Trong các tài liệu truyền thống, chức năng chính của quá trình lên men là hòa

tan các polysaccharid phức

tạp của chất nhầy (hay còn gọi là Mucilage) để tạo điều kiện làm khô cà phê một cách hiệu quả. Do đó, quá
trình lên men cho phép sự phát triển của các vi sinh vật tạo ra các enzym, chẳng hạn
như polygalacturonase và pectin lyases cần thiết để khử chất béo và thủy phân pectin có trong lớp màng
nhầy (Agate và Bhat 1966; Masoud và Jespersen 2006). Tuy nhiên, đã có nhiều tranh cãi trong việc đưa ra
kết luận này.

Vào năm 1960, các nhà khoa học đã xây dựng một thiết kế thử nghiệm trong đó cà phê được khử trùng
được khử trùng và đặt trong môi trường vô trùng lên đến 33 ngày. Họ đã cho thấy rằng không có sự suy
thoái của lớp nhầy trong suốt quá trình này, từ đó chứng tỏ rằng hoạt động của vi sinh vật mới là động lực
khiến chất nhầy trong cà phê bị phân hủy (Schwan và Fleet, 2014). Đi sâu hơn vào nghiên cứu này, các
tác giả kết luận rằng sự suy giảm chất nhầy không phải do hoạt động của pectinases mà do sự axit
hóa môi trường lên men (do môi trường bể /thùng lên men chuyển sang độ pH axit), khi môi trường lên
men đạt giá trị pH=3,5 chất nhầy sẽ bắt đầu phân rã (Avallone và cộng sự, 2002).
Với phương pháp chế biến ướt, người sản xuất đã tạo ra được một phẩm chất
hương vị cao hơn cho cà phê. Bởi khi chế biến ướt, hạt cà phê sẽ được lên
men bằng chính hệ enzim có trong hạt hoặc các vi sinh vật giúp cho việc giữa
được phẩm chất vị cao hơn. Đối với các loại giống hạt như Arabica, phương
pháp chế biến ướt này giúp phát triển tối đa hương vị trong hạt.
Vi khuẩn
Một nghiên cứu ban đầu về hoạt động của các vi sinh vật có trong quá trình
lên men cà phê đã được Pederson và cộng sự (1946) công bố năm 1946,
sử dụng các mẫu cà phê từ Colombia và Mexico. Các thành viên tham gia
nghiên cứu này đã phân lập được cầu khuẩn và vi khuẩn ưa khí như
Leuconostoc mesenteroides, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus brevis,
và Streptococcus faecalis để tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình phân giải
chất nhầy nhưng không tách rời chất nhầy. Agate và cộng sự (1966) phân
lập và xác định Streptococcus, Pseudomonas, Flavobacterium, và Proteus
từ cà phê đã tách bã ở Ấn Độ và tuyên bố rằng những vi khuẩn này không
phân giải pectin và do đó không tham gia vào quá trình lên men của quả đã
tách bã.
Avallone và cộng sự (1999, 2001, 2002) đã phân lập vi khuẩn từ trái cây
chế biến ướt và phát hiện vi khuẩn gram âm Erwinia và Klebsiella trong môi
trường nuôi cấy có chứa pectin, phân lập từ cà phê. Chúng được đặc trưng
bởi khả năng phân giải pectin thấp và tạo ra lyase pectate. Sự hiện diện
của vi khuẩn được tạo điều kiện thuận lợi bằng việc tiêu thụ các loại đường
đơn vì việc sản xuất pectate lyase giữ cho các vi khuẩn này không ảnh
hưởng đến chất nhầy của trái cây; vi khuẩn sản xuất polygalacturonase
hiếm khi được xác định là Lactobacillus brevis. Các vi sinh vật tạo điều kiện
cho quá trình phân hủy chất nhầy phải có khả năng tiết pectin lyase và
polygalacturonase do cấu trúc methyl hóa của pectin.
Nấm men
Mật độ nấm men trong cà phê tách bã lớn hơn vi khuẩn ở giai đoạn đầu
của quá trình lên men, với mật độ gần 104 CFU/g, mật độ này tăng lên
trong quá trình lên men, đạt giá trị 107 CFU/g (Masoud và cộng sự, 2004).
Với cà phê đã tách bã từ Congo, Van Pee và Castelein (1971) đã xác định
được các loại nấm men thuộc chi Candida, với C. guilliermondii màng được
tìm thấy trên bề mặt và chất nhầy của hạt; C. parapsilosis, Saccharomyces
cerevisiae, Torulopsis famata [Candida famata (Harrison) SA Meyer &
Yarrow (Yarrow và Meyer 1978)], Saccharomyces marxianus
[Kluyveromyces marxianus (EC Hansen), Candidatropicalis, Rhodotorula
muci- laginosa, và Candida pelliculosa được tìm thấy trên bề mặt hạt.
Các loại pectinase khác nhau do sinh vật tạo ra có thể ảnh hưởng đến mức
độ khử trùng hợp của các thành phần pectin, sau đó có thể ảnh hưởng đến
việc lựa chọn nhóm vi sinh vật chiếm ưu thế (Jones và cộng sự, 1984).
Quá trình khử trùng hợp của pectin có thể được thực hiện bằng cách sử
dụng các enzyme pectin lyase, pectin methyl esterase và
polygalacturonase. Pectin từ dịch nhầy trái cây sẽ bị phân giải nhờ pectin
lyase và polygalacturonase.
Sự hiện diện của Kluyveromyces marxianus trong nước thải của bể lên
men và của Pichia kluyvery, P. anomala, Hanseniaspora uvarum với khả
năng phân giải pectin cao dường như làm tăng hoạt động của nấm men
trong quá trình lên men (Serrat và cộng sự, 2002; Masoud và Jespersen
2006). Do đó, có thể kết luận rằng nấm men sử dụng chất nhầy pectin làm
nguồn carbon với các loại đường đơn giản (glucose và fructose), tạo ra sản
xuất polygalacturonase.
Tương tự, người ta đã quan sát thấy rằng Pichia kluyvery, P. anomala,
Hanseniaspora uvarum (Masoud và Kaltoft, 2006) có tác dụng ức chế sự
phát triển của Aspergillus ochraceus, một loại nấm có khả năng gây độc và
thường được phân lập trong quả và hạt cà phê (Batista và cộng sự 2009;
Silva và cộng sự 2008a,b). Vì vậy, nấm men đóng vai trò kép trong quá
trình chế biến quả cà phê: chúng tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình lên
men và kiểm soát sinh học.
Sự thay đổi thành phần hóa học trong quá trình lên men

