CHƯƠNG 2.

NUCLEIC ACID

11/24/2023 1
 Giới thiệu chung về nucleic acid
 Thành phần hóa học của nucleic acid
 Cấu trúc của acid nucleic
 Một số tính chất cơ bản của nucleic acid

11/24/2023 2
 Giới thiệu chung về nucleic acid

Nucleic acid là hợp chất hữu cơ

Được chiết xuất từ nhân tế bào (nucleus)
Hợp chất đại phân tử có vai trò đặc biệt quan trọng đối
với cơ thể sống vì chúng là vật chất mang thông tin di
truyền
 Có cấu trúc đa phân, đơn phân là các nucleotide.

11/24/2023 3
 - Có 2 loại Nucleic Acid:
+ Deoxyribo Nucleic Acid
+ RiboNucleic Acid

11/24/2023 4
2.1. Thành phần hóa học của nucleic acid

NUCLEOTIDE
Gốc phosphate
Pentose
Base Nitơ
 Cấu tạo của Nucleotide

Nelson, D. L., Cox, M. M. (2017). Lehninger

principles of biochemistry. The 7th Edition, Worth
11/24/2023 Publishers, New York. P. 280 6
 2.1.1. Base nitơ (Nitrogen)

Adenine (6-aminopurine) Thymine (2,6-dioxy, 5-

Guanine (2-amino, 6- methylpyrimidine)
aminopurine) Cytosine(2-oxy,6-
aminopyrimidine)

7
 2.1.2. Đường Pentose

Công thức cấu tạo của hai loại đường pentose trong
nucleic acid

11/24/2023 8
 2.1.4. Sự tạo thành nucleoside
 Nucleoside là sản phẩm thuỷ phân không hoàn toàn của
nucleic acid. Nucleoside gồm có hai thành phần là đường
pentose và một base nitơ (nitrogen, thuộc purine hay
pyrimidine).
2.1.5. Sự tạo thành nucleotide

Nucleotide cũng là sản phẩm thuỷ phân không hoàn toàn

của nucleic acid

Nucleotide gồm có ba thành phần: đường pentose, một base

nitơ (nitrogen) và phosphoric acid.
 DEOXYRIBONUCLEOTIDES

Nelson, D. L., Cox, M. M. (2017). Lehninger principles

of biochemistry. The 7th Edition, Worth Publishers,
11/24/2023 New York. P.283 10
 RIBONUCLEOTIDES

Nelson, D. L., Cox, M. M. (2017). Lehninger principles of

biochemistry. The 7th Edition, Worth Publishers, New
York. P.283
11/24/2023 11
 2.1.6. Sự tạo thành nucleic acid. Liên kết phosphodieste
acid giữa các mononucleotide trong chuỗi polynucleotide
 Các nucleotide được nối với nhau bằng
liên kết phosphodiester Acid thông qua
các nhóm OH ở vị trí C3’và C5’ của
đường pentose để tạo thành một chuỗi dài
gọi là polynucleotide.

 Do liên kết phosphodiester được tao thành

ở vị trí C3’ và C5’ nên chuỗi polypeptide
có tính phân cực:

 Đầu 5’ thường có gốc phosphate và đầu 3’

thường có OH tự do.

 Nucleic acid gồm hai loại phân tử có cấu

tạo rất giống nhau là DNA và RNA.
11/24/2023 Nelson, D. L., Cox, M. M. (2017). Lehninger principles of 12
biochemistry. The 7th Edition, Worth Publishers, New York. P.285
 2.1.7. Một số nucleotide quan trọng không tham gia cấu
tạo nucleic acid
 ADP (adenosindiphosphate) và ATP (adenosintriphosphate) là những
dẫn xuất của adenine, chúng tham gia quá trình phosphoryl hoá-oxy
hoá.
 ATP được coi là nguồn phosphate cao năng trong tế bào.

11/24/2023 13
 cAMP(AMP vòng)

 Adenosinemonophosphate vòng được hình thành từ ATP, tìm thấy ở tế

bào động vật và vi khuẩn, nó thường liên kết với màng bào tương của
tế bào và tham gia nhiều quá trình chuyển hoá. cAMP có thể được sinh
ra nhờ một số hormone hoạt hoá denylcyclase.
11/24/2023 14
 UDP và UTP
 UDP (uridinediphosphate và uridinetriphosphate là những dẫn
xuất của uracil là những coenzyme quan trọng trong các phản
ứng trung gian chuyển hoá glucose và galactose.

 Ngoài ra, chúng còn tham gia trong việc hình thành những
hợp chất phosphate giàu năng lượng.

