3/9/2014

DNK- nosilac nasledne informacije

Osobine naslednog materijala:
1. U stabilnoj formi sadrži
DNK i hromozom. informacije o strukturi i funkciji
ćelije
2. Da podleže promenama
Struktura i ( mutacijama)
3. Da se precizno replikuje
organizacija genoma. 4. Da se izražava kao fenotip

1944- Avery, Mecled i

McCarty

Kakva je struktura DNK? Geni, genom i hromozomi

Četiri karakteristike određuju arhitekturu DNK
Gen- deo DNK lanca koji nosi infornaciju za sintezu proteina ili RNK
1. Dvolanačani heliks
2. Jednak prečnik Genom- skup naslednih informacija jedne haploidne ćelije
3. Desnogira zavojnica Jedarni ili nuklearni genom
4. Antiparalelnost lanaca Mitohondrijski i hloroplastini genom
Čargafovo pravilo: Hromozom
1. Broj A je uvek jednak broju T, odnosno Kompleks DNK i proteina – hromatin
broj G broju C (A/T=1; G/C=1) virusi – linearan, cirkularan; DNK ili RNK
2. Br purin auvek je denak broju pirimidina Bakterije – cirkularan DNK
(A+G /T+C =1) Eukaryotes –linearan DNK

Rosalind Franklin 1953- Wotson & Crick

Virusi Virusi
Phage
• Genom virusa varira od nekoliko stotina do
nekoliko hiljada nukleotida

Capsid
protein

TMV

1
 3/9/2014

Bakterijski hromozom Bakterijski hromozom

• U regionu koji se
naziva nukleoid
• DNK je u direktnom
kontaktu sa
citoplazmom
• Hromozomska DNK je kompaktna ~ 1000 puta
da stane u ćeliju

Bakterijski hromozom
• Veličina Struktura prokariotskog gena (Operon)
– Escherichia coli
~ 4.6 milliona bp
– Haemophilus influenzae Stop kodon Stop kodon
~ 1.8 milliona bp Regulatorni
+1 ATG TAA, TAG, TGA ATG TAA, TAG, TGA

DNK
• Sastav elementi Kodirajuća sekvenca= ORF Kodirajuća sekvenca= ORF

– E coli ~6000 gena Promotor i Protein A Protein B Terminator

– Geni koji kodiraju proteina Operator sekvenca

organizovani su u Cistron 1 Cistron 2

funkcionalne jedinice
operone Regulatorna sekvenca Strukturna ili kodirajuća sekvenca
– Intergenetski regioni se ne
prepisuju
– Jedan replikacioni početak Regulatorna i kodirajuća sekvenca = Operon
(origin of replication (Ori))

Organizacija genoma
Eukariotski genom
C vrednost- veličina genoma u bp u
• Struktura eukariotskog genoma: haploidnom skupu hromozoma
Paradoks C vrednosti
• Egzoni “sebična DNK”
• Introni

2
 3/9/2014

Tipovi sekvenci u genomima Familije gena i pseudogeni

eukariota Familije gena nastaju duplikacijom izvornog pradedovskog gena.
1. Ponovljivi nizovi (repetitivni)
A) Srednje ponovljivi nizovi do oko 100 000 x (geni za
rRNK, tRNK, histone, kratki razbacani
elementi(SINE) i dugi razbacani elementi (LINE),
mobilni genetski elementi)
B) Visoko ponovljivi nizovi do 1 000 000 x
(centromere, sateliti, telomere)
2. Jedinstveni nizovi (unikalni) 20- 60 % Pseudogeni – nefunkcionalne kopije gena
Familije gena

Mobilni genetski elementi- “Skoči geni”

Šta je hromatin
1. Retrotranspozoni
LINE i SINE nizovi, LTR elementi
2. Retrovirusu slični elementi
3. DNK transpozoni To je rešenje za problem pakovanja DNK kod
eukariotskih ćelija.......

Eukariote imaju VELIKI problem Rešenje: Hromatin !

sa pakovanjem DNK !
Kompleks DNK i proteina.
Proteini:
Histoni ( H1, H2A, H2B, H3, H4)-
bazni
Nehistonski proteini (strukturni
proteini, enzimi, faktori regulacije
genske ekspresije...)

Kako stane 2m dug DNK u jedro od 5 µm?

Kako se repliciraju, popravljaju i prepisuju upakovane nasledne informacije?

3
 3/9/2014

Hijerarhija u pakovanju hromatina Struktura hromatina

Nukleozom- osnovni nivo
Prvi nivo:
Formiranje nukleozoma pakovanja DNK
• Histonski proteini
Drugi nivo:
bazni (+ naelektrisani
30 nm vlakno lizin i arginin)
95% hromatinski proteina
čine histoni
Treći nivo:
Formiranje petlji
(Supersolenoid) Četiri histonska proteina čine jezgro
nukleozoma
Četvrti nivo: 2x(H2A, H2B, H3 i H4)
Mitotski(metafazni)
hromozom
Peti histon, H1 je histon za povezivanje.

Drugi nivo: 30nm vlakno Treći nivo: Formiranje petlji

• Neophodan histon H1 • Organizacija nije slučajna učestvuju i nehistonski proteini i

povezivanje za jedrov ovoj i matriks.
• Sabijanje je za oko 100x

Metafazni hromatin:
Struktura hromatina
četvrti nivo pakovanja: puna kondezacija

4
 3/9/2014

Hromozom Hromozom

Kondezovanje hromozoma
Broj petlji se ne menja ali se menja prečnik petlji

Tokom interfaze,
kondenzin je prisutan
u citoplazmi

Kodenzin se vezuje
za hromozome i
formira petlje

Kondenzin putuje
u jedro

Kondenzovanje metafaznih hromozoma sa kondenzinom

Hromozomi tokom mitoze

Kohezin napušta
Kohezin iz nivoa
Hromozomi - kariotip
hromozom i krajevi se
centromera se
“relaksiraju”
degradira

• Kariotip
Čovek, 46, XY
46, XX
Cohesin
remains at
centromere
Autozomi
Gonozomi X ,Y
(polni hromozom)

Povezivanje i razdvajanje sestrinskih hromatida preko kohezina

5
 3/9/2014

Interfazni hromatin: nivoi 1-3 Tipovi heterohromatina

relativno dekondenzovani hromozomi
• Heterohromatin: tamno
obojen, kondenzovan,
transkripciono
neaktivan, 3 nivo • Konstitutivni heterohromatin
pakovanja – Uvek heterohromatinski region
– Permanentno neaktivan
• Euhromatin: svetlo
obojen, manje • Fakultativni heterohromatin
kondenzovan, – Regioni moguće konverzije euhromatina u heterohromatin i
transkripciono aktivan, 2 obrnuto
nivo pakovanja – primer: Barovo telo