI
LEHET

Edwards,  A.  L.  &  Batey,  R.  T.  (2010)  Riboswitches:  A  Common  RNA  Regulatory  Element.  Nature  EducaEon  3(9):9  
A CIKLIKUS DI-GMP RIBOKAPCSOLÓK FONTOSSÁGA
A RIBOKAPCSOLÓK KOMPLEX GÉNSZABÁLYOZÓ
HÁLÓZATOK RÉSZEKÉNT MŰKÖDHETNEK

A ciklikus di-GMP és a biofilm képzés szabályozása

UNIQUE RECOGNITION STRUCTURES FOR
SIMPLE REGULATORY MOLECULES
RIBOZIMOK: FELFEDEZÉSÜK MÉRFÖLDKÖVEI

Ribozim = katalitikus aktivitással rendelkező RNS régió.

Általában RNS-hasítást és újraligálást katalizál.

1982: A Tetrahymena pre-rRNS (group I intron) önhasítása

Kruger et al, and Cech, Cell 31, 147-157 (1982)

1983: Az RNáz P egy ribozim (tRNS 5’ végének hasítása)

Guerrier-Takada et al, and Altman, Cell, 35, 849-857 (1983)

1987: Kalapácsfej ribozim

Prody GA, Bakos JT, ,Buzayan JM, Schneider IR, Bruening G,
Science 231 (4745): 1577–1580.
RIBOZIMOK – NÉHÁNY PÉLDA
• Kalapácsfej ribozimok (növényi viroidoktól emlősökig,
repetitív vagy intronikus régiókban)

• Vírus-szerű ribozimok: hajtű ribozimok (növényi vírus),

hepatitisz delta-szerű ribozimok (mindenféle élőlény), és még
sokan mások... (repetitív genomi régiókban)

• Ribozimok a mitokondriális vagy rRNS-ben: Neurospora

VS ribozim (mtRNS), I és II típusú intron ribozimok (rRNS és
mtRNS)

• RNáz P (tRNS érés)

• Riboszóma?? (transzláció)
• Spliceoszóma ?? (splicing)
• ....
 KALAPÁCSFEJ RIBOZIMOK: Nincs szükségük
fehérjékre
• repetitív genomi régiókban (mobil genetikai elemek, mindenféle élőlényben)
• ultrakonzervált intronikus régiókban, bizonyos génekben (emlősök)
• néhány gén 3’ UTR-jében (emlősök)

doi: 10.1515/hsz-2012-0223
doi:10.1016/B978-0-12-381286-5.00001-9
 AZ I ÉS II TÍPUSÚ INTRONOK ÖNHASÍTÁSA

Némely ilyen intron mobil genetikai elemként viselkedik

A BAKTERIÁLIS tRNS ÉS rRNS PROCESSZÁLÁSA:
az RNáz P szerepe

Ezek pre-RNS formában íródnak át és egy sor hasításon és kémiai

módosításon mennek át.
Bakteriális rRNS: 5S, 16S, 23S (RNaseIII, P, F)
A tRNS érése is hasítással (RNaseP, D, E/F, Z), majd a bázisok
módosításával történik.
AZ RNÁZ P RIBOZIMOK ÉS KAPCSOLT FEHÉRJÉIK: EVOLÚCIÓS
KONZERVÁLTSÁG AZ ÉLŐLÉNYEK MINDHÁROM ORSZÁGÁBAN

doi:10.1016/j.tibs.2007.04.005
 AZ RNÁZ P RIBOZIMOK AKTIVITÁSA,
A FEHÉRJEKOMPONENSEK NÉLKÜL

2.
Csak bizonyos
fajokban: 1.
Önmagában is aktív, Önmagában is aktív,
magas fémion- magas fémion-
koncentráció mellett koncentráció mellett

3.
Nem aktív a fehérjék nélkül,
még magas fémion-
koncentráció mellett sem

doi:10.1016/j.tibs.2007.04.005
AZ RNS VILÁGTÓL A DNS VILÁGIG

Eredetileg úgy gondolták, hogy az RNS és a proteinek mindig együtt léteztek. Az

RNS világ elmélet szerint viszont az élet eleinte kizárólag RNS molekulákon
alapult.
A KÖZPONTI DOGMA – ÉS AZ RNS KÖZPONTI
SZEREPE

regulatory
RNAs

regulatory
RNAs
 AZ RNS VILÁG MOLEKULÁRIS KÖVÜLETEI
• Vírusok RNS genommal – a DNS-sé történő reverz transzkripció lehetősége

• Esszenciális RNS-ek alapvető sejtfunkciók központi részeként: U1-U6

snRNS-ek a splicing-hoz, tRNS-ek és rRNS-ek a transzlációhoz (+snoRNS-ek)

• a dNTP-k a rNTP-k redukciójával szintetizálódnak

• A DNS polimerázoknak RNS primerre van szükségük

• rövid és hosszú szabályozó RNS-ek a génexpresszióban

• RNS-ek enzimatikus aktivitással, protein kofaktorok nélkül – kalapácsfej

ribozimok

• RNS szerkezetek a génszabályozás szolgálatában – ribokapcsolók, 5’ és 3’

UTR szerkezetek, terminátor szerkezetek, ribozimok

• Telomerek – tRNS-szerű szerkezetek a modern genomok végeinél

• FAD, NAD+, CoA – esszenciális kofaktorok sok biokémiai reakcióhoz

 EZ AZ RNS-EK VILÁGA, MI CSAK VENDÉGEK
VAGYUNK ITT

“This is the RNA World. To see how plausible it is, we need to look at why proteins
are good at being enzymes but bad at being replicators; at why DNA is good at
replicating but bad at being an enzyme; and finally why RNA might just be good
enough at both roles to break out of the Catch-22.” (Richard Dawkins)