11/24/2023 15
 CTP - Cytidinetriphosphate
 Cytidinetriphosphate là những dẫn xuất của cytidine.

 CTP cũng là hợp chất giàu năng lương và có thể tham gia nhiều phản
ứng khác nhau như: phosphoryl hoá ethanolamine để dẫn đến sự sinh
tổng hợp cephaline hoặc phản ứng với phosphate choline để hình
thành cytidinediphosphate-choline (CDP-Choline).

11/24/2023 16
 Hiện nay người ta biết được một số nucleotide tham gia cấu
tạo nên các coenzyme quan trọng như vitamin B5
(pantothenic acid) trong coezyme A (SH-CoA)

 Vitamin B2 (riboflavine) trong coenzyme flavinadenine

dinucleotide (FAD) và vitamin PP (nicotinamide) trong
coenzyme nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) v.v...

 Chúng được phosphoryl hoá khi làm chức phận nhóm

ngoại của các enzyme trong chuyển hoá trung gian.
11/24/2023 17
11/24/2023 18
Coenzyme Flavin Coenzyme Nicotinamide
Adenine Dinucleotide Adenine Dinucleotide (NAD)
(FAD)

11/24/2023 19
 2.2. Cấu trúc của nucleic acid

11/24/2023 20
2.2.1. Cấu tạo của DNA – DeoxyriboNucleic Acid

Được tạo thành từ 2 mạch polynucleotide. Mỗi mạch

gồm rất nhiều deoxymononucleotide:
– dAMP
– dGMP
– dCMP
– dTMP

11/24/2023 21
2.2.1.1. Cấu trúc bậc I của nucleic acid

Khái niệm
– Là cấu trúc của chuỗi polynucleotide, trong đó các
nucleotide liên kết với nhau bằng liên kết phosphodiester.

Đặc điểm của cấu trúc bậc I

– Các nucleotide nối với nhau bằng liên kết 3',5’
phosphodiester: Lk được hình thành giữa thông qua gốc
phosphate nối giữa C3' của nucleotide trước với C5' của
nucleotide tiếp theo.

11/24/2023 22
  Chuỗi được tạo ra bởi sự nối lần
lượt phosphate - đường - phosphate
-đường -, ….

 Các gốc base gắn với đường nhưng

nằm ra bên cạnh.

 Nucleotide ở đầu chuỗi mang nhóm

5'-phosphate tự do, nucleotide cuối
có nhóm 3'-OH tự do.

 Theo qui ước, chuỗi polynucleotide

có đầu 5'-P và có đuôi 3'-OH

11/24/2023 23
• Các nucleotide liên kết với nhau theo một số lượng
và trình tự nhất định:
– Số lượng: từ vài chục – hàng triệu nucleotide
– Trình tự sắp xếp các base trong chuỗi: là nền tảng
cho vai trò thông tin di truyền của DNA và RNA (nền
tảng của mã di truyền).

11/24/2023 24
2.2.1.2. Cấu trúc bậc II của nucleic acid

Khái niệm
• Cấu trúc bậc II của DNA là sự xoắn lại với nhau của 2
mạch polynucleotide.
• Cấu trúc bậc II của RNA là sự xoắn lại với nhau của một số
đoạn dọc theo chuỗi polynucleotide (nếu như có các base bổ
sung cho nhau tạo được liên kết hydro).

11/24/2023 25
 Quy luật Erwin Chargaff
1. Thành phần base của DNA nói chung là khác nhau giữa
hai loài.
2. DNA tách được từ các phần khác nhau của cùng một loài
có cùng thành phần base.
3. Thành phần base của DNA của cùng một loài không thay
đổi theo tuổi tác, trạng thái dinh dưỡng hay môi trường thay
đổi.
4. Trong các phân tử DNA, tổng A bằng tổngT, tổng G bằng
tổng C, hay A/T = G/C = 1. Từ đó ta có thể thấy rằng tổng
A+G = T+C, hay nói cách khác tổng purine bằng tổng
pyrimidine. Các DNA khác nhau có tỷ lệ A+T/G+C là khác
nhau.
11/24/2023 26
2.2.1.3. Mô hình xoắn kép DNA của Jame Watson và
Francis Crick, 1953

