Mecanismos genéticos bdsicos La capacidad de las células de mantener un elevado grado de orden dentro de tun universo caético. denende de la informacién genética que se expresa. se mantiene y a veces mejora, mediante los procesos genéticos bisicos -la sintesis de proteinas y del RNA, la reparacion del DNA, la replicacion del DNA y la recom- binacién genética. En estos procesos, que producen y mantienen las protefnas v los dcidos nucleicos de una célula (Figura 6-1) la informaci6n de una secuencia (una molécula de DNA o de RNA) o una cadena lineal de aminoécidos (una mo- lécula proteica). Por ello, 1os acontecimientos sobre los que se basan los proce- sae gendticns an unidimensinnales y ennceptiialmente simples, en compara cién con la mayoria de los procesos celulares, los cuales son el resultado de la informaci6n contenida en las complejas superticies tridimensionales de las mo- léculae proteicas. Quia4 éeta sea la razén de que entondamos mejor los mecanis. ‘mos geneticos que muchos otros procesos celulares. En este capitulo examinaremas la maquinaria molecular que repara. replica ‘yen ocasiones altcra cl DNA eclular. Veremos que la maquinaria depende de en- zimas que cortan, copian y recombinan secuencias de nucleotidos. ambien ve- remos que estas y otras enzimas pueden ser parasitadas por virus, plésmidos y elementos genéticos transponibles, los cuales no sélo ditigen su propia replica cidn sino que también pueden alterar el genoma celular mediante procesos de recombinacién genética. ‘Sin embargo, en primer lugar reconsideraremos un t6pico central mencio- nado brevemente en el Capftula 3 las mecanismas de sintesis cle RNA y de pro- Sintesis de RNA y de protefnas Las protefnas constituyen més de la mitad de la masa seca total de una eélula, ¥ su sintesis es de importancia capital para el mantenimiento, crecimiento y desa- rrollo de la célula. Se produce en los ribosomas. Depende de la colaboracién en- Uae diversos tipos de moléculas de RNA y empieza con una serie de etapas prepa- ratorias. Primero, sobre el DNA que codifica la protefna que se va a sintetizar. se hha de copiar una molécula de RNA menzajero (mRNA). Mientras tanto, en el ci: toplasma, cada uno de los 2U aminoacidos a partir de los cuales se construira la protefna, se han de unir ast molécula especffica de RNA de transferencia (tRNA), las subunidades del sibusoma sobre el cual se va a generat la nueva prvteiia, « Sintesis de RNA y de proteinas, * Mecanismos de reparacién del DNA © Mecanismos de replicactén det DNA « Recombinaelén genética * Virus, plismidas y elementos genéticos ‘weansponibles HN QO OODLES coon sminodcidos Figura6-1 Los procesos genéticos bisicos. Se cree que los procesos que ‘se muestran aqui se producen en toaas las células actuales. Probablemente, sin embargo, en etapas muy ‘emmpranas dela evolucton de la vida ‘existieron células més sencillas que no tenian ni DNA ni proteinas (wiase Figura 1-11). Nétese eémo una secuencia de tres nucleotides (un codén) de una molécula de RNA codifica un aminodeido detorminado deuna proteina.se han de volver a cargar con factores proteicos auxiliares. La sintesis de protet- nas comienza cuando todos estos componentes se encuentran en el citoplasma y forman un ribosoma funcional. Cuando una molécula de mRNA se desplaza progresivamente a través de cada ribosoma, la secuencia de nucledtidos de la molécula de mRNA es traducida a la secuencla de amtnodctdos correspondiente, producienda nna cadiena proteica determinada, especificada por la secuencia de DNA de su gen. Empezaremos por considerar emo se sintetizan en la célula las diferentes moléculas de RNA. LaRNA polimerasa copia el DNA a RNA: el proceso dela transcripcién del DNA EL RNA se sintetiza sobre un molde de DNA, a