Budowa DNA

1. Cukier
Pięciowęglowy cukier w DNA jest nazywany deoksyrybozą, kiedy w RNA, cukrem jest
ryboza. Te dwa mają bardzo podobną strukturę, z tylko jedną różnicą: drugi węgiel rybozy
ma przyłączona grupę hydroksylową, kiedy odpowiadający mu węgiel deoksyrybozy ma
natomiast wodór. Atomy węgla cząsteczki cukru w nukleotydzie są ponumerowane jako 1′,
2′, 3′, 4′ i 5′. W nukleotydzie, cukier zajmuje centralną pozycję, z zasadą azotową przyłączoną
do węgla 1' i grupą fosforanową (lub grupami) przyłączonymi do węgla 5'.

2. Zasady azotowe

Adenina i guanina są purynami, co znaczy, że ich struktura zawiera dwa połączone ze sobą
pierścienie węglowo-azotowe. Natomiast cytozyna i tymina są pirymidynami i mają
pojedynczy węglowo-azotowy pierścień. Nukleotydy w RNA mogą także zawierać adeninę,
guaninę i cytozynę, ale zamiast tyminy mają inną zasadę pirymidynową nazywaną uracylem.

a. Puryny (duże cząsteczki)

b. Pirymidyny (małe cząsteczki)

 3. Grupa fosforanowa

Nukleotydy mogą mieć pojedynczą grupę fosforanową lub łańcuch do trzech grup
fosforanowych, przyłączonych do węgla 5' cukru.
Znaczenie:

• DNA i RNA zachowują się jak kwasy,

• Tworzą wiązania estrowe (stabilne, podatne na hydrolizę enzymatyczną)
• Po utworzeniu wiązania fosfodiestrowego jeden atom tlenu grupy jest naładowany
ujemnie, przez co cząsteczka jest nierozpuszcalna w tłuszczach (kwasy nukleinowe
pozostają w tłuszczach lub w obrębie jądra komórkowego otoczonego błoną)

4. Nukleotydy
Każdy nukleotyd jest zbudowany z trzech części: pierścienia zawierającego azot,
pięciowęglowego cukru i przynajmniej jednej grupy fosforanowej. Cząsteczka cukru zajmuje
centralną pozycję w nukleotydzie, z zasadą przyłączoną do jednego z jej węgli i grupą
fosforanową (lub grupami) przyłączoną do drugiego.
5. Polimeryzacja nukleotydów
• Kondensacja
• Polarność 5’ → 3’ (kierunek syntezy kwasów nukleinowych; nić przyrostu od 3’)
• 5’ - grupa fosforanowa
• 3’ - grupa hydroksylowa

6. Długość łańcuchów
a. RNA – od poniżej stu do tysięcy nukleotydów (nt)
b. DNA – tysiąc par zasad (kpz), w laboratoriach wykorzystywane są krótkie
łańcuchy do 50 (oligonukleotydy)

7. Struktura II-rzędowa
 • Prawoskrętna, podwójna helisa (gdyby była schodami, poręcz byłaby po prawej
stronie)
• Łańcuchy anty-równoległe (5’ → 3’ i 3’ → 5’), by mogły powstać wiązania wodorowe
• Stabilizowana przez oddziaływania:
o Wodorowe
- termodynamicznie stabilne wiązania; tworzą się pomiędzy zasadami azotowymi przeciwnie
skierowanych łańcuchów,
- słabe przyciąganie elektrostatyczne między atomem o ujemnym ładunku a wodorem
związanym z innym atomem o ujemnym ładunku
- tylko puryny i pirymidyny mogą łączyć się ze sobą - geometria zasad, połączenie atomów
- dłuższe, ale słabsze od kowalencyjnych
o Warstwowe
- zasady azotowe są hydrofobowe (same z siebie są nierozpuszczalne w komórce)

- duża odpowiedzialność za stabilną

- nakładanie się warstw płaskich cząsteczek

8.

