High Performance Computing ISC High Performance 2018 International Workshops Frankfurt Main Germany June 28 2018 Revised Selected Papers Rio Yokota

High Performance Computing ISC High
Performance 2018 International

Workshops Frankfurt Main Germany
June 28 2018 Revised Selected Papers
Rio Yokota
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High Performance Computing: ISC High Performance 2019

International Workshops, Frankfurt, Germany, June
16-20, 2019, Revised Selected Papers Michèle Weiland
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High Performance Computing: ISC High Performance 2020

International Workshops, Frankfurt, Germany, June
21–25, 2020, Revised Selected Papers Heike Jagode
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High Performance Computing: 34th International

Conference, ISC High Performance 2019, Frankfurt/Main,
Germany, June 16–20, 2019, Proceedings Michèle Weiland
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High Performance Computing: 35th International

Conference, ISC High Performance 2020, Frankfurt/Main,
Germany, June 22–25, 2020, Proceedings Ponnuswamy
Sadayappan
international-conference-isc-high-performance-2020-frankfurt-
main-germany-june-22-25-2020-proceedings-ponnuswamy-sadayappan/
High-Performance Computing Applications in Numerical
Simulation and Edge Computing: ACM ICS 2018
International Workshops, HPCMS and HiDEC, Beijing,
China, June 12, 2018, Revised Selected Papers Changjun
Hu
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applications-in-numerical-simulation-and-edge-computing-acm-
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june-12-2018-revised-selected-papers-changj/
High Performance Computing: 5th Latin American

Conference, CARLA 2018, Bucaramanga, Colombia,
September 26–28, 2018, Revised Selected Papers Esteban
Meneses
latin-american-conference-carla-2018-bucaramanga-colombia-
september-26-28-2018-revised-selected-papers-esteban-meneses/
High Performance Computing for Computational Science –

VECPAR 2018: 13th International Conference, São Pedro,
Brazil, September 17-19, 2018, Revised Selected Papers
Hermes Senger
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High Performance Computing in Science and Engineering '

18: Transactions of the High Performance Computing
Center, Stuttgart (HLRS) 2018 Wolfgang E. Nagel
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High Performance Computing in Science and Engineering

Second International Conference HPCSE 2015 Solá■ Czech
Republic May 25 28 2015 Revised Selected Papers Tomas
Kozubek
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Rio Yokota · Michèle Weiland
John Shalf · Sadaf Alam (Eds.)
LNCS 11203
High Performance
Computing
ISC High Performance 2018 International Workshops
Frankfurt/Main, Germany, June 28, 2018
Revised Selected Papers
123
Lecture Notes in Computer Science 11203
Commenced Publication in 1973
Founding and Former Series Editors:
Gerhard Goos, Juris Hartmanis, and Jan van Leeuwen
Editorial Board
David Hutchison
Lancaster University, Lancaster, UK
Takeo Kanade
Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA
Josef Kittler
University of Surrey, Guildford, UK
Jon M. Kleinberg
Cornell University, Ithaca, NY, USA
Friedemann Mattern
ETH Zurich, Zurich, Switzerland
John C. Mitchell
Stanford University, Stanford, CA, USA
Moni Naor
Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel
C. Pandu Rangan
Indian Institute of Technology Madras, Chennai, India
Bernhard Steffen
TU Dortmund University, Dortmund, Germany
Demetri Terzopoulos
University of California, Los Angeles, CA, USA
Doug Tygar
University of California, Berkeley, CA, USA
More information about this series at http://www.springer.com/series/7407
Rio Yokota Michel̀ e Weiland
•
John Shalf Sadaf Alam (Eds.)

•
High Performance
Computing
ISC High Performance 2018 International Workshops
Frankfurt/Main, Germany, June 28, 2018
Revised Selected Papers
123
Editors
Rio Yokota John Shalf
Tokyo Institute of Technology Lawrence Berkeley National Laboratory
Tokyo, Japan Berkeley, CA, USA
̀ Weiland
Michele Sadaf Alam
University of Edinburgh Swiss National Supercomputing Centre
Edinburgh, UK Lugano, Switzerland
ISSN 0302-9743 ISSN 1611-3349 (electronic)

Lecture Notes in Computer Science
ISBN 978-3-030-02464-2 ISBN 978-3-030-02465-9 (eBook)
https://doi.org/10.1007/978-3-030-02465-9
Library of Congress Control Number: 2018944377
LNCS Sublibrary: SL1 – Theoretical Computer Science and General Issues
© Springer Nature Switzerland AG 2018

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Preface
A separate workshop day attached to the International Supercomputing Conference

(ISC) High Performance, formerly known as the International Supercomputing Con-
ference, was first added to the technical program in 2015 under the leadership of Bernd
Mohr (Forschungszentrum Jülich GmbH). Supported by the success of the past 3 years,
ISC High Performance renewed and further extended the workshop program in 2018,
under the leadership of John Shalf (Lawrence Berkeley National Laboratory) and Sadaf
Alam (Swiss National Supercomputing Center). Rio Yokota (Tokyo Institute of
Technology) and Michele Weiland (The University of Edinburgh) joined the team as
proceedings chair and deputy chair, respectively, and managed the organization of the
proceedings for the workshops.
The 23 workshops at ISC High Performance 2018 provided a focused, in-depth
platform with presentations, discussion, and interaction on topics related to all aspects of
research, development, and application of large-scale, high-performance experimental
and commercial systems. Workshop topics included HPC computer architecture and
hardware; programming models, system software, and applications; solutions for
heterogeneity, reliability, power efficiency of systems; virtualization and containerized
environments; big data and cloud computing; artificial intelligence; as well as interna-
tional collaborations. Workshops were selected with a peer-review process by an inter-
national committee of 16 experts in the field from Europe, the United States, and Asia.
Since 2016, ISC High Performance has provided a platform for workshops with
their own call for papers and individual peer-review process through an early deadline
in December 2017. In all, 13 workshop proposals were submitted before this deadline
from organizers all over the world; the committee accepted 21 workshops (eight
full-day and two half-day workshops) after a rigorous review process in which each
proposal received three reviews. Additionally, each reviewer was given the possibility
to discuss all the submissions. Workshops without a call for papers were invited to
submit their proposals in February 2018. For this second deadline, 14 workshop pro-
posals were submitted and 13 workshops (three full-day and ten half-day day work-
shops) were accepted by the committee with the same rigorous peer-review process as
for workshops with proceedings.
The 23 workshops were held on Thursday, June 28, 2018, at the Frankfurt Marriott
Hotel with 489 attendees in the morning and 419 in the afternoon, about 170 pre-
sentations, and over a dozen panel discussions. The workshop proceedings volume
collects all the accepted papers of the workshops from the call for papers. Each chapter
of the book contains the accepted and revised papers for one of the workshops. For
some workshops, an additional preface describes the review process for that workshop
and provides a summary of the outcome.
June 2018 Rio Yokota

Michèle Weiland
John Shalf
Sadaf Alam
Organization
ISC High Performance Workshops Co-chairs

John Shalf Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
Sadaf Alam Swiss National Supercomputing Centre, Switzerland
ISC High Performance Workshops Committee

Rosa M. Badia Barcelona Supercomputing Center, Spain
François Bodin IRISA, France
Bronis R. de Supinski Lawrence Livermore National Laboratory, USA
Simon McIntosh-Smith University of Bristol, UK
Bernd Mohr Jülich Supercomputing Centre, Germany
Michela Taufer University of Delaware, USA
Antonino Tumeo Pacific Northwest National Laboratory, USA
Didem Unat Koç University, Turkey
Heike Jagode University of Tennessee, USA
Diana Moise Cray, Basel
Bilel Hadri KAUST, Saudi Arabia
Carsten Trintis TU Munich, Germany
ISC High Performance Workshops Proceedings Co-chairs

Rio Yokota Tokyo Institute of Technology, Japan
Michèle Weiland EPCC, The University of Edinburgh, UK
HPC I/O in the Data Center (HPC-IODC 2018)

Organizing Committee
Julian Kunkel University of Reading, UK
Jay Lofstead Sandia National Laboratories, USA
Program Committee
Jean-Thomas Acquaviva DDN, France
Thomas Boenisch HLRS, Germany
Jim Brandt Sandia National Laboratories, USA
Sven Breuner ThinkparQ, Germany
Matt Bryson University of California, Santa Cruz, USA
Suren Byna Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
Sandro Fiore CMCC, Italy
Wolfgang Frings Jülich Supercomputing Centre, Germany
VIII Organization
Javier Garcia Blas Carlos III University of Madrid, Spain

Ann Gentile Sandia National Laboratories, USA
Adrian Jackson The University of Edinburgh, UK
Michael Kluge TU Dresden, Germany
Jay Lofstead Sandia National Laboratories, USA
George Markomanolis KAUST, Saudi Arabia
Tiago Quintino ECMWF, UK
Rob Ross Argonne National Laboratory, USA
Brad Settleyer Los Alamos National Laboratory, USA
Feiyi Wang Oak Ridge National Laboratory, USA
Bing Xie Oak Ridge National Laboratory, USA
Workshop on Performance and Scalability of Storage Systems

(WOPSSS 2018)
Jean-Thomas Acquaviva DDN, France
Jalil Boukhobza University of Bretagne Occidentale, France
Phlippe Deniel CEA/DIF, France
Pedro Javier García University of LaMurcia-Castilla, Spain
Massimo Lamanna CERN, Switzerland
Allen Malony University of Oregon, USA
Program Committee
Julien Bigot CEA, France
André Brinkmann Mainz University, Germany
Jason Chun Xue City University of Hong Kong, SAR China
Stefano Cozzini CNR, Italy
Kaoutar El Maghraoui IBM, USA
Jesus Escudero-Sahuquillo University of Castilla-La Mancha, Spain
Maria E. Gomez Polytechnic University of Valencia, Spain
Pilar Gonzalez Ferez Universidad de Murcia, Spain
Denis Gutfreund ATOS, France
J-Charles Lafoucrière CEA, France
Duo Liu Chongqing University, China
Manolis Marazakis ICS-FORTH, Greece
Lars Nagel Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Germany
Ramon Nou Barcelona Supercomputing Center, Spain
Franz-Josef Pfreundt Fraunhofer ITWM, Germany
Juan Piernas Cánovas Universidad de Murcia, Spain
Rekha Singhal Tata Consultancy Services, India
Josef Weidendorfer TU Munich, Germany
Soraya Zertal University of Versailles, France
Organization IX
13th Workshop on Virtualization in High-Performance Cloud

