Tymoczko • Berg • Gatto • Stryer

Biochemistry:
A Short Course
Fourth Edition

CHAPTER 7
Động lực học
và điều hòa

© 2019 Macmillan Learning

 CHAPTER 7
Động lực học và điều hòa
 Chapter 7: Mục lục

7.1 Động lực học (Kenetics) là nghiên cứu tốc độ phản ứng
7.2 Mô hình Michaelis–Menten mô tả động lực học của
nhiều enzyme
7.3 Các enzyme dị lập thể (allosteric enzyme) là
những chất xúc tác và các cảm biến về thông tin
7.4 Các enzyme có thể được nghiên cứu chỉ 1 phân tử
trong 1 lần
Phần 7.1 Động lực học (Kenetics) là nghiên
cứu tốc độ phản ứng (1/2)
Mục tiêu học tập 3: Giải thích tốc độ phản ứng là gì.
Cho 1 phản ứng đơn giản:

• Tốc độ phản ứng được quyết định bằng cách đo bao nhiêu lượng chất A
mất đi hoặc B xuất hiện trong 1 hàm thời gian.

• Giả sử ta có thể đo sự biến mất của A. Tốc độ phản ứng có thể

được cho bởi công thức bên dưới, với k là hằng số tỉ lệ.

• Khi tốc độ của phản ứng tỉ lệ thuận với nồng độ chất tham gia,
phản ứng được gọi là first-order reaction và hằng số tỉ lệ có đơn
vị là s−1.
Phần 7.1 Động lực học (Kenetics) là nghiên
cứu tốc độ phản ứng (2/2)
• Nhiều phản ứng hóa sinh quan trọng là theo cặp hoặc
second-order reactions.

• Những phương trình cho các phản ứng này là

• Hằng số tỉ lệ cho second-order reactions

có đơn vị là M−1s−1.
 Phần 7.2 Mô hình Michaelis–Menten mô tả
động lực học của nhiều enzyme
Mục tiêu học tập 4: Giải thích những phản ứng này được
xác định như thế nào và cách dùng tốc độ phản ứng để
chỉ ra các đặc điểm của hoạt động enzyme.
Ý nghĩa của việc khảo sát động lực học enzyme là để đo tốc độ phản
ứng như một hàm có biến là nồng độ cơ chất với lượng enzyme cố định.
Cho 1 phản ứng đơn giản cái mà enzyme E xúc tác sự chuyển đổi của
SP.

với k1, k2 là hằng số tỉ lệ của các bước phản ứng được chỉ ra. Để bỏ qua
phản ứng nghịch PS, chúng ta đo hoạt động khi [P] ≈ 0.

Dưới những điều kiện này, tốc độ đó được gọi là tốc độ khởi đầu Vo.
Biểu đồ cho mô hình tốc độ phản ứng với
nồng độ cơ chất của 1 phản ứng được
enzyme xúc tác
 Tốc độ khởi đầu

• Tốc độ khởi đầu được xác định bằng cách đo sự

hình thành sản phẩm như 1 hàm theo thời gian và
xác định tốc độ ngay sau khi phản ứng bắt đầu.
Biểu đồ cho mô hình cách tốc độ khởi đầu
được xác định
 Phương trình Michaelis–Menten
• Leonor Michaelis và Maud Menten có được 1 phương trình
để miêu tả tốc độ khởi đầu của phản ứng như 1 hàm của
nồng độ cơ chất. [1]

• Khi Vo = ½ Vmax, KM =[S]. Khi đó, KM là nồng độ cơ

chất cái mà cho ra ½ Vmax.
Biểu đồ của động lực học Michaelis–
Menten
Câu hỏi nhanh 1

QUICK QUIZ 1
Giá trị của [S], như tỉ lệ theo KM, được yêu cầu
để đạt 80% Vmax là?
 Cái nhìn vào lâm sàng (1/2)
CLINICAL INSIGHT
Sự đa dạng của KM dẫn đến kết quả
sinh lý khác nhau

