1.

Tổng quan phần mềm Bioedit

1.1. Giới thiệu chung về Bioedit

BioEdit là phần mềm biên tập miễn phí cho các máy tính cho phép chỉnh
sửa, in ấn và sắp xếp chuỗi.

BioEdit là một trong những chương trình phổ biến nhất được sử dụng trong các
nghiên cứu sinh học phân tử. Ban đầu nó được phát triển như một trình soạn thảo
căn chỉnh trình tự sinh học chỉ dành cho Windows. Nó chứa nhiều tính năng cho
các chế độ căn chỉnh theo trình tự dễ dàng, chế độ Split window, tùy chỉnh màu,
đổ bóng dựa trên thông tin và tích hợp tự động với các chương trình khác như
ClustalW và Blast. Tuy nhiên, trong vài năm gần đây, nó đã được phát triển
mạnh mẽ để tích hợp nhiều tính năng và chức năng khác cũng như các công cụ
phân tử hữu ích cho nhà sinh học phân tử như một số chế độ căn chỉnh tay, vẽ và
chú thích plasmid, lập bản đồ giới hạn và hơn thế nữa. Nó đã trở thành một trong
những chương trình được sử dụng rộng rãi trong sinh học phân tử với các công
cụ đa năng của nó trong sinh học phân tử. Giấy phép phần mềm miễn phí và các
mô-đun cập nhật hiệu quả bên cạnh khả năng nhanh chóng tạo ra kết quả khiến
nó trở thành một trong những chương trình phổ biến nhất cho nhà sinh học phân
tử ngày nay.

1.2. Lịch sử phát triển phần mềm

Năm 1999, Tom Hall (Hall, 1999) đã xuất bản công trình của mình về một
chương trình phân tích và biên tập trình tự sinh học thân thiện với người dùng
khi ông đang làm việc tại khoa vi sinh, Đại học Bang North Carolina. Chương
trình đã được sử dụng rộng rãi kể từ đó và được trích dẫn trong nhiều bài báo trên
các tạp chí xếp hạng cao và được sử dụng trong nhiều ứng dụng nghiên cứu mới lạ
và đa dạng (Antonis et al., 2003; Ron et al., 2005; Chen et al., 2006; Aquifer Robert
et cộng sự, 2003; Klaas và cộng sự, 2002).

1.3. Phạm vi ứng dụng của phần mềm

BioEdit được sử dụng cho các nghiên cứu phân tử của các sinh vật khác nhau
như bộ gen của virus (Ron và cộng sự, 2005, Chen và cộng sự, 2006), bộ gen của
vi khuẩn (Aquifer Robert và cộng sự, 2003) bộ gen thực vật (Klaas và cộng sự,
2002) và bộ gen động vật (Hong và cộng sự, 2008). Với nhiều trích dẫn trong các
tạp chí được bình duyệt, BioEdit trở thành công cụ tin sinh học rất quan trọng đối
với nhà sinh học phân tử. và phân biệt hơn giữa các chương trình sắp xếp trình tự
sinh học khác.

Bioedit có thể chấp nhận nhiều định dạng khác nhau cho phép hoán đổi các tệp
dữ liệu giữa Bioedit và các chương trình khác. Những định dạng đó bao gồm
(định dạng văn bản đa dạng thức * .rtf, tệp fasta * .fas * .fasta * .fst * .fsa, tệp ngân
hàng gen * .gbk * .gen * .gb * .gnk, * .csv, phân cách bằng tab, *. tệp sắc ký định
dạng txt, excel, abi, * .ab1 * .abi, tệp trình tự, * .seq, tệp plasmid * .pmd, tệp dự án
bioedit * .bio, tệp clustal * .aln, tệp gcg * .gcg, tệp XML * .xml, tệp acqus, tệp
phylib * .phy, tệp NBRF / PIR * .pir, * .nbf và bạn có thể dễ dàng bắt đầu một tài
liệu mới và sao chép (Ctrl + C) dán (Ctrl + V) dữ liệu từ khay nhớ tạm của bạn)

Các tính năng chính của phần mềm BioEdit:

- Nhập dữ liệu trình tự với định dạng MSF, ASN.1 và EMBL.

- Thực hiện và phân tích dữ liệu trình tự sinh học.
- Tích hợp GenBank giải thích trình tự, rút gọn hợp bào.
- Tự động hóa tác vụ.
- Cấp quyền truy cập tới ngân hàng trình tự NCBI.
- Gửi các trình tự sinh học.
1.4. Ưu điểm và nhược điểm của Bioedit

1.4.1. Ưu điểm

- Ứng dụng miễn phí, có thể tải xuống trực tuyến từ nhiều máy chủ
- Hoạt động trong hầu hết các phiên bản Windows
- Giao diện thân thiện với người dùng
- Chấp nhận nhiều định dạng
- Có tính năng nâng cao và tùy chọn xuất, nhập dữ liệu liên quan đến
các tác vụ thực hiện hay bắt cặp trình tự

1.4.2. Nhược điểm

- Thời gian Bioedit cần để phân tích trình tự tăng theo chiều dài đoạn
trình tự.
- Một số chức năng cần kinh nghiệm (Ví dụ: thiết kế plasmid) và nhiều
bước thực hiện.
- BioEdit được viết cho Windows 95/98 / NT / 2000 / XP / 7, khi nó
được cài đặt trên hệ điều hành hiện đại hơn, có thể gây ra một số lỗi
(thông tin quá tải, đơ, lag)
- Chương trình không còn được nhà phát triển tiếp tục. Phiên bản mới
nhất được cập nhật 7.2.6.1 (tháng 3 năm 2017).

Tài liệu tham khảo:

Hall, T.A. (1999) BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and
Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-
98.