Watson, Crick, và Wilkins đã

nhận được giải thưởng Nobel
năm 1962; Franklin đã mất năm
1958

11/24/2023 27
 Nelson, D. L., Cox, M. M. (2017). Lehninger principles of
biochemistry. The 7th Edition, Worth Publishers, New York. P.285
11/24/2023 28
  Hai chuỗi đi ngược chiều và song
song qua một trục chính:
– R của phân tử bằng 10A°
– Một chu kỳ xoắn dài 34A°, với 10
cặp base, xếp vuông góc với trục
chính.
 Vành xoắn tạo bởi các ptử
deoxyribose và phosphate xếp xen
kẽ liên tiếp nhau. Các base A -T, G-
C ph/bố thành cặp trong lòng trụ
xoắn kép, gắn bởi lk hydrogen.
 Hai chuỗi quấn vào nhau và tạo ở
mặt ngoài phân tử DNA hai rãnh:
– rãnh lớn (rãnh sâu)
– rãnh nhỏ (rãnh nông)
11/24/2023 29
 Hệ quả của mô hình Watson-Crick

– Trong xoắn kép DNA chỉ có 2 cặp base thỏa mãn đầy đủ các
điều kiện:
• Adenine - Thymine (A-T liên kết với nhau bằng 2 liên kết
hydro)
• Guanine - Cytosine (G-C liên kết với nhau bằng 3 liên kết
hydro)
– Hai base purin (A, G) không thể kết đôi vì quá to, ngược lại 2
base pyrimidin (C, T) lại quá bé, liên kết hydro khó hình thành.
 Cặp A với T (hoặc U ở RNA) và cặp G với C là những base
“bổ sung” nhau (complementary base pair)

11/24/2023 30
 Tính chất ghép cặp bổ sung/Watson-Crick

11/24/2023 31
 Giữa G và C có 3 liên kết hydro (N1-N3, C2-C2 và C6-C4)

11/24/2023 32
 Các liên kết làm bền phân tử DNA

 Liên kết cộng hóa trị

 Liên kết hydro

11/24/2023 33
 Ý nghĩa nguyên tắc bổ sung gốc kiềm

• Thông qua nguyên tắc bổ sung gốc base, những quy luật
Chargaff được sáng tỏ.
• Trình tự các base trên chuỗi này sẽ tự động qui định trình tự
các base chuỗi kia
• Chi phối và điều khiển chặt chẽ những quá trình then chốt
trong giới SV:
– nhân đôi DNA (replication)
– sao chép mã dt (transcription)
– phiên dịch mã (translation).
• Kĩ thuật di truyền, công nghệ gen, vv… đều dựa trên nguyên
tắc nền tảng này
11/24/2023 34
 Các dạng cấu trúc xoắn của DNA

Nelson, D. L., Cox, M. M. (2017). Lehninger principles of

biochemistry. The 7th Edition, Worth Publishers, New York.
11/24/2023 P. 291. 35
 Do sự tác động của các hợp chất có trọng lượng nhỏ hoặc protein
dạng B có thể chuyển sang dạng A (nén nhiều hơn) hoặc là dạng
Z (xoắn trái).

 Chúng có thể tự gấp lại (DNA) hoặc xoắn mạnh, ví dụ một chuỗi
kép DNA có độ dài là 20 cm được nén trong một chromosome có
kích thước là 5 μm.

 Phân tử DNA trong nhiễm sắc thể của sinh vật eukaryote ở dạng
thẳng, còn ở phần lớn tế bào prokaryote phân tử DNA có dạng
vòng.

 Dù ở dạng nào thì các phân tử DNA đều tồn tại dưới dạng cuộn
chặt. Trong tế bào eukaryote, DNA kết hợp chặt chẽ với các
protein là histone.
11/24/2023 36
 Một số dạng cấu trúc khác của DNA

11/24/2023 37
 2.2.1.3. Chức năng của DNA

11/24/2023 38
  Mang thông tin di truyền

 Bảo quản thông tin di truyền

 Truyền đạt thông tin di truyền

 Biến đổi, tạo cơ sở cho sự tiến hóa

11/24/2023 39
2.2.1.4. Sự khác biệt giữa Desoxyribonucleic acid
(DNA) và Ribonucleic acid (RNA)

11/24/2023 40
 2.2.2. Cấu trúc của RNA

11/24/2023 41
 Phân loại RNA

RNA thông tin

RNA vận chuyển
RNA ribosome
RNA bé của nhân (snRNA)
 RNA nhiễu (interferen RNA, RNAi)
Micro RNA

11/24/2023 42
Đặc điểm chung:
Thành phần cấu tạo:
+ Đường tham gia cấu tạo: Ribose
+ Base nitrogen: A, G, C, U, rất ít khi gặp T,. Ngoài ram còn có các
dẫn xuất của các base nitrogen (base nitrogen lạ). Tỉ lệ A/U #1, G/C
#1
Phần lớn các loại RNA có một mạch polynucleotide (trừ RNA của
một số VSV), mạch dài ngắn khác nhau tùy vai trò sinh học.
Cấu trúc bậc nhất của RNA là số lượng và trình tự sắp xếp của các
mononucleotide trong mạch polynucleotide
Khi chuỗi RNA cuộn gấp, nếu có những gốc base A - U, G - C tiến
đến gần nhau, giữa chúng cũng có liên kết hydro và nếu đoạn đủ dài sẽ
có những xoắn kép (cấu trúc bậc 2) xuất hiện dọc phân tử.