Computing (VHPC 2018)
Michael Alexander (Chair) Institute of Science and Technology, Austria
Anastassios Nanos OnApp, UK
(Co-chair)
Romeo Kienzler (Co-chair) IBM, Switzerland
Program Committee
Stergios Anastasiadis University of Ioannina, Greece
Jakob Blomer CERN, Europe
Eduardo César Universidad Autonoma de Barcelona, Spain
Stephen Crago USC ISI, USA
Tommaso Cucinotta St. Anna School of Advanced Studies, Italy
Christoffer Dall Columbia University, USA
Patrick Dreher MIT, USA
Kyle Hale Northwestern University, USA
Brian Kocoloski University of Pittsburgh, USA
Uday Kurkure VMware, USA
Nectarios Koziris National Technical University of Athens, Greece
John Lange University of Pittsburgh, USA
Giuseppe Lettieri University of Pisa, Italy
Qing Liu Oak Ridge National Laboratory, USA
Nikos Parlavantzas INSA Rennes, France
Kevin Pedretti Sandia National Laboratories, USA
Amer Qouneh Western New England University, USA
Carlos Reaño Technical University of Valencia, Spain
Borja Sotomayor University of Chicago, USA
Craig Stewart Indiana University, USA
Anata Tiwari San Diego Supercomputer Center, USA
Kurt Tutschku Blekinge Institute of Technology, Sweden
Yasuhiro Watashiba Osaka University, Japan
Chao-Tung Yang Tunghai University, Taiwan
Andrew Younge Sandia National Laboratory, USA
Na Zhang VMware, USA
Third International Workshop on in Situ Visualization:

Introduction and Applications (WOIV 2018)
Kenneth Moreland Sandia National Laboratories, USA
Guido Reina University of Stuttgart, Germany
Thomas Theussl KAUST, Saudi Arabia
Tom Vierjahn RWTH Aachen University, Germany
X Organization
Program Committee
Bartosz Borucki University of Warsaw, Poland
Hadrien Calmet Barcelona Supercomputing Center, Spain
Hank Childs University of Oregon, USA
Steffen Frey University of Stuttgart, Germany
Jens Henrik Göbbert Forschungszentrum Jülich GmbH, Germany
Bernd Hentschel RWTH Aachen University, Germany
Glendon Holst KAUST, Saudi Arabia
Julien Jomier Kitware, France
Joanna Leng University of Leeds, UK
Kenneth Moreland Sandia National Laboratories, USA
Benson Muite University of Tartu, Estonia
Joachim Pouderoux Kitware, France
Thomas Theussl KAUST, Saudi Arabia
Tom Vierjahn RWTH Aachen University, Germany
Gunther Weber Lawrence Berkeley National Lab, USA
Ahmed Zawawi Saudi Aramco, Saudi Arabia
4th International Workshop on Communication Architectures

for HPC, Big Data, Deep Learning and Clouds at Extreme Scale
(ExaComm 2018)
Hari Subramoni Ohio State University, USA
Dhabaleswar K. Panda Ohio State University, USA
Program Committee
Taisuke Boku University of Tsukuba, Japan
Ron Brightwell Sandia National Laboratories, USA
Hans Eberle NVIDIA, Germany
Ada Gavrilovska Georgia Tech, USA
Brice Goglin Inria, France
Dror Goldenberg Mellanox Technologies, Israel
R. Govindarajan Indian Institute of Science, Bangalore, India
Ryan Grant Sandia National Laboratories, USA
Hai Jin Huazhong University of Science and Technology,
China
Sven Karlsson Technical University of Denmark, Denmark
Takeshi Nanri University of Kyushu, Japan
Dimitrios Nikolopoulos Queen’s University of Belfast, UK
Antonio Pena Barcelona Supercomputing Center, Spain
Sebastien Rumley Columbia University, USA
Smruti Ranjan Sarangi Indian Institute of Technology, Delhi, India
Martin Schulz Lawrence Livermore National Laboratory, USA
Organization XI

Tor Skeie Simula Research Laboratory, Norway
Sayantan Sur Intel, USA
Xin Yuan Florida State University, USA
Jidong Zhai Tsinghua University, China
International Workshop on OpenPOWER for HPC (IWOPH 2018)

Jack Wells Oak Ridge National Laboratory, USA
Dirk Pleiter Jülich Supercomputing Centre, Germany
Program Committee
Zaid Al-Ars TU Delft, The Netherlands
Manuel Arenaz University of Coruña/Appentra, Spain
Hugh Blemings OpenPOWER Foundation, USA
Carlo Cavazzoni CINECA, Italy
Sunita Chandrasekaran University of Delaware, USA
Barbara Chapman Stony Brook University, USA
Norbert Eicker Jülich Supercomputing Centre, Germany
Christoph Hagleitner IBM Research, Switzerland
Oscar Hernandez (Co-chair) Oak Ridge National Laborator, USA
Peter Hofstee IBM, USA
Wen-Mei Hwu University of Illinois, USA
Guido Juckeland TU Dresden, Germany
Graham Lopez (Co-chair) Oak Ridge National Laboratory, USA
Barney Maccabe Oak Ridge National Laboratory, USA
Marek Michaelewicz University of Warsaw, Poland
Rob Neely Lawrence Livermore National Laboratory, USA
Duncan Poole NVIDIA, USA
Stéphane Requena GENCI, France
Vivek Sarkar Rice University, USA
Fabio Schifano University of Ferrara, Italy
Jim Sexton IBM, USA
Gilad Shainer Mellanox, Israel
Tjerk Straatsma Oak Ridge National Laboratory, USA
Bronis de Supinski Lawrence Livermore National Laboratory, USA
Michael Wolfe NVIDIA/PGI, USA
Malgorzata Zimon IBM Research, UK
XII Organization
IXPUG Workshop: Many-Core Computing on Intel Processors:

Applications, Performance and Best-Practice Solutions
David Martin Argonne National Laboratory, USA
John Pennycook Intel, USA
Thomas Steinke ZIB, Germany
Estela Suarez Jülich Supercomputing Centre, Germany
Program Committee
Damian Alvarez-Mallon Jülich Supercomputing Centre, Germany
Taisuke Boku University of Tsukuba, Japan
Jeanine Cook Sandia National Laboratories, USA
Douglas Doerfler NERSC and Lawrence Berkeley National Laboratory,
USA
Richard Gerber Lawrence Berkeley National Laboratory and NERSC,
USA
Clay Hughes Sandia National Laboratories, USA
Juha Jaykka The University of Cambridge, UK
Michael Klemm Intel, Germany
David Martin Argonne National Laboratory, USA
Simon McIntosh-Smith Bristol University, UK
Kent Milfeld TACC, USA
Hai Ah Nam Los Alamos National Laboratory, USA
Hideki Saito Intel, USA
Thomas Steinke ZIB, Germany
Estela Suarez Jülich Supercomputing Centre, Germany
Vit Vondrak Technical University of Ostrava, Czech Republic
Zhengji Zhao Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
Workshop on Sustainable Ultrascale Computing Systems

Jesus Carretero Carlos III University of Madrid, Spain
Program Committee
Carlos Jaime Barrios Universidad Industrial de Santander, Colombia
Angelos Bilas ICS FORTH, Greece
Harold Castr Universidad de los Andes, Colombia
F. Javier García-Blas Carlos III University of Madrid, Spain
J. Daniel Garcia Carlos III University of Madrid, Spain
Alexey Lastoveysky University College, Ireland
Laurent Lefevre Ecole Normale Superiour Lyon, France
Organization XIII
Svetozar Margenov Bulgarian Academy of Science, Bulgaria

Radu Prodan Alpen-Adria University of Klagenfurt, Austria
Gudula Ruenger Technical University Chemnitz, Germany
Leonel Sousa INESC Lisbon, Portugal
Xavier Vigoroux ATOS-BULL, France
Vladimir Voevodin Lomonosov Moscow State University, Russia
Zhiyi Huang University of Otago, New Zealand
Approximate and Transprecision Computing on Emerging

Technologies (ATCET 2018)
Cristiano Malossi IBM Research GmbH, Switzerland
Costas Bekas IBM Research GmbH, Switzerland
Luca Benini ETH Zürich, Switzerland
Enrique S. Quintana Ortí Jaume I University, Spain
Dimitrios S. Nikolopoulos The Queen’s University of Belfast, UK
Program Committee
Mahwish Arif Queen’s University of Belfast, UK
Henry-Pierre Charles CEA, France
Dionysios Diamantopoulos IBM Research, Switzerland
Andrew Emerson CINECA, Italy
Luca Gammaitoni University of Perugia, Italy
Frank K. Gurkaynak ETH Zurich, Switzerland
Corine Lamagdeleine GreenWaves Technologies, France
Michela Milano University of Bologna, Italy
Andres Tomas-Dominguez Jaume I University, Spain
Norbert Wehn University of Kaiserslautern, Germany
First Workshop on the Convergence of Large-Scale Simulation

and Artificial Intelligence
Christoph Angerer NVIDIA, Germany
Axel Köhler NVIDIA, Germany
Program Committee
Christoph Angerer NVIDIA, Germany
Peter Dueben ECMWF, UK
Axel Köhler NVIDIA, Germany
Peter Messmer NVIDIA, Switzerland
Christian Sigg Google, Switzerland
Jean-Roch Vlimant California Institute of Technology, USA
XIV Organization
Third Workshop for Open Source Supercomputing

(OpenSuCo 2018)
Anastasiia Butko Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
David Donofrio Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
Farzad Fatollahi-Fard Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
John Leidel Texas Tech University and Tactical Computing Labs,
USA
Program Committee
Anastasiia Butko Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
David Donofrio Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
Glen Edwards Micron Technology, Inc., USA
Farzad Fatollahi-Fard Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
Kurt Keville Massachusetts Institute of Technology, USA
John Leidel Texas Tech University and Tactical Computing Labs,
USA
Martin Schulz TU Munich, Germany
Noel Wheeler Laboratory of Physical Science, USA
Sam Williams Lawrence Berkeley National Laboratory, USA
First Workshop on Interactive High-Performance Computing

Organizing/Program Committee
Peter Messmer NVIDIA, Switzerland
Sadaf Alam Swiss National Supercomputing Centre, Switzerland
Albert Reuther MIT Lincoln Laboratory, USA
Michael Ringenburg Cray, USA
John Stone University of Illinois at Urbana-Champaign, USA
Third International Workshop on Performance Portable