Cecha B-DNA
Kierunek Prawoskrętny
Duży rowek Szeroki, głęboki
Mały rowek Wąski, płytki
Liczba par zasad na skręt 10
Średnica helisy 2,37 nm
Przyrost długości helisy na parę zasad 0,34 nm
Przyrost długości na skręt helisy 3,4 nm
Warunki Duża wilgotność, małe stężenie soli

Cecha Z-DNA
Kierunek Lewoskrętny
Duży rowek Płaski
Mały rowek Wąski, głęboki
Liczba par zasad na skręt 12
Średnica helisy 1,84 nm
 Przyrost długości helisy na parę zasad 0,37 nm
Przyrost długości na skręt helisy 4,5 nm
Duże stężenie MgCl2, NaCl lub
Warunki etanolu; rzadziej duża wilgotność,
małe stężenie soli

9. Rozplatanie dwuniciowego DNA

• Sekwencja nukleotydów 1 nici jest komplementarna do sekwencji 2 nici; każda z nich
może być matrycą dla drugiej
• Sieć semikonserwatywna – jedna nić pochodzi ze starej cząsteczki DNA, a druga
(nowa) nić jest dobudowana
• W czasie replikacji i po musi dochodzić do przejściowego rozplecenia nici
• Topoimeraza I (1 koniec) i II (2 końce, potrzebne ATP) usuwają napięcia torsyjne nici
• Topoimerazy wiążą się kowalencyjnie z 1 końcem przeciętej nici, dzięki czemu po
usunięciu superskętu końce DNA są tworzone w prawidłowy sposób

Eukariotyczne genomy jądrowe

1. Genom człowieka
• 2 m DNA w jądrze komórkowym o wielkości 10 mikrometrów
• Stopień upakowania DNA – 1000 do 10000 razy
• Zamknięty w chromatynie; najpierw nawinięty na nukleosom – kompleks histonowy

• Histony – zasadowe, niewielkie białka wchodzące w skład chromatyny,

neutralizujące i wiążące kwas deoksyrybonukleinowy; brak tryptofanu, w większości
cysteiny. Typy:
o Bogate w lizynę
- H1 - najbardziej zasadowy, zmienny, największy z histonów (zwany czasem histonem łącznikowym)
 - H2A

- H2B

o Bogate w argininę - najbardziej zakonserwowane

- H3
- H4

2. Nukleosom
• Składa się z rdzenia zbudowanego z oktamerów histonów; histon łącznikowy i 180 pz
DNA,
• Oktamer histonowy zbudowany jest z 8 cząsteczek białek histonowych; po dwa
histony H2A, H2B, H3 oraz H4,
• Włókno 10 mm - “koraliki na sznurku”, nie występuje w organizmie, uzyskanie w
warunkach niefizjologicznych;
• Włókno 30 mm - główny typ chromatyny w jądrze komórkowym; w trakcie interfazy,
między podziałami;
• Soleonid – struktura helikalna, w której 6 kolejnych nukleosomów przypada na
kolejne skręty
• Model skręconej wstęgi (bardziej prawdopodobne) - w połączeniu poszczególnych
nukleosomów uczestniczą histony rdzeniowe, których części występują poza
nukleosom;
• Pętle chromatyn – 30 nm, dalsze upakowane, 40 do 100 kpz; łączą się z matrix
jądrowym poprzez regiony bogate w AT zwane:
o MAR – rejon połączenia z matrix,
o SAR – rejon połączenia z rusztowaniem
• Każdy chromosom interfazowy zajmuje swój obszar w jądrze (nie przemieszcza się)
• Chromosomy metafazowe – najbardziej upakowane; po utworzeniu ‘kopii’, 2
chromatyny siostrzane, wymaga enzymów hydrolizujących ATP, 10 tys. razy bardziej
upakowane

• Centromer (przewężenie pierwotne) – stanowi miejsce przyczepu włókien wrzeciona

podziałowego
 • Kinetochor – wielowarstwowa struktura z centromerem; składa się ze swoistych
białek; współdziała z mikrotubulami wrzeciona podziałowego
• Telomer – skraca się podczas każdego podziału komórki, zakończenie chromosomu,
chroni przed uszkodzeniem
• Chromatydy siostrzane są identyczne i pozostają połączone ze sobą przez białka
nazywane kohezynami. Połączenie pomiędzy chromatydami siostrzanymi to
centromer.