través de un proceso conecido como transcripcién de! DNA. La transcripcidn genera los mRNA que transportan, Ja informacién para la sintesis de las protefnas, los RNA de transferencia, los RNA nbosomales y otros pos de moleculas de KNA con propiedades estructurales y cataliticas. Fstas moléculas de RNA son sintetizadas por enzimas RNA polimerasa, que generan una copia de KNA de una secuencia de UNA. En celulas eucario- tas tres tipos de moléculas de RNA polimerasa sintetizan diferontes tipos de RNA, va poumerasa paras ANA potimerase ‘DNA de dob Reice HELICE DE lugar de inicio de te tonseipein bay ‘ABRIENDOSE INICIACION DE UNA CADENA DE ANA POR UNION De (OS 00S PRIMERS RlgoNUCLEOsIDOS ‘TROSFATO ELONGACION DE LA, ‘CADENA DE RNA EN, DIRECCION 2) POR UAADICION De FIBONUCLEOSIOOS TRFOSFATO tadona do RNA y rae sve forme da dete do Tel de ONA onan i 2 . 8 TERMINACION Y UBERACION DE LAPOUMERASAY DEA ADENA DE RNA ACABADA s a ». 288 Capitulo: Mecanismos genéticos bésicos Figura 6-2 Sintesis de una motécula dde RNA por la RNA polimerasa. [2 cceima se wie ala Secuencia promotor del DNA inicia la sintesis a partir de esta sefal promotor. Completa la sitesis hasta la serial Ue weruinacion, Tras ello, a polimerasa y la cadena complota de RNA ce liboran. Durante laclongacidn della cadena de RNA, la ppolimerizacién aleanza una velocidad ‘de 30 nuclestidos por segundo a 37°C, or consiguiente, una cadena de INA dp 5000 nniclesticns tarda vinos tres ‘minutos en sintetizarse,aden patton ‘“eONA” cadena de RNA ease il BASE oo ‘como se describe en el Capitulo 8. Se cree que estas RNA polimerasas han deri- vado durante la evolucién de una tinica enzima presente en las bacteriaa, que media toda la simesis de RNA bacteriano. Ta RNA polimerasa hacteriana es vina gran envima formada por miltiples subunidades, asociada con varias subunidades proteicas adicionales que entran y salen de! complejo DNA-polimerasa en diferentes momentos de la transcrip- ‘ién, Moléculas libres de RNA polimeraca colisionan aleatoriamente con ol ero mosoma bacteriano, uniéndose muy débilmente a la mayor parte del DNA. Sin ‘embargo, la polimerasa se une muy fuertemente cuando entra en contacto con tuna sccuencia espeeffica de DNA, llamada el promotor, que contiene el lugar de iniciacion para la sintests del KNA, y senala el lugar en el que debe iniciarse la sintesis del RNA. Las reacciones que se producen a continuzeién se eeBalan en 1a Piguta 0-2. Después de uniise al promotor, ka RNA pullimerasa abre uma reglon localizada de la doble hélice. de forma que expone los nucledtidos de ambas ca- denao de una pequefia zona de DNA. Una de laa dos cadenas expucatas del DNA, acta como patrén para el apareamiento de bases complementarias con mond- rmeros de rihonucledsida trfosfato entrantes, dos de los cuales son unidas entre sipor la polimesasa y se inivia una vadena de RNA. Entouves, la uiulévula de po- limerasa se mueve progresivamente a lo largo del DNA, desenrollando la hélice de DNA lo necesario para exponer una nueva regién de la cadena patrén para el apareamiento de bases. De esta forma, la cadena de KINA va creciendo nucleot- do a nuclestido en direccién 5'-a-3° (Figura 6-3). Fl proceso de elongacién de la cadena continga hasta que la enzima encuentra una segunda secuentia especial Sfntocis de RNAy de protefnae Jura 6-3 Reacciones de elongacién dela cadena, catalizada por una enzima RNA polimerasa. En cada pa00, 20 seleeefona un nuevo ‘ibonucledstdo trfostaro en base ast capacidad de formar pares de bases ona cadena de DNA expuesta, que actiia como molde o patrén; entonces, un ribonucledside monofosfato se agrega al extrema 3/.0H delacadena de RNA en crecimiento (lecha de color ojo) y se lbera un pirofosfato (dzomos dibuiados en rojo). Asfla