Programming Models for Accelerators (P^3MA 2018)
Graham Lopez Oak Ridge National Laboratory, USA
Organization XV
Program Committee
Amit Amritkar University of Houston, USA
Sridutt Bhalachandra Argonne National Laboratory, USA
Kyle Friedline University of Delaware, USA
Axel Huebl Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf and TU
Dresden, Germany
Adrian Jackson The University of Edinburgh, UK
John Leidel Texas Tech University, USA
Antonio J. Peña Barcelona Supercomputing Center, Spain
Swaroop Pophale Oak Ridge National Laboratory, USA
Suraj Prabhakaran Intel, USA
Robert Searles University of Delaware, USA
Ray Sheppard Indiana University Bloomington, USA
Xiaonan Tian NVIDIA, USA
Antonino Tumeo Politecnico di Milano, Italy
Cheng Wang University of Houston, USA
Sandra Wienke RWTH Aachen University, Germany
Rengan Xu Dell EMC, USA
Contents
HPC I/O in the Data Center Workshop (HPC-IODC 2018)
Analyzing the I/O Scalability of a Parallel Particle-in-Cell Code . . . . . . . . . . 9

Sandra Mendez, Nicolay J. Hammer, and Anupam Karmakar
Cost and Performance Modeling for Earth System Data Management

and Beyond . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Jakob Lüttgau and Julian Kunkel
I/O Interference Alleviation on Parallel File Systems Using Server-Side

QoS-Based Load-Balancing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Yuichi Tsujita, Yoshitaka Furutani, Hajime Hida, Keiji Yamamoto,
Atsuya Uno, and Fumichika Sueyasu
Tools for Analyzing Parallel I/O . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

Julian Martin Kunkel, Eugen Betke, Matt Bryson, Philip Carns,
Rosemary Francis, Wolfgang Frings, Roland Laifer, and Sandra Mendez
Workshop on Performance and Scalability of Storage

Systems (WOPSSS 2018)
Understanding Metadata Latency with MDWorkbench . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

Julian Martin Kunkel and George S. Markomanolis
From Application to Disk: Tracing I/O Through the Big Data Stack . . . . . . . 89
Robert Schmidtke, Florian Schintke, and Thorsten Schütt
IOscope: A Flexible I/O Tracer for Workloads’

I/O Pattern Characterization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Abdulqawi Saif, Lucas Nussbaum, and Ye-Qiong Song
Exploring Scientific Application Performance

Using Large Scale Object Storage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
Steven Wei-der Chien, Stefano Markidis, Rami Karim, Erwin Laure,
and Sai Narasimhamurthy
Benefit of DDN’s IME-FUSE for I/O Intensive HPC Applications . . . . . . . . 131

Eugen Betke and Julian Kunkel
Performance Study of Non-volatile Memories

on a High-End Supercomputer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Leonardo Bautista Gomez, Kai Keller, and Osman Unsal
XVIII Contents
Self-optimization Strategy for IO Accelerator Parameterization . . . . . . . . . . . 157

Lionel Vincent, Mamady Nabe, and Gaël Goret
13th Workshop on Virtualization in High-Performance Cloud

Computing (VHPC 2018)
utmem: Towards Memory Elasticity in Cloud Workloads . . . . . . . . . . . . . . . 173

Aimilios Tsalapatis, Stefanos Gerangelos, Stratos Psomadakis,
Konstantinos Papazafeiropoulos, and Nectarios Koziris
Efficient Live Migration of Linux Containers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184

Radostin Stoyanov and Martin J. Kollingbaum
Third International Workshop on In Situ Visualization: Introduction

and Applications (WOIV 2018)
Coupling the Uintah Framework and the VisIt Toolkit for Parallel In Situ
Data Analysis and Visualization and Computational Steering . . . . . . . . . . . . 201
Allen Sanderson, Alan Humphrey, John Schmidt, and Robert Sisneros
Binning Based Data Reduction for Vector Field Data

of a Particle-In-Cell Fusion Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
James Kress, Jong Choi, Scott Klasky, Michael Churchill,
Hank Childs, and David Pugmire
In Situ Analysis and Visualization of Fusion Simulations:

Lessons Learned . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230
Mark Kim, James Kress, Jong Choi, Norbert Podhorszki, Scott Klasky,
Matthew Wolf, Kshitij Mehta, Kevin Huck, Berk Geveci, Sujin Phillip,
Robert Maynard, Hanqi Guo, Tom Peterka, Kenneth Moreland,
Choong-Seock Chang, Julien Dominski, Michael Churchill,
and David Pugmire
Design of a Flexible In Situ Framework with a Temporal Buffer

for Data Processing and Visualization of Time-Varying Datasets. . . . . . . . . . 243
Kenji Ono, Jorji Nonaka, Hiroyuki Yoshikawa, Takeshi Nanri,
Yoshiyuki Morie, Tomohiro Kawanabe, and Fumiyoshi Shoji
Streaming Live Neuronal Simulation Data into Visualization and Analysis . . . 258
Simon Oehrl, Jan Müller, Jan Schnathmeier, Jochen Martin Eppler,
Alexander Peyser, Hans Ekkehard Plesser, Benjamin Weyers,
Bernd Hentschel, Torsten W. Kuhlen, and Tom Vierjahn
Enabling Explorative Visualization with Full Temporal Resolution

via In Situ Calculation of Temporal Intervals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
Nicole Marsaglia, Shaomeng Li, and Hank Childs
Contents XIX
In-Situ Visualization of Solver Residual Fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294

Kai Sdeo, Boyan Zheng, Marian Piatkowski, and Filip Sadlo
An In-Situ Visualization Approach for the K Computer

Using Mesa 3D and KVS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
Kengo Hayashi, Naohisa Sakamoto, Jorji Nonaka, Motohiko Matsuda,
and Fumiyoshi Shoji
4th International Workshop on Communication Architectures

for HPC, Big Data, Deep Learning and Clouds at Extreme Scale
(ExaComm 2018)
Comparing Controlflow and Dataflow for Tensor Calculus:

Speed, Power, Complexity, and MTBF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
Milos Kotlar and Veljko Milutinovic
Supercomputer in a Laptop: Distributed Application

and Runtime Development via Architecture Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . 347
Samuel Knight, Joseph P. Kenny, and Jeremiah J. Wilke
International Workshop on OpenPOWER for HPC 2018

(IWOPH 2018)
CGYRO Performance on Power9 CPUs and Volta GPUs. . . . . . . . . . . . . . . 365

I. Sfiligoi, J. Candy, and M. Kostuk
A 64-GB Sort at 28 GB/s on a 4-GPU POWER9 Node

for Uniformly-Distributed 16-Byte Records with 8-Byte Keys. . . . . . . . . . . . 373
Gordon C. Fossum, Ting Wang, and H. Peter Hofstee
Early Experience on Running OpenStaPLE on DAVIDE . . . . . . . . . . . . . . . 387

Claudio Bonati, Enrico Calore, Massimo D’Elia, Michele Mesiti,
Francesco Negro, Sebastiano Fabio Schifano, Giorgio Silvi,
and Raffaele Tripiccione
Porting and Benchmarking of BWAKIT Pipeline

on OpenPOWER Architecture. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 402
Nagarajan Kathiresan, Rashid Al-Ali, Puthen Jithesh,
Ganesan Narayanasamy, and Zaid Al-Ars
Improving Performance and Energy Efficiency on OpenPower Systems

Using Scalable Hardware-Software Co-design. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 411
Miloš Puzović, Vadim Elisseev, Kirk Jordan, James Mcdonagh,
Alexander Harrison, and Robert Sawko
XX Contents
Porting DMRG++ Scientific Application to OpenPOWER . . . . . . . . . . . . . . 418

Arghya Chatterjee, Gonzalo Alvarez, Eduardo D’Azevedo,
Wael Elwasif, Oscar Hernandez, and Vivek Sarkar
Job Management with mpi_jm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 432

Evan Berkowitz, Gustav Jansen, Kenneth McElvain,
and André Walker-Loud
Compile-Time Library Call Detection Using CAASCADE and XALT . . . . . . 440

Jisheng Zhao, Oscar R. Hernandez, Reuben D. Budiardja,
M. Graham Lopez, Vivek Sarkar, and Jack C. Wells
NUMA-Aware Data-Transfer Measurements for Power/NVLink

Multi-GPU Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 448
Carl Pearson, I-Hsin Chung, Zehra Sura, Wen-Mei Hwu,
and Jinjun Xiong
IXPUG Workshop: Many-Core Computing on Intel Processors:

Applications, Performance and Best-Practice Solutions
Sparse CSB_Coo Matrix-Vector and Matrix-Matrix Performance

on Intel Xeon Architectures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 463
Brandon Cook, Charlene Yang, Thorsten Kurth, and Jack Deslippe
Lessons Learned from Optimizing Kernels for Adaptive Aggregation

Multi-grid Solvers in Lattice QCD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 472
Bálint Joó and Thorsten Kurth
Distributed Training of Generative Adversarial Networks

for Fast Detector Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487
Sofia Vallecorsa, Federico Carminati, Gulrukh Khattak,
Damian Podareanu, Valeriu Codreanu, Vikram Saletore,
and Hans Pabst
Workshop on Sustainable Ultrascale Computing Systems
Cache-Aware Roofline Model and Medical Image

Processing Optimizations in GPUs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 509
Estefania Serrano, Aleksandar Ilic, Leonel Sousa,
Javier Garcia-Blas, and Jesus Carretero
How Pre-multicore Methods and Algorithms Perform in Multicore Era . . . . . 527

Alexey Lastovetsky, Muhammad Fahad, Hamidreza Khaleghzadeh,
Semyon Khokhriakov, Ravi Reddy, Arsalan Shahid, Lukasz Szustak,
and Roman Wyrzykowski
Contents XXI
Approximate and Transprecision Computing on Emerging

Technologies (ATCET 2018)
Impact of Approximate Memory Data Allocation on a H.264

Software Video Encoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 545
Giulia Stazi, Lorenzo Adani, Antonio Mastrandrea, Mauro Olivieri,
and Francesco Menichelli
Residual Replacement in Mixed-Precision Iterative Refinement

for Sparse Linear Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 554
Hartwig Anzt, Goran Flegar, Vedran Novaković,
Enrique S. Quintana-Ortí, and Andrés E. Tomás
Training Deep Neural Networks with Low Precision Input Data:

A Hurricane Prediction Case Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562
Albert Kahira, Leonardo Bautista Gomez, and Rosa M. Badia
A Transparent View on Approximate Computing Methods

for Tuning Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 570
Michael Bromberger and Wolfgang Karl
Exploring the Effects of Code Optimizations on CPU Frequency Margins . . . 579