• 2 enzyme đóng vai trò quan trọng trong chuyển hóa cồn.
 Cái nhìn vào lâm sàng (2/2)
CLINICAL INSIGHT
Sự đa dạng của KM dẫn đến kết quả
sinh lý khác nhau

• 1 số người đáp ứng với sự tiêu thụ cồn như đỏ mặt và

tim đập nhanh, những triệu chứng được gây ra bởi
lượng lớn acetaldehyde trong máu.
• Có 2 loại acetaldehyde dehydrogenase ở đa số người,
1 cái vơi KM thấp và 1 cái với KM cao. Enzyme có KM
thấp không kích hoạt ở các cá nhân nhạy cảm.
• Enzyme với KM cao không thể phân giải hết
acetaldehyde, nên 1 số acetaldehyde hiện diện trong
máu.
Đồ uống có cồn
 Các giá trị KM và Vmax có thể được xác định
bởi vài phương tiện

• Phương trình Michaelis–Menten có thể được biến đổi thành 1

phương trình cái mà cho ra hàm bậc nhất.

• Phương trình đối ứng kép này (double-reciprocal equation)

được gọi là phương trình Lineweaver– Burk.
Phác họa đối ứng kép hay phác họa
Lineweaver–Burk
 Các giá trị KM và Vmax là những đặc điểm
quan trọng của enzyme (1/2)

• Các giá trị KM cho các enzyme rất đa dạng.

• Các bằng chứng cho thấy giá trị KM xấp xỉ nồng độ cơ

chất của enzyme trong cơ thể (in vivo).
 Bảng giá trị KM của 1 số enzyme
BẢNG 7.1 Các giá trị KM của 1 số enzyme

Enzyme Cơ chất KM (µM)

Chymotrypsin Acetyl-L- 5000
tryptophanamide
Lysozyme Hexa-N- 6
acetylglucosamine
β-Galactosidase Lactose 4000
Carbonic CO2 8000
anhydrase
Penicillinase Benzylpenicillin 50
 Các giá trị KM và Vmax là những đặc điểm
quan trọng của enzyme (2/2) [2]

• Nếu nồng độ enzyme, [E]T, được biết trước, thì

và

• k2, còn được gọi là kcat, là turnover number của enzyme, cái
là số phân tử của cơ chất chuyển đổi thành sản phẩm trong 1
giây.
 Bảng Turnover Numbers của 1 số enzyme
BẢNG 7.2 Turnover numbers của 1 số enzyme

Enzyme Turnover number (trên 1 giây)

Carbonic anhydrase 600,000
3-Ketosteroid isomerase 280,000
Acetylcholinesterase 25,000
Penicillinase 2000
Lactate dehydrogenase 1000
Chymotrypsin 100
DNA polymerase I 15
Tryptophan synthetase 2
Lysozyme 0.5
 kcat/KM là đại lượng đo hiệu quả xúc tác
(1/2)

• Nếu [S]<<KM, chúng ta có thể giả sử là enzyme tự do [E] ≈

[E]T. Phương trình Michaelis–Menten có thể được vận
dụng để cho ra

• Dưới những điều kiện này, kcat/KM là đại lượng đo hiệu

quả xúc tác vì nó tính cả tốc độ xúc tác (kcat) và bản chất
tương tác của enzyme-cơ chất (KM).
Bảng tham khảo 1 số cơ chất của
Chymotrypsin
kcat/KM là đại lượng đo hiệu quả xúc tác (2/2)

• Khảo sát tỉ lệ kcat/KM cho thấy 1 số enzyme đạt gần

đến sự xúc tác hoàn hảo.
• Mở rộng phương trình của kcat/KM cho thấy k1, tỉ lệ hình
thành phức hợp enzyme-cơ chất, là bước phản ứng có giới
hạn tốc độ.
• Sự khuếch tán (≈108–109 s−1 M−1) giới hạn giá trị k1.

