NMR U BIOFIZICI

- 3D struktura iz PDB baze, riješena NMR metodom, sadrži 50 konformacija

NMR – NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE

- posjeduju magnetni moment

NMR – NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE
NMR – NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE
 NMR – NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE

- razlika napućenosti energetskih nivoa pri standardnim magnetima iznosi oko 10-

100 jezgara na 106 jezgara – MALA OSJETLJIVOST

- nastojimo koristiti čim jače magnete, koristimo tehniku pulsa

- osjetljivost NMR-a ovisi i o zastupljenosti izotopa koji pokazuje signal

 NMR – NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE

- kemijski pomak ovisi o okružju u kojem se jezgra nalazi (ZASJENJENJE!)

- cijepanje signala zbog spin-spin interakcija
- NOE (Nuklearni Overhauserov Efekt) – interakcije kroz prostor (uzrokovane
dipol-dipol relaksacijom pobuđenih jezgara kroz prostor) – vrlo korisne za
međuatomske udaljenosti atoma koji nisu blizu u primarnoj strukturi
- 2D tehnike !
- na temelju svih tih informacija, može se riješiti molekulska struktura
2D NMR TEHNIKE
2D NMR TEHNIKE
PITANJA ZA RAZMIŠLJANJE I
PONAVLJANJE

- Objasnite fizikalnu osnovu NMR spektroskopije.

- Koja metoda je osjetljivija 1H-NMR ili 13C-NMR i zašto?

- Što je NOE i kakve informacije možemo dobiti iz signala koji se temelje

na tom efektu?
 ZADAĆA
1. Pronađite u PDB bazi strukturu označenu kodom: 2L4C, i odgovorite na slijedeća pitanja:

1. O kojem je proteinu riječ? Od koliko se amino kiselina sastoji?

2. Kojom metodom je riješena 3D struktura tog proteina?

3. Koliko konformacija sadrži PDB datoteka? Zašto

4. Vizualizirajte PDB datoteku. Može li se na temelju PDB datoteke odrediti rigidnost i fleksibilnost

pojedinih domena ovog proteina? Kako?

2. Na temelju publikacije D. Trzesniak et.al. (2005) J. Am. Chem. Soc. 127, 14320-14329. (publikaciju ste

dobili na predavanju) odgovorite na pitanje: Zašto su nam računalne (simulacijske) metode često vrlo

korisne pri interpretaciji rezultata NMR metoda?