Genetika I.

Bödör Csaba

I. sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet

2021. október 18., ÁOK, III. bodor.csaba1@med.semmelweis-univ.hu

TEMATIKA

§ A GENOM MEGISMERÉSE, FŐBB MÉRFÖLDKÖVEK

§ CITOGENETIKAI (KROMOSZÓMA) ELTÉRÉSEKKEL JÁRÓ BETEGSÉGEK

§ A GENETIKAI BETEGSÉGEK DIAGNOSZTIKÁJA

§ MENDELI SZABÁLYOK SZERINT ÖRÖKLŐDŐ BETEGSÉGEK

§ KOMPLEX MULTIGÉNES ÖRÖKLŐDŐ BETEGSÉGEK

§ (GYERMEKKORI KÓRKÉPEK)
Genetikai forradalom (a kód megfejtése) - 2003
FONTOS MÉRFÖLDKÖVEK
§ 1953 DNS szerkezete (Watson, Crick, Franklin)

§ 1983

Humán genom project-HUGO (Venter, Collins)

§ 2003
A GENOM MEGISMERÉSE
§ 3 milliárd bázis
A GENOM MEGISMERÉSE
§ 3 milliárd bázis
§ 20 ezer gén (a teljes genom mindössze 1-2%-a)

Genom Exom
A GENOM MEGISMERÉSE
§ 3 milliárd bázis
§ 20 ezer gén (a teljes genom mindössze 1-2%-a)
§ 98% hulladék DNS ??

§ ENCODE project, 2012 (Encyclopedia of DNA elements)

A DNS-től a KROMOSZÓMÁKIG
 KROMOSZÓMÁK ANALÍZISE
KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK OKOZTA MEGBETEGEDÉSEK
CITOGENETIKA – A KROMOSZÓMÁK VIZSGÁLATA
Kariotipizálás (”sávozás”)

§ Giemsa festés (G sávozás)

§ Specifikus mintázat
§ Kariotípus

46, XY
CITOGENETIKA – A KROMOSZÓMÁK FELÉPÍTÉSE
§ 2n=46, (46, XX; 46, XY)
§ Centromer, telomerek
§ Karok (p és q), régiók

Metacentrikus

Szubmetacentrikus

Acrocentrikus
KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK

§ Számbeli változások
- Poliploidia
- Aneuploidia (monoszómia, triszómia)

§ Szerkezeti változások
- Transzlokáció
- Deléció
- Amplifikáció
- Inverzió
- Izokromoszóma
- Gyűrűkromoszóma
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ POLIPLOIDIA (3n, 4n, …)

§ ANEUPLOIDIA (Monoszómia, Triszómia)

Monoszómia Triszómia
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK KIALAKULÁSA
MEIOTIKUS NON-DISZJUNKCIÓ
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK KIALAKULÁSA
MEIOTIKUS NON-DISZJUNKCIÓ
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
KROMOSZÓMÁLIS BETEGSÉGEK FŐBB JELLEMZŐI

§ Vesztés súlyosabb mint nyerés

§ Nemi kromoszómák eltérései enyhébbek, mint az autoszómák
§ Gyakran serdülőkorig nem is észlelhető a nemi kromoszóma eltérés
§ Gyakran de novo eltérések

AUTOSZÓMÁKAT ÉRINTŐ KÓRKÉPEK NEMI KROMOSZÓMÁKAT ÉRINTŐ KÓRKÉPEK

§ Down szindróma (+21) § Klinefelter szindróma (47, XXY)

§ Patau szindróma (+13) § Turner szindróma (45, X0)
§ Edwards szindróma (+18) § Triple X szindróma (47, XXX)
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ DOWN SZINDRÓMA

- 47, XX +21; 47, XY +21

- Mongolredő (epicanthus)
- Majombarázda
- Alacsony IQ,
- Szívfejlődési rendellenességek
- Leukémiára való hajlam
- (DYRK1A, RCAN1 gének szerepe)
- Transzlokációs forma (4%)
14 14
21 21
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ EDWARDS SZINDRÓMA

- 18-as triszómia
- Fejlődési rendellenességek

§ PATAU SZINDRÓMA

- 13-as triszómia
- Fejlődési rendellenességek
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
NEMI KROMOSZÓMÁKAT ÉRINTŐ ELTÉRÉSEK

§ Széles variancia: 45, X0; 49, XXXXY

§ X kromoszóma-inaktiváció (Lyonizáció, Mary Lyon)
§ Y jelenléte: férfi fenotípus (SRY)