• Tuy nhiên kcat/KM của 1 số enzyme đạt gần giá trị của sự
khuếch tán.
 Bảng của các enzyme cái mà kcat/KM gần đến tỉ
lệ khuếch tán có kiểm soát của những chất
bắt gặp
Enzyme Kcat/KM (s−1 M−1)
Acetylcholinesterase 1.6 × 108
Carbonic anhydrase 8.3 × 107
Catalase 4 × 107
Crotonase 2.8 × 108
Fumarase 1.6 × 108
Triose phosphate isomerase 2.4 × 108
β-Lactamase 1 × 108
Superoxide dismutase 7 × 109
Source: Data from A. Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science: A
Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding (W. H. Freeman and Company,
1999), Table 4.5.
 Các phản ứng sinh hóa đa phần gồm nhiều
cơ chất
• Các phản ứng nhiều cơ chất có thể được chia thành 2
nhóm.

• Các phản ứng nối tiếp (sequential reactions) được phân biệt
bởi sự tạo thành phức hợp bộ ba bao gồm 2 cơ chất và
enzyme.

• Các phản ứng hoán đổi vị trí kép (double-displacement

ractions) được phân biệt bởi sự hình thành trung gian
enzyme thay thế. Các phản ứng đó còn được gọi là các
phản ứng ping-pong.
Mô hình cho các phản ứng Sequential và
Double-displacement
Phần 7.3 Các enzyme dị lập thể là những chất xúc tác
và những cảm biến về thông tin
Mục tiêu học tập 5: Nhận biết các tính chất then chốt của các
protein dị lập thể và mô tả cơ sở của những tính chất ấy.

Các enzyme dị lập thể điều khiển dòng chảy của các phản ứng
sinh hóa trong con đường chuyển hóa.

• Bởi vì các tính chất điều hòa của chúng, các enzyme dị lập thể
cho phép sự tạo thành các con đường chuyển hóa phức tạp.
1 phần bản đồ đường phố của Paris
Biểu thị sơ đồ 1 vài con đường chuyển hóa
có liên kết 1 cách trung gian trong thực vật
Các enzyme dị lập thể được điều hòa bởi các sản
phẩm của con đường chuyển hóa trong kiểm soát
của chúng (1/3)

• Sự chuyển hóa của A sang B là bước phản ứng cam kết (the
commited step) bởi vì 1 khi xảy ra, B được đảm bảo chuyển
thành F.

• Các enzyme dị lập thể xúc tác bước phản ứng cam kết của
con đường chuyển hóa. Các enzyme Michaelis–Menten tạo
điều kiện cho các bước phản ứng còn lại.
Các enzyme dị lập thể được điều hòa bởi các sản
phẩm của con đường chuyển hóa trong kiểm soát
của chúng (2/3)

• Lượng sản phẩm F được tổng hợp có thể được điều hòa bởi ức
chế phản hồi.

• Sản phẩm F của chuỗi phản ứng ức chế enzyme e1 bằng

cách liên kết vùng điều hòa trên enzyme cái mà tách biệt
khỏi vùng hoạt động.
Các enzyme dị lập thể được điều hòa bởi các sản
phẩm của con đường chuyển hóa trong kiểm soát
của chúng (3/3)

• Sự điều hòa của các con đường chuyển hóa có

thể khá phức tạp.

• Các enzyme dị lập thể có thể bị ức chế hay hoạt

hóa bởi 1 vài phân tử điều hòa.
Mô hình kết hợp của 2 con đường chuyển
hóa để hình thành 1 sản phẩm duy nhất
Các enzyme được điều hòa dị lập thể không
thỏa động lực học Michaelis–Menten

• Tốc độ phản ứng của các enzyme dị lập thể cho thấy
mối quan hệ sigma [3] đến nồng độ cơ chất.
Biểu đồ cho mô hình động lực học của 1
enzyme dị lập thể
Các enzyme dị lập thể phụ thuộc sự thay thế
cấu trúc bậc 4 (1/3)
• Tất cả enzyme dị lập thể cho thấy cấu trúc bậc 4 gồm các
vùng điều hòa và các vùng hoạt động.
• Có 1 mô hình giải thích hành vi các enzyme ấy là mô
hình phối hợp (the concerted model).

