Molecular Information Flow

DNA

The nitrogen bases of DNA and

Genetic information flow Part of DNA chain
RNA and the specific pairing
between C, G, T, A via hydrogen
bonds
Cấu trúc DNA

Cấu trúc DNA Chuỗi xoắn kép DNA

Cấu hình DNA
Cấu trúc DNA

Supercoiled DNA
Genetic information flow
Phiên mã và dịch mã ở prokaryote
Đơn vị di truyền

Sự phân bố gene trên bộ gen của vi khuẩn Plasmid

Cat: chloramphenicol
resistance;
tet, tetracycline
resistance;
oriT, origin of
conjugative transfer;
tra, transfer functions
Sao chép DNA
Sao chép DNA
Sao chép DNA
Initiation of DNA synthesis

Replication process
Sao chép DNA
The replisome
Sao chép DNA dạng vòng: cấu trúc theta
Phiên mã ở vi khuẩn

RNA polymerase

The interaction of RNA polymerase with a bacterial promoter

Đơn vị phiên mã và Polycistronic mRNA

A ribosomal rRNA transcription unit from Bacteria and its subsequent processing.

operon and polycistronic mrNA structure.

Kết thúc phiên mã

Inverted repeats and transcription termination Rho-dependent termnination

RNA Processing ở tế bào nhân thực và cổ vi khuẩn

Promoter architecture and transcription in Archaea

RNA Processing ở tế bào nhân thực và cổ vi khuẩn

Processing of the primary transcript

into mature mrNA in eukaryotes

Activity of the spliceosome

Dịch mã_ Amino acids
Dịch mã_Polypeptides và Proteins

Peptide bond formation Tertiary structure of polypeptides

Secondary structure of polypeptides

Dịch mã-tRNAs
Dịch mã_ tRNAs
Dịch mã_Mã di truyền
Dịch mã_Mã di truyền

The wobble concept

Sự khởi đầu
dịch mã

Kéo dài
Polysome

Freeing trapped ribosomes

Chaperones
Sự tang trưởng của vi sinh vật và
các cơ chế điều hoà
Sự phân chia tế bào

Binary fission
 TIMI-1162; No. of Pages 7

Sự phân
Reviewchia tế bào Trends in Microbiology xxx xxxx, Vol. xxx, No. x

Box 1. Terminology (A) Agrobacterium

New poles. Always refers to the poles generated at the most recent
cell division. These poles may, in polar-growing bacteria, become
growth poles that are sometimes referred to as ‘new’ poles in the
literature. Here we refer to new growing poles as ‘growth poles’. In
other bacteria that grow and elongate by dispersed cell growth
(such as Escherichia coli, Bacillus subtilis, and Caulobacter crescen- Transi!on
tus), the new pole does not become the growth pole.
Old poles. These are the result of cell division that occurred before
the most recent division event. In most bacteria, including those
with dispersed or unipolar growth, the old pole is passed on
continuously to daughter cells and remains permanently inert, as
described for E. coli [86]. By contrast, bacteria with bipolar growth
continue to growth from both old and new poles. Whether subpolar
growth in Mycobacterium results in permanently inert polar caps
Key: -Growth pole -Old pole -Septal PG synthesis
over multiple generations remains to be investigated.

-Parent cell PG -New PG

branching morphology of Streptomyces. In a more contro-
versial example, polar growth may help generate cell-to-
(B) Mycobacterium
cell heterogeneity that makes infections by Mycobacterium
notoriously difficult to treat. Variations in growth rates of
old and new poles were reported to lead to inherent differ-
ences in antibiotic susceptibilities between siblings [20];
however, subsequent reports have instead favored a sto-
chastically driven heterogeneity model [21,22]. Aside from
these specific cases, an intriguing and untested hypothesis
posits that polar growth arose so that bacteria can generate
new cells de novo, passing on only new and undamaged
extracellular proteins, cell wall, and membranes. These
progeny would exhibit greater fitness than their parent
cells and improve population success in more stringent
environments. The interplay between cellular aging and
Key: -Rapid subpolar -Slow subpolar
polar or asymmetric growth is reviewed by Kysela et al. [10]. -Inert PG
growth zone growth zone

Mechanisms of polar growth

Cell growth is a complicated process that relies on careful
coordination between its many contributing parts. During
polar growth, cells must identify and maintain growth
poles as specific regions to integrate the biosynthetic com-
plexes that produce nascent peptidoglycan, proteins,
Budding from hyphae
lipids, and other components of the cell envelope. More-
over, these complexes must also be coordinated with DNA
replication during the cell cycle and ultimately cell division.
Below we use Actinomycetales and Rhizobiales as models
-Septal PG synthesis -Parent cell PG -New PG
TRENDS in Microbiology
Figure 1. Unipolar growth (represented by Agrobacterium tumefaciens) is
contrasted with bipolar growth (represented by Mycobacterium smegmatis). (A)
Polar growth
In Agrobacterium, elongation occurs from one pole. During septation the growth
pole becomes an old pole (arrow), septal peptidoglycan (PG) synthesis occurs at
the midcell, and polar elongation stops. After cell division, PG synthesis and polar
growth resume in both sibling cells from the respective new growth poles (green)
created by septation. Therefore, the growth pole is not inert with respect to PG
synthesis. (B) In Mycobacterium, septal PG synthesis creates poles comprising
Biofilms
Tốc độ tang trưởng vi sinh vật
The Mathematics of bacterial growth