Konstantinos Parasyris, Nikolaos Bellas, Christos D. Antonopoulos,
and Spyros Lalis
First Workshop on the Convergence of Large-Scale Simulation

and Artificial Intelligence
Taking Gradients Through Experiments: LSTMs and Memory Proximal

Policy Optimization for Black-Box Quantum Control . . . . . . . . . . . . . . . . . 591
Moritz August and José Miguel Hernández-Lobato
Towards Prediction of Turbulent Flows at High Reynolds Numbers

Using High Performance Computing Data and Deep Learning . . . . . . . . . . . 614
Mathis Bode, Michael Gauding, Jens Henrik Göbbert, Baohao Liao,
Jenia Jitsev, and Heinz Pitsch
Third Workshop for Open Source Supercomputing (OpenSuCo 2018)
Using a Graph Visualization Tool for Parallel Program Dynamic

Visualization and Communication Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 627
Denise Stringhini, Pedro Spoljaric Gomes, and Alvaro Fazenda
Offloading C++17 Parallel STL on System Shared Virtual

Memory Platforms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 637
Pekka Jääskeläinen, John Glossner, Martin Jambor, Aleksi Tervo,
and Matti Rintala
XXII Contents
First Workshop on Interactive High-Performance Computing
Lessons Learned from a Decade of Providing Interactive, On-Demand

High Performance Computing to Scientists and Engineers . . . . . . . . . . . . . . 655
Julia Mullen, Albert Reuther, William Arcand, Bill Bergeron,
David Bestor, Chansup Byun, Vijay Gadepally, Michael Houle,
Matthew Hubbell, Michael Jones, Anna Klein, Peter Michaleas,
Lauren Milechin, Andrew Prout, Antonio Rosa, Siddharth Samsi,
Charles Yee, and Jeremy Kepner
Enabling Interactive Supercomputing at JSC Lessons Learned . . . . . . . . . . . 669

Jens Henrik Göbbert, Tim Kreuzer, Alice Grosch, Andreas Lintermann,
and Morris Riedel
Interactive Distributed Deep Learning with Jupyter Notebooks . . . . . . . . . . . 678

Steve Farrell, Aaron Vose, Oliver Evans, Matthew Henderson,
Shreyas Cholia, Fernando Pérez, Wahid Bhimji, Shane Canon,
Rollin Thomas, and Prabhat
Third International Workshop on Performance Portable

Programming Models for Accelerators (Pˆ3MA 2018)
Performance Portability of Earth System Models with User-Controlled

GGDML Code Translation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 693
Nabeeh Jum’ah and Julian Kunkel
Evaluating Performance Portability of Accelerator Programming Models

using SPEC ACCEL 1.2 Benchmarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 711
Swen Boehm, Swaroop Pophale, Verónica G. Vergara Larrea,
and Oscar Hernandez
A Beginner’s Guide to Estimating and Improving Performance Portability . . . 724

Henk Dreuning, Roel Heirman, and Ana Lucia Varbanescu
Profiling and Debugging Support for the Kokkos Programming Model . . . . . 743
Simon D. Hammond, Christian R. Trott, Daniel Ibanez,
and Daniel Sunderland
Author Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 755

HPC I/O in the Data Center Workshop
(HPC-IODC 2018)
HPC I/O in the Data Center Workshop
(HPC-IODC 2018)
Julian M. Kunkel1,2, and Jay Lofstead1,2

1
University of Reading
Whiteknights
Reading RG6 6AY, UK
j.m.kunkel@reading.ac.uk
2
Center for Computing Research
Sandia National Laboratories
Albuquerque, USA
1 Introduction
Many public and privately funded data centers host supercomputers for running large
scale simulations and analyzing experimental and observational data. These super-
computers run usually tightly coupled parallel applications that require hardware
components that deliver the best performance. In contrast, commercial data centers,
such as Facebook and Google, execute loosely coupled workloads with a broad
assumption of regular failures. The dimension of the data centers is enormous. A 2013
article summarizes commercial data centers’ dimensions [7]. It estimates, for example,
that Facebook hosts around 100 PB of storage and Google and Microsoft manage
around 1 million servers each – although the hardware is split among several physical
data centers – a modus operandi not suitable for HPC centers. With the hunger for
information, the globally installed storage capacity increases exponentially and is
expected to hit 7,235 Exabytes by 2017 [4]. This trend is visible in the sales reports of
companies such as the disk drive manufacturer Seagate. Within 5 years, they shipped 1
billion HDDs, which means 700.000 units every day [6]. With state-of-the-art 8 TB
disks, this would already account for 5.5 exabyte of capacity by day.
Management of the huge amount of data is vital for effective use of the contained
information. However, with limited budgets, it is a daunting task for data center
operators, especially as design and storage system required hardware depends heavily
on the executed workloads. A co-factor of the increasing difficulty is the increase in
complexity of the storage hierarchy with the adoption of SSD and memory class
storage technology. The US Department of Energy recognizes the importance of data
management, listing it among the top 10 research challenges for Exascale [5].
There are several initiatives, consortia and special tracks in conferences that target
RD&E audiences. Examples are the Storage Networking Industry Association (SNIA)
for enterprises, the Big Data and Extreme-Scale Computing (BDEC) initiative1,
1
http://www.exascale.org/bdec/.
HPC I/O in the Data Center Workshop (HPC-IODC 2018) 3
the Exascale10 workgroup [2], the Parallel Data Storage Workshop/Data Intensive
Scalable Computing Systems (PDSW-DISCS) and the HEC FSIO workshop [1].
There are many I/O workloads studies and performance analysis reports for parallel
I/O available. Additionally, many surveys of enterprise technology usage include
predictions of analysis for future storage technology and the storage market such as [3].
However, analysis conducted for HPC typically focuses on applications and not on the
data center perspective. Information about data center operational aspects is usually
described in file system specific user groups and meetings or described partially in
research papers as part of the evaluation environment.
In this workshop, we bring together I/O experts from data centers and application
workflows to share current practices for scientific workflows, issues and obstacles for
both hardware and the software stack, and R&D to overcome these issues. This year,
we worked closely together with the Workshop on Performance and Scalability of
Storage Systems (WOPSSS) in respect to the overall agenda organization and planned a
joint morning session and split into two separate workshops in the afternoon.
2 Organization of the Workshop
The workshop was organized by
– Julian Kunkel, University of Reading, UK

– Jay Lofstead, Sandia National Lab, USA
The workshop is supported by the Centre of Excellence in Simulation of Weather
and Climate in Europe (ESiWACE) and the Virtual Institute for I/O (VI4IO)2.
The workshop covered three tracks:
– Research paper presentations – authors needed to submit a paper regarding rel-

evant research for I/O in the datacenter.
– Talks from I/O experts – authors needed to submit a rough outline for the talk
related to the operational aspects of the data center.
– A moderated discussion to identify key issues and potential solutions in the
community.
The CFP has been issued beginning of January. Important deadlines were:
– Submission deadline: 2018-04-19 AoE

– Author notification: 2018-05-04
– Workshop: 2018-06-28
– Camera-ready papers: 2018-07-28
From all submissions, the program committee selected four talks from I/O experts
and four research papers for presentation during the workshop.
2
http://vi4io.org.
4 J. M. Kunkel and J. Lofstead
2.1 Program Committee

Adrian Jackson The University of Edinburgh
Ann Gentile Sandia National Laboratories
Bing Xie Oak Ridge National Lab
Brad Settleyer Los Alamos National Laboratory
Feiyi Wang Oak Ridge National Lab
George Markomanolis King Abdullah University of Science and Technology
Javier Garcia Blas University Carlos III of Madrid
Jay Lofstead Sandia National Lab
Jean-Thomas Acquaviva DDN
Jim Brandt Sandia National Laboratories
Julian Kunkel DKRZ
Matt Bryson University of California, Santa Cruz
Michael Kluge TU Dresden
Rob Ross Argonne National Laboratory
Sandro Fiore CMCC
Suren Byna Lawrence Berkeley National Laboratory
Sven Breuner ThinkparQ
Thomas Boenisch HLRS
Tiago Quintino ECMWF
Wolfgang Frings Jülich Supercomputing Center
3 Workshop Summary
Throughout the day, on average more than 40 participants attended the workshop. At a
detailed level, we peaked at the following attendance in each of the four sessions (the
first two shared with WOPSSS).
– First Session: 50
– After Morning Break: 45
– After Lunch: 30
– After Afternoon Break: 33
We had a good mix of talks from I/O experts, data center relevant research and two
discussion sessions. A short summary of the presentations is given in the following.
The slides of the presentations are available on the workshop’s webpage: https://hps.
vi4io.org/events/2018/iodc.
After a joint welcome message of HPC-IODC with WOPSSS, an invited keynote
was given by Phil Carns (Argonne National Laboratory). In his talk “Understanding
and Tuning HPC I/O”, the OODA (Observe, Orient, Decide, and Act) loop was used to
structure and illustrate challenges and tools in respect to I/O monitoring and analysis.
3.1 Research Papers

We received 10 research paper submissions, of which we accepted three papers for
presentation and publication. Additionally, since analyzing and understanding I/O
behavior and achieving consistent performance is still the top priority for researchers
and data centers, we invited a community paper about Tools for Analyzing I/O.
The research session covered these papers:
– I/O Interference Alleviation on Parallel File Systems Using Server-Side QoS-

Based Load-Balancing by Yuichi Tsujita, Yoshitaka Furutani, Hajime Hida, Keiji
Yamamoto, Atsuya Uno, and Fumichika Sueyasu. Yuichi Tsujita gave an overview
of the K computer and described the data staging methods to improve I/O perfor-
mance. A slow metadata performance during the staging procedure was investigated
by analyzing various statistics from the metadata server. To improve the behavior of
the system, a quality-of-service using fair-share was introduced at the server and
analyzed.
– Analyzing the I/O scalability of a Particle-in-Cell parallel code by Sandra
Mendez, Nicolay Hammer, and Anupam Karmakar. In the talk, Sandra described
the systems at LRZ, the PiC code for which the performance analysis study was
made. The authors modeled exhibited application behavior mathematically to
understand the relation between assessed performance and application activity
better.
– Cost and Performance Modeling for Earth System Data Management and
Beyond by Jakob Luettgau and Julian Kunkel. In the talk, example graph based and
tabular models for communicating and visualizing system characteristics were
introduced. The notion of the talk was to identify possibilities to standardize such
visualizations and discuss the potential benefits.
3.2 Talks from Experts

