Γονιδιωματική

© G. Patrinos
Η μεταγονιδιωματική
εποχή...
 Σημαντικότερα επιτεύγματα
POST GENOME ERA
• Ολοκλήρωση της αποκρυπτογράφησης της
αλληλουχίας των γονιδιωμάτων πολλών οργανισμών.
• Προτύπωση μεθοδολογιών για προσδιορισμό
ταυτόχρονα πολλών νουκλεοτιδικών αντικαταστάσεων
ή μεταγραφικών προτύπων με μικροσυστοιχίες.
• Γενετική τροποποίηση οργανισμών

© G. Patrinos
 Βιοπληροφορική

Το επιστημονικό πεδίο που αποσκοπεί την καταγραφή,

συλλογή και ανάλυση σύνθετων βιολογικών δεδομένων

Βάσεις δεδομένων Λογισμικό

© G. Patrinos
 Βιολογική έρευνα στη μεταγονιδιωματική εποχή

Χαρακτηρισμός γονιδίων

Με βάση την υπόθεση Με βάση την ανακάλυψη

Μεθοδολογίες κυτταρικής και Μεθοδολογίες υψηλής

μοριακής βιολογίας απόδοσης (high throughput)
Γενετική τροποποίηση ζώων Βάσεις δεδομένων
Ζωϊκά μοντέλα ασθενειών Βιοπληροφορική

© G. Patrinos
 Νόσος

Με βάση την υπόθεση Με βάση την ανακάλυψη

Μεθοδολογίες κυτταρικής και Μεθοδολογίες υψηλής

μοριακής βιολογίας απόδοσης (high throughput)
Γενετική τροποποίηση ζώων Βάσεις δεδομένων
Ζωϊκά μοντέλα ασθενειών Βιοπληροφορική

Γονιδιακά μονοπάτια

© G. Patrinos
 Ανθρώπινη ασθένεια

Ζωϊκά Γενετική
μοντέλα τροποποίηση

Χαρακτηρισμός
μεταγραφικών Λειτουργική
προτύπων επαλήθευση
Βάσεις δεδομένων
Βιοπληροφορική

Γονίδια Χαρακτηρισμός

© G. Patrinos
 Χαρακτηρισμός μεταγραφικών προτύπων
Ο προσδιορισμός των μεταγραφικών προτύπων, δηλαδή
των επιπέδων μεταγραφικής έκφρασης χιλιάδων γονιδίων
σε ολόκληρο το γονιδίωμα, είναι ένα πολύ χρήσιμο εργαλείο
για βιοεπιστήμονες σε μια προσπάθεια να
αποκρυπτογραφίσουν την σύνθετη οργάνωση βιολογικών
φαινομένων.

Το πρότυπο γονιδιακής έκφρασης κάθε κυτταρικής σειράς,

κάθε αναπτυξιακού σταδίου ή κάθε απόκρισης σε κάποια
ουσία, αποτελεί ένα μοναδικό «μοριακό αποτύπωμα» το
οποίο επιτρέπει την διάκριση μεταξύ διαφόρων τύπων
ιστών, αναπτυξιακών σταδίων κα ιασθένειας (π.χ.
καρκινικών και μη ή μολυσμένων και μη κυττάρων,
εμβρυϊκών και ενηλίκων ιστών, κυττάρων.
© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων

Γονίδιο

Μεταγραφή

Λειτουργία

© G. Patrinos
 Γονιδιακή έκφραση

DNA RNA Πρωτεΐνη

© G. Patrinos
 Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων

Οι δομικές και λειτουργικές διαφορές μεταξύ διαφόρων

τύπων κυττάρων, ιστών οι οποίες καθορίζονται από την
διαφορική γονιδιακή έκφραση (δηλαδή ποιά γονίδια και
πόσο εκφράζονται)

Η ανταπόκριση των κυττάρων ή ιστών σε φυσιολογικά (π.χ.

φάρμακα, αναπτυξιακοί παράγοντες) ή παθολογικά
«ερεθίσματα» (π.χ. μεταλλαγή) εκδηλώνεται με την
αλλαγή της γονιδιακής έκφρασης.

© G. Patrinos
 Μεταγραφικά πρότυπα

Επίπεδα μεταγραφής ενός κυττάρου

Αντίγραφα mRNA

Πρωτεϊνικά μόρια

© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων
Ι. Υβριδισμός
Στύπωση Northern
Χαρτογράφηση με S1 νουκλεάση/RNase
Μικροσυστοιχίες

II. PCR
RT-PCR
QT-RT-PCR (ποσοτικό PCR πραγματικού χρόνου)

III. Ανάλυση πρωτοταγούς δομής του DNA

ESTs (Expressed Sequence Tags)
SAGE (Ανάλυση γονιδιακής έκφρασης
(Serial Analysis of Gene Expression)
Ανάλυση νουκλεοτιδίων 2ης γενιάς (Solexa/Illumina)
© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων

Ζωϊκά μοντέλα Παθολογικά δείγματα

RNA

Κυτταρικές σειρές

© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων

Γονίδια που εκφράζονται σε υψηλά επίπεδα

(σε παθολογικά δείγματα)

© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων
«Εκτυπωτής» με κεφαλές

Βιβλιοθήκη
cDNA ή
ολιγονουκλε-
οτίδιων

© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων

RNA

Σημασμένο
cDNA

Μικροσυστοιχία

© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων
Κύριες διαφορές μεταξύ μικροσυστοιχιών για τον
προσδιορισμό μεταγραφικών προτύπων

• Το RNA/cDNA είναι σημασμένο με δύο χρωστικές.

• Οι ανιχνευτές στη μικροσυστοιχία τοποθετούνται σε
συγκεκριμένα σημεία (spotted arrays) με τη βοήθεια
ειδικών «ακίδων» με τεχνολογία που ομοιάζει με
εκτυπωτές inkjet.

• Το RNA/cDNA είναι σημασμένο με μία χρωστική.

• Οι ανιχνευτές στη μικροσυστοιχία συντίθενται σε
συγκεκριμένα σημεία της (in situ synthesized arrays)
με τη βοήθεια φωτολιθογραφίας.

© G. Patrinos
Προσδιορισμός μεταγραφικών προτύπων
Προσδιορισμός διαφορικά εκφραζόμενων
γονιδίων
Ιστός Β

Ιστός Α

© G. Patrinos
Ιεραρχημένη ομαδοποίηση και «θερμικός χάρτης»

Γονίδιο Τ1 T2
1

=>

© G. Patrinos
Ιεραρχημένη ομαδοποίηση πασχόντων από β-
μεσογειακή αναιμία που λαμβάνουν HU
Non-Responders Non-Responders Responders
-HU +HU +HU / -HU

© G. Patrinos
Ιεραρχημένη ομαδοποίηση ανθρώπινων ιστών που
εκφράζουν ή όχι εμβρυϊκή αιμοσφαιρίνη

Ενήλικο αίμα – Εμβρυϊκό ήπαρ Ενήλικο αίμα – Ομφαλοπλακουντικό αίμα

© G. Patrinos
Ιεραρχημένη ομαδοποίηση ανθρώπινων ιστών που
εκφράζουν ή όχι εμβρυϊκή αιμοσφαιρίνη

© G. Patrinos
Προσδιορισμός διαφορών μεταγραφικών
προτύπων σε ολόκληρο το γονιδίωμα
Μη ανταποκρινόμενοι Ανταποκρινόμενοι
-log2 (hypergeometric) *

Κατηγορίες γονιδίων

© G. Patrinos