"transcript": "enzymy.

należy pamiętać że organizm ludzki zbudowany jest ze związków

organicznych do których należą białka tłuszcze i węglowodany oraz ze związków nieorganicznych
takich jak na przykład hydroksyapatyt który jest mineralnym składnikiem kości te związki
powstają w wyniku utworzenia się wiązań między atomami poszczególnych pierwiastków takich
jak węgiel tlen azot wodur siarka fosfor czy wapni zachodzące reakcje i sposoby oddziaływań na
poziomie atomowym a więc w skali mikroskopowej tworzą makroskopowy obraz ludzkiego
organizmu w fizjologii i patologii Enzymy są białkami. i ich aktywność chemiczna zależy od
właściwej budowy na którą składają się struktura pierwszorzędowa czyli sekwencja
aminokwasów w łańcuchu białkowym struktura drugorzędowa która dotyczy sposobu
pofałdowania łańcu polipeptydowych mogących przyjąć konformacje alfa helisy lub pofałdowanej
kartki struktura trzeciorzędowa dotycząca ułożenia przestrzennego i wzajemnego oddziaływania
domomen polipeptydowych w cząsteczce białka oraz struktura czwartorządowa która odnosi się
do białka złożonego z kilku podjednostek i dotyczy ich wzajemnego ułożenia przestrzennego i
oddziaływań można zadać pytanie gdzie występują enzymy i czy w organizmie ludzkim zachodzą
reakcje które nie wymagają obecności enzymów na pewno każdy słyszał o enzymach trawiennych
które w różnych odcinkach układu pokarmowego umożliwiają trawienie czyli rozkład związków
wielkocząsteczkowych na mniejsze cząsteczki w celu ich wchłonięcia i przyswojenia przez
organizm enzymy są biokatalizatorami regulującymi szybkość reakcji biochemicznych
zachodzących we wszystkich procesach fizjologicznych bez enzymów nie jest możliwe normalne
funkcjonowanie organizmu na slajdzie przedstawiona jest mapa enzymów biorących udział
wyłącznie w metabolizmie zasad pirymidynowych zasady pirymidynowe wchodzą w skład
nukleotydów zarówno przedstawiona jak i inne mapy enzymów są dostępne przez internet w
bazie danych ścieżek metabolicznych K E G G. Na rysunku w białych i zielonych prostokątak
umieszczone są numery konkretnych enzymów biorących udział w kolejnych reakcjach
biochemicznych. Umieszczony tekst dotyczy nazw substratów i produktów, a strzałki symbolizują
kierunki przemian biochemicznych. ten skomplikowany schemat obrazuje i jedyne przemiany
cytozyny tyminy i uracylu należy pamiętać że takich przemian w każdej komórce są tysiące
schemat reakcji enzymatycznych w świecie mikroskopowym można porównać do schematu
rozbudowanej linii metra w świecie makroskopowym oba te schematy charakteryzuje
występowanie połączeń o znacznym stopniu skomplikowania budowa enzymu Aktywna forma
enzymu nazywa się holoenzymem. holoenzym składa się z części białkowej apoenzymu połączonej
z częścią nie białkową nazywaną kofaktorem w zależności od rodzaju połączenia z białkiem do
kofaktorów zalicza się grupy prostatyczne i koenzymy do grup prostatycznych zalicza się
niebiałkowe związki organiczne które tworzą trwałe połączenia z częścią białkową enzymu czyli z
apoenzymem koenzymem mogą być atomy lub kationy metalu albo nie niebiałkowe związki
organiczne tak jak na przykład witaminy które tworzą z apoenzymem kompleks nie są połączone z
cząsteczką białka za pomocą trwałych wiązań kowalencyjnych rola kofaktora na przykładzie
dehydrogenazy alkoholowej dehydrogenoza alkoholowa katalizuje reakcje utleniania alkoholi do
aldyhydów do aktywności enzymatycznej w sąsiedztwie centrum aktywnego wymagana jest
obecność dwóch kofaktorów cząsteczki NAD plus czyli dinukleotydu nikotynoamidoadeninowego
i ionów cynku dwa. wzór cząsteczki na przedstawiony jest w górnej części rysunku u dołu znajduje
się wzór cationu cynku dwa związanego z atomami siarki reszt cysteinowych i łańcuchem
bocznym histydyny w reakcjach redoks czyli utleniania i redukcji utlenianiu jednego związku
zawsze towarzyszy redukcja innej cząsteczki w tej konkretnej reakcji podczas utleniania etanolu
do aldehydu octowego redukcji ulega cząsteczka kofaktora nad+ do nadh w reakcji utleniania
uczestniczy również cioncynku dwa który oddziału jest atomem tlenu grupy hydroksylowej
osłabiając wiązanie między tlenem i atomem wodoru oraz atomem węgla i związanego z nim
atomem wodoru te oddziaływania ułatwiają oderwanie dwóch atomów wodoró cząsteczki
etanolu i utworzenie cząsteczki aldehydu podczas opisanej reakcji redox powstaje zredukowana
cząsteczka nad która musi ulec utlenieniu do formy na plus aby enzym wykazywał aktywność w
kolejnych reakcjach Na rysunku przedstawiony jest ogólny schemat reakcji katalizowanej przez
dehydrogenazę alkoholową, w której zachodzi utlenianie etanolu do aldehydu octowego oraz
mechanizm działania ionucynku dwa. na podstawie międzynarodowej klasyfikacji enzymów
wyróżnia się sześć głównych grup enzymów ze względu na rodaj katalizowanych przez nie reakcji
grupy T to oksydoreduktazy transferazy hydrolazy liazy izomerazy i ligazy nazywane też
syntetazami
każdemu enzymowi została przypisana nazwa i czteroczęściowy numer numer głównej grupy
poprzedzony jest literami ec które są skrótem nazwy enzyme commission
do pierwszej grupy należą oksydoreduktozy enzymy które katalizują reakcje redoks czyli utlniania
i redukcji
do drugiej grupy należą transferazy enzymy katalizujące przenoszenie grup funkcyjnych między
różnymi cząsteczkami
Trzecią grupę stanowią hydrolazy. które katalizują reakcje hydrolizy czyli rozerwanie wiązania
estrowego bądź amidowego z udziałem cząsteczek wody
czwartą grupę stanowią liaze. enzymy które katalizują niehydrolityczne odszczepianie pewnych
grup atomów czyli odszczepianie tych grup zachodzi bez udziału cząsteczek wody.