NEMI KROMOSZÓMÁKAT ÉRINTŐ KÓRKÉPEK

§ Turner szindróma (45, X0)
§ Klinefelter szindróma (47, XXY)
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ TURNER SZINDRÓMA

- 45, X0
- Hypogonadismus
- Primer amenorrhea
- Növekedési zavar > alacsony termet (SHOX)
- Nyaki redő
- Cardiovascularis rendellenességek
SZÁMBELI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ KLINEFELTER SZINDRÓMA

- 47, XXY
- Hypogonadismus
- Eunuchoid megjelenés
- Gynecomastia, hereatrophia
- Sterilitás (férfi sterilitás leggyakoribb oka)
- Mentális retardáció (enyhe)
Heidi Andreas
KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK

§ Számbeli változások
- Poliploidia
- Aneuploidia (monoszómia, triszómia)

§ Szerkezeti változások
- Transzlokáció
- Deléció
- Amplifikáció
- Inverzió
- Izokromoszóma
- Gyűrűkromoszóma
SZERKEZETI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ Transzlokációk; Pl: 46, XX, t(2;5)(q31;p14)
SZERKEZETI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ Transzlokációk; Pl: 46, XX, t(2;5)(q31;p14)
SZERKEZETI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
SZERKEZETI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
SZERKEZETI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
SZERKEZETI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
SZERKEZETI KROMOSZÓMA-ELTÉRÉSEK
§ Cri du chat szindróma

- Deléció 5p
- „moonface”

§ 22q11.2 DELÉCIÓS SZINDRÓMA

- diGeorge szindróma
- Velokardiofaciális szindróma (súlyosabb)

- Szív rendellenességei
- Arc fejlődési rendellenességei
- Thymus, mellékpajzsmirigy hypoplasia
- TBX1 transzkripciós faktor
GENETIKAI BETEGSÉGEK DIAGNOSZTIKÁJA
§ Kromoszómák vizsgálata
- Sávtechnika
- FISH
- Array CGH (komparatív genom hibridizáció)

G-sávozás
§ Array alapú módszerek
- Génexpressziós chipek
- SNP profilozás (GWAS)

§ PCR alapú vizsgálatok

- DNS szekvenálás

§ Új generációs szekvenálás (NGS; „next generation sequencing”)

- Genom, exom, transzkriptom szekvenálás
- Célzott újraszekvenálás
GENETIKAI/PATOLÓGIAI VIZSGÁLÓMÓDSZEREK EVOLÚCIÓJA

1665 2021
A KROMOSZÓMÁK VIZSGÁLATA
§ FISH (fluoreszcens in situ hibridizáció)
- Specifikus próbák
- Nem szükséges osztódó sejt

Metafázis és Interfázis FISH

GENETIKAI BETEGSÉGEK DIAGNOSZTIKÁJA
§ Array CGH (komparatív genom hibridizáció)

- Nagy felbontás, érzékenység

- Genom szintű vizsgálat
- Kópiaszám-analízis
GENETIKAI BETEGSÉGEK DIAGNOSZTIKÁJA
§ Array alapú génexpressziós vizsgálatok

- RNS alapú
- Gének up and down-regulációja
- Hőtérkép
GENETIKAI BETEGSÉGEK DIAGNOSZTIKÁJA
§ Array alapú vizsgálatok: SNP profil meghatározása

- GWAS (Genome wide association study) tanulmányok

GENETIKAI BETEGSÉGEK DIAGNOSZTIKÁJA
§ Kromoszómák vizsgálata
- Sávtechnika
- FISH
- Array CGH (komparatív genom hibridizáció)

§ Array alapú módszerek

- Génexpressziós chipek
- SNP profilozás (GWAS)

§ PCR alapú vizsgálatok

- DNS szekvenálás

§ Új generációs szekvenálás (NGS; „next generation sequencing”)

- Genom, exom, transzkriptom szekvenálás
- Célzott újraszekvenálás
FONTOS MÉRFÖLDKÖVEK
§ 1953 DNS szerkezete (Watson, Crick, Franklin)

§ 1983 Polimeráz láncreakció (K. Mullis)

§ 2003 Humán genom project-HUGO (Venter, Collins)

Polimeráz láncreakció (PCR)

§ 1983, Kary Mullis: PCR

§ 1993, Nobel díj
§ Tetszőleges DNS szakasz „felsokszorozása”
§ Denaturáció, Anelláció, Extenzió
Polimeráz láncreakció (PCR)