nueva cadena ‘de RNA crece nuclestide a nuelestido, cen direccién 5'-2-3',y su secuencia es ‘complementaria ala de la cadena patron de DNA. La reaccidn esta {mpuleada tanto porla variacién [avorable de energta ttre que acompafia la liberaciGn del pirofosfato, come por la subsiguiente hidulisis del pivofosfate hasta fasfate ‘morganico (véase Figura 2-30).t ? } 4 | transcripcion / ‘eadona patton de ONA HN F_eccAchGeeGeenGrrceceTaccaccartrraacrtrerTTaaTGa—z 3 —GGGTGTCGGCGGTCAAGGCGACCGCCGTAAAATTGAAAGAAATTACT— 8° | TRANSCRIPCION {erminacién para a sintesis de RNA por s—cocacnseeacens cuescaoe on 3 smaRNA palimeraca hactoriana. Aa onaco co ROA avo RAPIOODEL ANA cadena inferior de DNA esla cadena ees poten yas del cadena superior corespondeala del RNA que se Sinttiza(nterela substicén de U del RNA por Ten el DNA) Lapolimerasa empieza transenbir en el ugar de nico. seeeteta enatn Des cortas ecuencis (somreadasen Gelacadena verde) situadas aentre 35y 10 leads det nico, determinan done se ha de unir la polimerasa; relativamente cercanas elias dos secnencas le — —on Iesainndecih eopacaas adecuedamente una de ota, especifcan el promotor de la mayorfa de genes de E del DNA, la senal de stop (terminacion),en cuyy momento la polluwerasa se para, cole) Una seal dtorminecién tp) liberandase tanto del DNA patr6n come de la cadena de RNA recién formada. ‘LaRNA polimerasa de coli ve para Por convenio, cuando se habla de una sccucncia de DNA asociada a un gen, cuando: seer were creer . se trata de la secuencia que no es la patron y se escribe en direccion 9 a3. Este ee eae leuna: pe Convenio se ha adoptado ya que la secuencia que noes lapattOn correspond a comPlementra de ra Aconecus lasecuencla det RNA que 9 fibrica. elcatena pao sempre qu aya En la Figura 6-4 se presentan las secuencias de nuclestidos que actiian — jdestidosde RNA autocomplementaria ‘como lugares de inicio y de terminacién para la RNA polimerasa bacteriana. Las (symbreueden verde), ka cual secuencias de nucleotidos encontradas en muchos ejemplos de un upo paricular fépidamente formard una hlceen de regién de DNA (como tn pramotar) se denominan secuencias cansenso. En las horquilla que es enirial para pararla bacterias, los promotores fuertes (los que estan asociados a genes que producen _transcripcién. La secuencia de Inucleotdos dea region auto- complementaria puede ser muy variable. poneO i t none lugar ce eneada det ern Seas oaareaeaieal Cod f= polimerasa. A medida aue la molécul [oz py an Lt oe Pr AON ¢ isunbanpe tameanien ‘donde se produce la polimerizaciin y valviendoa enrolarlas dos cadenas de DNA por des de este lugar, desplazando la cadena de RNA acabada 5 $ 2h se dicen chore woman | SESE sanstora se forma una cov reg de samy fale INADNAy@ RNA alse brs ara de como ung mca deuna oi cade, waa a Cope do nde desodons dl DNA, 240 Capitulo 6: Mecanismos genéticas héeiensgrandes cantidades de mRNA) tienen secuencias que se aparean fuertemente con las secuencias promotoras consenso (como en la Figura 6-14) mientras que los promotores débiles (los que estan asociados con genes que producen canti- dades relativamente pequefias de mRNA) se aparean peor con estas secuencias. ‘Solo se utilizan zonas seleccionadas de un cromosoma para producir moléculas de RNA? A medida que una molécula de RNA polimerasa se va desplazando a lo largo del DNA, en el lugar activo de la enzima se va formando una doble hélice RNA-DNA. Bota lielive eo muy cotta ya que, ent cuanty le pulinieradat la auabady de pad 9 ‘vuelve a formar la doble hélice DNA-DNA que desplaza la cadena de RNA recién formada (Figura 6-5). Como resultado de todo ello, cada cadena completa de RNA se libera del patrén de DNA como una molécula libre de una sola cadena. y de una longitud aproximada