do piątej grupy należą izomerazy enzymy katalizujące reakcje izomeryzacji czyli otrzymywania
izomerów tych samych związków
do szóstej grupy zaliczane są ligazy enzymy katalizujące reakcje syntezy a więc tworzenia wiązań
chemicznych między atomami w cząsteczce które przebiegają z udziałem energii wytworzonej z
ATP
na podstawie wytycznych komisji enzymatycznej powstał międzynarodowy kod enzymatyczny
zgodnie z którym każdemu zidentyfikowanemu enzymowi nadano czterocyfrowy numer
poprzedzony literami ec pierwsza cyfra kodu określa numer głównej klasy enzymu druga cyfra
oznacza numer podklasy w obrębie danej klasy enzymu Trzecia cyfra odnosi się do numeru
podpklasy. numer drugi i trzeci zawężają typ reakcji katalizowanej przez dany enzym Czwarta
cyfra jest indywidualnym numerem identyfikacyjnym danego enzymu. Jako przykład podano
dehydrogenazę mleczanową o numerze kodowym E. C. jeden kropka jeden kropka jeden kropka
dwadzieścia siedem. pierwsza liczba jeden oznacza że enzym należy do klasy pierwszej
oksydoreduktas co oznacza że ten enzym katalizuje reakcję redoks druga liczba jeden oznacza że
enzym należy do pierwszej podklasy obejmującej wszystkie oksydoreduktazy które odłączają pary
atomów wodoru od grupy H C o H. Trzecia liczba jeden oznacza, że enzym ten należy do podpklasy
jeden obejmującej wszystkie enzymy, które przekazują atomy wodoru z grupy H. C. O. H. na
cząsteczkę N. A. D. plus czwarta liczba dwadzieścia siedem to numer przyporządkowany temu
enzymowi w obrębie pod- podklasy E. C. jeden jeden jeden.
Warunkiem zajścia reakcji enzymatycznej jest utworzenie kompleksu aktywnego między
enzymem a substratem. kompleks aktywny tworzy się dzięki przestrzennemu dopasowaniu
substratu do układu przestrzennego w centrum aktywnym enzymu oznacza to że substrat musi
wykazywać odpowiednią budowę chemiczną oraz odpowiednie przestrzenne usytuowanie
atomów Centrum aktywne, zwane również centrum katalitycznym, mieści się w obrębie
apoenzymu i jest fragmentem łańcucha polipeptydowego, z którym wiąże się substrat. w
tworzeniu kompleksu aktywnego biorą udział wiązania ionowe wodorowe oddziaływania
hydrofobowe i van der istnieją dwie teorie wyjaśniające mechanizm specyficznych oddziaływań
enzymu substratem model fischera oparty jest na analogii dopasowania budowy substratu do
centrum aktywnego enzymu na zasadzie dopasowania klucza do zamka ten model zakłada
sztywną i niezmienną strukturę przestrzenną centrum katalitycznego daniel koszland w modelu
indukcyjnego dopasowania zakładał że proces wiązania substratu z enzymem indukuje zmiany w
obrębie centrum aktywnego i dopasowanie struktury przestrzennej do wiążącego się substratu
Budowa centrum aktywnego enzymu. centrum aktywne to obszar będący zagłębieniem w
strukturze białkowej enzymu do którego przyłącza się substrat tworzący kompleks aktywny
centrum aktywne jest układem przestrzennym zajmuje stosunkowo małą część całkowitej
objętości cząsteczki anzymu i w jego pobliżu znajduje się kofaktor centrum aktywne znajduje
się w zagłębieniu powierzchni enzymu ma charakter niepolarny i jest niedostępny dla
cząsteczek wody Obecność polarnych reszt aminokwasowych dostarcza polarnych grup
stanowiących element wiązania chemicznego i katalizy. kształt miejsca aktywnego jest
komplementarny do kształtu przestrzennego substratu w wiązaniu enzymu z substratem biorą
udział słabe wiązania takie jak wiązania wodorowe ionowe oddziaływania wanderwalsa i
oddziaływania hydrofobowe substrat musi mieć odpowiednią budowę przestrzenną aby
utworzyły się specyficzne wiązania z enzymem w centrum aktywnym
w centrum aktywnym substrat połączony jest z enzymem wiązaniami ionowymi wodorowymi za
pomocą oddziaływań van derwsa i oddziaływań hydrofobowych są to słabe wiązania chemiczne,
które zapewniają wystarczającą trwałość kompleksowi aktywnemu żeby mogła zajść reakcja
chemiczna a następnie szybkie oddysocjowanie produktu w kompleksie aktywnym nie tworzą się
wiązania kowalencyjne które są trwałe i ich rozerwanie wymagałoby znacznego nakładu energii
wiązania kowalencyjne tworzą się między atomami tego samego pierwiastka wiązania
kowalencyjne spolaryzowane tworzą się między atomami różnych pierwiastków które różnią się
znacznie elektroujemnością zarówno wiązania kowalencyjne jak i kowalencyjne spolaryzowane są
mocnymi wiązaniami i ich rozerwanie wymaga znacznego nakładu energii przykładem związku w
którym występują wiązania kowalencyjne spolaryzowane są cząsteczki wody z własnego
doświadczenia wiemy że cząsteczki wody są trwałe nawet ogrzewanie do temperatury wrzenia
nie powoduje destrukcji tych cząsteczek trwałe wiązania kowalencyjne nie występują w
kompleksie aktywnym ponieważ uniemożliwiłyby one odysocjowanie utworzonego produktu w
kompleksie aktywnym substrat związany jest z enzymem za pomocą słabszych oddziaływań
chemicznych takich jak wiązania ionowe wodorowe oddziaływania van derwalsa i oddziaływania
hydrofobowe są to wystarczające wiązania do utrzymania trwałości kompleksu aktywnego i
zejścia reakcji chemicznej a następnie umożliwiają one oddysocjowanie utworzonego produktu
dzięki odpowiedniej strukturze apoenzymu enzymy wykazują wysoką specyficzność względem
substratów z którymi się wiążą oznacza to że utworzenie kompleksu aktywnego może nastąpić
tylko substratem o określonej budowie chemicznej i przestrzennej wyróżnia się specyficzność
grupową która charakteryzuje enzymy katalizujące pewien typ reakcji chemicznej dla substratów
należących do grupy związków o podobnej budowie jako przykład specyficzności grupowej
podano enzymy proteolityczne pepsyne trypsyne i aminopeptydaze te enzymy hydrolizują
wiązania peptydowe w różnych białkach pochodzących z diety z tym że każdy z tych enzymów
hydrolizuje wiązanie peptydowe w ściśle określonym miejscu łańcucha polipeptydowego białka.