§ 1983, Kary Mullis: PCR

§ 1993, Nobel díj
§ Tetszőleges DNS szakasz „felsokszorozása”
§ Denaturáció, Anelláció, Extenzió
Polimeráz láncreakció (PCR)

§ 1983, Kary Mullis: PCR

§ 1993, Nobel díj
§ Tetszőleges DNS szakasz „felsokszorozása”
§ Denaturáció, Anelláció, Extenzió
Polimeráz láncreakció (PCR)

§ 1983, Kary Mullis: PCR

§ 1993, Nobel díj
§ Tetszőleges DNS szakasz „felsokszorozása”
§ Denaturáció, Anelláció, Extenzió

Exponenciális amplifikáció !
(2n)
Polimeráz láncreakció (PCR) … a kezdetek

940C 580C 720C

PCR ALAPÚ VIZSGÁLATOK F. Sanger, Cambridge

§ DNS szekvenálás (Sanger szekvenálás)

C A C A

T G T G

dNTP ddNTP

Sequencing reaction („cycle sequencing”) Laser

3’- A C G A T C G A G T T - 5’
AG CT
AGC T C
5’- Primer A AG
C A C
CT
5’- Primer A G A
G

Detektor

AG
5’- Primer A G C

AA
5’- Primer A G C T AG C TC
AG C T C

A
5’- Primer A G C T C

5’- Primer A G C T C A

5’- - +
Primer A G C T C A A Capillary electrophoresis
SANGER CENTRE (Cambridge, UK)
ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS (NGS)

100 gép, évek,

$$$$$$$$$

1 gép, hetek, $$$

Új generációs
szekvenálás
ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS (NGS) alapjai

AAGCGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGTGGGCGTGTTGGCAGTGGGCGTAGGTGAGCAGTGTGGCCATTA
AAGCGGTTAAGTCAGC TGGCAGTGGGCGTGT GGCAGTGGGCGTAGGT CAGTGTGGCCAT
AAGCGGTTAAGTCAG TTGGCAGTGGGCGT TTGGCAGTGGGCGT GGTGAGCAGTGTGGCCATTA
CGGTTAAGTCAGCTTTGGC TGGGCGTGTTGGCAGTGGGCGTAGGT CAGTGTGGCCATT
AGCGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGT GCGTGTTGGCAGTGGGCGTAG CAGTGTGGCC
CGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGTGGGC TTGGCAGTGGGCGTAGGT CAGTGTGGCCATTA
AAGCGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGTGGGCG GTTGGCAGTGGGCGTA CAGTGTGGCCAT
GCGGTTAA CAGCTTTGGCAGTGGGCG GTTGGCAGTGGGCGTAGG AGTGTGGCCATTA
AAGCGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGT GCGTGTTGGCAGTGGGCGTAGGT CAGTGTGGCCATTA
CGGTTAAGTCAGCTTTGGC TGGGCGTGTTGGCAGTGGGCGTAGGT CAGTGTGGCCATT
GCGGTTAA CAGCTTTGGCAGTGGGCG GTTGGCAGTGGGCGTAGG AGTGTGGCCATTA
AAGCGGTTAAGTCAG TTGGCAGTGGGCGT TTGGCAGTGGGCGT GGTGAGCAGTGTGGCCATTA
AGCGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGT GCGTGTTGGCAGTGGGCGTAG CAGTGTGGCC
CGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGTGGGC TTGGCAGTGGGCGTAGGT CAGTGTGGCCATTA
AAGCGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGTGGGCG GTTGGCAGTGGGCGTA CAGTGTGGCCAT
GCGGTTAA CAGCTTTGGCAGTGGGCG GTTGGCAGTGGGCGTAGG AGTGTGGCCATTA
AAGCGGTTAAGTCAGCTTTGGCAGT GCGTGTTGGCAGTGGGCGTAGGT CAGTGTGGCCATTA

Coverage: „%”
Depth: „x” (10x, 100x …..)
NGS alkalmazása

Teljes Genom-WGS

Teljes Exom-WES

Célzott újraszekvenálás
ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS (NGS)
- Genom, exom, transzkriptom szekvenálás
- Célzott újraszekvenálás
ETIKAI MEGFONTOLÁSOK !
 KÖSZÖNÖM A FIGYELMET

bodor.csaba1@med.semmelweis-univ.hu