The following talks from experts included some basic information about the site and
typical application profiles but focuses on information regarding I/O tools and strate-
gies applied to mitigate the pressing issues.
– First, Lionel Vincent introduced a strategy from Bull for Self-Optimized Strategy
for IO Accelerator Parametrization. In this approach, the system learns to set
tuning parameters that are unspecified by users. A gradient-free optimization
method is used to determine the next candidate value for a parameter.
– Next, Patrick Widener talked about Addressing data center storage diversity for
high-performance computing applications using Faodel. As data management
service, it acts as a middleware between asynchronous or bulk-sychronous appli-
cations, resource manager, analysis, and data caching. The design and architecture
is described together with use-cases.
– Then, Glenn Lockwood spoke about Planning for the Future of Storage for
HPC: 2020, 2025, and Beyond for NERSC. Firstly, the current and planned
infrastructure is introduced. An overall roadmap of NERSC is described discussing
6 J. M. Kunkel and J. Lofstead
issues with the current and future storage hierarchy alongside with technological
trends.
– Next, Stephen Simms described a collaboration with DDN for Lustre-On-ZFS.
After praising the benefits of ZFS a performance study is conducted. It turned out,
that LDISKFS has compared to ZFS still a performance advantage in terms of the
metadata operations getattr and setattr.
– Next, Simon Smart described the Development of a high-performance dis-
tributed object-store for Numerical Weather Prediction and Climate model
data. After describing the ECMWF workflow, the MARS database is introduced
that allows scientists to address data using scientific metadata from a fixed catalog.
Additional insight about the usage of NVM is provided.
– Finally, Juan R. Herrera introduced approaches for Exploiting Nonvolatile mem-
ory for HPC. The talk illustrated the NextGenIO project which utilizing new
hardware technology develops tools for analyzing I/O.
3.3 Discussion Sessions

The major distinguishing feature for this workshop compared to other venues is the
discussion rounds. The opportunity for themed, open discussions about issues both
pressing and relevant to the data center community facilitates sharing experiences,
solutions, and problems.
In a first discussion, we focused on the possible community development of next
generation semantic interfaces. Julian Kunkel provoked the community with a pre-
sentation about a possible approach that follows the successful approach of MPI which
lead to a discussion how such a goal could be achieved. The community page is
launched and supported by VI4IO, see https://ngi.vi4io.org. In the announced morning
discussion, various topics have been briefly discussed.
In the afternoon discussion, we focused on community benchmark acceptance for
newer workloads. For example, IOR and mdtest are both accepted as “good enough” to
represent scale up workloads (Modeling and Simulation). For scale out workloads (e.g.,
data analytics), there are a variety of benchmarks, but no good exemplars that can
represent a wide variety of workloads. The discussion generated the following ideas:
– Pynamic - because lots of Python is loaded on start for the analytics apps load. Lots
of opens and closes for the Python packages. This is important when providing
software on the storage.
– MDWorkbench - metadata latency testing tool
– LMDB - machine learning (MMAP IO)
– DASK - out of core Panda Frames (machine learning toolkits data representations)
– Graph 500
– Miraculus - Glen does not recommend
– BLAST IOR trace - pattern matching genomics
– Seven dwarves of data anaytics - mostly compute
Other thoughts brought up were:

Good idea: collect open source educational tools, but might be too specific to a site.
Is there a good public available IO tutorial?
ATPESC has ANL IO tutorial materials, to a large degree.
How to run IO-5003 when it is a shared storage array for the data center rather than
just full access for a platform?
Splitting across platforms or just from a single platform?
These ideas will be incorporated into the IO-500 site as a guide for evaluating
platform performance.
References
1. Bancroft, M., Bent, J., Felix, E., Grider, G., Nunez, J., Poole, S., Ross, R., Salmon, E., Ward,
L.: Hec fsio 2008 workshop report. In: High End Computing Interagency Working Group
(HECIWG), Sponsored File Systems and I/O Workshop HEC FSIO (2009)
2. Brinkmann, A., Cortes, T., Falter, H., Kunkel, J., Narasimhamurthy, S.: E10 – Exascale IO,
June 2014
3. IDC: Enterprise storage services survey. http://www.idc.com/getdoc.jsp?containerId=254468
4. International Data Corporation. http://www.businesswire.com/news/home/20131021005243/
en/IDCs-Outlook-Data-Byte-Density-Globe-Big
5. Lucas, R., Committee members: Top ten exascale research challenges, February 2014. http://
science.energy.gov/*/media/ascr/ascac/pdf/meetings/20140210/Top10reportFEB14.pdf
6. Seagate: Storage Solutions Guide. http://www.seagate.com/files/www-content/product-
content/_cross-product/en-us/docs/seagate-storage-and-application-guide-apac.pdf
7. StorageServers Blog: Facts and stats of world’s largest data centers, July 2013. https://
storageservers.wordpress.com/2013/07/17/facts-and-stats-of-worlds-largest-data-centers/
3
For the IO-500 benchmark, see http://io500.org.
Analyzing the I/O Scalability of a Parallel
Particle-in-Cell Code
Sandra Mendez(B) , Nicolay J. Hammer, and Anupam Karmakar
High Performance Systems Division, Leibniz Supercomputing Centre (LRZ) of the

Bavarian Academy of Sciences and Humanities, 85748 Garching bei München,
Germany
sandra.mendez@lrz.de
Abstract. Understanding the I/O behavior of parallel applications is

fundamental both to optimize and propose tuning strategies for improv-
ing the I/O performance. In this paper we present the outcome of an I/O
optimization project carried out for the parallel astrophysical Plasma
Physics application Acronym, a well-tested particle-in-cell code for
astrophysical simulations. Acronym is used on several different super-
computers in combination with the HDF5 library, providing the output
in form of self-describing files. To address the project, we did a character-
ization of the main parallel I/O sub-system operated at LRZ. Afterwards
we have applied two different strategies that improve the initial perfor-
mance, providing a solution with scalable I/O. The results obtained show
that the total application time is 4.5x faster than the original version for
the best case.
1 Introduction
The Leibniz Supercomputing Centre (LRZ) operates a Top50 HPC system,

SuperMUC [1] accessible for users in Germany and Europe. SuperMUC has a
total peak performance of 6.8 Petaflops, 500 Terabyte main memory, 20 Petabyte
external data storage, and a high speed Infiniband interconnect. LRZ has a
strong focus on user support, in order to enable users to efficiently use all com-
pute resources offered. As the installation of SuperMUC has increased LRZ’s
compute capacities, users require more efforts for the parallel I/O of their appli-
cations. Therefore, we provide support for parallel I/O optimization to enable
high I/O scalability of applications that requires to analyze the application I/O
characteristics and its interaction with the I/O system. In the case of SuperMUC,
an additional complexity arises from the large diversity of scientific applications
which are actively used on the system.
The authors thank the Acronym developer team for their contributions and the good
teamwork. Special thanks goes to Gerald Mathias for reading the manuscript and
providing valuable feedback. Computations for this project were done on SuperMUC
at LRZ, a member of the Gauss Centre for Supercomputing (GCS).
c Springer Nature Switzerland AG 2018
R. Yokota et al. (Eds.): ISC 2018 Workshops, LNCS 11203, pp. 9–22, 2018.
https://doi.org/10.1007/978-3-030-02465-9_1
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D’ailleurs, le chauffeur de M. Crawford ne me semblait pas
disposé à prendre la fuite, du moins pour l’instant.
Je résolus donc de me rendre à Green-Park. Cette nouvelle visite
au lieu du crime pouvait peut-être me réserver quelque précieuse
découverte.
Je pris ma bicyclette et pédalai à toute allure vers le cottage
Chancer.
Quand j’y arrivai, je constatai avec plaisir que rien n’avait été
sensiblement modifié dans la maison, depuis mon départ.
Seul, le corps de la victime, préalablement injecté de substances
antiseptiques, avait été transporté dans la salle de bains transformée
en local réfrigérant, aux fins d’autopsie.
J’appris même que, des trois médecins désignés pour se
prononcer sur les causes de la mort, l’un avait désiré me voir, et
m’entretenir en particulier, mais que les deux autres s’y étaient
opposés.
Pour moi, ma conviction était faite et toutes les démonstrations
de la science n’auraient pas prévalu contre elle.
Ces formalités ne me regardaient d’ailleurs aucunement.
Je descendis au jardin.
Il est, je crois, à peine besoin de dire que la semelle de la bottine
s’appliquait exactement sur l’empreinte. Je ne fus pas fâché
toutefois de n’avoir pas trop tardé à faire cette constatation. La terre
commençait à se craqueler… elle se serait à bref délai désagrégée
et cette preuve matérielle que je tenais entre les mains aurait
manqué à l’instruction. J’eusse alors été obligé d’employer le
procédé de moulage inventé par le docteur Bertillon et que nombre
de policiers ont plus d’une fois mis en pratique [6] .
[6] Voici en quoi consiste cette opération. L’empreinte
est-elle imprimée dans un terrain très sec, on la couvre
d’abord d’une tôle chauffée à blanc, puis on y verse de
l’acide stéarique. Il faut verser lentement et sans arrêt
jusqu’à ce que l’empreinte soit recouverte. On aura eu le
soin de huiler préalablement cette tôle avec un pinceau
ou du coton. On attend ensuite la complète solidification
et on enlève le moulage. Celui-ci peut alors être conservé
indéfiniment et servir ainsi, pendant la période de
l’instruction.
Je pris le personnel du cottage à témoin de la parfaite

coïncidence des formes de la bottine avec son effigie et j’instituai
solennellement, en présence des autres domestiques, le valet de
chambre parfumé surveillant de cette partie du jardin.
J’avais bien pensé pour cette petite cérémonie à me ménager le
témoignage de M. Crawford car, outre le plaisir que j’aurais eu à me
rencontrer une fois de plus avec ce gentleman, cela prévenait tout
accès de mauvaise humeur de sa part, lorsque je serais obligé de
faire arrêter son chauffeur.
Malheureusement, M. Crawford était absent de chez lui quand
j’avais quitté Broad-West.
J’allais maintenant requérir du chief-inspector de Melbourne
l’arrestation immédiate de Slang, en le priant toutefois de tenir cette
arrestation secrète afin de ne pas donner l’éveil aux complices du
bandit.
X
UNE COMPLICATION QUE JE N’AVAIS
PAS PRÉVUE
Après être retourné à Broad-West pour donner quelques