11/24/2023 43
+ Cấu trúc không gian 3 chiều của RNA khá phức tạp, được
làm bền từ các tương tác yếu
+ Khối lượng phân tử của RNA rất khác nhau, từ khoảng 70
đến hàng ngàn gốc nucleotide
+ Sự phân bố trong tế bào:
Các RNA có trong nhân, ty thể, lạp thể và đặc biệt nhiều trong
ribosome.
VD: Trong tế bào gan: 50% RNA ở trong ribosome, 24% trong bào
tương, 15% trong ty thể và chỉ có 11% trong nhân.

11/24/2023 44
2.2.2.1. RNA thông tin (m-RNA = messenger RNA)

– RNA thông tin: 2- 4%, tổng số các RNA của tế bào.

– Là kết quả của quá trình sao chép gen DNA, chính là bản
sao đoạn mã di truyền, được dùng trực tiếp trong sinh tổng
hợp protein ở ribosom.

– Ở Eucaryotes, mỗi m-RNA chỉ mã cho một protein (hoặc

một
chuỗi polypetide).

11/24/2023 45
2.2.2.2.RNA vận chuyển (t.RNA)

• Mỗi aa được gắn vào t.RNA riêng

của mình để có thể tìm đúng vị trí
thứ tự trên mã của m. RNA trong hệ
thống ribosom.

• Cấu tạo: có cấu trúc bậc 2 dạng cỏ

ba lá (cloverleaf structure) vì một số
gốc base b/sung nhau tạo lkết
hydrogen

11/24/2023 46
 Nhánh gắn aa: tạo bởi xoắn kép với 7
cặp base b/sung từ đoạn đầu 5’ và đuôi 3’
của phân tử. Nucleotide 5’ thường là G
hoặc C, đuôi 3’ bao giờ cũng là C-C-A.
Aminoaxyl được gắn
vào vị trí 3‟-OH của A.

Nhánh T (hoặc TΨC): chứa mấy

nucleotide bất thường
(pseudouridine (Ψ) và thymine),
phần xoắn kép do 5 cặp kiềm b/sung
tạo nên.

Nhánh anticodon: phần vòng mang

bộ ba nucleotid đối mã (giúp việc gắn
Nhánh D: ở phần vòng
đặc hiệu lên codon ở m.ARN), phần
không xoắn kép có chứa
xoắn kép do 5 cặp kiềm bổ sung tạo
dihydrouridine, phần xoắn
nên.
kép do 3 hoặc 4 cặp kiềm
b/sung cho nhau tạo nên
11/24/2023 47
2.2.2.3. RNA ribosom (rRNA: ribosomal RNA)
• RNA ribosom: khoảng 80% tổng số các RNA của tế bào.
• Ribosom có 2 hạ đơn vị (tiểu phần) gắn với nhau một
cách linh hoạt.
• Kích thước của ribosom thay đổi, tuỳ loại tế bào:
– Procaryotes thường gặp loại ribosom 70S (gồm 2 hạ đ/vị
30S và 50S) với khối lượng phân tử khoảng 2,5.106 D.
– Eucaryotes, ribosom lớn hơn: 80S (gồm hai hạ đơn vị 40S
và 60S), với khối lượng phân tử từ 3,9 – 4,5. 106 D.

11/24/2023 48
2.2.2.4. RNA bé của nhân (small nuclear RNA, snRNA)

 RNA ít gặp, tham gia trong việc ghép nối tiền

mRNA, chúng thường kết hợp với nhiều
protein tạo thành spliceosome.
 RNA cũng có cấu tạo chung giống với các
RNA khác.

11/24/2023 49
 2.2.2.5. RNA nhiễu (RNA interferen, RNAi, RNA
silening, quelling, cosuppresion
• RNA không mã hóa, có vai trò quan trọng trong việc kiểm
soát quá trình biểu hiện gene.
• RNAi có trong tất cả các tế bào nhân thực ngoại trừ nấm
men.
• Thường là nhánh đôi, có thể làm “câm/tắt” gên (ức chế
biểu hiện gen)
 Hướng điều trị mới theo cách sử dụng các RNA phân tử bé
để điều hòa hoạt động gene, dập tắt quá trình biểu hiện
gen gây bệnh.