pepsyna hydrolizuje wiązania peptydowe w miejscu w którym grupa aminowa pochodzi od
aminokwasu aromatycznego takiego jak fenyloalanina tyrozyna i tryptofan trypsyna hydrolizuje
wiązanie peptydowe w miejscu w którym grupa aminowa pochodzi od aminokwasu zasadowego
takiego jak histydyna lizyna czy arginina aminopeptydaza natomiast hydrolizuje wiązania
peptydowe w miejscu w którym grupa aminowa znajduje się przy n końcowym aminokwasie tak
jak to pokazano na rysunku na slajdzie specyficzność absolutna nazywana również substratową
wykazują enzymy które tworzą kompleks aktywny tylko z jednym konkretnym substratem i
katalizują i jedną konkretną reakcję chemiczną jako przykład enzymu wykazującego specyficzność
absolutną podano saharaza która katalizuje hydrolizę wiązania glikozydowego w saharozie
Sacharoza jest dwucukrem otrzymywanym z buraków cukrowych i trzciny cukrowej. w wyniku
enzymatycznej hydrolizy wiązania glikozydowego w saharozie otrzymuje się dwie cząsteczki
monocukrów cząsteczkę glukozy i fruktozy specyficzność geometryczną enzymy wykazują
względem substratów o podobnej budowie geometrycznej jako przykład podano dehydrogenozę
alkoholową która może utleniać etanol i metanol do odpowiednich aldehydów zarówno metanol
jak i etanol są alkoholami pierwszorzędowymi metanolu przy węglu związanym z grupą
hydraksylową czwartym podstawnikiem jest atom wodoru w etanolu zamiast atomu wodoru
występuje grupa metylowa przy tak niedużej różnicy w budowie obu alkoholi oba te alkohole
mogą być substratami dla dehydrogenazy alkoholowej. niektóre enzymy wykazują specyficzność
optyczną inaczej nazywaną stereospecyficznością oznacza ona że enzymy są specyficzne
względem jednego substratu hiralnego o konkretnej konfiguracji atomów węgla o konfiguracji L.
lub D. jako przykład podano oksydazę L. alaninową, która reaguje tylko z jednym substratem z L.
alaniną nie reaguje z enancjomerem L. alaniny o konfiguracji D. na rysunku przedstawiono
projekcje graficzne wybranych enzymów proszę zwrócić uwagę na proporcje między wielkością
cząsteczek białka enzymatycznego i centrum aktywnego centrum aktywne zajmuje niewielki
obszar w porównaniu do całkowitych rozmiarów białka ta dysproporcja wynika z faktu że centrum
aktywne musi zachować odpowiedni kształt komplementarny z budową substratu i bezwodne
środowisko te parametry fizykochemiczne wymagane do aktywności enzymatycznej może
zapewnić tylko cząsteczka o dużych rozmiarach i odpowiednim pofałdowaniu poszczególnych
domomen polipeptydowych można zadać pytanie czy we wszystkich komórkach te same enzymy
wykazują aktywność w jądrach komórkowych wszystkich komórek danego osobnika znajduje się
identyczne dna identyczne dena oznacza identyczne geny z poprzedniego wykładu wiadomo że
sekwencja nukleotydów w genach koduje sekwencje aminokwasów w łańcuchach białkowych w
tym w enzymach W jędrze komórkowym DNA wykazuje wysoki stopień organizacji. łańcug dna
jest nawinięty na białka histonowe w formie oktamerów tworząc nukleosomy W pewnych
regionach nukleosomów reszty aminokwasowe białek histonowych oraz pierścienie cytozyny
nukleotydów ulegają chemicznym modyfikacjom polegającym na wprowadzeniu grup metylowych
ch trzy w tych regionach nukleosomy są gęsto upakowane i stanowią tak zwaną
heterochromatynę w heterochromatynie zlokalizowane są geny nieaktywne transkrypcyjnie to
znaczy że w danej komórce z tych genów nie może zostać syntetyzowany białko geny aktywne
transkrypcyjnie znajdują się w euchromatynie w obszarze euchromatyny zlokalizowane są geny
dla białek w tym enzymów które są specyficzne dla danego typu komórek innymi słowy dzięki
takiej organizacji dna w jądrze komórkowym inne enzymy będą syntetyzowane w komórkach
wątroby inne w siatkówce oka a jeszcze inne w neuronach z poprzedniego wykładu znane jest
pojęcie ekspresji genów które oznacza sposób w jaki informacja genetyczna zakodowana w
cząsteczce dna w postaci sekwencji zasad zostaje odkodowana i wykorzystana do syntezy białka
w komórkach różnych tkanek konkretny profil ekspresji genów jest regulowany przez białka
regulatorowe które nasilają zmniejszają lub całkowicie wygaszają ekspresje poszczególnych
genów na rysunku przedstawiony jest ogólny mechanizm różnicowania komórek z
pluripotencjalnej komórki macierzystej w wyniku różnicowania powstają komórki różnych typów
różnice morfologiczne i funkcjonalne komórek poszczególnych narządów i tkanek są efektem
ekspresji różnych genów i syntezy białek odpowiednich dla danego typu komórki różnice
morfologiczne i funkcjonalne wynikają z funkcji jakie pełnią komórki danego narządu w
organizmie te funkcje związane są również z syntezą zestawu odpowiednich enzymów
katalizujących reakcje charakteryzujące dany typ komórek różnice morfologiczne komórek
różnych tkamek można obserwować pod mikroskopem co zostało przedstawione na
zamieszczonych zdjęciach Co to są izoenzymy? izoenzymy inaczej izozymy są różnymi wariantami
tego samego enzymu występującego w różnych tkankach lub różnych miejscach komórki
izoenzymy katalizują te same reakcje chemiczne różnią się jednak nieznacznie sekwencją
aminokwasową co wpływa na różnice parametrów kitentycznych katalizowanych przez nie reakcji
te różnice wynikają z różnego powinowactwa izoenzymów do substratów izoenzymy są kotowane
przez różne geny dehydrogenaza aldehydowa jest enzymem dla którego zidentyfikowano
dziewiętnaście izoenzymów kodowanych przez dziewiętnaście genów te izozymy wykazują
szerokie zróżnicowanie specyficzności substratowej różnią się właściwościami kinetycznymi jak
również lokalizacją komórkową i narządową Dehydrogenoza aldehydowa jest głównym enzymem
katalizującym reakcję utleniania aldehydów których źródłem jest metabolizm alkoholi amin
biogennych oraz biotransformacja wielu leków. dehydrogenaza aldehydowa jest głównym
enzymem katalizującym reakcję utleniania aldehydów których źródłem jest metabolizm alkoholi
amin biogennych oraz biotransformacja wielu leków Dlatego enzymu zidentyfikowano
dziewiętnaście izoenzymów kodowanych przez dziewiętnaście różnych genów te izozymy
wykazują szerokie zróżnicowanie pod względem specyficzności substratowej poza tym różnią się
między sobą właściwościami kinetycznymi jak również lokalizacją komórkową i narządową.