• Các đặc trưng của mô hình phối hợp:

– Enzyme tồn tại 2 dạng cấu trúc bậc bốn, được quy
định là T (tense-co căng) và R (relaxed-giãn).
– T và R ở trạng thái cân bằng, với T là trạng thái ổn định hơn.
– Trạng thái R có hoạt tính enzyme nhiều hơn trạng thái
T.
– Tất cả vùng hoạt động phải cùng trạng thái.
Các enzyme dị lập thể phụ thuộc sự thay thế
cấu trúc bậc 4 (2/3)

• Sự gắn kết với cơ chất để 1 vùng hoạt động giữ các vùng
hoạt động khác ở dạng R và làm enzyme liên kết cơ chất thoát
khỏi trạng thái cân bằng T ⇌ R.
• Sự gián đoạn của trạng thái cân bằng T ⇌ R bằng cách liên
kết với cơ chất khuyến khích sự chuyển hóa thêm nhiều
enzyme sang dạng R.
Biểu diễn mô hình phối hợp cho các enzyme
dị lập thể
Các enzyme di lập thể phụ thuộc sự thay thế
cấu trúc bậc 4 (3/3)

• Các enzyme dị lập thể nhạy cảm hơn với sự thay đổi của
nồng độ cơ chất gần giá trị KM của nó hơn các enzyme
Michaelis–Menten.

• Sự nhạy cảm này được gọi là hiệu ứng ngưỡng (threshold effect).
Đồ thị của mô hình 1 enzyme dị lập thể biểu
hiện hiệu ứng ngưỡng
Các phân tử điều hòa thay đổi chậm rãi trạng
thái cân bằng T ⇌ R
• Các chất điều hòa dị lập thể gián đoạn cân bằng R ⇌ T khi
chúng liên kết với enzyme.

• Các chất ức chế cố định trạng thái T, trái lại các chất hoạt hóa
cố định trạng thái R.

• Sự gián đoạn cân bằng T ⇌ R bởi các cơ chất được gọi là

homotropic effect.

• Sự gián đoạn cân bằng T ⇌ R bởi các chất điều hòa được
gọi là heterotropic effect.
Đồ thị về hiệu ứng của các chất điều hòa
enzyme dị lập thể Aspartate
Transcarbamoylase
 Câu hỏi nhanh 2

QUICK QUIZ 2
Hậu quả của đột biến sẽ là gì trong 1 enzyme dị lập
thể dẫn đến tỉ lệ T/R là 0?
Mô hình nối tiếp cũng có thể được dùng cho
các hiệu ứng dị lập thể (allosteric effect)

• Mô hình nối tiếp của các enzyme dị lập thể cho thấy rằng sự
thay đổi tuần tự trong cấu trúc.
Biểu đồ của mô hình nối tiếp
 Cái nhìn vào lâm sàng: sự mất kiểm soát dị
lập thể có thể dẫn đến các điều kiện bệnh lý
CLINICAL INSIGHT
Sự mất kiểm soát dị lập thể có thể dẫn đến các
điều kiện bệnh lý

• Phosphoribosylpyrophosphate synthetase (PRS) là 1

enzyme dị lập thể trong con đường tổng hợp purine
nucleotide.

• 1 đột biến dẫn đến sự mất kiểm soát điều, không có

tác động lên hoạt động xúc tác dẫn đến sự sản xuất
dư thừa các purine nucleotide.

• Sự sản xuất dư thừa dẫn đến bệnh gút (gout) gây đau đớn.
Hình ảnh viêm khớp do bệnh gút
Phần 7.4 Các enzyme có thể được nghiên cứu
chỉ 1 phân tử trong 1 lần
• Nghiên cứu các phân tử enzyme riêng lẻ cho thấy 1 số
enzyme tồn tại ở đa dạng cấu tạo trong 1 trạng thái cân
bằng.