instructions à Bloxham et lui avoir adjoint un jeune homme du nom
de Frog que j’avais employé maintes fois à des filatures assez
compliquées, je pris le rapide qui me déposa sur le quai de
Melbourne à l’heure du déjeuner.
Mon but était de m’assurer que le chief-inspector, suivant la
promesse qu’il m’avait faite, s’était occupé de faire surveiller les lieux
de plaisir et les grands hôtels.
Je me rendis donc au Criterion qui est un des plus beaux
restaurants de la ville et où la clientèle est cependant fort mélangée.
Quelle ne fut pas ma stupéfaction, en entrant dans la salle à
manger du Criterion, d’y apercevoir M. Crawford.
J’allai au millionnaire, la main tendue, et il m’offrit de lui-même
une place vacante à sa table.
— Je suis, en vérité, charmé de cette rencontre, dis-je en
souriant.
— Moi de même, cher monsieur… fit M. Crawford. Et cette
enquête ? Votre assassin serait-il à Melbourne ?
— Peut-être, fis-je évasivement… c’est-à-dire qu’il est ici et
partout… mon assassin est légion…
— Vous croyez à une bande ?
— L’enquête le dira, répondis-je, fidèle à ma consigne de ne
jamais me livrer trop.
— Puissiez-vous réussir… mais déjeunons, hein ?
— Avec plaisir.
M. Crawford était un galant homme, et, je m’en aperçus, fort
beau mangeur.
Comme il en était à l’entrée, il se fit servir de nouveau toute la
première partie du menu afin de me tenir compagnie.
Je résolus d’user d’atermoiements avant d’arriver à la révélation
que je sentais d’avance devoir être mal accueillie.
— Je suis retourné au cottage… dis-je… Les médecins ont été
appelés encore une fois à se prononcer sur les causes de la mort…
l’autopsie va être pratiquée…
— Elle conclura à la congestion.
— Sans doute… mais il y a congestion et congestion… Celle qui
a déterminé la mort de M. Chancer a été, vous le savez, provoquée
mécaniquement par des coups violents appliqués sur le crâne…
— Je crois que vous êtes dans le vrai… une chose qui ne fait pas
de doute, en tout cas, c’est que l’on s’est introduit furtivement, dans
le bureau de M. Chancer.
— Je crois avoir établi ce point, en effet.
— Oui… fit M. Crawford, et j’estime qu’il faut en revenir à ce que
je vous disais avant-hier : cherchez parmi les gens de maison. Il n’y
a que quelqu’un parfaitement au courant des habitudes du défunt qui
ait pu ainsi arriver jusqu’à lui.
— Pardon, cher monsieur… il y a du vrai et du faux dans ce que
vous dites : les domestiques de M. Chancer ont pu servir
d’indicateurs, peut-être à leur insu, mais ce n’est pas un familier de
la maison qui aurait eu recours au petit « truc » que nous avons
découvert sur la sortie secrète du cabinet… il serait entré par la
porte, tout simplement.
— Que croyez-vous alors ?
— Je crois qu’un étranger renseigné sur la disposition des lieux
se sera glissé par surprise ou avec la complicité de quelqu’un
jusqu’à l’escalier dérobé et aura pu ainsi préparer son ingénieux
système de loquet à ficelle.
— Cela doit être, en effet…
J’étais charmé de voir le millionnaire abonder dans mon sens.
D’abord, c’était flatteur pour moi ; ensuite cela me facilitait la
pénible communication que j’avais à lui faire.
Je l’avais décidément converti à mes idées par la rigoureuse
logique de mes déductions.
Je décidai cependant de laisser s’achever en paix cet excellent
déjeuner, avant d’en venir aux explications délicates.
M. Crawford ne souffrit pas que je réglasse l’addition.
— Vous êtes mon hôte, mon cher Dickson, me dit-il… je vous
garde avec moi… Votre société m’est d’ailleurs trop précieuse pour
que je vous laisse ainsi aller… Voulez-vous que je vous
accompagne dans vos recherches.
J’acquiesçai d’un salut à la proposition. J’avais déjà formé, on
s’en souvient, le projet d’emmener avec moi le millionnaire, et son
absence m’avait vivement contrarié.
Le hasard le plaçait inopinément sur ma route et il avait
l’amabilité de m’offrir lui-même sa compagnie. J’étais donc servi à
souhait.
Je n’avais garde de décliner une proposition aussi flatteuse de la
part d’un homme que toute la gentry de Melbourne, en quelque
endroit qu’il parût, saluait chapeau bas.
Et puis ?… faut-il l’avouer ? Je n’étais pas fâché non plus
d’éblouir un peu mon richissime voisin en le faisant assister, phase
par phase, à la réalisation de mes hypothèses.
Je pressentais d’ailleurs que cette journée me réservait des
surprises d’où résulterait fatalement quelque coup de théâtre.
— Nous ferons, si vous le voulez bien, un tour dans la ville, me
proposa mon ami… le temps est splendide, et tout en déambulant,
vous m’exposerez plus librement qu’ici vos projets et les résultats
déjà acquis de votre tactique…
Et pour justifier ces paroles, il me désignait d’un signe de menton
un monsieur de mine assez correcte, portant des favoris à
l’autrichienne et qui nous décochait de temps à autre un petit coup
d’œil furtif.
Le millionnaire eut un geste de mauvaise humeur.
— On coudoie partout des policiers aujourd’hui, dit-il.
Mais se reprenant aussitôt :
— Soit dit sans allusion blessante, mon cher Dickson.
Je m’inclinai en souriant.
— Je parle des mouchards… des professionnels… expliqua-t-il.
L’observation du millionnaire me remplissait de satisfaction.
La personne qui excitait son impatience était de la police à n’en
pas douter.
J’admirai le flair de M. Crawford, mais j’admirai encore plus que
le chief-inspector m’eût tenu parole.
Les grands restaurants étaient surveillés : je venais d’en acquérir
la preuve.
M. Crawford jeta sa serviette sur la table et nous sortîmes.
Cependant, je poursuivais une pensée intime ; je tenais à savoir
si la surveillance était bien exercée sur tous les établissements où
l’on dépense sans compter.
Là est le rendez-vous tout désigné de ceux à qui l’argent ne
coûte guère.
J’avais constaté que les grands restaurants étaient bien gardés,
mais il restait à m’assurer de ce qui avait été fait pour les maisons
de jeu de Melbourne.
— Que diriez-vous d’un petit tour au cercle ? proposai-je
insidieusement.
— Au cercle ?… Vous jouez donc, mon cher Dickson ?
— Oui, cela m’arrive.
— Vous m’étonnez.
— Pourquoi ?
— Parce qu’un homme dont le cerveau est continuellement
occupé de problèmes aussi ardus que ceux que vous résolvez n’a
guère le temps de songer aux bagatelles… du moins, je le croyais.
— Le jeu n’est pas une bagatelle, répondis-je… c’est un exercice
et je lui dois beaucoup.
— En vérité ?
— Oui… le système de déductions d’un bon joueur et les
procédés d’un bon détective sont absolument identiques. Ce que le
joueur appelle la veine est exactement ce que nous appelons la
piste… Une même Ariane tient le bout de ces deux fils… et elle a
nom Logique… cher monsieur.
— Voilà que vous devenez lyrique, interrompit M. Crawford…
Décidément vous m’étonnez… Eh bien ! allons au cercle…
— Oh ! protestai-je… une demi-heure tout au plus… un simple
petit exercice d’entraînement…
— Êtes-vous en fonds, au moins ? me demanda le millionnaire en
riant.
— Suffisamment… j’ai sur moi quelques bank-notes…
— Laissez-moi vous dire que cela n’est rien… un coup de
râteau…
— Je sais me modérer…
— All right ! en tous cas, comptez sur moi, je vous prie, le cas
échéant.
Je remerciai mon généreux voisin, et quelques instants après,
nous entrions dans la maison de jeu la mieux fréquentée de
Melbourne : j’ai nommé le Pacific Club.
Nous nous dirigeâmes d’un commun accord vers les salles de
roulette et j’eus le plaisir de voir mon compagnon reconnu de la
plupart des gros joueurs attablés là.
Il me semblait qu’il rejaillissait sur moi, humble détective, quelque
chose de cette considération.
Nous prîmes place.
M. Crawford commença par mettre une bank-note sur le tapis.
Quant à moi, je pontai modérément avec ce que j’avais
d’espèces métalliques dans la poche de mon gilet.
J’avais bluffé avec M. Crawford.
La vérité est que je ne joue jamais et me tiens farouchement à
l’écart de cette terrible sirène qu’est la roulette.
Il m’arriva bien entendu ce qui arrive aux novices : je gagnai.
M. Crawford, lui, perdit coup sur coup plusieurs sommes assez
considérables, car il ne misait qu’avec des billets.
Cependant je me raidissais de mon mieux contre l’entraînement.
— Au surplus, ce n’était pas pour jouer que j’avais tenu à
pénétrer dans ce lieu… On sait quelle raison m’y avait attiré…
XI
L’ÉTOILE À SIX BRANCHES
Sans en rien laisser paraître, je dévisageais, tout en ayant l’air de