wybrane izozymy dehydrogenozy aldehydowej miejsca ich występowania oraz lokalizacje w
chromosomach kodujących jeenów są podane w tabeli na slajdzie. co to są izoformy enzymów
izoformy enzymów są odmianami tego samego białka enzymatycznego kodowanego przez ten
sam gen różne warianty tego samego enzymu powstają w wyniku zmian posttranslacyjnych białka
poszczególne izoformy mogą różnić się specyficznością substratową właściwościami
regulacyjnymi i odpornością na utratę aktywności w danych warunkach enzymy syntetyzowane są
w komórkach i tam pełnią swoje funkcje tylko nieliczne wydzielane są na zewnątrz komórek każda
tkanka posiada swój specyficzny profil enzymatyczny i wykrycie zmian stężenia lub aktywności
konkretnych enzymów pozwala określić rodzaj zmian patologicznych zachodzących w
określonych narządach pojawienie się enzymów wewnątrz komórkowych wpłynie
pozakomórkowym może świadczyć o stopniu uszkodzenia komórek danej tkanki ten fakt
wykorzystywany jest w diagnostyce medycznej. oznaczenie stężenia i aktywności
aminotransferazy alaninowej aminotransferazy asparaginianowej czy doydrogenazy wątrobowej
w we krwi jest wykorzystywane w diagnostyce chorób wątroby poziom i aktywność lipas
trzustkowych i amlazy trzustkowej jest markerem zmian patologicznych trzustki. Oznaczanie
aktywności kinazy kreatynowej oraz A. L. T. i A. S. we krwi jest wykorzystywane w diagnostyce
chorób serca i mięśni szkieletowych. Na czym polega rola enzymów jako biokatalizatorów. do
zapoczątkowania każdej reakcji chemicznej potrzebna jest energia nazywana energią aktywacji.
naturalne procesy przebiegają w kierunku osiągnięcia jak najniższej energii końcowej ponieważ
stan o najniższej energii jest najbardziej stabilny termodynamicznie na wykresie
przedstawiającym zależność energii od drogi reakcji chemicznej widoczna jest zmiana energii
produktów względem reagentów czyli substratów. osiągnięcie niższej energii przez produkty jest
zjawiskiem korzystnym ale żeby osiągnąć ten stan końcowy niezbędny jest wkład energii do
zapoczątkowania reakcji z udziałem substratu I niższa jest energia aktywacji, tym szybciej
zachodzi reakcja chemiczna. wiele procesów biochemicznych zachodzi dzięki energii uwalnianej
przez atp czyli adenyno monofosforan rola enzymów jako biokatalizatorów polega na obniżeniu
energii aktywacji danego procesu co wpływa na znaczne zwiększenie szybkości reakcji chemicznej
w każdej reakcji chemicznej odwracalnej którą można zapisać w postaci równania że z substratu a
powstaje produkt b w pewnym czasie ustala się stan równowagi w stanie równowagi szybkość
tworzenia się produktu b z substratu a oraz szybkość reakcji odwrotnej w której z substratu b
powstaje produkt a są jednakowe i charakteryzowane są za pomocą stałych szybkości reakcji
odpowiednio k jeden i k stała równowagi danego procesu wyrażona jest dużą literą k i równa jest
ilorazowi stałej szybkości tworzenia produktu b czyli k jeden i stałej szybkości tworzenia a czyli k
dwa enzymy nie mają wpływu na stałą równowagi reakcji jedynie przyspieszają osiągnięcie stanu
równowagi przez obniżenie bariery aktywacji procesu a tym samym wpływają na szybkość
katalizowanej reakcji badaniem kinetyki reakcji enzymatycznych zajmowali się leonor michaelis i
maut menten badanie kinetyki reakcji enzymatycznych oparto na modelu reakcji opisanej
schematem przedstawionym na slajdzie michaelis i menten wyprowadzili wzór wyrażający
zależność szybkości reakcji enzymatycznej od stężenia substratu analizując równanie michaelisa
menten można dojść do wniosku że przy stałym stężeniu enzymu szybkość reakcji w pewnych
granicach zależy od stężenia substratu na wykresie przedstawiona jest krzywa opisująca wzrost
szybkości reakcji enzymatycznej w funkcji stężenia substratu można zauważyć że przy niewielkim
stężeniu substratu pojawia się liniowa zależność między stężeniem substratu a szybkością reakcji
enzymatycznej przy odpowiednio dużych stężeniach substratu szybkość reakcji zbliża się do
wartości maksymalnej która odpowiada sytuacji całkowitego wysycenia enzymu przez substrat. w
równaniu michaelisa menten duża litera s oznacza stężenie substratu duża litera k m oznacza stałą
michaelisa stała michaelisa oznacza stężenie substratu przy którym szybkość reakcji
enzymatycznej jest równa połowie szybkości maksymalnej stałą michaelisa K. M. Prędkość
maksymalną V m i połowę prędkości maksymalnej zaznaczono na wykresie. stała michaelisa jest
równa takiemu stężeniu substratu przy którym obsadzona jest połowa miejsc aktywnych enzymu
jest wyrażona w jednostkach stężenia czyli w molach na litr i jej wartości zmieniają się od dziesięć
do minus pierwszej do dziesięć do minus siódmej wartość stałej michaelisa zależy od rodzaju
enzymu i substratu oraz od parametrów środowiska które mają wpływ na przebieg reakcji
enzymatycznej czyli od temperatury siły jonowej i p h stała michaelisa jest również miarą
powinwactwa enzymu do substratu duża wartość km oznacza słabe wiązanie substratu w
kompleksie czyli małe powinwactwo natomiast mała wartość km oznacza tworzenie silnego
wiązania w kompleksie czyli duże powinwactwo enzymu do substratu W kinetyce enzymatycznej
istnieje pojęcie liczby obrotów enzymu oznaczanej jako k trzy, która stanowi liczbę cząsteczek
substratu przekształconych w produkt w ciągu jednej sekundy. na slajdzie przedstawiono liczby
obrotów dla wybranych enzymów na pierwszym miejscu znajduje się katalaza dla której liczba
obrotu wynosi czterdzieści milionów to oznacza że katalaza w ciągu jednej sekundy może
przekształcić czterdzieści milionów cząsteczek substratów w odpowiednie produkty anhydraza
węglanowa jest enzymem znajdującym się głównie w erytrocytach katalizuje odwracalną reakcję z
syntezy kwasu węglowego z dwutlenku węgla i wody liczba obrotów dla anhydrazy węgla nowej
wynosi milion co oznacza że milion cząsteczek dwutlenku węgla w ciągu jednej sekundy może być
przekształconych w kwas węglowy wysoka wartość liczby obrotów ma duże znaczenie dla
zachowania homeostazy elektrolitowej we krwi oraz przy usuwaniu dwutlenku węgla z tkanek Na
slajdzie przedstawiony jest mechanizm reakcji enzymatycznej katalizowanej przez anhedrazę
węglanową. Kofaktorem jest kku dwa zlokalizowany w pobliżu centrum aktywnego enzymu.