• Những cấu tạo khác nhau này có những tính chất xúc tác
hoặc điều hòa khác nhau.
Biểu đồ các cấu trúc có thể của enzyme và
các mức độ hoạt động của chúng
 Phục lục: nguồn gốc của phương trình
Michaelis–Menten
• Đặc tính chính của trong nghiên cứu của Michaelis–Menten
về động lực học enzyme là 1 phức hợp enzyme-cơ chất là 1
bước trung gian cần thiết trong xúc tác.
• Nó còn được sử dụng như sự giả định của trạng thái tĩnh.

DID YOU KNOW? [4]

In a steady-state system, the concentrations of the
intermediates stay the same even though the
concentrations of substrate and products are changing.
A sink filled with water that has the tap open just
enough to match the loss of water down the drain is in
a steady state. The level of the water in the sink never
changes even though water is constantly flowing from
the faucet through the sink and out through the drain.
 Phụ lục: Biochemistry in Focus (1/2)
Có nhiều nguyên do cho việc mất hoạt động enzyme
• Cystathioinuria là do thiếu hoạt động của enzyme
cystathionase và được nhận biết bởi sự hiện diện nồng độ
cao của cystathione trong máu và nước tiểu.
• Cystathionase xúc tác phản ứng.
 Phụ lục: Biochemistry in Focus (2/2)
Có nhiều nguyên do cho việc mất hoạt động enzyme
• Sự thiếu hụt cystathionase được
gây ra bởi 2 đột biến trong enzyme.

• Trên biểu đồ, enzyme trong những

tế bào dùng so sánh (•) luôn hoạt
động. Trong những tế bào với đột
biến loại 1 (∘), apoenzyme hiện
diện, nhưng đột biến làm giảm rõ
ràng khả năng gắn với coenzyme vì
vậy enzyme bất hoạt ở nồng độ
pyridoxal phosphate bình thường
bên trong tế bào. Trong những tế
bào với đột biến 2 (Δ), apoenzyme
thiếu hụt hoặc bất hoạt.
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề 1
Vấn đề:

Đồ thị cho thấy tác động của 2 nồng độ khác nhau của phân tử X lên
enzyme. Phân tử này ảnh hưởng lên hoạt động enzyme như thế
nào?
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề 1
Giải pháp (1/2)
Giải pháp:
Với tất cả vấn đề về biểu hiện dữ liệu, bước điều là biết chắc chúng ta
nhìn vào cái gì. Câu hỏi liên quan đến hoạt động enzyme, vì vậy nó nên
cung cấp 1 số hướng dẫn cho giải thích ban đầu của chúng ta .
• Những trục tọa độ của biểu đồ là gì?
Trục tọa độ x tượng trưng 1/[S], trong khi trục y tượng trưng 1/V. Chú ý
rằng đây là 2 giá trị đối ứng.
• Đồ thị biểu diễn cái gì cho thấy động lực học enzyme với các giá
trị đối ứng kép?
Phác họa Lineweaver–Burk hoặc phác họa đối ứng kép (double-reciprocal
plot).
• Giá trị nào được thấy tại điểm đồ thị cắt ngang trục y trên bảng phác
họa? Còn trục x?
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề 1
Giải pháp (2/2)
Giải pháp:

Trục y cho thấy 1/Vmax, trong khi trục x cho thấy –1/KM.Với thông tin này,
chúng ta có thể quyết định cách X ảnh hưởng đến enzyme.
• Các giá trị động lực học nào được thay đổi khi có hiện diện của X, giữ
trong đầu là các giá trị này biểu diễn các giá trị đối ứng ?
Từ khi tất cả đường thẳng hội tụ tại điểm trên trụ x, KM không thay đổi khi
có hiện diện của X. Tuy nhiên, 1/Vmax gia tăng với sự gia tăng của X.
• Nếu 1/Vmax tăng khi có hiện diện của X, Vmax thay đổi thế nào?
Vmax phải giảm.
• Tóm tắt các tác động của X lên hoạt động enzyme. Ta có thể kết
luận điều gì về bản chất tác động của X lên hoạt động enzyme?
KM không đổi, Vmax giảm. X phải là 1 loại nào đó của chất ức chế enzyme.
Đặc biệt, chất uncompetitive inhibitor với Vmax và KM đều giảm (Phần 8.2).
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề 2
Vấn đề:
Xét con đường chuyển hóa được cho thấy bên dưới. Enzyme
nào được đánh chữ “e” với số ở dưới giống với enzyme dị lập
thể hơn cái mà kiểm soát tổng hợp G?
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề 2
Giải pháp (1/2)
Giải pháp:

Các enzyme dị lập thể xúc tác bước phản ứng cam kết trong con đường
chuyển hóa.

• Bước phản ứng cam kết (the commited step) nghĩa là gì?

Là phản ứng 1 khi xảy ra, gây ra tất cả các phản ứng đến sau của con
đường chuyển hóa.
• Đặc điểm nào của bước phản ứng cam kết trong thuật ngữ về năng
lượng tự do thay đổi?

Bước phản ứng cam kết là không thể đảo ngược với điều kiện trong tế bào.
• Xét con đường chuyển hóa trên, phản ứng nào là không thể đảo ngược?
 Phụ lục: Chiến lược giải quyết vấn đề 2
Giải pháp (2/2)
Giải pháp:

Các phản ứng được xúc tác ở e1, e4, e5, e7.

• Enzyme e1 không giống như xúc tác committed step.

Sản phẩm của e1, B, có 2 khả năng, chuyển hóa thành C hoặc B’. Vì vậy,
Sản phẩm không được đảm bảo tổng hợp ra G.

• Những enzyme còn lại xúc tác các phản ứng không thể đảo ngược,
cái nào có khả năng là enzyme dị lập thể nhất?

Enzyme đầu tiên xúc tác phản ứng mà đảm bảo ra sản phẩm G là e4.
Enzyme này là có khả năng là enzyme dị lập thể nhất.
[1] Chứng minh:

Tốc độ phản ứng:

-Bình thường: k2[ES]

-Tối đa: k2[Eo]

Để đạt cân bằng thì số chất thành ES phải bằng số chất ES thành chất khác 
k−1+ k 2 [ E ] [S] [ Eo−ES ] [S ] [ Eo ] [ S]
k1[E][S]=(k-1+k2)[ES]  k 1 (KM)= [ ES] = [ES] = [ ES] −[S ] với Eo=E+ES

[ Eo ] [ S] Km+[S]
Để nêu ra mối quan hệ giữa [Eo] và [ES]: KM + [S] = [ ES]  [Eo] = [ES] [ S]

Km+[S] Km+[S] [ S]
Từ đó ta có: Vmax=k2[ES] [ S] = Vo [ S]  Vo=Vmax Km+[S]

Đây là chứng minh trên youtube: “Michaelis Menten equation derivation” của
kênh “Animated biology With Arpan”

[2] Ta có [ET] là nồng độ enzyme mà 1 enzyme xúc tác k2 lần trên giây  k2[ET] ra tốc độ
ra sản phẩm của nồng độ [ET]
[3] Bắt đầu từ 1 độ dốc thấp sau đó tăng dần đến lúc nào đó thì độ dốc giảm dần về 0

[4]
Bạn có biết? [4]
Trong 1 hệ thống trạng thái tĩnh, nồng độ của những trung gian giữ
nguyên ngay cả khi nồng độ của chất tham gia và sản phẩm luôn thay
đổi. 1 bồn nước được mở lượng nước từ vòi vừa đủ để bù phần nước
chảy xuống cống. Độ cao của nước trong bồn không thay đổi ngay cả
khi nước chảy từ vòi qua bồn nước và chảy xuống cống.