11/24/2023 50
 Một số mốc lịch sử phát triển RNAi
 Năm 1984, Pesthea và cs nghiên cứu kỹ thuật Antiense-RNA trên vi khuẩn
E. Coli.
 Năm 1994, Cogoni và cs đã tiến hành thí nghiệm tăng màu cam của nấm
Neurospora crassa.
 Năm 1995, Journal Cell, 81, Guo & Kemphues đã đưa ra bằng chứng đầu
tiên trên tuyến trùng Caenorhabditis elegans rằng: Phân tử RNA chiều
thuận (sense RNA) cũng gây ra sự ức chế gene.
 Năm 2000, trên tạp chí Nature cũng công bố việc phát hiện hiện tượng
RNAi trên loài ruồi giấm ProSophila do nhóm nghiên cứu của Richard
Cathew tiến hành.
 Năm 2001, lần đầu tiên RNAi được mô tả trong các tế bào động vật có vú
(Tuschl & cs).
 Năm 2006, giải thưởng Nobel sinh lý và y học cho phát hiện cơ chế RNAi
của hai nhà bác học Mỹ là Andrew Fire (ĐH Stanford) và Craig C. Mello
(ĐH Massachusetts).
11/24/2023 51
2.2.2.6. Micro RNA (miRNA)
 Phát hiện năm 1993, năm 2001 mới xuất hiện tên micro
RNA
 Được khẳng định có trong nhiều động vật và thực vật
khác nhau
 Là RNA chức năng bao gồm 22 nucleotide, không mã
khóa (không được dịch mã thành protein –non-coding
RNA)
 Trong cơ thể, miRNA được tạo thanfht ừ 2 nguồn:
+ Từ các gene độc lập mã hóa
+ Được chế biến từ các loại RNA khác.

11/24/2023 52
Chức năng cuả miRNA: liên quan tới nhiều quá trình sinh
lý, bệnh lý khác nhau, và cả sự tương tác giữa vật chủ - yếu
tố gây bệnh.

 Điều hòa hoạt động của gen: Bổ sung một phần vào một
hay một số mRNA đích, cắt đứt phân tử của nó dẫn đến
kìm hãm quá trình dịch mã của mRNA này.

 miRNA và bệnh tật: miRNA tham g ia trong hoạt động

chức năng bình thường của tế bào nhân thực, như vậy tình
trạng rối loạn chức năng của miRNA sẽ đi kèm với bệnh
tật.
11/24/2023 53
2.3. Một số tính chất của Nucleic Acid
 Dung dịch nucleic acid có độ nhớt cao, có hoạt tính quang
học (làm quay mặt phẳng ánh sang phân cực).

 DNA phản ứng với thuốc thử fucsin tạo thành màu đỏ
(phản ứng Feulgen), phản ứng này thường sử dụng trong
hoá tế bào.

Để phân biệt DNA và RNA người ta dùng các phản ứng đặc
trưng với thuốc thử orcine tạo thành màu xanh lục bền,
desoxyribose của DNA phản ứng với diphenylamine tạo
thành màu xanh da trời bền.
11/24/2023 54
 Nucleic acid hấp thụ
mạnh ở vùng ánh sáng tử
ngoại có bước sóng 250-
280 nm, cực đại hấp thụ
ở 260 nm.

 Tính chất này được sử

dụng để định lượng
nucleic acid và xác định
độ sạch của nucleic acid.
Figure 8-10. Lehninger principles of biochemistry. The 7th
Edition, Worth Publishers, New York. P. 286.

11/24/2023 55
 Khi đun nóng dung dịch nucleic acid ở nhiệt độ cao, thêm
acid hoặc kiềm để ion hoá các base của nó, nucleic acid bị
biến tính.
 Phân tử DNA xoắn kép bị tháo rời, độ hấp thụ ở bước song
260 nm tăng lên. Sự tăng độ hấp thụ này gọi là hiện tượng
tăng sắc tố (hyperchromism).
 Nhiệt độ làm mất một nửa cấu trúc xoắn kép cuả phân tử
DNA được gọi là nhiệt độ nóng chảy (melting
temperature) viết tắt là Tm.
 Các DNA giàu các base G và C có nhiệt độ nóng chảy cao.

11/24/2023 56
 Câu hỏi ôn tập Chương 2
1. Thành phần hóa học của nucleic acid. Sự tạo thành
liên kết phosphodiester
2. Cấu trúc và chức năng của DNA
3. Cấu trúc và chức năng của các loại RNA

11/24/2023 57