Replikacja DNA
• Uczestniczy ok. 30-40 białek,
• Jednym z pierwszych etapów replikacji jest maszyneria
• Kierunek 5’ do 3’; budulec – 5'-trifosforany deoksynukleotydów (dNTP), które w
reakcji tracą końcówki pirofosforanów, co sprawia, że reakcja jest nieodwracalna
• Składa się z inicjacji, elongacja, terminacji

1. Inicjacja
• Proces inicjacji rozpoczyna się poprzez przyłączenie odpowiedniego białka w miejscu
inicjacji replikacji. Pod wpływem tego białka dochodzi do rozplecenia podwójnej
helisy DNA na niewielkim odcinku.
• W wyniku rozplecenia DNA uzyskujemy charakterystyczną strukturę, zwaną oczkiem
replikacyjnym. W obszarze oczka zaczynają przyłączać się kolejne białka biorące
udział w dalszych etapach replikacji. Enzymy pojawiające się w trakcie tego etapu to
helikaza DNA oraz prymaza DNA.
• Helikaza powoduje rozplecenie podwójnej helisy odsłaniając nici DNA, które
następnie zostaną wykorzystane w dalszych etapach. Prymaza DNA pełni funkcję
stymulatora dla polimerazy DNA.
• Widełka replikacyjne - powstają oczka, podążają w przeciwnych kierunkach; 150 kz
• Polimerazy DNA może tylko dodawać nukleotydy do końca 3' istniejącej już nici.
(Wykorzystują wolną grupę -OH znajdującą się na końcu 3' jako "hak", dodając
nukleotyd do tej grupy w reakcji polimeryzacji). Synteza przebiega w kierunku 3’ do
5’.
• Prymaza tworzy startery RNA, czyli krótkie odcinki kwasu nukleinowego
komplementarne do matrycy, które zapewniają końcowi 3' to, że polimeraza DNA
będzie funkcjonować.

2. Elongacja
• Najważniejszym celem tego procesu jest uzyskanie nowych nici DNA. Do ich
powstania potrzebna jest polimeraza DNA, która przyłącza wolne nukleotydy do
końca 3’. Na samym początku nici występuje tak zwany starter, który jest krótkim
odcinkiem RNA wytworzonym prymazę. Dzięki temu enzymowi powstaje coraz
dłuższa nić DNA zwana replikonem.
• Synteza drugiej nici, zwanej nicią opóźnioną rozpoczyna się w kierunku przeciwnym
do kierunku ruchu widełek replikacyjnych, czyli od końca 5’ do końca 3’. Wydłużanie
nowych łańcuchów DNA trwa aż do momentu całkowitego skopiowania cząsteczki
DNA.
• Nić opóźniona - 100-200 nt
• Polimerazy DNA – bakterie mają 5, ssaki przynajmniej 14; zawsze 5’ do 3’;

3. Terminacja
• Określamy go, gdy nie ma już nici matrycowej DNA do skopiowania, bądź gdy widełki
replikacyjne spotykają się i następnie kończą swoje działanie.
• Po zakończeniu syntezy DNA, nowo zsyntezowane nici ulegają wiązaniu i stabilizacji.
W przypadku nici opóźnionej potrzebne są dwa enzymy, aby osiągnąć opisaną
stabilizację – RNAaza H, która usuwa starter RNA na początku każdego fragmentu
Okazaki, oraz ligaza DNA, która łączy te fragmenty razem, tworząc jedną kompletną
nić.

• Polimeraza DNA α (kompleks z prymazą, jest jej podjednostką); dodaje krótkie

odcinki DNA (krótkie, niecałe fragmenty Okazaki, 30-40 nt) do starterów, synteza
starterów RNA, naprawa DNA,
• Polimeraza DNA δ - synteza nici opóźnionej: wydłuża fragmenty Okazaki,
• wypełnia luki po starterach; egzonukleaza w kierunku 3’ → 5’
• Polimeraza DNA ɛ - synteza DNA nici wiodącej; naprawa opóźnionej, egzonukleaza w
kierunku 3’ → 5’
• Polimeraza DNA β - naprawia DNA
• Polimeraza DNA γ - syntetyzuje DNA mitochondrialny

• Topoizomerazy (izomerazy topologiczne) - likwidacja naprężeń skręceniowych

(relaksacja) w cząsteczkach DNA podczas replikacji poprzez hydrolizę (przecięcie)
wiązań fosfodiestrowych
• Topoizomeraza I - likwiduje naprężenia, nacinając tylko jedną z nici DNA,
przemieszcza drugą nic przez powstałą lukę i łączy nacięte końce. Zmniejsza liczbę
skrętów (styków) obu nici w helisie.
• Topoizomeraza II - ułatwia rozplecenie i rozdział helis obu siostrzanych chromatyd
podczas mitozy, poprzez nacinanie obu nici DNA w jednej helisie, umożliwiając
przejście przez nacięcie drugiej helisie. Nacięcia zostają połączone przez aktywność
ligacyjną topoizomerazy II.