kation synku dwa oddziału jest atomem tlenu cząsteczki wody co ułatwia oderwanie protonu w
etapie pierwszym. utworzony w etapie drugim anion hydroksylowy reaguje z dwutlenkiem węgla
tworząc anion wudorowęglanowy w etapie trzecim w etapie czwartym anion wodoro węglanowy
w reakcji z cząsteczką wody ulega protonowaniu tukwasu węglowego wpływ środowiska na
aktywność enzymatyczną wpływ temperatury na aktywność enzymów temperatura ma znaczący
wpływ na aktywność enzymatyczną wraz ze wzrostem temperatury wzrasta szybkość reakcji
katalizowanych enzymatycznie jednak w ograniczonym zakresie ponieważ podwyższenie
temperatury powyżej pewnej wartości powoduje denaturację białka a tym samym deaktywację
enzym Dla większości enzymów optymalne temperatury są takie jak w miejscu ich działania. w
organizmie ludzkim to optimum wynosi około trzydziestu siedmiu stopni celsjusza tyle ile
temperatura ciała a na przykład optymalna temperatura dla bakterii żyjących w gorących
źródłach dochodzi do siedemdziesięciu stopni celsiusza istnieją wyjątki od tej reguły o czym
świadczy wykres wpływu temperatury na aktywność fosfatazy kwaśnej. temperatura optymalna
dla tego enzymu dochodzi nawet do pięćdziesięciu siedmiu stopni Innym czynnikiem środowiska
mającym wpływ na aktywność enzymatyczną jest pH. enzymy wykazują optymalną aktywność w
pewnych zakresach pH najczęściej zakres ten wynosi między pięć a dziewięć i jest związany z
warunkami jakie panują w miejscu działania danego enzymu i tak na przykład pepsyna jest
enzymem protolitycznym hydrolizującym wiązania peptydowe w żołądku gdzie panuje niskie pH
około dwóch. amelaza jest uwalniana do dwunastnicy gdzie wartość pecha wynosi około siedmiu
dlatego największa aktywność tego enzymu przypada właśnie w tym zakresie optimum dla
arginazy występującej w śluzówce jelita wynosi powyżej dziewięciu ponieważ takie p h panuje w
dalszych odcinkach światła jelita cienkiego zmiana pH na bardziej kwaśne lub zasadowe względem
wartości optymalnej dla danego enzymu może prowadzić do zmian konformacyjnych białka
enzymatycznego co wiąże się z częściową lub całkowitą utratą jego aktywności może również
dojść do denaturacji apoenzymu wskutek zniszczenia struktury drugo trzecio i czwartorzędowej
zależność aktywności enzymatycznej od pH można opisać na przykładzie lizozymu. lizozym jest
enzymem powszechnie występującym w przyrodzie znajduje się między innymi we łzach w ślinie
surowicy mleku czy białku jaja kurzego enzym ten działa hydrolitycznie nawiązania glikozydowe
cząsteczek cukrów budujących ściany komórkowe bakterii gram dodatnich mechanizm lizy ściany
komórkowej bakterii gram ujemnych przez lizozyn nie został jeszcze dokładnie poznany struktury
pierwszo drugo i trzeciorzędowe lizozymu zostały scharakteryzowane i ogólna budowa tego
białka jest przedstawiona na slajdzie W centrum aktywnym lizozymu w którym dochodzi do lizy
czyli zniszczenia ściany komórkowej bakterii gram dodatnich znajdują się reszty kwasu
asparaginowego i kwasu glutaminowego. Lizozem wykazuje optimum aktywności w zakresie P. H.
sześć siedem. ponieważ w tych warunkach reszta kwasu asparaginowego jest zionizowana reszta
kwasu glutaminowego występuje w formie niezionizowanej numery umieszczone przy symbolach
reszt aminokwasowych oznaczają pozycję w strukturze pierwszorzędowej łańcucha białkowego
jak to zostało przedstawione na slajdzie warunki w których kwas asparaginowy jest zdysocjowany
a kwas glutaminowy jest w formie niezdysocjowanej prowadzą do rozerwania wiązania między
jednostkami cukrowymi i ściany komórkowej bakterii Co się dzieje, kiedy enzym zostanie
zablokowany? inhibicja aktywności enzymatycznej inhibicja czyli blokowanie aktywności
enzymatycznej zachodzi wtedy kiedy enzym łączy się z inną cząsteczką niż substrat i dochodzi do
zahamowania aktywności enzymu wyróżnia się kilka rodzajów inhibicji podstawą tego
rozróżnienia jest trwałość wiązań inhibitora z enzymem oraz miejsce przyłączenia inhibitora do
białka enzymatycznego zgodnie z kryterium trwałości połączenia inhibitora z enzymem wyróżnia
się inhibicję nieodwracalną która ma miejsce wtedy kiedy dochodzi do utworzenia trwałego
kompleksu inhibitora z enzymem i dochodzi do całkowitej utraty aktywności enzymatycznej.