de entre 70 y 10 000 nuclestidos. En principio, cualquier regién de la doble hélice del DNA podria ser copiada a dos moléculas de RNA diferentes una copia de cada una de las dos cadenas, del DNA. Sin embargo, en cada regién de! DNA tnicamente una de las dos cade- nas oe utiliza como patrén. La cadena de RNA formada tiene una secuencia de nucletidos equivalente a la de la otra cadena no utitizada como patron. La ca- dena que seré copiada varia a lo largo de cada molécula de DNA, y en cada gen viene determinada por el promotor. Como se flustra en la Figura 6-4 un promo- tor es una secuencia de DNA orientada que sitia a la RNA polimerasa en una u ora direccion y esta orientacion determina cul de las dus cadens Ue DNA sera copiada (Figura 6-6). Fr genes vecinas la cadena de DNA que sera copiada a RNA puede ser diferente o la misma (Figura 6-7). Tanto la RNA polimerasa hacteriana coma las RNA polimerasas de encario- tas son unas moléculas complicadas, formadas por miltiples subunidades y una ‘masa total de mas de 500 000 daltons. Sin embargo. algunos virus bacterianos codifican RNA polimerasas de una sola cadena, de una quinta parte de esta ‘masa y que catalizan la sintesis de RNA como mfnimo tan bien como la enzima dela célula huésped. Posiblemente la presencia de multiples subunidades co im- portante desde el punto de vista de la regulacién de la sintesis de RNA, que toda- via no se ha definido completamente. En este breve esquema de la transcripci6n del DNA hemos omitido muchos detalles: en muchos casos han de ocurrir otros procesos complejos antes de que se ptieda productr tna molécula de mRINA. Por ejemplo, las protetnas reguiado- ras de la expresién génica colaboran en la determinacién de las regiones del DNA. que serdn transcritas por la RNA polimerasa, desempemiando asi unt papel in portante en cuanto a determinar qué proteinas serdn sintetizadas por una céh Ja, Ademés, aunque en los procariotas las moléculas de mRNA se sintetizan di- rectamente por transcripcién del DNA, en las células eucariotas superiores la mayoria de tansciitos de RNA son considerablemente alterados ~mediante un proceso denominado maduracién por corte y empalme (splicing) del RNA- antes de abandonar al nticleo celular y entrar en el citoplasma como moléculas de ‘mRNA. Todos estos aspectos de la produccién de mRNA serén estudiados con detalle en los Capitulos 8 y 9, donde consideramos el nticleo celular y el control de la expresion genica, respectivamente. Ahora supongamos que una celula ha eromosoma Eco sans de RNA _ ‘nr end gene SS aah — — _— 5000 pares de nucedtidos Sintesis de RNA y de protefnas sta RNA polimerasa se dospara de derecha 8 faquier,sintetiza un RNA utiizando como patton la sedone suporor dal DNA. escccss ‘iii ~~ 4 dorachsineiza Un RNA uleando como patrén la cadena inferior del DNA Figura 6-6 Laorientaci6n dela RNA polimerasa determina cudl de las dos ‘cadens de DNA uetuard de putrén. Puesto que la cadena de DNA que ‘acta como patrén ha de cor reeorrida desde su exttemo 3" hasta elextremo 5 (véase Figura 6-3). la direccién en la que se desplace la RNA polimerasa determinara, como se indica en este diagrama, eu de tas dns eadenas de [DNA seré utllizada como patton para la sintesis de RNA, Au vez, a Aireceién del mavimienta de Ia RNA ppolimerasa viene determinada por la orientacién de la secuencia promotor ala que la RNA polimerasa se une lnictalence Figura 6-7 Direcctones de transcripel6n alo largo de una corta poreién den cromosoma bactertano. Notese como algunos genes son transcritos a partir de una cadena de DNA mientras que otroao son a partir dela otra cadena de DNA. Enla figura se muestra aproximadamente el 02% del ‘eromosoma de Ecol. (Adaptado de IDI Maniale otal, Seionce 87:71 777, 1982.) 241