suivre la partie, les joueurs réunis autour de moi, et mon attention fut
tout à coup éveillée par un individu à l’allure assez gauche qui rôdait
près des tables. Cette préoccupation me retint-elle trop ? La fortune
tourna-t-elle ?
Toujours est-il que je me mis à perdre.
Dès lors, entraîné sur la pente, je perdis ce que je voulus.
Tout mon gain y passa et aussi ce qui me restait de monnaie
disponible.
Je voulus me retirer de peur d’être tenté d’attaquer ma réserve
de banknotes, mais je m’étais sottement engagé au delà de ce que
j’avais devant moi, et je dus donc, bon gré mal gré, avoir recours à
mon portefeuille.
Je mis la main dans la poche intérieure de mon veston et
soudain j’eus peine à réprimer un cri :
Mon portefeuille avait disparu !
Je me tâtai, fouillai mes autres poches…
Rien !
J’étais volé !
Cette petite fantaisie me coûtait cinquante livres… mon revenu
d’un mois…
Il fallait cependant que je fisse figure.
Je me souvins alors de l’offre obligeante de M. Crawford et
m’approchant du millionnaire, je lui exposai mon cas à voix basse.
M. Crawford gagnait maintenant… ma mésaventure ne lui parut
mériter qu’une médiocre attention.
— Qu’à cela ne tienne, dit-il sans lever les yeux… Combien vous
faut-il ?
— Cinq livres… ce sera suffisant.
Et le regard toujours fixé sur la roulette, le millionnaire prit à côté
de lui, sur le tapis, cinq souverains qu’il me glissa discrètement dans
la main.
Je remerciai mon obligeant ami, puis je revins à ma place et jetai
les cinq livres sur la table.
A ce moment, je vis le louche individu que j’avais déjà remarqué
se pencher sur mes pièces d’or, en prendre une entre ses doigts
avec un sans-gêne qui m’exaspéra, puis la reposer en souriant d’un
air stupide.
— C’est quelque fou, pensai-je… un fétichiste qui consulte le
millésime de mes souverains.
— Laissez donc cela… lui dis-je.
Il me regarda effrontément et prit deux souverains après avoir fait
un signe au croupier.
— C’est à vous, ces pièces d’or ? demanda-t-il.
— Oui, répondis-je… ce n’est pas à vous, je suppose ?
L’inconnu s’avança vers moi et me dit à voix basse :
— Veuillez me suivre.
Et comme je protestais, il tira de sa poche une carte orange que
je connaissais bien.
Cet homme était un inspecteur de la police secrète !
Si le lecteur manifeste ici quelque étonnement, qu’il sache bien
que ma stupéfaction ne le céda en rien à la sienne, quelle qu’elle
soit.
Arrêté, moi Allan Dickson, détective ! arrêté dans l’exercice de
mes fonctions ! arrêté par une sorte de confrère d’ordre inférieur,
alors que j’étais venu en cet endroit précisément pour m’assurer de
sa présence, et par comble d’ironie, au moment où je venais d’être
volé par un habile pick-pocket !
Je ne sais ce qui l’emportait à ce moment, dans mon âme
tumultueuse, de la surprise ou de l’indignation !
Ceci ou cela me laissa quelques minutes sans réplique, dans
l’impossibilité absolue de formuler une protestation.
Je me suis rarement vu dans un état d’ahurissement aussi
complet.
Heureusement, les impressions les plus violentes sont chez moi
de courte durée.
Sous les regards étonnés des joueurs, j’avais suivi l’agent hors
de la salle sans dire le moindre mot, mais une fois dehors, je
recouvrai toute ma présence d’esprit.
Regardant alors dans le blanc des yeux le représentant de la
force publique, je lui dis d’une voix sifflante :
— M’expliquerez-vous, monsieur, ce que signifie cette comédie ?
— Je n’ai rien à vous dire, monsieur.
— Je suis Allan Dickson… insistai-je… veuillez voir vous-
même…
— Je n’ai rien à voir… vous vous expliquerez au poste.
Tous les efforts que je fis pour arracher à cet obscur suppôt de
police un semblant d’explication furent absolument inutiles.
L’agent appela un policeman et nous montâmes tous trois dans
un cab qui partit à vive allure.
En dix minutes, nous fûmes rendus au commissariat où le chef
de poste, montrant un empressement dont je fus intérieurement très
flatté, se trouva aussitôt en disposition de procéder à mon
interrogatoire.
C’est ici que ma surprise devint de l’ébahissement, mon
ébahissement de la stupeur !
J’étais le jouet d’un enchaînement de faits dont l’ordre logique
échappait absolument à ma méthode, et les premiers mots du chef
de poste me laissèrent béant :
— C’est vous, Alsop, dit-il à l’agent en civil, qui étiez de service
au Pacific Club ?
— Oui, chef.
— C’est là que vous avez arrêté cet individu ?
— Oui, chef.
— Dans quelles circonstances ?
— J’ai suivi point par point la consigne qui m’avait été donnée…
Monsieur jouait à la roulette… ses allures étranges ont attiré mon
attention… il avait l’air de se méfier de quelque chose et regardait
sans cesse autour de lui. Je l’ai surveillé et pris sur le fait…
— Que faisait-il ?
— Il venait de jeter sur la table de jeu cinq souverains…
— La déclaration de l’agent est-elle exacte ? demanda le
fonctionnaire.
— Absolument exacte, répondis-je, ne comprenant pas encore
de quel délit j’étais accusé.
— C’est bien… Continuez, Alsop.
— Monsieur avait donc jeté sur la table cinq souverains… J’en
vérifiai l’effigie, suivant les instructions que j’avais reçues… Deux
étaient tournés du côté face et portaient très nettement l’étoile à six
branches à la section du cou de la Reine…
Je ne savais si je devais m’indigner ou éclater de rire… Le
comique d’un homme arrêté d’après ses propres indications était
vraiment irrésistible, encore que je fusse victime du quiproquo le
plus fantastique.
J’essayai de mettre un peu de lumière dans ces ténèbres.
C’était vouloir tenter l’impossible !
Le chef ne m’écoutait pas ; il fouillait dans ses dossiers.
De son côté, l’agent qui m’avait arrêté tirait deux souverains de
sa poche et les faisait sonner sur le bureau.
— Voici, dit-il avec un fin sourire, les pièces que j’ai saisies…
Le chef examina attentivement les souverains, puis il me les
soumit :
— Vous reconnaissez que vous avez été en possession de ces
pièces ? demanda-t-il.
— Je ne sais, répondis-je… mais du moment que votre agent
l’affirme…
— Eh bien ! ces pièces proviennent tout simplement d’un vol avec
effraction accompagné d’assassinat sur la personne de M. Ugo
Chancer, de Green-Park… Qu’avez-vous à répondre ?
— Que je n’y comprends absolument rien… Cependant, on
pourrait utilement invoquer le témoignage de M. Crawford, le
millionnaire, de Broad-West de qui je tiens ces souverains… Lui seul
en indiquerait certainement la provenance… mais je puis d’ores et
déjà vous donner mon opinion…
— Nous n’avons que faire de votre opinion, répondit le chef d’un
ton sec… Vous prétendez être le détective Allan Dickson ?
— Cela, oui…
— Vous persistez à l’affirmer ?
— Je persiste.
— C’est bien… Vous êtes un gaillard audacieux, mais vous ne
vous tirerez pas de là facilement…
— C’est ce que nous verrons.
Le policier appuya sur un timbre et deux policemen parurent.
— Conduisez cet homme à Wellington-Gaol, leur dit-il…
Je suis fataliste et je crois que les événements s’enchaînent
suivant un ordre rigoureusement mathématique. Ils ne nous
apparaissent pas toujours logiques, mais ils ont évidemment une
raison d’être. S’il nous est permis d’employer notre sagacité à en
découvrir le premier chaînon, en revanche, il serait absurde de
vouloir nous opposer à leur développement naturel.
C’est pourquoi je me résignai.
Je me prêtai de bonne grâce à la formalité de la fouille, me
laissai docilement passer les hand-cuffs et montai dans un affreux
fourgon grillagé en cédant courtoisement le pas, en gentleman
correct, aux deux policemen qui m’accompagnaient.
Un quart d’heure après, j’étais jeté dans une cellule de la prison
de Wellington-Gaol, comme le dernier des vagabonds ramassé sur
le port de Melbourne ou dans quelque boarding interlope de
Footscray street.
XII
UN COUP D’AUDACE
Je comprends l’infortuné Pellisson élevant une araignée dans