• Helikaza - rozplata helisę DNA poprzez rozrywanie wiązań wodorowych między

dwiema nićmi DNA.
 • Prymaza - Polimeraza RNA syntetyzująca na matrycy DNA startery, do których będzie
dobudowywany DNA. Polimeraza DNA może przyłączać nowe nukleotydy tylko do
grupy –OH 3’ istniejącego łańcucha (albo DNA, albo RNA), polimeraza RNA nie ma
takiego wymogu.
• Nukleazy - usuwają startery
• Ligazy - łączą fragmenty Okazaki nici opóźnionej i fragmenty nici wiodących i
opóźnionych (również przy styku dwojga widełek replikacyjnych)

Transkrypcja
1. Transkrypcja to proces przepisywania informacji genetycznej zawartej w DNA na
cząsteczkę RNA. Jej podstawą jest reguła komplementarności obowiązująca podczas
parowania się zasad azotowych.

• Główne etapy: inicjacja transkrypcji, synteza i obróbka RNA

• Transkryptom - zbiór cząsteczek RNA pozostałych po transkrypcji (wszystkie RNA
powstają na tej drodze)
• Polimeraza RNA jest głównym enzymem transkrypcyjnym.
• Transkrypcja rozpoczyna się, kiedy polimeraza RNA łączy się z sekwencją
promotorową blisko początku genu (bezpośrednio lub przy pomocy białek
pomocniczych).
• Polimeraza RNA wykorzystuje jedną nić DNA (nić matrycową) jako wzór do
utworzenia nowej, komplementarnej cząsteczki RNA.
• Transkrypcja kończy się procesem nazywanym terminacją. Terminacja zależy od
sekwencji RNA, która sygnalizuje moment, kiedy ma ona zostać zakończona.
• Białka wiążące DNA - odgrywają znaczącą rolę w transkrypcji;
• DBD – domena wiążąca DNA
o Domena I (HTH – helix turn helix) - domena zbudowana z dwóch helis alfa
oddzielonych skrętem w łańcuchu białkowym; struktura skrętu ma
specyficzną konformację zwaną skrętem beta; helisa alfa to helisa
 rozpoznająca, której kontakt z DNA decyduje o możliwości odczytania
informacji zawartej w DNA
o Typu palca cynkowego – nawet 1%; Cys2His2; składa się z serii około 12
aminokwasów, w tym z dwóch antyrównoległych β-kartek i α-helisy – te 2
struktury tworzą palec wystający z powierzchni białka. Najlepiej poznaną
klasą domen typu palca cynkowego jest klasa C2H2, w której atom Zn
otoczony jest przez dwie reszty cysteinowe β-kartki i dwie reszty histydynowe
α-helisy.

2. Dimeryzacja białek wiążących DNA

• Wiele białek wiążących się z DNA jest dimerami składających się z 2 połączonych ze
sobą cząsteczek białka; wynika to z konieczności zwiększania liczby połączeń z DNA
• Domena – suwak leucynowy skłądający się z helisy α, zwiniętej ściśle z jednej strony,
na której powierzchni znajdują się reszty leucynowe, które łączą się z takimi samymi
resztami drugiej części białka, tworząc dimer

3. Polimerazy (3 polimerazy RNA)

a. Polimeraza RNA I – geny kodujące rybosomowe RNA (28S, 18S, 5,8S)
b. Polimeraza RNA II – geny kodujące białka - większość małe jądrowe RNA
(snRNA) i mikroRNA (miRNA)
c. Polimeraza RNA III – geny kodujące transportujący RNA (5s RNA, Vb-snRNA,
małe jąderkowe RNA (snoRNA)

4.
• Miejsce na DNA, od którego pierwszy nukleotyd RNA jest transkrybowany, jest
nazywane miejscem +1 lub miejscem inicjacji transkrypcji. Nukleotydy, które
występują przez miejscem inicjacji transkrypcji otrzymują minusowe liczby i są
nazywane upstream. Nukleotydy, które są za miejscem inicjacji transkrypcji są
oznaczane liczbami dodatnimi i są nazywane downstream.
• Każdy gen (lub u bakterii, każda grupa genów przepisywana razem) ma swój własny
promotor. Promotor zawiera sekwencję DNA, która pozwala polimerazie RNA lub jej
białkom pomocniczym przyłączyć się do DNA. Kiedy tworzy się "oczko
transkrypcyjne", polimeraza może rozpocząć transkrypcję.
• Sekwencja TATAAT w pozycji –10 (kaseta TATA) jest rozpoznawana przez jeden z
głównych czynników transkrypcyjnych, umożliwiając przyłączenie innym czynnikom
transkrypcyjnym i ewentualnie polimerazie RNA.
• TTGACA – kaseta –35.