Thành phần hóa học của hạt cà phê có thể bị thay đổi trong quá trình lên
men bởi các quá trình trao đổi chất, đặc biệt là nồng độ của các hợp chất
hòa tan trong nước, bao gồm axit amin tự do, đường tự do (glucose và
fructose), caffeine, trigonelline và axit chlorogen (Duarte và cộng sự, 2010).
Các vi sinh vật khác nhau, chẳng hạn như nấm men, vi khuẩn và nấm, có
thể tạo ra nhiều loại enzyme, rượu và axit từ việc tiêu thụ đường, có thể
ảnh hưởng đến độ ngọt, axit và hàm lượng muối của hạt cà phê (Silva và
cộng sự, 2000; Barbosa và cộng sự, 2019).

 Các axit amin tự do và carbohydrate hòa tan là tiền chất nổi bật của
các hợp chất dễ bay hơi và không bay hơi, bao gồm carbon dioxide,
 xeton, pyrazine, axit axetic, glycerol, ete và aldehyde, sẽ ảnh hưởng
đến sự phát triển của hương vị và màu sắc cà phê trong lần rang tiếp
theo quá trình (Bhumiratana và cộng sự, 2011; Knopp và cộng sự,
2006; Haile và cộng sự, 2019).
 Các dẫn xuất furan (25–41%) là những hợp chất dễ bay hơi nhất góp
phần tạo nên hương vị cà phê, với hương thơm ngọt ngào, giống
bánh mì và caramel (Cao và cộng sự, 2022). Tuy nhiên, Knopp và
cộng sự (2006) đã báo cáo rằng hạt cà phê lên men chứa lượng
đường fructose và glucose thấp hơn so với hạt cà phê chế biến khô,
điều này có thể ảnh hưởng đến việc tạo ra các dẫn xuất furan trong
phản ứng Maillard và quá trình caramen hóa do thiếu chất nền.
 Pyrazin được biết đến với hương vị hạt phỉ, là hợp chất dễ bay hơi
nhiều thứ hai trong cà phê với tỷ lệ khoảng 25 đến 39%, chúng cũng
được tạo ra thông qua các tương tác phức tạp giữa đường và axit
amin (Zakidou và cộng sự, 2021).
 Phenol hoặc các hợp chất phenolic cũng là những chất tạo mùi thơm
quan trọng trong cà phê pha. Ví dụ, axit chlorogenic trong hạt cà phê
có thể mang lại vị đắng, chua và se cho cà phê pha (Zakidou và cộng
sự, 2021).

Trong quy trình chế biến ướt, nhóm vi khuẩn axit lactic
(như Leuconostoc, Lactococcus và Lactobacillus) được xác định phổ biến nhất, cùng
với nhóm vi khuẩn Enterobacteria và nấm men (Pichia và Starmerella). Một số chất
chuyển hóa liên quan đến hoạt động của vi khuẩn axit lactic như axit lactic, axit axetic
và mannitol được tạo ra trong chất nhầy và cũng được tìm thấy trong hạt cà phê.
Nghiên cứu mang tính đột phá của Avallone và cộng sự, (2002) chứng minh rằng sự
phân hủy của lớp nhầy trên bề mặt nhân cà phê là kết quả của quá trình axit hóa
môi trường lên men chứ không phải thông qua enzyme pectinase do các nhóm vi
sinh vật trên. Khi môi trường lên men đạt giá trị pH=3,5 chất nhầy sẽ bắt đầu phân rã Chỉ một
chủng vi khuẩn Lactobacillus brevis L166 là có khả năng làm giảm đáng kể độ nhớt
(khử chất béo và thủy phân pectin) trên bề mặt nhân cà phê (khoảng 45%) với enzyme
polygalacturonase.