son cachot de la Bastille pour charmer les loisirs d’une horrible
captivité.
Je n’étais pas depuis une demi-heure en prison que je m’étais
moi-même découvert une araignée à apprivoiser.
Cette bestiole rétive d’abord, et absolument inaccessible, parut
peu à peu vouloir s’apprivoiser. Elle souffrit ensuite que je la
regardasse sous toutes ses faces, se prêta à ce que je demandai
d’elle pour que je visse bien sans doute à quel genre d’araignée
j’avais affaire, puis se laissa prendre enfin et si bien que je ne la
lâchai plus.
Cette araignée, c’est dans un coin de mon cerveau que je l’avais
découverte.
Je la sentis quelque temps confusément me trotter par la tête et
je n’y prêtai pas plus d’attention qu’il convenait.
Cependant, comme elle devenait obsédante, force me fut bien
d’en faire cas.
Je me livrai alors au jeu de la manipuler avec une curiosité
d’instant en instant grandissante.
« Voyons, me disais-je, que signifie tout cela ? Je suis trouvé
dans l’espace de deux minutes en possession de l’argent dérobé à
M. Ugo Chancer… cet argent est de l’argent criminel et le policier du
Pacific Club a bien fait de me mettre en état d’arrestation… Il a obéi
à la consigne que j’avais donnée moi-même… Cependant, comment
me suis-je trouvé avoir en main cet or coupable ? Je n’avais plus un
penny vaillant et je venais d’emprunter cinq livres à M. Crawford…
c’est donc de M. Crawford que je tenais les souverains marqués du
signe de Hugo Chancer… Comment se faisait-il qu’il eût lui-même
ces souverains ? Les avait-il gagnés au jeu ? c’était plus que
certain… Donc, un des assassins de Green-Park se trouvait dans la
salle et écoulait, sans se douter qu’elles fussent marquées, les
pièces de M. Chancer… »
La seule réponse satisfaisante, c’est M. Crawford lui-même qui
pouvait me la donner.
J’avais timidement émis cette opinion devant le chef de poste
mais il avait passé outre avec une indifférence qui m’avait surpris.
Je sentais, peut-être à tort, dans la façon désinvolte avec laquelle
ce fonctionnaire avait agi à mon égard, une manifestation de cette
jalousie sourde que vouent les officiels aux détectives amateurs.
J’aurais eu tort, évidemment, de compter sur la moindre
bienveillance de la part d’un inspecteur de police.
M. Crawford n’ayant pas été appelé à s’expliquer, il me restait à
découvrir avec mes propres moyens la clef de l’énigme.
Deux explications étaient également plausibles.
M. Crawford qui jouait au moment où je lui empruntai cinq livres,
pouvait avoir à son insu, comme je le disais tout à l’heure, ramassé
les pièces suspectes avec son gain.
Ou bien les souverains étaient auparavant la propriété de M.
Crawford et alors il fallait de toute nécessité que ledit M. Crawford
justifiât de leur provenance.
Je ne pouvais pas, de la prison où j’étais, établir, grâce à mon
habituelle méthode inductive, par quels procédés, quelle succession
d’intermédiaires, mon voisin de Broad-West se trouvait avoir dans sa
poche l’argent provenant d’un vol qualifié.
Je pensai un moment à la possibilité d’un échange de monnaie
consenti par le chauffeur Slang à son maître… Sans doute cela était
admissible, mais je n’en aurais le cœur net qu’en me retrouvant face
à face avec M. Crawford.
Le lendemain, sans nul doute, suivant la loi australienne, on me
ferait subir un interrogatoire plus sérieux.
Il serait alors tout naturel que j’insistasse pour être confronté
avec le millionnaire.
Cela allait de soi et faisait si peu de difficulté que j’en vins à
penser qu’on me le proposerait spontanément.
Cette formalité me parut même tellement inévitable, nécessaire,
inéluctable que je résolus d’éviter à tout prix une telle confrontation.
En effet, la réponse de M. Crawford serait certainement décisive.
L’affaire de Green-Park entrerait dès lors dans sa dernière
phase, mais elle m’échapperait en même temps ; elle deviendrait la
chose de la police.
J’en serais pour mes frais, mes calculs et mon dévouement —
dévouement qui allait jusqu’à me faire dévaliser d’abord et
emprisonner ensuite — D’autres recueilleraient les lauriers de cette
gloire si chèrement acquise.
Et cela, je ne le voulais à aucun prix.
Il fallait que j’eusse une explication avec M. Crawford ; mais il
importait que cette explication eût lieu en dehors de toute ingérence
policière.
Il n’y avait à ce problème qu’une solution : la fuite.
C’est alors que je commençai à prêter quelque complaisance à la
petite bête qui me trottait dans le cerveau.
Cela avait une voix menue qui me murmurait sans relâche :
— S’évader ? mais rien de plus simple… Est-il déshonorant de
s’évader quand on a été emprisonné par erreur… Les barreaux ? ils
ne sont jamais bien solides à la prison préventive… de simples
épouvantails, tout au plus… Ce premier pas franchi, se laisser
glisser en bas ? Rien… un jeu d’enfant pour un homme de sport…
Ah ! ça ne serait certes pas un tour de force héroïque à la Monte-
Cristo.
Mais j’entends une grosse voix couvrir ici le petit cri tentateur qui
m’obsédait de plus en plus.
Cette voix est la vôtre, lecteur… Elle proteste, elle se récrie avec
véhémence :
— A d’autres !… on ne s’évade pas ainsi des prisons modernes…
D’abord, pour se ménager une issue, il faut des outils… Or vous
n’aviez pas d’outils, monsieur… on vous avait fouillé, vous nous
l’avez dit vous-même.
— Oui, cher lecteur, on m’avait fouillé… et cependant j’avais sur
moi un petit attirail d’évasion.
Je ne pensais certes pas avoir jamais à me servir d’une lime pour
scier les barreaux d’une geôle ni d’une corde solide pour me
soustraire à la justice de mon pays.
Non, cette éventualité-là, je ne l’avais pas envisagée…
Mais on ne sait jamais ce qui peut arriver dans le métier de
détective.
Tout est possible ; on vient d’en avoir la preuve.
Je pouvais un jour ou l’autre être séquestré, mis au secret par
des malfaiteurs, des jaloux, que sais-je ?
Et en prévision de cela j’avais toujours sur moi une de ces petites
scies dont la description a été faite maintes fois : un ressort de
montre finement dentelé dont les morsures sont funestes aux
barreaux des fenêtres, un vrai joujou qui ne tient pas plus de place
qu’un cure-dent et que je conservais toujours avec une petite pièce
d’or, dans la doublure de mon gilet.
J’avais aussi mon grand pardessus beige dont je ne me sépare
jamais, quelque temps qu’il fasse et l’on a vu les services que cet
overcoat m’avait déjà rendus en me permettant, grâce à sa
doublure, de me livrer aux plus rapides transformations.
Cette doublure avait aussi un autre avantage : elle recelait, outre
quelques menus objets que je tenais à sauver des curiosités
indiscrètes, une longue corde de soie aussi solide qu’un câble, grâce
à la qualité de la soie employée et au procédé de tissage.
Cette corde, à peine grosse comme un chalumeau d’avoine, et
que je pouvais grossir en la doublant ou en la triplant, faisait
plusieurs fois le tour de mon pardessus dans la couture des bords
inférieurs où l’épaisseur normale du vêtement rendait sa présence
invisible.
Il faut être prévoyant quand on est détective et l’on voit que
j’avais plus d’un tour dans mon sac… ou plutôt dans mon pardessus.
L’électricité brilla tout à coup au plafond de ma cellule qui était
des mieux aménagées. Outre la lumière électrique, elle comportait
un lavabo complet avec jet d’eau froide et d’eau chaude, une table à
écrire pourvue d’un menu matériel de bureau, deux sièges dont un
fauteuil en bambou et une crédence où voisinaient, avec des
commentaires de la Bible, quelques livres de voyage et d’histoire.
Le lit, très simple, monté sur un sommier métallique avait cet
aspect d’élégance sobre que donnent l’extrême propreté et le luisant
du cuivre soigneusement entretenu.
C’était en réalité un « home » confortable où il faisait bon vivre et
je compris fort bien que de pauvres diables préférassent cette
hospitalité à l’abri précaire des garnis borgnes et des logis de
rencontre.
Le repas qu’on me servit était fort mangeable et le gardien-chef
de la prison me fit même l’honneur de venir me tenir compagnie
pendant que j’étais à table.
C’était un gros homme, au crâne piriforme, aux yeux rieurs et au
nez rouge et pointu comme un piment.
— Vous savez, me dit-il, la lourde prévention qui pèse sur vous ?
— Je sais, monsieur… répondis-je en m’excusant de poursuivre
la dégustation d’un haricot de mouton dont je lui fis compliment.
— Votre affaire est très grave… Je n’ai pas à vous interroger…
mais si j’ai un conseil à vous donner, c’est de fournir sans réticences
tous les détails possibles sur votre complicité dans le crime de
Green-Park. Vous avez été écroué ici sous un faux nom, hein ?
— Pourquoi aurais-je donné un faux nom, monsieur ?
— Ah ! ah ! ah ! mais pour égarer la justice, parbleu !
Je haussai les épaules.
Le gardien-chef me regarda curieusement :
— Vous paraissez avoir reçu une certaine éducation… c’est
regrettable… oui, très regrettable… Allons, avouez-le, c’est la noce,
n’est-ce pas, qui vous a conduit là ? Ah ! ah ! ah ! Enfin la nuit porte
conseil… pensez à ce que je vous ai dit…
Je remerciai le brave gardien et très ostensiblement je fis mine
de me coucher.
Le bonhomme me souhaita le bonsoir ; je lui rendis ses souhaits
et il me laissa seul.
Neuf heures sonnaient à ce moment à l’horloge de Wellington-
Gaol qui possède, par parenthèse, un carillon des plus harmonieux.
Bien que très calme de nature et aussi par profession, j’étais, on
le conçoit, d’une impatience fébrile.
Je n’osais pourtant mettre mon projet à exécution avant que les
derniers bruits se fussent éteints dans la prison.
Il convenait d’agir avec prudence.
Je montai sur une chaise et jetai un coup d’œil par la fenêtre.
Des ombres passaient et repassaient dans une grande cour à
demi obscure ; c’étaient probablement des gardiens qui allaient
prendre leur service de nuit.
De temps à autre, j’entendais de longs appels, un grand bruit de
verrous et par-dessus tout cela le ronflement sourd et régulier de la

High Performance Computing ISC High Performance 2018 International Workshops Frankfurt Main Germany June 28 2018 Revised Selected Papers Rio Yokota

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High Performance Computing ISC High

Performance 2018 International

High Performance Computing: ISC High Performance 2019

High Performance Computing: ISC High Performance 2020

High Performance Computing: 34th International

High Performance Computing: 35th International

High Performance Computing: 5th Latin American

High Performance Computing for Computational Science –

High Performance Computing in Science and Engineering '

High Performance Computing in Science and Engineering

John Shalf Sadaf Alam (Eds.)

ISSN 0302-9743 ISSN 1611-3349 (electronic)

Library of Congress Control Number: 2018944377

LNCS Sublibrary: SL1 – Theoretical Computer Science and General Issues

© Springer Nature Switzerland AG 2018

A separate workshop day attached to the International Supercomputing Conference

June 2018 Rio Yokota

ISC High Performance Workshops Co-chairs

ISC High Performance Workshops Committee

ISC High Performance Workshops Proceedings Co-chairs

HPC I/O in the Data Center (HPC-IODC 2018)

Javier Garcia Blas Carlos III University of Madrid, Spain

Workshop on Performance and Scalability of Storage Systems

13th Workshop on Virtualization in High-Performance Cloud

Third International Workshop on in Situ Visualization:

4th International Workshop on Communication Architectures

John Shalf Lawrence Berkeley National Laboratory, USA

International Workshop on OpenPOWER for HPC (IWOPH 2018)

IXPUG Workshop: Many-Core Computing on Intel Processors:

Workshop on Sustainable Ultrascale Computing Systems

Svetozar Margenov Bulgarian Academy of Science, Bulgaria

Approximate and Transprecision Computing on Emerging

First Workshop on the Convergence of Large-Scale Simulation

Third Workshop for Open Source Supercomputing

First Workshop on Interactive High-Performance Computing

Third International Workshop on Performance Portable

HPC I/O in the Data Center Workshop (HPC-IODC 2018)

Analyzing the I/O Scalability of a Parallel Particle-in-Cell Code . . . . . . . . . . 9

Cost and Performance Modeling for Earth System Data Management

I/O Interference Alleviation on Parallel File Systems Using Server-Side

Tools for Analyzing Parallel I/O . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

Workshop on Performance and Scalability of Storage

Understanding Metadata Latency with MDWorkbench . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

IOscope: A Flexible I/O Tracer for Workloads’

Exploring Scientific Application Performance

Benefit of DDN’s IME-FUSE for I/O Intensive HPC Applications . . . . . . . . 131

Performance Study of Non-volatile Memories

Self-optimization Strategy for IO Accelerator Parameterization . . . . . . . . . . . 157

13th Workshop on Virtualization in High-Performance Cloud

utmem: Towards Memory Elasticity in Cloud Workloads . . . . . . . . . . . . . . . 173

Efficient Live Migration of Linux Containers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184

Third International Workshop on In Situ Visualization: Introduction

Binning Based Data Reduction for Vector Field Data

In Situ Analysis and Visualization of Fusion Simulations:

Design of a Flexible In Situ Framework with a Temporal Buffer

Enabling Explorative Visualization with Full Temporal Resolution

In-Situ Visualization of Solver Residual Fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294

An In-Situ Visualization Approach for the K Computer

4th International Workshop on Communication Architectures

Comparing Controlflow and Dataflow for Tensor Calculus:

Supercomputer in a Laptop: Distributed Application

International Workshop on OpenPOWER for HPC 2018

CGYRO Performance on Power9 CPUs and Volta GPUs. . . . . . . . . . . . . . . 365