5. Promotory eukariotyczne
 • Wszystkie sekwencje w procesie inicjacji transkrypcji genu; promotor podstawowy –
kompleks inicjujący,
• Każda polimeraza rozpoznaje różne
• Promotory polimerazy RNA I
o 45 do +20 oraz położonego powyżej elementu kontrolnego UCE znajdującego
się 100 pz powyżej
• Promotory polimerazy RNA II
o Różne, w odległości do kilku tys. pz powyżej startu transkrypcji; promotor
podstawowy z 2 fragmentów: blok –25, czyli sekwencja TATA, sekwencja
inicjatorowa, oraz dodatkowe sekwencje
• Promotory polimerazy RNA III
o 2 wewnątrz transkrybowanych genów Z z konserwatywnych bloków
oddzielonych rejonem zmiennym
o Sekwencja TATA oraz charakterystyczne elementy promotorowe w tym
sekwencja PSE – gen kodujący UG snRNA – jedyny gen transkrybowany przez
polimerazę RNA III (pozostałe przez II)

6. Typy czapeczek
0 – struktura 7-metyloguazyny (drożdże)
1 – druga metylacja zastępuje wodór w grupie 2’OH drugiego nukleotydu w transkrypcie
2 – kolejna metylacja 2’OH w 3 pozycji nukleotydowej

Translacja
• mRNA jest "odczytywane, aby utworzyć białko (lub część/podjednostkę białka), które
zawiera konkretną sekwencję aminokwasów
• Pierwszym z etapów translacji jest inicjacja, czyli złożenie maszynerii translacyjnej
oraz rozpoznanie kodonu AUG (kodon START) na nici mRNA.
• U eukariontów mniejsza podjednostka rybosomu łączy się najpierw z inicjatorowym
metionylo‐tRNA, a następnie z czapeczką. Czapeczka jest strukturą na końcu 5′ mRNA, która
stanowi miejsce wiązania rybosomu. Po przyłączeniu małej podjednostki rybosomu przesuwa
się ona po sekwencji mRNA, aż natrafi na kodon AUG.
• Sekwencja Kozak to sekwencja nukleotydowa ACCAUGG, która występuje w mRNA
eukariontów. Jest ona rozpoznawana przez rybosom jako miejsce, od którego mRNA jest
przepisywany na kolejność aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym w procesie translacji.
• Czynniki inicjacji:
o eIF1, eIF1A, eIF3 - Biorą udział w zapobieganiu połączeniu się małej podjednostki
rybosomu z dużą podjednostką. Czynniki te wiążą się z małą podjednostką rybosomu
(40S) oraz mRNA, umożliwiając utrzymanie struktury przestrzennej regionu
rybosomu odpowiedzialnego za wiązanie mRNA
o EIF4F - Bierze udział w przyłączeniu rybosomu do czapeczki na końcu 5′ mRNA.
 o EIF2 - Wchodzi w skład kompleksu zawierającego inicjatorowe metionylo‐tRNA oraz
GTP. Odnajduje kodon AUG, który inicjuje translację.\

W miejscu A przyłącza się następna cząsteczka tRNA z przyłączonym aminokwasem, której

antykodon odpowiada kolejnemu kodonowi w mRNA. Między metioniną a nowym aminokwasem
tworzy się wiązanie peptydowe, metionina odłącza się od tRNA, a rybosom przesuwa o trzy
nukleotydy (o kodon). W miejscu P znajduje się teraz nowo przyłączony tRNA, z którym związany jest
łańcuch dwóch aminokwasów. Cząsteczka tRNA, która jako pierwsza przyłączyła się do mRNA,
zostaje przesunięta do miejsca E, przez które opuszcza rybosom. Do uwolnionego miejsca A przyłącza
się kolejna cząsteczka aminoacylo‐tRNA i cały proces przebiega według poprzedniego schematu aż
do końca translacji

Za każdym razem, kiedy nowy kodon jest dostępny:

• Pasujące tRNA łączy się z kodonem

• Istniejący łańcuch aminokwasowy (polipeptyd) jest łączony z aminokwasem z tRNA
podczas reakcji chemicznej
• mRNA jest przesunięte o jeden kodon nad rybosomem, eksponując nowy kodon, aby
mógł zostać odczytany