inhibicja odwracalna jest wtedy, kiedy inhibitor nie tworzy trwałych połączeń z enzymem i dla
kompleksu szybko zostaje osiągnięty stan równowagi. dochodzi wówczas do częściowej utraty
aktywności przez taki enzym. ze względu na miejsce przyłączenia inhibitora do enzymu rozróżnia
się inhibicję kompetycyjną zwaną również współzawodniczącą i niekompetycyjną Inhibicja
kompetycyjna ma miejsce wtedy, kiedy inhibitor wiąże się w miejscu aktywnym enzymu i tym
samym uniemożliwia wiązanie enzymu z jego naturalnym substratem. Jest to rodzaj inhibicji
odwracalnej, co oznacza, że po oddysocjowaniu inhibitora z miejsce aktywne staje się dostępne
dla cząsteczki substratu. podczas inhibicji kompetycyjnej zmniejsza się szybkość katalizy reakcji
biochemicznej zachodzącej z udziałem danego substratu inhibicja niekompetycyjna zachodzi
wtedy kiedy inhibitor wiąże się w innym miejscu niż centrum aktywne centrum katalityczne
enzymu jest wprawdzie dostępne dla cząsteczek substratu ale nie zachodzi reakcja chemiczna
ponieważ połączenie inhibitora z enzymem wywołuje zmiany konformacyjne białka
enzymatycznego a to z kolei wpływa na zmianę konformacji centrum aktywnego które nie jest już
kompatybilne z przestrzenną strukturą substratu inhibitor niekompetycyjny zmniejsza liczbę
obrotów enzymu nie zmniejszając liczby cząsteczek enzymu wiążących się z substratem na
slajdzie widoczna jest graficzna interpretacja inhibicji enzymatycznej Na rysunku numer jeden
przedstawione jest tworzenie się kompleksu aktywnego substratu z enzymem. rysunek numer
dwa jest obrazem inhibicji kompetycyjnej nieodwracalnej czyli takiej w której inhibitor wiąże się z
enzymem w centrum aktywnym blokując jego dostęp dla substratu i tworzy trwałe wiązania
kowalencyjne wskutek czego enzym nieodwracalnie traci swoją aktywność przykładem takich
inhibitorów są gazy bojowe lub niektóre alkaloidy roślinne będące truciznami na rysunku numer
trzy przedstawiony jest typ inhibicji niekompetycyjnej ten typ inhibicji może mieć charakter
odwracalny lub nieodwracalny w zależności od rodzaju inhibitora którym mogą być kationy metali
ciężkich lub niektóre związki naturalne pochodzenia roślinnego rysunek czwarty przedstawia
inhibicję kompetycyjną odwracalną, podczas której inhibitor tworzy kompleks z enzymem w
centrum aktywnym i blokuje w ten sposób dostęp do centrum kataliczycznego cząsteczką
substratu. na zasadzie tego typu inhibicji enzymatycznej działają niektóre leki. przykładem
inhibicji kompetycyjnej odwracalnej jest utlenianie alkoholi przez dehydrogenazę alkoholową.
dehydrogenaza alkoholowa utlenie alkohole pierwszorzędowe do odpowiednich aldehydów
metanol etanol i glikol etylenowy mogą być substratami dla tego enzymu ponieważ mają podobną
budowę chemiczną będą konkurowały między sobą o przyłączenie do miejsca aktywnego enzymu
dehydrogenaza alkoholowa wykazuje większe powinwiadztwo względem etanolu niż glikolu
etylenowego i metanolu to oznacza że etanol będzie szybciej się przyłączał do enzymu w miejscu
aktywnym i będzie szybciej metabolizowany niż glikol etylenowy i metanol większe
powinowactwo tego enzymu względem etanolu wpływa na szybszy metabolizm tego alkoholu
glikol etylenowy i metanol nie są szkodliwymi związkami dopiero produkty ich metabolizmu
zwłaszcza aldehydy wykazują działanie silnie toksyczne różna kinetyka metabolizmu
wymienionych alkoholi znalazła zastosowanie kliniczne podanie etanolu przy zatruciach
organizmu metanolem lub glikolem etyllanowym wynika z faktu że etanol będzie w pierwszej
kolejności utleniony przez dehydrogenazę alkoholową a obecne w organizmie alkohole o
mniejszym powinowactwie do tego enzymu zostaną wydalone z organizmu w niezmienionej
postaci przykładem inhibitorów nieodwracalnych jest dizopropylofluorofosforan ten syntetyczny
związek chemiczny jest inhibitorem acetylochinesterazy enzymu rozkładającego acetyloholinę
która jest jednym z neuroprzekaźników znajdujących się w synapsach neuronów holinergicznych
diisopropyl fluorofosforan tworzy wiązanie kowalencyjne z resztą syryny znajdującą się w
centrum aktywnym trwałe połączenie inhibitora z enzymem uniemożliwia przyłączenie się
substratu z centrum aktywnym. w wyniku całkowitej deaktywacji enzymu niemożliwe jest
rozłożenie acetylocholiny do choliny i kwasu octowego w rezultacie dochodzi do nagromadzenia
tego neuroprzekaźnika nadpobudzenia układu cholinergicznego oraz śmierci organizmu. niektóre
enzymy składają się z kilku podjednostek takie enzymy nazywamy enzymami allosterycznymi
poszczególne podjednostki takich enzymów pełnią różne funkcje jedne podjednostki pełnią
funkcje katalityczne inne natomiast regulatorowe Podjednostki regulatorowe są połączone z
podjednostkami katalitycznymi i wpływają na ich aktywność. przyłączenie inhibitora do
podjednostki regulatorowej powoduje zmianę kształtu podjednostek katalitycznych i stabilizację
tych form nieaktywnych białka. stabilizowanie konformacji nieaktywnych podjednostek powoduje
deaktywację anzymu do podjednostek regulatorowych może przyłączyć się również cząsteczka
zwana aktywatorem po połączeniu się aktywatora z formą regulatorową dochodzi do
stabilizowania konformacji aktywnej podjednostek katalitycznych i zwiększenia aktywności
takiego białka Przykładem enzymów allosterycznych, w których występuje kontrola allosteryczna
jest transkarbamoiloza asparaginianowa. enzym ten katalizuje pierwszy etap syntezy pirymidyn
zasad występujących w nukleotydach jedna cząsteczka enzymu składa się z dwunastu pod
jednostek białkowych dwie z nich mają charakter katalityczny trzy są to podjednostki
regulatorowe. naturalnym inhibitorem tego enzymu jest cytozyno pięć trosforem który jest
zarazem końcowym produktem procesu syntezy nuklotydus cytozynopć prim trifosforan po
przyłączeniu się do podjednostki regulatorowej powoduje deaktywację enzymu a tym samym
zahamowanie syntezy nukleotydów atp czyli adenozy pięć trosan jest aktywatorem
transkarbamoilazy asparaginianowej to znaczy że atp po przyłączeniu się do podjednostki
regulatorowej wywołuje zmiany konformacyjne podjednostki katalitycznej enzymu które z kolei
