За даними публікації De Vere et al., 2014 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.

gov
/25373752/) було обрано ген rbcL Імбиру лікарського (Zingiber officinale),
продуктом якого є велика субодиниця рибулозо-1,5-бісфосфат
карбоксилази/оксигенази хлоропластів.

Послідовність rbcL була знайдена за допомогою NCBI ( розділ «Gene») і

має довжину 1464 пар основ.

ORIGIN
1 atgagttgta gggagggact tatgtcacca caaacagaga ctaaagcaag tgttggattt
61 aaagctggtg ttaaagatta caaattgact tattatactc ctgactacga agtcaaagat
121 actgatatct tggcagcatt ccgagtaact cctcaacctg gagttccacc cgaagaagca
181 ggggctgcgg tagctgccga atcttctact ggtacatgga caactgtgtg gactgatgga
241 cttaccagtc ttgatcgtta caaagggcga tgctaccaca tcgaggctgt tattggggag
301 gataatcaat atattgctta tgtagcttat cctttagacc tttttgaaga aggttctgtt
361 actaacatgt ttacttccat tgtgggtaat gtgtttggtt tcaaagcctt acgagctcta
421 cgtttggagg atctgcgaat tcctacttcc tattccaaaa ctttccaagg cccgcctcac
481 ggcattcagg ttgaaagaga taagttgaac aagtatggtc gtcccctatt gggatgtact
541 attaaaccaa aattgggatt atctgcaaaa aactacggta gagcagttta tgagtgtcta
601 cgtggtgggc ttgattttac caaagatgat gaaaacgtga actcacaacc atttatgcgt
661 tggagagacc gtttcctatt ttgtgctgaa gcacttttta aagcgcaggc cgaaacaggt
721 gaaattaaag gacattactt gaatgctact gcaggtacat gtgaagaaat gatgaaaagg
781 gccatatttg ccagagaatt aggagctcct atcgtaatgc atgattactt aactggtgga
841 ttcactgcaa atactagctt ggcttattat tgccgcgaca atggcctact tcttcacatc
901 catcgcgcaa tgcatgcagt tattgataga cagaaaaatc atggtatgca tttccgtgta
961 ctagctaaag cattacgtat gtctggtgga gaccatattc acgctggtac agtagtaggt
1021 aaactggaag gggaacgtga aatgacttta ggttttgttg atttattacg tgatgatttt
1081 attgaaaaag atcgaagtcg tggtattttc ttcactcaag attgggtttc tatgccaggt
1141 gttatacccg tggcttcggg gggtattcat gtttggcata tgcctgcgct gaccgaaatc
1201 tttggggatg attccgtact acagtttgga ggaggaactt taggacaccc ttggggaaat
1261 gcacctggtg cagtagctaa tagggtggct ttagaagcgt gtgtacaagc tcgtaatgag
1321 ggacgtgatc ttgctcgtga aggtaatgaa attatccgtg aagcttccaa atggagccct
1381 gaactagccg ctgcttgtga agtatggaaa gagatcaaat tcgaattcga accagtagat
1441 aagctagata aagagaaaag ctaa
 У таблиці наведено послідовності отриманих пар праймерів та розмір
кінцевого продукту. Червоним кольором позначені небажані області з чотирьох
або більше послідовних основ.
№ Left primer_F Right Primer_R Product Size
1 taaactggaaggggaacgtg ccccaagggtgtcctaaagt 237
2 taaactggaaggggaacgtg tacggaatcatccccaaaga 199
3 tgggtttctatgccaggtgt ttcacgagcaagatcacgtc 219
4 gtgttatacccgtggcttcg ttcacgagcaagatcacgtc 203
5 tgggtttctatgccaggtgt gcaagatcacgtccctcatt 212

У результаті, для подальшої перевірки було обрану третю пару праймерів,

як найбільш оптимальну.
Обрані праймери відповідають таким загальним вимогам:
- довжина праймерів 20 пар основ;
- Tm знаходиться в межах 52-62 ºC;
- вміст GC знаходиться у межах 40-60%;
- праймери не мають області з чотирьох або більше послідовних основ;
- наявність не більше 3 (2-3) Gs або Cs на 3'-кінці праймера;
- параметри «ANY» та «SELF» (схильності праймера зв’язуватися з
самим собою або з іншим праймером) становлять 4 або менше балів.

Перевірка праймерів на наявність перехресної ампліфікація проводилась у

Primer BLAST.