Cell number:

N = N02n ; n = t/g
N: Final cell number
N0: Initial cell number
N: number of generations
t: duration of exponential growth
g: generation time

n=3.3[log(N)-log(N0)]

If N=107, N0=103 and t=3 (hours)

n = 3.3[log(107)-log(102)]
= 3.3[7-2]
= 16.5
g = t/n=3/16.5=0.18 (hour)
Tốc độ tang trưởng vi sinh vật
N: Final cell number
N0: Initial cell number
n: number of generations
t: duration of exponential growth
g: generation time

N = N02n

2n = N/N0
log(N/N0) log(N/N0)
n = log2(N/N0) = =
log(2) 0.303
n = 3.3[log(N)-log(N0)] = t/g

t = 3.3*g*log(N) - 3.3*g*log(N0)
(y= ax-b)
Chu trình tăng trưởng của tế bào vi sinh vật
Môi tường nuôi cấy
Kỹ thuật vô trùng
Đếm số lượng tế bào bằng kính hiển vi
Phương pháp đếm tế bào sống
Xác định mật độ tế bào bang cách đo mật độ quang
Các yếu tố ảnh hưởng đến sự tăng trưởng của VSV

- Nhiệt độ

- pH

- Áp suất thẩm thấu

- Nồng độ oxy
Kiểm soát sự tăng trưởng tế bào bằng nhiệt độ

Hấp vô trùng (autoclave):

- Sử dụng hơi nước dưới
áp lực và nhiệt độ cao để
giết tế bào
- 121˚C, 1 atm, 15-20 phút
à giết tất cả tế bào

Thanh trùng Pasteur

(Pasteurization):
- Sử dung nhiệt độ để hạn
chế sự tang trưởng của
phần lớn vi sinh vật
- Sữa được thanh trùng ở
71°C trong 15 giây
Kiểm soát sự tăng trưởng tế bào bằng các tác nhân vật lý

- Ultraviolet radiation

- Ionizing radiation

- Filter sterilization
Kiểm soát sự tăng trưởng tế bào bằng các chất kháng khuẩn

Antimicrobial agent susceptibility assay using diffusion

methods
Các hệ thống điều hoà ở vi sinh vật
DNA binding proteins
Điều hoà âm (Negative control)

Điều hoà dương (Possitive control)

Operon lac

Sự tang trưởng 2 pha của

Escherichia coli trong môi trường có
glucose và lactose.

cyclic AMP
Cơ chế truyền tín hiệu (Signal Transduction)
Quorum sensing
Stringent response
Sự điều hoà bởi RNA
Riboswitches
Hiện tượng ức chế ngược
Sự điêu hoà hậu dịch mã
Cơ chế sinh học phân tử của sự
tăng trưởng tế bào VSV
Sự kiểm soát quá trình khởi đầu sao chép

1. SeqA gắn với vùng oriC được

methyl hoá một mạchà không sao
chép

2. DnaA-ATP gắn với oriC được

methyl hoá hoàn toàn à khởi đầu
sao chép

3. ATPase HdaA thuỷ phân ATP gắn

với DnaAà DnaA-ADP
 Sự sao chép bộ gene tế bào ở những vi sinh vật
tăng trưởng nhanh
Sự phân ly chromosome

Mitotic
spindles

Sự phân ly bộ gene ở tế bào nhân thực Sự phân ly ở vi khuẩn Caulobacter

Quá trình nhân đôi tế bào

Divisome Division events

Sinh tổng hợp Peptidoglycan
Đích tác động của kháng sinh và cơ chế kháng kháng sinh
identify resistance to the administered drugs. Though long required for such studies have not yet been developed.
suspected (Tuomanen et al., 1986), accumulating evidence However, recent studies provide strong indications for the
Persistance
now convincingly points to the importance of transiently importance of persister cells in recurrent infectious

Fig. 2. Antibiotic resistance versus persistence. A microbial population (confined by a light-grey ellipse) initially consists of
mainly antibiotic-sensitive cells (dark-grey). (top panel) In addition, the population may also contain resistant cells (black),
resulting from a permanent change at the genetic level. After antibiotic treatment (+Ab), only resistant cells remain. Upon
HipAB toxin-antitoxin module