prowadzą do zwiększenia powinowactwa enzymu do substratu a tym samym do zwiększenia
aktywności enzymu niektóre leki działają na zasadzie odwracalnego bądź nieodwracalnego
hamowania aktywności enzymatycznej Niesteroidowe leki przeciwzapalne są inhibitorami
cyklooksygenazy C. O. X. jeden i C. O. X. dwa, które biorą udział w syntezie prostaglanden. do
niesteroidowych leków przeciwzapalnych zalicza się między innymi aspirynę ibuprofen
acetaminofen indometacyę i naproksen niesteroidowe leki przeciwzapalne zostały
zaprojektowane w celu zahamowania aktywności cyklooksygenazy cyklooksygenaza występuje w
postaci dwóch izomerów cyklooksygenazy jeden i dwa oznaczanych jako co jeden i c o x dwa i jest
głównym enzymem znajdującym się na szczycie kaskady przemian prowadzących do syntezy
grupy związków zwanych prostanoidami do prostanoidów zalicza się prostaglandyny
prostacykliny i tromboksany które są hormonami tkankowymi o działaniu parakrynnym czyli
lokalnym i pełnią ważną rolę w regulacji funkcji różnych narządów i układów w organizmie
ludzkim prostaglandyny są mediatorami w rozwoju lokalnego stanu zapalnego który objawia się
między innymi w postaci lokalnego wzrostu temperatury zaczerwienienia opuchlizny i bólu w
syntezie prostaglandyn bierze udział cykla oksygenaza dwa dla której substratem jest kwas
arachidonowy będący składnikiem fosfolipidów błony komórkowej synteza cyklooksygenozy
drugiej w komórkach jest indukowana w warunkach stanu zapalnego którego podłożem może być
obecność w organizmie patogennych mikroorganizmów endotoksyn bakteryjnych lub
uszkodzenie mechaniczne tkanek głównym celem niesteroidowych leków przeciwzapalnych jest
inhibicja cyklooksygenazy drugiej a w konsekwencji zahamowanie syntezy prostaglandyn i rozwój
odpowiedzi prozapalnej efektem hamowania aktywności enzymatycznej cyklooksygenazy drugiej
przez niesteroidowe leki przeciwzapalne takie jak aspiryna ibuprofen naproksen czy
indometacyna jest jest lokalne rozszerzenie naczyń krwionośnych zmniejszenie obrzęku
obniżenie temperatury i zniesienie uczucia bó niesteroidowe leki przeciwzapalne nie działają
wybiórczo oprócz hamowania aktywności cyklooksygenazy drugiej są również inhibitorami
cyklooksygenazy pierwszej cyklooksygenaza pierwsza jest enzymem konstytutywnym czyli takim
który zawsze występuje w komórkach ponieważ katalizuje reakcje syntezy prostacyklin które
pełnią podstawowe funkcje regulatorowe głównie w komórkach śluzówki żołądka śród błonka
naczyń krwionośnych w komórkach nerek i płytkach krwi hamowanie aktywności
cyklooksygenazy pierwszej przez niesteroidowe leki przeciwzapalne prowadzi do zaburzenia
prawidłowych funkcji wyżej wymienionych komórek i wystąpienia działań niepożądanych ze
strony układu pokarmowego łównie żołądka układu moczowego i krwionośnego mechanizm
działania niesteroidowych leków przeciwzapalnych został dokładnie zbadany dla aspiryny i
ibuprofenu aspiryna czyli kwas acetylosalicylowy jest inhibitorem kompetycyjnym
cyklooksygenazy pierwszej i drugiej i konkuruje o przyłączenie do centrum aktywnego tych
izoenzymów z kwasem arachidonowym aspiryna powoduje acetylowanie grupy hydroksylowej
reszty seryny w centrum katalitycznym enzymu do którego nie może się już przyłączyć kwas
arachidonowy w efekcie dochodzi do trwałego zablokowania enzymu i zahamowania syntezy
prostanoidów gdy inhibicja cykl oksygenazy pierwszej ma miejsce w płytkach krwi nie zachodzi
synteza tromboksanu czynnika powodującego pobudzenie i agregację płytek krwi wobec braku
tromboksanu zahamowany zostaje proces krzepnięcia krwi długotrwałe przyjmowanie aspiryny
szczególnie w połączeniu z lekami przeciwzakrzepowymi może doprowadzić do wystąpienia
krofotoków ibuprofen jest również inhibitorem kompetycyjnym cyklooksygenazy pierwszej i
drugiej dla których naturalnym substratem jest kwas arachidonowy mechanizm działania tego
związku jest odmienny od mechanizmu inhibicji przez aspirynę mechanizm ten wynika z budowy
chemicznej i przestrzennej ibuprofenu, która jest kompatybilna ze strukturą przestrzenną miejsca
aktywnego cykl oksygenazy. Ibuprofen tworząc kompleks aktywny z enzymem uniemożliwia
wiązanie kwasu arachidonowego w centrum aktywnym kwas arachidonowy może utworzyć
wiązanie z enzymem dopiero wtedy kiedy cząsteczka ibuprofenu oddysocjuje z kompleksu
aktywnego i zwolni miejsce w centrum katalitycznym dla cząsteczki substratu. mechanizmy
inhibicji cyklooksygenozy przez cząsteczki aspiryny i ibuprofenu są przedstawione na slajdzie
inhibicja nieodwracalna jest rodzajem inhibicji w wyniku której dochodzi do trwałego
nieodwracalnego zablokowania aktywności enzymatycznej jeśli cała pula enzymów danego typu
w komórce zostanie zablokowana nastąpi śmierć komórki na zasadzie nieodwracalnych
inhibitorów działają związki chemiczne nazywane substratami samobójczymi substraty
samobójcze są bardzo podobne do naturalnych substratów pod względem struktury chemicznej
dzięki czemu dopasowują się do miejsca aktywnego enzymu i uruchamiają procesy katalitycznej
przemiany w trakcie reakcji tworzy się wiązanie kowalencyjne między fałszywym substratem i
resztą aminokwasową w centrum aktywnym, które prowadzi do modyfikacji struktury i trwałego
zablokowania enzymu. przykładem substratów samobójczych są antybiotyki będące pochodnymi
penicyliny i cefalosporyny antybiotyki te nazywane są również antybiotykami betalaktamowymi w
związku z obecnością czteroczłonowego pierścienia amidowego nazywanego betalaktamowym w
cząsteczce. pierścień betalaktamowy pełni kluczową rolę w nieodwracalnej inhibicji enzymu
bakteryjnego transpepttydazy transpeptydaza bakteryjna katalizuje reakcje syntezy łańcuchów
peptydowych występujących w ścianie komórkowej bakterii w wyniku inhibicji transpeptydazy
zostaje zahamowana biosynteza ściany komórkowej co uniemożliwia namnażanie się kolejnych
pokoleń bakterii. na slajdzie przedstawiony jest schemat budowy ściany komórkowej bakterii
gram dodatnich która składa się z kilku warstw łańcuchów policukrowych połączonych za sobą za
pomocą łańcuchów peptydowych Na rysunku przedstawiony jest fragment budowy ściany
