Namn: Sana Abo Hamdeh

Datum: 2023/Mars/08
Klass: Na 21
Kurs: Bioteknik
Skola: Angeredsgymnasiet

Mapping Plasmid DNA

Inledning
Plasmider är små DNA-molekyler som finns i många bakterier som fungerar som
verktyg för att manipulera gener och producera proteiner i stor skala. Genom att
kartlägga en plasmids DNA-sekvens kan vi identifiera olika genetiska komponenter
och deras funktionella betydelse. Denna information kan användas för att utveckla
bättre metoder för proteinproduktion och förstå hur gener och proteiner fungerar på
molekylär nivå.

Syfte
Syftet med denna rapport är att beskriva vår metod för att kartlägga specifika
plasmider och analysera deras egenskaper.

Teori
Plasmider är små cirkulära DNA-molekyler som finns i många bakterier och används
ofta inom molekylärbiologin för att klona gener och utföra genetisk manipulation.
Plasmid-DNA-kartläggning är en viktig teknik för att karakterisera och manipulera
plasmider.
För att kartlägga plasmid-DNA kan en mängd olika metoder användas, inklusive
restriktioner, kartläggning, sekvensering och hybridisering..
Sekvensering innebär att bestämma den exakta sekvensen av nukleotider i
plasmid-DNA. Detta görs genom att skära DNA-molekylen i mindre bitar och
sekvensera dem en efter en. Genom att kombinera sekvenserna kan sekvensen för hela
plasmiden sedan bestämmas.
Hybridisering involverar märkning av plasmid-DNA med prober, vanligtvis korta
DNA-sekvenser som är komplementära till specifika regioner av plasmid-DNA.
Genom att hybridisera sonden till plasmid-DNA:t är det möjligt att bestämma var
sonden binder till plasmid-DNA, vilket hjälper till att kartlägga plasmids struktur.
Genom att använda dessa tekniker kan detaljerade kartor över plasmid-DNA skapas,
inklusive information om genplacering, genfunktion och andra viktiga funktioner.
Dessa kartor kan sedan användas för att manipulera plasmid-DNA på en mängd olika
sätt, inklusive klonings gener och genetisk manipulation av bakterier.
Material

s. 3 labb mallen edvotek- 105

Metod
s. 9-11 i labb mallen edvotek- 105

Resultat

avstånden mellan brunnen och vår streck/markeringar:

Lane Tube Sample Molecular Molecular

Weights (in bp) Weights (in
mm)

1 A DNA standard 6571, 3652, 16, 20, 22, 27,

markers 2827,1568, 29, 31, 33,5
1118, 825, 630

2 B Enzym 1 4300 19

3 C Enzym 2 3650, 650 20, 33

4 D Enzym 1,2 2810, 840, 650 22, 31, 33

I denna laboratorierapport kartlades plasmider med hjälp av restriktionsenzymer. Resultaten

av gelelektroforesen visade följande

Lane 1 (Tube A - DNA-standardmarkör):

I detta spår användes en kommersiell DNA-standardmarkör som innehöll fragment av känd

storlek. De identifierade fragmenten hade följande storlekar i baspar (bp): 6571, 3652, 2827,
1568, 1118, 825 och 630. Dessutom var de identifierade storlekarna i millimeter 16, 20, 22,
27, 29, 31 och 33,5 mm. Dessa fragment användes som referenspunkter för att uppskatta
storleken på de övriga proverna.

Lane 2 (Tube B - enzym 1):

I detta spår behandlades plasmiderna med enzym 1. Resultaten visade att plasmiden klyvdes
till ett enda fragment med en uppskattad storlek på 4300 baspar (bp). Den uppmätta storleken
var 19 mm.

Lane 3 (Tube C - enzym 2):

I detta körfält behandlades plasmiden med enzym 2. Resultatet blev att plasmiden klyvdes i
två fragment med uppskattade storlekar på 3650 och 650 baspar (bp). De uppmätta
storlekarna var 20 mm och 33 mm.

Lane 4 (Tube D - enzym 1,2):

I det här spåret behandlades plasmiden med både enzym 1 och enzym 2 samtidigt. Resultatet
blev att plasmiden delades upp i tre fragment med uppskattade storlekar på 2810, 840 och
650 baspar (bp). De uppmätta storlekarna var 22 mm, 31 mm och 33 mm.

Diskussion och slutsats

Denna labbrapport syftar till att utföra plasmid-DNA-kartläggning med användning

av restriktionsenzymer. Resultaten visar bandmönster för olika kombinationer av
enzym restriktion och DNA.

Standard-DNA-markörer används för att bestämma längden av de observerade

restriktioner fragmenten. Enzym 1 användes sedan för att bilda ett band vid 4300
baspar (bp) och enzym 2 användes för att bilda två band vid 3650 bp och 650 bp.
Slutligen användes en kombination av enzym 1 och 2 för att generera tre band på
2810 bp, 840 bp och 650 bp. Dessa resultat indikerar att
plasmid-DNA-kartläggningen var framgångsrik, vilket indikerar att plasmiden har
minst två Enzym 2-restriktions ställen och minst ett Enzym 1-restriktions ställe.
Kombinationen av enzym 1 och 2 visar också att det finns minst två restriktioner
ställen på plasmiden.

DNA: renas med hjälp av gelelektrofores, vilket innebär att köras i ett elektriskt fält.
Molekylerna rör sig från den b negativa elektroden till den positiva elektroden,
molekylerna separeras baserat på sin molekylvikt då de minsta partiklarna rör sig
snabbare. DNA-fragment måste separeras från varandra för att bestämma mönstret av
skärningarna. För DNA-kartläggning kommer mer än ett restriktionsenzym att
användas och sträckan ett band färdas i en gel för olika enzymer används för att
konstruera en karta.
 Slutsatsen är att vi genom att använda restriktionsenzymer kan utföra
plasmid-DNA-kartläggning för att bestämma antalet restriktioner ställen på plasmiden
och därigenom få information om plasmids struktur. Detta är en viktig teknik inom
molekylärbiologi som kan användas för att studera olika egenskaper hos plasmider
som replikation och genöverföring.

Källor

Edvotek 105 u.å