Nagsimula ito sa isang paglalakbay ng bapor sa pagitan ng Maynila at Laguna.

Kabilang sa mga
pasahero ang mag-aalahas na si Simoun, si Isagani, at si Basilio. Labintatlong taon na ang nakalipas
mula nang mamatay si Elias at si Sisa.

Nakarating si Basilio sa San Diego at sa isang makasaysayang pagtatagpo ay nakita niya si Simoun
na pagdalaw sa libingan ng kanyang ina sa loob ng libingan ng mga Ibarra. Nakilala niyang si Simoun
ay si Ibarra na nagbabalatkayo; Upang maitago ang ganitong lihim, ay tinangka ni Simoun na patayin
si Basilio. Nang hindi ito naituloy ay hinikayat niya ang binata na makiisa sa kanyang layuning
maghiganti sa Pamahalaang Kastila. Si Basilio ay tumanggi dahil gusto niyang matapos ang kanyang
pag-aaral.

Habang ang Kapitan Heneral ay nagliliwaliw sa Los Baños, ang mga estudyanteng Pilipino ay
naghain ng isang kahilingan sa Kanya upang magtatag ng isang Akademya ng Wikang Kastila. Ang
kahilingang ito ay di napagtibay sapagkat napag-alamang ang mamamahala sa akademyang ito ay
mga prayle. Sa gayon, sila'y di magkakaroon ng karapatang makapangyari sa anupamang
pamalakad ng nasabing akademya.

Samantala, si Simuon ay nakipagkita kay Basilio at muling hinikayat ang binatang umanib sa
binabalak niyang paghihimagsik at manggulo sa isang pulutong na sapilitang magbubukas sa
kumbento ng Sta. Clara upang agawin si Maria Clara. Subalit hindi naibunsod ang ganitong gawain
dahil sa si Maria Clara'y namatay na nang hápong yaon.

Ang mga estudyante naman, upang makapaglubag ang kanilang samâ ng loob ukol sa kabiguang
natamo, ay nagdaos ng isang salusalo sa Panciteria Macanista de Buen Gusto. Sa mga talumpating
binigkas habang sila'y nagsisikain ay tahasang tinuligsa nila ang mga prayle. Ang pagtuligsang ito ay
nalaman ng mga Prayle kaya ganito ang nangyari: Kinabukasan ay natagpuan na lamang sa mga
pinto ng unibersidad ang mga paskin na ang nilalaman ay mga pagbabala, pagtuligsa, at
paghihimagsik. Ang pagdidikit ng mga pasking ito ay ibinintang sa mga kasapi ng kapisanan ng mga
estudyante. Dahil dito ay ipinadakip sila at naparamay si Basilio, bagay na ipinagdamdam nang
malabis ni Juli na kanyang kasintahan.

Ang mga estudyanteng ito ay may mga kamag-anak na lumakad sa kanila upang mapawalang-sala
sila, si Basilio ay naiwang nakakulong dahil wala siyang tagapagmagitan. Sa isang dako naman ay
ipinamanhik ni Juli kay Pari Camorra na tulungan siya upang mapalaya nguni't sa halip na
makatulong ang paring ito ay siya pang nagging dahilan ng pagkamatay ni Juli, gawa ng
pagkalundag nito sa durungawan ng kumbento.

Upang maisagawa ni Simoun ang kanyang balak na paghihiganti, ay nakipagsama siya sa negosyo
kay Don Timoteo Pelaez, ang ama ni Juanito. Sa ganitong paraan ay nagawa niyang maipagkasundo
ang kasal nina Juanito at Paulita Gomez. Ang magiging ninong sa kasal ay ang Kapitan Heneral.
Naanyayahan din niya upang dumalo sa piging na idaraos, ang mga may matatas na katungkulan sa
Pamahalaan at mga litaw na tao sa lunsod.

Pagkaraan ng dalawang buwang pagkapiit ay nakalaya rin si Basilio sa tulong ni Simoun. Kaagad
siyang nagtungo kay Simoun upang umanib sa paghihimagsik. Sinamantala ni Simoun ang ganitong
pagkakataon upang ipakita sa binata ang bomba na kanyang ginawa. Ito ay isang lampara na may
hugis-granada at kasinalaki ng ulo ng tao. Ang magarang ilawang ito ay siya niyang handog sa mga
ikakasal na sina Juanito at Paulita. Ipalalagay ni Simoun ang lamparang ito sa gitna ng isang
kiyoskong kakanan na ipasasadya niya ang pagkakayari. Ang ilawán ay magbibigay ng isang
maningning na liwanag at pagkaraan ng dalawampung minuto ay manlalabo. Kapag hinagad na itaas
ang mitsa upang paliwanagin, ay puputok ang isang kapsulang fulminato de mercurio, ang granada
ay sasabog at kasabay nito ay ang pagkawasak at pagkatugnaw ng kiyoskong kakanan — at walang
sinumang maliligtas sa mga naroroon. Sa isang dako naman, ay malakas na pagsabog ng dinamita
sa lampara ay siyang magiging hudyat upang simulan ang paghihimagsik na pangungunahan ni
Simoun.

Mag-iikapito pa lámang ng gabí ng araw ng kasal, at si Basilio ay palakad-lakad sa tapat ng bahay ng

pinagdarausan ng handaan. Di-kawasa'y nanaog si Simoun upang lisanin niya ang bahay na yaong
di malulutawan ng pagsabog. Ang nanlulumong si Basilio ay sisinod sana ngunit namalas niyang
dumating si Isagani, ang naging katipan at iniirog ni Paulita. Pinagsabihan niya itong tumakas ngunit
di siya pinansin kaya't napilitan si Basilio na ipagtapat kay Isagani ang lihim na pakana subalit hindi
rin napatinag ang binatang ito.

"Nanlalamlam ang lampara," ang pansin na di mapalagay na Kapitan Heneral. "Utang na loob,
ipakitaas ninyo, Pari Irene, ang mitsa."

Kinuha ni Isagani ang lampara, tumakbo sa azotea at inihagis ito sa ilog. Sa gayon ay nawalan ng
bisa ang pakana ni Simoun para sa isang paghihimagsik sa sandatahan. Tumakas sya sa bahay ni
Pari Florentino, sa baybáyin ng karagatang Pasipiko. Nang malapit nang mapagabot ng mga alagad
ng batas ang mag-aalahas, uminom siya ng lason upang huwag pahúli nang buháy. Ipinagtapat niya
sa pari ang tunay niyang pagkatao at isinalaysay niya dito ang malungkot na kasaysayan ng kanyang
búhay. Mula nang siya ay bumalik sa Pilipinas buhat sa Europa, labintatlong taon na ang nakalipas,
ang pag-iibigan nila ni Maria Clara at pagbabalatkayo niya na mag-aalahas sa pakay na maiguho ang
Pamahalaan at makipaghiganti sa pamamagitan ng isang paghihimagsik. Pagkatapos na
mangungumpisal ay namatay si Simoun.

Sa nais na maiwaksi ang napakalaking kayamanang naiwan ng mag-aalahas, kayamanang naging

kasangkapan nito sa pagtatanim ng mga buktot na gawain ay itinapon ni Pari Florentino sa karagatan
ang kahong asero na kinatataguan ng di-matatayang kayamanan ni Simoun.