komórkowej bakterii na którym widoczne są łańcuchy pentapeptydowe przyłączone do reszt
cukrowych tworzących razem peptydoglikan. sekwencja pentapeptydowa jest identyczna dla
wszystkich łańcuchów na końcach każdego łańcucha znajdują się dwie reszty dealaniny które są
naturalnym substratem dla transpeptydazy transpeptyda z bakteryjna katalizuje tworzenie się
wiązań peptydowych między resztami aminokwasowymi różnych łańcuchów. pierścień
betalaktamowy wykazuje podobną budowę do końcowej sekwencji łańcucha peptydowego
składającego się z dwóch reszt dealaniny Antybiotyk betalaktamowy jako fałszywy substrat wiąże
się w centrum aktywnym i prowadzi do trwałego zablokowania enzymu. naturalne mechanizmy
regulujące aktywność enzymatyczną dla zachowania homeostazy czyli równowagi wszystkich
procesów zachodzących w komórce niezbędne jest występowanie mechanizmów regulujących
aktywność enzymatyczną dzięki tym mechanizmom możliwa jest aktywacja enzymów w
odpowiednim momencie po zadziałaniu odpowiedniego sygnału jak i deaktywacja kiedy reakcja
katalizowana przez dany enzym ma zostać zakończona aktywność enzymów może być
regulowana poprzez regulację stężenia enzymów w odpowiedzi na aktualne zapotrzebowanie
przez kompartmentację czyli oddzielenie przebiegu procesów enzymatycznych w różnych
miejscach komórki w wyniku naturalnej aktywacji lub inhibicji w tej roli aktywatorami są często
cząsteczki substratu a inhibitorami cząsteczki produktu których stężenie osiągnęło odpowiednio
wysoki poziom w komórce przez posttranslacyjną modyfikację enzymów polegającą na zmianie
budowy w wyniku przyłączenia bądź odłączenia od białka enzymatycznego małych cząsteczek
takich jak grupy metylowe acetylowe reszty kwasu fosforowego lub cząsteczki monocukrów przez
zmianę środowiska reakcji dotyczącą zmiany p siły jonowej lub warunków redoks Czynniki
fizykochemiczne takie jak aktywacja i inhibicja allosteryczna zmiana pH zmiana siły ionowej i
warunków redoks oraz przyłączanie i odłączanie małych cząsteczek prowadzą do zmian
konformacyjnych a zmiana kształtu cząsteczki białka wpływa bezpośrednio na zmianę aktywności
enzymatycznej. Przykładem posttranslacyjnej modyfikacji białek jest fosforylacja niektórych
enzymów. proces ten polega na przyłączeniu reszty kwasu fosforowego do reszty aminokwasowej
białka najczęściej reszty seryny lub troniny w wyniku fosforylacji i defosforylacji dochodzi do
zmian konformacyjnych łańcuchów polipeptydowych a tym samym do aktywacji bądź deaktywacji
enzymu Kinaza jest enzymem, który katalizuje proces fosforylacji. Donorem grup fosforanowych
jest cząsteczka ATP a akceptorem cząsteczka białka enzymatycznego, która na podanym
przykładzie ulega aktywacji. fosfata zapełni rolę enzymu przenoszącego grupy fosforanowe z
cząsteczki enzymu powodując jego deaktywację na cząsteczkę adp Jednym z mechanizmów
regulacji enzymatycznej jest kontrolowana zmiana struktury białka w wyniku proteolizy czyli
hydrolitycznego rozkładu wiązania peptydowego za pomocą proteas proteazy inaczej zwane
enzymami proteolitycznymi katalizują hydrolizę wiązań peptydowych niektóre enzymy są
syntetyzowane w komórkach w formie nieaktywnej i stają się aktywne dopiero w miejscu ich
działania Taka nieaktywna forma enzymu nazywana jest zymogenem, proenzymem lub
probiałkiem. w formie zymogenu syntetyzowane są enzymy trawienne katalizujące hydrolizy
białek i białka biorące udział w kaskadzie krzepnięcia krwi, tak zwane czynniki krzepnięcia krwi.
hymotrypsyna i trypsyna są enzymami proteolitycznymi z grupy endopeptydas biorącymi udział w
trawieniu białek syntetyzowane są w komórkach trzustki w postaci zymogenów skąd pod
wpływem impulsu nerwowego zostają wydzielane do dwunastnicy w wielicie cienkim dochodzi do
przeprowadzenia proenzymów w ich formę aktywną hymotrypsyna i trypsyna mają bardzo
podobną strukturę aminokwasową różnią się specyficznością substratową Aktywacja zymogenu
na przykładzie hymotrypsyny. w komórkach trzustki syntetyzowany jest hymotrypsynogen który
jest nieaktywną formą hymotrypsyny czyli zymogenem pod wpływem działania trypsyny enzymu
proteolitycznego dochodzi do hydrolizy wiązań peptydowych między niektórymi resztami
aminokwasowymi w łańcuchu białkowym hymotrypsynogenu powstaje hemmotrypsyna pi która
w procesie autokatalizy przekształca się w formę aktywną enzymu nazywanego hemmotrypsyną
alfa synteza enzymów protolitycznych w formie nieaktywnej i ich aktywacja w warunkach
działania ma na celu zabezpieczenia komórek żołądka i trzustki przed samotrawieniem w centrum
aktywnym hymotrypsyny i innych enzymów proteolitycznych znajduje się tak zwana triada
katalityczna składająca się z reszt seryny histydyny i kwasła sparaginowego Schemat centrum
katalitycznego hematrypsyny jak i całego enzymu przedstawiony jest na slajdzie. Obecność tych
trzech reszt aminokwasowych zlokalizowanych w odpowiedniej konformacji przestrzennej jest
kluczowa podczas oddziaływań związaniami peptydowymi łańcuchów polipeptydowych
trawionych białek. Jak już wspomniano wcześniej występujące w układzie pokarmowym enzymy
proteolityczne takie jak hemotrypsyna, trypsyna czy elastaza katalizują reakcje hydrolizy wiązań
peptydowych dzięki obecności triady katalitycznej znajdującej się w centrum aktywnym. te trzy
enzymy mogą hydrolizować wiązania peptydowe w tym samym łańcuchu białkowym ale w
różnych miejscach ponieważ enzymy te różnią się między sobą specyficznością ta różna
specyficzność hydrolizy wiązań peptydowych jest wynikiem różnej budowy przestrzennej w
obrębie centrum aktywnego każdego z tych enzymów i tak hymotrypsyna hydrolizuje wiązania
peptydowe jeśli od strony grupy karbonylowej znajduje się któryś z aminokwasów aromatycznych
takich jak tyrozyna tryptofan czy fenyloalenina lub aminokwas posiadający grupę hydrofobową
jak metionina trypsyna katalizuje hydrolizę wiązań peptytowych gdy po stronie grupy
karbonylowej znajduje się aminokwas o charakterze zasadowym taki jak lizyna lub arginina a
elastaza hydrolizuje tylko te wiązania przy których znajdują się aminokwasy posiadające małe i
niezionizowane łańcuchy boczne takie jak alanina walina czy tronina"
}